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r325 - in trunk/echobase-services/src: main/java/fr/ifremer/echobase/services main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv test/java/fr/ifremer/echobase/services test/resources/import-data test/resources/import-data/result
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 18, 2012

Feb. 18, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-18 01:10:05 +0100 (Sat, 18 Feb 2012) New Revision: 325 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/325 Log: - improve csv api (for adding foreign keys) - test result import - add missing entities in tests Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -158,7 +158,9 @@ } catch (TopiaException e) { throw new EchoBaseTechnicalException("Could not create new instance of entity", e); } - }protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + } + + protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { try { E result = dao.create(); return result; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -23,6 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; +import com.google.common.base.Predicate; import com.google.common.collect.Iterables; import com.google.common.collect.Lists; import com.google.common.collect.Maps; @@ -56,12 +57,15 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellAssociationImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.RegionCellImportModel; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; import java.io.Reader; import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; import java.util.List; import java.util.Map; @@ -75,6 +79,10 @@ */ public class ResultsImportService extends AbstractImportDataService<ResultsImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(ResultsImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.Results.getI18nKey()); @@ -181,6 +189,11 @@ protected CsvFileImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of region from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -212,6 +225,11 @@ RegionCellAssociationImportModel csvModel = new RegionCellAssociationImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of region association from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -241,6 +259,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthWeightKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -307,6 +330,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of lenthAgeKey from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -350,6 +378,11 @@ Map<String, Voyage> voyageMap, Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of echotype from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( inputFile.getFileName()); @@ -374,49 +407,44 @@ Voyage voyage = row.getVoyage(); - String echotypeName = row.getName(); + Echotype rowEchotype = row.getEchotype(); + String echotypeName = rowEchotype.getName(); + // check if there is a echotype for the voyage and this name Echotype echotype = null; if (!voyage.isEchotypeEmpty()) { - echotype = Iterables.find( - voyage.getEchotype(), + Collection<Echotype> echotypes = voyage.getEchotype(); + Predicate<Echotype> predicate = EchoBasePredicates.newEchotypeByNamePredicate( - echotypeName)); + echotypeName); + echotype = Iterables.find(echotypes, predicate, null); } if (echotype == null) { // creates it - echotype = create(dao, - Echotype.PROPERTY_NAME, echotypeName, - Echotype.PROPERTY_MEANING, row.getMeaning() - ); + echotype = create(dao, rowEchotype); - DepthStratum depthStratum = row.getDepthStratum(); - echotype.setDepthStratum(depthStratum); - // attach it to voyage - voyage.addEchotype(echotype); importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); + } else { - importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); - } + Species species = rowEchotype.getSpecies().iterator().next(); + Species existingSpecie = + echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); - Species species = row.getSpecies(); - Species existingSpecie = - echotype.getSpeciesByTopiaId(species.getTopiaId()); + if (existingSpecie == null) { - if (existingSpecie == null) { - - // add this species - echotype.addSpecies(species); + // add this species + echotype.addSpecies(species); + } } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -45,7 +45,7 @@ super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById));//C + newForeignKeyColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById);//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -35,7 +35,7 @@ */ public class AcousticDataImportModelRow { - public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT= "acousticInstrument"; + public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT = "acousticInstrument"; // public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; // public static final String PROPERTY_SND_NAME = "sndName"; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -338,6 +338,14 @@ public <T> ImportableColumn<E, T> newMandatoryColumn(String headerName, ValueParser<T> valueParser, ValueSetter<E, T> etValueSetter) { return modelBuilder.newMandatoryColumn(headerName, valueParser, etValueSetter); } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(headerName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(propertyName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } } public static abstract class AbstractImportExportModel<E> implements ImportExportModel<E> { @@ -445,6 +453,14 @@ public <T> ImportableExportableColumn<E, T> newColumnForImportExport(String headerName, ValueGetterSetter<E, T> etValueGetterSetter, ValueParserFormatter<T> valueParserFormatter) { return modelBuilder.newColumnForImportExport(headerName, etValueGetterSetter, valueParserFormatter); } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(headerName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } + + protected <E extends TopiaEntity> void newForeignKeyColumn(String propertyName, Class<E> entityType, String foreignKeyName, Map<String, E> universe) { + newMandatoryColumn(propertyName, propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, foreignKeyName, universe)); + } } public static abstract class AbstractExportModel<E> implements ExportModel<E> { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -25,6 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.util.Map; @@ -57,14 +58,14 @@ echotypeName DepthStratumID meaning - genusSpecies + baracoudacode */ - newMandatoryColumn("echotypeName", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_NAME); - newMandatoryColumn("meaning", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_MEANING); - newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); - newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn("echotypeName", Echotype.PROPERTY_NAME); + newMandatoryColumn("meaning", Echotype.PROPERTY_MEANING); + newForeignKeyColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn("DepthStratumID", Echotype.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", Echotype.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModelRow.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -25,6 +25,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.DepthStratum; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.EchotypeImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Species; import java.io.Serializable; @@ -41,24 +43,14 @@ public static final String PROPERTY_VOYAGE = "voyage"; - public static final String PROPERTY_NAME = "name"; - - public static final String PROPERTY_MEANING = "meaning"; - - public static final String PROPERTY_DEPTH_STRATUM = "depthStratum"; - - public static final String PROPERTY_SPECIES = "species"; - protected Voyage voyage; - protected String name; + protected final Echotype echotype; - protected String meaning; + public EchotypeImportModelRow() { + echotype = new EchotypeImpl(); + } - protected DepthStratum depthStratum; - - protected Species species; - public Voyage getVoyage() { return voyage; } @@ -67,35 +59,23 @@ this.voyage = voyage; } - public String getName() { - return name; + public Echotype getEchotype() { + return echotype; } public void setName(String name) { - this.name = name; + echotype.setName(name); } - public String getMeaning() { - return meaning; - } - public void setMeaning(String meaning) { - this.meaning = meaning; + echotype.setMeaning(meaning); } - public DepthStratum getDepthStratum() { - return depthStratum; - } - public void setDepthStratum(DepthStratum depthStratum) { - this.depthStratum = depthStratum; + echotype.setDepthStratum(depthStratum); } - public Species getSpecies() { - return species; - } - public void setSpecies(Species species) { - this.species = species; + echotype.addSpecies(species); } } \ No newline at end of file Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -54,11 +54,11 @@ gearMetadataValue */ - newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newForeignKeyColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); - newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); + newForeignKeyColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap); + newForeignKeyColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap); newMandatoryColumn("gearMetadataValue", GearMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -53,15 +53,14 @@ this.strataMap = strataMap; this.speciesMap = speciesMap; - newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newForeignKeyColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_PERCENT_AT_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_METADATA); - newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap)); - newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class,Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - + newForeignKeyColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -61,12 +61,12 @@ codeMemo */ - newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn("aParameter", LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn("bParameter", LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newForeignKeyColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); + newForeignKeyColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -58,11 +58,11 @@ gearShootingEndLongitude // gearName // */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); - newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); - newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("operationID",Operation.PROPERTY_ID); + newForeignKeyColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap); + newForeignKeyColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap); + newMandatoryColumn("operationID", Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME_SECOND); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -51,10 +51,10 @@ operationMetadataValue/ */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newForeignKeyColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap); + newForeignKeyColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); - newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap)); + newForeignKeyColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap); newMandatoryColumn("operationMetadataValue", OperationMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -67,10 +67,10 @@ newIgnoredColumn("units"); newIgnoredColumn("round"); - newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class,Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME,sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME,sexCategoryMap)); + newForeignKeyColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); + newForeignKeyColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); + newForeignKeyColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME, sexCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -56,9 +56,9 @@ sortedWeight */ - newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); + newForeignKeyColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap); + newForeignKeyColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap); + newForeignKeyColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -39,9 +39,9 @@ public TransectImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn( + newForeignKeyColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -41,7 +41,7 @@ public TransitImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newForeignKeyColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_DESCRIPTION); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -30,6 +30,8 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; @@ -48,7 +50,7 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -70,8 +72,8 @@ AcousticDataImportConfiguration conf = new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); @@ -96,6 +98,14 @@ AcousticDataImportService service = getService(AcousticDataImportService.class); + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES18-11"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES38B"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES70-7C"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES120-7"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ES200-7C"); + service.create(getDAO(AcousticInstrument.class), AcousticInstrument.PROPERTY_ID, "ME70"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -47,7 +47,7 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -67,8 +67,8 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); @@ -76,12 +76,12 @@ CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + CsvFileImportResult importResult = result.get(0); assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); } @@ -99,8 +99,8 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); @@ -133,15 +133,16 @@ CatchesDataImportConfiguration conf = new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); @@ -151,49 +152,4 @@ assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); } - @Ignore - @Test - public void doImportAllSample() throws Exception { - - assertNbEntities(Voyage.class, 1); - assertNbEntities(Transit.class, 3); - assertNbEntities(Transect.class, 181); - assertNbEntities(Operation.class, 61); - assertNbEntities(Sample.class, 0); - assertNbEntities(SampleData.class, 0); - - CatchesDataImportConfiguration conf = - new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); - - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); - - prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), - getImportPath("totalsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), - getImportPath("subsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), - getImportPath("biometrysample.csv")); - - CatchesDataImportService service = - getService(CatchesDataImportService.class); - - List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); - - Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); - CsvFileImportResult importResult; - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 1220); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 6273); - - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 1220); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 6273); - - importResult = iterator.next(); - assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 4061, 0, 4680); - assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); - } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -44,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } @Test @@ -59,13 +59,13 @@ CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -43,8 +43,9 @@ */ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA); } @Test @@ -61,15 +62,15 @@ CommonDataImportConfiguration conf = new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); - conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setAreaOfOperationId(AREA_OF_OPERATION_ID); conf.setDatum("datum"); - conf.setMissionId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"); + conf.setMissionId(MISSION_ID); conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); conf.setTransectLicence("transectLicence"); conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -53,6 +53,20 @@ */ public abstract class EchoBaseTestServiceSupport extends EchoBaseServiceSupport { + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_NO_DATA = "/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"; + + public static final String IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT = "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"; + + public static final String VOYAGE_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329522708879#0.8413295564795277"; + + public static final String VESSEL_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"; + + public static final String MISSION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"; + + public static final String AREA_OF_OPERATION_ID = "fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"; + /** Logger. */ private static final Log log = LogFactory.getLog(EchoBaseTestServiceSupport.class); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -45,13 +45,13 @@ protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { return new FakeEchoBaseServiceContext( - "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); + IMPORT_DATA_ECHOBASE_OPERATION_RESULT); } @Test public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); @@ -72,8 +72,7 @@ public void replicateVoyageEntity() throws Exception { // create new H2 dataBase in target/voyageId - String voyageId = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"; - TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, VOYAGE_ID); File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); @@ -81,7 +80,7 @@ getService(EmbeddedApplicationService.class); EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); - conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + conf.setVoyageIds(new String[]{VOYAGE_ID}); TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, testBaseDir, false); @@ -91,7 +90,7 @@ try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(VOYAGE_ID); // assert voyage is in new base Assert.assertNotNull(voyageReplicated); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 19:51:35 UTC (rev 324) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -23,12 +23,15 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; @@ -46,7 +49,7 @@ public class OperationImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext(IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -59,9 +62,6 @@ assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); - - // import operations - assertNbEntities(Operation.class, 0); assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 0); assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 0); @@ -69,16 +69,25 @@ OperationImportConfiguration conf = new OperationImportConfiguration(getLocale()); - conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); - conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setVesselId(VESSEL_ID); - prepareInputFile(conf.getOperationFile(), getImportPath("operation.csv")); - prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); - prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); + prepareInputFile(conf.getOperationFile(), + getImportPath("operation.csv")); + prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), + getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); + prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), + getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "AverageSpeed"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "VesselHeading"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftHeading"); + service.create(getDAO(GearMetadata.class), GearMetadata.PROPERTY_NAME, "DriftSpeed"); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,144 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Echotype; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthAgeKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.LengthWeightKey; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link ResultsImportService}. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class ResultsImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + IMPORT_DATA_ECHOBASE_COMMON_DATA_RESULT); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "result", filename}; + } + + @Test + public void doImportLengthAgeKey() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(LengthAgeKey.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthAgeKeyFile(), + getImportPath("lengthAgeKey.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + //FIXME : remove this when db will have such data + service.create(getDAO(Strata.class), Strata.PROPERTY_NAME, "ALL"); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthAgeKey.class, 404, 0, 404); + } + + @Test + public void doImportLengthWeightKey() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(LengthWeightKey.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getLengthWeightKeyFile(), + getImportPath("lengthWeightKey.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), LengthWeightKey.class, 7, 0, 7); + } + + @Test + public void doImportEchotype() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Echotype.class, 0); + + ResultsImportConfiguration conf = + new ResultsImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId(VOYAGE_ID); + conf.setImportMode(ResultsImportMode.VOYAGE); + + prepareInputFile(conf.getEchotypeFile(), getImportPath("echotype.csv")); + + ResultsImportService service = + getService(ResultsImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + assertCsvImportResult(result.get(0), Echotype.class, 8, 0, 8); + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Modified: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,33 @@ +"voyage";"echotypeName";"DepthStratumID";"meaning";"baracoudacode" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"COMP-LEM" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"MERL-MER" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"MERL-MNG" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"TRAC-MED" +"PELGAS2011";"D1";"CLAS";"Maquereaux, Chinchards et gadidés présents dans les couches à proximité du fond";"TRAC-TRU" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"CLUP-HAR" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"SARD-PIL" +"PELGAS2011";"D2";"CLAS";"Bancs bien distincts: Anchois, Sardines Sprats et Harengs situés entre le fond et 50m au dessus du fond";"SPRA-SPR" +"PELGAS2011";"D3";"CLAS";"Merlans bleus, myctophidés et capros présents au large";"CAPR-APE" +"PELGAS2011";"D3";"CLAS";"Merlans bleus, myctophidés et capros présents au large";"MICR-POU" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SARD-PIL" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";"D4";"SURF";"Sardines, Maquereaux, Anchois situés proche de la surface";"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"COMP-LEM" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"MERL-MER" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"MICR-POU" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"TRAC-MED" +"PELGAS2011";"D5";"CLAS";"Points bleus près du fond (Merlans leus, merlus et chinchards)";"TRAC-TRU" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"COMP-LEM" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"SARD-PIL" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"SPRA-SPR" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"TRAC-MED" +"PELGAS2011";"D6";"CLAS";"(Pel03) MELANGE - D1+D2 lorsque la structure ne permet pas de les distinguer";"TRAC-TRU" +"PELGAS2011";"D7";"CLAS";"Banc d'Anchois purs";"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";"D8";"CLAS";"Banc de Sardines pur";"SARD-PIL" \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/echotype.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,405 @@ +"baracoudacode";"age";"voyage";"length";"percentAtAge";"metadata";"strata" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";7.5;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";8;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";8.5;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";9;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";9.5;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";10;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";10.5;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";11;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";11.5;1;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";12;0.9929078014;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";12.5;0.9825581395;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";13;0.9427083333;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";13.5;0.9166666667;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";14;0.8391959799;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";14.5;0.7674418605;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";15;0.6736111111;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";15.5;0.6146788991;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";16;0.3645833333;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";16.5;0.1315789474;;"ALL" +"ENGR-ENC";1;"PELGAS2011";17;0.0158730159;;"ALL" 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+"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";22;0;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";22.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";23;0;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";23.5;0.1666666667;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";24;1;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";24.5;0.5;;"ALL" +"SARD-PIL";8;"PELGAS2011";25;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";10.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";11;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";11.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";12;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";12.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";13;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";13.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";14;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";14.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";15;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";15.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";16;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";16.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";17;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";17.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";18;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";18.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";19;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";19.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";20;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";20.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";21;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";21.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";22;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";22.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";23;0.15;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";23.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";24;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";24.5;0;;"ALL" +"SARD-PIL";9;"PELGAS2011";25;1;;"ALL" \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthAgeKey.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv 2012-02-18 00:10:05 UTC (rev 325) @@ -0,0 +1,8 @@ +"voyage";"sizeCategory";"aParameter";"bParameter";"baracoudacode" +"PELGAS2011";0;0.00303825492018371;3.29818993893492;"ENGR-ENC" +"PELGAS2011";0;0.00408918945552281;3.10229886044925;"MICR-POU" +"PELGAS2011";0;0.00883848417892924;2.95633231853268;"SARD-PIL" +"PELGAS2011";0;0.00453442945694522;3.17499018249429;"SCOM-JAP" +"PELGAS2011";0;0.00811235727378315;2.96893493662759;"SCOM-SCO" +"PELGAS2011";0;0.00800415913305456;3.01986613213797;"TRAC-TRU" +"PELGAS2011";0;;;"SPRA-SPR" \ No newline at end of file Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/result/lengthWeightKey.csv ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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r324 - trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 20:51:35 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 324 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/324 Log: add import test datas Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream

