- Echobase-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Pfiou... Pb d'import des résultats par région PELGAS12
by Mathieu Doray April 22, 2014

April 22, 2014

j'avais enfin produit les indicateurs par région mais... j'ai un souci d'import des résultats par région PELGAS12. Il y a un pb de correspondance entre les noms des ESDUs dans ehobase et dans mon fichier esdu-region...??? il n'y a que 150 esdus qui concordent? je te joins les 3 fichiers que j'utilise, si tu as une idée de génie... et aussi le nouveau référentiel car j'ai pas mal bidouillé datametadata... Une erreur est survenue pendant l'opération : *Erreur lors de l'importation du fichier PELGAS2012_esduRegions4Echobase.csv : Erreur lors de l'interprétation de la valeur '2012-05-21 05:17:39.6000' (colonne 'esduName', ligne 1) Can not find esdu cell with name 2012-05-21 05:17:39.6000 * | fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ImportException: Erreur lors de l'importation du fichier PELGAS2012_esduRegions4Echobase.csv : Erreur lors de l'interprétation de la valeur '2012-05-21 05:17:39.6000' (colonne 'esduName', ligne 1) Can not find esdu cell with name 2012-05-21 05:17:39.6000 at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsRegionCellImportService.importRegionAssociationFile(ResultsRegionCellImportService.java:218) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsRegionCellImportService.startImport(ResultsRegionCellImportService.java:84) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsRegionCellImportService.startImport(ResultsRegionCellImportService.java:62) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsImportService.startImport(ResultsImportService.java:86) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsImportService.startImport(ResultsImportService.java:44) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.AbstractImportDataService.doImport(AbstractImportDataService.java:108) at fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:84) at fr.ifremer.echobase.ui.actions.importData.AbstractLaunchImport.startAction(AbstractLaunchImport.java:39) at fr.ifremer.echobase.ui.actions.AbstractWaitAndExecAction.execute(AbstractWaitAndExecAction.java:159) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor1916.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:606) at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeAction(DefaultActionInvocation.java:450) at com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeActionOnly(DefaultActionInvocation.java:289) at org.apache.struts2.interceptor.BackgroundProcess$1.run(BackgroundProcess.java:57) at java.lang.Thread.run(Thread.java:744) Caused by: org.nuiton.csv.ImportRuntimeException: Erreur lors de l'interprétation de la valeur '2012-05-21 05:17:39.6000' (colonne 'esduName', ligne 1) Can not find esdu cell with name 2012-05-21 05:17:39.6000 at org.nuiton.csv.Import.parseValue(Import.java:238) at org.nuiton.csv.Import$1.next(Import.java:150) at fr.ifremer.echobase.services.service.importdata.ResultsRegionCellImportService.importRegionAssociationFile(ResultsRegionCellImportService.java:206) ... 15 more Caused by: org.nuiton.csv.ImportRuntimeException: Can not find esdu cell with name 2012-05-21 05:17:39.6000 at fr.ifremer.echobase.csv.CellValueParser.getEsduCell(CellValueParser.java:109) at fr.ifremer.echobase.csv.CellValueParser.parse(CellValueParser.java:78) at fr.ifremer.echobase.csv.CellValueParser.parse(CellValueParser.java:36) at org.nuiton.csv.Column.parseValue(Column.java:154) at org.nuiton.csv.Import.parseValue(Import.java:232) ... 17 more | -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

2 5

De retour dans l'Echobase
by Mathieu Doray April 1, 2014

April 1, 2014

Salut Tony, je suis de retour au bureau. J'ai finalement réussi à importer les données acoustiques après reformattage des heures. J'importe les régions et les résultats par régions et t'envoie les scripts pour l'extraction des indicateurs et des données de pêche A+ M -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

