April 2012 - Echobase-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r505 - in trunk/src: doc/reunions site/rst
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 21:42:17 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 505 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/505 Log: update docs Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2011-11-03.txt trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-04-06.txt trunk/src/site/rst/imports.rst Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2011-11-03.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2011-11-03.txt 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2011-11-03.txt 2012-04-06 19:42:17 UTC (rev 505) @@ -51,7 +51,7 @@ paraît pas assez réaliste selon Mathieu (il sera mieux d'utiliser Libre-Office qui gère facilement les jointures). -- Un requête est caractérisée par +- Un requète est caractérisée par - nom - description - date dernière modification utilisateur Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-03-06.txt 2012-04-06 19:42:17 UTC (rev 505) @@ -68,9 +68,9 @@ Export sql ~~~~~~~~~~ -- Ajouter un bouton nouvelle requête. +- Ajouter un bouton nouvelle requète. -- Problème avec les requêtes venant de libre office base, on va devoir les +- Problème avec les requètes venant de libre office base, on va devoir les processer car la requete contient un alias implicite pour chaque partie du from. Exemple : select "T".name from "T" @@ -83,10 +83,10 @@ On vérifiera quand même qu'il n'est pas possible de mieux configurer libre-office base (on ne sait jamais). - Ajout d'un bouton nouvelle requête Libre-office qui prend la - requete la processe et continue sur une création classique de requête. + Ajout d'un bouton nouvelle requète Libre-office qui prend la + requete la processe et continue sur une création classique de requète. -- Pour un peu sécuriser les requêtes (et éviter les injections de code sql +- Pour un peu sécuriser les requètes (et éviter les injections de code sql malicieux), on interdit l'utilisation de mot-clef sql : - INSERT - UPDATE Modified: trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-04-06.txt =================================================================== --- trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-04-06.txt 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) +++ trunk/src/doc/reunions/reunion-2012-04-06.txt 2012-04-06 19:42:17 UTC (rev 505) @@ -8,21 +8,21 @@ Retours ------- -- uniformiser format date - heure en utilisant uniquement le format yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSS (#1091) +- uniformiser format date - heure en utilisant uniquement le format yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSS (#1091) (done) - mettre en place la doc en ligne pour que Mathieu puisse faire la documentation des imports. (#1092) - mettre en place le lien sur les imports qui bascule sur la documentation (#1092) -- mettre un label sur import resultat voyage (pour indiquer qu'il faut au moins) (#1087) - un fichier resultat - voyage / resultat esdu - pêche) +- mettre un label sur import resultat voyage (pour indiquer qu'il faut au moins) + un fichier resultat - voyage / resultat esdu - pêche) (#1087) (done) - rendre optionnel sur import pêche les fichiers (il en faut au moins un) (#1087) -- import sub-sample utiliser les colonnes units et round pour afiner le SampleDataType voir procédure (#1087) -- LenghtWeightKey ajouter strata comme pour lengthAgeKey et pour l'import faire de même (pense aussi à impacter les données legacy) (#1093) -- changer l'ordre des imports résultats (done) -- mettre le style en dynamique (width:100% et plus en auto) -- améliorer l'écran des infos de connexion (ajouter le driver à utiliser) (#484) +- import sub-sample utiliser les colonnes units et round pour afiner le SampleDataType voir procédure (#1098) +- LenghtWeightKey ajouter strata comme pour lengthAgeKey et pour l'import faire de même (pense aussi à impacter les données legacy) (#1093) (done) +- changer l'ordre des imports résultats (#1087) (done) +- mettre le style en dynamique (width:100% et plus en auto) (done) +- améliorer l'écran des infos de connexion (ajouter le driver à utiliser) (#484) (done) - passer sur la base embarquée en mode serveur (sinon il faut arrêter le serveur pour aller dans libre-office :(). (#1094) - vérifier que les echotypes sont uniques au sein d'un même voyage (revoir sql import historique) (#1087) -- ajouter la colonne voyage sur tous les imports de resultats esdu (#1087) +- ajouter la colonne voyage sur tous les imports de resultats esdu (#1096) (done) - ajouter une configuration pour changer l'image de fond de l'application (Bonus) - petite doc pour sauver - reimporter une base complète. (#484) Modified: trunk/src/site/rst/imports.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/imports.rst 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) +++ trunk/src/site/rst/imports.rst 2012-04-06 19:42:17 UTC (rev 505) @@ -29,8 +29,8 @@ Sur les types : -- FK(XXX#yyy) désigne une clef étrangères requise (XXX sur la propriété yyy). -- (int) un entier (pas du nulitté possible) +- FK(XXX#yyy) désigne une clef étrangère requise (XXX sur la propriété yyy). +- (int) un entier (pas du nullité possible) - (float) un décimal (pas de nullité possible) - (Integer) un entier avec nullité possible - (Integer-NA) un entier avec nullité possible (et nullité si NA)