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r323 - trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 20:48:30 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 323 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/323 Log: add svn properties + header Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 19:48:30 UTC (rev 323) @@ -1,3 +1,26 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import com.google.common.collect.Maps; Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 19:35:54 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 322 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/322 Log: - continue import data tests - improve Foreign value parser (add the property name inside error message) - improve others tests (and make create embedded service testable) Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/subsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/catchesData/totalsample.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transect.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/transit.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/commonData/voyage.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/gearmetadatavalue.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operation.csv trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/operation/operationmetadatavalue.csv Removed: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/AbstractLaunchImport.java trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/InputFile.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -87,4 +87,8 @@ public void setLabel(String label) { this.label = label; } + + public boolean hasFile() { + return file!=null; + } } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractImportDataService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import com.google.common.collect.Maps; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EntityModificationLog; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SexCategory; @@ -36,6 +37,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategoryDAO; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AbstractImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.nuiton.topia.TopiaException; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaDAO; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; @@ -48,6 +50,7 @@ import java.io.Reader; import java.util.List; import java.util.Map; +import java.util.Set; /** * Abstract data import service. @@ -57,12 +60,12 @@ */ public abstract class AbstractImportDataService<M extends AbstractImportConfiguration> extends EchoBaseServiceSupport { - public final List<CsvImportResult> doImport(M configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + public final List<CsvFileImportResult> doImport(M configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { try { - List<CsvImportResult> result = startImport(configuration, user); + List<CsvFileImportResult> result = startImport(configuration, user); // do commit commitTransaction("Could not execute import " + getImportLabel()); @@ -76,16 +79,16 @@ protected abstract String getImportLabel(); - protected abstract List<CsvImportResult> startImport(M configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException; + protected abstract List<CsvFileImportResult> startImport(M configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException; - protected void addResultAndLog(List<CsvImportResult> result, + protected void addResultAndLog(List<CsvFileImportResult> result, InputFile inputFile, - CsvImportResult importResult, + CsvFileImportResult importResult, EchoBaseUser user) { - if (importResult.getNumberCreated() > 0 || - importResult.getNumberUpdated() > 0) { + Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes = importResult.getEntityTypes(); + if (!entityTypes.isEmpty()) { result.add(importResult); @@ -93,22 +96,28 @@ StringBuilder description = new StringBuilder(); description.append("Depuis Fichier ").append(inputFile.getFileName()); - if (importResult.getNumberCreated() > 0) { - description.append(" [ nombre de création : ").append(importResult.getNumberCreated()).append("]"); - } - if (importResult.getNumberUpdated() > 0) { - description.append(" [ nombre de mises à jour : ").append(importResult.getNumberUpdated()).append("]"); - } TopiaDAO<EntityModificationLog> dao = getDAO(EntityModificationLog.class); - create(dao, - EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_TYPE, importResult.entityType.name(), - EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_ID, importType, - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_USER, user.getEmail(), - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_DATE, newDate(), - EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_TEXT, description.toString() - ); + for (EchoBaseEntityEnum entityType : entityTypes) { + int numberCreated = importResult.getNumberCreated(entityType); + int numberUpdated = importResult.getNumberUpdated(entityType); + if (numberCreated > 0) { + description.append(" [ nombre de création : ").append(numberCreated).append("]"); + } + if (numberUpdated > 0) { + description.append(" [ nombre de mises à jour : ").append(numberUpdated).append("]"); + } + + create(dao, + EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_TYPE, entityType.name(), + EntityModificationLog.PROPERTY_ENTITY_ID, importType, + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_USER, user.getEmail(), + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_DATE, newDate(), + EntityModificationLog.PROPERTY_MODIFICATION_TEXT, description.toString() + ); + } + } } @@ -142,8 +151,15 @@ return voyageMap; } - protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + protected <E extends TopiaEntity> E newInstance(TopiaDAO<E> dao) { try { + E result = dao.newInstance(); + return result; + } catch (TopiaException e) { + throw new EchoBaseTechnicalException("Could not create new instance of entity", e); + } + }protected <E extends TopiaEntity> E create(TopiaDAO<E> dao) { + try { E result = dao.create(); return result; } catch (TopiaException e) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -48,6 +48,7 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -74,11 +75,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( AcousticDataImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); // get selected voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -98,60 +99,32 @@ InputFile inputFile = configuration.getMoviesFile(); - CsvImportResult importDataAcquisition = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = importMoviesFile(voyage, + vessel, + esduCellType, + elementaryCellType, + configuration, + inputFile); - CsvImportResult importDataProcessing = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataProcessing, - inputFile.getFileName(), - false); + addResultAndLog(result, inputFile, importResult, user); - CsvImportResult importCell = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); - - CsvImportResult importCellData = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Data, - inputFile.getFileName(), - false); - - importMoviesFile(voyage, - vessel, - esduCellType, - elementaryCellType, - configuration, - inputFile, - importDataAcquisition, - importDataProcessing, - importCell, - importCellData); - - addResultAndLog(result, inputFile, importDataAcquisition, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importDataProcessing, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCell, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCellData, user); - return result; } private final DateFormat cellDateFormat = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd hh:mm:ss'Z'"); - private void importMoviesFile(Voyage voyage, - Vessel vessel, - CellType esduCellType, - CellType elementaryCellType, - AcousticDataImportConfiguration configuration, - InputFile inputFile, - CsvImportResult importDataAcquisition, - CsvImportResult importDataProcessing, - CsvImportResult importCell, - CsvImportResult importCellData + private CsvFileImportResult importMoviesFile(Voyage voyage, + Vessel vessel, + CellType esduCellType, + CellType elementaryCellType, + AcousticDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile ) throws ImportException { + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById = getEntitiesMap(AcousticInstrument.class, EchoBaseFunctions.ACOUSTIC_INSTRUMENT_ID); @@ -160,7 +133,7 @@ DataMetadata.class, EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); AcousticDataImportModel csvModel = new AcousticDataImportModel( - getCsvSeparator()); + getCsvSeparator(), instrumentsById); DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO = getDAO(DataAcquisition.class, DataAcquisitionDAO.class); @@ -171,6 +144,9 @@ boolean addDataAcquisition = configuration.isAddDataAcquisition(); + String suffix = + configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); try { Import<AcousticDataImportModelRow> importer = @@ -206,12 +182,11 @@ } // Build the row acoustic instrument - String sndname = row.getSndName(); - String channelName = row.getChannelName(); - String instrumentId = sndname + channelName; - AcousticInstrument instrument = - instrumentsById.get(instrumentId); - +// String sndname = row.getSndName(); +// String channelName = row.getChannelName(); +// String instrumentId = sndname; + AcousticInstrument instrument = row.getAcousticInstrument(); +// instrumentsById.get(instrumentId); boolean isME70 = EchoBasePredicates.IS_ACOUSTIC_INSTRUMENT_ME70.apply(instrument); if (dataAcquisition == null || @@ -255,7 +230,7 @@ dataAcquisitionDAO ); - importDataAcquisition.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition); // add it to transect transect.addDataAcquisition(dataAcquisition); @@ -270,7 +245,7 @@ dataProcessingDAO ); - importDataProcessing.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.DataProcessing); // add it to data acquisition dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); @@ -293,18 +268,18 @@ Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId ); - importCell.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); // add it to data processing dataProcessing.addCell(esduCell); // create esdu cell data - createEsduCellData(configuration, + createEsduCellData(suffix, esduCell, dataMetadatasByName, row, dataDAO, - importCellData); + importResult); } else { // this is a elementary cell row @@ -326,22 +301,22 @@ Cell.PROPERTY_NAME, elementaryCellId ); - importCell.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); // add it to esdu cell esduCell.addChilds(elementaryCell); // create datas of the elementary cell - createElementaryCellData(configuration, - elementaryCell, + createElementaryCellData(elementaryCell, dataMetadatasByName, row, dataDAO, - importCellData); + importResult); } } + return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); } finally { @@ -349,75 +324,46 @@ } } - protected void createEsduCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, + protected void createEsduCellData(String suffix, Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatas, AcousticDataImportModelRow row, DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { + CsvFileImportResult importResult) { - DataMetadata dataMetadata; - Data data; String dataValue; - String suffix = - configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); - // create Latitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Latitude" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataLatitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Latitude" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Longitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Longitude" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataLongitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Longitude" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Depth data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("DepthRefSurface" + suffix); dataValue = row.getEsduCellDataDepth(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "DepthRefSurface" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create Time data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Time" + suffix); dataValue = cellDateFormat.format(row.getCellDateStart()); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "Time" + suffix, + dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create AcousticDensity data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); dataValue = row.getEsduCellDataAcousticDensity(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "sa", dataValue, importResult); } - private void createElementaryCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, - Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + private void createElementaryCellData(Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatas, AcousticDataImportModelRow row, DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { + CsvFileImportResult importResult) { - DataMetadata dataMetadata; - Data data; String dataValue; int cellType = row.getCellType(); @@ -441,33 +387,17 @@ } // create depth start data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(startMeta); dataValue = row.getCellDepthStart(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, startMeta, dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create depth end data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(endMeta); dataValue = row.getCellDepthEnd(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, endMeta, dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - // create acoustic density data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); dataValue = row.getCellSa(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); + createCellData(dao, cell, dataMetadatas, "sa", dataValue, importResult); - importCellData.incrementsNumberCreated(); - } private DataAcquisition createDataAcquisition(AcousticDataImportConfiguration configuration, @@ -585,6 +515,22 @@ return dataProcessing; } + private void createCellData(DataDAO dao, + Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + String metadataName, + String dataValue, + CsvFileImportResult importResult) { + + DataMetadata dataMetaData = dataMetadatasByName.get(metadataName); + Data data = create(dao); + data.setDataMetadata(dataMetaData); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Data); + } + private String getSoftwareVersion(AcousticDataImportConfiguration configuration, boolean isME70) { String result; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -50,10 +50,13 @@ import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.BiometrySampleImportModelRow; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.SubSampleImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TotalSampleImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -72,16 +75,20 @@ */ public class CatchesDataImportService extends AbstractImportDataService<CatchesDataImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(CatchesDataImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.CatchesData.getI18nKey()); } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport(CatchesDataImportConfiguration configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + protected List<CsvFileImportResult> startImport(CatchesDataImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, configuration.getVoyageId()); @@ -108,41 +115,55 @@ SexCategory.class, EchoBaseFunctions.SEX_CATEGORY_NAME); - CsvImportResult totalSampleResult = importTotalSampleFile( - configuration.getTotalSampleFile(), - operationMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap); + if (configuration.getTotalSampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult totalSampleResult = importTotalSampleFile( + configuration.getTotalSampleFile(), + operationMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap); - CsvImportResult subSampleResult = importSubSampleFile( - configuration.getSubSampleFile(), - operationMap, - speciesMap, - sizeCategoryMap, - sexCategoryMap); + addResultAndLog(result, configuration.getTotalSampleFile(), + totalSampleResult, user); + } -// CsvImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( -// configuration.getBiometrySampleFile(), -// operationMap, -// speciesMap); + if (configuration.getSubSampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult subSampleResult = importSubSampleFile( + configuration.getSubSampleFile(), + operationMap, + speciesMap, + sizeCategoryMap, + sexCategoryMap); - addResultAndLog(result, configuration.getTotalSampleFile(), totalSampleResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getSubSampleFile(), subSampleResult, user); -// addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), biometrySampleResult, user); + addResultAndLog(result, configuration.getSubSampleFile(), + subSampleResult, user); + } + if (configuration.getBiometrySampleFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( + configuration.getBiometrySampleFile(), + operationMap, + speciesMap); + + + addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), + biometrySampleResult, user); + } return result; } - private CsvImportResult importTotalSampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { + private CsvFileImportResult importTotalSampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of totalSample from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + TotalSampleImportModel csvModel = new TotalSampleImportModel(getCsvSeparator(), operationMap, speciesMap, @@ -202,26 +223,33 @@ Sample sample = operation.getSample(category, sampleType); - if (sample != null) { +// if (sample != null) { +// +// // can not have twice same sample +// throw new ImportException( +// l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", +// operation.getId(), +// sampleType.getName(), +// species.getBaracoudaCode(), +// sizeCategory.getName())); +// } - // can not have twice same sample - throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.duplicate.sample", - operation.getId(), - sampleType.getName(), - species.getBaracoudaCode(), - sizeCategory.getName())); - } + if (sample == null) { - sample = row.getSample(); - sample.setSpeciesCategory(category); + // must create it - sample.setSampleType(sampleType); - Sample createdSample = create(sampleDAO, sample); + sample = row.getSample(); + sample.setSpeciesCategory(category); - operation.addSample(createdSample); + sample.setSampleType(sampleType); - importResult.incrementsNumberCreated(); + sample = addSample(sampleDAO, + operation, + sample, + importResult); + } else { + sample = sample; + } // create datas @@ -232,7 +260,8 @@ sampleDataTypeMeanLength, null, row.getMeanLength(), - createdSample); + sample, + importResult); } if (row.getMeanWeight() != null) { @@ -242,7 +271,8 @@ sampleDataTypeMeanWeight, null, row.getMeanWeight(), - createdSample); + sample, + importResult); } if (row.getNoPerKg() != null) { @@ -252,17 +282,21 @@ sampleDataTypeNoPerKg, null, row.getNoPerKg(), - createdSample); + sample, + importResult); } - // create sorted sample - Sample createdSortedSample = create(sampleDAO); + Sample createdSortedSample = newInstance(sampleDAO); createdSortedSample.setSampleType(sampleTypeSorted); createdSortedSample.setSampleWeight(row.getSortedWeight()); - operation.addSample(createdSortedSample); + // create sorted sample + addSample(sampleDAO, + operation, + createdSortedSample, + importResult); - importResult.incrementsNumberCreated(); + } return importResult; @@ -273,18 +307,21 @@ } } - private CsvImportResult importSubSampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap, - Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, - Map<String, SexCategory> sexCategoryMap + private CsvFileImportResult importSubSampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap, + Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap, + Map<String, SexCategory> sexCategoryMap ) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of subSample from file " + + inputFile.getFileName()); + } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + SubSampleImportModel csvModel = new SubSampleImportModel(getCsvSeparator(), operationMap, speciesMap, @@ -327,7 +364,8 @@ ); // find the sample with this category - Sample sample = operation.getSample(category, sampleTypeSubsample); + Sample sample = operation.getSample(category, + sampleTypeSubsample); if (sample == null) { @@ -337,11 +375,10 @@ sample.setSpeciesCategory(category); sample.setSampleType(sampleTypeSubsample); - sample = create(sampleDAO, sample); - - operation.addSample(sample); - - importResult.incrementsNumberUpdated(); + sample = addSample(sampleDAO, + operation, + sample, + importResult); } //create numberAtLength data @@ -349,16 +386,18 @@ sampleDataTypeNumberAtLength, "" + row.getLengthClass(), row.getNumberAtLength(), - sample); + sample, + importResult); - if (row.getWeightAtLength() > 0) { + if (row.getWeightAtLength() != null) { //create weightAtLength data addSampleData(sampleDataDAO, sampleDataTypeWeightAtLength, "" + row.getLengthClass(), row.getWeightAtLength(), - sample); + sample, + importResult); } } @@ -370,18 +409,22 @@ } } - private CsvImportResult importBiometrySampleFile(InputFile inputFile, - Map<String, Operation> operationMap, - Map<String, Species> speciesMap + private CsvFileImportResult importBiometrySampleFile(InputFile inputFile, + Map<String, Operation> operationMap, + Map<String, Species> speciesMap ) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Sample, - inputFile.getFileName(), - false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of biometrySample from file " + + inputFile.getFileName()); + } - BiometrySampleImportModel csvModel = new BiometrySampleImportModel(getCsvSeparator()); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + BiometrySampleImportModel csvModel = + new BiometrySampleImportModel(getCsvSeparator()); + SampleDAO sampleDAO = getDAO(Sample.class, SampleDAO.class); SampleDataDAO sampleDataDAO = getDAO(SampleData.class, SampleDataDAO.class); SampleTypeDAO sampleTypeDAO = getDAO(SampleType.class, SampleTypeDAO.class); @@ -408,16 +451,31 @@ } } + private Sample addSample(SampleDAO dao, + Operation operation, + Sample sample, + CsvFileImportResult importResult) { + Preconditions.checkNotNull(operation); + Preconditions.checkNotNull(sample); + Sample result = create(dao, sample); + operation.addSample(result); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Sample); + return result; + } + private SampleData addSampleData(SampleDataDAO dao, SampleDataType sampleDataType, String label, float value, - Sample sample) { + Sample sample, + CsvFileImportResult importResult) { SampleData sampleData = create(dao); sampleData.setSampleDataType(sampleDataType); sampleData.setDataValue(value); sampleData.setDataLabel(label); sample.addSampleData(sampleData); + + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.SampleData); return sampleData; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -43,6 +43,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransectImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.TransitImportModel; @@ -75,11 +76,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( CommonDataImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); CommonDataImportMode importMode = configuration.getImportMode(); @@ -95,18 +96,18 @@ getEntityById(AreaOfOperation.class, configuration.getAreaOfOperationId()); - CsvImportResult voyageResult = importVoyageFile( + CsvFileImportResult voyageResult = importVoyageFile( configuration.getVoyageFile(), mission, areaOfOperation, configuration); - CsvImportResult transitResult = importTransitFile( + CsvFileImportResult transitResult = importTransitFile( configuration.getTransitFile(), configuration); - CsvImportResult transectResult = importTransectFile( + CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( configuration.getTransectFile(), vessel, configuration); @@ -120,7 +121,7 @@ case TRANSECT: { - CsvImportResult transectResult = importTransectFile( + CsvFileImportResult transectResult = importTransectFile( configuration.getTransectFile(), vessel, configuration); @@ -156,16 +157,14 @@ } } - protected CsvImportResult importVoyageFile( + protected CsvFileImportResult importVoyageFile( InputFile inputFile, Mission mission, AreaOfOperation areaOfOperation, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Voyage, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); String voyageDescription = configuration.getVoyageDescription(); String datum = configuration.getDatum(); @@ -197,7 +196,7 @@ l_(getLocale(), "echobase.importError.can.only.import.one.voyage.atime")); } - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Voyage); } if (newVoyage == null) { @@ -216,14 +215,12 @@ } } - protected CsvImportResult importTransitFile( + protected CsvFileImportResult importTransitFile( InputFile inputFile, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Transit, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); // get voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -254,7 +251,7 @@ voyage.addTransit(createdTransit); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transit); } return importResult; @@ -265,15 +262,13 @@ } } - private CsvImportResult importTransectFile( + private CsvFileImportResult importTransectFile( InputFile inputFile, Vessel vessel, CommonDataImportConfiguration configuration) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Transect, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); // get voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -310,7 +305,7 @@ if (transit == null) { throw new ImportException( l_(getLocale(), "echobase.importError.no.transit.between.date", - voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); + voyage.getName(), timeCoverageStart, timeCoverageEnd)); } transect.setVessel(vessel); @@ -323,7 +318,7 @@ Transect createdTransect = create(dao, transect); transit.addTransect(createdTransect); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Transect); } return importResult; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/DbEditorService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -566,7 +566,7 @@ if (addDecorated) { // translate foreign key to his decorated value - model.addNewColumnForExport( + model.newColumnForExport( propertyName + "_lib", propertyName, CsvModelUtil.newForeignKeyDecoratedValue( Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -89,18 +89,12 @@ } } - protected EmbeddedApplicationConfiguration model; + public File createEmbeddedApplication(EmbeddedApplicationConfiguration model) { - public void createEmbeddedApplication(EmbeddedApplicationConfiguration model) { - - this.model = model; - File warLocation = model.getWarLocation(); String fileName = model.getFileName(); - String[] voyageIds = model.getVoyageIds(); - model.setNbSteps(5); File tempDirectory = model.getWorkingDirectory(); @@ -121,7 +115,7 @@ FileUtil.createDirectoryIfNecessary(dir); // copy embedded files to / - copyEmbeddedFiles(dir); + copyEmbeddedFiles(model, dir); model.incrementsProgression(); @@ -129,7 +123,7 @@ FileUtil.copy(warLocation, new File(dir, warLocation.getName())); // create h2 db in /db - createH2Batabase(dir, true, voyageIds); + createH2Batabase(model, dir, true); } catch (Exception eee) { throw new EchoBaseTechnicalException( @@ -138,9 +132,10 @@ } EchoBaseIOUtil.compressZipFile(zipFile, dir); + return zipFile; } - protected void copyEmbeddedFiles(File zipDirectory) throws IOException, URISyntaxException { + protected void copyEmbeddedFiles(EmbeddedApplicationConfiguration model, File zipDirectory) throws IOException, URISyntaxException { for (EmbeddedFile startFile : EmbeddedFile.values()) { @@ -169,8 +164,10 @@ } } - protected TopiaContext createH2Batabase(File zipDirectory, boolean closeRootContext, - String... voyageIds) throws IOException, TopiaException { + protected TopiaContext createH2Batabase(EmbeddedApplicationConfiguration model, + File zipDirectory, + boolean closeRootContext + ) throws IOException, TopiaException { model.incrementsProgression(); @@ -234,6 +231,8 @@ // replicate referentiel to new h2 db replicateReferentiel(topiaContext); + String[] voyageIds = model.getVoyageIds(); + if (voyageIds != null) { model.incrementsProgression(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -44,6 +44,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.OperationMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.GearMetadataValueImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationImportModel; @@ -82,11 +83,11 @@ } @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( + protected List<CsvFileImportResult> startImport( OperationImportConfiguration configuration, EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); // get selected voyage Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, @@ -104,7 +105,7 @@ Map<String, Gear> gearMap = getEntitiesMap( Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_CASINO_GEAR_NAME); - CsvImportResult nbOperations = importOperationFile( + CsvFileImportResult nbOperations = importOperationFile( configuration.getOperationFile(), voyage, vesselMap, @@ -117,12 +118,12 @@ Map<String, Operation> operationMap = Maps.uniqueIndex( operations, EchoBaseFunctions.OPERATION_ID); - CsvImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( + CsvFileImportResult nbOperationMetas = importOperationMetadataFile( configuration.getOperationMetadataFile(), vesselMap, operationMap); - CsvImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( + CsvFileImportResult nbGearMetas = importGearMetadataFile( configuration.getGearMetadataFile(), vesselMap, gearMap, @@ -140,20 +141,20 @@ return result; } - protected CsvImportResult importOperationFile( + protected CsvFileImportResult importOperationFile( InputFile inputFile, Voyage voyage, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Gear> gearMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Operation, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of operations from file "+inputFile.getFileName()); + log.info("Starts import of operation from file " + + inputFile.getFileName()); } + + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( DepthStratum.class, EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); @@ -187,7 +188,7 @@ transect.addOperation(createdOperation); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Operation); } return importResult; @@ -198,21 +199,19 @@ } } - protected CsvImportResult importOperationMetadataFile( + protected CsvFileImportResult importOperationMetadataFile( InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.OperationMetadataValue, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of operation metadata values from file "+ + log.info("Starts import of operation metadata values from file " + inputFile.getFileName()); } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, OperationMetadata> operationMetadatasByName = getEntitiesMap(OperationMetadata.class, EchoBaseFunctions.OPERATION_METADATA_NAME); @@ -242,7 +241,7 @@ dao, operationMetadataValueToCreate); operation.addOperationMetadataValue(operationMetadataValue); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.OperationMetadataValue); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -252,22 +251,20 @@ } } - protected CsvImportResult importGearMetadataFile( + protected CsvFileImportResult importGearMetadataFile( InputFile inputFile, Map<String, Vessel> vesselMap, Map<String, Gear> gearMap, Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.GearMetadataValue, - inputFile.getFileName(), - false); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Starts import of gear metadata values from file "+ + log.info("Starts import of gear metadata values from file " + inputFile.getFileName()); } + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); + Map<String, GearMetadata> gearMetadatasByType = getEntitiesMap(GearMetadata.class, EchoBaseFunctions.GEAR_METADATA_NAME); @@ -297,7 +294,7 @@ dao, gearMetadataValuetoCreate); operation.addGearMetadataValue(gearMetadataValue); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.GearMetadataValue); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/ResultsImportService.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -46,6 +46,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.ResultsImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.EchotypeImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.LengthAgeKeyImportModel; @@ -80,10 +81,10 @@ } @Override - public List<CsvImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { + public List<CsvFileImportResult> startImport(ResultsImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + List<CsvFileImportResult> result = Lists.newLinkedList(); ResultsImportMode importMode = configuration.getImportMode(); @@ -102,9 +103,9 @@ Species.class, EchoBaseFunctions.SPECIES_BARACOUDA_CODE); - if (configuration.canImportLengthAgeKeyFile()) { + if (configuration.getLengthAgeKeyFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importLenthAgeKey( + CsvFileImportResult importResult = importLenthAgeKey( configuration.getLengthAgeKeyFile(), voyageMap, speciesMap @@ -115,9 +116,9 @@ importResult, user); } - if (configuration.canImportLengthWeightKeyFile()) { + if (configuration.getLengthWeightKeyFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importLenghtWeightKey( + CsvFileImportResult importResult = importLenghtWeightKey( configuration.getLengthWeightKeyFile(), voyageMap, speciesMap @@ -127,9 +128,9 @@ importResult, user); } - if (configuration.canImportEchotypeFile()) { + if (configuration.getEchotypeFile().hasFile()) { - CsvImportResult importResult = importEchotypeFile( + CsvFileImportResult importResult = importEchotypeFile( configuration.getEchotypeFile(), voyageMap, speciesMap @@ -142,15 +143,15 @@ case REGION: - if (configuration.canImportRegionsFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionsFile( + if (configuration.getRegionsFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionsFile( configuration.getRegionsFile()); addResultAndLog(result, configuration.getRegionsFile(), importResult, user); } - if (configuration.canImportAssociationFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionAssociationFile( + if (configuration.getAssociationFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionAssociationFile( configuration.getAssociationFile()); addResultAndLog(result, configuration.getAssociationFile(), @@ -159,15 +160,15 @@ break; case ACOUSTIC: - if (configuration.canImportRegionsFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionsFile( + if (configuration.getRegionsFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionsFile( configuration.getRegionsFile()); addResultAndLog(result, configuration.getRegionsFile(), importResult, user); } - if (configuration.canImportAssociationFile()) { - CsvImportResult importResult = importRegionAssociationFile( + if (configuration.getAssociationFile().hasFile()) { + CsvFileImportResult importResult = importRegionAssociationFile( configuration.getAssociationFile()); addResultAndLog(result, configuration.getAssociationFile(), @@ -178,12 +179,10 @@ return result; } - protected CsvImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importRegionsFile(InputFile inputFile) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); RegionCellImportModel csvModel = new RegionCellImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); @@ -199,7 +198,7 @@ //TODO - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Cell); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -209,14 +208,12 @@ } } - protected CsvImportResult importRegionAssociationFile(InputFile inputFile) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importRegionAssociationFile(InputFile inputFile) throws ImportException { RegionCellAssociationImportModel csvModel = new RegionCellAssociationImportModel( serviceContext.getConfiguration().getCsvSeparator()); - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); CellDAO dao = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); @@ -229,7 +226,7 @@ //TODO - importResult.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Cell); } return importResult; @@ -240,14 +237,12 @@ } } - protected CsvImportResult importLenghtWeightKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importLenghtWeightKey(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, SizeCategory> sizeCategoryMap = getEntitiesMap( SizeCategory.class, @@ -297,7 +292,7 @@ // attach it to voyage voyage.addLengthWeightKey(lengthWeightKey); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthWeightKey); } return importResult; @@ -308,14 +303,12 @@ } } - protected CsvImportResult importLenthAgeKey(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + protected CsvFileImportResult importLenthAgeKey(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, Strata> strataMap = getEntitiesMap( Strata.class, EchoBaseFunctions.STRATA_BY_NAME); @@ -343,7 +336,7 @@ // attach it to voyage voyage.addLengthAgeKey(lengthAgeKey); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.LengthAgeKey); } return importResult; } catch (ImportRuntimeException e) { @@ -353,14 +346,12 @@ } } - private CsvImportResult importEchotypeFile(InputFile inputFile, - Map<String, Voyage> voyageMap, - Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { + private CsvFileImportResult importEchotypeFile(InputFile inputFile, + Map<String, Voyage> voyageMap, + Map<String, Species> speciesMap) throws ImportException { - CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Echotype, - inputFile.getFileName(), - false); + CsvFileImportResult importResult = new CsvFileImportResult( + inputFile.getFileName()); Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( DepthStratum.class, @@ -412,10 +403,10 @@ voyage.addEchotype(echotype); - importResult.incrementsNumberCreated(); + importResult.incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); } else { - importResult.incrementsNumberUpdated(); + importResult.incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum.Echotype); } Species species = row.getSpecies(); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/ResultsImportConfiguration.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -104,42 +104,22 @@ return regionsFile; } - public boolean canImportRegionsFile() { - return regionsFile.getFile() != null; - } - public InputFile getAssociationFile() { return associationFile; } - public boolean canImportAssociationFile() { - return associationFile.getFile() != null; - } - public InputFile getEchotypeFile() { return echotypeFile; } - public boolean canImportEchotypeFile() { - return echotypeFile.getFile() != null; - } - public InputFile getLengthAgeKeyFile() { return lengthAgeKeyFile; } - public boolean canImportLengthAgeKeyFile() { - return lengthAgeKeyFile.getFile() != null; - } - public InputFile getLengthWeightKeyFile() { return lengthWeightKeyFile; } - public boolean canImportLengthWeightKeyFile() { - return lengthWeightKeyFile.getFile() != null; - } - @Override public InputFile[] getInputFiles() { return new InputFile[]{regionsFile, associationFile, echotypeFile, Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -27,7 +27,10 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import java.util.Map; + /** * To import acoustic datas (says {@link DataAcquisition}, * {@link DataProcessing}, {@link Cell} and {@link Data}. @@ -37,14 +40,16 @@ */ public class AcousticDataImportModel extends CsvModelUtil.AbstractImportModel<AcousticDataImportModelRow> { - public AcousticDataImportModel(char separator) { + public AcousticDataImportModel(char separator, + Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById) { super(separator); newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer");//A newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset");//B - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_SNDNAME);//C + newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndname", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(AcousticInstrument.class, AcousticInstrument.PROPERTY_ID, instrumentsById));//C newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\sndident");//D newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\softChannelId");//E - newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName");//F +// newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\channelName", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_CHANNEL_NAME);//F newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\dataType");//G newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\beamType");//H newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\acousticFrequency");//I @@ -65,8 +70,8 @@ newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\bottomDetectionMinLevel");//X newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\AlongTXRXWeightId");//Y newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\AthwartTXRXWeightId");//Z - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\splitBeamAlongTXRXWeightId");//AA - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\splitBeamAthwartTXRXWeightId");//AB + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\SplitBeamAlongTXRXWeightId");//AA + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\SplitBeamAthwartTXRXWeightId");//AB newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\bandWidth");//AC newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\tvgminrange");//AD newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\sndset\\tvgmaxrange");//AE @@ -82,7 +87,7 @@ newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\driftspeed");//AO newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\driftcourse");//AP newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\heading");//AQ - newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\roll");//AR + newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\roll");//AR newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\pitch");//AS newIgnoredColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\heave");//AT newMandatoryColumn("MOVIES_EILayer\\shipnav\\depth", AcousticDataImportModelRow.PROPERTY_ESDU_CELL_DATA_DEPTH);//AU Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/AcousticDataImportModelRow.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,6 +23,8 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; + import java.util.Date; /** @@ -33,9 +35,10 @@ */ public class AcousticDataImportModelRow { - public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; + public static final String PROPERTY_ACOUSTIC_INSTRUMENT= "acousticInstrument"; - public static final String PROPERTY_SNDNAME = "sndname"; +// public static final String PROPERTY_CHANNEL_NAME = "channelName"; +// public static final String PROPERTY_SND_NAME = "sndName"; public static final String PROPERTY_CELL_TYPE = "cellType"; @@ -73,9 +76,9 @@ public static final String PROPERTY_EI_THRESHOLD = "eiThreshold"; - protected String sndName; +// protected String sndName; - protected String channelName; +// protected String channelName; protected Date cellDateStart; @@ -115,22 +118,32 @@ protected float eiThreshold; - public String getSndName() { - return sndName; - } + protected AcousticInstrument acousticInstrument; - public void setSndName(String sndName) { - this.sndName = sndName; + public AcousticInstrument getAcousticInstrument() { + return acousticInstrument; } - public String getChannelName() { - return channelName; + public void setAcousticInstrument(AcousticInstrument acousticInstrument) { + this.acousticInstrument = acousticInstrument; } - public void setChannelName(String channelName) { - this.channelName = channelName; - } +// public String getSndName() { +// return sndName; +// } +// +// public void setSndName(String sndName) { +// this.sndName = sndName; +// } +// public String getChannelName() { +// return channelName; +// } +// +// public void setChannelName(String channelName) { +// this.channelName = channelName; +// } + public Date getCellDateStart() { return cellDateStart; } Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvFileImportResult.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -0,0 +1,76 @@ +package fr.ifremer.echobase.services.csv; + +import com.google.common.collect.Maps; +import com.google.common.collect.Sets; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; + +import java.io.Serializable; +import java.util.Map; +import java.util.Set; + +/** + * To keep result of the import of a file. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class CsvFileImportResult implements Serializable { + + private static final long serialVersionUID = 1L; + + /** Name of the csv file to import. */ + protected final String importFileName; + + /** type of entity to import csv datas. */ + protected final Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes; + + /** Count of created entities. */ + protected final Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> numberCreated; + + /** Count of updated entities. */ + protected final Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> numberUpdated; + + public CsvFileImportResult(String importFileName) { + this.importFileName = importFileName; + entityTypes = Sets.newHashSet(); + numberCreated = Maps.newEnumMap(EchoBaseEntityEnum.class); + numberUpdated = Maps.newEnumMap(EchoBaseEntityEnum.class); + } + + public Set<EchoBaseEntityEnum> getEntityTypes() { + return Sets.immutableEnumSet(entityTypes); + } + + public int getNumberCreated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + return getInteger(numberCreated, entityType); + } + + public int getNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + return getInteger(numberUpdated, entityType); + } + + public void incrementsNumberCreated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + increments(numberCreated, entityType); + } + + public void incrementsNumberUpdated(EchoBaseEntityEnum entityType) { + increments(numberUpdated, entityType); + } + + protected int getInteger(Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> map, + EchoBaseEntityEnum entityType) { + Integer result = map.get(entityType); + return result == null ? 0 : result; + } + + protected void increments(Map<EchoBaseEntityEnum, Integer> map, + EchoBaseEntityEnum entityType) { + Integer result = map.get(entityType); + if (result == null) { + + entityTypes.add(entityType); + result = 0; + } + map.put(entityType, ++result); + } +} Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,10 +23,7 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services.csv; -import com.google.common.base.Function; import com.google.common.collect.Lists; -import com.google.common.collect.Maps; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.services.DecoratorService; import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; @@ -79,29 +76,14 @@ } }; - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type) { - return new ForeignKeyValue<E>(type); + public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, String propertyName, Map<String, E> universe) { + return new ForeignKeyValue<E>(type, propertyName, universe); } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Collection<E> entitites) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, EchoBaseFunctions.TO_TOPIAID); - return newForeignKeyValue(type, universe); + public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValueForAssociation<E> newForeignKeyValueAssociation(Class<E> type, String propertyName, Map<String, E> universe) { + return new ForeignKeyValueForAssociation<E>(type, propertyName, universe); } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Map<String, E> universe) { - return new ForeignKeyValue<E>(type, universe); - } - - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValue<E> newForeignKeyValue(Class<E> type, Collection<E> entitites, Function<E, String> transform) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, transform); - return new ForeignKeyValue<E>(type, universe); - } - - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyValueForAssociation<E> newForeignKeyValueAssociation(Class<E> type, Collection<E> entitites, Function<E, String> transform) { - Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entitites, transform); - return new ForeignKeyValueForAssociation<E>(type, universe); - } - public static <E extends TopiaEntity> ForeignKeyDecoratedValue<E> newForeignKeyDecoratedValue(Class<E> entityType, DecoratorService decoratorService, Locale locale) { return new ForeignKeyDecoratedValue<E>(entityType, decoratorService, locale); @@ -111,16 +93,11 @@ return new AssociationValueParserFormatter<E>(null, null); } -// public static <E extends TopiaEntity> AssociationValueParserFormatter<E> newAssociationValueParserFormatter(Class<E> entityType, -// Map<String, E> universe) { -// return new AssociationValueParserFormatter<E>(entityType, universe); -// } - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY = new DateValue("dd/MM/yy"); public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME2 = new DateValue("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"); - public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME3 = new DateValue("dd-MM-yy HH:mm aa"); + public static final ValueParser<Date> IMPORT_DAY_TIME3 = new DateValue("yyyy/MM/dd HH:mm:ss.SSSS"); public static final ValueParser<Boolean> INT_TO_BOOLEAN_PARSER = new ValueParser<Boolean>() { @@ -201,20 +178,20 @@ public static class ForeignKeyValue<E extends TopiaEntity> implements ValueParserFormatter<E> { + protected final String propertyName; + protected final Class<E> entityType; protected final Map<String, E> universe; public ForeignKeyValue(Class<E> entityType, + String propertyName, Map<String, E> universe) { this.entityType = entityType; + this.propertyName = propertyName; this.universe = universe; } - public ForeignKeyValue(Class<E> entityType) { - this.entityType = entityType; - universe = Maps.newHashMap(); - } @Override public E parse(String value) throws ParseException { @@ -228,7 +205,7 @@ // can not find entity this is a big problem for us... throw new EchoBaseTechnicalException( - "Could not find entity of type "+entityType.getName()+" with name " + value); + "Could not find entity of type " + entityType.getSimpleName() + " with '" + propertyName + "' = " + value); } } return result; @@ -246,13 +223,17 @@ public static class ForeignKeyValueForAssociation<E extends TopiaEntity> implements ValueParser<Collection<E>> { + protected final String propertyName; + protected final Class<E> entityType; protected final Map<String, E> universe; public ForeignKeyValueForAssociation(Class<E> entityType, + String propertyName, Map<String, E> universe) { this.entityType = entityType; + this.propertyName = propertyName; this.universe = universe; } @@ -268,7 +249,7 @@ // can not find entity this is a big problem for us... throw new EchoBaseTechnicalException( - "Could not find entity with name " + value); + "Could not find entity with '" + propertyName + "' = " + value); } } return Arrays.asList(result); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EchotypeImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -62,9 +62,9 @@ newMandatoryColumn("echotypeName", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_NAME); newMandatoryColumn("meaning", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_MEANING); - newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); - newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(EchotypeImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newMandatoryColumn("DepthStratumID", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); + newMandatoryColumn("genusSpecies", EchotypeImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/EntityCsvModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -24,11 +24,15 @@ package fr.ifremer.echobase.services.csv; import com.google.common.base.Function; +import com.google.common.collect.Maps; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.TableMeta; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; import java.util.Collection; +import java.util.Collections; import java.util.Date; +import java.util.Map; /** * A model to import / export entities into csv files. @@ -63,58 +67,65 @@ public void addForeignKeyForExport(String propertyName, Class<TopiaEntity> entityType) { + Map<String, TopiaEntity> universe = Collections.emptyMap(); + newColumnForExport( propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForImport(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe, + Collection<E> entities, Function<E, String> transform) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entities, transform); + newMandatoryColumn( headerName, propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, universe, transform) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForAssociationForImport(String headerName, String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe, + Collection<E> entities, Function<E, String> transform) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex(entities, transform); + newMandatoryColumn( headerName, propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValueAssociation(entityType, universe, transform) + CsvModelUtil.newForeignKeyValueAssociation(entityType, + propertyName, + universe) ); } public <E extends TopiaEntity> void addForeignKeyForImport(String propertyName, Class<E> entityType, - Collection<E> universe) { + Collection<E> entities) { + Map<String, E> universe = Maps.uniqueIndex( + entities, EchoBaseFunctions.TO_TOPIAID); + newMandatoryColumn( propertyName, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, universe) + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(entityType, + propertyName, + universe) ); } - public void addNewColumnForExport(String headerName, - String propertyName, - CsvModelUtil.ForeignKeyDecoratedValue<TopiaEntity> topiaEntityForeignKeyDecoratedValue) { - newColumnForExport( - headerName, - propertyName, - topiaEntityForeignKeyDecoratedValue - ); - } - public void addDefaultColumn(String propertyName, Class<?> type) { addDefaultColumn(propertyName, propertyName, type); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -54,11 +54,11 @@ gearMetadataValue */ - newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, gearMetadataMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); + newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, GearMetadata.PROPERTY_NAME, gearMetadataMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); newMandatoryColumn("gearMetadataValue", GearMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthAgeKeyImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -53,14 +53,14 @@ this.strataMap = strataMap; this.speciesMap = speciesMap; - newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + newMandatoryColumn(LengthAgeKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_PERCENT_AT_AGE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_METADATA); - newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, strataMap)); - newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(LengthAgeKey.PROPERTY_STRATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Strata.class, Strata.PROPERTY_NAME, strataMap)); + newMandatoryColumn("codeMemo", LengthAgeKey.