2 6

Requetes pour captures par chalut
by Mathieu Doray March 31, 2014

March 31, 2014

re, j'ai extrait les données qu'il faut pour les exports de captures par chalut du site des indicateurs, mais je me galère pour les mettre en forme en SQL comme dans les fichiers de sortie du site des indicateurs. Peux tu arranger ça? ci-dessous les requêtes pour les captures par chalut à exporter du site des indicateurs, avec des trucs à faire en plus que je ne sais pas faire en SQL. 1. Fichier "reftax_Species" : SELECT "taxoncode" AS "C_Perm", "taxonsystematicorder" AS "NumSys", "taxonsystematiclevel" AS "NivSys", "baracoudacode" AS "C_VALIDE", "genusspecies" AS "L_VALIDE", "authorreference" AS "AA_VALIDE", "taxonfathermemocode" AS "C_TxPère" FROM "public"."species" AS "species" dans cette requête, il faut en plus : - enlever le '_' dans le baracoudacode Il n'y a pas de colonne "taxa" 2. Fichier "capture" SELECT "voyage"."name" AS "Campagne", "species"."baracoudacode" AS "Espece", "operation"."id" AS "Trait", "sample"."numbersampled" AS "Nombre", "sample"."sampleweight" AS "Poids" FROM "public"."transit" AS "transit", "public"."voyage" AS "voyage", "public"."transect" AS "transect", "public"."operation" AS "operation", "public"."sample" AS "sample", "public"."speciescategory" AS "speciescategory", "public"."species" AS "species" WHERE "transit"."voyage" = "voyage"."topiaid" AND "transect"."transit" = "transit"."topiaid" AND "operation"."transect" = "transect"."topiaid" AND "sample"."operation" = "operation"."topiaid" AND "sample"."speciescategory" = "speciescategory"."topiaid" AND "speciescategory"."species" = "species"."topiaid" dans cette requête, il faut en plus : - enlever le '_' dans le baracoudacode - créer un champ "Annee" avec l'année du voyage - faire une somme des 'Nombre" et "Poids" en groupant sur les champs "Campagne","trait", "Espece" et "Annee", mais j'y arrive pas... 3. Fichier "tailles" SELECT "voyage"."name" AS "Campagne", "operation"."id" AS "Trait", "species"."baracoudacode" AS "Espece", "sexcategory"."name" AS "Sexe", "sampledata"."datalabel", "sampledata"."datavalue", "sampledatatype"."name" FROM "public"."voyage" AS "voyage", "public"."mission" AS "mission", "public"."transit" AS "transit", "public"."transect" AS "transect", "public"."operation" AS "operation", "public"."sample" AS "sample", "public"."sampledata" AS "sampledata", "public"."sampledatatype" AS "sampledatatype", "public"."sampletype" AS "sampletype", "public"."speciescategory" AS "speciescategory", "public"."species" AS "species", "public"."sizecategory" AS "sizecategory", "public"."sexcategory" AS "sexcategory" WHERE "voyage"."mission" = "mission"."topiaid" AND "transit"."voyage" = "voyage"."topiaid" AND "transect"."transit" = "transit"."topiaid" AND "operation"."transect" = "transect"."topiaid" AND "sample"."operation" = "operation"."topiaid" AND "sampledata"."sample" = "sample"."topiaid" AND "sampledata"."sampledatatype" = "sampledatatype"."topiaid" AND "sample"."sampletype" = "sampletype"."topiaid" AND "sample"."speciescategory" = "speciescategory"."topiaid" AND "speciescategory"."species" = "species"."topiaid" AND "speciescategory"."sizecategory" = "sizecategory"."topiaid" AND "speciescategory"."sexcategory" = "sexcategory"."topiaid" AND "sampletype"."name" = 'Subsample' dans cette requête, il faut en plus : - enlever le '_' dans le baracoudacode - créer un champ "Annee" avec l'année du voyage - mettre en colonne les champs "LTcm1" et "WeightAtLengthkg" - faire une somme des datavalues des 'LTcm1" et "WeightAtLengthkg" respectivement en groupant sur les champs "Campagne","trait", "Espece" et "Annee", mais j'y arrive pas... - ajouter une colonne "maturite" avec des NA - convertir les "N" de la colonne "sexe" en NA 4. Fichier "strates" SELECT "voyage"."name" AS "Campagne", "cell"."name" AS "Strate", "datametadata"."name", "data"."datavalue" AS "Surface" FROM "public"."voyage" AS "voyage", "public"."mission" AS "mission", "public"."cell" AS "cell", "public"."celltype" AS "celltype", "public"."data" AS "data", "public"."datametadata" AS "datametadata" WHERE "voyage"."mission" = "mission"."topiaid" AND "cell"."voyage" = "voyage"."topiaid" AND "cell"."celltype" = "celltype"."topiaid" AND "data"."cell" = "cell"."topiaid" AND "data"."datametadata" = "datametadata"."topiaid" AND "celltype"."id" = 'Region' AND "datametadata"."name" = 'Surface' là c'est bon 5. Fichier "traits" j'ai pas fini, c'est plus compliqué, faut qu'on en cause... M -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

