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March 2012

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r339 - trunk/src/doc/reunions
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 8, 2012

March 8, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-08 19:32:36 +0100 (Thu, 08 Mar 2012) New Revision: 339 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/339 Log: mise a jour CR reunion Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-03-08 18:32:11 UTC (rev 338) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-03-08 18:32:36 UTC (rev 339) @@ -48,76 +48,126 @@ Vérifier la décoration de SpeciesCategory (il manque des choses) +Export sql +~~~~~~~~~~ +- Ajouter un bouton nouvelle requête. + +- Problème avec les requêtes venant de libre office base, on va devoir les + processer car la requete contient un alias implicite pour chaque partie du from. + + Exemple : select "T".name from "T" + + Pour que cela fonctionne sous postgres il faut alors avoir + + select "T".name from "T" "T". + + Solution : + On vérifiera quand même qu'il n'est pas possible de mieux configurer + libre-office base (on ne sait jamais). + + Ajout d'un bouton nouvelle requête Libre-office qui prend la + requete la processe et continue sur une création classique de requête. + +- Pour un peu sécuriser les requêtes (et éviter les injections de code sql + malicieux), on interdit l'utilisation de mot-clef sql : + - INSERT + - UPDATE + - DROP + - DELETE + - ALTER + +Sécurité +~~~~~~~~ + +- Les utilisateurs non administrateurs ne doivent pas pouvoir modifier les + données, il faut cacher tout ce qui permet de faire des imports. et ne pas + pouvoir modifier dans dbeditor. + +Intégration i18n +~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Préparer les actions (drapeaux en haut à droite), mathieu fournira les trads. + +Import +~~~~~~ + +Placer l'action de création de mission au niveau de la sélection du type +d'import, ça sera plus intuitif. + +Style +~~~~~ + +- Refaire le point avec Aurelie pour finaliser le style +- Envoyer à mathieu les derniers logos. + Import nouvelles données ------------------------ Import Common datas =================== -Ok n'utilise plus un vessel saisi par l'utilisateur. +validé Import Operations ================= -Input : -- voyage +Validé -Operation -_________ - -OperationMetaDataValue -______________________ - -GearMetaDataValue -_________________ - Import Samples ============== -- voyage +Il manque encore l'import des données biométries. -- fichier Sample Total -- fichier SampleData Sub +format +operationId|speciesId|Id poisson|Poids individu|SampleDataType|SampleDataLabel|SampleDatavalue +La clef d'unicité est données par les 3 première colonne et fournit donc un +Sample (au passage on perd l'information sur l'id posson). + Import Acoustic data ==================== +A valider Import résultats ================ -mode 1: import au niveau du voyage - - sélection voyage - - fichier echotype - - relations taille-poids - - relations taille-age +Renommer les cellules rattachées à un voyage en postCell (cellules de +post-traitement). -Chaque import est indépendant et optionnel. +import echotype /lengthAgeKey / lengthWeightKey +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -OK réalisé. +Validé -mode 2: import des régions et résultats - - sélection voyage - - fichier définition des régions - - fichier association des cellules - - fichier résultats +import résultat esdu / echotype +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ -mode 3: import des résultats cellules esdu - - sélection voyage - - sélection navire - - fichier résultats +Format d'import dynamique une partie fixe et une partie correspondant - on retrouvera les transits via les plages temporelles +Mettre en place la table Category (fonctionnement semblable à celui de speciesCategory) avec remplissage au fil des import +Category : + +-echotype +-species +-processedLength (nouvelle table de reference) +-processedAge (nouvelle table de reference) + + Action ------ -- Tony +- Tony continuer les import et traiter les remarques, plus contacter Aurelie -- Mathieu +- Mathieu fournir + - les formats d'import des résultats, + - les nouvelles tables de références processedLength et processedAge + - exemple d'import biometrySample + Prochaine réunion : - - ? \ No newline at end of file + - Mercredi 14/03/2012 (Ifremer) \ No newline at end of file

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r338 - in trunk/echobase-services/src/test: java/fr/ifremer/echobase/services resources/import-data
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 8, 2012

March 8, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-08 19:32:11 +0100 (Thu, 08 Mar 2012) New Revision: 338 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/338 Log: Mise a jour des bases de tests (avec le dernier referentiel) Mise a jour des imports Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-08 18:31:24 UTC (rev 337) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-08 18:32:11 UTC (rev 338) @@ -74,10 +74,6 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - //FIXME : Il reste des NA - //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); @@ -148,10 +144,6 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - //FIXME : Il reste des NA - //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-08 18:31:24 UTC (rev 337) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-08 18:32:11 UTC (rev 338) @@ -77,14 +77,6 @@ OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); - //FIXME : Encore des chalut mal nommé Chalut aa/bb au lieu de aaxbb - //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Gear.class), Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, "PS"); - service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); - service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); - service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftHeading"); - service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftSpeed"); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ)

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r337 - in trunk/echobase-entities/src: main/java/fr/ifremer/echobase main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references main/xmi test/java/fr/ifremer/echobase/entities
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 8, 2012

March 8, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-08 19:31:24 +0100 (Thu, 08 Mar 2012) New Revision: 337 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/337 Log: ajout method pour decoration sur SpeciesCategory + fix tests (suite au deplacement d'entiti?\195?\169s) Added: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/SpeciesCategoryImpl.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-03-08 18:31:24 UTC (rev 337) @@ -212,9 +212,8 @@ // Species decorator registerJXPathDecorator(locale, Species.class, "${genusSpecies}$s"); - //TODO // SpeciesCategory decorator - registerJXPathDecorator(locale, SpeciesCategory.class, "${species/genusSpecies}$s - ..."); + registerJXPathDecorator(locale, SpeciesCategory.class, "${species/genusSpecies}$s - (size:: ${sizeCategoryName}$s) - (age: ${ageCategoryLabel}$s) - (sex: ${sexCategoryLabel}$s)"); // Strata decorator registerJXPathDecorator(locale, Strata.class, "Latitude <${minLatitude}$s - ${maxLatitude}$s>, Longitude <${minLongitude}$s - ${maxLongitude}$s>"); Added: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/SpeciesCategoryImpl.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/SpeciesCategoryImpl.java (rev 0) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/SpeciesCategoryImpl.java 2012-03-08 18:31:24 UTC (rev 337) @@ -0,0 +1,62 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Entities + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.entities.references; + +public class SpeciesCategoryImpl extends SpeciesCategoryAbstract { + + private static final long serialVersionUID = 4063203856528794213L; + + @Override + public String getSizeCategoryName() { + String result; + if (sizeCategory == null) { + result = ""; + } else { + result = sizeCategory.getName(); + } + return result; + } + + @Override + public String getAgeCategoryName() { + String result; + if (ageCategory == null) { + result = ""; + } else { + result = ageCategory.getName(); + } + return result; + } + + @Override + public String getSexCategoryName() { + String result; + if (sexCategory == null) { + result = ""; + } else { + result = sexCategory.getName(); + } + return result; + } +} //SpeciesCategoryImpl Property changes on: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/SpeciesCategoryImpl.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) +++ trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-03-08 18:31:24 UTC (rev 337) @@ -63,9 +63,6 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Mission.class.getPackage())); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); @@ -83,9 +80,6 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Mission.class.getPackage())); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); @@ -103,9 +97,6 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Voyage.class.getPackage())); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); for (EchoBaseEntityEnum type : expectedTypes) { @@ -123,10 +114,7 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Voyage.class.getPackage())); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); - + Assert.assertNotNull(types); for (EchoBaseEntityEnum type : expectedTypes) {

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r336 - in trunk: echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references echobase-entities/src/main/xmi echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv ec
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 8, 2012

