- Isis-fish-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r3059 - in isis-fish/trunk: . src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/widget/editor
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 16, 2010

June 16, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-16 14:19:31 +0000 (Wed, 16 Jun 2010) New Revision: 3059 Log: Fix parameter edition for non primitive types in user script (Double...) Modified: isis-fish/trunk/changelog.txt isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/widget/editor/ParameterTableCellEditor.java Modified: isis-fish/trunk/changelog.txt =================================================================== --- isis-fish/trunk/changelog.txt 2010-06-15 11:39:27 UTC (rev 3058) +++ isis-fish/trunk/changelog.txt 2010-06-16 14:19:31 UTC (rev 3059) @@ -1,5 +1,6 @@ isis-fish (3.3.0.4) stable; urgency=low + * Fix parameter edition for non primitive types in user script (Double...) * Add simulation parameter cache to not keep simulation prescript on memory -- jeu. avril 29 18:47:58 CEST 2010 Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/widget/editor/ParameterTableCellEditor.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/widget/editor/ParameterTableCellEditor.java 2010-06-15 11:39:27 UTC (rev 3058) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/ui/widget/editor/ParameterTableCellEditor.java 2010-06-16 14:19:31 UTC (rev 3059) @@ -79,7 +79,7 @@ private static enum TypeClassMapping { /** for simple int. */ - Int(int.class), + Int(int.class, Integer.class), /** for a topia entity. */ Topia(TopiaEntity.class), /** for a mounth. */ @@ -87,24 +87,26 @@ /** for a simple date. */ Date(Date.class), /** for a simple boolean. */ - Double(double.class), + Double(double.class, Double.class), /** for a simple boolean. */ - Boolean(boolean.class), + Boolean(boolean.class, Boolean.class), /** for a file location. */ File(java.io.File.class), /** for a simple String. */ String(java.lang.String.class); - private final Class<?> klazz; + private final Class<?>[] klazz; - private TypeClassMapping(Class<?> klazz) { + private TypeClassMapping(Class<?>... klazz) { this.klazz = klazz; } protected static TypeClassMapping getMapping(Class<?> klazz) { for (TypeClassMapping t : TypeClassMapping.values()) { - if (t.klazz.isAssignableFrom(klazz)) { - return t; + for (Class<?> loopKlazz : t.klazz) { + if (loopKlazz.isAssignableFrom(klazz)) { + return t; + } } } throw new RuntimeException(

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r3058 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 15, 2010

June 15, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-15 11:39:27 +0000 (Tue, 15 Jun 2010) New Revision: 3058 Log: Display subprocess exit status Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java 2010-06-15 08:01:58 UTC (rev 3057) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java 2010-06-15 11:39:27 UTC (rev 3058) @@ -209,10 +209,10 @@ monitor.start(); // on attend que la simulation soit fini - process.waitFor(); + int status = process.waitFor(); if (log.isInfoEnabled()) { - log.info("SubProcess finished"); + log.info("SubProcess finished (status = " + status + ")"); } //finished = true;

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r3057 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 15, 2010

June 15, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-15 08:01:58 +0000 (Tue, 15 Jun 2010) New Revision: 3057 Log: Add link to a good article about process management Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/launcher/SubProcessSimulationLauncher.java 2010-06-15 08:01:58 UTC (rev 3057) @@ -44,6 +44,9 @@ /** * Lanceur de simulation dans un sous processus. * + * Usefull article about sub process management : + * http://www.javaworld.com/javaworld/jw-12-2000/jw-1229-traps.html?page=4 + * * @see ProcessBuilder * @see Process *

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r3056 - in isis-fish/trunk/src/site: . rst rst/documentation rst/documentation/history rst/tools rst/v1 rst/v2
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org June 14, 2010

June 14, 2010

Author: jcouteau Date: 2010-06-14 13:28:45 +0000 (Mon, 14 Jun 2010) New Revision: 3056 Log: Finish wiki migration Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/ isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/contact.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,66 @@ +Contacts/Assistance +=================== + +ISIS-Fish est un développement soutenu par l'Ifremer mais à pour but d'être le +plus communautaire possible. Pour cela de nombreux outils ont été mis en place +pour permettre de mieux communiquer et que cette communauté prenne une réelle +existance. + +Liste de diffusion +------------------ + +Différentes listes de diffusion ont été mises en place. Chacune d'elle à un but +précis. + +** Si vous avez un soucis lors de l'utilisation d'ISIS-Fish nous préférons que +vous utilisiez ces listes plutôt que de nous envoyer des e-mails directement. +Car votre question et la réponse qui lui est apportée peuvent intéresser +d'autres personnes, et surtout de nombreuses personnes de ces listes peuvent +vous aider.** + +Même si la langue la plus parlée sur ces listes est le français, **vous pouvez +bien-sûr envoyer vos e-mails en anglais**. + +`Statistiques d utilisation des listes`_ + +.. _Statistiques d utilisation des listes:: listStats.html + +Les listes pour les utilisateurs +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + + * `isis-fish-users at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users>`_ + : Liste principale pour les utilisateurs d'ISIS-Fish (page d'inscription). + * `Archives de la liste utilisateurs <http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/>`_ + * `isis-fish-data-commits at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-data-commits>`_ + (lecture seule) : Liste recevant toutes les notifications de modification du + code source des scripts d'ISIS-Fish (page d'inscription). + +Les listes pour les développeurs +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + + * `isis-fish-devel at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel>`_ + : Liste pour les concepteurs du logiciel (page d'inscription). + * `isis-fish-bugreport at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-bugreport>`_ + (lecture seule): Liste recevant tous les ajouts dans l'outil de report de + bugs (page d'inscription). + * `isis-fish-commits at list.isis-fish.org <http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-commits>`_ + (lecture seule): Liste recevant toutes les notifications de modification du + code source d'ISIS-Fish (page d'inscription). + +Outils de suivis +---------------- + +Les outils de suivis permettent de garder les traces de demandes et de voir leur +évolution dans le temps. + +Pour éviter le spam dans ces outils, vous devrez vous +`créer un compte sur le labs <http://labs.libre-entreprise.org/account/register.php>`_ +avant de soumettre quelque chose. Cette inscription ne vous engage absolument à +rien. + + * `Report de bugs <http://labs.libre-entreprise.org/tracker?atid=113&group_id=8&func=browse>`_ + : Il sert à la notification d'un problème lors de l'utilisation d'ISIS-Fish. + * `Demande d'amélioration <http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=116&group_id=8&func=browse>`_ + : Il sert à ajouter des idées d'amélioration ISIS-Fish. + * `Report de problèmes de traduction <http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?atid=438&group_id=8&func=browse>`_ + : Il sert pour reporter les erreurs de traduction. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/changelog.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,333 @@ +Liste des changements apportés à Isis-Fish (Version 3) +====================================================== + +isis-fish (3.3.0.3) chatellier 20100426 + * Add new option to customize qsub options + * Update libs (log4j, junit) + * Fix first age use in group creation wizard + +isis-fish (3.3.0.2) chatellier 20100407 + * Fix a NPE when reloading in process simulation + * Fix a migration problem on region with non null empty map list + * Fix a problem with failing region saves (was blocking all saving actions) + +isis-fish (3.3.0.1) chatellier 20100330 + * Make java path configurable on cluster server (caparmor & noumea) + +isis-fish (3.3.0.0) chatellier 20100224 + * Replace zone selection event from mouse click to correct valueChanged + * Fix a NullPointerException during region check + * Disable all list filtering functionalities (don't work anymore with a lot of simulations) + +isis-fish (3.3.0.0-rc1) chatellier 20100128 + * Enable to add factors from tables (target factor equation, selectivity equation) + * Restore simulation control auto save features (usefull for remote simulation monitoring) + * Make all data storage isolated on simulation directory during a simulation + * Check if result is enabled by getNecessaryResult on SensitivityExport + * Use mexico export format for matrix + * Restore simulation tests at integration-test phase + * Add region factorisable value export (mexico) + * Improve simulation stopping algorithm (now faster) + * Locally save simulation zip to allow simulation restart even after isis shutdown + * In sensitivity analysis, upload only one zip to caparmor for all simulations + * Add option to control number of SSH thread to use + * Add split pane between queued and done simulations tables + * Add free space actions on caparmor configuration UI + * Remove "isis-export" directory + * Fix editor deactivation in input ui + * Remove deprecated method SimulationStorage#getFisheryRegion() + * Update to jfreechart 1.0.13 (major version) + * #1585 : Analyze plans are now reloaded before each simulation + * Editing sensitivity factors after simulation reload now works + * Add confirmation message before launching groups creation wizard + * #1914 : Fix metierSeasonInfo deletion + * Remove some deprecated unused UI classes + * Remove all GenericCell reference (now model based implementation) + * Add missing log category in simulation filter appender + * Add -m n option to qsub to not send email for each simulation + * Remove duplicated SSH key configuration, common configuration for VCS and caparmor + * Global VCS improvement (code, script UI, input UI) + * Update to svnkit 1.3.2 + * Unification of error frames + * Add ".shp" extension to database map files list (database migration) + * Move codelutin librairies to nuiton.org (database migration) + +isis-fish (3.2.0.10) chatellier 20091112 + * Increase default java memory for caparmor jobs (2Go) + * Fix a problem with dependant plans not blocked on current simulation + +isis-fish (3.2.0.9) chatellier 20091021 + * Add file redirection in caparmor simulation launch scripts + +isis-fish (3.2.0.8) chatellier 20091020 + * Fix compilation directory per simulation problem (aspect were defined before simulation context definition) + +isis-fish (3.2.0.7) chatellier 20090928 + * Fix a missing hashCode() problem in month (cause problem in matrixND) + * Add time unit (seconds) in simulation summary + * Make compilation directory per simulation (caparmor concurrency problem) + * Fix plan generator was not closing database after finishing sub job + * Delete remote launcher result archive after use + * Modify analyze plans starting to take extra rules + * Set ssh key in autorized_keys when connected with password + * Isis now start with 1Go of allocated memory + * Fix strategies/population selection on old simulation reloading + * Always use logger for force writing in debug.txt file + * Instantiate simulation parameters objects only when needed (to work on caparmor) + * Add log in equation content + * Fix export names selection problem for current simulation + * Fix result names selection problem for current simulation + * Improve check region code (null object, invalid names...) + * Refactor storage modifications notification (done for regions) + * Fix a little trace util object for both Cache and Trace aspect + * Add aspect to get rule time (init/pre/post) in simulation summary + +isis-fish (3.2.0.6) chatellier 20090914 + * Add message if scripts can't be compiled + * Restore local simulation launcher (not as default) + * Fix force parameter when adding result with composed names + +isis-fish (3.2.0.5) chatellier 20090904 + * Fix export loaded too early (not in correct classloader) + * Move sensitivity exports to their own package + * Fix a date comparison problem (frequent in windows) + * Restore running status progress bar indeterminate state + +isis-fish (3.2.0.5-rc3) chatellier 20090827 + * Fix a beansutils conversion problem for MatrixND + +isis-fish (3.2.0.5-rc2) chatellier 20090827 + * Can copy openmap map to system clipboard + * Don't extract database for sensitivity analysis (excepted first) + * Add user script javadoc generation + * Move script import/export to Jaxx + * Fix nano time problem (not related to real date) + * @Doc annotation is now only field target + * Fix creation group assistant's labels + * Improve simulation summary + * #1905 : nom des labels pour somme par année + +isis-fish (3.2.0.5-rc1) chatellier 20090616 + * Remove inprocess launcher (due to memory consumption) + * Readd tools.jar (isis don't need jdk anymore) + * Fix bug 1772 ( https://labs.libre-entreprise.org/tracker/index.php?func=detail&aid=1772&gr… ) + * Fix bug 1900 ( https://labs.libre-entreprise.org/tracker/index.php?func=detail&aid=1900&gr… ) + * Fix simulation plan subjob number : start at 0 + * Fix bug, database migration asked twice + * Fix VCSSVN getRemoteStatus(), not showed added status file + * Rename "factors" package to "sensitivity" + * Add tests on each storage for testing template content compilation + * Add script templates based on freemarker template engine + +isis-fish (3.2.0.4) chatellier 20090508 + * Add sensitivity analysis + +isis-fish (3.2.0.4-rc1) letellier 20080225 + * Fix ask passphrase in svn+ssh mode + * Bugfix release + +isis-fish (3.2.0.3) chemit 20081218 + * Change simulation monitoring to work better with SSH launcher + * Update XML-RPC launcher to xmlprc 3 + * Add ssh simulation launcher + * Add Jaxx UI for all interfaces + * Remove SwixAT UI + * switch to lutinproject 3.3 + * switch to topia-service 1.0.1 + * switch to topia-persistence 2.1.1 + * remove tools.jar (now isis need JDK !!!) + +isis-fish (3.2.0.2) chatellier 20081119 + * fix missing lutinxml dependencies + +isis-fish (3.2.0.1) chemit 20081013 + * all ui are now in src/main/java + * use maven 2 directory layout + * use org.codelutin:lutinproject 3.0 + * passage to UTF-8 + +isis-fish (3.2.0.0) poussin 20080902 + * refactoring option and vcs + * refactoring simulation engin + * new launcher type (subprocess, caparmor ...) in progress + * modify script to use cell and not zone in some computation + * add TechnicalEfficiency equation + * add Inactivity equation support + +isis-fish (3.1.3) tchemit 20080319 + * bug correction when migration failed, still launch application on a new database + * bug correction changing local database in configuration ui has no effect on next launch + * bug correction if no svn connexion, application could not start + * use commandline 0.4 (improve init and user options) + * improve i18n loading (lutinutil) + * refactor init and vcs init + * bug correction #1605 add annotation on scripts for contextual help + * bug correction #1617 Non prise en compte du changement de base locale + * add new ui for configuration + * bug correction #1601 Exception et erreur apres une simulation + * bug correction #1602 Gros probleme de mise a jour de database entre v3.0 vers 3.1 perte des pecheries + * bug i18n (loose some translate while using Isis-Fish from a jar) + +isis-fish (3.0.22) poussin 20071107 + * bug correction when launch many simulation with AnalysePlan (OutOfMemory) + now we don't use cglib but javassist + +ver-3.0.21 poussin 20071107 + * bug correction in ResultDatastore, bad database used to get result during simulation + * add call to close method on SimulationStorage for in memory database + * bug correction when launch many simulation with AnalysePlan (OutOfMemory) + +ver-3.0.20 poussin 20071102 + * add clean temp directory simulation preparation + * add IsisFish version number in parameter + * add getPopulations method in PopulationMonitor + * bug correction #1592 in totalFishingMortality during reduction of matrix + * bug correction #1583 about too many file open + * bug in export script template + * bug correction in rule Cantonnement + * modify database simulation usage, now we use in memory database for + data, and file storage for result, to separate result and data. This + improve performance (70%). + * bug switch to h2 database version 1.0.60, this prevent rollback exception + during simulation + +ver-3.0.19 poussin 200706?? + * bug in cache for String and number in parameter + * bug RuleMonitor add Rule as parameter + * add extraRules field in SimulationParameter to permit Analyse Plan to + add rules in parameter + +ver-3.0.18 poussin 20070525 + * bug go.bat have correct DOS end of line + * improve build-release.sh to send email to user and devel list after deploy + * bug correction in delete simulation, remove close context at begin of + clear method + * bug permit simulation without SimulationControl + * bug in queue model test if no more simulation to prevent Index Out of + bound Exception + +ver-3.0.17 poussin 20070524 + * add support for filename in export + +ver-3.0.16 poussin 20070521 + * add ssj jar to have random library + * add support to auto upgrade database (topia migration service) + * bug force reload parameter in thread simulation to prevent class cast + exception because same class is loaded in two different classloader + +ver-3.0.15 poussin 20070406 + * change database lock_mode to permit read with out lock + * change database version to 1.0.20070304 + * bug end line in equation editor + +ver-3.0.14 poussin 20070402 + * add beforeOrEquals and afterOrEquals methods to Date and Month + +ver-3.0.13 poussin 20070330 + * add simulation information support + * change aspect deployment classloader (not used Agent) + * bug in cache aspect when used without trace aspect + * add checkout maven file option + * change MatrixPanel context menu + * bug in datastore closeContext (nullify storage) + * bug in datastore getStorage (if closed create new) + +ver-3.0.12 poussin 20070320 + * bug in cache, help garbage with clear on collection + * add on matrix sumOverDim(dim, start, nb) + * change statistic is not used by default + +ver-3.0.11 poussin 200703?? + * add result support in analyse plan + * bug in AnalysePlanContext values access + +ver-3.0.10 poussin 20060305 + * Analyse Plan implementation + * feature #1531 date automaticaly added to simulation id + * bug in Range value inversion of integer and real + * bug #1492 matrix index error for result matrix + * bug #1493 simulation, region deletion + * bug #1495 view population number with one population + * bug #1496 simulation, region order + * bug #1528 in min size in wizard class creation + * bug #1535 save/cancel button activation/desactivation + * bug #1536 simulation queue + +ver-3.0.9 poussin 20060208 + * add equation editor with syntaxe checking on all equation + * implement Region checking mecanisme + +ver-3.0.8 poussin 20060205 + * force checkout of directory not checkouted at startup + +ver-3.0.7 poussin 20060125 + * add import region and rename menu + * bug in update script + +ver-3.0.6 poussin 20060125 + * add support for user prompt update file at startup + * bug saisons (bad converter init) + * simulation thread completely rewriten + * first version of systray + * region copy + * bug tree refresh after delete region + * cvs synchronisation menu + * test de non regression + * bug in exports + * bug in rules + +ver-3.0.5 poussin 20061020 + * add support for delete prompt message and delete cascade prompt message + +ver-3.0.4 (poussin 20061017) + * improve cache key computation (use string), (gain 80%) + +ver-3.0.3 (poussin 20061016) + * bug in getMonth if date is negative + * bug in message error during equation compilation, now we show the + equation type + +ver-3.0.2 (poussin 20061013) + * add import from isis-fish v2 + * change rules from region to root + * improve equation frame editor (equation documentation) + +ver-3.0.1 (poussin 20060926) + * bug selection cell (selected in list -> note selected in map) + * add extension to file for model equation + * improve refresh in input + * add argument force to ResultStorage.addResult method + * bug put new Population in right Species when more than one Species (tree problem) + * bug put new Rule script in right region (tree problem) + * add firstNull='true' for gear values types + * bug when load gear with no values (null) + * change method call: Input.CommitRegionInCVS -> Input.commitRegionInCVS + * add Equation model editor + * bug in script editor, don't used translated String for script type + * bug in script editor, menu save/delete/deleteCVS work now + * change use for(int i...) in GravityModel and SiMatrix for matrix access + (gain factor 4 on matrix access and 65% on simulation) + * change use Soft cache in ResultStorage (gain 10%) + * improve ResultStorage keep in memory all result available to prevent unecessary + query on database. Useful with Soft cache. + * change use commons-collection in Cache aspect (prevent garbage bug in HashMapMultiKey) + * bug in tools.jar search pattern for Windows + * bug when create SetOfVessels in Effort description Add button + was always grey + * add getNecessaryResult in Rule to know result necessary for this rule + and activate it automaticaly + * improve all results are now optionnal + * add compute and add as result discard weight if necessary + * add TACweight in DemoRegion + * add result MATRIX_NO_ACTIVITY + * bug can set rule parameter + * bug rule parameter can be saved and restored + * improve when TopiaContext is used to read, error if another try to write + (lock table timeout). + * bug many correction in persistence (lock problem, load cycle problem) + +ver-3.0.0 + * Utililsation de DoubleBigVector par defaut pour les Matrix + (gain facteur entre 2 et 8 suivant parcours (Iterator, Semantic, Index) + * Suppression de tous les scripts utilisation de Java et compilation + (gain facteur 1000 pour l'eval des equations donc 91% sur la simulation) Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/history/history.