2 1

Re: [Echobase-devel] Fwd: [ANN] - EchoBase 2.5.4 released
by Mathieu Doray March 26, 2014

March 26, 2014

ça marche merci Le 26/03/2014 11:26, Olivier BERTHELE a écrit : > c'est fait... > > Ol > Le 26/03/2014 10:01, Mathieu Doray a écrit : >> Salut, >> >> pourrais tu m'installer rapidement cette nouvelle version d'Echobase? >> >> Merci >> >> Mathieu >> >> >> -------- Message original -------- >> Sujet: [Echobase-devel] [ANN] - EchoBase 2.5.4 released >> Date : Wed, 26 Mar 2014 09:36:37 +0100 >> De : Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> >> Répondre à : echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> Organisation : Code Lutin >> Pour : echobase-users(a)list.forge.codelutin.com >> <echobase-users(a)list.forge.codelutin.com>, >> echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> <echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com> >> >> >> >> The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.5.4 release! >> >> The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed >> an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing >> acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. >> It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation >> and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R >> codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase >> data. >> >> Documentation of the project can be found here: >> https://doc.codelutin.com/echobase >> >> Changes >> ------- >> >> Changes in this version include: >> >> New features: >> o Export Coser Issue: 4835. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> >> Fixed Bugs: >> o Problème d'import d'un 'input string: "6e+05"' des données TotalSamples pour PELGAS2012, alors que cette valeur n'existe pas dans le fichier joint Issue: 4830. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> >> Downloads >> --------- >> >> For a manual installation, you can download files here: >> https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files >> >> * echobase-embedded-2.5.4.zip -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1629 >> * echobase-full-2.5.4.war -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1630 >> * echobase-referentiel-2.5.4.echobase -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1631 >> >> Maven artifacts >> --------------- >> >> Artifacts are deployed in nuiton maven repository >> http://maven.nuiton.org/other-releases/ >> >> >> Have fun! >> -EchoBase team >> >> -- >> Tony Chemit >> -------------------- >> tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 >> http://www.codelutin.com >> email:chemit@codelutin.com >> twitter:https://twitter.com/tchemit >> _______________________________________________ >> Echobase-devel mailing list >> Echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/echobase-devel >> >> > -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

1 0

[ANN] - EchoBase 2.5.4 released
by Tony Chemit March 26, 2014

March 26, 2014

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.5.4 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://doc.codelutin.com/echobase Changes ------- Changes in this version include: New features: o Export Coser Issue: 4835. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Fixed Bugs: o Problème d'import d'un 'input string: "6e+05"' des données TotalSamples pour PELGAS2012, alors que cette valeur n'existe pas dans le fichier joint Issue: 4830. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files * echobase-embedded-2.5.4.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1629 * echobase-full-2.5.4.war - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1630 * echobase-referentiel-2.5.4.echobase - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1631 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

1 0

Erreur dans EchoR ?
by Tony Chemit March 24, 2014

March 24, 2014

Salut Mathieu, J'ai installé R et tout ce qui va avec (non sans difficulté :() sur notre serveur de demo. Mais quand je lance une extraction, j'obtiens cette erreur Error in value[[jvseq[[jjj]]]] : subscript out of bounds Calls: GridMaps4Echobase -> [<- -> [<-.data.frame Est-ce que ça te dit quelque chose ? Sinon ça vient peut-être de l'install mais je sais pas du tout où ? merci. ps: J'ai testé avec les deux versions de EchoR 1.2.4 et 1.2.2.1. -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