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r504 - in trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata: . csv
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 18:36:29 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 504 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/504 Log: fixes #1098: Utilisation des round et units dans l'import des subsamples Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportRow.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesImportService.java 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/CatchesImportService.java 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) @@ -348,6 +348,10 @@ SampleDataType sampleDataTypeNumberAtLength = findByProperties(sampleDataTypeDAO, SampleDataType.PROPERTY_NAME, "NumberAtLength"); Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeNumberAtLength); + SampleDataType sampleDataTypeNumberAtLength05cm = findByProperties(sampleDataTypeDAO, SampleDataType.PROPERTY_NAME, "LTcm0.5"); + Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeNumberAtLength05cm); + SampleDataType sampleDataTypeNumberAtLength1cm = findByProperties(sampleDataTypeDAO, SampleDataType.PROPERTY_NAME, "LTcm1"); + Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeNumberAtLength1cm); SampleDataType sampleDataTypeWeightAtLength = findByProperties(sampleDataTypeDAO, SampleDataType.PROPERTY_NAME, "WeightAtLengthkg"); Preconditions.checkNotNull(sampleDataTypeWeightAtLength); @@ -393,9 +397,20 @@ importResult); } + Integer round = row.getRound(); + SampleDataType dataType = sampleDataTypeNumberAtLength; + + if (round == null) { + dataType = sampleDataTypeNumberAtLength; + } else if (round == 5) { + dataType = sampleDataTypeNumberAtLength05cm; + } else if (round == 1) { + dataType = sampleDataTypeNumberAtLength1cm; + } + //create numberAtLength data addSampleData(sampleDataDAO, - sampleDataTypeNumberAtLength, + dataType, "" + row.getLengthClass(), row.getNumberAtLength(), sample, Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportModel.java 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportModel.java 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) @@ -50,8 +50,6 @@ super(separator); newIgnoredColumn("subHaul"); - newIgnoredColumn("units"); - newIgnoredColumn("round"); newForeignKeyColumn(OPERATION_ID, SubSampleImportRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); newForeignKeyColumn(Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, SubSampleImportRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); @@ -64,6 +62,8 @@ newMandatoryColumn(SubSampleImportRow.PROPERTY_NUMBER_AT_LENGTH, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(SubSampleImportRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, EchobaseCsvUtil.NA_TO_FLOAT_PARSER); newMandatoryColumn(SubSampleImportRow.PROPERTY_LENGTH_CLASS); + newMandatoryColumn(SubSampleImportRow.PROPERTY_UNITS); + newMandatoryColumn(SubSampleImportRow.PROPERTY_ROUND, EchobaseCsvUtil.NA_TO_INTEGER_PARSER); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportRow.java 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/SubSampleImportRow.java 2012-04-06 16:36:29 UTC (rev 504) @@ -54,6 +54,10 @@ public static final String PROPERTY_LENGTH_CLASS = "lengthClass"; + public static final String PROPERTY_UNITS = "units"; + + public static final String PROPERTY_ROUND = "round"; + protected Operation operation; protected Species species; @@ -70,6 +74,10 @@ protected String lengthClass; + protected Integer round; + + protected String units; + public SubSampleImportRow() { sample = new SampleImpl(); } @@ -102,6 +110,22 @@ this.sizeCategory = sizeCategory; } + public Integer getRound() { + return round; + } + + public void setRound(Integer round) { + this.round = round; + } + + public String getUnits() { + return units; + } + + public void setUnits(String units) { + this.units = units; + } + public void setNumberSampled(Integer numberSampled) { sample.setNumberSampled(numberSampled); }

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r503 - in trunk: echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services echobase-services/src/main/resources/embedded echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/user echobase-ui/src/main/resources/i18n echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 18:05:03 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 503 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/503 Log: refs #484 (add more informations in connect to db page) Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase.properties trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/user/ConnectToDbInformations.java trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/connectToDbInformations.jsp Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -220,22 +220,35 @@ } } + public File getPilotsDirectory(File dataDirectory) { + File driverDir = new File(dataDirectory, "drivers"); + return driverDir; + } + + public String getH2PilotFilename(Properties config) { + String h2Version = config.getProperty("h2Version"); + return h2Version == null ? null : "h2-" + h2Version + ".jar"; + } + + public String getPostgresqlPilotFilename(Properties config) { + String pgVersion = config.getProperty("postgresqlVersion"); + return pgVersion == null ? null : "postgresql-" + pgVersion + ".jar"; + } + protected void copyEmbeddedFiles(File zipDirectory) throws IOException, URISyntaxException { // config to keep the echobase-embedded values (contains h2 and pg versions) Properties config = new Properties(); copyEmbeddedFiles("echobase.properties", zipDirectory, config); - String h2Version = config.getProperty("h2Version"); - String pgVersion = config.getProperty("postgresqlVersion"); copyEmbeddedFiles("startEchobase.bat", zipDirectory, null); copyEmbeddedFiles("startEchobase.sh", zipDirectory, null); copyEmbeddedFiles("README.txt", zipDirectory, null); - File driverDir = new File(zipDirectory, "drivers"); + File driverDir = getPilotsDirectory(zipDirectory); FileUtil.createDirectoryIfNecessary(driverDir); - copyEmbeddedFiles("h2-" + h2Version + ".jar", driverDir, null); - copyEmbeddedFiles("postgresql-" + pgVersion + ".jar", driverDir, null); + copyEmbeddedFiles(getH2PilotFilename(config), driverDir, null); + copyEmbeddedFiles(getPostgresqlPilotFilename(config), driverDir, null); } protected void copyEmbeddedFiles(String resourceName, Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase.properties 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase.properties 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -22,15 +22,14 @@ # #L% ### +# Postgresql pilot version postgresqlVersion=${postgresqlVersion} + +# H2 pilot version h2Version=${h2Version} +# Where to find data data.directory=. +# where to find war war.directory=${data.directory} - -#hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.H2Dialect -#hibernate.connection.username=sa -#hibernate.connection.password=sa -#hibernate.connection.driver_class=org.h2.Driver -#hibernate.connection.url=jdbc:h2:file:${data.directory}/db/echobase Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/user/ConnectToDbInformations.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/user/ConnectToDbInformations.java 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/user/ConnectToDbInformations.java 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -24,9 +24,12 @@ package fr.ifremer.echobase.ui.actions.user; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.EmbeddedApplicationService; import fr.ifremer.echobase.ui.actions.EchoBaseActionSupport; +import org.apache.commons.lang.StringUtils; import org.nuiton.topia.TopiaContextFactory; +import java.io.File; import java.util.Properties; /** @@ -45,6 +48,10 @@ protected String jdbcPassword; + protected String jdbcDriver; + + protected File jdbcPilot; + protected boolean askPassword; public String getJdbcUrl() { @@ -59,6 +66,14 @@ return jdbcPassword; } + public String getJdbcDriver() { + return jdbcDriver; + } + + public File getJdbcPilot() { + return jdbcPilot; + } + public boolean isAskPassword() { return askPassword; } @@ -76,6 +91,24 @@ } jdbcUrl = properties.getProperty(TopiaContextFactory.CONFIG_URL); jdbcLogin = properties.getProperty(TopiaContextFactory.CONFIG_USER); + jdbcDriver = properties.getProperty(TopiaContextFactory.CONFIG_DRIVER); + + EmbeddedApplicationService service = + newService(EmbeddedApplicationService.class); + + String pilotName; + + if ("org.h2.Driver".equals(jdbcDriver)) { + pilotName = service.getH2PilotFilename(properties); + } else { + pilotName = service.getPostgresqlPilotFilename(properties); + } + + if (StringUtils.isNotEmpty(pilotName)) { + File driverDirectory = service.getPilotsDirectory( + configuration.getDataDirectory()); + jdbcPilot = new File(driverDirectory, pilotName); + } return SUCCESS; } } Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_en_GB.properties 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -10,7 +10,9 @@ echobase.action.usingFrench=French version used echobase.common.importError=Message d'erreur echobase.common.importFileName=Nom du fichier importé +echobase.common.jdbcDriver=Jdbc Driver name echobase.common.nbCreatedObjects=Nombre d'objets crées +echobase.common.jdbcPilotPath=Path to jdbc pilot echobase.common.resultLabel=Result label echobase.confirm.delete.query=Confirm to delete export query echobase.error.bad.password=Bad password @@ -47,6 +49,7 @@ echobase.info.user.update= echobase.information.mission.created= echobase.label.exportAsSeen=Export as seen on screen +echobase.legend.connectionToDb.libreOffice=Utilisation dans LibreOffice echobase.legend.dbeditor.show=Detail of '%s' echobase.legend.importData.result.resume=Résultat echobase.legend.libreOfficeQuery=Requète "libre office" Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-ui/src/main/resources/i18n/echobase-ui_fr_FR.properties 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -1,4 +1,4 @@ -echobase.action.applySqlQuery=Appliquer la requête +echobase.action.applySqlQuery=Appliquer la requète echobase.action.backToUserList=Retour à la liste des utilisateurs echobase.action.cancel=Annuler echobase.action.cloneSqlQuery=Cloner @@ -51,6 +51,7 @@ echobase.common.importNotes=Remarques sur l'import echobase.common.importResult=Résultat de l'import echobase.common.inProgress=en cours... +echobase.common.jdbcDriver=Nom du pilote