March 8, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-08 18:07:22 +0100 (Thu, 08 Mar 2012) New Revision: 336 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/336 Log: - Add missing references - Move echotype, lengthAgeKey and lengthWeightKey to data package - Link strata to DepthStratum Added: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/EchotypeDAOImpl.java Removed: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/EchotypeDAOImpl.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfigurationOption.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBasePredicates.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/I18nAble.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/ColumnMeta.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/TableMeta.java trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java trunk/echobase-tools/pom.xml trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesCategoryLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoader.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseMSAccessToCsvIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/TestHelper.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AbstractLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataMetadataLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataTypeLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearMetadataLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SampleLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataMetadata.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataType.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Gear.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-GearMetadata.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Species.csv trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfigurationOption.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfigurationOption.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfigurationOption.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -51,8 +51,8 @@ "URL du site de l'application", "", URL.class), CSV_SEPARATOR("csv.separator", - "Caractère de séparation pour les fichiers csv", - ";", char.class), + "Caractère de séparation pour les fichiers csv", + ";", char.class), WAR_DIRECTORY("war.directory", "Répertoire où est stoqué le war", "${data.directory}/war", File.class), Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -29,7 +29,10 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; @@ -53,15 +56,12 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataQuality; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataType; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Gear; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearCharacteristic; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearCharacteristicValue; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Impacte; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.MeasureType; import fr.ifremer.echobase.entities.references.MeasurementMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBasePredicates.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBasePredicates.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBasePredicates.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,8 +24,8 @@ package fr.ifremer.echobase; import com.google.common.base.Predicate; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; /** Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/I18nAble.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/I18nAble.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/I18nAble.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -30,6 +30,6 @@ * @since 0.3 */ public interface I18nAble { - + String getI18nKey(); } Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -113,6 +113,7 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.ReferenceDatumType); result.add(EchoBaseEntityEnum.VesselType); result.add(EchoBaseEntityEnum.EchotypeCategory); + result.add(EchoBaseEntityEnum.DepthStratum); result.add(EchoBaseEntityEnum.Strata); result.add(EchoBaseEntityEnum.CellMethod); result.add(EchoBaseEntityEnum.AcousticInstrument); @@ -121,7 +122,6 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.Species); result.add(EchoBaseEntityEnum.GearCharacteristic); result.add(EchoBaseEntityEnum.ReferenceDatum); - result.add(EchoBaseEntityEnum.DepthStratum); result.add(EchoBaseEntityEnum.Category); result.add(EchoBaseEntityEnum.ReferencingMethod); result.add(EchoBaseEntityEnum.GearCharacteristicValue); @@ -131,10 +131,7 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.SampleDataType); result.add(EchoBaseEntityEnum.SampleType); result.add(EchoBaseEntityEnum.Vessel); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); result.add(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.CellType); result.add(EchoBaseEntityEnum.Impacte); result.add(EchoBaseEntityEnum.Mission); @@ -158,7 +155,6 @@ List<EchoBaseEntityEnum> result = Lists.newLinkedList(); // with no dep - result.add(EchoBaseEntityEnum.Strata); result.add(EchoBaseEntityEnum.SexCategory); result.add(EchoBaseEntityEnum.AgeCategory); result.add(EchoBaseEntityEnum.SizeCategory); @@ -185,6 +181,7 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.ReferencingMethod); // with deps + result.add(EchoBaseEntityEnum.Strata); result.add(EchoBaseEntityEnum.AcousticInstrument); result.add(EchoBaseEntityEnum.Vessel); result.add(EchoBaseEntityEnum.ReferenceDatum); @@ -192,12 +189,9 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.GearMetadata); result.add(EchoBaseEntityEnum.GearCharacteristicValue); result.add(EchoBaseEntityEnum.Gear); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.SpeciesCategory); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.TSParameters); -// result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); result.add(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata); result.add(EchoBaseEntityEnum.Category); result.add(EchoBaseEntityEnum.CategoryRef); @@ -218,9 +212,9 @@ } protected static void addEntries(DbMeta dbMeta, - List<MetaFilenameAware> entities, - List<MetaFilenameAware> associations, - EchoBaseEntityEnum[] types) { + List<MetaFilenameAware> entities, + List<MetaFilenameAware> associations, + EchoBaseEntityEnum[] types) { for (EchoBaseEntityEnum type : types) { TableMeta tableMeta = getTableMeta(dbMeta, type); Copied: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/EchotypeDAOImpl.java (from rev 334, trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/EchotypeDAOImpl.java) =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/EchotypeDAOImpl.java (rev 0) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/EchotypeDAOImpl.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -0,0 +1,52 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Entities + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.entities.data; + +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; +import org.nuiton.topia.TopiaException; + +import java.util.List; + +/** + * User {@link EchotypeDAO} implementation. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.2 + */ +public class EchotypeDAOImpl<E extends Echotype> extends EchotypeDAOAbstract<E> { + + @Override + public Echotype findByIdAndSpecies(Integer id, + Species species) throws TopiaException { + List<E> allById = findAllById(id); + Echotype result = null; + for (E echotype : allById) { + if (echotype.getSpecies().contains(species)) { + result = echotype; + break; + } + } + return result; + } +} Property changes on: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/EchotypeDAOImpl.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/ColumnMeta.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/ColumnMeta.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/ColumnMeta.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,7 +24,6 @@ package fr.ifremer.echobase.entities.meta; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; -import org.nuiton.util.ObjectUtil; import java.io.Serializable; import java.util.Date; Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/TableMeta.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/TableMeta.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/meta/TableMeta.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -80,7 +80,7 @@ @Override public String getFilename() { - return source.name()+".csv"; + return source.name() + ".csv"; } @Override Deleted: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/EchotypeDAOImpl.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/EchotypeDAOImpl.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/references/EchotypeDAOImpl.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -1,50 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Entities - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.entities.references; - -import org.nuiton.topia.TopiaException; - -import java.util.List; - -/** - * User {@link EchotypeDAO} implementation. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -public class EchotypeDAOImpl<E extends Echotype> extends EchotypeDAOAbstract<E> { - - @Override - public Echotype findByIdAndSpecies(Integer id, Species species) throws TopiaException { - List<E> allById = findAllById(id); - Echotype result = null; - for (E echotype : allById) { - if (echotype.getSpecies().contains(species)) { - result = echotype; - break; - } - } - return result; - } -} Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -36,10 +36,10 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKeyDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKeyDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -25,7 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.util.Map; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -25,8 +25,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeImpl; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.EchotypeImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.io.Serializable; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,7 +24,7 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModelRow.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModelRow.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,8 +24,8 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKeyImpl; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKeyImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,7 +24,7 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModelRow.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModelRow.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,8 +24,8 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKeyImpl; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKeyImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -23,9 +23,9 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; Modified: trunk/echobase-tools/pom.xml =================================================================== --- trunk/echobase-tools/pom.xml 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/pom.xml 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -196,14 +196,14 @@ <profile> <activation> <file> - <exists>src/test/private/echobase</exists> + <exists>src/test/private/echobase-2012-03-01</exists> </file> </activation> <id>echobase-csv-inputs</id> 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=================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -26,10 +26,10 @@ import com.google.common.collect.Maps; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.AssociationMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.DbEditorService; Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -27,8 +27,8 @@ import com.healthmarketscience.jackcess.Database; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; import org.apache.commons.logging.Log; Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -27,8 +27,8 @@ import com.healthmarketscience.jackcess.Database; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -41,7 +41,7 @@ public class ReferenceDatumLoader extends EntityLoader<ReferenceDatum> { public ReferenceDatumLoader() { - super(ReferenceDatum.class, FileType.BARACOUDA, FileType.NEW); + super(ReferenceDatum.class, FileType.NEW); } @Override Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesCategoryLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesCategoryLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesCategoryLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -26,7 +26,7 @@ import com.google.common.collect.Lists; import com.healthmarketscience.jackcess.Database; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SexCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -23,16 +23,18 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; +import java.util.List; + /** * Loader of {@link Strata}. - * <p/> - * TODO Import it. * * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> * @since 0.2 @@ -46,6 +48,8 @@ @Override protected EntityCsvModel<Strata> createCsvImportModel(TableMeta meta) { + List<DepthStratum> depthStratums = getEntities(DepthStratum.class); + EntityCsvModel<Strata> model = EntityCsvModel.newModel( getCsvSeparator(), meta @@ -55,8 +59,8 @@ model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MAX_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_DEPTH_STRATUM); model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_SEAFLOOR_SUBSTRATE); + model.addForeignKeyForImport(Strata.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, Strata.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, DepthStratum.class, depthStratums, EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); return model; } } \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoader.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoader.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -30,12 +30,12 @@ import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.EchotypeDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.AssociationMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -41,7 +41,8 @@ protected File exportdir; - static final String date = new SimpleDateFormat("dd-MM-yyyy").format(new Date()); + static final String date = + new SimpleDateFormat("dd-MM-yyyy").format(new Date()); @Test public void createEchoBaseLegacyDataDb() throws Exception { Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseMSAccessToCsvIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseMSAccessToCsvIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseMSAccessToCsvIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -59,7 +59,7 @@ if (!msAccessFile.exists()) { if (log.isWarnEnabled()) { log.warn("Could not find " + msAccessFile + - ", the test will be skip."); + ", the test will be skip."); } } Assume.assumeTrue(msAccessFile.exists()); Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/TestHelper.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/TestHelper.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/TestHelper.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -56,6 +56,9 @@ protected static final long timestamp = System.currentTimeMillis(); + /** La version du jeux de données utilisé. */ + public static final String ECHOBASE_CSV_VERSION = "2012-03-01"; + public static File getBasedir() { if (basedir == null) { String tmp = System.getProperty("basedir"); @@ -79,7 +82,8 @@ public static File getCsvResourceDirectory() { File basedir = getBasedir(); - File sourceDir = FileUtil.getFileFromFQN(basedir, "src.test.private.echobase.csv"); + File sourceDir = FileUtil.getFileFromFQN( + basedir, "src.test.private.echobase-" + ECHOBASE_CSV_VERSION + ".csv"); return sourceDir; } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AbstractLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AbstractLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AbstractLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -99,7 +99,7 @@ if (!msAccessFile.exists()) { if (log.isWarnEnabled()) { log.warn("Could not find " + msAccessFile + - ", the test will be skip."); + ", the test will be skip."); } } Assume.assumeTrue(msAccessFile.exists()); @@ -206,7 +206,7 @@ } protected void loadDependencies(MetaFilenameAware meta, - Set<MetaFilenameAware> dones) throws IOException, TopiaException { + Set<MetaFilenameAware> dones) throws IOException, TopiaException { // mark it as load (to prevent reloading of it twice) @@ -330,7 +330,7 @@ } } Preconditions.checkNotNull(result, "Could not find EntityLoader for " + - entityClass.getName()); + entityClass.getName()); return result; } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -214,7 +214,9 @@ private static class ToFileFromMeta implements Function<File, File> { private MetaFilenameAware meta; + private FileType fileType; + private CellLoader loader; public ToFileFromMeta(CellLoader loader, MetaFilenameAware meta) { Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataMetadataLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataMetadataLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataMetadataLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -35,11 +35,11 @@ public class DataMetadataLoaderIT extends AbstractLoaderIT<DataMetadata, DataMetadataLoader> { public DataMetadataLoaderIT() { - super(DataMetadataLoader.class, 34, 28); + super(DataMetadataLoader.class, 35, 28); } @Test - public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { generateNewEntities(); } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataTypeLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataTypeLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DataTypeLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -35,7 +35,7 @@ public class DataTypeLoaderIT extends AbstractLoaderIT<DataType, DataTypeLoader> { public DataTypeLoaderIT() { - super(DataTypeLoader.class, 15, 0); + super(DataTypeLoader.class, 16, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -23,7 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import org.junit.Test; /** Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearMetadataLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearMetadataLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearMetadataLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -35,7 +35,7 @@ public class GearMetadataLoaderIT extends AbstractLoaderIT<GearMetadata, GearMetadataLoader> { public GearMetadataLoaderIT() { - super(GearMetadataLoader.class, 3, 0); + super(GearMetadataLoader.class, 7, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthAgeKeyLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -23,7 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey; import org.junit.Test; /** Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/LengthWeightKeyLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -23,7 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey; import org.junit.Test; /** Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SampleLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SampleLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SampleLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -35,7 +35,7 @@ public class SampleLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Sample, SampleLoader> { public SampleLoaderIT() { - super(SampleLoader.class, 0,335110); + super(SampleLoader.class, 0, 335110); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/SpeciesLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -35,7 +35,7 @@ public class SpeciesLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Species, SpeciesLoader> { public SpeciesLoaderIT() { - super(SpeciesLoader.class, 217, 0); + super(SpeciesLoader.class, 220, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoaderIT.java 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VoyageLoaderIT.java 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -24,11 +24,11 @@ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.AssociationMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.MetaFilenameAware; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataMetadata.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataMetadata.csv 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataMetadata.csv 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -1,35 +1,36 @@ -DataMetadataID;DataTypeID;LongName;StandardName;Units;ReferenceDatumID;Positive;Calendar;Axis;ValidMin;ValidMax;ScaleFactor;AddOffset;FillValue;CellMethods;Comment -LongitudeStart;Longitude;Cell longitude;longitude;decimal_degrees_east;WGS84;east;;X;-180;180;;;999;CellStart;Longitude of cell start; -LatitudeStart;Latitude;Cell latitude;latitude;decimal_degrees_north;WGS84;north;;Y;-90;90;;;999;CellStart;Latitude of cell start; -TimeStart;Time;Time;time;days since 1899-01-01T00:00:00Z;;;gregorian;T;0;90000;;;99999;CellStart;Time of cell start; -DepthRefSurfaceStart;Depth;Cell depth;depth;m;Sea Surface;Down;;Z;0;12000;;;99999;CellStart;Depth of cell start, ref. surface; -DepthRefBottomStart;Depth;Cell depth;depth;m;Sea Floor;Up;;Z;0;12000;;;99999;CellStart;Depth of cell start, ref. bottom; -LongitudeEnd;Longitude;Cell longitude;longitude;decimal_degrees_east;WGS84;east;;X;-180;180;;;999;CellEnd;Longitude of cell end; -LatitudeEnd;Latitude;Cell latitude;latitude;decimal_degrees_north;WGS84;north;;Y;-90;90;;;999;CellEnd;Latitude of cell end; -TimeEnd;Time;Time;time;days since 1899-01-01T00:00:00Z;;;gregorian;T;0;90000;;;99999;CellEnd;Time of cell end; -DepthRefSurfaceEnd;Depth;Cell depth;depth;m;Sea Surface;Down;;Z;0;12000;;;99999;CellEnd;Depth of cell end, ref. surface; 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volume;volume;m3;;;;;0;99999;;;99999;Total;Cell volume; -Surface;Surface;Cell surface;;m2;;;;;0;99999;;;99999;Total;Cell area; -ReferenceStationCatch;ReferenceStationCatch;ID of the fishing station associated to the cell;;;;;;;;;;;999;;; -ReferenceStationBiometry;ReferenceStationBiometry;ID of the fishing station with biological measurements associated to the cell;;;;;;;;;;;999;;; -Biomass;Biomass;Biomass estimate (in weight);;tons;;;;;0;999999;;;9999999;Total;Estimated biomass in cell; -Abundance;Abundance;Abundance estimate (in number of fish);;no. of fish;;;;;0;999999999;;;9999999999;Total;Estimated abundance in cell; -MeanLength;MeanLength;Mean length of fish in cell;;cm;;;;;0;1000;;;99999;Mean;; -MeanWeight;MeanWeight;Mean weight of fish in cell;;g;;;;;0;1000000;;;9999999;Mean;; -Formula;Formula;How was computed the sA value allocated to the cell/echotype combination?;;;;;;;;;;;;;; -MeanXe;MeanXe;Mean acoustic scaling factor in (region) cells;;;;;;;0;10;;;999;Mean;; \ No newline at end of file +"DataMetadataID";"DataTypeID";"LongName";"StandardName";"Units";"ReferenceDatumID";"Positive";"Calendar";"Axis";"ValidMin";"ValidMax";"ScaleFactor";"AddOffset";"FillValue";"CellMethods";"Comment" +"LongitudeStart";"Longitude";"Cell longitude";"longitude";"decimal_degrees_east";"WGS84";"east";;"X";-180;180;;;999;"CellStart";"Longitude of cell start" +"LatitudeStart";"Latitude";"Cell latitude";"latitude";"decimal_degrees_north";"WGS84";"north";;"Y";-90;90;;;999;"CellStart";"Latitude of cell start" +"TimeStart";"Time";"Time";"time";"days since 1899-01-01T00:00:00Z";;;"gregorian";"T";0;90000;;;99999;"CellStart";"Time of cell start" +"DepthRefSurfaceStart";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Surface";"Down";;"Z";0;12000;;;99999;"CellStart";"Depth of cell start, ref. surface" +"DepthRefBottomStart";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Floor";"Up";;"Z";0;12000;;;99999;"CellStart";"Depth of cell start, ref. bottom" +"LongitudeEnd";"Longitude";"Cell longitude";"longitude";"decimal_degrees_east";"WGS84";"east";;"X";-180;180;;;999;"CellEnd";"Longitude of cell end" +"LatitudeEnd";"Latitude";"Cell latitude";"latitude";"decimal_degrees_north";"WGS84";"north";;"Y";-90;90;;;999;"CellEnd";"Latitude of cell end" +"TimeEnd";"Time";"Time";"time";"days since 1899-01-01T00:00:00Z";;;"gregorian";"T";0;90000;;;99999;"CellEnd";"Time of cell end" +"DepthRefSurfaceEnd";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Surface";"Down";;"Z";0;12000;;;99999;"CellEnd";"Depth of cell end, ref. surface" +"DepthRefBottomEnd";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Floor";"Up";;"Z";0;12000;;;99999;"CellEnd";"Depth of cell end, ref. bottom" +"LongitudeBary";"Longitude";"Cell longitude";"longitude";"decimal_degrees_east";"WGS84";"east";;"X";-180;180;;;999;"CellBarycenter";"Longitude of cell barycenter" +"LatitudeBary";"Latitude";"Cell latitude";"latitude";"decimal_degrees_north";"WGS84";"north";;"Y";-90;90;;;999;"CellBarycenter";"Latitude of cell barycenter" +"TimeBary";"Time";"Time";"time";"days since 1899-01-01T00:00:00Z";;;"gregorian";"T";0;90000;;;99999;"CellBarycenter";"Time of cell barycenter" +"DepthRefSurfaceBary";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Surface";"Down";;"Z";0;12000;;;99999;"CellBarycenter";"Depth of cell barycenter, ref. surface" +"DepthRefBottomBary";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Floor";"Up";;"Z";0;12000;;;99999;"CellBarycenter";"Depth of cell barycenter, ref. bottom" +"LongitudeEnv";"Longitude";"Cell longitude";"longitude";"decimal_degrees_east";"WGS84";"east";;"X";-180;180;;;999;"CellEnveloppe";"Longitude of cell enveloppe point" +"LatitudeEnv";"Latitude";"Cell latitude";"latitude";"decimal_degrees_north";"WGS84";"north";;"Y";-90;90;;;999;"CellEnveloppe";"Latitude of cell enveloppe point" +"TimeEnv";"Time";"Time";"time";"days since 1899-01-01T00:00:00Z";;;"gregorian";"T";0;90000;;;99999;"CellEnveloppe";"Time of cell enveloppe point" +"DepthRefSurfaceEnv";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Surface";"Down";;"Z";0;12000;;;99999;"CellEnveloppe";"Depth of cell enveloppe point, ref. surface" +"DepthRefBottomEnv";"Depth";"Cell depth";"depth";"m";"Sea Floor";"Up";;"Z";0;12000;;;99999;"CellEnveloppe";"Depth of cell enveloppe point, ref. bottom" +"NASC";"Acoustic density";"Nautical area scattering coefficient";;"m²/nmi²";;;;;0;3000000;;;99999;"Mean"; +"sa";"Acoustic density";"Area backscattering coefficient";"sound_intensity_level_in_water";"m²/m²";;;;;0;3000000;;;99999;"Mean"; +"sv";"Acoustic density";"Volume backscattering coefficient";"acoustic_volume_backscatter";"m-1";;;;;0;99999;;;99999;"Mean"; +"Sv";"Acoustic density";"Volume backscattering strength";;"dB ref. 1m-1";;;;;-100;20;;;99999;"Mean"; +"Volume";"Volume";"Cell volume";"volume";"m3";;;;;0;99999;;;99999;"Total";"Cell volume" +"Surface";"Surface";"Cell surface";;"m2";;;;;0;99999;;;99999;"Total";"Cell area" +"ReferenceStationCatch";"ReferenceStationCatch";"ID of the fishing station associated to the cell";;;;;;;;;;;999;; +"ReferenceStationBiometry";"ReferenceStationBiometry";"ID of the fishing station with biological measurements associated to the cell";;;;;;;;;;;999;; +"Biomass";"Biomass";"Biomass estimate (in weight)";;"tons";;;;;0;999999;;;9999999;"Total";"Estimated biomass in cell" +"Abundance";"Abundance";"Abundance estimate (in number of fish)";;"no. of fish";;;;;0;999999999;;;9999999999;"Total";"Estimated abundance in cell" +"MeanLength";"MeanLength";"Mean length of fish in cell";;"cm";;;;;0;1000;;;99999;"Mean"; +"MeanWeight";"MeanWeight";"Mean weight of fish in cell";;"g";;;;;0;1000000;;;9999999;"Mean"; +"Formula";"Formula";"How was computed the sA value allocated to the cell/echotype combination?";;;;;;;;;;;;; +"MeanXe";"MeanXe";"Mean acoustic scaling factor in (region) cells";;;;;;;0;10;;;999;"Mean"; +"EsduFlag";"EsduFlag";"ESDU Flag: 0 discard, : keep";;"boolean";;;;;0;1;;;999;"Mean"; Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DataType.csv 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Surrounding nets with purse lines (purse seines) +PS;01/01/00;;1;PS;Filets tournants avec coulisse (sennes coulissantes);"Nom anglais : Surrounding nets with purse lines (purse seines) code ISSCFG : 01.1.0";07/12/2011 16:31:24.407001;1;;1;1;0 FC - NEUSTON;01/01/00;;0;NEUSTON;Chalut épi-pélagique « de surface » 1250mu;;;5;;;1;1 FILET CARRE;01/01/00;;0;CARRE;FILET CARRE 500mu;;;5;;;1;1 Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-GearMetadata.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-GearMetadata.csv 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-GearMetadata.csv 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -1,4 +1,8 @@ MetadataType;MetadataTypeMeaning;MetadataTypeGroup;OperationEvent CableLength;Length of cable used;Cable;Global MinSpeed;Minimum speed during operation;Speed;Global -MaxSpeed;Maximum speed during operation;Speed;Global \ No newline at end of file +MaxSpeed;Maximum speed during operation;Speed;Global +AverageSpeed;Average speed during operation;Speed;Global +VesselHeading;Average vessel heading during operation;Heading;Global +DriftHeading;Vessel drift heading during operation;Heading;Global +DriftSpeed;Vessel drift speed during operation;Speed;Global \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Species.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Species.csv 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Species.csv 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -215,4 +215,7 @@ 99999;99999;99999;"NONVIVA";"Non vivant";;"NONV";;"DECH-ET2" 99999;99999;99999;"NONVIVA";"Non vivant";;"NONV";;"XXXX-XX1" 99999;99999;99999;"NONVIVA";"Non vivant";;"NONV";;"XXXX-XX2" -99999;99999;99999;"NONVIVA";"Non vivant";;"NONV";;"XXXX-XXX" \ No newline at end of file +99999;99999;99999;"NONVIVA";"Non vivant";;"NONV";;"XXXX-XXX" +1866;423200000;70;"CENTNIR";"Centrolophus niger";"(Gmelin, 1789)";"CENO";;"CENT-NIR" +864;165400000;45;"CARIDAX";"Caridea";"Dana, 1852";"SOPLEOC";;"CARI-DAX" +864;165400000;45;"CARIDAX";"Caridea";"Dana, 1852";"SOPLEOC";;"CARI-DAC" \ No newline at end of file Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-03-08 17:07:22 UTC (rev 336) @@ -12,9 +12,14 @@ - valider les imports déjà réalisés - valider le référentiel définitif +Modèle +------ + Référentiels manquants ----------------------- +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Il manque encore quelques référentiels pour terminer l'import 2011. + - Gear.PROPERTY_NAME "PS" - GearMetadata.PROPERTY_NAME "AverageSpeed" - GearMetadata.PROPERTY_NAME "VesselHeading" @@ -22,8 +27,28 @@ - GearMetadata.PROPERTY_NAME "DriftSpeed" - Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE "CARI-DAC" -Pour le référentiel Strata on devrait utiliser une foreign key vers DepthStratum ? +Modification référentiel +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Lier le référentiel Strata et DepthStratum + +Déplacer les entités Echotype, LengthAgeKey et LengthWeightKey dans le +paquetage data car au final il s'agit de données et non pas référentiel. + +Base initiale +~~~~~~~~~~~~~ + +La base initiale a été au final scindée en deux : + +- une archive contenant tout le référentiel +- une archive contenant toutes les données historiques + +Divers +------ + +Vérifier la décoration de SpeciesCategory (il manque des choses) + + Import nouvelles données ------------------------