2 1

nouvelles tables de référence
by Mathieu Doray March 20, 2014

March 20, 2014

en bonus, les nouvelles tables vessel et datametadata -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

1 0

[ANN] EchoBase 2.5.3 released
by Tony Chemit March 19, 2014

March 19, 2014

The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.5.3 release! The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase data. Documentation of the project can be found here: https://doc.codelutin.com/echobase Changes in this version ----------------------- New features: Améliorer le filtre de recherche sur Dbeditor Issue: #1052. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Mettre à jour le référentiel Issue: #4583. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Export de cartes au format image vers le site des indicateurs Issue: #4735. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Fixed Bugs: La colonne campagne est en double sur l'écran Tableau de bord Issue: #4476. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. espace vide avant et après l'url de connexion et le nom du driver Issue: #4508. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Erreur frappe dans script startEchobase.sh Issue: #4510. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Impossible d'importer le référentiel dans une base locale Issue: #4498. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Impossible d'importer une requète libre-office en création Issue: #4557. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Impossible d'éditer une page dans SCMWebEditor et lien vers modèle argoUML cassé Issue: #4575. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Erreur à l'import des données de voyage/transit/transect de PELGAS2012 (sur une base pg 9.3) Issue: #4676. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. La recherche sur le "cellType" ne fonctionne pas dans la table "cell" Issue: #4672. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. Changes: Updates mavenpom to 5.0 Issue: #4558. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. migrates commons-collections to 4 Issue: #4550. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files echobase-embedded-2.5.3.zip - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1558 echobase-full-2.5.3.war - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1559 echobase-referentiel-2.5.3.echobase - https://forge.codelutin.com/attachments/download/1560 Have fun! -EchoBase team -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 http://www.codelutin.com email: chemit(a)codelutin.com twitter: https://twitter.com/tchemit

2 2

Re: [Echobase-devel] Fwd: [ANN] EchoBase 2.5.3 released
by Mathieu Doray March 19, 2014