jdbc echobase.common.jdbcLogin=Login de connexion echobase.common.jdbcPassword=Mot de passe echobase.common.jdbcUrl=Url de connexion @@ -82,8 +83,8 @@ echobase.error.export.sqlQuery.forbidden.drop.word=La requète contient le mot 'DROP', ce qui est interdit echobase.error.export.sqlQuery.forbidden.insert.word=La requète contient le mot 'INSERT', ce qui est interdit echobase.error.export.sqlQuery.forbidden.update.word=La requète contient le mot 'UPDATE', ce qui est interdit -echobase.error.export.sqlQuery.requiredstring=La requête de l'export est obligatoire -echobase.error.export.sqlQuery.wrongformat=La requêtes n'est pas valide +echobase.error.export.sqlQuery.requiredstring=La requète de l'export est obligatoire +echobase.error.export.sqlQuery.wrongformat=La requètes n'est pas valide echobase.error.import.acousticDensityUnit.required=acousticDensityUnit non renseigné echobase.error.import.acquisitionSoftwareVersionER60.required=acquisitionSoftwareVersionER60 non renseigné echobase.error.import.acquisitionSoftwareVersionME70.required=acquisitionSoftwareVersionME70 non renseigné @@ -152,14 +153,14 @@ echobase.error.required.email=L'email est obligatoire echobase.error.required.password=Le mot de passe est obligatoire echobase.error.warlocation.notFound=L'application n'a pas été trouvé à l'emplacement suivant %s -echobase.header.request.result=Résultat de la requête sql +echobase.header.request.result=Résultat de la requète sql echobase.header.user.gridTitle=Liste des utilisateurs echobase.info.dbeditor.propertyDiffsResult=Résultat d'import de données echobase.info.import.failed=L'import a échoué. echobase.info.import.succeded=L'import a réussi. echobase.info.new.sqlQuery.inprogress=Nouvelle requète en cours de création -echobase.info.no.sqlQuery.saved=Aucune requête d'export sql enregistrée -echobase.info.no.sqlQuery.selected=Aucune requête d'export sql sélectionnée +echobase.info.no.sqlQuery.saved=Aucune requète d'export sql enregistrée +echobase.info.no.sqlQuery.selected=Aucune requète d'export sql sélectionnée echobase.info.no.table.selected=Aucune table sélectionnée echobase.info.no.voyagee.found=Aucune campagne à exporter echobase.info.sqlQuery.not.modifiable=Vous ne pouvez pas modifier la requète sélectionnée @@ -197,6 +198,7 @@ echobase.label.user.login=Utilisateur \: %s echobase.label.voyageToSelect=Voyage à exporter echobase.legend.connectionToDb.detail=Détail de la connection à la base de données +echobase.legend.connectionToDb.libreOffice=Utilisation dans LibreOffice echobase.legend.dbeditor.edit=Edition de '%s' echobase.legend.dbeditor.show=Visualisation de '%s' echobase.legend.embeddedApplication.configuration=Configuration de l'application embarquée @@ -213,8 +215,9 @@ echobase.legend.importDb.configuration.files=Choix du fichier d'import de la base complête (fichier zip) echobase.legend.importFileResult=Résultat de l'import %s echobase.legend.libreOfficeQuery=Requète "libre office" -echobase.legend.sqlQuery.configuration=Configuration de la requête -echobase.legend.sqlQuery.result=Résultats de la requête +echobase.legend.sqlQuery.configuration=Configuration de la requète +echobase.legend.sqlQuery.result=Résultats de la requète +echobase.common.jdbcPilotPath=Chemin du pilote jdbc echobase.menu.connectToDbInformations=Informations de connection à la base de données echobase.menu.createEmbeddedApplication=Créer une application embarquée echobase.menu.editData=Modifier les données Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/connectToDbInformations.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/connectToDbInformations.jsp 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/jsp/connectToDbInformations.jsp 2012-04-06 16:05:03 UTC (rev 503) @@ -33,16 +33,18 @@ <s:label key="jdbcUrl" label='%{getText("echobase.common.jdbcUrl")}'/> <s:label key="jdbcLogin" label='%{getText("echobase.common.jdbcLogin")}'/> <s:label key="jdbcPassword" label='%{getText("echobase.common.jdbcPassword")} (*)'/> + <s:label key="jdbcDriver" label='%{getText("echobase.common.jdbcDriver")}'/> + <s:if test="jdbcPilot != null"> + <s:label key="jdbcPilot" label='%{getText("echobase.common.jdbcPilotPath")}'/> + </s:if> </fieldset> <br/> - <s:if test="askPassword"> <div> (*) <s:text name="echobase.message.askAdministratorPassword"/>. </div> </s:if> -<div> </div>

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r502 - trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:11:29 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 502 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/502 Log: mettre le style en dynamique Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css 2012-04-06 14:09:52 UTC (rev 501) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/css/screen.css 2012-04-06 14:11:29 UTC (rev 502) @@ -369,6 +369,7 @@ .containerSize { /* width:-moz-max-content;*/ + width:93%; margin:3em 8em; float: left; /*padding:20px;*/