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class,Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/LengthWeightKeyImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -64,9 +64,9 @@ newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_APARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(LengthWeightKey.PROPERTY_BPARAMETER, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn(LengthWeightKeyImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -58,10 +58,10 @@ gearShootingEndLongitude // gearName // */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); - newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); - newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, depthStratumMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, Gear.PROPERTY_CASINO_GEAR_NAME, gearMap)); + newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, DepthStratum.PROPERTY_ID, depthStratumMap)); newMandatoryColumn("operationID",Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -51,10 +51,10 @@ operationMetadataValue/ */ - newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, Vessel.PROPERTY_NAME, vesselMap)); + newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); - newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, operationMetadataMap)); + newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, OperationMetadata.PROPERTY_NAME, operationMetadataMap)); newMandatoryColumn("operationMetadataValue", OperationMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -67,10 +67,10 @@ newIgnoredColumn("units"); newIgnoredColumn("round"); - newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); - newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, sexCategoryMap)); + newMandatoryColumn("operationID", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class,Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newMandatoryColumn("baracoudacode", SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME,sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, SexCategory.PROPERTY_NAME,sexCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModelRow.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -67,7 +67,7 @@ protected float numberAtLength; - protected float weightAtLength; + protected Float weightAtLength; protected String lengthClass; @@ -127,11 +127,11 @@ this.numberAtLength = numberAtLength; } - public float getWeightAtLength() { + public Float getWeightAtLength() { return weightAtLength; } - public void setWeightAtLength(float weightAtLength) { + public void setWeightAtLength(Float weightAtLength) { this.weightAtLength = weightAtLength; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -56,9 +56,9 @@ sortedWeight */ - newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); - newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, speciesMap)); - newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); + newMandatoryColumn("operationID", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, Operation.PROPERTY_ID, operationMap)); + newMandatoryColumn("baracoudacode", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SPECIES, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Species.class, Species.PROPERTY_BARACOUDA_CODE, speciesMap)); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, SizeCategory.PROPERTY_NAME, sizeCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransectImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -41,7 +41,7 @@ super(separator); newMandatoryColumn( "voyageName", TransectImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, - CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TITLE); newMandatoryColumn(Transect.PROPERTY_TRANSECT_ABSTRACT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TransitImportModel.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -41,7 +41,7 @@ public TransitImportModel(char separator, Map<String, Voyage> voyageMap) { super(separator); - newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, voyageMap)); + newMandatoryColumn("voyageName", TransitImportModelRow.PROPERTY_VOYAGE, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Voyage.class, Voyage.PROPERTY_NAME, voyageMap)); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_DESCRIPTION); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); newMandatoryColumn(Transit.PROPERTY_END_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME); Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/TestHelper.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,96 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Entities - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase; - -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import org.apache.commons.io.FileUtils; -import org.junit.Ignore; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; - -import java.io.File; -import java.util.ArrayList; -import java.util.List; - -/** - * Utility methods for tests - * - * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -@Ignore -public class TestHelper { - - protected static File basedir; - - protected static final long timestamp = System.currentTimeMillis(); - - public static File getBasedir() { - //FIXME : No we do not want to go in tmp directory :( We want to stay - // inside of the project. So a mvn clean will remove all tests data. - if (basedir == null) { -// String tmp = System.getProperty("basedir"); -// if (tmp == null) { -// tmp = new File("").getAbsolutePath(); -// } -// basedir = new File(tmp); - basedir = FileUtils.getTempDirectory(); - } - return basedir; - } - - public static File getTestBasedir(Class<?> testClass) { - File result = new File(getBasedir(), testClass.getName() + "_" + timestamp); - return result; - } - - public static TopiaContext getRootContext(File dbDir) { - EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = - new EchoBaseTopiaRootContextFactory(); - - TopiaContext context = factory.newEmbeddedDatabase(dbDir); - return context; - } - - /** - * Used to get all contract of a package - * - * @param entitiesPackage package contening desired entities - * @return contracts contained in entitiesPackage - */ - public static EchoBaseEntityEnum[] getContractsOf(Package entitiesPackage) { - EchoBaseEntityEnum[] echoBaseEntityEnums = EchoBaseEntityEnum.values(); - List<EchoBaseEntityEnum> refClasses = new ArrayList<EchoBaseEntityEnum>(); - for (EchoBaseEntityEnum echoBaseEntityEnum : echoBaseEntityEnums) { - - // Get all entities in package fr.ifremer.echobase.entities.references - Class<? extends TopiaEntity> contract = echoBaseEntityEnum.getContract(); - if (entitiesPackage.equals(contract.getPackage())) { - refClasses.add(echoBaseEntityEnum); - } - } - return refClasses.toArray(new EchoBaseEntityEnum[refClasses.size()]); - } - -} Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AbstractEchoBaseServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,111 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.MockEntityVisitorCreator; -import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; -import junit.framework.Assert; -import org.junit.After; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; - -import java.io.File; -import java.util.Locale; - -/** - * Common methods (manage transaction, services...) to have on EchoBase tests. - * - * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -public abstract class AbstractEchoBaseServiceTest extends Assert { - - protected TopiaContext transaction; - - protected EchoBaseConfiguration config; - - protected EchoBaseServiceFactory serviceFactory; - - protected DbMeta dbMeta; - - @After - public void after() throws TopiaException { - if (transaction != null && !transaction.isClosed()) { - transaction.closeContext(); - } - } - - public TopiaContext getTransaction() throws Exception { - if (transaction == null || transaction.isClosed()) { - EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = - new EchoBaseTopiaRootContextFactory(); - File basedir = TestHelper.getBasedir(); - File target = new File(basedir, "/target"); - TopiaContext rootContext = factory.newEmbeddedDatabase(target); - transaction = rootContext.beginTransaction(); - } - return transaction; - } - - public EchoBaseServiceFactory getServiceFactory() { - if (serviceFactory == null) { - serviceFactory = new EchoBaseServiceFactory(); - } - return serviceFactory; - } - - public EchoBaseConfiguration getConfig() { - if (config == null) { - config = new EchoBaseConfiguration(); - } - return config; - } - - public DbMeta getDbMeta() { - if (dbMeta == null) { - dbMeta = DbMeta.newDbMeta(); - } - return dbMeta; - } - - protected <E extends EchoBaseService> E getService(Class<E> clazz) throws Exception { - EchoBaseServiceContext serviceContext = DefaultEchoBaseServiceContext.newContext( - Locale.getDefault(), - getTransaction(), - getConfig(), - getDbMeta(), - new EchoBaseServiceFactory() - ); - return getServiceFactory().newService(clazz, serviceContext); - } - - public <T extends TopiaEntity> T createMockedEntity(Class<T> type) throws Exception { - MockEntityVisitorCreator visitor = new MockEntityVisitorCreator(getTransaction()); - return visitor.createEntity(type); - } -} Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -31,10 +31,12 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; +import org.junit.Ignore; import org.junit.Test; -import java.util.Iterator; import java.util.List; /** @@ -46,22 +48,20 @@ public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); } protected String[] getImportPath(String filename) { return new String[]{"/import-data", "acousticData", filename}; } + @Ignore @Test public void doImport() throws Exception { assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); - - // import operations - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); assertNbEntities(Cell.class, 0); @@ -72,27 +72,40 @@ conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + conf.setAcousticDensityUnit("acousticDensityUnit"); + conf.setAcquisitionSoftwareVersionER60("acquisitionSoftwareVersionER60"); + conf.setAcquisitionSoftwareVersionME70("acquisitionSoftwareVersionME70"); + conf.setAddDataAcquisition(false); + conf.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription("transceiverAcquisitionAbsorptionDescription"); + conf.setCellPositionReference(CellPositionReference.START); + conf.setDigitThreshold(1.5f); + conf.setEchosounderSoundSpeed("echosounderSoundSpeed"); + conf.setLoggedDataDatatype("loggedDataDatatype"); + conf.setLoggedDataFormat("loggedDataFormat"); + conf.setNotes("notes"); + conf.setPingDutyCycle("pingDutyCycle"); + conf.setProcessingDescription("processingDescription"); + conf.setProcessingTemplate("processingTemplate"); + conf.setSounderConstant(1.0f); + conf.setSoundSpeedCalculationsER60("soundSpeedCalculationsER60"); + conf.setSoundSpeedCalculationsME70("soundSpeedCalculationsME70"); + conf.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription("transceiverAcquisitionAbsorptionDescription"); prepareInputFile(conf.getMoviesFile(), getImportPath("movies.csv")); AcousticDataImportService service = getService(AcousticDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(4, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), DataAcquisition.class, 61, 0, 61); - assertCsvImportResult(iterator.next(), DataProcessing.class, 183, 0, 183); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Cell.class, 427, 0, 427); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Data.class, 427, 0, 427); - - assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); - assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); - assertNbEntities(Cell.class, 0); - assertNbEntities(Data.class, 0); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + CsvFileImportResult importResult = result.get(0); + assertCsvImportResult(importResult, DataAcquisition.class, 61, 0, 61); + assertCsvImportResult(importResult, DataProcessing.class, 183, 0, 183); + assertCsvImportResult(importResult, Cell.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(importResult, Data.class, 427, 0, 427); } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -30,7 +30,9 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; +import org.junit.Ignore; import org.junit.Test; import java.util.Iterator; @@ -45,7 +47,7 @@ public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); } protected String[] getImportPath(String filename) { @@ -53,15 +55,44 @@ } @Test - public void doImport() throws Exception { + public void doImportTotalSample() throws Exception { assertNbEntities(Voyage.class, 1); assertNbEntities(Transit.class, 3); assertNbEntities(Transect.class, 181); assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); - // import operations + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 821); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 1231); + } + + @Test + public void doImportSubSample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); assertNbEntities(Sample.class, 0); assertNbEntities(SampleData.class, 0); @@ -71,23 +102,98 @@ conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); - prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); - prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); -// prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); CatchesDataImportService service = getService(CatchesDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, + createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); - Assert.assertEquals(2, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 619, 0, 4680); - assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 4061, 0, 4680); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 399); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 5042); + } - assertNbEntities(Sample.class, 4680); + @Ignore + @Test + public void doImportBiometrySample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); assertNbEntities(SampleData.class, 0); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), + getImportPath("biometrysample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 619, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); } + @Ignore + @Test + public void doImportAllSample() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(Sample.class, 0); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), + getImportPath("totalsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), + getImportPath("subsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), + getImportPath("biometrysample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(3, result.size()); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); + CsvFileImportResult importResult; + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 821, 0, 1220); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 1231, 0, 6273); + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 399, 0, 1220); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 5042, 0, 6273); + + importResult = iterator.next(); + assertCsvImportResult(importResult, Sample.class, 4061, 0, 4680); + assertCsvImportResult(importResult, SampleData.class, 619, 0, 4680); + } } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -43,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db.gz"); } @Test @@ -73,11 +74,10 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); - - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(1, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 362); assertNbEntities(Voyage.class, 1); Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -43,7 +44,7 @@ public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { - return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db"); + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db.gz"); } @Test @@ -79,12 +80,12 @@ CommonDataImportService service = getService(CommonDataImportService.class); - List<CsvImportResult> result = + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, 1, 0, 1); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, 3, 0, 3); assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 181); Deleted: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/DbImportExportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -1,161 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import com.google.common.collect.Sets; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import fr.ifremer.echobase.entities.EntitiesUtil; -import junit.framework.Assert; -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; -import org.junit.Before; -import org.junit.Rule; -import org.junit.Test; -import org.junit.rules.TestName; -import org.nuiton.topia.TopiaContext; -import org.nuiton.topia.TopiaException; -import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityEnum; -import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationModelBuilder; -import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationModel; -import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationNode; - -import java.io.File; -import java.util.Collection; -import java.util.List; -import java.util.Set; - -/** - * Test the {@link ExportDbService}. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.2 - */ -public class DbImportExportServiceTest { - - /** Logger. */ - private static final Log log = - LogFactory.getLog(DbImportExportServiceTest.class); - - @Rule - public TestName testName = new TestName(); - - protected File testdir; - - protected TopiaContext rootContext; - - @Before - public void setUp() throws Exception { - testdir = new File(TestHelper.getTestBasedir(getClass()), - testName.getMethodName()); - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("Test directory = " + testdir); - } -// rootContext = TestHelper.getRootContext(testdir); - } - - @Test - public void testGetReferentielCopyModel() throws TopiaException { - - EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getReferenceTypesForCopy(); - Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); - - ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); - new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); - List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); - - StringBuilder buffer = new StringBuilder(); - for (ReplicationNode node : order) { - TopiaEntityEnum type = node.getContract(); - Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); - Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); - for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { - TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); - Assert.assertTrue(dependencyType + - " was detected as a dependency of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(dependencyType)); - } - Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); - for (ReplicationNode assocation : assocations) { - TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); - Assert.assertTrue(assocationType + - " was detected as a association of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(assocationType)); - } - buffer.append('\n'); - buffer.append(type); - buffer.append(" - "); - buffer.append(dependencies); - buffer.append(" - "); - buffer.append(assocations); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info(buffer.toString()); - } - } - - @Test - public void testGetDataCopyModel() throws TopiaException { - - EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getDataTypesForCopy(); - Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); - - ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); - new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); - List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); - - StringBuilder buffer = new StringBuilder(); - for (ReplicationNode node : order) { - TopiaEntityEnum type = node.getContract(); - Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); - Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); - for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { - TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); - Assert.assertTrue(dependencyType + - " was detected as a dependency of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(dependencyType)); - } - Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); - for (ReplicationNode assocation : assocations) { - TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); - Assert.assertTrue(assocationType + - " was detected as a association of node " + - type + " but was not still registred", - dones.contains(assocationType)); - } - buffer.append('\n'); - buffer.append(type); - buffer.append(" - "); - buffer.append(dependencies); - buffer.append(" - "); - buffer.append(assocations); - } - if (log.isInfoEnabled()) { - log.info(buffer.toString()); - } - } -} Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -28,6 +28,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -42,6 +43,7 @@ import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.util.Arrays; +import java.util.Set; /** * Nice test service support. @@ -97,15 +99,17 @@ } } - protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvImportResult actual, + protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvFileImportResult actual, Class<E> entityType, int numberCreated, int numberUpdated, int nbCount) throws TopiaException { Assert.assertNotNull(actual); - Assert.assertEquals(EchoBaseEntityEnum.valueOf(entityType), actual.getEntityType()); - Assert.assertEquals(numberCreated, actual.getNumberCreated()); - Assert.assertEquals(numberUpdated, actual.getNumberUpdated()); + Set<EchoBaseEntityEnum> entityTypes = actual.getEntityTypes(); + EchoBaseEntityEnum expectedEntityType = EchoBaseEntityEnum.valueOf(entityType); + Assert.assertTrue(entityTypes.contains(expectedEntityType)); + Assert.assertEquals(numberCreated, actual.getNumberCreated(expectedEntityType)); + Assert.assertEquals(numberUpdated, actual.getNumberUpdated(expectedEntityType)); assertNbEntities(entityType, nbCount); } Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EmbeddedApplicationServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -23,14 +23,15 @@ */ package fr.ifremer.echobase.services; -import fr.ifremer.echobase.TestHelper; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseDAOHelper; -import fr.ifremer.echobase.entities.MockEntityVisitorCreator; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.data.VoyageDAO; -import org.junit.Ignore; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.EmbeddedApplicationConfiguration; +import org.junit.Assert; import org.junit.Test; import org.nuiton.topia.TopiaContext; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.util.FileUtil; import java.io.File; @@ -40,54 +41,63 @@ * @author sletellier <letellier(a)codelutin.com> * @since 0.2 */ -@Ignore -public class EmbeddedApplicationServiceTest extends AbstractEchoBaseServiceTest { +public class EmbeddedApplicationServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { - public static final String TEST_ECHOBASE_EMBEDDED = "test-echobase-embedded"; - - public EmbeddedApplicationService getEmbeddedApplicationService() throws Exception { - return getService(EmbeddedApplicationService.class); + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext( + "/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db.gz"); } -// @Test -// public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { -// File embeddedApplication = getEmbeddedApplicationService().createEmbeddedApplication(TEST_ECHOBASE_EMBEDDED); -// assertTrue(embeddedApplication.exists()); -// } + @Test + public void testCreateEmbeddedApplication() throws Exception { + EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); + conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); - @Test - public void testCreateVoyageMock() throws Exception { - Voyage mockedVoyage = createMockedEntity(Voyage.class); - assertNotNull(mockedVoyage); + File workingDirectory = new File(getTestDir(), "work-dir"); + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(workingDirectory); + conf.setWorkingDirectory(workingDirectory); + File warLocation = new File(workingDirectory, "echobase.war"); + FileUtil.writeString(warLocation, "dummy!"); + conf.setWarLocation(warLocation); + conf.setFileName("echobase"); + EmbeddedApplicationService service = + getService(EmbeddedApplicationService.class); + + File zipFile = service.createEmbeddedApplication(conf); + + Assert.assertTrue(zipFile.exists()); } @Test - public void testReplicateVoyageEntity() throws Exception { + public void replicateVoyageEntity() throws Exception { - // creating mocked voyage - Voyage voyageMocked = createMockedEntity(Voyage.class); + // create new H2 dataBase in target/voyageId + String voyageId = "fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"; + TopiaEntity voyageMocked = getEntityById(Voyage.class, voyageId); - // commit - getTransaction().commitTransaction(); + File testBaseDir = new File(getTestDir(), "replicated"); - // create new H2 dataBase in target/voyageId - String voyageId = voyageMocked.getTopiaId(); - File testBaseDir = new File(TestHelper.getBasedir(), voyageId); - TopiaContext rootContextDest = getEmbeddedApplicationService().createH2Batabase(testBaseDir, false, voyageId); + EmbeddedApplicationService service = + getService(EmbeddedApplicationService.class); + EmbeddedApplicationConfiguration conf = new EmbeddedApplicationConfiguration(); + conf.setVoyageIds(new String[]{"fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"}); + TopiaContext rootContextDest = service.createH2Batabase(conf, + testBaseDir, + false); + // verify that replicated voyage is in new base TopiaContext transactionDest = null; try { transactionDest = rootContextDest.beginTransaction(); VoyageDAO voyageDAO = EchoBaseDAOHelper.getVoyageDAO(transactionDest); - Object stringDefaultValue = MockEntityVisitorCreator.DefaultSimpleValues.STRING.getDefaultValue(); - Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByName((String) stringDefaultValue); + Voyage voyageReplicated = voyageDAO.findByTopiaId(voyageId); // assert voyage is in new base - assertNotNull(voyageReplicated); + Assert.assertNotNull(voyageReplicated); // and same ids - assertEquals(voyageMocked, voyageReplicated); + Assert.assertEquals(voyageMocked, voyageReplicated); // TODO sletellier 20111124 : try to test deph equality between entities } finally { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -29,7 +29,6 @@ import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; -import org.apache.commons.io.FileUtils; import org.apache.commons.io.IOUtils; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -41,11 +40,13 @@ import org.nuiton.util.FileUtil; import java.io.File; +import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.util.Date; import java.util.Locale; import java.util.Properties; +import java.util.zip.GZIPInputStream; /** * Provide an implementation of {@link EchoBaseServiceContext} suitable for repeatable, @@ -116,19 +117,22 @@ // let's use this path as the initial db. - File destinationDb = new File(testDir, "db" + - File.separator + - "echobase.h2.db"); + File dbDirectory = new File(testDir, "db"); + File destinationDb = new File(dbDirectory, "echobase.h2.db"); InputStream inputStream = getClass().getResourceAsStream(initDb); Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource from " + initDb); try { - FileUtil.createDirectoryIfNecessary( - destinationDb.getParentFile()); + FileUtil.createDirectoryIfNecessary(dbDirectory); - FileUtils.copyInputStreamToFile( - inputStream, - destinationDb - ); + GZIPInputStream gzipStream = new GZIPInputStream(inputStream); + + FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(destinationDb); + try { + IOUtils.copy(gzipStream, outputStream); + } finally { + outputStream.close(); + } + } catch (IOException e) { throw new EchoBaseTechnicalException("Could not copy db", e); } finally { Modified: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -30,6 +30,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.CsvFileImportResult; import org.junit.Assert; import org.junit.Test; @@ -78,11 +79,11 @@ OperationImportService service = getService(OperationImportService.class); - List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + List<CsvFileImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); Assert.assertNotNull(result); Assert.assertEquals(3, result.size()); - Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + Iterator<CsvFileImportResult> iterator = result.iterator(); assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, 61, 0, 61); assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, 183, 0, 183); assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, 427, 0, 427); Added: trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/resources/import-data/acousticData/movies.csv 2012-02-17 18:35:54 UTC (rev 322) @@ -0,0 +1,1353 @@ +"MOVIES_EILayer";"MOVIES_EILayer\sndset";"MOVIES_EILayer\sndset\sndname";"MOVIES_EILayer\sndset\sndident";"MOVIES_EILayer\sndset\softChannelId";"MOVIES_EILayer\sndset\channelName";"MOVIES_EILayer\sndset\dataType";"MOVIES_EILayer\sndset\beamType";"MOVIES_EILayer\sndset\acousticFrequency";"MOVIES_EILayer\sndset\startSample";"MOVIES_EILayer\sndset\mainBeamAlongSteeringAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\mainBeamAthwartSteeringAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\absorptionCoef";"MOVIES_EILayer\sndset\transmissionPower";"MOVIES_EILayer\sndset\beamAlongAngleSensitivity";"MOVIES_EILayer\sndset\beamAthwartAngleSensitivity";"MOVIES_EILayer\sndset\beam3dBWidthAlong";"MOVIES_EILayer\sndset\beam3dBWidthAthwart";"MOVIES_EILayer\sndset\beamEquTwoWayAngle";"MOVIES_EILayer\sndset\beamGain";"MOVIES_EILayer\sndset\beamSACorrection";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMinDepth";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMaxDepth";"MOVIES_EILayer\sndset\bottomDetectionMinLevel";"MOVIES_EILayer\sndset\AlongTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\AthwartTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\SplitBeamAlongTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\SplitBeamAthwartTXRXWeightId";"MOVIES_EILayer\sndset\bandWidth";"MOVIES_EILayer\sndset\tvgminrange";"MOVIES_EILayer\sndset\tvgmaxrange";"MOVIES_EILayer\sndset\pulseduration";"MOVIES_EILayer\shipnav";"MOVIES_EILayer\shipnav\lat";"MOVIES_EILayer\shipnav\long";"MOVIES_EILayer\shipnav\alt";"MOVIES_EILayer\shipnav\gndspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\gndcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\surfspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\surfcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\driftspeed";"MOVIES_EILayer\shipnav\driftcourse";"MOVIES_EILayer\shipnav\heading";"MOVIES_EILayer\shipnav\roll";"MOVIES_EILayer\shipnav\pitch";"MOVIES_EILayer\shipnav\heave";"MOVIES_EILayer\shipnav\depth";"MOVIES_EILayer\shipnav\draught";"MOVIES_EILayer\cellset";"MOVIES_EILayer\cellset\cellnum";"MOVIES_EILayer\cellset\celltype";"MOVIES_EILayer\cellset\depthstart";"MOVIES_EILayer\cellset\depthend";"MOVIES_EILayer\cellset\indexstart";"MOVIES_EILayer\cellset\indexend";"MOVIES_EILayer\cellset\datestart";"MOVIES_EILayer\cellset\dateend";"MOVIES_EILayer\cellset\diststart";"MOVIES_EILayer\cellset\distend";"MOVIES_EILayer\cellset\thresholdup";"MOVIES_EILayer\cellset\thresholdlow";"MOVIES_EILayer\eilayer";"MOVIES_EILayer\eilayer\sa";"MOVIES_EILayer\eilayer\sv";"MOVIES_EILayer\eilayer\ni";"MOVIES_EILayer\eilayer\nt" +"2012/02/03 09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;0;0;20;30;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;13.240635;-75.127842;432;24309 +"2012/02/03 09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;1;0;30;40;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;4.596599;-79.720062;190;24295 +"2012/02/03 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09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;4;0;60;80;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;-9999999.9;-9999999.9;0;48602 +"2012/02/03 09:31:22.0000";39599.174506;"ES18-11";1;46;18000;2;1;18;0;0.01;-0.22;2.4933;2000;13;13;10.55;10.7;-17;23.34;-0.61;100;250;-40;65535;65535;65535;65535;1573;6553.5;6553.5;1.024;39599.174506;-1;62.2;-10000000;46.344811;-4.293391;8.749244;0;-1;-1;62.2;-0.3;0.8;0.24;179.126661;61400;39599.174506;5;0;80;100;4;943;"2008/05/31 04:04:14.2142";"2008/05/31 04:11:17.2923";0.002778;1.002038;0;-60;39599.174506;-9999999.9;-9999999.9;0;48606 +"2012/02/03 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r321 - trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 17, 2012

Feb. 17, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 19:30:48 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 321 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/321 Log: push back tests where they should be Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java Modified: trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-02-16 23:50:49 UTC (rev 320) +++ trunk/echobase-entities/src/test/java/fr/ifremer/echobase/entities/EntitiesUtilTest.java 2012-02-17 18:30:48 UTC (rev 321) @@ -24,15 +24,25 @@ package fr.ifremer.echobase.entities; import com.google.common.collect.Lists; +import com.google.common.collect.Sets; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission; import junit.framework.Assert; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.junit.Test; +import org.nuiton.topia.TopiaException; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntityEnum; +import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationModelBuilder; +import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationModel; +import org.nuiton.topia.replication.model.ReplicationNode; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; import java.util.List; +import java.util.Set; /** * To test the class {@link EntitiesUtil}. @@ -42,6 +52,9 @@ */ public class EntitiesUtilTest { + /** Logger. */ + private static final Log log = LogFactory.getLog(EntitiesUtilTest.class); + @Test public void getReferenceTypes() { @@ -110,6 +123,91 @@ } Assert.assertEquals(expectedTypes.size(), types.size()); } + + @Test + public void testGetReferentielCopyModel() throws TopiaException { + + EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getReferenceTypesForCopy(); + Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); + + ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); + new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); + List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); + + StringBuilder buffer = new StringBuilder(); + for (ReplicationNode node : order) { + TopiaEntityEnum type = node.getContract(); + Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); + Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); + for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { + TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); + Assert.assertTrue(dependencyType + + " was detected as a dependency of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(dependencyType)); + } + Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); + for (ReplicationNode assocation : assocations) { + TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); + Assert.assertTrue(assocationType + + " was detected as a association of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(assocationType)); + } + buffer.append('\n'); + buffer.append(type); + buffer.append(" - "); + buffer.append(dependencies); + buffer.append(" - "); + buffer.append(assocations); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info(buffer.toString()); + } + } + + @Test + public void testGetDataCopyModel() throws TopiaException { + + EchoBaseEntityEnum[] types = EntitiesUtil.getDataTypesForCopy(); + Set<TopiaEntityEnum> dones = Sets.newHashSet(); + + ReplicationModel model = new ReplicationModel(types, false); + new TopiaReplicationModelBuilder().initModel(model, false); + List<ReplicationNode> order = model.getOrder(); + + StringBuilder buffer = new StringBuilder(); + for (ReplicationNode node : order) { + TopiaEntityEnum type = node.getContract(); + Assert.assertTrue(type + " was already treated.", dones.add(type)); + Collection<ReplicationNode> dependencies = node.getDependencies().values(); + for (ReplicationNode dependency : node.getDependencies().values()) { + TopiaEntityEnum dependencyType = dependency.getContract(); + Assert.assertTrue(dependencyType + + " was detected as a dependency of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(dependencyType)); + } + Collection<ReplicationNode> assocations = node.getAssociations().values(); + for (ReplicationNode assocation : assocations) { + TopiaEntityEnum assocationType = assocation.getContract(); + Assert.assertTrue(assocationType + + " was detected as a association of node " + + type + " but was not still registred", + dones.contains(assocationType)); + } + buffer.append('\n'); + buffer.append(type); + buffer.append(" - "); + buffer.append(dependencies); + buffer.append(" - "); + buffer.append(assocations); + } + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info(buffer.toString()); + } + } + /** * Used to get all contract of a package *

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r320 - trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 16, 2012

Feb. 16, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 00:50:49 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 320 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/320 Log: use new api Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java Modified: trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) +++ trunk/echobase-tools/src/test/java/fr/ifremer/echobase/tools/AbstractToolTest.java 2012-02-16 23:50:49 UTC (rev 320) @@ -24,12 +24,13 @@ package fr.ifremer.echobase.tools; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfigurationOption; import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseDAOHelper; import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; +import fr.ifremer.echobase.services.DefaultEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseService; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceContext; -import fr.ifremer.echobase.services.DefaultEchoBaseServiceContext; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceFactory; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; @@ -45,6 +46,7 @@ import java.io.File; import java.util.Locale; +import java.util.Properties; /** * Abstract csv file generator test @@ -67,7 +69,7 @@ protected File testdir; - protected static EchoBaseConfiguration configuration; + protected EchoBaseConfiguration configuration; @BeforeClass public static void beforeClass() { @@ -75,7 +77,6 @@ // check /csv dir is available in test resources TestHelper.assertCsvResourceDirectoryExists(); - configuration = new EchoBaseConfiguration("echobase-test.properties"); } @Before @@ -87,6 +88,11 @@ log.debug("Test directory = " + testdir); } + Properties defaultProps = new Properties(); + defaultProps.put(EchoBaseConfigurationOption.DATA_DIRECTORY.getKey(), testdir); + + configuration = new EchoBaseConfiguration(defaultProps); + EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = new EchoBaseTopiaRootContextFactory();

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r319 - trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 16, 2012

Feb. 16, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 00:50:12 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 319 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/319 Log: add import data service test (without data won't commit from my phone :() Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,98 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.Iterator; +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link AcousticDataImportService}. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class AcousticDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "acousticData", filename}; + } + + @Test + public void doImport() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + + // import operations + + assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); + assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); + assertNbEntities(Cell.class, 0); + assertNbEntities(Data.class, 0); + + AcousticDataImportConfiguration conf = + new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getMoviesFile(), getImportPath("movies.csv")); + + AcousticDataImportService service = + getService(AcousticDataImportService.class); + + List<CsvImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(4, result.size()); + Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + assertCsvImportResult(iterator.next(), DataAcquisition.class, 61, 0, 61); + assertCsvImportResult(iterator.next(), DataProcessing.class, 183, 0, 183); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Cell.class, 427, 0, 427); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Data.class, 427, 0, 427); + + assertNbEntities(DataAcquisition.class, 0); + assertNbEntities(DataProcessing.class, 0); + assertNbEntities(Cell.class, 0); + assertNbEntities(Data.class, 0); + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,93 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Sample; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.SampleData; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CatchesDataImportConfiguration; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.Iterator; +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link CatchesDataImportService}. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class CatchesDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-operation-result.h2.db"); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "catchesData", filename}; + } + + @Test + public void doImport() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + assertNbEntities(Operation.class, 61); + + // import operations + + assertNbEntities(Sample.class, 0); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); + + CatchesDataImportConfiguration conf = + new CatchesDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTotalSampleFile(), getImportPath("totalsample.csv")); + prepareInputFile(conf.getSubSampleFile(), getImportPath("subsample.csv")); +// prepareInputFile(conf.getBiometrySampleFile(), getImportPath("biometrysample.csv")); + + CatchesDataImportService service = + getService(CatchesDataImportService.class); + + List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(2, result.size()); + Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 619, 0, 4680); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Sample.class, 4061, 0, 4680); + + assertNbEntities(Sample.class, 4680); + assertNbEntities(SampleData.class, 0); + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,92 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.Iterator; +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link CommonDataImportService} with {@link CommonDataImportMode#TRANSECT} mode. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class CommonDataImportService2Test extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + } + + @Test + public void doImport() throws Exception { + + // import with mode transect + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + + CommonDataImportConfiguration conf = + new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setDatum("datum"); + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); + conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); + conf.setTransectLicence("transectLicence"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); + + conf.setImportMode(CommonDataImportMode.TRANSECT); + + CommonDataImportService service = + getService(CommonDataImportService.class); + + + List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(1, result.size()); + Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 362); + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 362); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportService2Test.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,97 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CommonDataImportMode; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.Iterator; +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link CommonDataImportService} with {@link CommonDataImportMode#ALL} mode. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class CommonDataImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-nodata.h2.db"); + } + + @Test + public void doImport() throws Exception { + + // no data in db + + assertNbEntities(Voyage.class, 0); + assertNbEntities(Transit.class, 0); + assertNbEntities(Transect.class, 0); + + // import with mode all (voyage / transit / transect) + + CommonDataImportConfiguration conf = + new CommonDataImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setAreaOfOperationId("fr.ifremer.echobase.entities.references.AreaOfOperation#1323128474277#0.011341599655098622"); + conf.setDatum("datum"); + conf.setMissionId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Mission#1323127544274#0.7939481378378231"); + conf.setTransectBinUnitsPingAxis("transectBinUnitsPingAxis"); + conf.setTransectGeospatialVerticalPositive("transectGeospatialVerticalPositive"); + conf.setTransectLicence("transectLicence"); + conf.setTransitRelatedActivity("transitRelatedActivity"); + conf.setVoyageDescription("voyageDescription"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getVoyageFile(), getImportPath("voyage.csv")); + prepareInputFile(conf.getTransitFile(), getImportPath("transit.csv")); + prepareInputFile(conf.getTransectFile(), getImportPath("transect.csv")); + + conf.setImportMode(CommonDataImportMode.ALL); + + CommonDataImportService service = + getService(CommonDataImportService.class); + + List<CsvImportResult> result = + service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(3, result.size()); + Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Voyage.class, 1, 0, 1); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transit.class, 3, 0, 3); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Transect.class, 181, 0, 181); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "commonData", filename}; + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/CommonDataImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,117 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import com.google.common.base.Preconditions; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserImpl; +import org.apache.commons.io.FileUtils; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Before; +import org.junit.Rule; +import org.nuiton.topia.TopiaException; +import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; +import org.nuiton.util.StringUtil; + +import java.io.File; +import java.io.IOException; +import java.io.InputStream; +import java.util.Arrays; + +/** + * Nice test service support. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public abstract class EchoBaseTestServiceSupport extends EchoBaseServiceSupport { + + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(EchoBaseTestServiceSupport.class); + + protected abstract FakeEchoBaseServiceContext initContext(); + + @Rule + public FakeEchoBaseServiceContext fakeServiceContext = initContext(); + + @Before + public void setUp() throws Exception { + fakeServiceContext.setServiceFactory(new EchoBaseServiceFactory()); + setServiceContext(fakeServiceContext); + } + + protected EchoBaseUser createFakeUser() { + EchoBaseUser echoBaseUser = new EchoBaseUserImpl(); + echoBaseUser.setEmail("echobase-test(a)ifremer.fr"); + return echoBaseUser; + } + + protected File getTestDir() { + return fakeServiceContext.getTestDir(); + } + + protected void prepareInputFile(InputFile inputFile, + String... path) throws IOException { + String filename = path[path.length - 1]; + String resourcePath = StringUtil.join(Arrays.asList(path), "/", true); + InputStream inputStream = + getClass().getResourceAsStream(resourcePath); + Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource at " + resourcePath); + File testDir = getTestDir(); + File newFile = new File(testDir, filename); + FileUtils.copyInputStreamToFile( + inputStream, + newFile + ); + inputFile.setFileName(filename); + inputFile.setFile(newFile); + + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("Copy file to " + newFile); + } + } + + protected <E extends TopiaEntity> void assertCsvImportResult(CsvImportResult actual, + Class<E> entityType, + int numberCreated, + int numberUpdated, + int nbCount) throws TopiaException { + Assert.assertNotNull(actual); + Assert.assertEquals(EchoBaseEntityEnum.valueOf(entityType), actual.getEntityType()); + Assert.assertEquals(numberCreated, actual.getNumberCreated()); + Assert.assertEquals(numberUpdated, actual.getNumberUpdated()); + assertNbEntities(entityType, nbCount); + } + + protected <E extends TopiaEntity> void assertNbEntities(Class<E> entityType, + int expectedNumber) throws TopiaException { + long count = getDAO(entityType).count(); + Assert.assertEquals(count, expectedNumber); + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/EchoBaseTestServiceSupport.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,212 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import com.google.common.base.Preconditions; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseConfigurationOption; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTechnicalException; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseTopiaRootContextFactory; +import fr.ifremer.echobase.entities.meta.DbMeta; +import org.apache.commons.io.FileUtils; +import org.apache.commons.io.IOUtils; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import org.junit.rules.TestWatcher; +import org.junit.runner.Description; +import org.nuiton.topia.TopiaContext; +import org.nuiton.topia.TopiaException; +import org.nuiton.topia.TopiaRuntimeException; +import org.nuiton.util.FileUtil; + +import java.io.File; +import java.io.IOException; +import java.io.InputStream; +import java.util.Date; +import java.util.Locale; +import java.util.Properties; + +/** + * Provide an implementation of {@link EchoBaseServiceContext} suitable for repeatable, + * isolated tests requiring a database. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class FakeEchoBaseServiceContext extends TestWatcher implements EchoBaseServiceContext { + + private static final Log log = + LogFactory.getLog(FakeEchoBaseServiceContext.class); + + /** A time-stamp, allow to make multiple build and keep the tests data. */ + protected static final String TIMESTAMP = String.valueOf(System.nanoTime()); + + protected final String initDb; + + protected EchoBaseServiceFactory serviceFactory; + + protected TopiaContext rootContext; + + protected TopiaContext transaction; + + protected Date fakeCurrentTime; + + protected File testDir; + + protected EchoBaseConfiguration configuration; + + public FakeEchoBaseServiceContext(String initDb) { + this.initDb = initDb; + } + + protected File getTestSpecificDirectory(Description description) { + // Trying to look for the temporary folder to store data for the test + String tempDirPath = System.getProperty("java.io.tmpdir"); + if (tempDirPath == null) { + // can this really occur ? + tempDirPath = ""; + if (log.isWarnEnabled()) { + log.warn("'\"java.io.tmpdir\" not defined"); + } + } + File tempDirFile = new File(tempDirPath); + + // create the directory to store database data + String dataBasePath = description.getClassName() + + File.separator // a directory with the test class name + + description.getMethodName()// a sub-directory with the method name + + '_' + + TIMESTAMP; // and a timestamp + File databaseFile = new File(tempDirFile, dataBasePath); + return databaseFile; + } + + @Override + protected void starting(Description description) { + super.starting(description); + EchoBaseTopiaRootContextFactory factory = + new EchoBaseTopiaRootContextFactory(); + testDir = getTestSpecificDirectory(description); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Test dir = " + testDir); + } + + if (initDb != null) { + + // let's use this path as the initial db. + + File destinationDb = new File(testDir, "db" + + File.separator + + "echobase.h2.db"); + InputStream inputStream = getClass().getResourceAsStream(initDb); + Preconditions.checkNotNull(inputStream, "Could not find resource from " + initDb); + try { + FileUtil.createDirectoryIfNecessary( + destinationDb.getParentFile()); + + FileUtils.copyInputStreamToFile( + inputStream, + destinationDb + ); + } catch (IOException e) { + throw new EchoBaseTechnicalException("Could not copy db", e); + } finally { + IOUtils.closeQuietly(inputStream); + } + } + + Properties defaultProps = new Properties(); + defaultProps.put(EchoBaseConfigurationOption.DATA_DIRECTORY.getKey(), testDir); + configuration = new EchoBaseConfiguration(defaultProps); + + rootContext = factory.newEmbeddedDatabase(testDir); +// rootContext = factory.newEmbeddedDatabase(testDir, "/" + CONFIGURATION_PATH); + } + + @Override + protected void finished(Description description) { + super.finished(description); + if (!rootContext.isClosed()) { + try { + rootContext.closeContext(); + } catch (TopiaException e) { + throw new TopiaRuntimeException(e); + } + } + } + + /** May be used in test to get a fresh transaction. */ + @Override + public TopiaContext getTransaction() { + if (transaction == null) { + try { + transaction = rootContext.beginTransaction(); + } catch (TopiaException e) { + throw new TopiaRuntimeException(e); + } + } + return transaction; + } + + public TopiaContext newTransaction() throws TopiaException { + return rootContext.beginTransaction(); + } + + @Override + public void setTransaction(TopiaContext transaction) { + } + + @Override + public Locale getLocale() { + return Locale.FRANCE; + } + + @Override + public DbMeta getDbMeta() { + return DbMeta.newDbMeta(); + } + + @Override + public EchoBaseConfiguration getConfiguration() { + return configuration; + } + + @Override + public EchoBaseServiceFactory getServiceFactory() { + return serviceFactory; + } + + @Override + public <E extends EchoBaseService> E newService(Class<E> clazz) { + return serviceFactory.newService(clazz, this); + } + + public void setServiceFactory(EchoBaseServiceFactory serviceFactory) { + this.serviceFactory = serviceFactory; + } + + public File getTestDir() { + return testDir; + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/FakeEchoBaseServiceContext.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Added: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java 2012-02-16 23:50:12 UTC (rev 319) @@ -0,0 +1,94 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.OperationMetadataValue; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.OperationImportConfiguration; +import org.junit.Assert; +import org.junit.Test; + +import java.util.Iterator; +import java.util.List; + +/** + * Tests {@link OperationImportService}. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class OperationImportServiceTest extends EchoBaseTestServiceSupport { + + protected FakeEchoBaseServiceContext initContext() { + return new FakeEchoBaseServiceContext("/import-data/echobase-0.3-commonData-result.h2.db"); + } + + protected String[] getImportPath(String filename) { + return new String[]{"/import-data", "operation", filename}; + } + + @Test + public void doImport() throws Exception { + + assertNbEntities(Voyage.class, 1); + assertNbEntities(Transit.class, 3); + assertNbEntities(Transect.class, 181); + + // import operations + + assertNbEntities(Operation.class, 0); + assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 0); + assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 0); + + OperationImportConfiguration conf = + new OperationImportConfiguration(getLocale()); + + conf.setVoyageId("fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage#1329429559711#0.2622586586792377"); + conf.setVesselId("fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel#1323196672049#0.9790502711645855"); + + prepareInputFile(conf.getOperationFile(), getImportPath("operation.csv")); + prepareInputFile(conf.getOperationMetadataFile(), getImportPath("operationmetadatavalue.csv")); + prepareInputFile(conf.getGearMetadataFile(), getImportPath("gearmetadatavalue.csv")); + + OperationImportService service = + getService(OperationImportService.class); + + List<CsvImportResult> result = service.doImport(conf, createFakeUser()); + + Assert.assertNotNull(result); + Assert.assertEquals(3, result.size()); + Iterator<CsvImportResult> iterator = result.iterator(); + assertCsvImportResult(iterator.next(), Operation.class, 61, 0, 61); + assertCsvImportResult(iterator.next(), OperationMetadataValue.class, 183, 0, 183); + assertCsvImportResult(iterator.next(), GearMetadataValue.class, 427, 0, 427); + + assertNbEntities(Operation.class, 61); + assertNbEntities(OperationMetadataValue.class, 183); + assertNbEntities(GearMetadataValue.class, 427); + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/test/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportServiceTest.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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r318 - in trunk: echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv echobase-services/src/main/resources/embedded echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 16, 2012