March 19, 2014

ça marche pas... quand je veux me connecter à une base de travail j'obtiens : Etat HTTP 500 - Database migration not succesfully ended! ------------------------------------------------------------------------ *type* Rapport d''exception *message* _Database migration not succesfully ended!_ *description* _Le serveur a rencontré une erreur interne (Database migration not succesfully ended!) qui l'a empêché de satisfaire la requête._ *exception* org.nuiton.topia.persistence.TopiaException: Database migration not succesfully ended! org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.doMigrateSchema(TopiaMigrationEngine.java:287) org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:261) org.nuiton.topia.persistence.internal.support.TopiaServiceSupportImpl.preInitServices(TopiaServiceSupportImpl.java:65) org.nuiton.topia.persistence.internal.support.TopiaServiceSupportImpl.init(TopiaServiceSupportImpl.java:58) org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaApplicationContext.<init>(AbstractTopiaApplicationContext.java:109) org.nuiton.topia.persistence.internal.AbstractTopiaApplicationContext.<init>(AbstractTopiaApplicationContext.java:97) fr.ifremer.echobase.entities.AbstractEchoBaseUserTopiaApplicationContext.<init>(AbstractEchoBaseUserTopiaApplicationContext.java:35) fr.ifremer.echobase.entities.EchoBaseUserTopiaApplicationContext.<init>(EchoBaseUserTopiaApplicationContext.java:32) fr.ifremer.echobase.persistence.EchobaseTopiaApplicationContexts.newUserDb(EchobaseTopiaApplicationContexts.java:92) fr.ifremer.echobase.ui.EchoBaseSession.initUserDb(EchoBaseSession.java:171) fr.ifremer.echobase.ui.actions.workingDb.Connect.execute(Connect.java:72) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:606) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeAction(DefaultActionInvocation.java:450) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invokeActionOnly(DefaultActionInvocation.java:289) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:252) org.apache.struts2.interceptor.debugging.DebuggingInterceptor.intercept(DebuggingInterceptor.java:256) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.DefaultWorkflowInterceptor.doIntercept(DefaultWorkflowInterceptor.java:167) com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:98) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.validator.ValidationInterceptor.doIntercept(ValidationInterceptor.java:265) org.apache.struts2.interceptor.validation.AnnotationValidationInterceptor.doIntercept(AnnotationValidationInterceptor.java:68) com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:98) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ConversionErrorInterceptor.intercept(ConversionErrorInterceptor.java:138) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ParametersInterceptor.doIntercept(ParametersInterceptor.java:239) com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:98) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ParametersInterceptor.doIntercept(ParametersInterceptor.java:239) com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:98) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.StaticParametersInterceptor.intercept(StaticParametersInterceptor.java:191) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) org.apache.struts2.interceptor.MultiselectInterceptor.intercept(MultiselectInterceptor.java:73) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) org.apache.struts2.interceptor.CheckboxInterceptor.intercept(CheckboxInterceptor.java:91) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) org.apache.struts2.interceptor.FileUploadInterceptor.intercept(FileUploadInterceptor.java:252) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ModelDrivenInterceptor.intercept(ModelDrivenInterceptor.java:100) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ScopedModelDrivenInterceptor.intercept(ScopedModelDrivenInterceptor.java:141) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ChainingInterceptor.intercept(ChainingInterceptor.java:145) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.PrepareInterceptor.doIntercept(PrepareInterceptor.java:171) com.opensymphony.xwork2.interceptor.MethodFilterInterceptor.intercept(MethodFilterInterceptor.java:98) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.I18nInterceptor.intercept(I18nInterceptor.java:161) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) fr.ifremer.echobase.ui.interceptors.EchoBaseInjectInterceptor.intercept(EchoBaseInjectInterceptor.java:74) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) org.apache.struts2.interceptor.ServletConfigInterceptor.intercept(ServletConfigInterceptor.java:164) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.AliasInterceptor.intercept(AliasInterceptor.java:193) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.ExceptionMappingInterceptor.intercept(ExceptionMappingInterceptor.java:189) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) fr.ifremer.echobase.ui.interceptors.AbstractCheckInterceptor.intercept(AbstractCheckInterceptor.java:71) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) com.opensymphony.xwork2.interceptor.I18nInterceptor.intercept(I18nInterceptor.java:161) com.opensymphony.xwork2.DefaultActionInvocation.invoke(DefaultActionInvocation.java:246) org.apache.struts2.impl.StrutsActionProxy.execute(StrutsActionProxy.java:54) org.apache.struts2.dispatcher.Dispatcher.serviceAction(Dispatcher.java:563) org.apache.struts2.dispatcher.ng.ExecuteOperations.executeAction(ExecuteOperations.java:77) org.apache.struts2.dispatcher.ng.filter.StrutsExecuteFilter.doFilter(StrutsExecuteFilter.java:93) com.opensymphony.sitemesh.webapp.SiteMeshFilter.obtainContent(SiteMeshFilter.java:129) com.opensymphony.sitemesh.webapp.SiteMeshFilter.doFilter(SiteMeshFilter.java:77) org.apache.struts2.dispatcher.ng.filter.StrutsPrepareFilter.doFilter(StrutsPrepareFilter.java:91) org.nuiton.web.filter.TypedTopiaTransactionFilter.doFilter(TypedTopiaTransactionFilter.java:248) org.nuiton.web.filter.TypedTopiaTransactionFilter.doFilter(TypedTopiaTransactionFilter.java:248) *note* _La