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r501 - trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:09:52 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 501 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/501 Log: utilisation d'un parseur data sp?\195?\169cifique au loader de Gear Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoader.java Modified: trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoader.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoader.java 2012-04-06 14:08:38 UTC (rev 500) +++ trunk/echobase-tools/src/main/java/fr/ifremer/echobase/tools/loaders/GearLoader.java 2012-04-06 14:09:52 UTC (rev 501) @@ -28,6 +28,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Gear; import fr.ifremer.echobase.tools.FileType; +import org.nuiton.util.csv.Common; +import org.nuiton.util.csv.ValueParser; import java.util.Date; @@ -39,6 +41,8 @@ */ public class GearLoader extends EntityLoader<Gear> { + public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY = new Common.DateValue("dd/MM/yy"); + public GearLoader() { super(Gear.class, FileType.NEW); } @@ -51,12 +55,9 @@ meta ); - /* - CasinoGearName;ValidSince;InvalidSince;IsFishingGear;gearLabel;GearName;Description;UpdateDate;GearClassification;ParentGear;Status;IsActive;IsTowed - */ model.newMandatoryColumn("CasinoGearName", Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME); - model.newMandatoryColumn("ValidSince", Gear.PROPERTY_VALID_SINCE, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY); - model.newMandatoryColumn("InvalidSince", Gear.PROPERTY_INVALID_SINCE, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY); + model.newMandatoryColumn("ValidSince", Gear.PROPERTY_VALID_SINCE, IMPORT_DAY); + model.newMandatoryColumn("InvalidSince", Gear.PROPERTY_INVALID_SINCE, IMPORT_DAY); model.newMandatoryColumn("IsFishingGear", Gear.PROPERTY_FISHING_GEAR, EchobaseCsvUtil.INT_TO_BOOLEAN_PARSER); model.newMandatoryColumn("gearLabel", Gear.PROPERTY_GEAR_CODE); model.newMandatoryColumn("GearName", Gear.PROPERTY_NAME);

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r500 - trunk/src/site/rst
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:08:38 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 500 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/500 Log: refs #1092: Mise en place de la documentation des imports (update doc) Modified: trunk/src/site/rst/imports.rst Modified: trunk/src/site/rst/imports.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/imports.rst 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) +++ trunk/src/site/rst/imports.rst 2012-04-06 14:08:38 UTC (rev 500) @@ -36,11 +36,8 @@ - (Integer-NA) un entier avec nullité possible (et nullité si NA) - Float un décimale avec nullité possible - (Float-NA) un décimale avec nullité possible (et nullité si NA) -- (day) date au format dd/MM/yyyy -- (date - time) date au format dd/MM/yyyy HH:mm -- (date - time 2) date au format yyyy-MM-dd HH:mm:ss -- (date time second) date au format dd/MM/yyyy HH:mm:ss -- (esdu cell) nom de cellule esdu - elementary : esduName[_elementaryName) +- (date) unique format de date : *yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSS* +- (esdu cell) nom de cellule esdu - elementary : esduName[_elementaryCellName] avec esdu name au format yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSS Voyage / Transit / Transect @@ -50,8 +47,8 @@ ~~~~~~ - name -- startDate (day) -- endDate (day) +- startDate (date) +- endDate (date) - startPort - endPort @@ -60,8 +57,8 @@ - voyage FK(voyage#name) - description -- startTime (date - time) -- endTime (date - time) +- startTime (date) +- endTime (date) - startLocality - endLocality @@ -74,9 +71,9 @@ - transectAbstract - stratum - comment -- dateCreated (date - time 2) -- timeCoverageStart (date - time 2) -- timeCoverageEnd (date - time 2) +- dateCreated (date) +- timeCoverageStart (date) +- timeCoverageEnd (date) - geospatialLonMin (float) - geospatialLonMax (float) - geospatialLatMin (float) @@ -97,8 +94,8 @@ - operationId - midHaulLatitude (float) - midHaulLongitude (float) -- gearShootingStartTime (date time second) -- gearShootingEndTime (date time second) +- gearShootingStartTime (date) +- gearShootingEndTime (date) - gearShootingStartLatitude (float) - gearShootingEndLatitude (float) - gearShootingStartLongitude (float) @@ -122,7 +119,7 @@ - gearMetadataValue TotalSample / SubSample / BiometrySample -------- +---------------------------------------- TotalSample ~~~~~~~~~~~ @@ -187,6 +184,7 @@ - voyage FK(Voyage#name) - sizeCategory FK(SizeCategory#name) - baracoudaCode FK(Species#baracoudaCode) +- strata FK(Strata#name) LengthAgeKey ~~~~~~~~~~~~ @@ -205,6 +203,7 @@ Esdu / Echotype ~~~~~~~~~~~~~~~ +- voyage FK(Voyage#name) - name FK(esdu cell) - echotype FK(Echotype#name) - dataQuality FK(DataQuality#qualityDataFlagValues) @@ -213,6 +212,7 @@ Esdu / Echotype / Species Category ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +- voyage FK(Voyage#name) - name FK(esdu cell) - echotype FK(Echotype#name) - sizeCategory FK(SizeCategory#name) @@ -223,6 +223,7 @@ Esdu / Species / Age Category ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +- voyage FK(Voyage#name) - name FK(esdu cell) - baracoudaCode FK(Species#baracoudaCode) - ageCategory @@ -233,10 +234,11 @@ Esdu / Species / Size Category ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +- voyage FK(Voyage#name) - name FK(esdu cell) - baracoudaCode FK(Species#baracoudaCode) - sizeCategory -- sizeategoryMeaning +- sizeCategoryMeaning - dataQuality FK(DataQuality#qualityDataFlagValues) - ... DataMetadata#name ...