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r335 - in trunk/echobase-ui/src/main: resources/i18n webapp/WEB-INF/includes webapp/WEB-INF/jsp/user webapp/css webapp/images
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 8, 2012

March 8, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-08 18:05:49 +0100 (Thu, 08 Mar 2012) New Revision: 335 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/335 Log: add i18n actions Added: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/fr.png trunk/echobase-ui/src/main/webapp/images/gb.png Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/i18n.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/login.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) +++ trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) @@ -1,3 +1,7 @@ +echobase.action.toEnglish=Use english version +echobase.action.toFrench=Use the french version +echobase.action.usingEnglish=English version used +echobase.action.usingFrench=French version used echobase.common.importError=Message d'erreur echobase.common.importFileName=Nom du fichier importé echobase.common.nbCreatedObjects=Nombre d'objets crées Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) +++ trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) @@ -23,6 +23,10 @@ echobase.action.return=Retour echobase.action.save=Sauvegarder echobase.action.saveSqlQuery=Enregistrer la requête +echobase.action.toEnglish=Utiliser la version anglaise +echobase.action.toFrench=Utiliser la version française +echobase.action.usingEnglish=Version anglaise utilisé +echobase.action.usingFrench=Version française utilisé echobase.common.acousticDensityUnit=acousticDensityUnit echobase.common.acquisitionSoftwareVersionER60=acquisitionSoftwareVersion (ER60 instrument) echobase.common.acquisitionSoftwareVersionME70=acquisitionSoftwareVersion (ME70 instrument) Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/header.jsp 2012-03-08 17:05:49 UTC (rev 335) @@ -29,12 +29,16 @@ <div class='displayBlock top'> + <%@ include file="i18n.jsp" %> + <div class='floatLeft'> <s:a action="home" cssClass="logo" namespace="/">EchoBase</s:a> </div> <div id='headerRight'> <div> + + <s:text name="echobase.label.user.login"> <s:param> <s:property value="#session.echoBaseSession.echoBaseUser.email"/> @@ -46,10 +50,12 @@ <s:text name="echobase.action.logout"/> </s:a> </li> + <li> + </li> </ul> </div> <br/> - 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March 1, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-01 23:47:17 +0100 (Thu, 01 Mar 2012) New Revision: 334 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/334 Log: - ne plus selectionner le navire pour les imports - imports next step Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transect.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operationmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -49,6 +49,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; @@ -156,7 +157,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<AcousticDataImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); DataAcquisition dataAcquisition = null; DataProcessing dataProcessing = null; Cell esduCell = null; @@ -266,7 +267,7 @@ if (cellType == 4) { - if (log.isDebugEnabled() ) { + if (log.isDebugEnabled()) { log.debug("Esdu cell (" + esduCellId + ")"); } // this is a esdu cell row Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -51,6 +51,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModel; @@ -63,6 +64,7 @@ import java.io.Reader; import java.util.Collection; import java.util.List; +import java.util.Locale; import java.util.Map; import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; @@ -93,11 +95,8 @@ Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); - // get all operation for this voyage and this vessel - Collection<Operation> operations = voyage.getOperations(vessel); + Collection<Operation> operations = voyage.getAllOperations(); // split them by operation Id Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( @@ -191,9 +190,10 @@ Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeNoPerKg); Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + Locale locale = getLocale(); try { Import<TotalSampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TotalSampleImportModelRow row : importer) { @@ -227,7 +227,7 @@ // can not have twice same sample throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", + l_(locale, "echobase.importError.duplicate.sample", operation.getId(), sampleType.getName(), species.getBaracoudaCode(), @@ -301,7 +301,7 @@ return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + throw new ImportException(locale, inputFile, e); } finally { closeReader(reader, inputFile); } @@ -345,13 +345,12 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<SubSampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (SubSampleImportModelRow row : importer) { Operation operation = row.getOperation(); - Species species = row.getSpecies(); SizeCategory sizeCategory = row.getSizeCategory(); SexCategory sexCategory = row.getSexCategory(); @@ -435,7 +434,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<BiometrySampleImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (BiometrySampleImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,8 +42,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.MissionDAO; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransitImportModel; @@ -58,6 +58,7 @@ import java.util.Arrays; import java.util.Date; import java.util.List; +import java.util.Locale; import java.util.Map; import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; @@ -82,51 +83,39 @@ List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); - CommonDataImportMode importMode = configuration.getImportMode(); + // get usable vessels + Map<String, Vessel> vesselMap = getEntitiesMap( + Vessel.class, EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); + InputFile transectFile = configuration.getTransectFile(); - switch (importMode) { + switch (configuration.getImportMode()) { case ALL: { - Mission mission = getEntityById(Mission.class, - configuration.getMissionId()); - AreaOfOperation areaOfOperation = - getEntityById(AreaOfOperation.class, - configuration.getAreaOfOperationId()); + InputFile voyageFile = configuration.getVoyageFile(); + InputFile transitFile = configuration.getTransitFile(); + CsvFileImportResult voyageResult = importVoyageFile( - configuration.getVoyageFile(), - mission, - areaOfOperation, - configuration); + voyageFile, configuration); CsvFileImportResult transitResult = importTransitFile( - configuration.getTransitFile(), - configuration); + transitFile, configuration); - CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( - configuration.getTransectFile(), - vessel, - configuration); + transectFile, vesselMap, configuration); - addResultAndLog(result, configuration.getVoyageFile(), voyageResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getTransitFile(), transitResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getTransectFile(), transectResult, user); - + addResultAndLog(result, voyageFile, voyageResult, user); + addResultAndLog(result, transitFile, transitResult, user); + addResultAndLog(result, transectFile, transectResult, user); } break; case TRANSECT: { - CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( - configuration.getTransectFile(), - vessel, - configuration); + transectFile, vesselMap, configuration); - addResultAndLog(result, configuration.getTransectFile(), transectResult, user); + addResultAndLog(result, transectFile, transectResult, user); } break; } @@ -159,10 +148,14 @@ protected CsvFileImportResult importVoyageFile( InputFile inputFile, - Mission mission, - AreaOfOperation areaOfOperation, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { + Mission mission = getEntityById(Mission.class, + configuration.getMissionId()); + AreaOfOperation areaOfOperation = + getEntityById(AreaOfOperation.class, + configuration.getAreaOfOperationId()); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -174,10 +167,10 @@ ImportModel<Voyage> csvModel = new VoyageImportModel(getCsvSeparator()); - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - Import<Voyage> importer = Import.newImport(csvModel, reader); + Import<Voyage> importer = EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); Voyage newVoyage = null; + Locale locale = getLocale(); try { for (Voyage voyage : importer) { @@ -193,7 +186,7 @@ // this means a voyage file with more than one row not possible... throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); + l_(locale, "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); } importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Voyage); @@ -201,7 +194,7 @@ if (newVoyage == null) { throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.no.voyage.imported")); + l_(locale, "echobase.importError.no.voyage.imported")); } // push back to id of the voyage in configuration for next imports @@ -209,7 +202,7 @@ return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + throw new ImportException(locale, inputFile, e); } finally { closeReader(reader, inputFile); } @@ -240,7 +233,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<TransitImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TransitImportModelRow row : importer) { Transit transit = row.getTransit(); @@ -253,7 +246,6 @@ importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transit); } - return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); @@ -264,7 +256,7 @@ private CsvFileImportResult importTransectFile( InputFile inputFile, - Vessel vessel, + Map<String, Vessel> vesselMap, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( @@ -285,14 +277,16 @@ String binUnitsPingAxis = configuration.getTransectBinUnitsPingAxis(); TransectImportModel csvModel = - new TransectImportModel(getCsvSeparator(), voyageMap); + new TransectImportModel(getCsvSeparator(), + voyageMap, + vesselMap); TransectDAO dao = getDAO(Transect.class, TransectDAO.class); Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<TransectImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (TransectImportModelRow row : importer) { Transect transect = row.getTransect(); @@ -308,7 +302,6 @@ voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); } - transect.setVessel(vessel); transect.setDatum(datum); transect.setLicence(license); transect.setGeospatialVerticalPositive( Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,6 +45,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationImportModel; @@ -57,7 +58,6 @@ import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; import java.io.Reader; -import java.util.Arrays; import java.util.Collection; import java.util.Date; import java.util.List; @@ -93,50 +93,46 @@ Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); - // get selected vessel - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); - - // authorize only to use this vessel in import files + // get usable vessels from the voyage by their name Map<String, Vessel> vesselMap = Maps.uniqueIndex( - Arrays.asList(vessel), EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); + voyage.getAllVessels(), EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); - // get all gears by their casino gear name + // get usable gears by their casino gear name Map<String, Gear> gearMap = getEntitiesMap( Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_CASINO_GEAR_NAME); + InputFile operationFile = configuration.getOperationFile(); CsvFileImportResult nbOperations = importOperationFile( - configuration.getOperationFile(), + operationFile, voyage, vesselMap, gearMap); // get all operation for this voyage and this vessel - Collection<Operation> operations = voyage.getOperations(vessel); + Collection<Operation> operations = voyage.getAllOperations(); // split them by operation Id Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( operations, EchoBaseFunctions.OPERATION_ID); + InputFile operationMetadataFile = configuration.getOperationMetadataFile(); CsvFileImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( - configuration.getOperationMetadataFile(), + operationMetadataFile, vesselMap, operationMap); + InputFile gearMetadataFile = configuration.getGearMetadataFile(); CsvFileImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( - configuration.getGearMetadataFile(), + gearMetadataFile, vesselMap, gearMap, operationMap); - addResultAndLog(result, configuration.getOperationFile(), - nbOperations, user); + addResultAndLog(result, operationFile, nbOperations, user); - addResultAndLog(result, configuration.getOperationMetadataFile(), - nbOperationMetas, user); + addResultAndLog(result, operationMetadataFile, nbOperationMetas, user); - addResultAndLog(result, configuration.getGearMetadataFile(), - nbGearMetas, user); + addResultAndLog(result, gearMetadataFile, nbGearMetas, user); return result; } @@ -169,7 +165,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<OperationImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (OperationImportModelRow row : importer) { @@ -229,7 +225,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<OperationMetadataValueImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (OperationMetadataValueImportModelRow row : importer) { @@ -282,7 +278,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<GearMetadataValueImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (GearMetadataValueImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -48,6 +48,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchoBaseImport; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; @@ -111,41 +112,38 @@ Species.class, EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); - if (configuration.getLengthAgeKeyFile().hasFile()) { + InputFile inputFile = configuration.getLengthAgeKeyFile(); + if (inputFile.hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( - configuration.getLengthAgeKeyFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - - addResultAndLog(result, configuration.getLengthAgeKeyFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } - if (configuration.getLengthWeightKeyFile().hasFile()) { + inputFile = configuration.getLengthWeightKeyFile(); + if (inputFile.hasFile()) { CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( - configuration.getLengthWeightKeyFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - addResultAndLog(result, configuration.getLengthWeightKeyFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } - if (configuration.getEchotypeFile().hasFile()) { + inputFile = configuration.getEchotypeFile(); + if (inputFile.hasFile()) { CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( - configuration.getEchotypeFile(), + inputFile, voyageMap, speciesMap ); - - addResultAndLog(result, configuration.getEchotypeFile(), - importResult, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); } break; @@ -205,7 +203,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<Cell> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (Cell row : importer) { @@ -238,7 +236,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<RegionCellAssociationImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (RegionCellAssociationImportModelRow row : importer) { @@ -286,7 +284,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<LengthWeightKeyImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (LengthWeightKeyImportModelRow row : importer) { @@ -352,7 +350,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<LengthAgeKeyImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (LengthAgeKeyImportModelRow row : importer) { @@ -401,7 +399,7 @@ Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<EchotypeImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); + EchoBaseImport.newImport(csvModel, reader); for (EchotypeImportModelRow row : importer) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CatchesDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,9 +42,6 @@ /** Selected voyage id where to import datas. */ protected String voyageId; - /** Selected vessel id to find out transect where to import datas. */ - protected String vesselId; - /** Sample file to import. */ protected final InputFile totalSampleFile; @@ -71,14 +68,6 @@ this.voyageId = voyageId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public InputFile getTotalSampleFile() { return totalSampleFile; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/CommonDataImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -51,9 +51,6 @@ /** Selected area of operation to use for voyage. */ protected String areaOfOperationId; - /** Selected vessel to use for transect. */ - protected String vesselId; - /** Manual description of voyage. */ protected String voyageDescription; @@ -114,14 +111,6 @@ this.areaOfOperationId = areaOfOperationId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public String getVoyageId() { return voyageId; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/OperationImportConfiguration.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -42,9 +42,6 @@ /** Selected voyage id where to import datas. */ protected String voyageId; - /** Selected vessel to use for transect. */ - protected String vesselId; - /** operation file to import. */ protected final InputFile operationFile; @@ -71,14 +68,6 @@ this.voyageId = voyageId; } - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - public InputFile getOperationFile() { return operationFile; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,9 +45,9 @@ super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById);//C + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname");//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E + newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById); ;//E newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F // newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\dataType");//G Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -120,6 +120,19 @@ }; + public static final ValueParser<Integer> NA_TO_INTEGER_PARSER = new IntegerParserFormatter(null, true) { + + @Override + protected Integer parseNoneEmptyValue(String value) { + Integer result = null; + if (!"NA".equals(value)) { + result = super.parseNoneEmptyValue(value); + } + return result; + } + + }; + public static class AssociationValueParserFormatter<E extends TopiaEntity> implements ValueParserFormatter<Collection<E>> { protected final Class<E> entityType; Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -0,0 +1,115 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.csv; + +import org.nuiton.util.StringUtil; +import org.nuiton.util.csv.Import; +import org.nuiton.util.csv.ImportModel; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; +import org.nuiton.util.csv.ImportableColumn; + +import java.io.InputStream; +import java.io.Reader; +import java.util.ArrayList; +import java.util.LinkedList; +import java.util.List; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +/** + * This extends of the {@link Import} offers to allow case on header names. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class EchoBaseImport<E> extends Import<E> { + + public static <E> EchoBaseImport<E> newImport(ImportModel<E> model, + InputStream inputStream) { + return new EchoBaseImport<E>(model, inputStream); + } + + public static <E> EchoBaseImport<E> newImport(ImportModel<E> model, + Reader reader) { + return new EchoBaseImport<E>(model, reader); + } + + public EchoBaseImport(ImportModel<E> importModel, InputStream inputStream) { + super(importModel, inputStream); + } + + public EchoBaseImport(ImportModel<E> importModel, Reader reader) { + super(importModel, reader); + } + + @Override + protected void checkAllMandatoryHeadersArePresent(String[] headers) { + + List<String> csvHeaders = new ArrayList<String>(); + for (String header : headers) { + csvHeaders.add(header.toLowerCase()); + } +// Collections.addAll(csvHeaders, headers); + + List<String> mandatoryHeadersNames = new ArrayList<String>(); + for (ImportableColumn<E, ?> field : getAllMandatoryHeaders()) { +// mandatoryHeadersNames.add(field.getHeaderName()); + mandatoryHeadersNames.add(field.getHeaderName().toLowerCase()); + } + mandatoryHeadersNames.removeAll(csvHeaders); + + if (!mandatoryHeadersNames.isEmpty()) { + String validationMessage = + _("csv.import.error.missingMandatoryHeaders", + StringUtil.join(mandatoryHeadersNames, ", ", true)); + throw new ImportRuntimeException(validationMessage); + } + } + + @Override + protected void checkHeaderNamesAreAllKnown(String[] headers) { + List<String> csvHeaders = new ArrayList<String>(); + for (String header : headers) { + csvHeaders.add(header.toLowerCase()); + } +// Collections.addAll(csvHeaders, headers); + + for (ImportableColumn<E, ?> field : model.getColumnsForImport()) { + csvHeaders.remove(field.getHeaderName().toLowerCase()); +// csvHeaders.remove(field.getHeaderName()); + } + if (!csvHeaders.isEmpty()) { + List<String> validHeaderNames = new LinkedList<String>(); + for (ImportableColumn<E, ?> importableColumn : + model.getColumnsForImport()) { + validHeaderNames.add(importableColumn.getHeaderName()); + } + String validationMessage = + _("csv.import.error.unrecognizedHeaders", + StringUtil.join(csvHeaders, ", ", true), + StringUtil.join(validHeaderNames, ", ", true)); + throw new ImportRuntimeException(validationMessage); + } + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchoBaseImport.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -76,7 +76,7 @@ newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_NUMBER_AT_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_LENGTH_CLASS); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -61,11 +61,11 @@ newForeignKeyColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); + newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.NA_TO_INTEGER_PARSER); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SORTED_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -25,6 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import java.util.Map; @@ -37,12 +38,17 @@ public class TransectImportModel extends CsvModelUtil.AbstractImportModel<TransectImportModelRow> { public TransectImportModel(char separator, - Map<String, Voyage> voyageMap) { + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Vessel> vesselMap) { super(separator); newForeignKeyColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn( + "vesselName", Transect.PROPERTY_VESSEL, + Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_STRATUM); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModelRow.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -26,6 +26,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.TransectImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import java.io.Serializable; import java.util.Date; @@ -117,4 +118,8 @@ public void setStratum(String stratum) { transect.setStratum(stratum); } + + public void setVessel(Vessel vessel) { + transect.setVessel(vessel); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_en_GB.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,3 +1,5 @@ +csv.import.error.missingMandatoryHeaders= +csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.associationFile= echobase.common.biometrySampleFile= echobase.common.cellPositionReference.end= Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/i18n/echobase-services_fr_FR.properties 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,3 +1,5 @@ +csv.import.error.missingMandatoryHeaders= +csv.import.error.unrecognizedHeaders= echobase.common.associationFile=Fichier d'associations de cellules echobase.common.biometrySampleFile=Fichier BiometrySample echobase.common.cellPositionReference.end=Fin Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -27,11 +27,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -50,7 +46,8 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -61,19 +58,18 @@ @Test public void doImport() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); - assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); - assertNbEntities(Cell.class, 0); - assertNbEntities(Data.