trace complète de la cause mère de cette erreur est disponible dans les fichiers journaux de Apache Tomcat/7.0.28._ Le 19/03/2014 16:32, Olivier BERTHELE a écrit : > c'est fait... > Tu check ? > > Le 17/03/2014 19:12, Mathieu Doray a écrit : >> yo! >> >> Tu pourrais m'installer cette nouvelle version sur acoustica STP? >> >> MErci! >> >> M >> >> >> -------- Message original -------- >> Sujet: [Echobase-devel] [ANN] EchoBase 2.5.3 released >> Date : Mon, 17 Mar 2014 18:39:26 +0100 >> De : Tony Chemit <chemit(a)codelutin.com> >> Répondre à : echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> Organisation : Code Lutin >> Pour : echobase-users(a)list.forge.codelutin.com >> <echobase-users(a)list.forge.codelutin.com>, >> echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> <echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com> >> >> >> >> The EchoBase team is pleased to announce the echobase-2.5.3 release! >> >> The French Institute for the Exploitation of the Sea (Ifremer) has designed >> an open software suite for storing fisheries acoustic data and computing >> acoustic indicators for survey-based ecosystem monitoring. >> It comprises a postgreSQL database designed to store acoustic, navigation >> and fishing data from ecosystemic surveys (EchoBase) and a suite of R >> codes (EchoR) for computing fish population indicators based on Echobase >> data. >> >> Documentation of the project can be found here: >> https://doc.codelutin.com/echobase >> >> Changes in this version >> ----------------------- >> >> New features: >> Améliorer le filtre de recherche sur Dbeditor Issue: #1052. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> Mettre à jour le référentiel Issue: #4583. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> Export de cartes au format image vers le site des indicateurs Issue: #4735. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> >> Fixed Bugs: >> La colonne campagne est en double sur l'écran Tableau de bord Issue: #4476. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> espace vide avant et après l'url de connexion et le nom du driver Issue: #4508. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> Erreur frappe dans script startEchobase.sh Issue: #4510. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> Impossible d'importer le référentiel dans une base locale Issue: #4498. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> Impossible d'importer une requète libre-office en création Issue: #4557. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> Impossible d'éditer une page dans SCMWebEditor et lien vers modèle argoUML cassé Issue: #4575. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> Erreur à l'import des données de voyage/transit/transect de PELGAS2012 (sur une base pg 9.3) Issue: #4676. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> La recherche sur le "cellType" ne fonctionne pas dans la table "cell" Issue: #4672. Thanks to Mathieu Doray. Resolved by tchemit. >> >> Changes: >> Updates mavenpom to 5.0 Issue: #4558. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> migrates commons-collections to 4 Issue: #4550. Thanks to Tony Chemit. Resolved by tchemit. >> >> Downloads >> --------- >> >> For a manual installation, you can download files here: >> https://forge.codelutin.com/projects/echobase/files >> >> echobase-embedded-2.5.3.zip -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1558 >> echobase-full-2.5.3.war -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1559 >> echobase-referentiel-2.5.3.echobase -https://forge.codelutin.com/attachments/download/1560 >> >> Have fun! >> -EchoBase team >> >> -- >> Tony Chemit >> -------------------- >> tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 >> http://www.codelutin.com >> email:chemit@codelutin.com >> twitter:https://twitter.com/tchemit >> _______________________________________________ >> Echobase-devel mailing list >> Echobase-devel(a)list.forge.codelutin.com >> http://list.forge.codelutin.com/cgi-bin/mailman/listinfo/echobase-devel >> >> > -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

1 0

Un os
by Mathieu Doray March 10, 2014

March 10, 2014

Salut tony, j'ai bataillé toute l'après midi pour essayer de te produire les indicateurs, mais je viens de tomber sur un os pour l'import des données d'une nouvelle campagne dans Echobase. J'ai essayé d'importer les données de V/T/T de PELGAS2012, et j'ai eu un message d'erreur (que j'ai collé dans le ticket ad hoc). Du coup, ça attendra mon retour lundi prochain... A+ Mathieu -- Mathieu Doray, PhD Ifremer Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique rue de l'Ile d'Yeu B.P. 21105 44311 Nantes Cedex 03 mathieu.doray(a)ifremer.fr Tel./Phone: 02 40 37 41 65 / International: 332 40 37 41 65 Fax : 02.40.37.40.01 / International: 332 40 37 40 01 CV / resume: http://annuaire.ifremer.fr/cv/17093/

1 0