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r499 - in trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata: . csv
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:07:07 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 499 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/499 Log: fixes #1096: Ajout du voyage sur les imports de r?\195?\169sultats esdu Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsEsduCellImportService.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -62,6 +62,7 @@ import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; import java.io.Reader; +import java.util.Arrays; import java.util.List; import java.util.Map; @@ -116,6 +117,10 @@ DataProcessing.class, configuration.getDataProcessingId()); + // authorize only the selected voyage to be imported + Map<String, Voyage> voyageMap = Maps.uniqueIndex(Arrays.asList( + voyage), EchoBaseFunctions.VOYAGE_NAME); + // get esdu cells usables Map<String, Cell> esduCellMap = Maps.uniqueIndex( dataProcessing.getCell(), EchoBaseFunctions.CELL_BY_NAME); @@ -134,6 +139,7 @@ configuration, inputFile, voyage, + voyageMap, echotypeMap, dataMetadataMap, esduCellMap, @@ -147,6 +153,7 @@ configuration, inputFile, voyage, + voyageMap, echotypeMap, dataMetadataMap, speciesMap, @@ -162,6 +169,7 @@ configuration, inputFile, voyage, + voyageMap, dataMetadataMap, speciesMap, sizeCategoryMap, @@ -177,6 +185,7 @@ configuration, inputFile, voyage, + voyageMap, dataMetadataMap, speciesMap, ageCategoryMap, @@ -190,6 +199,7 @@ ResultsImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Voyage voyage, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Echotype> echotypeMap, Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, Map<String, Cell> esduCellMap, @@ -214,6 +224,7 @@ EsduResultByEchotypeImportModel csvModel = new EsduResultByEchotypeImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, echotypeMap, voyage, esduCellMap, @@ -256,6 +267,7 @@ ResultsImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Voyage voyage, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Echotype> echotypeMap, Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, Map<String, Species> speciesMap, @@ -291,6 +303,7 @@ EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel csvModel = new EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, echotypeMap, speciesMap, sizeCategoryMap, @@ -335,6 +348,7 @@ private CsvFileImportResult importBySpeciesAndSizeCategoryFile( ResultsImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Voyage voyage, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, Map<String, Species> speciesMap, Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, @@ -370,6 +384,7 @@ EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel csvModel = new EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, speciesMap, voyage, esduCellMap, @@ -436,6 +451,7 @@ ResultsImportConfiguration configuration, InputFile inputFile, Voyage voyage, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, DataMetadata> dataMetadataMap, Map<String, Species> speciesMap, Map<String, AgeCategory> ageCategoryMap, @@ -471,6 +487,7 @@ EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel csvModel = new EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator(), + voyageMap, speciesMap, voyage, esduCellMap, Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -55,6 +55,7 @@ public EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportModel( char separator, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Echotype> echotypeMap, Map<String, Species> speciesMap, Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, @@ -64,6 +65,7 @@ Map<String, DataQuality> dataQualityMap) { super(separator); + newForeignKeyColumn(RegionCellImportRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newForeignKeyColumn(EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.PROPERTY_ECHOTYPE, Echotype.class, Echotype.PROPERTY_NAME, echotypeMap); newForeignKeyColumn(Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); newForeignKeyColumn(EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataQuality; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SizeCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; @@ -43,6 +44,8 @@ */ public class EsduResultByEchotypeAndSpeciesCategoryImportRow implements EchobaseCsvUtil.ResultAble { + public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; + public static final String PROPERTY_ECHOTYPE = "echotype"; public static final String PROPERTY_CELL = "cell"; @@ -53,6 +56,8 @@ public static final String PROPERTY_DATA_QUALITY = "dataQuality"; + protected Voyage voyage; + protected Echotype echotype; protected Cell cell; @@ -66,6 +71,10 @@ protected DataQuality dataQuality; + public void setVoyage(Voyage voyage) { + this.voyage = voyage; + } + public Echotype getEchotype() { return echotype; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportModel.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportModel.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -51,6 +51,7 @@ public EsduResultByEchotypeImportModel( char separator, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Echotype> echotypeMap, Voyage voyage, Map<String, Cell> esduCellMap, @@ -58,6 +59,7 @@ Map<String, DataQuality> dataQualityMap) { super(separator); + newForeignKeyColumn(RegionCellImportRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newForeignKeyColumn(EsduResultByEchotypeImportRow.PROPERTY_ECHOTYPE, Echotype.class, Echotype.PROPERTY_NAME, echotypeMap); newMandatoryColumn(CELL_NAME, EsduResultByEchotypeImportRow.PROPERTY_CELL, EchobaseCsvUtil.newCellValueParser(voyage, esduCellMap)); newForeignKeyColumn(EsduResultByEchotypeImportRow.PROPERTY_DATA_QUALITY, DataQuality.class, DataQuality.PROPERTY_QUALITY_DATA_FLAG_VALUES, dataQualityMap); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportRow.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultByEchotypeImportRow.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataQuality; import java.util.List; @@ -40,12 +41,16 @@ */ public class EsduResultByEchotypeImportRow implements EchobaseCsvUtil.ResultAble { + public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; + public static final String PROPERTY_ECHOTYPE = "echotype"; public static final String PROPERTY_CELL = "cell"; public static final String PROPERTY_DATA_QUALITY = "dataQuality"; + protected Voyage voyage; + protected Echotype echotype; protected Cell cell; @@ -54,6 +59,10 @@ protected DataQuality dataQuality; + public void setVoyage(Voyage voyage) { + this.voyage = voyage; + } + public Echotype getEchotype() { return echotype; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -53,6 +53,7 @@ public EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportModel( char separator, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap, Voyage voyage, Map<String, Cell> esduCellMap, @@ -60,6 +61,7 @@ Map<String, DataQuality> dataQualityMap) { super(separator); + newForeignKeyColumn(RegionCellImportRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(CELL_NAME, EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.PROPERTY_CELL, EchobaseCsvUtil.newCellValueParser(voyage, esduCellMap)); newMandatoryColumn(EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.PROPERTY_AGE_CATEGORY); newMandatoryColumn(EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.PROPERTY_AGE_CATEGORY_MEANING); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -27,6 +27,7 @@ import fr.ifremer.echobase.csv.EchobaseCsvUtil; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataQuality; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; @@ -41,6 +42,8 @@ */ public class EsduResultBySpeciesAndAgeCategoryImportRow implements EchobaseCsvUtil.ResultAble { + public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; + public static final String PROPERTY_CELL = "cell"; public static final String PROPERTY_SPECIES = "species"; @@ -51,6 +54,8 @@ public static final String PROPERTY_DATA_QUALITY = "dataQuality"; + protected Voyage voyage; + protected Cell cell; protected List<Result> result = Lists.newArrayList(); @@ -63,6 +68,10 @@ protected DataQuality dataQuality; + public void setVoyage(Voyage voyage) { + this.voyage = voyage; + } + public Species getSpecies() { return species; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -53,6 +53,7 @@ public EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportModel( char separator, + Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap, Voyage voyage, Map<String, Cell> esduCellMap, @@ -60,6 +61,7 @@ Map<String, DataQuality> dataQualityMap) { super(separator); + newForeignKeyColumn(RegionCellImportRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(CELL_NAME, EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.PROPERTY_CELL, EchobaseCsvUtil.newCellValueParser(voyage, esduCellMap)); newMandatoryColumn(EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY); newMandatoryColumn(EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY_MEANING); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow.java 2012-04-06 14:07:07 UTC (rev 499) @@ -27,6 +27,7 @@ import fr.ifremer.echobase.csv.EchobaseCsvUtil; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Result; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataQuality; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; @@ -41,6 +42,8 @@ */ public class EsduResultBySpeciesAndSizeCategoryImportRow implements EchobaseCsvUtil.ResultAble { + public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; + public static final String PROPERTY_CELL = "cell"; public static final String PROPERTY_SPECIES = "species"; @@ -51,6 +54,8 @@ public static final String PROPERTY_DATA_QUALITY = "dataQuality"; + protected Voyage voyage; + protected Cell cell; protected List<Result> result = Lists.newArrayList(); @@ -63,6 +68,10 @@ protected DataQuality dataQuality; + public void setVoyage(Voyage voyage) { + this.voyage = voyage; + } + public Species getSpecies() { return species; }

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r498 - trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:05:31 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 498 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/498 Log: refs #1087: Validation des imports (changement de l'ordre des imports de r?\195?\169sultats) Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportMode.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportMode.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportMode.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/ResultsImportMode.java 2012-04-06 14:05:31 UTC (rev 498) @@ -38,14 +38,15 @@ /** Import results at voyage level. */ VOYAGE(n_("echobase.common.resultsImportMode.voyage")), + /** Import esdu results by echotype. */ + ESDU(n_("echobase.common.resultsImportMode.esdu")), + /** Import cells Region. */ REGION(n_("echobase.common.resultsImportMode.region")), /** Import cells Map. */ - MAP(n_("echobase.common.resultsImportMode.map")), + MAP(n_("echobase.common.resultsImportMode.map")); - /** Import esdu results by echotype. */ - ESDU(n_("echobase.common.resultsImportMode.esdu")); private final String i18nKey;

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r497 - in trunk: echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/csv echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv
by tchemit＠users.forge.codelutin.com April 6, 2012

April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:03:43 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 497 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/497 Log: fixes #1091: Uniformisation des formats de date utilis?\195?\169s Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/csv/EchobaseCsvUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/AcousticImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransitImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/VoyageImportModel.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/csv/EchobaseCsvUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/csv/EchobaseCsvUtil.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/csv/EchobaseCsvUtil.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -65,13 +65,9 @@ } }; - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY = new DateValue("dd/MM/yy"); - - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME2 = new DateValue("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"); - public static final String CELLULE_DATE_FORMAT = "yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSSS"; - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME3 = new DateValue(CELLULE_DATE_FORMAT); + public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE = new DateValue(CELLULE_DATE_FORMAT); public static final ValueParser<Boolean> INT_TO_BOOLEAN_PARSER = new ValueParser<Boolean>() { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/AcousticImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/AcousticImportModel.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/AcousticImportModel.