Feb. 16, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-17 00:14:23 +0100 (Fri, 17 Feb 2012) New Revision: 318 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/318 Log: - improve configuration (can pass default properties to push as default option via java code (used by tests)) - rename acCousticXXX to acousticeXXX - make works operation import - begin to make work catches import (still miss some species to finish it) - use FilterPagerBean from nuiton-struts2 - svn properties + headers Added: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AcousticDataImportConfiguration.java Removed: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AccousticDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/FilterPagerBean.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AccousticDataImportConfiguration.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfiguration.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModelRow.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase-embedded.properties trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureAccousticData.java trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/LaunchAccousticData.java trunk/echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureResults-ConfigureResults-modeRegion-validation.xml trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfiguration.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseConfiguration.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -28,11 +28,16 @@ import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.topia.TopiaContextFactory; -import org.nuiton.util.*; +import org.nuiton.util.ApplicationConfig; +import org.nuiton.util.ArgumentsParserException; +import org.nuiton.util.FileUtil; +import org.nuiton.util.Version; +import org.nuiton.util.VersionUtil; import java.io.File; import java.io.IOException; import java.net.URL; +import java.util.Map; import java.util.Properties; /** @@ -55,22 +60,32 @@ protected ApplicationConfig applicationConfig; public EchoBaseConfiguration() { - this("echobase.properties"); + this(null); } - public EchoBaseConfiguration(String file) { + public EchoBaseConfiguration(Properties propos) { EchoBaseDateConverter.initDateConverter(); applicationConfig = new ApplicationConfig(); - applicationConfig.setConfigFileName(file); + applicationConfig.setConfigFileName("echobase.properties"); if (log.isInfoEnabled()) { log.info(this + " is initializing..."); } try { applicationConfig.loadDefaultOptions(EchoBaseConfigurationOption.class); + if (propos != null) { + for (Map.Entry<Object, Object> entry : propos.entrySet()) { + + applicationConfig.setDefaultOption( + String.valueOf(entry.getKey()), + String.valueOf(entry.getValue()) + ); + } + } applicationConfig.parse(); + } catch (ArgumentsParserException e) { throw new EchoBaseTechnicalException( "Could not parse configuration", e); @@ -161,8 +176,8 @@ Preconditions.checkNotNull( directory, "Could not find directory " + directory + " (key " + - key + - "in your configuration file named echobase.properties)" + key + + "in your configuration file named echobase.properties)" ); if (log.isInfoEnabled()) { log.info(key + " = " + directory); Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseFunctions.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -51,7 +51,6 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.references.SpeciesCategory; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Strata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; -import org.apache.commons.lang3.StringUtils; import org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity; import java.io.File; @@ -205,16 +204,17 @@ public String apply(Gear input) { //FIXME : Remove the dummy test when all gear in db have a casino name String casinoGearName = input.getCasinoGearName(); - return StringUtils.isEmpty(casinoGearName) ? input.getName() : casinoGearName; +// return StringUtils.isEmpty(casinoGearName) ? input.getName() : casinoGearName; + return casinoGearName; } }; - public static final Function<Gear, String> GEAR_GEAR_CODE = new Function<Gear, String>() { - @Override - public String apply(Gear input) { - return input.getGearCode(); - } - }; +// public static final Function<Gear, String> GEAR_GEAR_CODE = new Function<Gear, String>() { +// @Override +// public String apply(Gear input) { +// return input.getGearCode(); +// } +// }; public static final Function<Operation, String> OPERATION_ID = new Function<Operation, String>() { @Override Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseTopiaRootContextFactory.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -32,8 +32,6 @@ import org.nuiton.topia.TopiaContextFactory; import org.nuiton.topia.TopiaNotFoundException; import org.nuiton.topia.TopiaRuntimeException; -import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationService; -import org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationServiceImpl; import java.io.File; import java.io.IOException; @@ -53,6 +51,11 @@ public TopiaContext newEmbeddedDatabase(File dir) { + return newEmbeddedDatabase(dir, "/topia-h2.properties"); + } + + public TopiaContext newEmbeddedDatabase(File dir, String configPath) { + File databaseFile = new File(dir, "db"); String databaseAbsolutePath = databaseFile.getAbsolutePath(); @@ -61,25 +64,24 @@ Properties properties = new Properties(); InputStream input = null; try { - input = getClass().getResourceAsStream("/topia-h2.properties"); + input = getClass().getResourceAsStream(configPath); properties.load(input); } catch (IOException e) { throw new RuntimeException(e); } finally { Closeables.closeQuietly(input); } - properties.setProperty( - TopiaContextFactory.CONFIG_URL, - "jdbc:h2:file:" + databaseAbsolutePath + "/echobase"); + String dbUrl = "jdbc:h2:file:" + databaseAbsolutePath + "/echobase"; + properties.setProperty(TopiaContextFactory.CONFIG_URL, dbUrl); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Use embedded db at " + dbUrl); + } // add entities to the context properties.setProperty( TopiaContextFactory.CONFIG_PERSISTENCE_CLASSES, EchoBaseDAOHelper.getImplementationClassesAsString()); - // add topiaReplicationService in the context - properties.setProperty(TopiaReplicationService.TOPIA_SERVICE_NAME, - TopiaReplicationServiceImpl.class.getName()); TopiaContext rootContext; try { Deleted: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AccousticDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AccousticDataImportService.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AccousticDataImportService.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -1,610 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import com.google.common.base.Preconditions; -import com.google.common.collect.Lists; -import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; -import fr.ifremer.echobase.EchoBasePredicates; -import fr.ifremer.echobase.InputFile; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; -import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisitionDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessingDAO; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; -import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.CellType; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; -import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AccousticDataImportConfiguration; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; -import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; -import org.nuiton.util.csv.Import; -import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; - -import java.io.Reader; -import java.text.DateFormat; -import java.text.SimpleDateFormat; -import java.util.Date; -import java.util.List; -import java.util.Map; - -import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; - -/** - * Service to launch a "acoustic data" import. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.3 - */ -public class AccousticDataImportService extends AbstractImportDataService<AccousticDataImportConfiguration> { - - @Override - protected String getImportLabel() { - return l_(getLocale(), ImportDataMode.AccousticData.getI18nKey()); - } - - @Override - protected List<CsvImportResult> startImport( - AccousticDataImportConfiguration configuration, - EchoBaseUser user) throws ImportException { - - List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); - - // get selected voyage - Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, - configuration.getVoyageId()); - - // get selected vessel - Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, - configuration.getVesselId()); - - CellType esduCellType = getEntityByProperty( - CellType.class, CellType.PROPERTY_ID, "Esdu"); - Preconditions.checkNotNull(esduCellType); - - CellType elementaryCellType = getEntityByProperty( - CellType.class, CellType.PROPERTY_ID, "Elementary"); - Preconditions.checkNotNull(elementaryCellType); - - InputFile inputFile = configuration.getMoviesFile(); - - CsvImportResult importDataAcquisition = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition, - inputFile.getFileName(), - false); - - CsvImportResult importDataProcessing = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.DataProcessing, - inputFile.getFileName(), - false); - - CsvImportResult importCell = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Cell, - inputFile.getFileName(), - false); - - CsvImportResult importCellData = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.Data, - inputFile.getFileName(), - false); - - importMoviesFile(voyage, - vessel, - esduCellType, - elementaryCellType, - configuration, - inputFile, - importDataAcquisition, - importDataProcessing, - importCell, - importCellData); - - addResultAndLog(result, inputFile, importDataAcquisition, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importDataProcessing, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCell, user); - addResultAndLog(result, inputFile, importCellData, user); - - return result; - } - - private final DateFormat cellDateFormat = - new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd hh:mm:ss'Z'"); - - private void importMoviesFile(Voyage voyage, - Vessel vessel, - CellType esduCellType, - CellType elementaryCellType, - AccousticDataImportConfiguration configuration, - InputFile inputFile, - CsvImportResult importDataAcquisition, - CsvImportResult importDataProcessing, - CsvImportResult importCell, - CsvImportResult importCellData - ) throws ImportException { - - Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById = - getEntitiesMap(AcousticInstrument.class, - EchoBaseFunctions.ACOUSTIC_INSTRUMENT_ID); - - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName = getEntitiesMap( - DataMetadata.class, EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); - - AcousticDataImportModel csvModel = new AcousticDataImportModel( - getCsvSeparator()); - - DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO = - getDAO(DataAcquisition.class, DataAcquisitionDAO.class); - DataProcessingDAO dataProcessingDAO = - getDAO(DataProcessing.class, DataProcessingDAO.class); - CellDAO cellDAO = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); - DataDAO dataDAO = getDAO(Data.class, DataDAO.class); - - boolean addDataAcquisition = configuration.isAddDataAcquisition(); - - Reader reader = getInputFileReader(inputFile); - try { - Import<AcousticDataImportModelRow> importer = - Import.newImport(csvModel, reader); - DataAcquisition dataAcquisition = null; - DataProcessing dataProcessing = null; - Cell esduCell = null; - Cell elementaryCell; - for (AcousticDataImportModelRow row : importer) { - - Date startDate = row.getCellDateStart(); - - // get transect to use - Transit transit = voyage.getTransit(startDate); - if (transit == null) { - - // can not find correct transit - throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.transit.notfound", - voyage.getName(), - startDate)); - } - - Transect transect = transit.getTransect(vessel); - if (transect == null) { - - // can not find correct transect - throw new ImportException( - l_(getLocale(), "echobase.importError.transect.notfound", - voyage.getName(), - startDate, - vessel.getName())); - } - - // Build the row acoustic instrument - String sndname = row.getSndName(); - String channelName = row.getChannelName(); - String instrumentId = sndname + channelName; - AcousticInstrument instrument = - instrumentsById.get(instrumentId); - - boolean isME70 = - EchoBasePredicates.IS_ACOUSTIC_INSTRUMENT_ME70.apply(instrument); - if (dataAcquisition == null || - !instrument.equals(dataAcquisition.getAcousticInstrument())) { - - // need to use another data acquisition - - String softwareVersion = - getSoftwareVersion(configuration, isME70); - - String soundSpeedCalculations = - getSoundSpeedCalculations(configuration, isME70); - - if (!addDataAcquisition && - !transect.isDataAcquisitionEmpty()) { - - // try to obtain an existing data acquisiton - - for (DataAcquisition acquisition : transect.getDataAcquisition()) { - - if (instrument.equals(acquisition.getAcousticInstrument())) { - - // found a matching data acquisiotn from his acoustic instrument - dataAcquisition = acquisition; - break; - } - } - } - - if (dataAcquisition == null) { - - // need to create the data acquisition - - // create dataAcquisiton - dataAcquisition = createDataAcquisition( - configuration, - instrument, - softwareVersion, - soundSpeedCalculations, - row, - dataAcquisitionDAO - ); - - importDataAcquisition.incrementsNumberCreated(); - - // add it to transect - transect.addDataAcquisition(dataAcquisition); - } - - // create data processing - dataProcessing = createDataProcessing( - configuration, - softwareVersion, - soundSpeedCalculations, - row, - dataProcessingDAO - ); - - importDataProcessing.incrementsNumberUpdated(); - - // add it to data acquisition - dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); - - // must start a fresh new esdu cell - esduCell = null; - } - - int cellType = row.getCellType(); - - String esduCellId = cellDateFormat.format(startDate); - - if (cellType == 4) { - - // this is a esdu cell row - - // create esdu cell - esduCell = create(cellDAO, - Cell.PROPERTY_CELL_TYPE, esduCellType, - Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId - ); - - importCell.incrementsNumberCreated(); - - // add it to data processing - dataProcessing.addCell(esduCell); - - // create esdu cell data - createEsduCellData(configuration, - esduCell, - dataMetadatasByName, - row, - dataDAO, - importCellData); - } else { - - // this is a elementary cell row - - int cellNum = row.getCellNum(); - - String elementaryCellId = esduCellId + "_" + cellNum; - - if (esduCell == null) { - throw new IllegalStateException( - "No esdu cell where to attach the " + - "elementary cell " + elementaryCellId); - } - - // create the elementary cell - - elementaryCell = create(cellDAO, - Cell.PROPERTY_CELL_TYPE, elementaryCellType, - Cell.PROPERTY_NAME, elementaryCellId - ); - - importCell.incrementsNumberCreated(); - - // add it to esdu cell - esduCell.addChilds(elementaryCell); - - - // create datas of the elementary cell - createElementaryCellData(configuration, - elementaryCell, - dataMetadatasByName, - row, - dataDAO, - importCellData); - } - } - - } catch (ImportRuntimeException e) { - throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); - } finally { - closeReader(reader, inputFile); - } - } - - protected void createEsduCellData(AccousticDataImportConfiguration configuration, - Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, - AcousticDataImportModelRow row, - DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { - - DataMetadata dataMetadata; - Data data; - String dataValue; - - String suffix = - configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); - - // create Latitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Latitude" + suffix); - dataValue = row.getEsduCellDataLatitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create Longitude data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Longitude" + suffix); - dataValue = row.getEsduCellDataLongitude(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create Depth data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("DepthRefSurface" + suffix); - dataValue = row.getEsduCellDataDepth(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create Time data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Time" + suffix); - dataValue = cellDateFormat.format(row.getCellDateStart()); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create AcousticDensity data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); - dataValue = row.getEsduCellDataAcousticDensity(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - } - - private void createElementaryCellData(AccousticDataImportConfiguration configuration, - Cell cell, - Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, - AcousticDataImportModelRow row, - DataDAO dao, - CsvImportResult importCellData) { - - DataMetadata dataMetadata; - Data data; - String dataValue; - - int cellType = row.getCellType(); - - String startMeta; - String endMeta; - - if (cellType == 0) { - - // surface - - startMeta = "DepthRefSurfaceStart"; - endMeta = "DepthRefSurfaceEnd"; - - } else { - - // bottom - - startMeta = "DepthRefBottomStart"; - endMeta = "DepthRefBottomEnd"; - } - - // create depth start data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(startMeta); - dataValue = row.getCellDepthStart(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - - // create depth end data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get(endMeta); - dataValue = row.getCellDepthEnd(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - // create acoustic density data - dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); - dataValue = row.getCellSa(); - data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); - data.setDataValue(dataValue); - cell.addData(data); - - importCellData.incrementsNumberCreated(); - - } - - private DataAcquisition createDataAcquisition(AccousticDataImportConfiguration configuration, - AcousticInstrument instrument, - String softwareVersion, - String soundSpeedCalculations, - AcousticDataImportModelRow row, - DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO) { - - String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = - configuration.getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(); - String loggedDataFormat = configuration.getLoggedDataFormat(); - String loggedDataDatatype = configuration.getLoggedDataDatatype(); - String pingDutyCycle = configuration.getPingDutyCycle(); - String echosounderSoundSpeed = configuration.getEchosounderSoundSpeed(); - - DataAcquisition dataAcquisition = create(dataAcquisitionDAO); - - // fill from manual configuration - dataAcquisition.setAcousticInstrument(instrument); - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(transceiverAcquisitionAbsorptionDescription); - dataAcquisition.setAcquisitionSoftwareVersion(softwareVersion); - dataAcquisition.setLoggedDataFormat(loggedDataFormat); - dataAcquisition.setLoggedDataDatatype(loggedDataDatatype); - dataAcquisition.setPingDutyCycle(pingDutyCycle); - dataAcquisition.setEchosounderSoundSpeed(echosounderSoundSpeed); - dataAcquisition.setSoundSpeedCalculations(soundSpeedCalculations); - - // fill from csv file - Float transceiverAcquisitionAbsorption = - row.getTransceiverAcquisitionAbsorption(); - Float transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship = - row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(); - Float transducerAcquisitionBeamAngleAlongship = - row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(); - Float transducerAcquisitionPsi = - row.getTransducerAcquisitionPsi(); - Float transceiverAcquisitionPower = - row.getTransceiverAcquisitionPower(); - Float transceiverAcquisitionPulseLength = - row.getTransceiverAcquisitionPulseLength(); - Float transceiverAcquisitionGain = - row.getTransceiverAcquisitionGain(); - Float transceiverAcquisitionSacorrection = - row.getTransceiverAcquisitionSacorrection(); - - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionAbsorption(transceiverAcquisitionAbsorption); - dataAcquisition.setTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship); - dataAcquisition.setTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(transducerAcquisitionBeamAngleAlongship); - dataAcquisition.setTransducerAcquisitionPsi(transducerAcquisitionPsi); - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionPower(transceiverAcquisitionPower); - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionPulseLength(transceiverAcquisitionPulseLength); - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionGain(transceiverAcquisitionGain); - dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionSacorrection(transceiverAcquisitionSacorrection); - - return dataAcquisition; - } - - private DataProcessing createDataProcessing(AccousticDataImportConfiguration configuration, - String softwareVersion, - String soundSpeedCalculations, - AcousticDataImportModelRow row, - DataProcessingDAO dataProcessingDAO) { - - String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = - configuration.getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(); - String echosounderSoundSpeed = configuration.getEchosounderSoundSpeed(); - String processingTemplate = configuration.getProcessingTemplate(); - String processingDescription = configuration.getProcessingDescription(); - Float sounderConstant = configuration.getSounderConstant(); - float digitThreshold = configuration.getDigitThreshold(); - String acousticDensityUnit = configuration.getAcousticDensityUnit(); - String notes = configuration.getNotes(); - - DataProcessing dataProcessing = create(dataProcessingDAO); - - // fill from manual configuration - dataProcessing.setProcessingTemplate(processingTemplate); - dataProcessing.setProcessingDescription(processingDescription); - dataProcessing.setSounderConstant(sounderConstant); - dataProcessing.setDigitThreshold(digitThreshold); - dataProcessing.setAcousticDensityUnit(acousticDensityUnit); - dataProcessing.setNotes(notes); - dataProcessing.setProcessingSoftwareVersion(softwareVersion); - dataProcessing.setTransceiverProcessingAbsorptionDescription(transceiverAcquisitionAbsorptionDescription); - dataProcessing.setEchosounderSoundSpeed(echosounderSoundSpeed); - dataProcessing.setSoundSpeedCalculations(soundSpeedCalculations); - - // fill from csv file - - Float transceiverAcquisitionAbsorption = - row.getTransceiverAcquisitionAbsorption(); - Float transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship = - row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(); - Float transducerAcquisitionBeamAngleAlongship = - row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(); - Float transducerAcquisitionPsi = - row.getTransducerAcquisitionPsi(); - - Float transceiverAcquisitionGain = - row.getTransceiverAcquisitionGain(); - Float transceiverAcquisitionSacorrection = - row.getTransceiverAcquisitionSacorrection(); - Float eIThreshold = row.getEiThreshold(); - - dataProcessing.setEiThreshold(eIThreshold); - dataProcessing.setTransceiverProcessingSacorrection(transceiverAcquisitionSacorrection); - dataProcessing.setTransceiverProcessingAbsorption(transceiverAcquisitionAbsorption); - dataProcessing.setTransceiverProcessingGain(transceiverAcquisitionGain); - dataProcessing.setTransducerProcessingPsi(transducerAcquisitionPsi); - dataProcessing.setTransducerProcessingBeamAngleAthwartship(transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship); - dataProcessing.setTransducerProcessingBeamAngleAlongship(transducerAcquisitionBeamAngleAlongship); - - - return dataProcessing; - } - - private String getSoftwareVersion(AccousticDataImportConfiguration configuration, - boolean isME70) { - String result; - if (isME70) { - result = configuration.getAcquisitionSoftwareVersionME70(); - } else { - result = configuration.getAcquisitionSoftwareVersionER60(); - } - return result; - } - - private String getSoundSpeedCalculations(AccousticDataImportConfiguration configuration, - boolean isME70) { - String result; - if (isME70) { - result = configuration.getSoundSpeedCalculationsME70(); - } else { - result = configuration.getSoundSpeedCalculationsER60(); - } - return result; - } - -} Copied: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java (from rev 314, trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AccousticDataImportService.java) =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -0,0 +1,610 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services; + +import com.google.common.base.Preconditions; +import com.google.common.collect.Lists; +import fr.ifremer.echobase.EchoBaseFunctions; +import fr.ifremer.echobase.EchoBasePredicates; +import fr.ifremer.echobase.InputFile; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseEntityEnum; +import fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUser; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Cell; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.CellDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Data; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisition; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataAcquisitionDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessing; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.DataProcessingDAO; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transit; +import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.AcousticInstrument; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.CellType; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.DataMetadata; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModel; +import fr.ifremer.echobase.services.csv.AcousticDataImportModelRow; +import org.nuiton.util.csv.Import; +import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; + +import java.io.Reader; +import java.text.DateFormat; +import java.text.SimpleDateFormat; +import java.util.Date; +import java.util.List; +import java.util.Map; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * Service to launch a "acoustic data" import. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class AcousticDataImportService extends AbstractImportDataService<AcousticDataImportConfiguration> { + + @Override + protected String getImportLabel() { + return l_(getLocale(), ImportDataMode.AccousticData.getI18nKey()); + } + + @Override + protected List<CsvImportResult> startImport( + AcousticDataImportConfiguration configuration, + EchoBaseUser user) throws ImportException { + + List<CsvImportResult> result = Lists.newLinkedList(); + + // get selected voyage + Voyage voyage = getEntityById(Voyage.class, + configuration.getVoyageId()); + + // get selected vessel + Vessel vessel = getEntityById(Vessel.class, + configuration.getVesselId()); + + CellType esduCellType = getEntityByProperty( + CellType.class, CellType.PROPERTY_ID, "Esdu"); + Preconditions.checkNotNull(esduCellType); + + CellType elementaryCellType = getEntityByProperty( + CellType.class, CellType.PROPERTY_ID, "Elementary"); + Preconditions.checkNotNull(elementaryCellType); + + InputFile inputFile = configuration.getMoviesFile(); + + CsvImportResult importDataAcquisition = new CsvImportResult( + EchoBaseEntityEnum.DataAcquisition, + inputFile.getFileName(), + false); + + CsvImportResult importDataProcessing = new CsvImportResult( + EchoBaseEntityEnum.DataProcessing, + inputFile.getFileName(), + false); + + CsvImportResult importCell = new CsvImportResult( + EchoBaseEntityEnum.Cell, + inputFile.getFileName(), + false); + + CsvImportResult importCellData = new CsvImportResult( + EchoBaseEntityEnum.Data, + inputFile.getFileName(), + false); + + importMoviesFile(voyage, + vessel, + esduCellType, + elementaryCellType, + configuration, + inputFile, + importDataAcquisition, + importDataProcessing, + importCell, + importCellData); + + addResultAndLog(result, inputFile, importDataAcquisition, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importDataProcessing, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importCell, user); + addResultAndLog(result, inputFile, importCellData, user); + + return result; + } + + private final DateFormat cellDateFormat = + new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd hh:mm:ss'Z'"); + + private void importMoviesFile(Voyage voyage, + Vessel vessel, + CellType esduCellType, + CellType elementaryCellType, + AcousticDataImportConfiguration configuration, + InputFile inputFile, + CsvImportResult importDataAcquisition, + CsvImportResult importDataProcessing, + CsvImportResult importCell, + CsvImportResult importCellData + ) throws ImportException { + + Map<String, AcousticInstrument> instrumentsById = + getEntitiesMap(AcousticInstrument.class, + EchoBaseFunctions.ACOUSTIC_INSTRUMENT_ID); + + Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName = getEntitiesMap( + DataMetadata.class, EchoBaseFunctions.DATA_METADATA_NAME); + + AcousticDataImportModel csvModel = new AcousticDataImportModel( + getCsvSeparator()); + + DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO = + getDAO(DataAcquisition.class, DataAcquisitionDAO.class); + DataProcessingDAO dataProcessingDAO = + getDAO(DataProcessing.class, DataProcessingDAO.class); + CellDAO cellDAO = getDAO(Cell.class, CellDAO.class); + DataDAO dataDAO = getDAO(Data.class, DataDAO.class); + + boolean addDataAcquisition = configuration.isAddDataAcquisition(); + + Reader reader = getInputFileReader(inputFile); + try { + Import<AcousticDataImportModelRow> importer = + Import.newImport(csvModel, reader); + DataAcquisition dataAcquisition = null; + DataProcessing dataProcessing = null; + Cell esduCell = null; + Cell elementaryCell; + for (AcousticDataImportModelRow row : importer) { + + Date startDate = row.getCellDateStart(); + + // get transect to use + Transit transit = voyage.getTransit(startDate); + if (transit == null) { + + // can not find correct transit + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.transit.notfound", + voyage.getName(), + startDate)); + } + + Transect transect = transit.getTransect(vessel); + if (transect == null) { + + // can not find correct transect + throw new ImportException( + l_(getLocale(), "echobase.importError.transect.notfound", + voyage.getName(), + startDate, + vessel.getName())); + } + + // Build the row acoustic instrument + String sndname = row.getSndName(); + String channelName = row.getChannelName(); + String instrumentId = sndname + channelName; + AcousticInstrument instrument = + instrumentsById.get(instrumentId); + + boolean isME70 = + EchoBasePredicates.IS_ACOUSTIC_INSTRUMENT_ME70.apply(instrument); + if (dataAcquisition == null || + !instrument.equals(dataAcquisition.getAcousticInstrument())) { + + // need to use another data acquisition + + String softwareVersion = + getSoftwareVersion(configuration, isME70); + + String soundSpeedCalculations = + getSoundSpeedCalculations(configuration, isME70); + + if (!addDataAcquisition && + !transect.isDataAcquisitionEmpty()) { + + // try to obtain an existing data acquisiton + + for (DataAcquisition acquisition : transect.getDataAcquisition()) { + + if (instrument.equals(acquisition.getAcousticInstrument())) { + + // found a matching data acquisiotn from his acoustic instrument + dataAcquisition = acquisition; + break; + } + } + } + + if (dataAcquisition == null) { + + // need to create the data acquisition + + // create dataAcquisiton + dataAcquisition = createDataAcquisition( + configuration, + instrument, + softwareVersion, + soundSpeedCalculations, + row, + dataAcquisitionDAO + ); + + importDataAcquisition.incrementsNumberCreated(); + + // add it to transect + transect.addDataAcquisition(dataAcquisition); + } + + // create data processing + dataProcessing = createDataProcessing( + configuration, + softwareVersion, + soundSpeedCalculations, + row, + dataProcessingDAO + ); + + importDataProcessing.incrementsNumberUpdated(); + + // add it to data acquisition + dataAcquisition.addDataProcessing(dataProcessing); + + // must start a fresh new esdu cell + esduCell = null; + } + + int cellType = row.getCellType(); + + String esduCellId = cellDateFormat.format(startDate); + + if (cellType == 4) { + + // this is a esdu cell row + + // create esdu cell + esduCell = create(cellDAO, + Cell.PROPERTY_CELL_TYPE, esduCellType, + Cell.PROPERTY_NAME, esduCellId + ); + + importCell.incrementsNumberCreated(); + + // add it to data processing + dataProcessing.addCell(esduCell); + + // create esdu cell data + createEsduCellData(configuration, + esduCell, + dataMetadatasByName, + row, + dataDAO, + importCellData); + } else { + + // this is a elementary cell row + + int cellNum = row.getCellNum(); + + String elementaryCellId = esduCellId + "_" + cellNum; + + if (esduCell == null) { + throw new IllegalStateException( + "No esdu cell where to attach the " + + "elementary cell " + elementaryCellId); + } + + // create the elementary cell + + elementaryCell = create(cellDAO, + Cell.PROPERTY_CELL_TYPE, elementaryCellType, + Cell.PROPERTY_NAME, elementaryCellId + ); + + importCell.incrementsNumberCreated(); + + // add it to esdu cell + esduCell.addChilds(elementaryCell); + + + // create datas of the elementary cell + createElementaryCellData(configuration, + elementaryCell, + dataMetadatasByName, + row, + dataDAO, + importCellData); + } + } + + } catch (ImportRuntimeException e) { + throw new ImportException(getLocale(), inputFile, e); + } finally { + closeReader(reader, inputFile); + } + } + + protected void createEsduCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, + Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + AcousticDataImportModelRow row, + DataDAO dao, + CsvImportResult importCellData) { + + DataMetadata dataMetadata; + Data data; + String dataValue; + + String suffix = + configuration.getCellPositionReference().getMetadataNameSuffix(); + + // create Latitude data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Latitude" + suffix); + dataValue = row.getEsduCellDataLatitude(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + // create Longitude data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Longitude" + suffix); + dataValue = row.getEsduCellDataLongitude(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + // create Depth data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("DepthRefSurface" + suffix); + dataValue = row.getEsduCellDataDepth(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + // create Time data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("Time" + suffix); + dataValue = cellDateFormat.format(row.getCellDateStart()); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + // create AcousticDensity data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); + dataValue = row.getEsduCellDataAcousticDensity(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + } + + private void createElementaryCellData(AcousticDataImportConfiguration configuration, + Cell cell, + Map<String, DataMetadata> dataMetadatasByName, + AcousticDataImportModelRow row, + DataDAO dao, + CsvImportResult importCellData) { + + DataMetadata dataMetadata; + Data data; + String dataValue; + + int cellType = row.getCellType(); + + String startMeta; + String endMeta; + + if (cellType == 0) { + + // surface + + startMeta = "DepthRefSurfaceStart"; + endMeta = "DepthRefSurfaceEnd"; + + } else { + + // bottom + + startMeta = "DepthRefBottomStart"; + endMeta = "DepthRefBottomEnd"; + } + + // create depth start data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get(startMeta); + dataValue = row.getCellDepthStart(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + + // create depth end data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get(endMeta); + dataValue = row.getCellDepthEnd(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + // create acoustic density data + dataMetadata = dataMetadatasByName.get("sa"); + dataValue = row.getCellSa(); + data = create(dao, Data.PROPERTY_DATA_METADATA, dataMetadata); + data.setDataValue(dataValue); + cell.addData(data); + + importCellData.incrementsNumberCreated(); + + } + + private DataAcquisition createDataAcquisition(AcousticDataImportConfiguration configuration, + AcousticInstrument instrument, + String softwareVersion, + String soundSpeedCalculations, + AcousticDataImportModelRow row, + DataAcquisitionDAO dataAcquisitionDAO) { + + String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = + configuration.getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(); + String loggedDataFormat = configuration.getLoggedDataFormat(); + String loggedDataDatatype = configuration.getLoggedDataDatatype(); + String pingDutyCycle = configuration.getPingDutyCycle(); + String echosounderSoundSpeed = configuration.getEchosounderSoundSpeed(); + + DataAcquisition dataAcquisition = create(dataAcquisitionDAO); + + // fill from manual configuration + dataAcquisition.setAcousticInstrument(instrument); + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(transceiverAcquisitionAbsorptionDescription); + dataAcquisition.setAcquisitionSoftwareVersion(softwareVersion); + dataAcquisition.setLoggedDataFormat(loggedDataFormat); + dataAcquisition.setLoggedDataDatatype(loggedDataDatatype); + dataAcquisition.setPingDutyCycle(pingDutyCycle); + dataAcquisition.setEchosounderSoundSpeed(echosounderSoundSpeed); + dataAcquisition.setSoundSpeedCalculations(soundSpeedCalculations); + + // fill from csv file + Float transceiverAcquisitionAbsorption = + row.getTransceiverAcquisitionAbsorption(); + Float transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship = + row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(); + Float transducerAcquisitionBeamAngleAlongship = + row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(); + Float transducerAcquisitionPsi = + row.getTransducerAcquisitionPsi(); + Float transceiverAcquisitionPower = + row.getTransceiverAcquisitionPower(); + Float transceiverAcquisitionPulseLength = + row.getTransceiverAcquisitionPulseLength(); + Float transceiverAcquisitionGain = + row.getTransceiverAcquisitionGain(); + Float transceiverAcquisitionSacorrection = + row.getTransceiverAcquisitionSacorrection(); + + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionAbsorption(transceiverAcquisitionAbsorption); + dataAcquisition.setTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship); + dataAcquisition.setTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(transducerAcquisitionBeamAngleAlongship); + dataAcquisition.setTransducerAcquisitionPsi(transducerAcquisitionPsi); + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionPower(transceiverAcquisitionPower); + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionPulseLength(transceiverAcquisitionPulseLength); + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionGain(transceiverAcquisitionGain); + dataAcquisition.setTransceiverAcquisitionSacorrection(transceiverAcquisitionSacorrection); + + return dataAcquisition; + } + + private DataProcessing createDataProcessing(AcousticDataImportConfiguration configuration, + String softwareVersion, + String soundSpeedCalculations, + AcousticDataImportModelRow row, + DataProcessingDAO dataProcessingDAO) { + + String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = + configuration.getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(); + String echosounderSoundSpeed = configuration.getEchosounderSoundSpeed(); + String processingTemplate = configuration.getProcessingTemplate(); + String processingDescription = configuration.getProcessingDescription(); + Float sounderConstant = configuration.getSounderConstant(); + float digitThreshold = configuration.getDigitThreshold(); + String acousticDensityUnit = configuration.getAcousticDensityUnit(); + String notes = configuration.getNotes(); + + DataProcessing dataProcessing = create(dataProcessingDAO); + + // fill from manual configuration + dataProcessing.setProcessingTemplate(processingTemplate); + dataProcessing.setProcessingDescription(processingDescription); + dataProcessing.setSounderConstant(sounderConstant); + dataProcessing.setDigitThreshold(digitThreshold); + dataProcessing.setAcousticDensityUnit(acousticDensityUnit); + dataProcessing.setNotes(notes); + dataProcessing.setProcessingSoftwareVersion(softwareVersion); + dataProcessing.setTransceiverProcessingAbsorptionDescription(transceiverAcquisitionAbsorptionDescription); + dataProcessing.setEchosounderSoundSpeed(echosounderSoundSpeed); + dataProcessing.setSoundSpeedCalculations(soundSpeedCalculations); + + // fill from csv file + + Float transceiverAcquisitionAbsorption = + row.getTransceiverAcquisitionAbsorption(); + Float transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship = + row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAthwartship(); + Float transducerAcquisitionBeamAngleAlongship = + row.getTransducerAcquisitionBeamAngleAlongship(); + Float transducerAcquisitionPsi = + row.getTransducerAcquisitionPsi(); + + Float transceiverAcquisitionGain = + row.getTransceiverAcquisitionGain(); + Float transceiverAcquisitionSacorrection = + row.getTransceiverAcquisitionSacorrection(); + Float eIThreshold = row.getEiThreshold(); + + dataProcessing.setEiThreshold(eIThreshold); + dataProcessing.setTransceiverProcessingSacorrection(transceiverAcquisitionSacorrection); + dataProcessing.setTransceiverProcessingAbsorption(transceiverAcquisitionAbsorption); + dataProcessing.setTransceiverProcessingGain(transceiverAcquisitionGain); + dataProcessing.setTransducerProcessingPsi(transducerAcquisitionPsi); + dataProcessing.setTransducerProcessingBeamAngleAthwartship(transducerAcquisitionBeamAngleAthwartship); + dataProcessing.setTransducerProcessingBeamAngleAlongship(transducerAcquisitionBeamAngleAlongship); + + + return dataProcessing; + } + + private String getSoftwareVersion(AcousticDataImportConfiguration configuration, + boolean isME70) { + String result; + if (isME70) { + result = configuration.getAcquisitionSoftwareVersionME70(); + } else { + result = configuration.getAcquisitionSoftwareVersionER60(); + } + return result; + } + + private String getSoundSpeedCalculations(AcousticDataImportConfiguration configuration, + boolean isME70) { + String result; + if (isME70) { + result = configuration.getSoundSpeedCalculationsME70(); + } else { + result = configuration.getSoundSpeedCalculationsER60(); + } + return result; + } + +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/AcousticDataImportService.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/CatchesDataImportService.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -121,14 +121,14 @@ sizeCategoryMap, sexCategoryMap); - CsvImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( - configuration.getBiometrySampleFile(), - operationMap, - speciesMap); +// CsvImportResult biometrySampleResult = importBiometrySampleFile( +// configuration.getBiometrySampleFile(), +// operationMap, +// speciesMap); addResultAndLog(result, configuration.getTotalSampleFile(), totalSampleResult, user); addResultAndLog(result, configuration.getSubSampleFile(), subSampleResult, user); - addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), biometrySampleResult, user); +// addResultAndLog(result, configuration.getBiometrySampleFile(), biometrySampleResult, user); return result; } Deleted: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/FilterPagerBean.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/FilterPagerBean.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/FilterPagerBean.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -1,294 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services; - -import com.google.common.collect.Lists; -import org.apache.commons.collections.CollectionUtils; -import org.nuiton.util.PagerUtil; - -import java.io.Serializable; -import java.util.Collection; -import java.util.List; -import java.util.Map; - -/** - * Pager bean with filtering datas. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.3 - */ -public class FilterPagerBean extends PagerUtil.PagerBean { - - private static final long serialVersionUID = 1L; - - public enum OperationGroup { - OR, AND - } - - public enum Operation { - /** Equals operator. */ - eq { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " = :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Not equals operator. */ - ne { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " != :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Contains operator. */ - cn { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, "%" + data + "%"); - return ruleFilter; - } - }, - /** Not contains operator. */ - nc { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " not like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, "%" + data + "%"); - return ruleFilter; - } - }, - /** Begins with operator. */ - bw { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data + "%"); - return ruleFilter; - } - }, - /** Not between with operator. */ - bn { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " not like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data + "%"); - return ruleFilter; - } - }, - /** Ends with operator. */ - ew { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, "%" + data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Not End with operator. */ - en { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " not like :" + paramName; - filterParams.put(paramName, "%" + data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Lesser than operator. */ - lt { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " < :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Lesser or equals operator. */ - le { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " <= :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Greater than operator. */ - gt { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " > :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Greater or equals operator. */ - ge { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " >= :" + paramName; - filterParams.put(paramName, data); - return ruleFilter; - } - }, - /** Is null operator. */ - nu { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " is null"; - return ruleFilter; - } - }, - /** Is not null operator. */ - nn { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - String ruleFilter = propertyName + " is not null"; - return ruleFilter; - } - }, - /** Is among operator. */ - in { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - throw new UnsupportedOperationException(); - } - }, - /** Not is among operator. */ - ni { - @Override - public String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams) { - throw new UnsupportedOperationException(); - } - }; - - public abstract String toHql(String paramName, String propertyName, Object data, Map<String, Object> filterParams); - } - - public static class FilterRule implements Serializable { - - private static final long serialVersionUID = 1L; - - protected final Operation op; - - protected final String field; - - protected final String data; - - public FilterRule(Operation op, - String field, - String data) { - this.op = op; - this.field = field; - this.data = data; - } - - public Operation getOp() { - return op; - } - - public String getField() { - return field; - } - - public String getData() { - return data; - } - } - - public static FilterPagerBeanBuilder newFilterPagerBeanBuilder(String operationGroup) { - OperationGroup operationGroup1 = OperationGroup.valueOf(operationGroup); - FilterPagerBeanBuilder builder = new FilterPagerBeanBuilder(operationGroup1); - return builder; - } - - public FilterPagerBean() { - } - - public boolean canFilter() { - return groupOp != null && CollectionUtils.isNotEmpty(rules); - } - - protected OperationGroup groupOp; - - private List<FilterRule> rules; - - public OperationGroup getGroupOp() { - return groupOp; - } - - public void setGroupOp(OperationGroup groupOp) { - this.groupOp = groupOp; - } - - public List<FilterRule> getRules() { - return rules; - } - - public void setRules(List<FilterRule> rules) { - this.rules = rules; - } - - public static class FilterPagerBeanBuilder { - - protected final OperationGroup groupOp; - - protected final List<FilterRule> rules; - - public FilterPagerBeanBuilder(OperationGroup groupOp) { - this.groupOp = groupOp; - rules = Lists.newLinkedList(); - } - - public FilterPagerBeanBuilder addOperations(Collection<Map<String, String>> operations) { - for (Map<String, String> operation : operations) { - addRule(operation); - } - return this; - } - - public FilterPagerBeanBuilder addRule(Map<String, String> ruleMap) { - String op = ruleMap.get("op"); - String property = ruleMap.get("field"); - String value = ruleMap.get("data"); - Operation operator = Operation.valueOf(op); - return addRule(new FilterRule(operator, property, value)); - } - - public FilterPagerBeanBuilder addRule(FilterRule rule) { - rules.add(rule); - return this; - } - - public void flush(FilterPagerBean bean) { - bean.setGroupOp(groupOp); - bean.setRules(rules); - } - - - } -} Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/OperationImportService.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -50,6 +50,8 @@ import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationImportModelRow; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationMetadataValueImportModel; import fr.ifremer.echobase.services.csv.OperationMetadataValueImportModelRow; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.util.csv.Import; import org.nuiton.util.csv.ImportRuntimeException; @@ -70,6 +72,10 @@ */ public class OperationImportService extends AbstractImportDataService<OperationImportConfiguration> { + /** Logger. */ + private static final Log log = + LogFactory.getLog(OperationImportService.class); + @Override protected String getImportLabel() { return l_(getLocale(), ImportDataMode.Operation.getI18nKey()); @@ -94,9 +100,9 @@ Map<String, Vessel> vesselMap = Maps.uniqueIndex( Arrays.asList(vessel), EchoBaseFunctions.VESSEL_NAME); - // get all gears by their gear code + // get all gears by their casino gear name Map<String, Gear> gearMap = getEntitiesMap( - Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_GEAR_CODE); + Gear.class, EchoBaseFunctions.GEAR_CASINO_GEAR_NAME); CsvImportResult nbOperations = importOperationFile( configuration.getOperationFile(), @@ -145,6 +151,9 @@ inputFile.getFileName(), false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of operations from file "+inputFile.getFileName()); + } Map<String, DepthStratum> depthStratumMap = getEntitiesMap( DepthStratum.class, EchoBaseFunctions.DEPTH_STRATUM_ID); @@ -195,10 +204,15 @@ Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.OperationMetadata, + EchoBaseEntityEnum.OperationMetadataValue, inputFile.getFileName(), false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of operation metadata values from file "+ + inputFile.getFileName()); + } + Map<String, OperationMetadata> operationMetadatasByName = getEntitiesMap(OperationMetadata.class, EchoBaseFunctions.OPERATION_METADATA_NAME); @@ -245,10 +259,15 @@ Map<String, Operation> operationMap) throws ImportException { CsvImportResult importResult = new CsvImportResult( - EchoBaseEntityEnum.GearMetadata, + EchoBaseEntityEnum.GearMetadataValue, inputFile.getFileName(), false); + if (log.isInfoEnabled()) { + log.info("Starts import of gear metadata values from file "+ + inputFile.getFileName()); + } + Map<String, GearMetadata> gearMetadatasByType = getEntitiesMap(GearMetadata.class, EchoBaseFunctions.GEAR_METADATA_NAME); Deleted: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AccousticDataImportConfiguration.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AccousticDataImportConfiguration.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AccousticDataImportConfiguration.