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,124 @@ +Historique du projet ISIS-Fish +============================== + +Prototype 1998-2000 +------------------- + +Un prototype du logiciel ISIS-Fish a été développé entre 1998 et 2000 +d'après le modèle conceptuel élaboré par Pelletier et al. (2001) + +Versions 1.0 et 1.5 (2000-2003) +------------------------------- + +ISIS-Fish 1.0 est une boite à outil générique spatialement explicite +pour l'évaluation de l'impact de mesure de gestion sur la dynamique +des pêcheries (Mahévas et Pelletier 2004, Version 1.0 et Pelletier et +Mahévas 2005, Version 1.5). Le logiciel permet d'évaluer l'impact de +mesures de gestion sur la dynamique de pêcheries complexes. Le modèles +de simulation est générique afin de pouvoir être utilisé dans +différents types de pêcheries. Les connaissances existantes au sujet +de chaque pêcheries sont stockées dans une base de données inclue dans +le logiciel, et peut être facilement modifiable. Cela inclue les +paramètres de description de chaque population, de chaque activité de +pêche, des mesures de gestion ainsi que des résultats de la dynamique +des flottilles. Le modèle d'exploitation est spatialement explicite et +couple la dynamique de chaque population, chaque flottille et chaque +mesure de gestion. Le modèle est définit avec un pas de temps +mensuel. Les variations spatiales et saisonnière de la capturabilité, +les migration saisonnières, les processus de reproduction et de +recrutement sont les principales entités du modèle de dynamique de +population structurée en age. + +Les interactions biologiques ne sont pas modélisées dans ISIS-Fish +dans la mesure où le modèle se focalise plus sur des problèmes +relatifs aux pêcheries complexes. Le modèle de dynamique de flottille +décrit la réponse des pêcheurs à la disponibilité des ressources et +aux mesures de gestion introduites pour réguler l'activité de pêche. + +Le logiciel permet une certaine flexibilité pour plusieurs hypothèses +du modèle. Ainsi les mesures de gestion ainsi que le comportement des +pêcheurs à ces mesures peuvent être codés à travers d'un langage +Scipt. L'outil de simulation permet ainsi de comparer l'impact de +mesures de gestion conventionnelles comme le contrôle des captures et +de l'effort, et d'autres mesures telles que les Aires Marines +Protégées (AMP). + +Les versions 1.0 et 1.5 du logiciel n'incluent pas pas de variables +économiques. Il n'est donc par conséquence pas possible de définir de +réaction des pêcheurs en fonction de certaines conditions économiques. + +Pour de plus ample détails sur le logiciel, vous pouvez vous reporter +aux articles Mahévas et Pelletier (2004) et Pelletier et Mahévas +(2005). Le premier détaille les différents aspects du modèle et les +choix de développement du logiciel pour la version 1.0. le second se +focalise plus sur les capacités du logiciel à évaluer les effets +d'AMPs, basé sur une revue des différents modèle de simulation +existants et la version 1.5 d'ISIS-Fish. + +Techniquement cette version était basé sur des EJBs et une base de +données distantes ce qui impliquait une utilisation connectée. + +Version 2.0 (2004-2005) +----------------------- + +La seconde version d'ISIS-Fish (ISIS-Fish 2.0) complète les versions +précédentes en y ajoutant des variables économiques et des processus +qui déterminent la dynamique des flottilles. Cela a conduit à +redéfinir les différents composants des flottilles (Figure 1). Les +bateaux sont caractérisés par leurs capacités techniques afin de +prendre en compte les coûts de transport, et ils sont liés à un port +d'attache pour calculer le temps de trajet et les coûts +correspondants. Chaque bateau appartient à un ensemble de bateaux +définit par une liste de métiers possibles avec une description des +paramètres d'effort, des définitions concernant l'équipage et les +coûts associés, les coûts concernant l'entretient des engins de pêche +et la maintenance du bateau ainsi que les autres frais +d'exploitation. Les stratégies sont des sub-groupes de bateaux +partageant les mêmes caractéristiques (appartenant au même set of +vessels) et ayant une même répartition de leur effort sur les +différents métier chaque mois. Les équations permettant de calculer la +mortalité par pêche par espèce, par classe, par zone et par métier +ainsi que les équations permettant de calculer les coûts et revenus +sont détaillés dans le chapitre 15-Equations. + +La réponse des pêcheurs aux règles de gestion, aux fluctuations de +stocks et aux conditions économiques peuvent avoir des incidences sur +la réallocation de l'effort de pêche. La plupart des équations +contrôlant la dynamique des flottilles sont ainsi modifiables grâce à +un éditeur de langage script en sélectionnant des modèles prédéfinis +ou en créant son propre modèle. Parmi les modèles préalablement +écrits, on retrouve plusieurs modèles de gravité dont les coefficients +sont calculé soit à partir des captures ou des débarquements +précédentes en valeur ou en poids. Voir Chapitre 15-Modèles de +gravité. + +.. Schéma : Description des objets dans la version 2.0 d'ISIS-Fish + +Cette version utilise une base de données embarqués et n'utilise plus +les EJBs. + +Version 3.0 (depuis 2006) +------------------------- + +Cette version est une refonte complète de la persistence. Chaque +région a maintenant un répertoire particulier dans lequel on y trouve +une base de données embarquée, les simulations qui se rapportent à cette +région ont eux aussi leur propre répertoire incluant l'image de la +base de données à l'instant de la simulation, les résultats de la +simulation, les exports qui ont été fait, les scripts qui a permit la +simulation et les paramètres de la simulation. De cette façon tous les +éléments ayant permis l'obtention des résultats sont conservés et la +simulation peut-être réjouée (fonctionnalité non encore implantée). + +Le moteur de simulation à lui aussi été revu pour permettre un suivi +plus simple et centralisé des différentes simulations en cours. Cette +réécriture à tenu compte de l'analyse faite durant le projet Mexico sur +les plans d'expérience. + +Une analyse des performances de la version 2 à permit une optimisation +des calculs. Durant cette analyse il est resortie que les languages de +script était beaucoup plus lent que le Java (entre 1000 et 10000 +fois). Tous les scripts et équations sont dans cette version écrits en +Java et compilés au besoin. L'utilisation du Java a aussi permis +d'ajouter des fonctionnalités lors de la saisie comme la vérification +du code écrit et l'indication des erreurs avec leur numéro de ligne. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/history.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,17 @@ +Historique +========== + +Isis-FISH a beaucoup évolué depuis le début du développement, +l'`historique <history/history.html>`_ vous rappelle l'histoire du simulateur. +Vous pouvez consulter le `journal des modifications <history/changelog.html>`_ +de la version actuellement maintenue. + +Anciennes versions +------------------ + +Vous trouverez ici les informations des anciennes versions du simulateur. + + * `Version 1 <v1/changelog.html>`_ + * `Version 2 <v2/index.html>`_ + + \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/license.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,285 @@ +Licence du projet +================= + +:: + + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + Version 2, June 1991 + + Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc., + 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA + Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies + of this license document, but changing it is not allowed. + + Preamble + + The licenses for most software are designed to take away your + freedom to share and change it. By contrast, the GNU General Public + License is intended to guarantee your freedom to share and change free + software--to make sure the software is free for all its users. This + General Public License applies to most of the Free Software + Foundation's software and to any other program whose authors commit to + using it. (Some other Free Software Foundation software is covered by + the GNU Lesser General Public License instead.) You can apply it to + your programs, too. + + When we speak of free software, we are referring to freedom, not + price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you + have the freedom to distribute copies of free software (and charge for + this service if you wish), that you receive source code or can get it + if you want it, that you can change the software or use pieces of it + in new free programs; and that you know you can do these things. + + To protect your rights, we need to make restrictions that forbid + anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights. + These restrictions translate to certain responsibilities for you if you + distribute copies of the software, or if you modify it. + + For example, if you distribute copies of such a program, whether + gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that + you have. You must make sure that they, too, receive or can get the + source code. And you must show them these terms so they know their + rights. + + We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and + (2) offer you this license which gives you legal permission to copy, + distribute and/or modify the software. + + Also, for each author's protection and ours, we want to make certain + that everyone understands that there is no warranty for this free + software. If the software is modified by someone else and passed on, we + want its recipients to know that what they have is not the original, so + that any problems introduced by others will not reflect on the original + authors' reputations. + + Finally, any free program is threatened constantly by software + patents. We wish to avoid the danger that redistributors of a free + program will individually obtain patent licenses, in effect making the + program proprietary. To prevent this, we have made it clear that any + patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all. + + The precise terms and conditions for copying, distribution and + modification follow. + + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION + + 0. This License applies to any program or other work which contains + a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed + under the terms of this General Public License. The "Program", below, + refers to any such program or work, and a "work based on the Program" + means either the Program or any derivative work under copyright law: + that is to say, a work containing the Program or a portion of it, + either verbatim or with modifications and/or translated into another + language. (Hereinafter, translation is included without limitation in + the term "modification".) Each licensee is addressed as "you". + + Activities other than copying, distribution and modification are not + covered by this License; they are outside its scope. The act of + running the Program is not restricted, and the output from the Program + is covered only if its contents constitute a work based on the + Program (independent of having been made by running the Program). + Whether that is true depends on what the Program does. + + 1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's + source code as you receive it, in any medium, provided that you + conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate + copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the + notices that refer to this License and to the absence of any warranty; + and give any other recipients of the Program a copy of this License + along with the Program. + + You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and + you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee. + + 2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion + of it, thus forming a work based on the Program, and copy and + distribute such modifications or work under the terms of Section 1 + above, provided that you also meet all of these conditions: + + a) You must cause the modified files to carry prominent notices + stating that you changed the files and the date of any change. + + b) You must cause any work that you distribute or publish, that in + whole or in part contains or is derived from the Program or any + part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third + parties under the terms of this License. + + c) If the modified program normally reads commands interactively + when run, you must cause it, when started running for such + interactive use in the most ordinary way, to print or display an + announcement including an appropriate copyright notice and a + notice that there is no warranty (or else, saying that you provide + a warranty) and that users may redistribute the program under + these conditions, and telling the user how to view a copy of this + License. (Exception: if the Program itself is interactive but + does not normally print such an announcement, your work based on + the Program is not required to print an announcement.) + + These requirements apply to the modified work as a whole. If + identifiable sections of that work are not derived from the Program, + and can be reasonably considered independent and separate works in + themselves, then this License, and its terms, do not apply to those + sections when you distribute them as separate works. But when you + distribute the same sections as part of a whole which is a work based + on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of + this License, whose permissions for other licensees extend to the + entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it. + + Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest + your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to + exercise the right to control the distribution of derivative or + collective works based on the Program. + + In addition, mere aggregation of another work not based on the Program + with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of + a storage or distribution medium does not bring the other work under + the scope of this License. + + 3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it, + under Section 2) in object code or executable form under the terms of + Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following: + + a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable + source code, which must be distributed under the terms of Sections + 1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or, + + b) Accompany it with a written offer, valid for at least three + years, to give any third party, for a charge no more than your + cost of physically performing source distribution, a complete + machine-readable copy of the corresponding source code, to be + distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium + customarily used for software interchange; or, + + c) Accompany it with the information you received as to the offer + to distribute corresponding source code. (This alternative is + allowed only for noncommercial distribution and only if you + received the program in object code or executable form with such + an offer, in accord with Subsection b above.) + + The source code for a work means the preferred form of the work for + making modifications to it. For an executable work, complete source + code means all the source code for all modules it contains, plus any + associated interface definition files, plus the scripts used to + control compilation and installation of the executable. However, as a + special exception, the source code distributed need not include + anything that is normally distributed (in either source or binary + form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the + operating system on which the executable runs, unless that component + itself accompanies the executable. + + If distribution of executable or object code is made by offering + access to copy from a designated place, then offering equivalent + access to copy the source code from the same place counts as + distribution of the source code, even though third parties are not + compelled to copy the source along with the object code. + + 4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program + except as expressly provided under this License. Any attempt + otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is + void, and will automatically terminate your rights under this License. + However, parties who have received copies, or rights, from you under + this License will not have their licenses terminated so long as such + parties remain in full compliance. + + 5. You are not required to accept this License, since you have not + signed it. However, nothing else grants you permission to modify or + distribute the Program or its derivative works. These actions are + prohibited by law if you do not accept this License. Therefore, by + modifying or distributing the Program (or any work based on the + Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and + all its terms and conditions for copying, distributing or modifying + the Program or works based on it. + + 6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the + Program), the recipient automatically receives a license from the + original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to + these terms and conditions. You may not impose any further + restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein. + You are not responsible for enforcing compliance by third parties to + this License. + + 7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent + infringement or for any other reason (not limited to patent issues), + conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or + otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not + excuse you from the conditions of this License. If you cannot + distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this + License and any other pertinent obligations, then as a consequence you + may not distribute the Program at all. For example, if a patent + license would not permit royalty-free redistribution of the Program by + all those who receive copies directly or indirectly through you, then + the only way you could satisfy both it and this License would be to + refrain entirely from distribution of the Program. + + If any portion of this section is held invalid or unenforceable under + any particular circumstance, the balance of the section is intended to + apply and the section as a whole is intended to apply in other + circumstances. + + It is not the purpose of this section to induce you to infringe any + patents or other property right claims or to contest validity of any + such claims; this section has the sole purpose of protecting the + integrity of the free software distribution system, which is + implemented by public license practices. Many people have made + generous contributions to the wide range of software distributed + through that system in reliance on consistent application of that + system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing + to distribute software through any other system and a licensee cannot + impose that choice. + + This section is intended to make thoroughly clear what is believed to + be a consequence of the rest of this License. + + 8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in + certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the + original copyright holder who places the Program under this License + may add an explicit geographical distribution limitation excluding + those countries, so that distribution is permitted only in or among +countries not thus excluded. In such case, this License incorporates +the limitation as if written in the body of this License. + + 9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions + of the General Public License from time to time. Such new versions will + be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to + address new problems or concerns. + + Each version is given a distinguishing version number. If the Program + specifies a version number of this License which applies to it and "any + later version", you have the option of following the terms and conditions + either of that version or of any later version published by the Free + Software Foundation. If the Program does not specify a version number of + this License, you may choose any version ever published by the Free Software + Foundation. + + 10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free + programs whose distribution conditions are different, write to the author + to ask for permission. For software which is copyrighted by the Free + Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes + make exceptions for this. Our decision will be guided by the two goals + of preserving the free status of all derivatives of our free software and + of promoting the sharing and reuse of software generally. + + NO WARRANTY + + 11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY + FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN + OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES + PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED + OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF + MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS + TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE + PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, + REPAIR OR CORRECTION. + + 12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING + WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR + REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, + INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING + OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED + TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY + YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER + PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE + POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. + + END OF TERMS AND CONDITIONS Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/listStats.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,80 @@ +Statistiques des listes de diffusion +==================================== + +Liste users nombre de mail +-------------------------- + + * 2003: 0 + * 2004: 0 + * 2005: 850 + * 2006: 755 + * 2007: 1185 + * 2008: 1035 + * 2009: 1183 + +Total pour la liste users: 5008 + +Liste devel nombre de mail +-------------------------- + + * 2003: 12 + * 2004: 92 + * 2005: 848 + * 2006: 524 + * 2007: 652 + * 2008: 344 + * 2009: 613 + +Total pour la liste devel: 3085 + +Liste bugreport nombre de mail +------------------------------ + + * 2003: 0 + * 2004: 0 + * 2005: 90 + * 2006: 54 + * 2007: 102 + * 2008: 52 + * 2009: 626 + +Total pour la liste bugreport: 924 + +Liste commits nombre de mail +---------------------------- + + * 2003: 0 + * 2004: 0 + * 2005: 0 + * 2006: 0 + * 2007: 2 + * 2008: 956 + * 2009: 1702 + +Total pour la liste commits: 2660 + +Liste data-commits nombre de mail +--------------------------------- + + * 2003: 0 + * 2004: 0 + * 2005: 0 + * 2006: 0 + * 2007: 16 + * 2008: 92 + * 2009: 224 + +Total pour la liste data-commits: 332 + +Total par année +--------------- + + * 2003: 12 + * 2004: 92 + * 2005: 1788 + * 2006: 1333 + * 2007: 1957 + * 2008: 2479 + * 2009: 4348 + +Total : 12009 \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/othertools.