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(DataAcquisition.class, + DataProcessing.class, + Cell.class, + Data.class); + AcousticDataImportConfiguration conf = new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + conf.setVesselId(ImportDataConstants.VESSEL_ID); conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); @@ -112,10 +108,12 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, 427, 0, 427); - assertCsvImportResult(importResult, Data.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, ImportDataConstants.NB_DATA_ACQUISITION); + assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, ImportDataConstants.NB_DATA_PROCESSING); + assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, ImportDataConstants.NB_CELL); + assertCsvImportResult(importResult, Data.class, ImportDataConstants.NB_DATA); + + assertImportAcousticDatas(); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,13 +23,8 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Sample; import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -49,7 +44,8 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -57,57 +53,94 @@ } @Test - public void doImportTotalSample() throws Exception { + public void doImportAllSamples() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); +// prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), +// getImportPath("biometrysample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); //FIXME : Il reste des NA //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAX"); - service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CENT-NIR"); + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); +// Assert.assertEquals(3, result.size()); + Assert.assertEquals(2, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult; + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_TOTAL, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_TOTAL, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_UNSORTED, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED, 0, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); +// importResult = iterator.next(); +// assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, NB_SAMPLE_BIOMETRY, 0, NB_SAMPLE); +// assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY, 0, NB_SAMPLE_DATA); + + assertImportSampleDatas(); + } + + @Ignore + @Test + public void doImportTotalSample() throws Exception { + + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(getVoyageId()); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); CsvFileImportResult importResult = result.get(0); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 800, 0, 800); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1198, 0, 1198); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_TOTAL); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_TOTAL); } + @Ignore @Test public void doImportSubSample() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); @@ -115,6 +148,10 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); + //FIXME : Il reste des NA + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Species.class), Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, "CARI-DAC"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); @@ -122,26 +159,22 @@ Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 399); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 5042); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_UNSORTED); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED); } @Ignore @Test public void doImportBiometrySample() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertImportOperations(); + assertNoEntities(Sample.class, SampleData.class); CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); @@ -155,8 +188,8 @@ Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 619, 0, 4680); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_BIOMETRY); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -25,7 +25,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -44,7 +43,8 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } @Test @@ -52,20 +52,17 @@ // import with mode transect - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertImportCommonData(); CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); + conf.setAreaOfOperationId(ImportDataConstants.AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); @@ -74,15 +71,18 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); + // let's delete every transects + for (Transit transit : getEntities(Transit.class)) { + transit.clearTransect(); + } List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 362); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, + ImportDataConstants.NB_TRANSECT); - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 362); + assertImportCommonData(); } protected String[] getImportPath(String filename) { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -43,9 +43,10 @@ */ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { - + @Override protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); } @Test @@ -53,24 +54,21 @@ // no data in db - assertNbEntities(Voyage.class, 0); - assertNbEntities(Transit.class, 0); - assertNbEntities(Transect.class, 0); + assertNoEntities(Voyage.class, Transit.class, Transect.class); // import with mode all (voyage / transit / transect) CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); + conf.setAreaOfOperationId(ImportDataConstants.AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setMissionId(MISSION_ID); + conf.setMissionId(ImportDataConstants.MISSION_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); @@ -87,9 +85,11 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, 1, 0, 1); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, 3, 0, 3); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 181); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, ImportDataConstants.NB_VOYAGE); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, ImportDataConstants.NB_TRANSIT); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, ImportDataConstants.NB_TRANSECT); + + assertImportCommonData(); } protected String[] getImportPath(String filename) { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -28,6 +28,18 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Sample; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.logging.Log; @@ -53,20 +65,6 @@ */ public abstract class EchoBaseTestServiceSupport extends EchoBaseServiceSupport { - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; - - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; - - public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; - - public static final String VOYAGE_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329522708879#0.8413295564795277"; - - public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; - - public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; - - public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; - /** Logger. */ private static final Log log = LogFactory.getLog(EchoBaseTestServiceSupport.class); @@ -115,6 +113,17 @@ protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, Class<E> entityType, + int numberCreated) throws TopiaException { + assertCsvImportResult(actual, + entityType, + numberCreated, + 0, + numberCreated); + + } + + protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, + Class<E> entityType, int numberCreated, int numberUpdated, int nbCount) throws TopiaException { @@ -132,4 +141,40 @@ long count = getDAO(entityType).count(); Assert.assertEquals(count, expectedNumber); } + + public void assertNoEntities(Class<?>... classes) throws TopiaException { + for (Class<?> aClass : classes) { + assertNbEntities((Class<? extends TopiaEntity>) aClass, 0); + } + } + + public void assertImportCommonData() throws TopiaException { + assertNbEntities(Voyage.class, ImportDataConstants.NB_VOYAGE); + assertNbEntities(Transit.class, ImportDataConstants.NB_TRANSIT); + assertNbEntities(Transect.class, ImportDataConstants.NB_TRANSECT); + } + + public void assertImportOperations() throws TopiaException { + assertNbEntities(Operation.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION); + assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION_METADATAVALUE); + assertNbEntities(GearMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_GEAR_METADATAVALUE); + } + + public void assertImportSampleDatas() throws TopiaException { + assertNbEntities(Sample.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE); + assertNbEntities(SampleData.class, ImportDataConstants.NB_SAMPLE_DATA); + } + + public void assertImportAcousticDatas() throws TopiaException { + assertNbEntities(DataAcquisition.class, ImportDataConstants.NB_DATA_ACQUISITION); + assertNbEntities(DataProcessing.class, ImportDataConstants.NB_DATA_PROCESSING); + assertNbEntities(Cell.class, ImportDataConstants.NB_CELL); + assertNbEntities(Data.class, ImportDataConstants.NB_DATA); + } + + protected String getVoyageId() { + Voyage voyage = getEntities(Voyage.class).get(0); + Preconditions.checkNotNull(voyage); + return voyage.getTopiaId(); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -45,13 +45,13 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } @Test public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); + conf.setVoyageIds(new String[]{getVoyageId()}); File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); @@ -71,8 +71,10 @@ @Test public void replicateVoyageEntity() throws Exception { + String voyageId = getVoyageId(); + // create new H2 dataBase in target/voyageId - TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, VOYAGE_ID); + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); @@ -80,7 +82,7 @@ getService(EmbeddedApplicationService.class); EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); + conf.setVoyageIds(new String[]{voyageId}); TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, testBaseDir, false); @@ -90,7 +92,7 @@ try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(VOYAGE_ID); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); // assert voyage is in new base Assert.assertNotNull(voyageReplicated); Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -0,0 +1,90 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +/** + * constants for import data tests. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ImportDataConstants { + + protected ImportDataConstants() { + } + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; + + public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; + + public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; + + public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; + + public static final int NB_VOYAGE = 1; + + public static final int NB_TRANSIT = 3; + + public static final int NB_TRANSECT = 251; + + public static final int NB_OPERATION = 131; + + public static final int NB_OPERATION_METADATAVALUE = 393; + + public static final int NB_GEAR_METADATAVALUE = 917; + + public static final int NB_SAMPLE_TOTAL = 1232; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_TOTAL = 1834; + + public static final int NB_SAMPLE_UNSORTED = 605; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED = 8057; + + public static final int NB_SAMPLE_BIOMETRY = 0; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY = 0; + + public static final int NB_SAMPLE = NB_SAMPLE_TOTAL + NB_SAMPLE_UNSORTED + NB_SAMPLE_BIOMETRY; + + public static final int NB_SAMPLE_DATA = NB_SAMPLE_DATA_TOTAL + NB_SAMPLE_DATA_UNSORTED + NB_SAMPLE_DATA_BIOMETRY; + + public static final int NB_DATA_ACQUISITION = 61; + + public static final int NB_DATA_PROCESSING = 183; + + public static final int NB_CELL = 427; + + public static final int NB_DATA = 427; + + public static final int NB_LENGTH_AGE_KEY = 404; + + public static final int NB_LENGTH_WEIGHT_KEY = 7; + + public static final int NB_ECHOTYPE = 8; +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ImportDataConstants.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,15 +23,11 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Gear; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -49,7 +45,8 @@ public class OperationImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + return new FakeEchoBaseServiceContext( + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -59,18 +56,16 @@ @Test public void doImport() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 0); - assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 0); - assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(Operation.class, + OperationMetadataValue.class, + GearMetadataValue.class); + OperationImportConfiguration conf = new OperationImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); - conf.setVesselId(VESSEL_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); prepareInputFile(conf.getOperationFile(), getImportPath("operation.csv")); @@ -84,6 +79,7 @@ //FIXME : Encore des chalut mal nommé Chalut aa/bb au lieu de aaxbb //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Gear.class), Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, "PS"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftHeading"); @@ -94,12 +90,10 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION); + assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_OPERATION_METADATAVALUE); + assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, ImportDataConstants.NB_GEAR_METADATAVALUE); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 183); - assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 427); + assertImportOperations(); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -23,13 +23,9 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -48,7 +44,7 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + ImportDataConstants.IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -58,15 +54,13 @@ @Test public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(LengthAgeKey.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(LengthAgeKey.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), @@ -75,29 +69,25 @@ ResultsImportService service = getService(ResultsImportService.class); - //FIXME : remove this when db will have such data - service.create(getDAO(Strata.class), Strata.PROPERTY_NAME, "ALL"); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, 404, 0, 404); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, + ImportDataConstants.NB_LENGTH_AGE_KEY); } @Test public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(LengthWeightKey.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(LengthWeightKey.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), @@ -111,21 +101,20 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, 7, 0, 7); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, + ImportDataConstants.NB_LENGTH_WEIGHT_KEY); } @Test public void doImportEchotype() throws Exception { - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Echotype.class, 0); + assertImportCommonData(); + assertNoEntities(Echotype.class); ResultsImportConfiguration conf = new ResultsImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVoyageId(getVoyageId()); conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); @@ -138,7 +127,8 @@ Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, 8, 0, 8); + assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, + ImportDataConstants.NB_ECHOTYPE); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,2547 +1,4062 @@ 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II";"P0545";"CLAS";"30/05/2011 16:59:20";44.26752465;-1.53255675;44.2664178;-1.56542;"30/05/2011 17:39:30";44.2686315;-1.4996935;"76x70" "THALASSA II";"P0553";"CLAS";"31/05/2011 16:00:50";44.27961675;-1.58057055;44.252785;-1.5739693;"31/05/2011 16:48:07";44.3064485;-1.5871718;"76x70" -"THALASSA II";"P0554";"CLAS";"31/05/2011 17:28:44";44.2998278;-1.540415;44.3192688;-1.5419232;"31/05/2011 18:03:21";44.2803868;-1.5389068;"76x70" +"Arlequin2 / la colombine";"P5001";"SURF";"27/04/2011 09:10:00";43.73308333335;-1.56533333335;43.7055;-1.5896666667;"27/04/2011 10:39:00";43.7606666667;-1.541;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5002";"SURF";"27/04/2011 15:13:00";43.8640833333;-2.02183333335;43.8708333333;-2.0301666667;"27/04/2011 16:33:00";43.8573333333;-2.0135;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5003";"SURF";"27/04/2011 17:51:00";43.8825;-2.1353333333;43.8628333333;-2.1308333333;"27/04/2011 18:39:00";43.9021666667;-2.1398333333;"PTM" +"Arlequin2 / la colombine";"P5004";"SURF";"28/04/2011 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+"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;11.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;12;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;12.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;13;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;13.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;14;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;14.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;15;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;15.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;16;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;16.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;17;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;17.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;18;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;18.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;19;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;19.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;20;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;20.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;21;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;21.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;22;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;22.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;23;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;23.5;0.166666666666667;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;24;1;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;24.5;0.5;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";8;25;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;10.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;11;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;11.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;12;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;12.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;13;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;13.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;14;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;14.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;15;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;15.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;16;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;16.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;17;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;17.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;18;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;18.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;19;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;19.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;20;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;20.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;21;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;21.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;22;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;22.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;23;0.15;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;23.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;24;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;24.5;0;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne +"PELGAS2011";"SARD-PIL";9;25;1;"Ifremer reading";Golfe de Gascogne Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -1,8 +1,8 @@ -"voyage";"sizeCategory";"aParameter";"bParameter";"baracoudacode" -"PELGAS2011";0;0.00303825492018371;3.29818993893492;"ENGR-ENC" -"PELGAS2011";0;0.00408918945552281;3.10229886044925;"MICR-POU" -"PELGAS2011";0;0.00883848417892924;2.95633231853268;"SARD-PIL" -"PELGAS2011";0;0.00453442945694522;3.17499018249429;"SCOM-JAP" -"PELGAS2011";0;0.00811235727378315;2.96893493662759;"SCOM-SCO" -"PELGAS2011";0;0.00800415913305456;3.01986613213797;"TRAC-TRU" -"PELGAS2011";0;;;"SPRA-SPR" \ No newline at end of file +"voyage";"sizeCategory";"aParameter";"bParameter";"baracoudaCode" +"PELGAS2011";0;2.52801249664511;3.37177078594625;"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";0;3.21173143972853;3.21285259302551;"MICR-POU" +"PELGAS2011";0;13.3894175981175;2.81779450511063;"SARD-PIL" +"PELGAS2011";0;9.06556472909567;2.98276014889499;"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";0;8.9687507631832;2.9589456181782;"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";0;37.1383373474989;2.33465223903198;"SPRA-SPR" +"PELGAS2011";0;30.3167531156038;2.63501964156738;"TRAC-TRU" Added: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt (rev 0) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-03-01 22:47:17 UTC (rev 334) @@ -0,0 +1,98 @@ +projet echobase +--------------- + +Mercredi 07 mars 2012 (Ifremer) + +Présents : Mathieu et Tony + +Planning +-------- + +- import nouvelles données +- valider les imports déjà réalisés +- valider le référentiel définitif + +Référentiels manquants +---------------------- + +- Gear.PROPERTY_NAME "PS" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "AverageSpeed" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "VesselHeading" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "DriftHeading" +- GearMetadata.PROPERTY_NAME "DriftSpeed" +- Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE "CARI-DAC" + +Pour le référentiel Strata on devrait utiliser une foreign key vers DepthStratum ? + +Import nouvelles données +------------------------ + +Import Common datas +=================== + +Ok n'utilise plus un vessel saisi par l'utilisateur. + +Import Operations +================= + +Input : +- voyage + +Operation +_________ + +OperationMetaDataValue +______________________ + +GearMetaDataValue +_________________ + +Import Samples +============== + +- voyage + +- fichier Sample Total +- fichier SampleData Sub + +Import Acoustic data +==================== + + +Import résultats +================ + +mode 1: import au niveau du voyage + - sélection voyage + - fichier echotype + - relations taille-poids + - relations taille-age + +Chaque import est indépendant et optionnel. + +OK réalisé. + +mode 2: import des régions et résultats + - sélection voyage + - fichier définition des régions + - fichier association des cellules + - fichier résultats + +mode 3: import des résultats cellules esdu + - sélection voyage + - sélection navire + - fichier résultats + + on retrouvera les transits via les plages temporelles + +Action +------ + +- Tony + +- Mathieu + + +Prochaine réunion : + + - ? \ No newline at end of file Property changes on: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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r333 - in trunk/echobase-ui/src/main: java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData webapp/WEB-INF/jsp/importData webapp/WEB-INF/jsp/user
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 1, 2012