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -1,267 +0,0 @@ -/* - * #%L - * EchoBase :: Services - * - * $Id$ - * $HeadURL$ - * %% - * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by - * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or - * (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License - * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. - * #L% - */ -package fr.ifremer.echobase.services.configurations; - -import fr.ifremer.echobase.InputFile; - -import java.util.Locale; - -import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; - -/** - * Configuration of a "accoustic datas" import. - * - * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> - * @since 0.3 - */ -public class AccousticDataImportConfiguration extends AbstractImportConfiguration { - - private static final long serialVersionUID = 1L; - - /** Selected voyage id where to import datas. */ - protected String voyageId; - - /** Selected vessel id to find out transect where to import datas. */ - protected String vesselId; - - /** Flag to always add new dataAcquisition when a new instrument is found in movies file. */ - protected boolean addDataAcquisition = true; - - /** Manual transceiverAcquisitionAbsorptionDescription. */ - protected String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = "(i) Equation: Francois and garrison 1982,(ii) CTD, (iii) nominal value for entire data set"; - - /** Manual acquisitionSoftwareVersion (ER60 instrument). */ - protected String acquisitionSoftwareVersionER60; - - /** Manual acquisitionSoftwareVersion (ME70 instrument). */ - protected String acquisitionSoftwareVersionME70; - - /** Manual loggedDataFormat. */ - protected String loggedDataFormat = ".hac and .raw formats"; - - /** Manual loggedDataDatatype. */ - protected String loggedDataDatatype = "‘raw’ digitisation samples"; - - /** Manual pingDutyCycle. */ - protected String pingDutyCycle = "Ifremer's standard ping duty cycle"; - - /** Manual echosounderSoundSpeed. */ - protected String echosounderSoundSpeed = "Variable"; - - /** Manual soundSpeedCalculations (ER60 instrument). */ - protected String soundSpeedCalculationsER60 = "(i) Equation: Mackenzie (1980), (ii) CTD, (iii) nominal value for entire data set"; - - /** Manual soundSpeedCalculations (ME70 instrument). */ - protected String soundSpeedCalculationsME70 = "(i) Equation: Mackenzie (1980), (ii) Hull-mounted thermosalinometer, (iii) surface absorption value recomputed every 30s and applied to the entire data set"; - - /** Manual sounderConstant. */ - protected Float sounderConstant; - - /** Manual processingTemplate. */ - protected String processingTemplate; - - /** Manual processingDescription. */ - protected String processingDescription; - - /** Manual digitThreshold. */ - protected float digitThreshold = -100f; - - /** Manual acousticDensityUnit. */ - protected String acousticDensityUnit = "sA"; - - /** Manual notes. */ - protected String notes; - - /** Cell position reference for esdu cell datas. */ - protected CellPositionReference cellPositionReference; - - /** Movies file to import. */ - protected final InputFile moviesFile; - - - public AccousticDataImportConfiguration(Locale locale) { - moviesFile = InputFile.newFile(l_(locale, "echobase.common.moviesFile")); - } - - public String getVoyageId() { - return voyageId; - } - - public void setVoyageId(String voyageId) { - this.voyageId = voyageId; - } - - public String getVesselId() { - return vesselId; - } - - public void setVesselId(String vesselId) { - this.vesselId = vesselId; - } - - public boolean isAddDataAcquisition() { - return addDataAcquisition; - } - - public void setAddDataAcquisition(boolean addDataAcquisition) { - this.addDataAcquisition = addDataAcquisition; - } - - public String getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription() { - return transceiverAcquisitionAbsorptionDescription; - } - - public void setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription) { - this.transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = transceiverAcquisitionAbsorptionDescription; - } - - public String getAcquisitionSoftwareVersionER60() { - return acquisitionSoftwareVersionER60; - } - - public void setAcquisitionSoftwareVersionER60(String acquisitionSoftwareVersionER60) { - this.acquisitionSoftwareVersionER60 = acquisitionSoftwareVersionER60; - } - - public String getAcquisitionSoftwareVersionME70() { - return acquisitionSoftwareVersionME70; - } - - public void setAcquisitionSoftwareVersionME70(String acquisitionSoftwareVersionME70) { - this.acquisitionSoftwareVersionME70 = acquisitionSoftwareVersionME70; - } - - public String getLoggedDataFormat() { - return loggedDataFormat; - } - - public void setLoggedDataFormat(String loggedDataFormat) { - this.loggedDataFormat = loggedDataFormat; - } - - public String getLoggedDataDatatype() { - return loggedDataDatatype; - } - - public void setLoggedDataDatatype(String loggedDataDatatype) { - this.loggedDataDatatype = loggedDataDatatype; - } - - public String getPingDutyCycle() { - return pingDutyCycle; - } - - public void setPingDutyCycle(String pingDutyCycle) { - this.pingDutyCycle = pingDutyCycle; - } - - public String getEchosounderSoundSpeed() { - return echosounderSoundSpeed; - } - - public void setEchosounderSoundSpeed(String echosounderSoundSpeed) { - this.echosounderSoundSpeed = echosounderSoundSpeed; - } - - public String getSoundSpeedCalculationsER60() { - return soundSpeedCalculationsER60; - } - - public void setSoundSpeedCalculationsER60(String soundSpeedCalculationsER60) { - this.soundSpeedCalculationsER60 = soundSpeedCalculationsER60; - } - - public String getSoundSpeedCalculationsME70() { - return soundSpeedCalculationsME70; - } - - public void setSoundSpeedCalculationsME70(String soundSpeedCalculationsME70) { - this.soundSpeedCalculationsME70 = soundSpeedCalculationsME70; - } - - public Float getSounderConstant() { - return sounderConstant; - } - - public void setSounderConstant(Float sounderConstant) { - this.sounderConstant = sounderConstant; - } - - public float getDigitThreshold() { - return digitThreshold; - } - - public void setDigitThreshold(float digitThreshold) { - this.digitThreshold = digitThreshold; - } - - public String getAcousticDensityUnit() { - return acousticDensityUnit; - } - - public void setAcousticDensityUnit(String acousticDensityUnit) { - this.acousticDensityUnit = acousticDensityUnit; - } - - public String getNotes() { - return notes; - } - - public void setNotes(String notes) { - this.notes = notes; - } - - public InputFile getMoviesFile() { - return moviesFile; - } - - public String getProcessingTemplate() { - return processingTemplate; - } - - public void setProcessingTemplate(String processingTemplate) { - this.processingTemplate = processingTemplate; - } - - public String getProcessingDescription() { - return processingDescription; - } - - public void setProcessingDescription(String processingDescription) { - this.processingDescription = processingDescription; - } - - public CellPositionReference getCellPositionReference() { - return cellPositionReference; - } - - public void setCellPositionReference(CellPositionReference cellPositionReference) { - this.cellPositionReference = cellPositionReference; - } - - @Override - public InputFile[] getInputFiles() { - return new InputFile[]{moviesFile}; - } -} Copied: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AcousticDataImportConfiguration.java (from rev 314, trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AccousticDataImportConfiguration.java) =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AcousticDataImportConfiguration.java (rev 0) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AcousticDataImportConfiguration.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -0,0 +1,267 @@ +/* + * #%L + * EchoBase :: Services + * + * $Id$ + * $HeadURL$ + * %% + * Copyright (C) 2011 - 2012 Ifremer, Codelutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU Affero General Public License as published by + * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or + * (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU Affero General Public License + * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. + * #L% + */ +package fr.ifremer.echobase.services.configurations; + +import fr.ifremer.echobase.InputFile; + +import java.util.Locale; + +import static org.nuiton.i18n.I18n.l_; + +/** + * Configuration of a "accoustic datas" import. + * + * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> + * @since 0.3 + */ +public class AcousticDataImportConfiguration extends AbstractImportConfiguration { + + private static final long serialVersionUID = 1L; + + /** Selected voyage id where to import datas. */ + protected String voyageId; + + /** Selected vessel id to find out transect where to import datas. */ + protected String vesselId; + + /** Flag to always add new dataAcquisition when a new instrument is found in movies file. */ + protected boolean addDataAcquisition = true; + + /** Manual transceiverAcquisitionAbsorptionDescription. */ + protected String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = "(i) Equation: Francois and garrison 1982,(ii) CTD, (iii) nominal value for entire data set"; + + /** Manual acquisitionSoftwareVersion (ER60 instrument). */ + protected String acquisitionSoftwareVersionER60; + + /** Manual acquisitionSoftwareVersion (ME70 instrument). */ + protected String acquisitionSoftwareVersionME70; + + /** Manual loggedDataFormat. */ + protected String loggedDataFormat = ".hac and .raw formats"; + + /** Manual loggedDataDatatype. */ + protected String loggedDataDatatype = "‘raw’ digitisation samples"; + + /** Manual pingDutyCycle. */ + protected String pingDutyCycle = "Ifremer's standard ping duty cycle"; + + /** Manual echosounderSoundSpeed. */ + protected String echosounderSoundSpeed = "Variable"; + + /** Manual soundSpeedCalculations (ER60 instrument). */ + protected String soundSpeedCalculationsER60 = "(i) Equation: Mackenzie (1980), (ii) CTD, (iii) nominal value for entire data set"; + + /** Manual soundSpeedCalculations (ME70 instrument). */ + protected String soundSpeedCalculationsME70 = "(i) Equation: Mackenzie (1980), (ii) Hull-mounted thermosalinometer, (iii) surface absorption value recomputed every 30s and applied to the entire data set"; + + /** Manual sounderConstant. */ + protected Float sounderConstant; + + /** Manual processingTemplate. */ + protected String processingTemplate; + + /** Manual processingDescription. */ + protected String processingDescription; + + /** Manual digitThreshold. */ + protected float digitThreshold = -100f; + + /** Manual acousticDensityUnit. */ + protected String acousticDensityUnit = "sA"; + + /** Manual notes. */ + protected String notes; + + /** Cell position reference for esdu cell datas. */ + protected CellPositionReference cellPositionReference; + + /** Movies file to import. */ + protected final InputFile moviesFile; + + + public AcousticDataImportConfiguration(Locale locale) { + moviesFile = InputFile.newFile(l_(locale, "echobase.common.moviesFile")); + } + + public String getVoyageId() { + return voyageId; + } + + public void setVoyageId(String voyageId) { + this.voyageId = voyageId; + } + + public String getVesselId() { + return vesselId; + } + + public void setVesselId(String vesselId) { + this.vesselId = vesselId; + } + + public boolean isAddDataAcquisition() { + return addDataAcquisition; + } + + public void setAddDataAcquisition(boolean addDataAcquisition) { + this.addDataAcquisition = addDataAcquisition; + } + + public String getTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription() { + return transceiverAcquisitionAbsorptionDescription; + } + + public void setTransceiverAcquisitionAbsorptionDescription(String transceiverAcquisitionAbsorptionDescription) { + this.transceiverAcquisitionAbsorptionDescription = transceiverAcquisitionAbsorptionDescription; + } + + public String getAcquisitionSoftwareVersionER60() { + return acquisitionSoftwareVersionER60; + } + + public void setAcquisitionSoftwareVersionER60(String acquisitionSoftwareVersionER60) { + this.acquisitionSoftwareVersionER60 = acquisitionSoftwareVersionER60; + } + + public String getAcquisitionSoftwareVersionME70() { + return acquisitionSoftwareVersionME70; + } + + public void setAcquisitionSoftwareVersionME70(String acquisitionSoftwareVersionME70) { + this.acquisitionSoftwareVersionME70 = acquisitionSoftwareVersionME70; + } + + public String getLoggedDataFormat() { + return loggedDataFormat; + } + + public void setLoggedDataFormat(String loggedDataFormat) { + this.loggedDataFormat = loggedDataFormat; + } + + public String getLoggedDataDatatype() { + return loggedDataDatatype; + } + + public void setLoggedDataDatatype(String loggedDataDatatype) { + this.loggedDataDatatype = loggedDataDatatype; + } + + public String getPingDutyCycle() { + return pingDutyCycle; + } + + public void setPingDutyCycle(String pingDutyCycle) { + this.pingDutyCycle = pingDutyCycle; + } + + public String getEchosounderSoundSpeed() { + return echosounderSoundSpeed; + } + + public void setEchosounderSoundSpeed(String echosounderSoundSpeed) { + this.echosounderSoundSpeed = echosounderSoundSpeed; + } + + public String getSoundSpeedCalculationsER60() { + return soundSpeedCalculationsER60; + } + + public void setSoundSpeedCalculationsER60(String soundSpeedCalculationsER60) { + this.soundSpeedCalculationsER60 = soundSpeedCalculationsER60; + } + + public String getSoundSpeedCalculationsME70() { + return soundSpeedCalculationsME70; + } + + public void setSoundSpeedCalculationsME70(String soundSpeedCalculationsME70) { + this.soundSpeedCalculationsME70 = soundSpeedCalculationsME70; + } + + public Float getSounderConstant() { + return sounderConstant; + } + + public void setSounderConstant(Float sounderConstant) { + this.sounderConstant = sounderConstant; + } + + public float getDigitThreshold() { + return digitThreshold; + } + + public void setDigitThreshold(float digitThreshold) { + this.digitThreshold = digitThreshold; + } + + public String getAcousticDensityUnit() { + return acousticDensityUnit; + } + + public void setAcousticDensityUnit(String acousticDensityUnit) { + this.acousticDensityUnit = acousticDensityUnit; + } + + public String getNotes() { + return notes; + } + + public void setNotes(String notes) { + this.notes = notes; + } + + public InputFile getMoviesFile() { + return moviesFile; + } + + public String getProcessingTemplate() { + return processingTemplate; + } + + public void setProcessingTemplate(String processingTemplate) { + this.processingTemplate = processingTemplate; + } + + public String getProcessingDescription() { + return processingDescription; + } + + public void setProcessingDescription(String processingDescription) { + this.processingDescription = processingDescription; + } + + public CellPositionReference getCellPositionReference() { + return cellPositionReference; + } + + public void setCellPositionReference(CellPositionReference cellPositionReference) { + this.cellPositionReference = cellPositionReference; + } + + @Override + public InputFile[] getInputFiles() { + return new InputFile[]{moviesFile}; + } +} Property changes on: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/configurations/AcousticDataImportConfiguration.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/CsvModelUtil.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -228,7 +228,7 @@ // can not find entity this is a big problem for us... throw new EchoBaseTechnicalException( - "Could not find entity with name " + value); + "Could not find entity of type "+entityType.getName()+" with name " + value); } } return result; Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModel.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -55,10 +55,10 @@ */ newMandatoryColumn("vesselName", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("id", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("operationID", GearMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); newMandatoryColumn("metadataType", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(GearMetadata.class, gearMetadataMap)); - newMandatoryColumn("gearID", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", GearMetadataValue.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); newMandatoryColumn("gearMetadataValue", GearMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModelRow.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/GearMetadataValueImportModelRow.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -27,6 +27,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.GearMetadataValueImpl; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Operation; import fr.ifremer.echobase.entities.data.Transect; +import fr.ifremer.echobase.entities.references.Gear; import fr.ifremer.echobase.entities.references.GearMetadata; import fr.ifremer.echobase.entities.references.Vessel; @@ -64,6 +65,10 @@ gearMetadataValue.setDataValue(dataValue); } + public void setGear(Gear gear) { + gearMetadataValue.setGear(gear); + } + public Operation getOperation() { return operation; } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModel.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -60,9 +60,9 @@ */ newMandatoryColumn("vesselName", OperationImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("gearName", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); + newMandatoryColumn("gearCode", Operation.PROPERTY_GEAR, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Gear.class, gearMap)); newMandatoryColumn("depthStratumID", Operation.PROPERTY_DEPTH_STRATUM, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(DepthStratum.class, depthStratumMap)); - newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_ID); + newMandatoryColumn("operationID",Operation.PROPERTY_ID); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LATITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_MID_HAUL_LONGITUDE, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(Operation.PROPERTY_GEAR_SHOOTING_START_TIME, CsvModelUtil.DAY_TIME_SECOND); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModelRow.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModelRow.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationImportModelRow.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -90,11 +90,11 @@ operation.setGearShootingEndLongitude(gearShootingEndLongitude); } - public void setMidHauleLatitude(float midHauleLatitude) { + public void setMidHaulLatitude(float midHauleLatitude) { operation.setMidHaulLatitude(midHauleLatitude); } - public void setMidHauleLongitude(float midHauleLongitude) { + public void setMidHaulLongitude(float midHauleLongitude) { operation.setMidHaulLongitude(midHauleLongitude); } Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/OperationMetadataValueImportModel.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -52,7 +52,7 @@ */ newMandatoryColumn("vesselName", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_VESSEL, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Vessel.class, vesselMap)); - newMandatoryColumn("id", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); + newMandatoryColumn("operationID", OperationMetadataValueImportModelRow.PROPERTY_OPERATION, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(Operation.class, operationMap)); newMandatoryColumn("metadataType", OperationMetadataValue.PROPERTY_OPERATION_METADATA, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(OperationMetadata.class, operationMetadataMap)); newMandatoryColumn("operationMetadataValue", OperationMetadataValue.PROPERTY_DATA_VALUE); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/SubSampleImportModel.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -73,7 +73,7 @@ newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_SEX_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SexCategory.class, sexCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_NUMBER_AT_LENGTH, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); newMandatoryColumn(SubSampleImportModelRow.PROPERTY_WEIGHT_AT_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); Modified: trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/java/fr/ifremer/echobase/services/csv/TotalSampleImportModel.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -61,13 +61,12 @@ newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SIZE_CATEGORY, CsvModelUtil.newForeignKeyValue(SizeCategory.class, sizeCategoryMap)); newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_SAMPLE_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); + newMandatoryColumn(Sample.PROPERTY_NUMBER_SAMPLED, CsvModelUtil.PRIMITIVE_INTEGER); - newMandatoryColumn("meanLength", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn("meanWeight", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn("noPerKg", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.FLOAT); - newMandatoryColumn("sortedWeight", TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SORTED_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); - + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_LENGTH, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_MEAN_WEIGHT, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_NO_PER_KG, CsvModelUtil.FLOAT); + newMandatoryColumn(TotalSampleImportModelRow.PROPERTY_SORTED_WEIGHT, CsvModelUtil.PRIMITIVE_FLOAT); } @Override Modified: trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase-embedded.properties =================================================================== --- trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase-embedded.properties 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-services/src/main/resources/embedded/echobase-embedded.properties 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -22,8 +22,13 @@ # #L% ### +data.directory=. + hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.H2Dialect hibernate.connection.username=sa hibernate.connection.password=sa hibernate.connection.driver_class=org.h2.Driver hibernate.connection.url=jdbc:h2:file:./db/echobase + +# Replication configuration +topia.service.replication=org.nuiton.topia.replication.TopiaReplicationServiceImpl Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureAccousticData.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureAccousticData.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureAccousticData.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -25,7 +25,7 @@ import fr.ifremer.echobase.entities.data.Voyage; import fr.ifremer.echobase.services.EchoBaseServiceSupport; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AccousticDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; import fr.ifremer.echobase.services.configurations.CellPositionReference; import java.io.File; @@ -37,7 +37,7 @@ * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> * @since 0.3 */ -public class ConfigureAccousticData extends AbstractConfigureImport<AccousticDataImportConfiguration> { +public class ConfigureAccousticData extends AbstractConfigureImport<AcousticDataImportConfiguration> { private static final long serialVersionUID = 1L; @@ -47,12 +47,12 @@ protected Map<String, String> cellPositionReferences; public ConfigureAccousticData() { - super(AccousticDataImportConfiguration.class); + super(AcousticDataImportConfiguration.class); } @Override - protected AccousticDataImportConfiguration createModel() { - return new AccousticDataImportConfiguration(getLocale()); + protected AcousticDataImportConfiguration createModel() { + return new AcousticDataImportConfiguration(getLocale()); } @Override Modified: trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/LaunchAccousticData.java =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/LaunchAccousticData.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-ui/src/main/java/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/LaunchAccousticData.java 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -23,8 +23,8 @@ */ package fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData; -import fr.ifremer.echobase.services.AccousticDataImportService; -import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AccousticDataImportConfiguration; +import fr.ifremer.echobase.services.AcousticDataImportService; +import fr.ifremer.echobase.services.configurations.AcousticDataImportConfiguration; /** * Configure a accoustic data import. @@ -32,12 +32,12 @@ * @author tchemit <chemit(a)codelutin.com> * @since 0.3 */ -public class LaunchAccousticData extends AbstractLaunchImport<AccousticDataImportConfiguration, AccousticDataImportService> { +public class LaunchAccousticData extends AbstractLaunchImport<AcousticDataImportConfiguration, AcousticDataImportService> { private static final long serialVersionUID = 1L; public LaunchAccousticData() { - super(AccousticDataImportConfiguration.class, AccousticDataImportService.class); + super(AcousticDataImportConfiguration.class, AcousticDataImportService.class); } } Modified: trunk/echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureResults-ConfigureResults-modeRegion-validation.xml =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureResults-ConfigureResults-modeRegion-validation.xml 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureResults-ConfigureResults-modeRegion-validation.xml 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -2,8 +2,8 @@ #%L EchoBase :: UI - $Id: ConfigureResults-ConfigureResults-modeVoyage-validation.xml 304 2012-02-02 22:58:29Z tchemit $ - $HeadURL: http://svn.forge.codelutin.com/svn/echobase/trunk/echobase-ui/src/main/reso… $ + $Id$ + $HeadURL$ %% Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin %% Property changes on: trunk/echobase-ui/src/main/resources/fr/ifremer/echobase/ui/actions/importData/ConfigureResults-ConfigureResults-modeRegion-validation.xml ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native Modified: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp =================================================================== --- trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) +++ trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp 2012-02-16 23:14:23 UTC (rev 318) @@ -2,8 +2,8 @@ #%L EchoBase :: UI - $Id: resultResults.jsp 304 2012-02-02 22:58:29Z tchemit $ - $HeadURL: http://svn.forge.codelutin.com/svn/echobase/trunk/echobase-ui/src/main/weba… $ + $Id$ + $HeadURL$ %% Copyright (C) 2011 Ifremer, Codelutin %% Property changes on: trunk/echobase-ui/src/main/webapp/WEB-INF/includes/importDataResults.jsp ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords + Author Date Id Revision HeadURL Added: svn:eol-style + native

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r317 - trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 16, 2012

Feb. 16, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-16 23:53:05 +0100 (Thu, 16 Feb 2012) New Revision: 317 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/317 Log: fix voyage client code Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java 2012-02-16 22:52:48 UTC (rev 316) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/entities/data/VoyageImpl.java 2012-02-16 22:53:05 UTC (rev 317) @@ -99,13 +99,15 @@ Set<Vessel> result = Sets.newHashSet(); - for (Transit transit : getTransit()) { + if (!isTransitEmpty()) { + for (Transit transit : getTransit()) { - Collection<Vessel> vesselsOfTransit = - Collections2.transform( - transit.getTransect(), - EchoBaseFunctions.TRANSECT_BY_VESSEL); - result.addAll(vesselsOfTransit); + Collection<Vessel> vesselsOfTransit = + Collections2.transform( + transit.getTransect(), + EchoBaseFunctions.TRANSECT_BY_VESSEL); + result.addAll(vesselsOfTransit); + } } return result; } @@ -113,9 +115,11 @@ @Override public Collection<Operation> getOperations(Vessel vessel) { + Preconditions.checkNotNull(vessel); + Collection<Operation> result = Lists.newArrayList(); - if (isTransitEmpty()) { + if (!isTransitEmpty()) { for (Transit t : transit) { Transect transect = t.getTransect(vessel);

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r316 - trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase
by tchemit＠users.forge.codelutin.com Feb. 16, 2012

Feb. 16, 2012

Author: tchemit Date: 2012-02-16 23:52:48 +0100 (Thu, 16 Feb 2012) New Revision: 316 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/echobase/316 Log: fix decorator Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java Modified: trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java =================================================================== --- trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-02-16 22:52:30 UTC (rev 315) +++ trunk/echobase-entities/src/main/java/fr/ifremer/echobase/EchoBaseDecoratorProvider.java 2012-02-16 22:52:48 UTC (rev 316) @@ -159,7 +159,7 @@ registerJXPathDecorator(locale, GearCharacteristic.class, "${name}$s"); // GearMetadata decorator - registerJXPathDecorator(locale, GearMetadata.class, "${type}$s (${operationEvent/name}$s)"); + registerJXPathDecorator(locale, GearMetadata.class, "${name}$s (${operationEvent/name}$s)"); // GearCharacteristicValue decorator registerJXPathDecorator(locale, GearCharacteristicValue.class, "${dataValue}$s");

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