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,14 @@ +Autres utilitaires +================== + +* `Eclipse <http://www.eclipse.org>`_ (licence cpl) logiciel libre pour editer + les fichiers et plus particulièrement programmer en java + + `Utilisation-Installation de Eclipse <tools/eclipse.html>`_ +* `Notepad++ <http://notepad-plus.sourceforge.net/fr/site.htm>`_ (licence gpl) + logiciel libre pour editer les fichiers et plus particulièrement programmer en + java +* `Netbeans <http://www.netbeans.org/>`_ (licence gpl) logiciel libre pour + éditer les fichiers et plus particulièrement programmer en java + + + `Utilisation-Installation de Netbeans <tools/netbeans.html`_ + \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/publication.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,77 @@ +Publications +============ + +Articles +-------- + +===== ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== ============================================================================================== =========================================================== +Année Publication Téléchargement Publication originale +===== ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== ============================================================================================== =========================================================== +2009 **Pelletier, D.** , Mahévas, S., Drouineau, H., Vermard, Y., Thebaud, O., Guyader,O. & Poussin, B., 2009. 'Evaluation of the bioeconomic sustainability of multi-species multi-fleet fisheries under a wide range of policy options using ISIS-Fish.' **Ecological Modelling** 220 (7): pp. 1013-1033. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAlEcologicalModelli…>`_ `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_ +2008 **Kraus, G.** , Pelletier, D., Dubreuil, J., Moellmann, C., Hinrichsen, H., Bastardie, F., Vermard,Y. & Mahévas, S. , 2008. 'A model-based evaluation of Marine Protected Areas as fishery management tool for a stock facing strong environmental variability - the example of Eastern Baltic cod (Gadus morhua callarias L.).' **ICES Journal of Marine Science** 66: pp. 109-121. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/KrausEtAlEcologicalModelling.p…>`_ `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_ +2006 **Drouineau, H.** , S. Mahévas, D. Pelletier, B. Beliaeff. 'Assessing the impact of different management options using ISIS-Fish: the French Merluccius merluccius ? Nephrops norvegicus mixed fishery of the Bay of Biscay.' **Aquat. Living Resour.** 19, 15?29 `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/DrouineauEtAl2006.pdf>`_ `ALR <http://www.alr-journal.org/>`_ +2005 **Pelletier, D.** & S. Mahévas. 'Fisheries simulation models for evaluating the impact of management policies, with emphasis on marine protected areas.' **Fish and Fisheries** ; 6 (4) : 307-349. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierMahevas2005FishAndFis…>`_ `Fish and Fisheries <http://www.blackwellpublishing.com/>`_ +2004 **Mahévas, S.** & D. Pelletier, 2004. 'ISIS-Fish, a generic and spatially-explicit simulation tool for evaluating the impact of management measures on fisheries dynamics.' **Ecological Modelling** 171, 65-84. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/MahevasEtAlEcologicalModelling…>`_ `sciencedirect <http://www.sciencedirect.com/>`_ +2001 **Pelletier, D.** , S. Mahévas, B. Poussin, J. Bayon, P. André and J.C. Royer. 2001. 'A conceptual model for evaluating the impact of spatial management measures on the dynamics of a mixed fishery', pp. 53-66 In : G. H. Kruse, N. Bez, T. Booth, M. Dorn, S. Hills, R. Lipcius, D. Pelletier, C. Roy, S. Smith, & D. Witherell (eds), Spatial Processes and Management of Marine Populations. University of Alaska Sea Grant, AK-SG-00-04, Fairbanks `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAl2001.pdf>`_ +===== ======================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================== ============================================================================================== =========================================================== + +Posters +------- + +===== ========================================================================================================================================================================================================================================================================= ================================================================================= +Année Publication Téléchargement +===== ========================================================================================================================================================================================================================================================================= ================================================================================= +2009 Rocklin D., Pelletier D., Mouillot D., Tomasini JA., Culioli JM. Simulating management scenarios for the spiny lobster fishery in a Mediterranean MPA using ISIS-Fish. Oral communication - International Marine Conservation Congress, Washington DC, 19-24 May +2009 Rocklin D., Pelletier D., Mouillot D., Tomasini JA., Culioli JM. Des modèles et des indicateurs pour optimiser la gestion des stocks de langoustes dans une aire marine protégée par simulation de scénarios avec ISIS-Fish. Poster - Forum AFH, Brest, 30 juin-2 juillet +2008 Vermard, Y., Lehuta, S., Mahevas, S., Thebaud, O., Marchal, P., Gascuel, D., Including dynamic fishermen behaviour in a fisheries simulation model to assess the impact of environmental changes. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/Poster_Vermard_et_al.pdf>`_ +2005 D. Pelletier, S. Mahévas, M. Jarraya, M. Capoulade, H. Drouineau, Y. Vermard, F. Bastardie, 2005, Investigating the consequences of Marine Protected Areas upon fish populations and fisheries through ISIS-Fish, a generic simulation tool. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/PelletierEtAl2005IMPAC1.pdf>`_ +2005 Stéphanie Mahévas, Dominique Pelletier, Hilaire Drouineau, Paul Marchal, Olivier Guyader, Olivier Thebaud, Raul Prellezo, Marina Santurtún , Ane Iriondo, Simulating with ISIS-Fish the dynamics of a North-East Atlantic mixed fishery subject to spatial closures. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/MahevasEtAl2005NAAFE.pdf>`_ +2004 Drouineau, H., S. Mahévas, D. Pelletier, & B. Beliaeff, 2004. Assessing the impact of marine protected areas on the hake-nephrops fishery of the Bay of Biscay using ISIS-Fish. ICES CM 2004/Y:09. `Ici <http://www.ifremer.fr/isis-fish/publications/CiemIcesCM-2004-Y09.pdf>`_ +2004 D. Pelletier & S. Mahévas, 2004. Evaluating the dynamics of mixed fisheries in response to policy options: Match and mismatch between data resolution, model requirements and model objectives. 4th World Fisheries Congress, May 2-6, Vancouver, Canada. +2002 D. Pelletier & S. Mahévas, 2002. Modélisation de la dynamique de pêcherie complexe Intégration des informations pour la pêcherie du Plateau Celtique. Colloque du Défi Golfe de Gascogne, Brest, 11-13 décembre. +2001 Mahévas S., D. Pelletier, 2001. Impact de zones marines protégées sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Actes du Cinquième Forum Halieumétrique, Lorient, 26-28 juin 2001, p. 215. +2001 D. Pelletier & S. Mahévas, 2001. Comparing the impact of Total Allowable Catches and Marine Protected Areas upon the dynamics of a mixed fishery. Conférence Scientifique Annuelle du CIEM, Oslo, ICES CM 2001/N:13, 11 p. +2000 D. Pelletier, S. Mahévas et B. Poussin 2000. Un outil de simulation pour explorer l'impact de mesures de gestion sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Réunion annuelle de l'ART4/PNEC, Paris, 14-15 décembre. +2000 B. Poussin, S. Mahévas, et D. Pelletier, 2000. Utilisation d'un générateur d'infrastructure EJB pour le développement d'un simulateur de pêcherie complexe et multi-spécifique. Colloque Objets, Composants et Modèles 2000, 18 mai 2000, Nantes. +===== ========================================================================================================================================================================================================================================================================= ================================================================================= + +Rapports +-------- + +===== ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================ ============== +Année Publication Téléchargement +===== ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================ ============== +2003 Pelletier, D. 2003. Dynamique spatiale et saisonnière de pêcheries démersales et benthiques : Caractérisation, modélisation, et conséquences pour la gestion par Zones Marines Protégées. Mémoire d'Habilitation à diriger les recherches, Université de Montpellier II. 281 p. +2001 Mahévas, S., & D. Pelletier. 2001. Un outil de simulation pour explorer l'impact de mesures de gestion sur la dynamique d'une pêcherie complexe. Ecole de printemps COREV,Hyères, mai 2001. +2000 Pelletier, D., S. Mahévas, 2000. Selecting appropriate mathematical and computer tools for developing integrated models : the example of the dynamics of a mixed fishery, Groupe de travail «Integrated modelling and assessment» et «Complex, adaptive, hierarchical systems», Ecosummit 2000, Integrating the Sciences (International Society for Ecological Modelling), 18-22 juin 2000, Halifax, Canada. +===== ============================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================================ ============== + +Rapports de stage +----------------- + +===== ======================================================================= ================================================================================= ============================================================================================================================================================================================== ============== +Année Etudiant Diplôme Titre Téléchargement +===== ======================================================================= ================================================================================= ============================================================================================================================================================================================== ============== +2006 CAVE M. Master Sciences halieutiques et aquacoles - Agrocampus Rennes Validation d?un modèle bioéconomique de la pêcherie de langoustine du Golfe de Gascogne +2006 FARGIER L. Master 2 Modélisation de la pêcherie de sar dans la réserve de Bonafacio +2006 LEHUTA S. Master 1 Simuler la dynamique de la pêcherie pélagique anchois du Golfe de Gascogne +2006 SAVE V. Master 2 Evaluation de scénarios de restauration de la langouste en mer d'Iroise +2005 CAPOULADE M. Master de l'Université de Perpignan Modélisation de la dynamique de la population de sar commun (Diplodus sargus) autour de la réserve de Banyuls +2005 PREUSS B. Master de l'Ecole Normale Supérieure de Paris Analyse de scénarios de gestion pour la pêcherie démerso-benthique du Plateau Celtique +2004 DROUINEAU H. DAA de l'Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, spécialité halieutique Évaluation de l'impact de différentes réglementations sur la pêcherie mixte merlu-langoustine de la Grande Vasière, à l'aide du simulateur ISIS-Fish +2003 VOISIN P. DEA de Sciences de l'Environnement Marin, Université de Marseille Etude des conséquences de l'allocation spatiale de l'effort de pêche sur la qualité des indices d'abondance issus des captures commerciales - Le cas de la pêcherie chalutière de mer Celtique +2000 BALABAN A., BOUWYN P., LACROIX L., MARCHAND R., MAURANGE L., VINCENT G. Projet de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes Contribution à l'analyse informatique des règles de gestion dans le simulateur de pêcherie complexe +2000 QUILLON M. Stage de DESS « Compétence complémentaire en Informatique » (Univ. Grenoble) Développement des interfaces et étude de l'ergonomie du logiciel de simulation de pêcherie complexe +1999 CERISIER F., LETETREL V., MEAT G., SAKHO M. Projet de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes Contribution à l'analyse informatique des entités d'un modèle de pêcherie complexe. +1999 MEAT G. Stage de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes Contribution au développement des interfaces homme-machine d'un simulateur de pêcherie complexe +1999 POUSSIN B. Stage de DESS de Génie Informatique de l'Univ. de Nantes Développement d'un prototype de simulateur de pêcherie complexe. (Poussin et al. 2000; Pelletier et al. 2001) +===== ======================================================================= ================================================================================= ============================================================================================================================================================================================== ============== + +Autres +------ + +===== =============================================================================================================================================================================================================================================================================== ============== +Année Publication Téléchargement +===== =============================================================================================================================================================================================================================================================================== ============== +2003 Pelletier, D. 2003. Dynamique spatiale et saisonnière de pêcheries démersales et benthiques : Caractérisation, modélisation, et conséquences pour la gestion par Zones Marines Protégées. Mémoire d'Habilitation à diriger les recherches, Université de Montpellier II. 281 p. +===== =============================================================================================================================================================================================================================================================================== ============== Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/research.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,13 @@ +Projets de recherche liés à ISIS-Fish +===================================== + +===================== ============================================================================================================================== ============================================ ====================================================================================== =========== ========= +Nom Projet Rôle dans le projet Financement Année début Année fin +===================== ============================================================================================================================== ============================================ ====================================================================================== =========== ========= +UNCOVER Evaluer l'impact de changements biologiques pour mettre en place des plans de restauration partenaire EU - VIth PCRD- FP6-2004-SSP-4 (Priority 8.1.B.1.3 Task 2) 2006 2008 +EFIMAS Operational evaluation tools for fisheries management options partenaire EU FP6 n° SSP8-CT-2003-502516 2004 2007 +PROTECT Potential of marine protected areas for marine environmental PROTECTion coordination d'une tâche sur la modélisation EU FP6 n° SSP8-CT-2004-513670 2004 2007 +Liteau-AMP Développement d'outils diagnostics et exploratoires d'aide à la décision pour évaluer la performance d'Aires Marines Protégées dirigeant Lit'eau 2 (MEDD) 2004 2006 +ISIS-Fish development Développement d'un outil de simulation de pêcherie complexe avec l'Université de Nantes, COGITEC et Code Lutin responsable de projet IFREMER n° 99/210448, 99/210500, 01/210676, 02/210898, 03/210136, 04/210316, PNEC/ART4 1998 2006 +TECTAC TEChnological developments and TACtical adaptations of important EU fleets partenaire European Union n°Q5RS-2002-01291 2002 2005 +===================== ============================================================================================================================== ============================================ ====================================================================================== =========== ========= Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/eclipse.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,95 @@ +============================================================== +Utilisation d'un outil externe d'édition des scripts (Eclipse) +============================================================== + +Documentation non à jour (préférez l'utilisation de [[v3/usermanual/netbeanseditor|Netbeans]]) +============================================================================================== + +Ce document montre comment éditer les scripts (Java) avec un editeur +externe. Dans ce document nous nous baserons sur l'éditeur Eclipse mais tout +autre éditeur fonctionne. + + +Pré-requis +========== + +Il faut avoir les programmes suivant installés et fonctionnels: + +- Une connection Internet durant l'utilisation de maven +- Eclipse http://www.eclipse.org +- Maven http://maven.apache.org + + +Création d'un projet Eclipse +============================ + +Grâce à Maven nous allons pouvoir créer les fichiers nécessaires à un +projet Eclipse. + +Lancer la commande:: + + mvn scm:checkout -DconnectionUrl=scm:cvs:pserver:anonymous:@cvs.labs.libre-entreprise.org:/cvsroot/isis-fish:isis-fish-data + +Vous avez alors un répertoire target/checkout dans lequel vous trouvez +les fichiers: + +- pom.xml +- profiles.xml + +vous les déplacez dans votre répertoire de data (sans doute +$HOME/isis-database-3) et vous pouvez effacer le répertoire target et +ce qu'il contient. + +Dans votre répertoire de data (sans doute $HOME/isis-database-3) lancer la +commande:: + + mvn eclipse:eclipse + +puis forcé la récupération des librairies avec:: + + mvn compile + +Import du projet dans Eclipse +============================= + +- Allez dans le menu File->Import... +- Sélectionnez General/Existing Projects into Workspace +- Sélectionnez le répertoire de data +- Cliquez sur Finish + +Il faut ensuite créer une variable M2_REPO qui pointe sur +$HOME/.m2/repository. Pour cela suivre le chemin suivant:: + + Project -> properties -> Java build path -> Libraries -> Add Variable + +Lancement d'isis +================ + +Il faut maintenant lancer isis avec l'option debug en premier argument:: + + # sous Unix + ./go.sh debug + # sous Windows + go.bat debug + + +Debuggage dans Eclipse +====================== + +- Allez dans le menu Run->Debug... +- Cliquez avec le bouton droit sur "Remote Java Application" +- Cliquez sur New + +Dans l'onglet Connect: + +- Donnez un nom pour le projet: isis-fish +- Modifier le port pour le mettre à 38000 + +Dans l'onglet Source + +- Ajouter le nouveau projet + +Maintenant cliqué sur Debug en bas de la fenêtre, Eclipse doit se connecter +à Isis. Il vous faut maintenant poser des points d'arret dans votre code +pour qu'Eclipse arrete l'execution et que vous puissiez faire du pas a pas à +partir de ces lignes. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/tools/netbeans.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,131 @@ +Comment débugger avec NetBeans ? +================================ + +Ce tutoriel explique comment installer, configurer et utiliser une plateforme de +développement java utilisant le JDK (Kit de développement Java), Maven 2 +(Logiciel de gestion et d'automatisation pour les projets Java) et NetBeans +(Environnement de développement intégré). + +Installation du JDK +------------------- + +Le JDK est l'environnement dans lequel le code Java est compilé afin que la JVM +(machine virtuelle de Java) puisse l'interpréter. + +Pour acquérir la dernière version du JDK il faut se rendre sur la page de +téléchargement de Sun et télécharger la version propre à son système +d'exploitation (Plateform) : http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp + +Pour Windows +~~~~~~~~~~~~ + +Il faut exécuter le fichier d'installation et l'installer dans le répertoire +désiré. + +Pour Linux +~~~~~~~~~~ + +Il faut l'exécuter et l'installer dans le répertoire désiré:: + + sh jdk-6<version>-linux-i586.bin + + +Reste plus qu'à renseigner les variables d'environnements. Pour que cela soit +valable à chaque démarrage, il faut éditer le fichier ~/.bashrc et ajouter à la +fin les lignes suivantes:: + + JAVA_HOME=chemin_ou_se_trouve_jdk + export JAVA_HOME + PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin + export PATH + +Installation de Maven +--------------------- + +Maven est utilisé dans de nombreux projet Java pour gérer et automatiser les +dépendances. + +Pour acquérir la dernière version de Maven il faut se rendre sur la page de +téléchargement d'Apache : http://maven.apache.org/download.html + +Pour Windows +~~~~~~~~~~~~ + +Préférez la version zipée et dézipez le vers le répertoire désiré. + +Il faut ensuite renseigner les variables d'environnements : Cliquez sur +Démarrer > Panneau de configuration > Système > Parametres avancés > Variables +d'environnements et renseignez la variable PATH avec +chemin_ou_se_trouve_maven\bin et créez la variable M2_HOME et renseignez avec la +valeur : le chemin_ou_se_trouve_maven (pas le chemin du bin). + +Pour Linux +~~~~~~~~~~ + +Préférez la version tar.gz et décompressez le avec la commande:: + + tar-zxvf apache-maven-<version>-bin.tar.gz + +Déplacez le répertoire vers le dossier désiré:: + + mv apache-maven chemin_ou_se_trouve_maven + +Reste là aussi à renseigner les variables d'environnements en éditant le fichier +~/.bashrc et rajoutez à la fin les lignes suivantes:: + + M2_HOME=chemin_ou_se_trouve_maven + export M2_HOME + M2=$M2_HOME/bin + export M2 + PATH=$PATH:$M2 + export PATH + +Installation de NetBeans +------------------------ + +Téléchargez la dernière version de NetBeans Web & Java EE correspondante à votre +Système d'exploitation (Plateform) sur http://www.netbeans.org. + +Pour Windows +~~~~~~~~~~~~ + +Exécutez le .exe téléchargé et installez le dans le répertoire désiré. + +Pour Linux +~~~~~~~~~~ + +Il faut l'exécuter et l'installer dans le répertoire désiré:: + + sh netbeans-<version>-javaee-linux.sh + +Configuration de NetBeans +------------------------- + +Une fois NetBeans lancé, on va le configurer pour qu'il utilise le maven +installé. Pour cela, allez dans le menu Tools > Options, dans l'onglet +"Miscellaneous" cliquez sur l'onglet Maven. Renseignez le répertoire où Maven +est installé (External Maven Home) et cochez l'option "Always use external Maven +for building projects", confirmez. + +Importation d'un projet depuis un dépôt Subversion (SVN) +-------------------------------------------------------- + +Cliquez sur le menu Versionning > Subversion > Checkout, renseignez le +Repository URL, par exemple, pour isis-fish en anonyme il faudra renseigner:: + + svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data + +Choisissez la version désirée et spécifiez où le projet va être installé. + +Débuggage du projet +------------------- + +En règle général, le débuggage du projet est intéressant qu'à partir d'un +certain moment dans l'exécution du projet. Pour sélectionner le moment à partir +duquel on veut que le projet s'arrête pour nous laisser le temps d'observer les +comportements et l'état du programme, il faut se rendre dans les sources à +l'endroit approprié et double cliquer dans la marge de l'éditeur. La ligne +devrait devenir rouge et un carré rouge devrait apparaitre. Cela signifie que le +programme, lors de son exécution en mode debug va s'arrêter à ce point d'arrêt. +On peut en ajouter autant que souhaité. Il suffit de cliquer sur l'icone "Debug +Main Project" (ctrl F5) pour lancer l'exécution du programme en mode debug. Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v1/changelog.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -1,3 +1,16 @@ +Version 1 +========= + +Cette version n'est plus maintenue depuis 2004 + +Téléchargement +-------------- + +Cette version n'est plus disponible en téléchargement. + +Information sur les changement de cette version +----------------------------------------------- + ver-1-5RC2 (20040202) * bouton radio (spacialise/non spacialise) a la place de la case a coche matrice simple. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v2/index.rst 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -0,0 +1,218 @@ +Version 2 +========= + +Cette version n'est plus maintenue depuis 2006 + +Documentation +------------- + +`FAQ <users/FAQ.html>`_ + Foire aux questions + +`Langage ECMAScript <users/ECMAScript.html>`_ + Tutorial sur le langage ECMAScript + +`Editeur ECMAScript <users/ECMAScriptEditor.html>`_ + Documentation sur l'utilisateur de l'éditeur de ISIS-Fish + +`Règles de gestion <users/Rules.html>`_ + Documentation sur les règles de gestion et leur interface + +`Lanceur de simulations <users/SimulationLauncher.html>`_ + Documentation sur l'interface de lancement de simulation + +`Documentation d'Hilaire <users/ScriptHilaire.html>`_ + Document écrit et maintenu par Hilaire qui aide à la prise en main de tous les + aspects avancés d'ISIS-Fish + +Téléchargement +-------------- + +Cette version n'est plus disponible en téléchargement. + +Information sur les changement de cette version +----------------------------------------------- + +ver-2.3.2 (20060727) + * correction de grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet qui ne tenait pas compte du prix + +ver-2.3.1 (20060727) + * modification des equations economique qui contenait des erreurs + +ver-2.3.0 (20060623) + * passage en equation de `EspecesCapturables` + +ver-2.2.6 (20060605) + * sauvegarde des simulations directement dans un fichier compressé sans passé par une représentation DOM pour une utilisation moindre de la mémoire + * getMailleSecteur retourne une liste vide si la zone pour lequelle on souhaite les mailles est null. Ca evite une Exception. + * ajout d'un log warning si un metier n'a pas de zone pour un mois donné + +ver-2.2.5 (20060601) + * sauvegarde des simulations avant la sauvegarde des resultats (si la sauvegarde des resultats echoue on conserve les parametres de lancement) + * matrix ajout d'un ascenseur horizontal, ajout d'un menu contextuel (copier/coller, export/import cvs) + * correction bug introduit par l'optimisation (fishingMortality trop souvent recupérée dans le cache, car par de discremination sur le metier) + +ver-2.2.4 (20060523) + * optimization de `HashMapMultiKey`, Matrix (checkPos, checkDim), `SiMatrice2` + * utilisation de LRUMapMultiKey a la place de `HashMapMultiKey` + * suppression de tous les caches autres que LRU + * correction memory leak dans les Optimisations (il provenait de la modification du hashCode des `MultiKey` au cours du temps, les maps ne trouvaient plus les objet a supprimer) + * ajout du support de la base de données h2 + +ver-2.2.3 (20060512) + * correction mauvaise selection de mail pour les zones et les ports + +ver-2.2.2 (20060327) + * correction calcul de migration (N en 2D ou lieu de 1D passe en arg) + +ver-2.2.1 (20060320) + * ajout du parametre zone dans l'equation de mortalité + +ver-2.2.0 (20060315) + * mapping reproduction/recrutement avec un coefficient + * modif traduction de 'er mois' en '{0}er mois' idem pour 'ème mois' + +ver-2.1.1 (20060306) + * On force l'encoding des fichiers en ISO-8859-1 partout + * ajout de try{}catch lors du chargement des combo de formules, utile lorsque la formule n'est pas correct (mauvais encodage) + * ajout de I18n pour le wizard + +ver-2.1.0 (20060303) + * Passage de la mortalite naturelle en equation + * Possibilite de definir les migrations en equation + * modification du modele pour supporter ces fonctionnalités + +ver-2.0.27 (20060302) + * correction d'optimisation pour `EffortPerStrMet` (bis) (suppression des methodes non optimisees) (autres petites corrections pour des manques de parametres d'opti) + +ver-2.0.26 (20060223) + * correction d'optimisation pour `EffortPerStrMet` + * support des \n pour les traductions + +ver-2.0.25 (20060124) + * ajout de chaine a traduire + * ajout du jar client R dans le all + +ver-2.0.24 (20051125) + * correction bug dans lancement simulation pour plusieurs fois la meme regle avec param different + +ver-2.0.23 (20051123) + * ajout de mot a traduire (arbre de saisie) + * modification de la boucle matriceCatchRatePerStrategyMet pour ne faire que les metiers de la strategie + +ver-2.0.22 (20051117) + * ajout pour chaque annee de simulation la memoire restant, les stats du cache et les stats d'appels de methodes + * correction cache, il libere les references + * ajout d'un yield en fin de chaque methode d'optimisation pour permettre au autre thread de travailler + * config de ShiftOne a 20000 objet par defaut + +ver-2.0.21 (20051115) + * suppression de l'optimisation pour certain calcul, il ne faisait pas gagner de temps et il consommait de la mémoire pour rien. + * La fenêtre de log n'affiche plus que les 100 premières lignes de log et les 200 dernières, cela évite de manger beaucoup de mémoire pour les logs (la consomation semble etre stable dans les 200Mo) + +ver-2.0.20 (20051114) + * Inversion de la demande d'optimisation si false alors on la fait pas plus sur que de detecter true + * ajout lors du demarrage de l'affichage des variables d'environnement et des options de lancement. + +ver-2.0.19 (20051111) + * correction des optimisations, ajout de dependance sur date.getMois() pour toutes les methodes qui utilisent un argument date + * amelioration de le liberation du cache + +ver-2.0.18 (20051107) + * correction des resultats pour que les captures en poids et nombre se fasse avec les effectifs de au meme moment + +ver-2.0.17 (20051102) + * correction: La matrice créer pour le stockage des resultats n'etait pas utilisée + +ver-2.0.16 (20051025) + * Ajout de l'option -DOptimization=[true|false] qui permet de desactiver les optimisations totalement. (Permet de verifier que les optimisations ne modifient pas les resultats) + +ver-2.0.15 (20051025) + * Toutes les matrices misent en résultat sont copiées. + +ver-2.0.14 (20051021) + * Correction probleme passage de matrice de changement d'age de non spacialise a spacialise + +ver-2.0.13 (20051020) + * Correction probleme de dimension pour les pop en longueur dans la matrice de changement d'age + +ver-2.0.12 (20051013) + * utilisation de la nouvelle implantation de matrice (val par defaut) Si seulement 1/4 des elements de la matrice differe de la valeur par defaut alors les performances sont meilleurs + +ver-2.0.11 (20051005) + * passage de toutes les matrices en float pour prendre 2 fois moins de place + * amelioration de la liberation du cache de calcul + * ajout d'une condition pour les logs de `SiMatrice2` + * ajout de l'exception lors de log de probleme grave dans ifremerdb.xml + +ver-2.0.10 (20050923) + * ajout du cache Hard qui est le meme qu'avant + * suppression des l'anciennes stat des optimisations + * ajout du support de l'option -DCallAnalyze=[true|false] + * essai de non recalcule de Population.getMatriceZone + * tous les logs de `SiMatrice` & co en /*#...#*/ + * modification du calcul de loopOver, on calcule sur les metiers des `SetOfVessels` des Strategies + +ver-2.0.9 (20050915) + * ajout de 3 caches different pour l'optimisation des caculs les caches sont selectionnable au lancement d'isis + * ajout de la possibilité de faire les boucles Str/Met que sur les metiers de la strategie dans `SiMatrice`. Cette fontion est selectionnable au lancement d'isis + +ver-2.0.8 (20050???) + * selection plus fine des elements selectionnable dans une combobox + +ver-2.0.7 (20050613) + * ajout dans le `LogMonitor` des `StackTraces` + * ajout d'une règle pour avoir les résultats économiques + * Amélioration des matrices Eco (ajout d'un nom à la matrice et au dimension, traitement special si pas d'effort) + * Lors de la sauvegarde des resultats l'export n'est vraiment fait que lorsqu'il y a au moins une méthode d'export selectionnée + * Ajout d'un cache pour le XMLEncoderDecoder + * On ne fait plus le Changement de classe si la `MetaPop` est en longueur + +ver-2.0.6 (20050603) + * correction bug#459, bug#460, mauvaise sauvegarde des correspondances s'il n'y avait qu'une zone repro et une zone recru (mapping toujours vide) + * ajout dans lutinutil de la method utilisé par le serveur de simulation pour supprimer recursivement un repertoire + * ajout du numero de version de isis dans les logs au lancement + +ver-2.0.5 (20050525) + * correction du l'email d'envoi du bugreport pour le `LogMonitor` + * ajout dans la status bar de la fenetre de log, l'utilisation memoire et une horloge + * correction pour les collections dans l'equation de reproduction + * correction du modele de données pour mettre des cardinalitées 0-1, la on il faut (corrige le probleme de creation d'objet) + * correction de la boite de dialog a propos + +ver-2.0.4 (20050518) + * Utilisation de `SecteurSimpleFactory` pour l'affichage des Secteurs dans l'arbre + * Modification de l'évaluation de la reproduction, utilisation de la méthode demandée par Stéphanie et Hilaire (comme la version qui avait été intégrée dans l'ancienne version du simulateur) + * ajout d'une fenêtre montrant les logs directements dans l'application + * ajout de l'attribut mapfiles dans Region + * ajout support de l'utilisation de carte utilisateur (sur filesystem) + * si le script de pre-simulation n'est pas selectionné il n'est pas pris en compte + * Message pour avertir que les données vont etre upgrade + * Arret du logiciel si les données sont trop recente pour la version d'isis utilisé + * dans les equations de croissance ajout de la variable classe de type `ClassePopulation` + * fermeture bug #444 + +ver-2.0.3 (20050429) + * Remplacement pour `Strategie->StrategyMonthInfo->numberOfTrips` du spinner par un JLabel car il n'est pas modifiable (calculé) + * Amélioration table de saisie du mapping repro->recru + * Amélioration de la recherche des dépendances entre objets lors d'une suppression. + * fermeture bug #425, #434, #437, #438 + +ver-2.0.2 (20050414) + * correction du bug de selection de maille sur la carte (fonctionne mais pas pour les mailles tres petites) + +ver-2.0.1 (20050408) + * correction erreurs de simulation + * correction erreurs de representation des matrices dans le rendu des résultats + * permet de supprimer des métiers de `MetierEffortDescription` dans `SetOfVessels` + +ver-2-RC1 (20040326) + * Secteur pour le nombre total de secteur retourne 1 et non 0, pour etre coherent avec le getAllSecteur dans lequel il s'ajoute lui meme. + * ajout sur Metier des methodes getValeurParamControlableAsString et getValeurParamControlableAsNumber + * modification de l'interface de Selectivite dans Engin, pour mettre une modification plus simple des equations + * modification de toutes l'interface de lancement des simulations + * amelioration de l'interface de creation de script d'enchainement de simulation. Si aucun editeur n'existe alors ne propose que les scripts + * dans le tableau de population les longueurs min et max sont affichées si les classes sont en longueur + * correction d'une erreur lors de la creation de la matrice de changement de classe pour une population en longueur n'ayant qu'un secteur de pop + * amelioration du fichier java web start pour permettre d'avoir l'aide avec le javahelp + * amelioration du jar standalone pour avoir l'aide dedans \ No newline at end of file Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-14 13:28:45 UTC (rev 3056) @@ -40,17 +40,17 @@ <item name="Exemples de scripts ISIS" href="documentation/scripts.html"/> <item name="Exemples de scripts R" href="documentation/scriptsR.html"/> </item> - <item name="Publications" href=""/> - <item name="Projets de recherche" href=""/> - <item name="Historique" href=""> - <item name="Le projet" href=""/> - <item name="Journal des modifications" href=""/> - <item name="Version 1" href=""/> - <item name="Version 2" href=""/> + <item name="Publications" href="publications.html"/> + <item name="Projets de recherche" href="research.html"/> + <item name="Historique" href="history.html"> + <item name="Le projet" href="history/history.html"/> + <item name="Journal des modifications" href="history/changelog.html"/> + <item name="Version 1" href="v1/changelog.html"/> + <item name="Version 2" href="v2/index.html"/> </item> - <item name="Autres utilitaires" href=""/> - <item name="License" href=""/> - <item name="Contact/Assistance" href=""/> + <item name="Autres utilitaires" href="othertools.html"/> + <item name="License" href="license.html"/> + <item name="Contact/Assistance" href="contact.html"/> </menu> <!--menu name="Survol">

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r3055 - in isis-fish/trunk/src/site: . resources/downloads resources/images resources/images/devel rst rst/documentation rst/documentation/devel
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org June 10, 2010

June 10, 2010

Author: jcouteau Date: 2010-06-10 12:56:37 +0000 (Thu, 10 Jun 2010) New Revision: 3055 Log: Finish doc Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/ isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,99 @@ +# Un script R pour le traitement des résultats de simulation. +# Auteur : Hussein +# objectif du programme : importations des résultats des plans d'analyse (issus de 256 simulations) "l'analyse de sensibilité", avec ce programme R, on peut importer les 256 résultats +# des simulations (Biomasse Finale, Abondance finale, les captures cumulées de la dernière année, les captures cumulées au cours de 5 dernières années de simulation, Effort de pêche +# cumulé sur toute la durée de simulation) en même temps. Et en fin renvoyer tous les resultats dans une même matrice. + +#------------- + +#----Import des fichiers de simulation --------- + +FILES<-list.files(path="C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations") #pour recuperer les noms des repertoires des simulations + +# Import du Fichier 1 : Biomasse Finale " BF" = la biomasse du mois de decembre de la dernière année de simulation (soit 10 ans de simulation) +#------------- + +Biomasse<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Biomasse[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\Biomasses.csv",sep=""),sep=";") +} + +BF<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(BF)) +{ +BF[i,]<-sum(subset(Biomasse[[i]][,-c(1,2,3,4)],Biomasse[[i]][,4]==119)) +} + +#----------------------------------------------------------------------- +# Import du Fichier 2 : Abondance finale "AF" = l'abondance du mois de decembre de la dernière année de simulation +#------------- +Abondance<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Abondance[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\Abondances.csv",sep=""),sep=";") +} + +AF<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(AF)) +{ +AF[i,]<-sum(subset(Abondance[[i]][,-c(1,2,3,4)],Abondance[[i]][,4]==119)) +} + + +#------------- +# Import du Fichier 3 : les captures cumulées de la dernière année "CaptCumDerAn" +#------------- +Captures<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Captures[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\CapturesPoids.csv",sep=""),sep=";") +} + +CaptCumDerAn<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(CaptCumDerAn)) +{ +CaptCumDerAn[i,]<-sum(subset(Captures[[i]][,-c(1,2,3,4,5)],Captures[[i]][,5]>107)) +} + + + +#------------- +# Calcul des captures cumulées au cours des 5 dernières années de simulation "CaptCum5Der" +#------------------------- +CaptCum5Der<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(CaptCum5Der)) +{ +CaptCum5Der[i,]<-sum(subset(Captures[[i]][,-c(1,2,3,4,5)],Captures[[i]][,5]>59)) +} + + + +#------------- +# Import du Fichier 4 : Effort cummulé sur toute la durée de la simulation "Effortcumule" +#------------- +Effort<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Effort[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\EffortsMetier.csv",sep=""),sep=";") +} + +Effortcumule<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(Effortcumule)) +{ +Effortcumule[i,]<-sum(Effort[[i]][,4]) +} + +#---------------------------------------- +AS<-cbind(BF,AF,CaptCumDerAn,CaptCum5Der,Effortcumule) # pour creéer une matrice des 5 indicateurs +dimnames(AS)[[2]]<-c("BF","AF","CaptCumDerAn","CaptCum5Der","Effortcumule")# pour donner les nomes de chaque colonne + Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,567 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?> + +<svg + xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" + xmlns:cc="http://web.resource.org/cc/" + xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" + xmlns:svg="http://www.w3.org/2000/svg" + xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" + xmlns:sodipodi="http://sodipodi.sourceforge.net/DTD/sodipodi-0.dtd" + xmlns:inkscape="http://www.inkscape.org/namespaces/inkscape" + width="210mm" + height="297mm" + id="svg2" + sodipodi:version="0.32" + inkscape:version="0.44.1" + sodipodi:docbase="/usr/local/src/PROJET/lutin/isis-fish/doc" + sodipodi:docname="AnalysePlanMexico.svg"> + <defs + id="defs4"> + <marker + inkscape:stockid="Arrow2Lend" + orient="auto" + refY="0.0" + refX="0.0" + id="Arrow2Lend" + style="overflow:visible;"> + <path + id="path2947" + style="font-size:12.0;fill-rule:evenodd;stroke-width:0.62500000;stroke-linejoin:round;" + d="M 8.7185878,4.0337352 L -2.2072895,0.016013256 L 8.7185884,-4.0017078 C 6.9730900,-1.6296469 6.9831476,1.6157441 8.7185878,4.0337352 z " + transform="scale(1.1) rotate(180) translate(1,0)" /> + </marker> + </defs> + <sodipodi:namedview + id="base" + pagecolor="#ffffff" + bordercolor="#666666" + borderopacity="1.0" + inkscape:pageopacity="0.0" + inkscape:pageshadow="2" + inkscape:zoom="1.0670205" + inkscape:cx="370.99804" + inkscape:cy="783.10701" + inkscape:document-units="px" + inkscape:current-layer="layer1" + inkscape:window-width="1208" + inkscape:window-height="747" + inkscape:window-x="7" + inkscape:window-y="45" /> + <metadata + id="metadata7"> + <rdf:RDF> + <cc:Work + rdf:about=""> + <dc:format>image/svg+xml</dc:format> + <dc:type + rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage" /> + </cc:Work> + </rdf:RDF> + </metadata> + <g + inkscape:label="Calque 1" + inkscape:groupmode="layer" + id="layer1"> + <rect + style="opacity:1;fill:#c73845;fill-opacity:0.15677966;stroke:#f90024;stroke-width:3;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect4396" + width="445.34537" + height="248.21216" + x="25.539516" + y="131.34335" + rx="50.507626" + ry="47.315186" /> + <g + id="g3367" + transform="translate(190.1312,-51.07903)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="65.285011" + x="55.36198" + height="108.67815" + width="179.98769" + id="rect1872" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:2.54407144;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(-12.21547,-11.16112)" + id="flowRoot1874" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion1876"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="79.283073" + width="150.72223" + id="rect1878" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara1880">SÃ©lection de facteurs via une interface graphique.