March 1, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-01 23:45:19 +0100 (Thu, 01 Mar 2012) New Revision: 333 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/333 Log: - ne plus configurer le navire pour les imports de donn?\195?\169es - am?\195?\169liration des actions (utilisation de l'attribut key au lieu de label) Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCatchesData.java trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCommonData.java trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureOperation.java trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureAccousticData.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCatchesData.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCommonData.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureOperation.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureResults.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/createMission.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/selectImportType.jsp trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/user/Delete.jsp Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCatchesData.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCatchesData.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCatchesData.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -24,7 +24,6 @@ package fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceSupport; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; @@ -44,9 +43,6 @@ /** Universe of existing voyages. */ protected Map<String, String> voyages; - /** Universe of existing vessels. */ - protected Map<String, String> vessels; - public ConfigureCatchesData() { super(CatchesDataImportConfiguration.class); } @@ -65,7 +61,6 @@ newService(EchoBaseServiceSupport.class); voyages = loadSortAndDecorate(service, Voyage.class); - vessels = loadSortAndDecorate(service, Vessel.class); return INPUT; } @@ -74,10 +69,6 @@ return voyages; } - public Map<String, String> getVessels() { - return vessels; - } - public void setTotalSampleFile(File file) { getModel().getTotalSampleFile().setFile(file); } Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCommonData.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCommonData.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureCommonData.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -27,7 +27,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceSupport; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; @@ -54,9 +53,6 @@ /** Universe of existing area of operations. */ protected Map<String, String> areaOfOperations; - /** Universe of existing vessels. */ - protected Map<String, String> vessels; - /** Universe of possible import modes. */ protected Map<String, String> importModes; @@ -80,7 +76,6 @@ missions = loadSortAndDecorate(service, Mission.class); voyages = loadSortAndDecorate(service, Voyage.class); areaOfOperations = loadSortAndDecorate(service, AreaOfOperation.class); - vessels = loadSortAndDecorate(service, Vessel.class); importModes = decorateEnums(CommonDataImportMode.values()); if (getModel().getImportMode() == null) { @@ -115,10 +110,6 @@ return areaOfOperations; } - public Map<String, String> getVessels() { - return vessels; - } - public Map<String, String> getImportModes() { return importModes; } Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureOperation.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureOperation.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureOperation.java 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -24,7 +24,6 @@ package fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceSupport; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; @@ -44,9 +43,6 @@ /** Universe of existing voyages. */ protected Map<String, String> voyages; - /** Universe of existing vessels. */ - protected Map<String, String> vessels; - public ConfigureOperation() { super(OperationImportConfiguration.class); } @@ -65,7 +61,6 @@ newService(EchoBaseServiceSupport.class); voyages = loadSortAndDecorate(service, Voyage.class); - vessels = loadSortAndDecorate(service, Vessel.class); return INPUT; } @@ -73,10 +68,6 @@ return voyages; } - public Map<String, String> getVessels() { - return vessels; - } - public void setOperationFile(File file) { getModel().getOperationFile().setFile(file); } Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureAccousticData.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureAccousticData.jsp 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureAccousticData.jsp 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -122,8 +122,7 @@ </fieldset> <br/> - <s:submit action="configureAccousticData" - value='%{getText("echobase.action.import")}'/> + <s:submit action="configureAccousticData" key='echobase.action.import'/> </s:form> Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCatchesData.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCatchesData.jsp 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCatchesData.jsp 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -34,13 +34,7 @@ <script type="text/javascript"> jQuery(document).ready(function () { - $.autoSelectVoyageAndVessel( - $('[name="model.voyageId"]'), - $('[name="model.vesselId"]'), - '<s:url action="getVesselsForVoyage" namespace="/importData"/>', - '<s:property value="model.voyageId"/>', - '<s:property value="model.vesselId"/>' - ); + }); </script> @@ -55,9 +49,6 @@ label='%{getText("echobase.common.voyage")}' list="voyages" headerKey="" headerValue=""/> - <sj:select key="model.vesselId" required="true" - label='%{getText("echobase.common.vessel")}'/> - <s:file key="totalSampleFile" required="true" label='%{getText("echobase.common.totalSampleFile")}'/> @@ -69,8 +60,7 @@ </fieldset> <br/> - <s:submit action="configureCatchesData" - value='%{getText("echobase.action.import")}'/> + <s:submit action="configureCatchesData" key='echobase.action.import'/> </s:form> \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCommonData.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCommonData.jsp 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureCommonData.jsp 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -35,7 +35,7 @@ $('[name="model.importMode"]').change(function (event) { $('[class~="importMode"]').hide(); $('#' + this.value).show(); - $('#' + this.value+' .errorMessage').hide(); + $('#' + this.value + ' .errorMessage').hide(); }); var incomingVal = $('[name="model.importMode"][checked="checked"]').val(); @@ -44,7 +44,8 @@ }); </script> -<s:radio id='mode' key='model.importMode' list="importModes" cssClass="cleanBoth" +<s:radio id='mode' key='model.importMode' list="importModes" + cssClass="cleanBoth" label='%{getText("echobase.common.importMode")}' required="true" template="myradiomap"/> @@ -71,10 +72,6 @@ label='%{getText("echobase.common.areaOfOperation")}' list="areaOfOperations" headerKey="" headerValue=""/> - <s:select key="model.vesselId" required="true" - label='%{getText("echobase.common.vessel")}' - list="vessels" headerKey="" headerValue=""/> - <s:textfield key="model.voyageDescription" size="40" required="true" label='%{getText("echobase.common.voyageDescription")}'/> @@ -110,8 +107,7 @@ <s:text name="echobase.information.create.mission"/> </s:a> <br/> - <s:submit action="ConfigureCommonData-modeAll" - value='%{getText("echobase.action.import")}'/> + <s:submit action="ConfigureCommonData-modeAll" key='echobase.action.import'/> </s:form> @@ -131,10 +127,6 @@ label='%{getText("echobase.common.voyage")}' list="voyages" headerKey="" headerValue=""/> - <s:select key="model.vesselId" required="true" - label='%{getText("echobase.common.vessel")}' - list="vessels" headerKey="" headerValue=""/> - <s:textfield key="model.datum" size="40" required="true" label='%{getText("echobase.common.datum")}'/> @@ -155,7 +147,7 @@ <br/> <s:submit action="ConfigureCommonData-modeTransect" - value='%{getText("echobase.action.import")}'/> + key='echobase.action.import'/> </s:form> \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureOperation.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureOperation.jsp 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/importData/configureOperation.jsp 2012-03-01 22:45:19 UTC (rev 333) @@ -31,19 +31,6 @@ Configuration <s:text name="echobase.common.importDataMode.operation"/> </title> -<script type="text/javascript"> - - jQuery(document).ready(function () { - $.autoSelectVoyageAndVessel( - $('[name="model.voyageId"]'), - $('[name="model.vesselId"]'), - '<s:url action="getVesselsForVoyage" namespace="/importData"/>', - '<s:property value="model.voyageId"/>', - '<s:property value="model.vesselId"/>' - ); 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r332 - in trunk/echobase-entities/src: main/java/fr/ifremer/echobase main/java/fr/ifremer/echobase/entities main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data main/resources/i18n main/xmi test/java/fr/ifremer/echobase/entities
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 1, 2012