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -105,8 +105,8 @@ newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\depthend", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_DEPTH_END, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT);//BA newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\indexstart");//BB newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\indexend");//BC - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\datestart", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_DATE_START, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME3);//BD - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\dateend", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_DATE_END, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME3);//BE + newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\datestart", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_DATE_START, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE);//BD + newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\dateend", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_DATE_END, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE);//BE newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\lat", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_LATITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT);//BF newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\cellset\\long", AcousticImportRow.PROPERTY_CELL_LONGITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT);//BG Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/OperationImportModel.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/OperationImportModel.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -53,8 +53,8 @@ newMandatoryColumn(OPERATION_ID, Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_TIME, EchobaseCsvUtil.DAY_TIME_SECOND); - newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_END_TIME, EchobaseCsvUtil.DAY_TIME_SECOND); + newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_TIME, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); + newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_END_TIME, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_LATITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_END_LATITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_LONGITUDE, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransectImportModel.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransectImportModel.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -56,9 +56,9 @@ newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_STRATUM); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_COMMENT); - newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_DATE_CREATED, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME2); - newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TIME_COVERAGE_START, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME2); - newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TIME_COVERAGE_END, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME2); + newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_DATE_CREATED, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); + newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TIME_COVERAGE_START, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); + newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TIME_COVERAGE_END, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_GEOSPATIAL_LON_MIN, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_GEOSPATIAL_LAT_MIN, EchobaseCsvUtil.PRIMITIVE_FLOAT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransitImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransitImportModel.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/TransitImportModel.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -43,8 +43,8 @@ super(separator); newForeignKeyColumn(TransitImportRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_DESCRIPTION); - newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, EchobaseCsvUtil.DAY_TIME); - newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, EchobaseCsvUtil.DAY_TIME); + newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); + newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_LOCALITY); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_LOCALITY); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/VoyageImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/VoyageImportModel.java 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/importdata/csv/VoyageImportModel.java 2012-04-06 14:03:43 UTC (rev 497) @@ -39,8 +39,8 @@ public VoyageImportModel(char separator) { super(separator); newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_NAME); - newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_START_DATE, EchobaseCsvUtil.DAY); - newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_END_DATE, EchobaseCsvUtil.DAY); + newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_START_DATE, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); + newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_END_DATE, EchobaseCsvUtil.IMPORT_DAY_TIME_ECHOBASE); newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_START_PORT); newMandatoryColumn(Voyage.PROPERTY_END_PORT); }

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r496 - trunk/echobase-entities/src/main/xmi
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April 6, 2012

Author: tchemit Date: 2012-04-06 16:01:55 +0200 (Fri, 06 Apr 2012) New Revision: 496 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/496 Log: fixes #1093: Ajout du champs Strata sur l'entit?\195?\169 LengthWeightKey Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.properties trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.properties =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.properties 2012-04-06 14:00:39 UTC (rev 495) +++ trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.properties 2012-04-06 14:01:55 UTC (rev 496) @@ -265,11 +265,13 @@ fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey.attribute.length.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey.attribute.metadata.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey.attribute.species.tagValue.notNull=true +fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthAgeKey.attribute.strata.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey.attribute.AParameter.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey.attribute.BParameter.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey.attribute.metadata.tagValue.notNull=false fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey.attribute.speciesCategory.tagValue.notNull=true +fr.ifremer.echobase.entities.data.LengthWeightKey.attribute.strata.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation.attribute.id.tagValue.notNull=true fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation.attribute.gear.tagValue.notNull=true Modified: trunk/echobase-entities/src/main/xmi/echobase.zargo =================================================================== (Binary files differ)

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