</flowPara><flowPara + id="flowPara1882"></flowPara><flowPara + id="flowPara1884">SÃ©lection des domaines pour chaque facteur</flowPara></flowRoot> </g> + <g + id="g3353" + transform="translate(229.8558,-56.66581)"> + <rect + ry="50.507629" + rx="50.507626" + y="94.177116" + x="306.77921" + height="50.18235" + width="163.10562" + id="rect1886" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.64568543;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(233.5908,11.90593)" + id="flowRoot1888" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion1890"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="31.2381" + width="148.83069" + id="rect1892" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara2975">Ensembles des facteurs et leur domaine</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 426.75293,66.62658 L 535.81216,64.334077" + id="path1906" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3353" + inkscape:connection-start="#g3367" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 617.59485,88.516499 L 615.79823,167.03245" + id="path2989" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3353" + inkscape:connection-end="#g3415" /> + <g + 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<flowRoot + transform="translate(-44.91571,330.7524)" + id="flowRoot3079" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3081"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="16.064329" + width="130.50113" + id="rect3083" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3085">RÃ©sultats XML Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <rect + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.18402004;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3087" + width="106.79429" + height="39.673115" + x="162.38371" + y="485.31128" + rx="50.507626" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3089" + transform="translate(90.42409,405.5258)"><flowRegion + id="flowRegion3091"><rect + id="rect3093" + width="86.595398" + height="15.769013" + x="82.85714" + y="92.362183" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3095">RÃ©sultats CSV</flowPara></flowRoot> <g + id="g3305" + transform="translate(-452.1142,-85.09517)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="402.37" + x="488.23932" + height="39.465862" + width="148.22777" + id="rect3111" + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.39127338;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + transform="translate(417.9391,322.4808)" + id="flowRoot3113" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3115"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="15.349211" + width="125.37566" + id="rect3117" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3119">ScÃ©narii XML Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <g + id="g3138" + transform="translate(-104.7967,129.7495)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="35.447838" + x="399.56186" + height="39.394829" + width="164.04562" + id="rect3128" + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.46230793;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + transform="translate(329.6083,-45.1851)" + id="flowRoot3130" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3132"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="13.835983" + width="142.77779" + id="rect3134" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3136">DesignPlan XML Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <g + id="g3163" + transform="translate(-132.8232,141.3038)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="6.6095109" + x="179.67854" + height="39.568836" + width="126.76725" + id="rect3145" + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.28830016;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + transform="translate(109.812,-73.93643)" + id="flowRoot3147" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3149"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="14.970903" + width="106.83862" + id="rect3151" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3153">Data XML Mexico</flowPara></flowRoot> <flowRoot + transform="translate(7.566138,-32.53439)" + id="flowRoot3155" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3157"><rect + y="66.494461" + x="209.58202" + height="8.322752" + width="53.719582" + id="rect3159" /></flowRegion><flowPara + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:start;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:start;font-family:Bitstream Vera Sans" + id="flowPara3161">Format non dÃ©fini</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.239,98.364179 L 110.239,147.26916" + id="path3174" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3163" + inkscape:connection-start="#g4382" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 567.03463,88.516499 L 417.11311,164.46618" + id="path3176" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3138" + inkscape:connection-start="#g3353" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none" + d="M 543.88696,304.73615 L 492.04898,405.93495" + id="path3178" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 399.20902,406.54172 L 185.04852,355.00894" + id="path3180" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3305" + inkscape:connection-start="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 399.20902,426.45366 L 174.07763,426.70001" + id="path3182" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3317" + inkscape:connection-start="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 101.73406,447.19843 L 86.341766,484.17016" + id="path3184" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3341" + inkscape:connection-start="#g3317" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 140.6599,447.19843 L 196.5335,484.71927" + id="path3186" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3317" /> + <g + id="g3415"> + <rect + ry="50.507629" + rx="50.507626" + y="168.69302" + x="490.19153" + height="134.38255" + width="248.06244" + id="rect2979" + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:3.32115221;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(423.4259,86.37395)" + id="flowRoot2981" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion2983"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="31.616407" + width="215.79102" + id="rect2985" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara2987">Appel d'une mÃ©thode pour calculer les scÃ©narii</flowPara></flowRoot> <g + transform="translate(0.79811,-19.95275)" + id="g3252"> + <rect + style="fill:#ff00bd;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.93876094;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3016" + width="89.664413" + height="29.704088" + x="643.49713" + y="256.11728" + rx="50.507622" + ry="50.507633" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3018" + transform="translate(561.2913,171.107)" + style="text-align:center;text-anchor:middle"><flowRegion + id="flowRegion3020"><rect + id="rect3022" + width="87.544983" + height="17.619053" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="text-align:center;text-anchor:middle" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3024">Evaluation R</flowPara></flowRoot> </g> + <g + transform="translate(0.79811,-19.95275)" + id="g3240"> + <rect + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.90237761;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3197" + width="90.835693" + height="27.092321" + x="501.42471" + y="232.64406" + rx="50.507629" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3199" + transform="translate(423.1395,148.13)" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans"><flowRegion + id="flowRegion3201"><rect + id="rect3203" + width="84.140213" + height="15.34921" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3205">PrÃ©paration des paramÃštres pour l'appel R</flowPara></flowRoot> </g> + <g + transform="translate(135.4753,78.40704)" + id="g3229"> + <rect + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.90237761;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3207" + width="90.835693" + height="27.092321" + x="374.50278" + y="187.24724" + rx="50.507629" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3209" + transform="translate(303.3064,100.3666)" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans"><flowRegion + id="flowRegion3211"><rect + id="rect3213" + width="67.494713" + height="15.34921" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3215">Transformation du DataFrame R en Java</flowPara></flowRoot> </g> + <path + inkscape:connection-start="#rect3197" + inkscape:connector-type="polyline" + id="path3236" + d="M 593.50971,234.27068 L 643.82584,243.08273" + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" /> + <path + inkscape:connection-end="#g3229" + inkscape:connector-type="polyline" + id="path3238" + d="M 643.82584,260.56386 L 601.26497,269.53355" + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" /> + </g> + <g + id="g3447" + transform="translate(-205.8125,2.091027)"> + <rect + ry="50.507633" + rx="50.507622" + y="235.40968" + x="271.21933" + height="29.704088" + width="89.664413" + id="rect3405" + style="fill:#ff00bd;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.93876094;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(189.1629,150.3994)" + id="flowRoot3407" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3409"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="17.619053" + width="87.544983" + id="rect3411" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3413">R Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.23901,188.1263 L 110.23903,237.03133" + id="path3456" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3447" + inkscape:connection-start="#g3163" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 296.06792,205.32332 L 155.54062,240.88786" + id="path3458" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3447" + inkscape:connection-start="#g3138" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.23903,267.67418 L 110.23901,316.57919" + id="path3460" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3447" + inkscape:connection-end="#g3305" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.239,357.43632 L 110.23901,406.34129" + id="path3462" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3305" + inkscape:connection-end="#g3317" /> + <g + id="g4382" + transform="translate(30.42797,27.93378)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="17.384565" + x="21.182014" + height="52.333363" + width="117.25803" + id="rect4356" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.42494261;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(-59.32471,-64.73396)" + id="flowRoot4358" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion4360"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="30.59837" + width="112.41296" + id="rect4362" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara4368">DonnÃ©es Isis-Fish</flowPara><flowPara + id="flowPara4374">(pÃªcherie)</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 169.58049,70.710492 L 244.22118,69.736271" + id="path4394" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3367" + inkscape:connection-start="#g4382" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot6168" + style="font-size:40px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:start;line-height:100%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:start;font-family:Bitstream Vera Sans" + transform="translate(63.84879,-34.31873)"><flowRegion + id="flowRegion6170"><rect + id="rect6172" + width="144.4579" + height="129.29381" + x="243.42352" + y="271.01257" + style="font-size:40px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:start;line-height:100%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:start;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara6174">Travail Mexico Ã faire</flowPara></flowRoot> </g> +</svg> Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,24 @@ +Documentation des APIs +====================== + +* `Le modele de donnees`_ +* `Javadoc ISIS-Fish`_ ( src_ ) +* `Javadoc JAVA`_ + +Librairies +---------- + +* `Javadoc ToPIA`_ (accÃšs base de donnÃ©es) +* `Javadoc Nuiton-Matrix`_ et plus particuliÃšrement MatrixND_ +* `Javadoc Nuiton-Utils`_ (ensemble de mÃ©thodes couramment utilisÃ©es) +* `Javadoc Nuiton-j2r`_ (interface entre IsisFish et R) + +.. _Le modele de donnees:: isisFishModel.html +.. _Javadoc ISIS-Fish:: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/apidocs/index.html +.. _src:: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/index.html +.. _Javadoc JAVA:: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/ +.. _Javadoc ToPIA:: http://maven-site.nuiton.org/topia/topia-persistence/apidocs/index.html +.. _Javadoc Nuiton-Matrix:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/apidocs/index.html +.. _MatrixND:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/apidocs/org/nuiton/math/matrix/M… +.. _Javadoc Nuiton-Utils:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-utils/apidocs/index.html +.. _Javadoc Nuiton-j2r:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,25 @@ +Note aux utilisateurs de Caparmor +--------------------------------- + +Performances +============ + +Actuellement, le fonctionnement d'ISIS-Fish sur Caparmor n'est pas encore +optimal. En effet, une simulation seule peut Ãªtre plus longue a Ãªtre exÃ©cutÃ©e +sur Caparmor que sur un PC personnel pour des raisons d'optimisation de calcul +et d'accÃšs disque. Nous travaillons actuellement Ã rendre l'utilisation d'ISIS +sur Caparmor aussi rapide et aisÃ©e qu'une utilisation sur un poste local. + +Le gain en performance que peut apporter Caparmor est sur le nombre de +simulations tournant en parallÃšle, ainsi sur Caparmor, un utilisateur peut avoir +jusqu'Ã 16 simulations en parallÃšle. + +Plans de simulations dÃ©pendants +=============================== + +Il est actuellement possible d'effectuer un plan de simulation dÃ©pendant sur +Caparmor, mais il n'est pas possible d'en faire tourner plusieurs en parallÃšle. +De plus, Caparmor n'effectuant les simulations qu'une par une dans ce cas, il +perd de son utilitÃ©. Afin de ne pas perdre de temps, il est grandement conseillÃ© +d'utiliser une machine locale pour effectuer les plans de simulations +dÃ©pendants. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,101 @@ +Passer de la version 3.1.3 Ã la version 3.2.0 +============================================= + +Extrait du mail sur les listes de diffusion. + +La nouvelle version d'IsisFish est a present disponible au telechargement. +Il s'agit de la version 3.2. + +Cette version initie la branche 3.2 d'IsisFish, tous les utilisateurs +sont invites a utiliser cette nouvelle version. Les versions 3.1 ne +beneficieront plus d'aucun support. + + +Avant de commencer +------------------ +Cette version apporte de nouvelles fonctionnalites et de profonds +changements. +Avant toutes chose, il est conseille d'effectuer une sauvegarde de vos +donnees a partir de la version 3.1.3 d'IsisFish. + +Action a effectuer: + - exportez votre base de donnees de travail pour la V3.1.3 + Dans l'interface de saisie de la pecherie, ouvrez votre region, + et cliquez dans Fichier > Exporter la region et choisissez + un repertoire pour enregistrer votre region + - fermez maintenant IsisFish-3.1.3 + - renommez le dossier "isis-database-3" en "isis-database-3.1.3" + (ce dossier est normalement situe dans votre repertoire + utilisateur, sous windows C:\Documents and settings\<user>\) + + +Telechargement de la nouvelle version +------------------------------------- +Rendez vous ensuite sur le site http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/. +Dans le menu, dirigez vous ensuite sur "Telechargement". +Et telechargez la derniere version (par exemple isis-fish-3.2.x.y-bin.zip). + +Decompressez l'archive que vous venez de telecharger. + + +Apres avoir telecharge IsisFish +-------------------------------- +Lancez la nouvelle version en cliquant sur le fichier "go.bat" present +dans le repertoire d'IsisFish apres decompression. + +IsisFish telecharge un nouveau "isis-database-3" et vous +propose une migration de la base de donnees. Il vous proposera +egalement cette migration pour toutes vos bases de donnees. + +Il est obligatoire d'accepter cette migration, sans quoi ces bases ne +fonctionneront pas. + +Vous n'avez aucun problemes +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Dans le cas ou vous n'auriez aucun probleme apparent (IsisFish se lance) +verifiez quand meme que le fichier debug.txt ne contient aucune erreur. +S'il en contient, n'hesitez pas a demander de l'aide sur +isis-fish-users at list.isis-fish.org en envoyant votre fichier debug.txt. + +Dirigez-vous dans l'interfaces des scripts et verifiez que vos scripts +ne contiennent pas d'erreurs et compilent (en cliquant sur verifier). + +Vous avez des problemes +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Si vous avez des problemes (isis ne se lance pas, ou rien ne fonctionne). +Envoyez un message a la liste isis-fish-users at list.isis-fish.org en +precisant +le comportement d'IsisFish ou les erreurs rencontrees et accompagnez +votre message du fichier debug.txt. + + +Apres le premier lancement +-------------------------- +Si le premier lancement d'IsisFish s'est bien passe, vous pouvez : + - reimporter vos bases de donnees (en acceptant la migration demandee +normalement) + - faire tourner une simulation + +Si la simulation n'a pas fonctionne, vous pouvez demander de l'aide +sur isis-fish-users at list.isis-fish.org en joignant votre fichier debug.txt + +Vous pouvez ensuite, recopier vos anciens scripts (plans d'analyses, +regles, export) +depuis le dossier "isis-database-3.1.3" que vous avez sauvegarde vers le +dossier +"isis-database-3". N'oubliez pas ensuite de valider tous vos scripts +dans l'interfaces +dans l'interface de gestion des scripts et de verifier qu'ils compilent +bien. + + +Informations complementaires +---------------------------- +Les informations complementaires concernant IsisFish sont presentes sur +le wiki. + +En particulier : + - le manuel : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual + - les changements : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/news \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,68 @@ +==================== +Architecture globale +==================== + +Isis-Fish est composÃ© de trois modules: + +- Les donnÃ©es et leurs persistences +- Les interfaces utilisateurs +- Le moteur de simulation + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modules.png + + +Le domaine est d'abord dÃ©crit (modÃ©lisÃ©) en UML. A partir de cette +modÃ©lisation un gÃ©nÃ©rateur de code est utilisÃ© pour la crÃ©ation de toutes +les classes reprÃ©sentant le mÃ©tier. Seul les mÃ©thodes mÃ©tiers ne sont pas +gÃ©nÃ©rÃ©, elles sont alors Ã©crites en hÃ©ritant des classes gÃ©nÃ©rÃ©es. Dans +Isis-FISH le code des mÃ©thodes reprÃ©sente 15% du code des classes mÃ©tiers et +des classes de persistence. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-legend.png +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modelisation.png + + +La persistence s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des +librairie de persistence choisie. Actuellement nous utilisons Hibernate +comme OMR et H2 comme base de donnÃ©es embarquÃ©e. + +Des librairies ont Ã©tÃ© Ã©crites pour la gestion des fichiers textes tel que +les scripts. Toutes les donnÃ©es peuvent Ãªtre synchronisÃ©es avec un serveur +(RÃ©gion, Simulation, Script) pour cela nous utilisons une librairie SVN +Java. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-persistence.png + + +Les intefaces utilisateurs s'appuie sur la librairie Java Swing. Pour +simplifier l'Ã©criture et la maintenance ainsi que pour avoir un dÃ©coupage +propre entre le code des interfaces et le code mÃ©tier nous utilisons la +librairie Jaxx qui nous permet de dÃ©crire les interfaces utilisateur en XML. +L'avantage est qu'il est possible d'utiliser des fichiers CSS pour modifier +l'aspect de l'interface. Au paravant nous utilisions la librairie SwiXAT, +l'avantage de Jaxx sur SwiXAT est qu'il est compilÃ© et produit des fichiers +Java directement rÃ©utilisable dans du code traditionnel. + +De nombreux composants graphiques sont utilisÃ©s dans les interfaces. + +La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spÃ©cifique Isis-FISH et +pourrait facilement rÃ©utilisÃ© dans d'autre projet de simulateur. Seul les +interfaces de saisie des donnÃ©es du modÃšle mÃ©tier sont spÃ©cifiques, ainsi +qu'un petit nombre d'onglet du lanceur de simulation. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-interface.png + + +Le simulateur est lui aussi non spÃ©cifique Isis-FISH. Tout le code +spÃ©cifique Isis-FISH est en faite Ã©crit en Script (Java) et modifiable via +les interfaces de saisie des scripts de l'application. + +Les autres composants peuvent Ãªtre directement rÃ©utilisÃ©. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulateur.png +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulation.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,5 @@ +============== +Plan d'analyse +============== + +.. image:: AnalysePlanMexico.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,8 @@ +Documentation dÃ©veloppeur +========================= + +* `Architecture globale`_ +* `Architecture Mexico-Plan d analyse`_ + +.. _Architecture globale:: devel/architecture.html +.. _Architecture Mexico-Plan d analyse:: devel/architectureMexico.html Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,3 @@ +Le modÃšle de donnÃ©es +==================== +.. image:: ../images/IsisFishModel.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,53 @@ +Page de dÃ©pÃŽt de scripts +======================== + +Cette page a pour vocation d'accueillir des scripts non gÃ©nÃ©riques des +utilisateurs qui souhaitent les partager. +Merci d'indiquer + * l'auteur, + * la version pour laquelle le script fonctionne, + * la rÃ©gion, + * de prÃ©ciser, pour les plans d'analyse, de quel type ils sont (exploration, analyse de sensibilitÃ©,...) + * et de produire un descriptif de l'action du script. + +Plans d'analyse +--------------- + +P_As_planFactFractV-12param sur la pÃªcherie Anchois +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Sigrid V3.1.3, Plan d'analyse : pour l'analyse de sensibilitÃ© sur la pÃªcherie +Anchois du GdG: + +MÃ©thode de groupe screening, les facteurs de l'analyse sont 12 groupes de +paramÃštres (facteurs de standardisation, mortalitÃ© naturelle adulte, mortalitÃ© +naturelle juvÃ©nile, valeurs de capturabilitÃ©,valeurs de fÃ©conditÃ©, coefficients +de migration, bornes des classes de longueur,Ã©quations de sÃ©lectivitÃ©,Ã©quations +des facteurs de ciblage, valeur d'inactivitÃ©, valeur du TAC (franÃ§ais et +espagnol), paramÃštres de l'aire marine protegee), le plan est un plan factoriel +fractionnaire de rÃ©solution V (256 simulations). + +`Plan d analyse et Fichiers Parametres et matrice`_ + +.. _Plan d analyse et Fichiers Parametres et matrice:: ../downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip + +RÃšgles de gestion +----------------- + +Exports +------- + +Analyses de sensibilitÃ© +----------------------- + +Exports pour analyse de sensibilitÃ© +----------------------------------- + +Simulateurs +----------- + +Ãquations +--------- + +Scripts +------- Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,18 @@ +Exemple de scripts R +==================== + +Traitement des sorties +---------------------- + +Le document proposÃ© contient un exemple de script R , pour le traitement des +rÃ©sultats de simulation .l'objectif du programme : importations des rÃ©sultats +des plans d'analyse (issus de 256 simulations) "l'analyse de sensibilitÃ©", avec +ce programme R, on peut importer les 256 rÃ©sultats des simulations (Biomasse +Finale, Abondance finale, les captures cumulÃ©es de la derniÃšre annÃ©e, les +captures cumulÃ©es au cours de 5 derniÃšres annÃ©es de simulation, Effort de pÃªche +cumulÃ© sur toute la durÃ©e de simulation) en mÃªme temps. Et en fin renvoyer tous +les resultats dans une mÃªme matrice. + +`Script R pour le traitement des sorties`_ + +.. _Script R pour le traitement des sorties:: ../downloads/traitementSorties.R Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,12 @@ +Attention +========= + +Nous ne garantissons pas la pertinence des rÃ©sultats en sortie d'ISIS-Fish. Les +rÃ©sultats sont dÃ©pendants des donnÃ©es saisies et des choix de modÃšles. Il est +important de vÃ©rifier que la paramÃ©trisation de votre application d'ISIS-Fish +correspond effectivement au fonctionnement connu de la pÃªcherie. Il en va de +mÃªme pour les sorties d'une analyse de sensibilitÃ© faite avec l'interface +d'analyse de sensibilitÃ©. Le choix de la mÃ©thode d'analyse ne peut pas Ãªtre le +fruit du hasard. Toutes les mÃ©thodes ne peuvent pas s'appliquer Ã toutes +analyses et chaque analyse permet de rÃ©pondre Ã une question prÃ©cise +prÃ©alablement dÃ©finie. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,26 @@ +Documentation d'ISIS-Fish +========================= + +* `Mise en garde`_ +* `Installation`_ +* `Manuel utilisateur`_ +* `Tutoriaux`_ +* `FAQ`_ +* `Manuel developpeur`_ +* `Documentation des APIs`_ +* `Exemples de scripts ISIS`_ +* `Exemples de scripts R`_ +* `Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0`_ +* `Note aux utilisateurs de CAPARMOR`_ + +.. _Mise en garde:: documentation/warning.html +.. _Installation:: documentation/installation.html +.. _Manuel utilisateur:: documentation/userManual.html +.. _Tutoriaux:: documentation/tutorials.html +.. _FAQ:: documentation/FAQ.html +.. _Manuel developpeur:: documentation/devel.html +.. _Documentation des APIs:: documentation/API.html +.. _Exemples de scripts ISIS:: documentation/scripts.html +.. _Exemples de scripts R:: documentation/scriptsR.html +.. _Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0:: documentation/changeVersion.html +.. _Note aux utilisateurs de Caparmor:: documentation/caparmor.html Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -30,15 +30,15 @@ <item name="Presentation" href="index.html"/> <item name="Nouvelles" href="news.html"/> <item name="Téléchargement" href="download.html"/> - <item name="Documentation" href=""> + <item name="Documentation" href="documentation.html"> <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/> <item name="Tutoriaux" href="documentation/tutorials.html"/> <item name="FAQ" href="documentation/FAQ.html"/> - <item name="Manuel développeur" href=""/> - <item name="Documentation des APIs" href=""/> - <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/> - <item name="Exemples de scripts R" href=""/> + <item name="Manuel développeur" href="documentation/devel.html"/> + <item name="Documentation des APIs" href="documentation/API.html"/> + <item name="Exemples de scripts ISIS" href="documentation/scripts.html"/> + <item name="Exemples de scripts R" href="documentation/scriptsR.html"/> </item> <item name="Publications" href=""/> <item name="Projets de recherche" href=""/>