March 1, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-01 23:41:46 +0100 (Thu, 01 Mar 2012) New Revision: 332 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/332 Log: - modify Echotype entity - consider Echotype, LengthAgeKey and LengthWeightKey as data (since they are only attach to Voyage) - add getAllOperations on Voyage Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_en_GB.properties trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -51,6 +51,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.VesselType; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; import java.io.File; @@ -86,6 +87,13 @@ } }; + public static final Function<VesselType, String> VESSEL_TYPE_NAME = new Function<VesselType, String>() { + @Override + public String apply(VesselType input) { + return input.getName(); + } + }; + public static final Function<AcousticInstrument, String> ACOUSTIC_INSTRUMENT_ID = new Function<AcousticInstrument, String>() { @Override public String apply(AcousticInstrument input) { @@ -209,13 +217,6 @@ } }; -// public static final Function<Gear, String> GEAR_GEAR_CODE = new Function<Gear, String>() { -// @Override -// public String apply(Gear input) { -// return input.getGearCode(); -// } -// }; - public static final Function<Operation, String> OPERATION_ID = new Function<Operation, String>() { @Override public String apply(Operation input) { Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -23,6 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase; +import com.google.common.base.Preconditions; import com.google.common.collect.Sets; import com.google.common.io.Closeables; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseDAOHelper; @@ -65,6 +66,8 @@ InputStream input = null; try { input = getClass().getResourceAsStream(configPath); + Preconditions.checkNotNull(input, "Could not find resource " + + configPath); properties.load(input); } catch (IOException e) { throw new RuntimeException(e); Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtil.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -60,6 +60,10 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.Sample); result.add(EchoBaseEntityEnum.SampleData); + result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); + return result.toArray(new EchoBaseEntityEnum[result.size()]); } @@ -85,6 +89,11 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition); result.add(EchoBaseEntityEnum.Transect); result.add(EchoBaseEntityEnum.Transit); + + result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); + result.add(EchoBaseEntityEnum.Voyage); return result.toArray(new EchoBaseEntityEnum[result.size()]); @@ -122,10 +131,10 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.SampleDataType); result.add(EchoBaseEntityEnum.SampleType); result.add(EchoBaseEntityEnum.Vessel); - result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); result.add(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata); - result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); - result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.CellType); result.add(EchoBaseEntityEnum.Impacte); result.add(EchoBaseEntityEnum.Mission); @@ -183,12 +192,12 @@ result.add(EchoBaseEntityEnum.GearMetadata); result.add(EchoBaseEntityEnum.GearCharacteristicValue); result.add(EchoBaseEntityEnum.Gear); - result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.SpeciesCategory); - result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); result.add(EchoBaseEntityEnum.TSParameters); - result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); +// result.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); result.add(EchoBaseEntityEnum.DataMetadata); result.add(EchoBaseEntityEnum.Category); result.add(EchoBaseEntityEnum.CategoryRef); Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -113,6 +113,23 @@ } @Override + public Collection<Operation> getAllOperations() { + Collection<Operation> result = Lists.newArrayList(); + if (!isTransitEmpty()) { + for (Transit transit : getTransit()) { + if (!transit.isTransectEmpty()) { + for (Transect transect : transit.getTransect()) { + if (!transect.isOperationEmpty()) { + result.addAll(transect.getOperation()); + } + } + } + } + } + return result; + } + + @Override public Collection<Operation> getOperations(Vessel vessel) { Preconditions.checkNotNull(vessel); Modified: trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_en_GB.properties 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_en_GB.properties 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -249,8 +249,10 @@ echobase.common.transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship= echobase.common.transducerAcquisitionPsi= echobase.common.transducerAperture= +echobase.common.transducerAzimuth= echobase.common.transducerBeams= echobase.common.transducerDepth= +echobase.common.transducerElevation= echobase.common.transducerLocation= echobase.common.transducerModel= echobase.common.transducerOrientation= Modified: trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/main/resources/i18n/echobase-entities_fr_FR.properties 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -249,8 +249,10 @@ echobase.common.transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship= echobase.common.transducerAcquisitionPsi= echobase.common.transducerAperture= +echobase.common.transducerAzimuth= echobase.common.transducerBeams= echobase.common.transducerDepth= +echobase.common.transducerElevation= echobase.common.transducerLocation= echobase.common.transducerModel= echobase.common.transducerOrientation= Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo =================================================================== (Binary files differ) Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) +++ trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-03-01 22:41:46 UTC (rev 332) @@ -63,6 +63,9 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Mission.class.getPackage())); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); @@ -80,6 +83,9 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Mission.class.getPackage())); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + expectedTypes.remove(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); @@ -97,7 +103,9 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Voyage.class.getPackage())); - + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); Assert.assertNotNull(types); for (EchoBaseEntityEnum type : expectedTypes) { @@ -115,7 +123,10 @@ List<EchoBaseEntityEnum> expectedTypes = Lists.newArrayList(getContractsOf(Voyage.class.getPackage())); - + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); + expectedTypes.add(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); + Assert.assertNotNull(types); for (EchoBaseEntityEnum type : expectedTypes) {

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r331 - in trunk/echobase-tools/src: main/java/fr/ifremer/echobase/tools main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders test/java/fr/ifremer/echobase/tools test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders test/resources test/resources/csv/new
by tchemit＠users.forge.codelutin.com March 1, 2012