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r3054 - in isis-fish/trunk: . src/site src/site/resources/downloads src/site/rst/documentation src/site/rst/documentation/tutorials src/site/rst/documentation/userManual
by jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org June 10, 2010

June 10, 2010

Author: jcouteau Date: 2010-06-10 09:24:04 +0000 (Thu, 10 Jun 2010) New Revision: 3054 Log: Add tutorials and FAQ to doc Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/ExempleParametrisation.pdf isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_PlanAnalyse.java isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_directory.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Testparam.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/calibration.java isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/demo.odp isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/manuel_sensitivity.pdf isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/FAQ.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/analysisPlan.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/firstLaunch.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/parameterising.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/useAPI.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/utilCaparmor.rst Modified: isis-fish/trunk/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml Property changes on: isis-fish/trunk ___________________________________________________________________ Modified: svn:ignore - maven.log target velocity.log .classpath .project isis-fish.ipr isis-fish.iws isis-fish.iml .settings bin nbproject + maven.log target velocity.log .classpath .project isis-fish.ipr isis-fish.iws isis-fish.iml .settings bin nbproject Inputs_Langoustine Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/ExempleParametrisation.pdf =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/ExempleParametrisation.pdf ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_PlanAnalyse.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_PlanAnalyse.java (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_PlanAnalyse.java 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,317 @@ +package analyseplans; + +import static org.codelutin.i18n.I18n._; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + +import scripts.ResultName; + +import java.io.*; +import java.io.File; +import java.io.FileReader; +import java.io.Writer; +import java.util.*; +import java.util.Arrays; +import java.util.Collection; +import java.util.Collections; +import java.util.HashMap; +import java.util.List; +import java.util.Map; +import java.util.Properties; + +import org.codelutin.math.matrix.*; +import org.codelutin.util.*; +import org.codelutin.topia.*; + +import fr.ifremer.isisfish.*; +import fr.ifremer.isisfish.types.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.Rule; +import fr.ifremer.isisfish.rule.RuleHelper; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.Date; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; + +/* + * Exemple_PlanAnalyse.java + * + * Created: 6 juin 2007 + * + * @author sl + * @version $Revision: 3.1.3 $ + * + * Last update: $Date: 2008/12/01 09:29:18 $ + * by : $Author: sl $ + */ + +/** + * Le principe est d'avoir dans un repertoire un fichier matrix.txt et un + * fichier par parametre. Si le parametre s'appelle tac, le fichier sera tac.txt + * + * Les fichiers pour les parametres de type double sont de la forme + * <pre> + * -1=0.8 + * 1=1.2 + * </pre> + * + * Les fichiers pour les parametres de type String sont de la forme + * <pre> + * -1=L'equation ecrite sur une seul ligne + * 1=une autre equation toujours sur une ligne + * </pre> + * + * Les fichiers pour les parametres de type Rule sont de la forme + * <pre> +-1=Cantonnement +rule.-1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262 +rule.-1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536 +rule.-1.parameter.beginDate=0 +rule.-1.parameter.endDate=119 +rule.-1.parameter.enginSelectivite=false +rule.-1.parameter.beginMonth=8 +rule.-1.parameter.endMonth=11 +1=Cantonnement +rule.1.parameter.gear=fr.ifremer.isisfish.entities.Gear\#11690286646709\#0.5814158398678262 +rule.1.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone\#11690286645767\#0.37798185123822536 +rule.1.parameter.beginDate=0 +rule.1.parameter.endDate=119 +rule.1.parameter.enginSelectivite=false +rule.1.parameter.beginMonth=3 +rule.1.parameter.endMonth=11 + * </pre> + */ +public class Exemple_PlanAnalyse implements AnalysePlan { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(Exemple_PlanAnalyse.class); + + /// On rentre ici le nom des fichiers à lire c'est à dire ceux contenant la matrice d'expérience et + /// pour chaque paramètre les valeurs du paramètres correspondant à chaque modalité + /// Les paramètres à modifier sont ici les bornes des classes de longueur (growth), la capturabilité, la selectivité et les paramètres de l'AMP. + + static private final String MATRIX = "matrix"; /// Le fichier est donc matrix.txt + static private final String VBGF = "growth"; + static private final String SELECTIVITY = "selectivity"; + static private final String CATCHABILITY = "capturabilite"; + static private final String AMP = "amp"; + + /// Ici figure les paramètres du plan qui apparaitront dans l'interface de lancement de simulation et + /// qu on peut éventuellement modifier avant de lancer le plan : + + public int param_parameterNumber = 4; /// ce paramètre n'est normalement pas modifié + public int param_first = 0; /// on utilise ce paramètre pour indiquer à quelle ligne + /// de la matrice on doit commencer à faire tourner les simulations au cas où on ait dû interompre le plan + public int param_simulationNumber = 16;/// ce paramètre n'est normalement pas modifié + public String param_directory = "Exemple_directory/"; /// Il s'agit du chemin vers le dossier + ///contenant les fichier de matrice et paramètres, par défaut le repertoire du go.bat + /// donc dans ce cas c'est le dossier Exemple_repertory qui est dans le dossier contenant le go.bat + + + /// Déclaration de la matrice d'expérience + private MatrixND matrix = null; + + /// Non utilisé pour ce script mais à ne pas effacer + public String [] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + }; + + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. + * @return L'aide ou la description du plan + */ + public String getDescription() throws Exception { + return _("réalise les expériences d'un plan complet pour 4 parametres à 2 modalités"); + } + + /** + * Appelé au démarrage de la simulation, cette méthode permet d'initialiser + * des valeurs + * @param simulation La simulation pour lequel on utilise ce plan + */ + public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { + /// Création de la matrice d'expérience et chargement : + File dir = new File(param_directory); + matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber}); + matrix.importCSV(new FileReader(new File(dir, MATRIX + ".txt")), new int[]{0,0}); + matrix.setSemantics(1, Arrays.asList(new String[]{VBGF,CATCHABILITY, SELECTIVITY,AMP})); +System.out.println(matrix); +System.out.println("amp 0 : "+ matrix.getValue(0,AMP)); + /// ajout des regles qui sont modifiées par le plan + context.getParam().addExtraRules("Cantonnement"); + } + + + /// Création des méthodes qui réccupère dans la matrice la modalité du paramètre pour l'expérience en cours + /// Les arguments des méthodes sont le nom du fichier et le numéro de la simulation + /// (On détermine l'expérience en cours et donc la ligne de la matrice en sommant le numéro de la simulation et le param_first) + /// pour un double + /** + * @param name le nom de l'element a recuperer + * @param simulation le numero de la simulation + * @return + */ + private double getDouble(String name, int simulation) throws Exception { + File dir = new File(param_directory); + Properties prop = new Properties(); + prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt")))); + int ligne = simulation + param_first; + int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name); +System.out.println("mod et ligne : "+ mod+" "+ligne); + double result = Double.parseDouble(prop.getProperty(""+mod)); +System.out.println("result : "+ result); + return result; + } + + /// pour une liste de doubles + /** + * @param name le nom de l'element a recuperer + * @param simulation le numero de la simulation + * @return + */ + private double [] getList(String name, int simulation) throws Exception { + File dir = new File(param_directory); + Properties prop = new Properties(); + prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt")))); + int ligne = simulation + param_first; + int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name); + double [] result = StringUtil.toArrayDouble(prop.getProperty(""+mod).split(";")); // ""+ ca construit une chaine de caractere + return result; + } + + /// pour une chaine de characteres (equation) + /** + * @param name le nom de l'element a recuperer + * @param simulation le numero de la simulation + * @return + */ + private String getString(String name, int simulation) throws Exception { + File dir = new File(param_directory); + Properties prop = new Properties(); + prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt")))); + int ligne = simulation + param_first; + int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name); + String result = prop.getProperty(""+mod); + return result; + } + /// pour les paramètres d'une règle de gestion + /** + * @param name le nom de l'element a recuperer + * @param simulation le numero de la simulation + * @return + */ + private Rule getRule(RegionStorage regionStorage, String name, int simulation) throws Exception { + File dir = new File(param_directory); + Properties prop = new Properties(); + prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name+".txt")))); + int ligne = simulation + param_first; + int mod = (int)matrix.getValue(ligne , name); + String ruleName = prop.getProperty(""+mod); + RuleStorage ruleStorage = RuleStorage.getRule(ruleName); + Rule rule = ruleStorage.getNewRuleInstance(); + RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop); + return rule; + } + + + + /** + * Call before each simulation + * @param context plan context + * @param nextSimulation storage used for next simulation + * @return true if we must do next simulation, false to stop plan + * @throws Exception + */ + public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { + + int simNum = nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber()+ param_first; + + if (simNum < param_simulationNumber+1) { /// On vérifie qu'il reste des expériences à faire + + /// On utilise les méthodes crées pour récupérer les valeurs des modalités pour l'expérience en cours + double [] croissance = getList (VBGF , simNum); + double catchability = getDouble (CATCHABILITY, simNum); + String selectivity = getString (SELECTIVITY, simNum); + Rule amp = getRule(nextSimulation.getStorage(), AMP, simNum); + + /// On peut afficher des informations dans les logs + nextSimulation.getInformation().addInformation("Growth ("+context.getNumber()+")= " + croissance); + nextSimulation.getInformation().addInformation("Selectivity ("+context.getNumber()+")= " + selectivity); + + + /// Il faut maintenant modifier la valeur des paramètres dans la base de données et les paramètres des règle de la simulation + /// modif les parametres des regles de gestion : + + // on enleve la regle de la simulation passé (elle est stoquée sous le nom LastAMP) + List<Rule> paramRules = nextSimulation.getParameter().getRules(); + //paramRules.remove(context.getValue("lastAMP")); pas forcement utile + // on nomme la regle que l'on va ajouter LastAMP (pour pouvoir la retrouver a la simulation suivante) + //context.setValue("lastAMP", amp); + // on ajoute la regle à la simulation + paramRules.add(amp); + + /// modif les parametres dans la base de données : + TopiaContext tx = nextSimulation.getStorage().beginTransaction(); + /// On récupère les objets ISIS a modifier dans la base de données + PopulationDAO popDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(tx); + Population pop = popDAO.findByName("test population"); + List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); + GearDAO gearDAO = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(tx); + List<Gear> gears = gearDAO.findAll(); + + ///modif borne des classes de taille + /// On remplace les bornes par les éléments de la liste + for (PopulationGroup group : groups) { + group.setMinLength(croissance[group.getId()]) ; + group.setMaxLength(croissance[group.getId()+1]) ; + } + + /// modif la capturabilité + /// On modifie la valeur de la base en la multipliant par la valeur contenue dans la modalité + MatrixND c = pop.getCapturability(); + for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){ + i.next(); + i.setValue(i.getValue()* catchability); + } + + /// modif selectivité + /// On remplace l'equation existante par une autre equation + for (Gear gear : gears) { + Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop); + Equation eq = sel.getEquation(); + eq.setContent(selectivity); + } + + tx.commitTransaction(); + return true; + } else { + return false; + } + + } + + /** + * Call after each simulation + * @param context plan context + * @param nextSimulation storage used for next simulation + * @return true if we must do next simulation, false to stop plan + * @throws Exception + */ + public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception { + return true; + } + +} Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_directory.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Exemple_directory.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Testparam.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/Testparam.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/calibration.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/calibration.java (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/calibration.java 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,447 @@ +package analyseplans; +import static org.codelutin.i18n.I18n._; +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; +import scripts.ResultName; +import java.io.*; +import java.util.*; +import org.codelutin.math.matrix.*; +import org.codelutin.topia.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() +import org.codelutin.util.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() +import fr.ifremer.isisfish.*; +import fr.ifremer.isisfish.types.*; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.Date; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext; +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; + +/** + * /////***File must be copied in isis-database-3/ analyseplans/ + * File name : CalibrationEspeceq1q2Export.java + * /////*** File name could be modified if needed + * /////*** BUT class name must be identical to file name (without the extention ".java") see below + * + * Created: 17 septembre 2007 + * + * @author <> + * @version $Revision: 1.27 $ + * + * Last update: $Date: 2007/05/24 09:29:18 $ + * by : $Author: bpoussin $ + */ + + +/////***You can modify class name if you want +/////***BUT attention : file name and class name must be the same (without the extention ".java"), ie here : "CalibrationEspeceq1q2Export" +public class CalibrationEspeceq1q2Export implements AnalysePlan { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + +/////***class name to check here + static private Log log = LogFactory.getLog(CalibrationEspeceq1q2Export.class); + + enum State {STATE_INIT, STATE_0, STATE_1, STATE_2, STATE_3, STATE_4}; + +/////***here must appear the path to export the historic file ("Historic.csv") where q1, q2 and criteria computed at each simulation are written +/////***Attention : before beginning a new calibration rename your eventual old file Historic.csv otherwise it will be lost + File exportHistoric = new File ("C:Documents and Settings/Sigrid/work/ISIS-FISH/Calibration/Historic.csv"); + protected String exportHisto = ""; + + +//initial points of the simplex + public Population param_Population = null; + public String param_M1 = "2.42e-5;2.11e-6";// devient un parametre du plan d analyse + public String param_M2 = "2.34e-5;2.59e-6";// devient un parametre du plan d analyse + public String param_M3 = "2.59e-5;2.41e-6";// devient un parametre du plan d analyse + //public String param_pas = "1e-5";// devient un parametre du plan d analyse +///// ***put here the path and name of the file containing the data on which you calibrate your fichery ( here observed catches) + public String param_nomfichier_debarquements = "Q:/work/ISIS-FISH/Simu/Calibration/Observedlandings2001-2003.csv";//in row : time ; in columns : age or length group + protected File debarquementsObserves; + protected MatrixND matrixDebarquement; + + protected State state = State.STATE_INIT; + public Experiences experiences = new Experiences(); + public String [] necessaryResult = { + ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET + }; + + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan. + * @return L'aide ou la description du plan + */ + public String getDescription() throws Exception { + return _("Calibration using variable step Simplex method (Walters): user gives a file of observations (here catches) by time step and group (.csv), output will try to approach oservations by changing the values of catchability"); + } + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception { + if (param_nomfichier_debarquements==null || "".equals(param_nomfichier_debarquements)){ + debarquementsObserves = FileUtil.getFile(".*.csv", "fichier csv séparateur ';'"); + } else { + debarquementsObserves = new File(param_nomfichier_debarquements); + } + int nbYear = context.getParam().getNumberOfYear(); + + TopiaContext db = context.getParam().getRegion().getStorage().beginTransaction(); + Population pop = (Population)db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); + + /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) + /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data + int nbGroup = 4 ; +/////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file + int nbTrim = nbYear * 4; + int [] dimMatrix = {nbTrim,nbGroup}; + matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); +//matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{nbGroup}); +// List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); +// matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new List[]{groups}); + matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new int []{0,0}); + log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); + db.closeContext(); + } + + /** + * Call before each simulation + * @param context plan context + * @param nextSimulation storage used for next simulation + * @return true if we must do next simulation, false to stop plan + * @throws Exception + */ + double g1; + double g2; + double worst1; + double worst2; + + public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { + boolean doNext = true; + boolean doBoucle = true; +log.info("before simulation"); + + int number = nextSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); + +if (number <3) { +log.info("number<3"); + + String [] M1 = param_M1.split(";"); + String [] M2 = param_M2.split(";"); + String [] M3 = param_M3.split(";"); + + double [] q1 = StringUtil.toArrayDouble(M1[0], M2[0], M3[0]); + double [] q2 = StringUtil.toArrayDouble(M1[1], M2[1], M3[1]); + experiences.getExperience(number).q1 = q1[number]; + experiences.getExperience(number).q2 = q2[number]; + + changeDB(experiences.getExperience(number), nextSimulation); + +} else { + + double q1 = 1000; + double q2 = 1000; + double lastCritere = experiences.getExperience(number-1).criteria; + while (doBoucle){ + doBoucle = false; + if (state == State.STATE_INIT) { +doBoucle = false ; +log.info("state init"); + +//ordonne les 3 premieres experiences selon leur critere +Collections.sort(experiences.current); +//log.info("SIMPLEXE : current 0 = " + experiences.current.get(0).criteria + "current 1 = " + experiences.current.get(1).criteria + "current 2 = " + experiences.current.get(2).criteria ); +log.info("SIMPLEXE : current 0 = " + experiences.current.get(0).criteria + "current 1 = " + experiences.current.get(1).criteria + "current 2 = " + experiences.current.get(2).criteria ); +log.info("SIMPLEXE : Best q1 = " + experiences.current.get(0).q1 + " q2 = " + experiences.current.get(0).q2); +log.info("SIMPLEXE : NextBest q1 = " + experiences.current.get(1).q1 + " q2 = " + experiences.current.get(1).q2); +log.info("SIMPLEXE : Worst q1 = " + experiences.current.get(2).q1 + " q2 = " + experiences.current.get(2).q2); + + +//Calcul et evaluation de R +double g1 = (experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0; +double g2 = (experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0; +double worst1 = experiences.current.get(2).q1; +double worst2 = experiences.current.get(2).q2; + +state = State.STATE_0; + + q1 = 2 * g1 - worst1; + q2 = 2 * g2 - worst2; + +log.info ("R : q1 = " + q1 + " q2 = " + q2 ); + + } else if (state == State.STATE_0) { +doBoucle = false; +log.info("state 0"); + + // on fait la 5eme avec des q qui dependent de la 4eme dans le dernier cas +//log.info("g1 = " + g1 + " " + "g2 = " + g2); +//log.info("worst1 = " + worst1 + " " + "worst2 = " + worst2); + + if (lastCritere > experiences.current.get(2).criteria) { +log.info("State 0 : R : lastCtritere > current2 : R pire de W"); + state = State.STATE_1; + //calcul de Cw + q1 = ((experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0) - ( ((experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0) - experiences.current.get(2).q1 ) / 2.0; + q2 = ((experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0) - ( ((experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0) - experiences.current.get(2).q2 ) / 2.0; +log.info("Cw : q1 = " + q1 + " q2 = " + q2); + + + } else if (lastCritere > experiences.current.get(1).criteria) { +log.info("State 0 :R : lastCritere > current 1 : R meilleur que W et moins bon que N"); + state = State.STATE_2; + // calcul de Cr + q1 = ((experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0) + ( ((experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0) - experiences.current.get(2).q1 ) / 2.0; + q2 = ((experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0) + ( ((experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0) - experiences.current.get(2).q2 ) / 2.0; +log.info("Cr : q1 = " + q1 + " q2 = " + q2); + + } else if (lastCritere > experiences.current.get(0).criteria) { +log.info("State 0 :R : lastCritere > current0 : R meilleur que N et moins bon que B"); + state = State.STATE_INIT; + experiences.current.remove(2);//remove(3)avant + doBoucle = true; +log.info("remove W, simplex BNR"); + + } else { // dernier cas possible: if (lastCritere < experiences.current.get(0).critere) { +log.info("State 0 :R : lastCritere < current 0 : R meilleur que B, calcul de E"); + state = State.STATE_4; + + q1 = experiences.getExperience(number-1).q1 + (experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0 - experiences.current.get(2).q1; + q2 = experiences.getExperience(number-1).q2 + (experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0 - experiences.current.get(2).q2; + //q1 = experiences.current.get(3).q1 + (experiences.current.get(0).q1 + experiences.current.get(1).q1) / 2.0 - experiences.current.get(2).q1; + //q2 = experiences.current.get(3).q2 + (experiences.current.get(0).q2 + experiences.current.get(1).q2) / 2.0 - experiences.current.get(2).q2; +log.info("E : q1 = " + q1 + " q2 = " + q2); + } + + } else if (state == State.STATE_1) { +log.info("state 1, simplex BNCw"); + experiences.current.remove(3); + experiences.current.remove(2); + state = State.STATE_INIT; + doBoucle = true; + + + } else if (state == State.STATE_2) { +log.info("state 2, simplex BNCr"); + experiences.current.remove(3); + experiences.current.remove(2); + state = State.STATE_INIT; + doBoucle = true; + + + } else if (state == State.STATE_4) { +log.info("state 4 :comparaison de E a B"); + doBoucle = true; + if (lastCritere < experiences.current.get(0).criteria) { +log.info("E meilleur que B, remove 2 et 3 : simplex BNE"); + experiences.current.remove(3); + experiences.current.remove(2); + } else { +log.info("E moins bon que B, remove 2 et 4, simplex BNR"); + experiences.current.remove(4); + experiences.current.remove(2); + } + + state = State.STATE_INIT; + } + + +}//fin du while +//on remplit la table experiences + experiences.getExperience(number).q1 = q1; + experiences.getExperience(number).q2 = q2; + +log.info("on change Q dans la DB avec : q1 = " + q1 + " " + "q2 = " + q2); + +// on change la valeur de q dans la DB + changeDB(experiences.getExperience(number), nextSimulation); + }// fin du else (number > 3) +return doNext; + }// fin du before simulation + + + + /** + + * Call after each simulation, compute criteria for last simulation + * @param context plan context + * @param nextSimulation storage used for next simulation + * @return true if we must do next simulation, false to stop plan + * @throws Exception + */ + + public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception { + boolean doNext = true; +log.info("after simulation"); + int number = lastSimulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); + ResultStorage result = lastSimulation.getResultStorage(); + +/////*** Simulated catches are cumulated over strategies, areas and metiers + + MatrixND L2 = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET); +// log.info("dim de L2" + " " + Arrays.toString(L2.getDim())); +/////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 +/////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface +/////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : +/////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas +/////*** b = indice of the first object considered +/////*** c = number of object to keep after b, b included + MatrixND L = L2.getSubMatrix(1,2,4).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 +//log.info("sous matrice extraite"); + L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies + L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers + L = L.sumOverDim(4);// sum over zones +log.info("sommes sur les strategies, metiers et zones faites"); + +/////*** if observations are cumulated by groups else put "//" at the beginning of the following line +L = L.sumOverDim(3); +/////*** else if number of groups in your database differs from number of groups in observations ... write me an e-mail + +////*** if observations are cumulated over quarter a = 3, over year a = 12, else put "//" at the beginning of the following line + L = L.sumOverDim(0,a); + + L = L.reduce(); + + +///////////////////Calcul du critere////////////////// +log.info("calcul du critere"); +log.info("dim de L" + " " + Arrays.toString(L.getDim())); +log.info("dim de obs" + " " + Arrays.toString(matrixDebarquement.getDim())); + double crit = 0; + for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){ + g.next(); +//boucle sur les trimestres et les classes d age + + int [] dim = g.getCoordinates(); + + double obs = matrixDebarquement.getValue(dim); + double simules = g.getValue(); + + crit += Math.pow(obs-simules, 2); // crit = crit + (obs-simules)^2 + }// fin du for +log.info("critere " + number + " = " + crit ); + +//ajoute le critere dans la table experiences + experiences.getExperience(number).criteria = crit; + +//ecriture de la table historic +exportHisto += experiences.getExperience(number).q1 +";"+ experiences.getExperience(number).q2 +";"+ experiences.getExperience(number).criteria + "\n"; +org.codelutin.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto); + + +return doNext; + +}// fin du after simulation + + /** + * Modify nextSimulation database with q1 and q2 in exp. + * @param exp + * @param nextSimulation + * @throws Exception + */ + + + protected void changeDB(Experience exp, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { +//methode appelee dans before simualtion + TopiaContext db = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();//ouvrir un context pour modifier les donnees + Population pop = (Population)db.findByTopiaId(param_Population.getTopiaId()); //reccupere la pop ciblee + MatrixND c = pop.getCapturability(); // reccupere la matrice de capturabilité + +//log.info("Pour cette simulation : q1 = " + exp.q1 + ";" + "q2 = " + exp.q2 ); + +/////*** that is where you explain how to fill the catchability matrix with q1 and q2 + for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){ + i.next(); + Object [] sem = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = (PopulationGroup)sem[0]; + PopulationSeasonInfo season = (PopulationSeasonInfo)sem[1]; + +////*** exemple when q2 corresponds to the 12 first groups (groups 0 to 11) + if (group.getId() < 12){ + i.setValue(exp.q2); + }else { + i.setValue(exp.q1); + } + +/////*** exemple when it depends on seasons and groups +/* if (season.getFirstMonth().after(Month.JULY) && group.getId() >=18){ //month >= aout && groupID >= 18 + i.setValue(exp.q2); + }else { + i.setValue(exp.q1); + } +*/ + + }//fin du for + + db.commitTransaction(); // effectue la modification + db.closeContext(); // ferme le context +} + + + + + static public class Experiences { +// cree la liste experiences ou sont stoqués q1,q2 et critere pour chaque simulation + + /** contains last simplex and potentialy 2 more simulation */ + public List<Experience> current = new ArrayList<Experience>(); + + /** contains all experience done */ + public List<Experience> history = new ArrayList<Experience>(); + /** + * return experience requested, if this experience doesn't exist + * create it. + * + * @param i simulation number + * @return experience with simulation number fixed if new experience + * is returned + */ + public Experience getExperience(int i) { + Experience result; + if (i<history.size()) { + result = history.get(i); + } else { + result = new Experience(); + result.simNumber = i; + history.add(i, result); + current.add(result); + } + return result; + }//fin de la definition de getExperience + + +/** + * @return the history + */ + public List<Experience> getHistory() { + return this.history; + } + }// fin de la creation des listes experiences + + + + static public class Experience implements Comparable { + public int simNumber; + public double criteria; + public double q1; + public double q2; + /** + * Permit to order experience, first is experience with smallest criteria + */ + public int compareTo(Object arg0) { + Experience other = (Experience)arg0; + int result = Double.compare(this.criteria, other.criteria); + return result; + } + } + + +} \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/demo.odp =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/demo.odp ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/manuel_sensitivity.pdf =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/manuel_sensitivity.pdf ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/FAQ.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/FAQ.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/FAQ.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,463 @@ +FAQ +=== + +.. contents:: + +Que veulent dire les numÃ©rotations 2.1.3.1 ou 3.0.0.0 ? +------------------------------------------------------- + +La numÃ©rotation suit le schÃ©ma suivant: + + * un premier numÃ©ro qui donne la version majeur d'Isis si on a 2.1.3 la version + est 2, si on a 3.0.0 la version est 3. + * le deuxiÃšme donne la version de base de donnÃ©es dans cette version majeur. si + on a 2.1.3 cela veut dire qu'on est a la version 1 des donnÃ©es et dans 3.0.0 + qu'on est Ã la version 0. + * le troisiÃšme numÃ©ro reprÃ©sente la version des scripts (isis-database-3) Ã + utiliser + * le dernier numÃ©ro reprÃ©sente la version mineur dans 2.1.3.1 le numÃ©ro mineur + est 1 + +Lorsque l'on a dÃ©jÃ IsisFish en place on peut utiliser n'importe quelle version +d'Isis du moment que le numÃ©ro majeur, de base et de script sont les mÃªmes que +ceux actuellement utilisÃ©, c'est Ã dire que seul le numÃ©ro mineur change. + +Lorsque l'on souhaite utiliser une version d'IsisFish avec un numÃ©ro de base +supÃ©rieur, IsisFish convertira tout seul les donnÃ©es dans cette nouvelle +version, il ne vous sera plus possible d'utiliser une version d'IsisFish avec un +numÃ©ro de base infÃ©rieur. + +Il est possible d'utiliser deux versions majeures d'IsisFish en mÃªme temps car +deux versions majeures ne partagent pas les mÃªmes fichiers de configuration. Ce +sont donc deux applications complÃštement distinctes. + +Il est possible d'avoir une version 2 et une version 3 lancÃ©es en mÃªme temps. + +Quels sont mes limites lorsque j'Ã©cris des scripts ? +---------------------------------------------------- + +Il ne faut jamais modifier un objet retournÃ© par une mÃ©thode d'un script car un +systÃšme de cache est utilisÃ©. Si vous faites ainsi, vous modifiez l'objet en +cache, et au prochain appel, vous aurez l'objet modifiÃ© et non l'objet attendu. +Par exemple si vous +retournez une List, il faut dans la mÃ©thode qui rÃ©cupÃšre la List faire une copie +avant de la modifier. Si on ne fait que lire le contenu de la List, il n'y a +rien a faire. + +Scripts : objets et syntaxe +--------------------------- + +ConnaÃ®tre les objets et mÃ©thodes d'Isis +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +* listes des objets, mÃ©thodes et liens entre objets (modÃšle UML) : + http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/v3/devel/images/IsisFishModel.png . + Cette figure permet d'avoir les noms des objets et les noms des mÃ©thodes qui + s'y rattachent +* API ISIS : + http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/apidocs/index.html +* AccÃšs aux scripts: dans le logiciel, par le biais de l'interface d'Ã©dition des + scripts, la majoritÃ© des Ã©quations sont dans script/SiMatrix.java. Le reste + des scripts est accessible en ligne : + http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/ . Les sources sont + aussi visualisable directement dans le repo svn: + https://labs.libre-entreprise.org/scm/viewvc.php/isis-fish/trunk/src/main/j… + +Mise Ã jour des scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Ceci peut Ãªtre fait par synchronisation avec le serveur : Fichier/serveur +synchronisation. Cette action compare les scripts prÃ©sents sur le PC a ceux +prÃ©sents sur le serveur et indique ceux qui sont diffÃ©rents. Il faut ensuite +cocher les scripts que l'on veut mettre Ã jour et valider. + +Attention : Si une erreur est signalÃ©e dans un script, la synchronisation +modifiera le script en question. Si la ligne Ã laquelle la modification est +rÃ©alisÃ©e diffÃšre en local de celle prÃ©sente sur le serveur, ceci est signalÃ© par +les signes <<<< pour ce qu il y avait en local et pour ce qui se trouve sur le +serveur. Il faut choisir la ligne a conserver et effacer ou mettre en +commentaire l'autre, pour que le script fonctionne. + +Par ailleurs, tous les scripts sont disponibles Ã cette adresse : +https://labs.libre-entreprise.org/scm/viewvc.php/trunk/?root=isis-fish-data + +Scripts locaux +~~~~~~~~~~~~~~ + +Si des scripts ont Ã©tÃ© Ã©crits en local, la synchronisation ne les vÃ©rifie pas + +Scripts hÃ©ritÃ©s +~~~~~~~~~~~~~~~ + +Si un script local a Ã©tÃ© Ã©crit Ã partir d'un script prÃ©sent sur le serveur, il +est nÃ©cessaire de garder une trace de ce script d'origine. Ainsi en cas de +modification du script d'origine sur le serveur, l'utilisateur peut retrouver +les scripts locaux hÃ©ritÃ©s et les corriger Ã leur tour. + +Ajout d'une aide contextuelle pour les rÃšgles et les plans d'analyse +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans le script de la rÃšgle ou du plan (Ã©diteur de script), + +* au niveau des imports ajouter : import fr.ifremer.isisfish.util.Doc +* au dessus du paramÃštre Ã documenter (par exemple public Zone param_zone = + null;) ajouter @Doc("le parametre Zone correspond Ã ???") + +InsÃ©rer des commentaires dans un script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +System.out.println (); + +Comment on utilise les API ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +cf le tuto_ . + +.. _tuto:: tutorials/useAPI.html + + +Comment crÃ©er des scripts de plan d'analyse +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +`cf le tutoriel`_ + +.. _cf le tutoriel:: tutorials/analysisPlan.html + +Comment se structure une rÃšgle de gestion ou un plan d'analyse ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +cf dÃ©roulement d'une simulation au bas de `cette page`_ et `celle-ci`_ + +.. _cette page:: devel/architecture.html + +.. _celle-ci:: userManual/analysisPlan.html + +Un paramÃštre de ma rÃšgle se comporte bizarrement, qu'est-ce qui se passe ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les variables paramÃštre de rÃšgle (celles qui commencent par \param_) sont +initialisÃ©es ua dÃ©but de la simulation et non au dÃ©but de chaque pas de temps. +Il ne faut donc pas les modifier mais se servir de variables intermÃ©diaires. + +Interfaces +---------- + +VÃ©rification du paramÃ©trage de la pÃªcherie +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +* Pour toute la pÃªcherie. Dans l'interface rÃ©gion : bouton en bas vÃ©rifier + + - en bleu : ok + - en orange : paramÃštres avec pb +* Pour une Ã©quation. Dans l'Ã©diteur d'Ã©quation : bouton check - vÃ©rification de + la syntaxe +* Pour un script (rule, AnalysePlan,...). Dans l'Ã©diteur de script : bouton + vÃ©rifier - vÃ©rification de la syntaxe. PossibilitÃ© de voir les diffÃ©rences + entre le script sur la machine utilisateur et sur le serveur en allant sur + menu serveur de l'interface Ã©diteur de script + +A quoi sert tag dans l'interface de lancement de simulation (paramÃštres avancÃ©s) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +ParamÃ©trer des exports, le simulateur ou des Ã©quations + +exemple : dans le simulateur, simuler sans les variables Ã©conomiques:: + + if (!"false".equalsIgnoreCase(param.getTagValue().get("ecoResult"))) { + control.setText("Add economics results"); + saveGravityModel(date, resManager, gravityModel); + } + +ici le tag s'appelle ecoResult + +Effort description +~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les variables "OpÃ©ration de pÃªche" et "nombre d'engins par opÃ©ration" entrent +dans les Ã©quation de standardisation de l effort par marÃ©e de cette maniÃšre:: + + StdEffortPerHour = Fstd * FishingOperationNumber * GearNumberPerOperation. + +Donc a priori (???) elles doivent Ãªtre remplies quand Fstd est calculÃ© a +l'Ã©chelle opÃ©ration de pÃªche*engin. + +Si Fstd est calculÃ© Ã l'Ã©chelle de la marÃ©e il faut ABSOLUMENT mettre 1 dans les +deux cases (sinon les captures seront nulles). la variable "durÃ©e de la pÃªche" +n'est pas utilisÃ©e dans les Ã©quations. + +UnitÃ©s... +~~~~~~~~~ +A confirmer mais trÃšs probablement : + +trip types : + + * durÃ©e de marÃ©e en heures + * temps minimal entre deux marÃ©es : inutilisÃ© + +vessel type + + * durÃ©e max de marÃ©e : inutilisÃ©e + * vitesse en km/h + * intervalle d activitÃ© : inutilisÃ© + +Entrer le mois d'application d'une rÃšgle de gestion dans l'interface de lancement de Simulation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +C'est le numÃ©ro du mois qui est attendu, soit un chiffre entre 0 et 11 (0 : +janvier et 11: dÃ©cembre) Sinon Ã§a bug ! + +Est-ce que la simulation a bien tournÃ© ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +* S'assurer dans la queue de simulation de l'Ã©tat de la simulation : simulation + terminÃ©e + +* SÃ©lectionner la simulation dans la table (ou dans l'interface des rÃ©sultats de + simulation) cliquer sur "voir les logs": + +* sÃ©lectionner fatale, erreur et warning : si quelque chose apparaÃ®t, c'est + qu'il y a un bug! en dessous du ERROR, est affichÃ© l'exception. Il faut + parcourir le stack trace et identifier une ligne qui porte sur + ifremer.isisfish et voir Ã quoi cela se rapporte. + +Affichage des effectifs et biomasses dans la fenÃªtre de rÃ©sultats +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Une petite subtilitÃ© : dans la fenÃªtre RÃ©sultats, les effectifs/biomasse d'une +population affichÃ©s pour un mois donnÃ© correspondent Ã ces effectifs/biomasses Ã +la fin du pas de temps prÃ©cÃ©dent. + +Vous n'utilisez pas le dÃ©pÃŽt correct pour votre version d'Isis-Fish +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Le message suivant apparaÃ®t :: + + Vous n'utilisez pas le dÃ©pÃŽt correct pour votre version d'Isis-Fish : 3.2.0.8. + Voulez-vous changer de dÃ©pÃŽt ? + +Ce message apparaÃ®t lors de l'utilisation d'une nouvelle version majeure +d'IsisFish, il vous demande simplement si vous dÃ©sirez utiliser la nouvelle +version des scripts qui fonctionne avec cette version. + +Astuces de modÃ©lisation +----------------------- + +SÃ©parer mÃ¢les et femelles ayant des croissances diffÃ©rentes +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +On crÃ©e des classes de longueur consÃ©cutives pour les mÃ¢les et d'autres pour les +femelles qui seront donc Ã la suite. Par ex. pour les mÃ¢les, on va dire qu il y +a les classes suivantes :: + + 60-70 70-77 77-110 110-166 + +et pour les femelles :: + + 60-70 70-78 78-86 + +on clique sur 'recruter les classes'. Piur la premiÃšre taille, on rentre '60'. +Ensuite pour les tailles maximales de groupe, on rentre : +'70;77;110;166;70;78;86' et on valide. Cela crÃ©e une classe 4 de taille +minimale 166 et maximale 70 ! + +Dans la saisie des groupes de population pour le groupe 4, le premier groupe de +femelles, on modifie la valeur de la borne infÃ©rieure : de 166 Ã 60. On sauve et +c'est tout !!! + +Pour ne pas comptabiliser le temps de trajet dans l'effort +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +L'astuce consiste Ã mettre une vitesse de navires trÃšs importante par exemple +10^9, la durÃ©e de trajet devient tres petite ~ 0 + +Le ModÃšle +--------- + +DÃ©finition des saisons pour une population +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans ISIS, les saisons correspondent Ã une modification de la paramÃ©trisation +liÃ©e Ã l'occurrence d'Ã©vÃ©nements affectant la population : Reproduction, +changement de classe, migration... + +Pour dÃ©finir les saisons il convient donc de placer ces diffÃ©rents Ã©vÃ©nements +sur une ligne de temps, les saisons seront donc les mois consÃ©cutifs entre deux +Ã©vÃ©nements. + +Chronologie des Ã©vÃ©nements biologiques et migratoires Ã l'Ã©chelle de l'annÃ©e +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Attention : les changements de classe et la reproduction ont lieu Ã chaque mois +de la saison contrairement Ã la migration qui a lieu au premier mois de la +saison. Il n'est pas necessaire de dÃ©finir une saison pour le recrutement, +celui-ci peut avoir lieu a n'importe quel moment d'une saison. + +FIXME Mail de StÃ©phanie du 11/07/07 : le changement de classe pour une +population structurÃ©e en age ne se fait qu'une fois dans la saison, le code +pourrait etre modifiÃ© pour Ã©viter d'avoir Ã dÃ©finir une saison d'un mois pour le +changement de classe. Il y a des avantages et inconvÃ©nients (cf rÃ©ponse +d'Hilaire) On abandonne ? + +Attention aux hypothÃšses de modÃ©lisation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +HypothÃšse de base dâISIS : toutes les variables dâÃ©tats sont supposÃ©es homogÃšnes +Ã lâÃ©chelle de la zone dÃ©finie â par exemple Si une classe dâune pop est +distribuÃ©e sur Zpop Ã un pas de temps t, alors lâeffectif de cette classe est +homogÃšnement distribuÃ© sur Zpop, un effort sur une partie de Zpop impacte les +effectifs de toute la zone en se diluant sur toute la zone pop:: + + (N(Zpop,t+1) ~= N(Zpop,t)-F(met)*(N(Zpop,t))). + +Ne serait-il pas plus judicieux de faire impacter uniquement la zone +intersection entre la zone