March 1, 2012

Author: tchemit Date: 2012-03-01 23:40:15 +0100 (Thu, 01 Mar 2012) New Revision: 331 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/331 Log: updates referentiels + use no more baracouda for referentiel Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AcousticInstrument.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AreaOfOperation.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DepthStratum.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-EchotypeCategory.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Mission.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Vessel.csv Removed: trunk/echobase-tools/src/test/resources/echobase-test.properties Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbCreator.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoader.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellTypeLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselTypeLoaderIT.java trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-CellType.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Gear.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-ReferenceDatum.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Strata.csv trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-VesselType.csv Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbCreator.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbCreator.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbCreator.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -32,6 +32,8 @@ import com.healthmarketscience.jackcess.Table; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseIOUtil; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EntitiesUtil; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -117,31 +119,66 @@ } } - public void createEchoBaseDb(File sourceDir, - File outputDir, - File zipFile) throws IOException, TopiaException { + public void createEchoBaseLegacyDataDb(File sourceDir, + File outputDir, + File zipFile) throws IOException, TopiaException { File newDir = new File(sourceDir, FileType.NEW.name().toLowerCase()); File baracoudaDir = new File(sourceDir, FileType.BARACOUDA.name().toLowerCase()); File associationDir = new File(sourceDir, FileType.ASSOCIATION.name().toLowerCase()); - FileFilter filter = new FileFilter() { - @Override - public boolean accept(File pathname) { - return pathname.isFile() && pathname.getName().endsWith(".csv"); + FileFilter entityFile = new EntityFileFilter(EntitiesUtil.getDataTypes()); + FileFilter associationFileFilter = new AssociationFileFilter(EntitiesUtil.getDataTypes()); + + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(outputDir); + + Multimap<String, File> filesToTreate = ArrayListMultimap.create(); + for (File file : newDir.listFiles(entityFile)) { + filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); + } + for (File file : baracoudaDir.listFiles(entityFile)) { + filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); + } + for (File file : associationDir.listFiles(associationFileFilter)) { + filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); + } + + for (String filename : filesToTreate.keySet()) { + File destination = new File(outputDir, filename); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Generate to " + destination.getName()); } - }; + EchoBaseIOUtil.copyFile(destination, filesToTreate.get(filename)); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Create distribution to " + zipFile); + } + + EchoBaseIOUtil.compressZipFile(zipFile, outputDir, false); + } + + public void createEchoBaseReferentielDb(File sourceDir, + File outputDir, + File zipFile) throws IOException, TopiaException { + + File newDir = new File(sourceDir, FileType.NEW.name().toLowerCase()); + File baracoudaDir = new File(sourceDir, FileType.BARACOUDA.name().toLowerCase()); + File associationDir = new File(sourceDir, FileType.ASSOCIATION.name().toLowerCase()); + + FileFilter entityFile = new EntityFileFilter(EntitiesUtil.getReferenceTypes()); + FileFilter associationFileFilter = new AssociationFileFilter(EntitiesUtil.getReferenceTypes()); + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(outputDir); Multimap<String, File> filesToTreate = ArrayListMultimap.create(); - for (File file : newDir.listFiles(filter)) { + for (File file : newDir.listFiles(entityFile)) { filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); } - for (File file : baracoudaDir.listFiles(filter)) { + for (File file : baracoudaDir.listFiles(entityFile)) { filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); } - for (File file : associationDir.listFiles(filter)) { + for (File file : associationDir.listFiles(associationFileFilter)) { filesToTreate.put(EchoBaseFunctions.FILE_NAME.apply(file), file); } @@ -185,4 +222,58 @@ } } } + + private static class EntityFileFilter implements FileFilter { + final EchoBaseEntityEnum[] allowedTypes; + + private EntityFileFilter(EchoBaseEntityEnum[] allowedTypes) { + this.allowedTypes = allowedTypes; + } + + @Override + public boolean accept(File pathname) { + String name = pathname.getName(); + boolean result = pathname.isFile() && name.endsWith(".csv"); + + if (result) { + + result = false; + + for (EchoBaseEntityEnum allowedType : allowedTypes) { + if (name.startsWith(allowedType + ".")) { + result = true; + break; + } + } + } + return result; + } + } + + private static class AssociationFileFilter implements FileFilter { + final EchoBaseEntityEnum[] allowedTypes; + + private AssociationFileFilter(EchoBaseEntityEnum[] allowedTypes) { + this.allowedTypes = allowedTypes; + } + + @Override + public boolean accept(File pathname) { + String name = pathname.getName(); + boolean result = pathname.isFile() && name.endsWith(".csv"); + + if (result) { + + result = false; + + for (EchoBaseEntityEnum allowedType : allowedTypes) { + if (name.startsWith(allowedType + "_")) { + result = true; + break; + } + } + } + return result; + } + } } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,20 +23,12 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Lists; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.List; -import java.util.Map; - /** * {@link AcousticInstrument} loader. * @@ -45,35 +37,34 @@ */ public class AcousticInstrumentLoader extends EntityLoader<AcousticInstrument> { - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(AcousticInstrumentLoader.class); - public AcousticInstrumentLoader() { - super(AcousticInstrument.class, FileType.BARACOUDA); + super(AcousticInstrument.class, FileType.NEW); } @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<AcousticInstrument> createCsvImportModel(TableMeta meta) { - TopiaDAO<AcousticInstrument> dao = getDAO(); - - List<AcousticInstrument> entities = Lists.newArrayList(); - Table table = db.getTable("EI_SONDEUR"); - for (Map<String, Object> row : table) { - String acousticInstrumentId = row.get("ID_REFSONDEUR").toString(); - String transceiverModel = (String) row.get("SONDEUR"); - Float frequency = (Float) row.get("FREQUENCE"); - AcousticInstrument entity = dao.create( - AcousticInstrument.PROPERTY_ID, acousticInstrumentId, - AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_MODEL, transceiverModel, - AcousticInstrument.PROPERTY_FREQUENCY, frequency - ); - entities.add(entity); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + entities.size() + " acousticInstrument(s)."); - } + EntityCsvModel<AcousticInstrument> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_FREQUENCY); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_ID); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_APERTURE); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_BEAMS); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_FIRMWARE); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_MANUFACTURER); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_MODEL); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSCEIVER_SERIAL); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_APERTURE); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_BEAMS); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_DEPTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_LOCATION); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_MODEL); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_AZIMUTH, CsvModelUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_ELEVATION, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(AcousticInstrument.PROPERTY_TRANSDUCER_SERIAL); + return model; } } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,20 +23,11 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Sets; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.Map; -import java.util.Set; - /** * {@link AreaOfOperation} loader. * @@ -45,35 +36,18 @@ */ public class AreaOfOperationLoader extends EntityLoader<AreaOfOperation> { - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(AreaOfOperationLoader.class); - public AreaOfOperationLoader() { - super(AreaOfOperation.class, FileType.BARACOUDA); + super(AreaOfOperation.class, FileType.NEW); } - @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<AreaOfOperation> createCsvImportModel(TableMeta meta) { - Set<String> codeZones = Sets.newHashSet(); - Table table = db.getTable("ZONE"); - for (Map<String, Object> row : table) { - codeZones.add((String) row.get("CODE_ZONE")); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + codeZones.size() + " areaOfOperation(s)."); - } - - TopiaDAO<AreaOfOperation> dao = getDAO(); - for (String codeZone : codeZones) { - AreaOfOperation areaOfOperation = - dao.create(AreaOfOperation.PROPERTY_NAME, codeZone); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Created areaOfOperation : " + - areaOfOperation.getName()); - } - } + EntityCsvModel<AreaOfOperation> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); + model.newMandatoryColumn(AreaOfOperation.PROPERTY_NAME); + return model; } } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,20 +23,11 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Lists; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.List; -import java.util.Map; - /** * {@link DepthStratum} loader. * @@ -45,34 +36,20 @@ */ public class DepthStratumLoader extends EntityLoader<DepthStratum> { - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(DepthStratumLoader.class); - public DepthStratumLoader() { - super(DepthStratum.class, FileType.BARACOUDA); + super(DepthStratum.class, FileType.BARACOUDA, FileType.NEW); } @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<DepthStratum> createCsvImportModel(TableMeta meta) { - TopiaDAO<DepthStratum> dao = getDAO(); - - List<DepthStratum> entities = Lists.newArrayList(); - Table table = db.getTable("TYPE_IMAGE"); - for (Map<String, Object> row : table) { - String id = (String) row.get("Type_Image"); - String meaning = (String) row.get("Libelle_image"); - - DepthStratum entity = dao.create( - DepthStratum.PROPERTY_ID, id, - DepthStratum.PROPERTY_MEANING, meaning - ); - entities.add(entity); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + entities.size() + " depthStratum(s)."); - } + EntityCsvModel<DepthStratum> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); + model.newMandatoryColumn(DepthStratum.PROPERTY_ID); + model.newMandatoryColumn(DepthStratum.PROPERTY_MEANING); + return model; } } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,20 +23,13 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Sets; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeCategory; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.Map; -import java.util.Set; - /** * {@link EchotypeCategory} loader. * @@ -50,33 +43,44 @@ LogFactory.getLog(EchotypeCategoryLoader.class); public EchotypeCategoryLoader() { - super(EchotypeCategory.class, FileType.BARACOUDA); + super(EchotypeCategory.class, FileType.NEW); } - /* - EIT_DESCRIPT_ECHOS : [ID_DESCRIPTION_DEVIATION, IMAGES, LIBELLE_DESCRIPTION_DEVIATION, TYPE_DEVIATION, s_ColLineage, s_GUID, s_Generation, s_Lineage] with 61 entries. - */ @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<EchotypeCategory> createCsvImportModel(TableMeta meta) { - Set<String> codes = Sets.newHashSet(); - Table table = db.getTable("EIT_DESCRIPT_ECHOS"); - for (Map<String, Object> row : table) { - codes.add((String) row.get("TYPE_DEVIATION")); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + codes.size() + " EchotypeCategory(s)."); - } - - TopiaDAO<EchotypeCategory> dao = getDAO(); - for (String code : codes) { - EchotypeCategory areaOfOperation = - dao.create(EchotypeCategory.PROPERTY_NAME, code); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Created EchotypeCategory : " + - areaOfOperation.getName()); - } - } + EntityCsvModel<EchotypeCategory> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); + model.newMandatoryColumn(EchotypeCategory.PROPERTY_NAME); + return model; } +// /* +// EIT_DESCRIPT_ECHOS : [ID_DESCRIPTION_DEVIATION, IMAGES, LIBELLE_DESCRIPTION_DEVIATION, TYPE_DEVIATION, s_ColLineage, s_GUID, s_Generation, s_Lineage] with 61 entries. +// */ +// @Override +// protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { +// +// Set<String> codes = Sets.newHashSet(); +// Table table = db.getTable("EIT_DESCRIPT_ECHOS"); +// for (Map<String, Object> row : table) { +// codes.add((String) row.get("TYPE_DEVIATION")); +// } +// if (log.isInfoEnabled()) { +// log.info("Found " + codes.size() + " EchotypeCategory(s)."); +// } +// +// TopiaDAO<EchotypeCategory> dao = getDAO(); +// for (String code : codes) { +// EchotypeCategory areaOfOperation = +// dao.create(EchotypeCategory.PROPERTY_NAME, code); +// if (log.isInfoEnabled()) { +// log.info("Created EchotypeCategory : " + +// areaOfOperation.getName()); +// } +// } +// } + } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,20 +23,11 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Sets; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.Map; -import java.util.Set; - /** * {@link Mission} loader. * @@ -45,35 +36,19 @@ */ public class MissionLoader extends EntityLoader<Mission> { - /** Logger. */ - private static final Log log = LogFactory.getLog(MissionLoader.class); - public MissionLoader() { - super(Mission.class, FileType.BARACOUDA); + super(Mission.class, FileType.NEW); } @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<Mission> createCsvImportModel(TableMeta meta) { + EntityCsvModel<Mission> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); - // only keep distinct TYPE_CAMPAGNE - Set<String> typeCampagnes = Sets.newHashSet(); - Table table = db.getTable("CAMPAGNES"); - for (Map<String, Object> row : table) { - typeCampagnes.add((String) row.get("TYPE_CAMPAGNE")); - } - - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + typeCampagnes.size() + " mission(s)."); - } - - TopiaDAO<Mission> dao = getDAO(); - for (String typeCampagne : typeCampagnes) { - Mission mission = - dao.create(Mission.PROPERTY_NAME, typeCampagne); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Created mission : " + mission.getName()); - } - } + model.newMandatoryColumn(Mission.PROPERTY_NAME); + return model; } } Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,23 +23,14 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Lists; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.ReferenceDatum; import fr.ifremer.echobase.entities.references.ReferenceDatumType; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; import java.util.List; -import java.util.Map; /** * {@link ReferenceDatum} loader. @@ -49,39 +40,11 @@ */ public class ReferenceDatumLoader extends EntityLoader<ReferenceDatum> { - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(ReferenceDatumLoader.class); - public ReferenceDatumLoader() { super(ReferenceDatum.class, FileType.BARACOUDA, FileType.NEW); } @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { - - // require referenceDatumType - - TopiaDAO<ReferenceDatum> dao = getDAO(); - - List<ReferenceDatum> entities = Lists.newArrayList(); - Table table = db.getTable("TYPE_AFFECTATION"); - for (Map<String, Object> row : table) { - String id = (String) row.get("Code_affectation"); - String meaning = (String) row.get("Libelle_affectation"); - - ReferenceDatum entity = dao.create( - ReferenceDatum.PROPERTY_ID, id, - ReferenceDatum.PROPERTY_MEANING, meaning - ); - entities.add(entity); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + entities.size() + " referenceDatum(s)."); - } - } - - @Override protected EntityCsvModel<ReferenceDatum> createCsvImportModel(TableMeta meta) { EntityCsvModel<ReferenceDatum> model = EntityCsvModel.newModel( getCsvSeparator(), Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -25,6 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; @@ -49,14 +50,13 @@ getCsvSeparator(), meta ); - model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MAX_LATITUDE); - model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LATITUDE); - model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MAX_LONGITUDE); - model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LONGITUDE); + model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_NAME); + model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MAX_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MAX_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_MIN_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_DEPTH_STRATUM); model.newMandatoryColumn(Strata.PROPERTY_SEAFLOOR_SUBSTRATE); return model; } - - } \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoader.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoader.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -23,19 +23,15 @@ */ package fr.ifremer.echobase.tools.loaders; -import com.google.common.collect.Sets; -import com.healthmarketscience.jackcess.Database; -import com.healthmarketscience.jackcess.Table; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.VesselType; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvModelUtil; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.EntityCsvModel; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; -import java.io.IOException; -import java.util.Map; -import java.util.Set; +import java.util.List; /** * {@link Vessel} loader. @@ -45,35 +41,34 @@ */ public class VesselLoader extends EntityLoader<Vessel> { - /** Logger. */ - private static final Log log = LogFactory.getLog(VesselLoader.class); - public VesselLoader() { - super(Vessel.class, FileType.BARACOUDA); + super(Vessel.class, FileType.NEW); } @Override - protected void importBaracoudaEntities(Database db) throws IOException, TopiaException { + protected EntityCsvModel<Vessel> createCsvImportModel(TableMeta meta) { - // only keep distinct NAVIRE - Set<String> names = Sets.newHashSet(); - Table table = db.getTable("CAMPAGNES"); - for (Map<String, Object> row : table) { - names.add((String) row.get("NAVIRE")); - } + List<VesselType> vesselTypesByName = getEntities( + VesselType.class); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Found " + names.size() + " vessel(s)."); - } + EntityCsvModel<Vessel> model = EntityCsvModel.newModel( + getCsvSeparator(), + meta + ); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_ACKNOWLEDGEMENT); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_ALT_CALLSIGN); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_CALLSIGN); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_CODE); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_ENGINE_POWER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_IMO, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_NAME); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_NOISE_DESIGN); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_OPERATOR); + model.newMandatoryColumn(Vessel.PROPERTY_TONNAGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + model.addForeignKeyForImport(Vessel.PROPERTY_VESSEL_TYPE, Vessel.PROPERTY_VESSEL_TYPE, VesselType.class, vesselTypesByName, EchoBaseFunctions.VESSEL_TYPE_NAME); - TopiaDAO<Vessel> dao = getDAO(); - for (String name : names) { - Vessel vessel = dao.create(Vessel.PROPERTY_NAME, name); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Created vessel : " + vessel.getName()); - } - } + return model; } - } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -100,7 +100,7 @@ serviceContext = DefaultEchoBaseServiceContext.newContext( Locale.getDefault(), - topiaContext, + topiaContext.beginTransaction(), configuration, DbMeta.newDbMeta(), new EchoBaseServiceFactory() Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/EchoBaseDbZipCreatorIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -28,6 +28,8 @@ import org.nuiton.util.FileUtil; import java.io.File; +import java.text.SimpleDateFormat; +import java.util.Date; /** * To test {@link EchoBaseDbCreator}. @@ -39,8 +41,10 @@ protected File exportdir; + static final String date = new SimpleDateFormat("dd-MM-yyyy").format(new Date()); + @Test - public void createEchoBaseDb() throws Exception { + public void createEchoBaseLegacyDataDb() throws Exception { exportdir = new File(testdir, "export"); @@ -52,15 +56,38 @@ File dir = new File(exportdir, "echobase"); - File distributionFile = new File(exportdir, "echobase.zip"); + File distributionFile = new File(exportdir, "echobase-legacyDatas-" + date + ".zip"); Assert.assertFalse(distributionFile.exists()); File sourceDir = TestHelper.getCsvResourceDirectory(); - new EchoBaseDbCreator().createEchoBaseDb(sourceDir, dir, distributionFile); + new EchoBaseDbCreator().createEchoBaseLegacyDataDb(sourceDir, dir, distributionFile); Assert.assertTrue(distributionFile.exists()); } + @Test + public void createEchoBaseReferentielDb() throws Exception { + exportdir = new File(testdir, "export"); + + // exportdir should not exist + Assert.assertFalse(exportdir.exists()); + + // creates it + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(exportdir); + + File dir = new File(exportdir, "echobase"); + + File distributionFile = new File(exportdir, "echobase-referentiel-" + date + ".zip"); + Assert.assertFalse(distributionFile.exists()); + + File sourceDir = TestHelper.getCsvResourceDirectory(); + + new EchoBaseDbCreator().createEchoBaseReferentielDb(sourceDir, dir, distributionFile); + + Assert.assertTrue(distributionFile.exists()); + } + + } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AcousticInstrumentLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,12 +35,12 @@ public class AcousticInstrumentLoaderIT extends AbstractLoaderIT<AcousticInstrument, AcousticInstrumentLoader> { public AcousticInstrumentLoaderIT() { - super(AcousticInstrumentLoader.class, 0, 20); + super(AcousticInstrumentLoader.class, 47, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/AreaOfOperationLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,12 +35,12 @@ public class AreaOfOperationLoaderIT extends AbstractLoaderIT<AreaOfOperation, AreaOfOperationLoader> { public AreaOfOperationLoaderIT() { - super(AreaOfOperationLoader.class, 0, 5); + super(AreaOfOperationLoader.class, 5, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellTypeLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellTypeLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/CellTypeLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,7 +35,7 @@ public class CellTypeLoaderIT extends AbstractLoaderIT<CellType, CellTypeLoader> { public CellTypeLoaderIT() { - super(CellTypeLoader.class, 6, 0); + super(CellTypeLoader.class, 7, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/DepthStratumLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,12 +35,12 @@ public class DepthStratumLoaderIT extends AbstractLoaderIT<DepthStratum, DepthStratumLoader> { public DepthStratumLoaderIT() { - super(DepthStratumLoader.class, 0, 5); + super(DepthStratumLoader.class, 6, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/EchotypeCategoryLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,12 +35,12 @@ public class EchotypeCategoryLoaderIT extends AbstractLoaderIT<EchotypeCategory, EchotypeCategoryLoader> { public EchotypeCategoryLoaderIT() { - super(EchotypeCategoryLoader.class, 0, 3); + super(EchotypeCategoryLoader.class, 3, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,7 +35,7 @@ public class GearLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Gear, GearLoader> { public GearLoaderIT() { - super(GearLoader.class, 113, 0); + super(GearLoader.class, 105, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/MissionLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,11 +35,11 @@ public class MissionLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Mission, MissionLoader> { public MissionLoaderIT() { - super(MissionLoader.class, 0, 14); + super(MissionLoader.class, 15, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/ReferenceDatumLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,17 +35,11 @@ public class ReferenceDatumLoaderIT extends AbstractLoaderIT<ReferenceDatum, ReferenceDatumLoader> { public ReferenceDatumLoaderIT() { - super(ReferenceDatumLoader.class, 4, 3); + super(ReferenceDatumLoader.class, 7, 0); } @Test public void testGenerateNewEntities() throws Exception { generateNewEntities(); } - - @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); - } - } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/StrataLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,7 +35,7 @@ public class StrataLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Strata, StrataLoader> { public StrataLoaderIT() { - super(StrataLoader.class, 0, 0); + super(StrataLoader.class, 1, 0); } @Test Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,12 +35,12 @@ public class VesselLoaderIT extends AbstractLoaderIT<Vessel, VesselLoader> { public VesselLoaderIT() { - super(VesselLoader.class, 0, 6); + super(VesselLoader.class, 9, 0); } @Test - public void testGenerateEntitiesFromBaracouda() throws Exception { - generateBaracoudaEntities(); + public void testGenerateNewEntities() throws Exception { + generateNewEntities(); } } Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselTypeLoaderIT.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselTypeLoaderIT.java 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/VesselTypeLoaderIT.java 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -35,7 +35,7 @@ public class VesselTypeLoaderIT extends AbstractLoaderIT<VesselType, VesselTypeLoader> { public VesselTypeLoaderIT() { - super(VesselTypeLoader.class, 0, 0); + super(VesselTypeLoader.class, 7, 0); } @Test Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AcousticInstrument.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AcousticInstrument.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AcousticInstrument.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -0,0 +1,48 @@ +"frequency";"id";"transceiverAperture";"transceiverBeams";"transceiverFirmware";"transceiverManufacturer";"transceiverModel";"transceiverSerial";"transducerAperture";"transducerBeams";"transducerDepth";"transducerLocation";"transducerModel";"transducerElevation";"transducerAzimuth";"transducerSerial" +18000;46;;;;"Simrad";"ER60";;"Split";"Single";6.14;"Hull";"ES18-11";90;"NA"; 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+"MBES-18 83 kHz x=0 y=31";109;;;;"Simrad";"ME70";;"Split";"Multiple";6.14;"Hull";"ME70";90;"NA"; +"MBES-19 79 kHz x=0 y=36";110;;;;"Simrad";"ME70";;"Split";"Multiple";6.14;"Hull";"ME70";90;"NA"; +"MBES-20 74 kHz x=0 y=42";111;;;;"Simrad";"ME70";;"Split";"Multiple";6.14;"Hull";"ME70";90;"NA"; +38.0;1;;;;;OS1500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;2;;;;;OS1500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;4;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +12.0;7;;;;;OS500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;8;;;;;OS2500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;9;;;;;OS2500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;10;;;;;OS2500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;11;;;;;OS2500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;12;;;;;OS1500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;13;;;;;EK400;;;;0.0;;;0.0;;; +70.0;14;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;15;;;;;ER60;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;16;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;17;;;;;ER60;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;26;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;27;;;;;ER60;;;;0.0;;;0.0;;; +38.0;28;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +200.0;3;;;;;OS1500;;;;0.0;;;0.0;;; +120.0;5;;;;;EK500;;;;0.0;;;0.0;;; +49.0;6;;;;;OS500;;;;0.0;;;0.0;;; \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AcousticInstrument.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AreaOfOperation.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AreaOfOperation.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-AreaOfOperation.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -0,0 +1,6 @@ +name +Golfe de Gascogne; 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+MESO;Meso pelagique; +NA;Non attribué; +NUL;ANNULE (ne pas prendre en compte); +SURF;PELAGIQUE surface; +ALL;Toute la colonne d'eau Property changes on: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-DepthStratum.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-EchotypeCategory.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-EchotypeCategory.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-EchotypeCategory.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -0,0 +1,4 @@ +name +PL; +PO; +NA; \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-EchotypeCategory.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Gear.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Gear.csv 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Gear.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -3,22 +3,13 @@ 119x102;01/01/00;;1;119x102;Chalut pélagique 119/102;;;5;;;1;1 36x47;01/01/00;;1;GV3647;Chalut de fond GOV 36/47;;;5;;;1;1 57x52;01/01/00;;1;57x52;Chalut pélagique 57/52;;;5;;;1;1 -57x52-F LAR;01/01/00;;1;57x52;Chalut pélagique 57/52;;;5;;;1;1 -57x52-FFIL;01/01/00;;1;57x52;Chalut pélagique 57/52;;;5;;;1;1 -725OBS;01/01/00;;1;PS;Filets tournants avec coulisse (sennes coulissantes);"Nom anglais : Surrounding nets with purse lines (purse seines) -code ISSCFG : 01.1.0";07/12/2011 16:31:24.407001;1;;1;1;0 76x70;01/01/00;;1;76x70;Chalut pélagique 76/70;;;5;;;1;1 -76x70-F LAR;01/01/00;;1;76x70;Chalut pélagique 76/70;;;5;;;1;1 -76x70-FFIL;01/01/00;;1;76x70;Chalut pélagique 76/70;;;5;;;1;1 942OBS;01/01/00;;1;942OBS;Chalut pélagique (2 navires);;;5;;;1;1 Bolinche;01/01/00;;1;PS;Filets tournants avec coulisse (sennes coulissantes);"Nom anglais : Surrounding nets with purse lines (purse seines) code ISSCFG : 01.1.0";07/12/2011 16:31:24.407001;1;;1;1;0 FC - NEUSTON;01/01/00;;0;NEUSTON;Chalut épi-pélagique « de surface » 1250mu;;;5;;;1;1 -FC ? NEUSTON;01/01/00;;0;NEUSTON;Chalut épi-pélagique « de surface » 1250mu;;;5;;;1;1 FILET CARRE;01/01/00;;0;CARRE;FILET CARRE 500mu;;;5;;;1;1 MEPEL;01/01/00;;0;MEPEL;Chalut meso-pel 50 m²;;;5;;;1;1 -MEPEL-DEBPEC;01/01/00;;0;MEPEL;Chalut meso-pel 50 m²;;;5;;;1;1 -NEUSTON;01/01/00;;0;NEUSTON;Chalut épi-pélagique « de surface » 1250mu;;;5;;;1;1 Pélagique en boeufs;01/01/00;;1;PTM;Chaluts boeufs pélagiques;"Nom anglais : Pair trawls Midwater code ISSCFG : 03.2.2";07/12/2011 16:31:24.446356;1;20;1;1;1 RP-F LAR;01/01/00;;1;70x72;Chalut pélagique 70/72 (pelacus 2007);;;5;;;1;1 Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Mission.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Mission.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Mission.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -0,0 +1,16 @@ +name +EIGAS; +JUVPRO; +PELASSES; +PEGASE; +JUVAGA; +AURA; +THALES; +PELGAS; +ERAG; +PLAGIA; 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Sea Surface;Cell depth referenced to the sea surface;Depth; Sea Floor;Cell depth referenced to the sea floor;Depth; Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Strata.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Strata.csv 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Strata.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -1 +1,2 @@ -maxLatitude;minLatitude;maxLongitude;minLongitude;seafloorSubstrate;depthStratum \ No newline at end of file +"depthStratum";"maxLatitude";"maxLongitude";"minLatitude";"minLongitude";"name";"seafloorSubstrate" +"ALL";43.3;48.5;-6;-1;"Golfe de Gascogne";"Various" \ No newline at end of file Added: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Vessel.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Vessel.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Vessel.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -0,0 +1,10 @@ +"acknowledgement";"altCallsign";"callsign";"code";"enginePower";"imo";"length";"name";"noiseDesign";"operator";"tonnage";"vesselType" +;;;;0;0;0;"THALASSA I";;;0;"Research" +;;;;0;0;73.65;"THALASSA II";"silent";"Genavir";3022;"Research" +;;;;0;0;0;"GWEN-DREZ";;;0;"Research" +;;;;0;0;0;"PRO";;;0;"Commercial fishing" +;;;;0;0;0;"GWEN DREZ";;;0;"Research" +;;;;0;0;0;"THALIA";;;0;"Research" +;;;;;;;"Etoile Polaire_3";;;;"Commercial fishing, purse seiner" +;;;;;;;"Arlequin2 / la colombine";;;;"Commercial fishing, pair trawlers" +;;;;;;;"Jeremi-Simon / Promethee";;;;"Commercial fishing, pair trawlers" \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-Vessel.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-VesselType.csv =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-VesselType.csv 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/csv/new/input-VesselType.csv 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -1 +1,8 @@ -name \ No newline at end of file +name +Research +Commercial fishing +Merchant +Remotely Operated Vehicle +Autonomous Underwater Vehicle +Commercial fishing, pair trawlers +Commercial fishing, purse seiner Deleted: trunk/echobase-tools/src/test/resources/echobase-test.properties =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/resources/echobase-test.properties 2012-02-29 13:20:17 UTC (rev 330) +++ trunk/echobase-tools/src/test/resources/echobase-test.properties 2012-03-01 22:40:15 UTC (rev 331) @@ -1,24 +0,0 @@ -### -# #%L -# EchoBase :: Tools -# -# $Id$ -# $HeadURL$ -# %% -# Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin -# %% -# This program is free software: you can redistribute it and/or modify -# it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by -# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or -# (at your option) any later version. -# -# This program is distributed in the hope that it will be useful, -# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of -# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. 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