metier et la zone pop :: + (N(Zpop,t+1) ~= N(Zpop,t)-F(met)*(N(Zpop,t)*(inter(Zmet,Zpop)/Zpop)) ? + +Si on veut Ã©valuer lâimpact dâune AMP Zg incluse dans Zpop, + +* Ne pas distinguer 2 zones de population dans Zpop [Z1=Zpop-Zg et Z2=Zg], a pour + consÃ©quence que lâabondance dans Z2 sera impactÃ©e par les captures possibles + dans Z1 (car Ã chaque pas de temps les captures pouvant avoir lieu dans Z1 vont + impacter lâabondance de Zpop:: + + N(Zpop,t+1) ~= N(Zpop,t)-F(met)*(N(Zpop,t)) + + et avec lâhypothÃšse dâhomogÃ©nÃ©itÃ© dans Zpop, les effectifs dans Z2 seront Ã©gaux + Ã N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop. + +* Distinguer 2 zones de population Z1=Zpop-Zg et Z2=Zg, a pour consÃ©quence que + lâabondance de Z2 ne sera pas impactÃ©e par les captures dans Z1 (permet de + modÃ©liser le fait que les poissons dans Z2 sont infÃ©odÃ©s Ã cette zone):: + + N(Z1,t+1) ~= N(Z1,t)-F(met)* N(Z1,t), N(Z2,t+1)= N(Z2,t+1)-exp(-M/12) N(Z2,t) (si pas de migrations) + +* Pour dÃ©crire un phÃ©nomÃšne de refuge, il faudrait peut-Ãªtre rajouter une + migration des individus de Z1 dans Z2 en densitÃ© dÃ©pendance... ? + +Impact de la taille d'une AMP si l'amp est incluse dans la zone pop + + * Si une seule zone pop Zpop + * Si Zg incluse dans Zpop + * Si le mÃ©tier impactant la pop est distribuÃ© sur Zmet=Zpop + * Si le mÃ©tier rÃ©alloue son effort sur la zone restante : Zmet-Zg=Z1, + +N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-F(met)/(F(met)+M/12)exp(-F(met)+M/12)*N(Zpop,t), N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z1/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*Z2/Zpop, + + * Si Zg grandit (par exemple nZg=kZg), F(met) ne change pas, les effectifs + +N(Zpop,t+1) = N(Zpop,t)-{F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t) N(Z1,t+1) = N(Zpop,t+1)*[Zpop-kZg]/Zpop, N(Z2,t+1) = N(Zpop,t+1)*kZg/Zpop, + +**ie quâavec une modÃ©lisation de la zone de distribution de la pop en une seule zone (ie pas dâhÃ©tÃ©rogÃ©nÃ©itÃ© entre la partie de la zone pop dans lâamp et lâautre), un changement de taille de la zone ne peut pas avoir dâimpact** + +Si on fait l'hypothÃšse proposÃ©e : N(Zpop,t+1) ~= N(Zpop,t)-F(met)*(N(Zpop,t)*(inter(Zmet,Zpop)/Zpop)). + +**Dans ce cas lâimpact (diffÃ©rence entre les effectifs pour la grande AMP â effectifs pour petite AMP) = (k-1)* Zg)/Zpop F(met)/(F(met)+M/12)*exp(-F(met)+M/12)}* N(Zpop,t)** + +Remarque additionnelle : superposition de zones population +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +:?: ''A revoir/repenser mais Ã priori : '' + +Si nÃ©cessaire, il est possible de crÃ©er des zones population se chevauchant pour +une mÃªme population. Si la mortalitÃ© naturelle est la mÃªme dans les deux zones, +les captures dans la zone d'intersection seront correctement calculÃ©es. En effet +si la mortalitÃ© naturelle est la mÃªme dans les deux zones, l'effort +E(str, met, grp) puis la mortalitÃ© par pÃªche F(str, met, grp) et le taux de +capture CR(str, met, grp) sont calculÃ©s indÃ©pendamment pour chaque zone pop mais +identiques, on a donc + + * zone pop 1 : E -> F -> CR + * zone pop 2 : E -> F -> CR + +et les captures seront B1*CR + B2*CR = (B1+B2)*CR + +(et ca marche qu'on soit dans le modÃšle par cellule ou dans le modÃšle par zone) + +Simulations +----------- + +Ce qui se passe Ã t = 0 +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Lors d'une simulation, le premier pas de temps est particulier, et tous les +Ã©vÃ©nements se dÃ©roulant habituellement en janvier n'arrivent pas forcement : + + * la migration a lieu + * le changement de classe n'a pas lieu + +FIXME ca sera modifiÃ© ??? + +:-( Attention en entrant les effectifs initiaux et les rÃ©sultats de janvier de +l'annÃ©e 0 ne sont pas comparables Ã ceux des autres annÃ©es de simulation. + +Simulation par cellule +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour effectuer une simulation par cellule, dans l'interface de lancement de +simulation (ou d'analyse de sensibilitÃ©), dans l'onglet ParamÃštres avancÃ©s, on +ajoute un tag effortByCell dont la valeur est Ã true. + +Analyse de sensibilitÃ© +---------------------- + +ISIS-Fish se ferme des que je lance une analyse de sensibilitÃ© +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Il s'agit d'une configuration de R incomplete. Reportez-vous au point "Les +analyses de sensibilitÃ©s ne fonctionnent pas" + +Ã partir de la version 3.3.0.0 d'Isis-fish, une erreur devrait s'afficher dans +le fichier debug.txt et ne plus se fermer. + +Les analyses de sensibilitÃ©s ne fonctionnent pas +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +L'erreur la plus probable provient d'une configuration incomplÃšte de R pour +ISIS-Fish. + +Vous devez avoir la version 2.9.0 de R. + +Pour Windows, vous devez configurer deux variables d'environnements : + + * `R_HOME` Ã C:\Program Files\R\R-2.9.2 + * `PATH` doit contenir : `%R_HOME%\bin` + +Trucs et astuces +---------------- + +Remplir une table Ã partir d'un fichier txt ou csv +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans les interfaces, il suffit de cliquer droit sur la table Ã remplir et de +choisir importer Ã partir d'un fichier. + +Les nombres entiers trop grands posent problÃšme +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Il faut faire 39E3 au lieu 39000 + +Pourquoi 41/1000 Ã§a fait 0 ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans ma rÃšgle de gestion, je fait une division de 41 par 1000 et le rÃ©sultat est +0, pourquoi ? + +En java, tout est typÃ©. Ce qui est fait dans l'opÃ©ration prÃ©cÃ©dente, c'est une +division euclidienne, 41 et 1000 Ã©tant des entiers. Pour avoir le rÃ©sultat d'une +division "classique", il faudrait faire 41.0/1000.O, les deux nombres Ã©tant des +nombres Ã virgule (que ce soit double ou float), le rÃ©sultat sera un nombre Ã +virgule (double ou float). + +Plus gÃ©nÃ©ralement, en java, lors d'une opÃ©ration entre deux types, java garde la +plus grande prÃ©cision. Par exemple, une opÃ©ration entre deux entiers donnera un +entier, entre deux doubles un double, mais entre un entier et un double, le +rÃ©sultat sera un double. Vous pouvez avoir plus d'info par ici : +http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-10276-les-variables-et-les-operateurs.html#ss_part_2 + +Comment je fait une exponentielle (ou tout autre fonction mathÃ©matique "Ã©voluÃ©e") +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour la plupart des fonctions mathÃ©matiques courantes, il faut utiliser les +mÃ©thodes statiques de la classe Math. + +Pour plus d'infos : http://jmdoudoux.developpez.com/cours/developpons/java/chap-math.php Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/analysisPlan.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/analysisPlan.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/analysisPlan.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,168 @@ +Tutoriaux pour l'utilisation des plans d'analyse +================================================ + +Un plan dâanalyse est un ensemble dâexpÃ©riences (simulations) pour lesquels on +va modifier la valeur de certains paramÃštres selon un protocole dÃ©fini pour +rÃ©pondre Ã une question. On distingue des plans dâanalyse pour lesquels + +* *les expÃ©riences sont indÃ©pendantes* . C'est Ã dire que lâordre des + simulations nâa pas dâimportance et que lâon pourrait par exemple les lancer + sur des ordinateurs diffÃ©rents. Les valeurs que les paramÃštres devront prendre + Ã chaque nouvelle simulation sont dÃ©terminÃ©es au prÃ©alable. + +* *les expÃ©riences sont sÃ©quentielles* . Les valeurs des paramÃštres de la + simulation s+1 dÃ©pendent des rÃ©sultats de la simulation s. + +ExpÃ©riences IndÃ©pendantes : exemple d'une analyse de sensibilitÃ© +---------------------------------------------------------------- + +Dans le cas d'expÃ©riences indÃ©pendantes, la premiÃšre Ã©tape est de dÃ©finir les +paramÃštres Ã modifier et les diffÃ©rentes valeurs quâils devront prendre +(appelÃ©es Â« modalitÃ©s Â»). On les organise ensuite selon un plan dâexpÃ©rience +adÃ©quat (plan complet, factoriel, optimisÃ©âŠ) quâon Ã©crit sous forme de matrice. +Des mÃ©thodes sont dÃ©jÃ disponibles pour rÃ©aliser ce type de plans sous +ISIS-Fish. Ils sont dÃ©crits ici mais libre Ã lâutilisateur dâÃ©crire ses propres +scripts si la mÃ©thode actuellement utilisÃ©e ne rÃ©pond pas Ã ses besoins. Voici +la description et le fonctionnement des scripts existants : ils nÃ©cessitent +l'Ã©criture de 3 types de fichiers : un script de plan d'analyse, une matrice +d'expÃ©rience et des fichiers paramÃštre : + +* *La matrice dâexpÃ©rience* est une matrice [expÃ©riences x paramÃštres] : chaque + colonne correspond Ã lâun des paramÃštres Ã modifier et chaque ligne contient + les modalitÃ©s des paramÃštres pour une expÃ©rience donnÃ©e. Les modalitÃ©s sont + codÃ©es par des entiers (-1 ;0 ;1 etc). Cette matrice est copiÃ©e dans un + fichier .txt sans en-tÃªte de colonnes ni de lignes. + +* *Les fichiers paramÃštres* : un fichier .txt par paramÃštre donnant la + correspondance entre la valeur de la modalitÃ© (-1 ;0 ;1) dans la matrice et la + valeur du paramÃštre. Ce paramÃštre peut Ãªtre un rÃ©el, une liste de rÃ©els, une + Ã©quationâŠ Si lâon nomme les modalitÃ©s â1 et 1, le fichier est de la forme + + - Pour un paramÃštre qui est une liste + +:: + + -1=0.5;0.8;0.9;0.11 + 1=0.5;0.11;0.15;0.41 + + - Pour un paramÃštre qui est une Ã©quation + +:: + + -1=if(condition = true) return 5 ; else return 3 ; + 1=if(condition = true) return 7 ; else return 3 ; + + - Pour un paramÃštre qui est un rÃ©el + +:: + + -1=0.8 + 1=1.2 + + - On peut aussi modifier les paramÃštres des rÃšgles de gestion...(voir + exemple). Il faut alors indiquer dans le .txt tous les paramÃštres public de + la rÃšgle. Attention pour certaines rÃšgles de gestion il faut dÃ©finir la + population, lâengin, la zone... ciblÃ©e par la rÃšgle dans les paramÃštres. + Pour ce faire il nâest pas possible dâÃ©crire le nom de la population, de la + zone... il faut dÃ©terminer le code correspondant qui est du genre + +:: + + fr.ifremer.isisfish.entities.Zone#1169028645767#0.37798185123822536 + + Pour cela on peut faire tourner une simulation avec la rÃšgle en question + correctement paramÃ©trÃ©e et aller voir dans les logs (fichier debug.txt dans + le mÃªme dossier que le .bat de lancement), ces codes sont inscrits Ã cotÃ© du + nom du paramÃštre au moment de lâinitialisation des rÃšgle de gestion. + +*Attention !!!!* dans ces fichiers la syntaxe est importante: + +* Pas dâespace +* Pas de Â« ; Â» Ã la fin des lignes +* Pas de Â« + Â» devant un chiffre quand il dÃ©signe une modalitÃ© (+1=NON ; 1=OUI) + +Les fichier matrix.txt et les fichiers paramÃštres.txt doivent Ãªtre placÃ©s *dans +un mÃªme dossier* de prÃ©fÃ©rence localisÃ© dans le dossier contenant le .bat de +lancement dâISIS-Fish (qui est la racine pour le logiciel). + +Exemple +~~~~~~~ + +On propose ici la matrice et les fichiers paramÃštres d'une analyse +de sensibilitÃ© sur les paramÃštres de croissance, capturabilitÃ©, selectivitÃ© et +la pÃ©riode de fermeture d'un cantonnement. + +`Fichiers parametres et matrice`_ + +.. _Fichiers parametres et matrice:: ../../downloads/Exemple_directory.zip + +*Le script de plan d'analyse* (Ã©crit Ã partir de lâÃ©diteur de scripts) +permet de rÃ©cupÃ©rer et modifier les valeurs des paramÃštres en fonction de la +matrice d'expÃ©rience pour chaque simulation. (Voir le manuel pour lâexplication +de la structure des scripts de plans dâanalyse.) + +On joint ici le script commentÃ© correspondant Ã l'analyse de sensibilitÃ© +prÃ©cÃ©dante. Le script contient les mÃ©thodes nÃ©cessaires Ã lire les fichiers +matrice.txt et les fichiers contenant les modalitÃ©s des paramÃštres. Il contient +aussi le code servant Ã modifier les valeurs de ces paramÃštres dans la base de +donnÃ©e (pour connaitre les mÃ©thodes permettant d'accÃ©der aux diffÃ©rents +paramÃštres de la base de donnÃ©e, se rÃ©fÃ©rer aux APIs). + +`Script d analyse de sensibilite`_ + +.. _Script d analyse de sensibilite:: ../../downloads/Exemple_PlanAnalyse.java + +Plans sequentiels : exemple de calibration par la mÃ©thode du simplexe +--------------------------------------------------------------------- + +Dans ce cas, les modalitÃ©s prises par les paramÃštres Ã la simulation suivante +dÃ©pendent des rÃ©sultats des simulations prÃ©cÃ©dentes. Il faut donc Ã©crire +lâalgorithme de calcul de ces nouvelles valeurs en fonction des rÃ©sultats de +simulation dans le script du plan dâanalyse. Il faut Ã©galement Ã©crire le code +permettant de modifier la valeur des paramÃštres pour la remplacer par la +nouvelle valeur calculÃ©e. + +Exemple +~~~~~~~ + +L'exemple reprend un script qui permet de calibrer deux paramÃštres (ici la +capturabilitÃ©) par la mÃ©thode du simplexe Ã pas variable Ã partir des +dÃ©barquements trimestriels. + +`Script de calibration`_ + +.. _Script de calibration:: ../../downloads/calibration.java + +Lancement d'un Plan d'analyse +----------------------------- + +Quand les scripts sont Ã©crits, câest tout simple ! + +Dans lâinterface de lancement de simulation on prÃ©pare sa simulation comme +dâhabitude Ã lâexception des rÃšgles de gestion : il ne faut pas charger une +rÃšgle si elle doit Ãªtre modifiÃ©e par le plan car elle sera ajoutÃ©e par le plan +dâanalyse Ã la suite des rÃšgles entrÃ©es dans lâinterface. On coche la case +Â« Utiliser le plan dâanalyse Â». On sÃ©lectionne le plan Exemple_PlanAnalyse ou +CalibrationExpeceq1q2 dans la liste dÃ©roulante. On remplit les paramÃštres du +plan et on lance la simulation. + +PS : Attention Ã bien vÃ©rifier les diffÃ©rentes Ã©tapes listÃ©es dans le Pense-BÃªte +sinon gare aux 500 simulations sans effectifs initiaux... ;-) + +Biblio intÃ©ressante +------------------- + +* Drouineau, H., MahÃ©vas, S., Pelletier, D. and Beliaeff, B. 2006. Assessing the + impact of different management options using ISIS-Fish: the French + Hake-Nephrops mixed fishery of the Bay of Biscay. Aquatic living resource, + 19 : 15-29. +* Saltelli, A., Tarantola, S., Campolongo, F. and Ratto, M. 2004. Sensitivity + Analysis in Practise. A guide to Assessing Scientific Models. J.W.&. Sons. pp. +* Kleijnen, J.P.C. 1998. Experimental Design for Sensitivity Analysis, + Optimization, and Validation of Simulations Models. In Handbook of simulation. + Principles, Methodology, Advances, Applications and Practise, pp. 173-224. Ed. + by Banks, J. Wiley, New York. Engeneering and Management Press. 864 pp. +* Walters, F.H., Parker, L.R., Morgan, S.L. and Deming, S.N. 1991. Sequential + Simplex optimization: a technique for improving quality and productivity in + research, development, and manufacturing (Chemometrics series). B.R. CRC Press + LLC. 402 pp. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/firstLaunch.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/firstLaunch.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/firstLaunch.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,27 @@ +Tutoriel : Utilisation d'ISIS-Fish (V3.2.0) pas Ã pas +===================================================== + +Ce tutoriel couvre tous les points d'ISIS, de la crÃ©ation d'une base Ã l'analyse +de sensibilitÃ©. Il n'est en aucun cas une documentation dÃ©taillÃ©e de +l'utilisation d'ISIS-Fish, mais une aide Ã travers les diffÃ©rentes Ã©tapes +d'utilisation du logiciel. Tous les points "classiques" sont censÃ©s Ãªtre +abordÃ©s, pour toutes les configurations complexes ou "exotiques", veuillez vous +rÃ©fÃ©rer au manuel utilisateur ou aux listes de diffusion. + +Le tutoriel est basÃ© sur des saisies d'Ã©cran commentÃ©es Ã la maniÃšre des bandes +dessinÃ©es. La lecture s'effectue de la mÃªme maniÃšre que dans ces derniÃšres : +Ordre des bulles : de gauche Ã droite et de haut en bas. Afin de simplifier les +Ã©crans et garantir l'ordre de lecture (et des opÃ©rations), les bulles ont Ã©tÃ© +numÃ©rotÃ©es. + +`Diaporama pour visualisation hors-ligne`_ + +Ce tutoriel est prÃ©sentÃ© sous la forme d'un diaporama. Pour lancer le diaporama, +cliquez sur "dÃ©marrer" en haut de la page. Pour atteindre un point particulier +de la prÃ©sentation, cliquez sur le lien correspondant ci-dessous : + +.. _Diaporama pour visualisation hors-ligne:: ../../downloads/demo.odp + + +.. TODO JC20100604 Make the links to each page + Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/parameterising.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/parameterising.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/parameterising.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,15 @@ +ParamÃ©trisation d'une pÃªcherie (Isis-3.1.3) +=========================================== + +Le document proposÃ© contient un exemple de paramÃ©trisation d'une pÃªcherie +imaginaire, afin d'aider Ã la prise en main du logiciel et la formulation des +hypothÃšses de modelisation sous une forme interprÃ©table par le logiciel. Il +contient Ã©galement des exemples de simulations. + +`Telecharger l exemple en PDF`_ + +`Telecharger la base zippee`_ + +.. _Telecharger l exemple en PDF:: ../../downloads/ExempleParametrisation.pdf + +.. _Telecharger la base zippee:: ../../downloads/Testparam.zip \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/useAPI.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/useAPI.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/useAPI.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,110 @@ +Tuto d'utilisation des API +========================== + +Avant tout il faut savoir, que toutes les valeurs saisies dans l'interface de +saisie par l'utilisateur sont stoquÃ©es dans les objets d'ISIS correspondants. +Pour modifier ces valeurs avant ou en cours de simulation, il faut connaitre +leur nature et leur structure, savoir comment y accÃ©der et les modifier. +Pour savoir comment y accÃ©der il faut connaitre les dÃ©pendances entre objets +(objets qui sont des attributs d'autres objets). Pour cela on consulte +l'architecture de la base de donnÃ©e ( `Modele ISIS-Fish`_ ) qui se reflÃšte dans +l'architecture de l'interface de saisie. + +Pour savoir comment passer d'un objet a un autre il faut connaitre les mÃ©thodes +appliquables aux objets : tout est dans l'API. + +Remarque : Il vaut mieux commencer par se familiariser avec les differents types +d'objets JAVA (double, boolean, string, integer, equation, matrix,...), les +attributs et les methodes (cf tutoriaux JAVA). + +Voici un exemple "pas Ã pas" pour le cas ou l'on voudrait modifier l'equation de +mortalitÃ© naturelle dans un plan d'analyse par exemple. On veut remplacer +provisoirement la valeur de la base par une autre. On crÃ©e un objet String +rempli avec l'autre valeur par exemple:: + + String mortalitenaturelle = "if (groupe.getId() == 0) return 1.5; else return 0.2;" + +Se poser la question : "Dans la base de donnÃ©e oÃ¹ se trouve la mortalitÃ© naturelle ?" +------------------------------------------------------------------------------------- + +RÃ©ponse : dans l'interface de saisie, elle est dans la branche "population" et +l'onglet "equations". +(au passage le titre de l'onglet nous renseigne sur le type d'objet auquel on a +affaire : ya de grandes chances pour que parmi la batterie d'objets possibles +(int, double, matrice...) la mortalitÃ© naturelle soit une equation ;-) ) + +En francais on dirait "dans population, va chercher l'objet equation de +mortalitÃ© naturelle, et attribut lui la valeur du string mortalitenaturelle", ya +pu qu'a le dire en java. + +Ouvrir la page des APIs +----------------------- + +Dans la colonne de gauche de l'API (sous "all classes") on cherche l'entite +"population" et on clique dessus. + +Les mÃ©thodes disponibles +------------------------ + +Toutes mÃ©thodes que l'on peut appliquer Ã un objet population (colonne de +droite) s'affichent , et le type d'objet qu'elles renvoient (colonne de gauche). + +c'est a dire que les lignes de commandes qu'on ecrira seront de la forme:: + + objet_renvoyÃ©_indiquÃ©_Ã _gauche nomObjet = population.methode_ecrite_Ã _droite(argument de la methode); + +Il y a surtout deux grands types de mÃ©thodes : + +* les mÃ©thodes "get" : qui vont chercher un objet +* les mÃ©thodes "set" : qui assignent une valeur a un objet. + +Dans notre exemple on veut changer l'equation de mortalitÃ© naturelle, c est donc +un set ! + +On cherche une mÃ©thode qui parle de mortalitÃ© naturelle... +---------------------------------------------------------- + +On trouve getNaturalDeathRate() qui renvoit un objet equation (c'est l'objet +equation qui contient la valeur de l'equation de mortalite naturelle remplie par +l'utilisateur) et setNaturalDeathRate(Equation naturalDeathRate) pour laquelle +on doit passer un objet equation (une equation de naturalDeathRate) en argument. + +(en cliquant sur le nom de la mÃ©thode on a une description sommaire de ce +qu'elle fait) + +setNaturalDeathRate() parait Ãªtre ce qu'on veut faire... +mais la mÃ©thode setNaturalDeathRate prend en argument une equation, on ne peut +donc pas faire:: + + pop.setNaturalDeathRate(mortalitenaturelle); + +puisque mortalitenaturelle n'est pas une equation mais un string. + + +CrÃ©er une Ã©quation +------------------ + +Du coup il faut trouver autre chose qui fasse le lien entre un string et une +equation. En cliquant sur "equation" dans la page d'API on tombe sur la page des +mÃ©thodes qui s'appliquent aux objets qui sont des equations. On trouve une +mÃ©thode .setContent(String ) qui prend en argument un string. Ca veut dire que +si on a une equation, on peut lui changer sa valeur en utilisant cette methode +avec un string en argument. +L'equation dont on veut changer la valeur on sait la rÃ©cupÃ©rer:: + + Equation eqMortalite = pop.getNaturalDeathRate(); + +L'objet eqMortalite est un objet equation:: + + eqMortalite.setContent(mortalitenaturelle); + +et lÃ on a le droit vu que mortalitenaturelle est un string et que la mÃ©thode +prend un string en argument. + +et voilÃ c'est fait ! + +remarque : on pourrait le faire en 1 ligne:: + + pop.getNaturalDeathRate().setContent(mortalitenaturelle); + +.. _Modele ISIS-Fish:: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/utilCaparmor.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/utilCaparmor.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials/utilCaparmor.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,33 @@ +Quelques commande utiles sur CAPARMOR (ou un autre supercalculateur) +==================================================================== + +Sur CAPARMOR quand vous Ãªtes loguÃ©s sous votre nom, +tous les fichiers de simulation sont dans le rÃ©pertoire isis-tmp + +Lire les logs +------------- + +En cas de plantage pour consulter les logs, lire le fichier simulation-sim...-output.txt:: + + cat simulation-sim...-output.txt + +Relancer les simulations d'un plan +---------------------------------- + +Si besoin de relancer les simus d'un plan (simu 5 Ã 10 par ex):: + + qsub -J 5-10 simulation-sim_...-script.seq + +RÃ©cupÃ©rer des rÃ©sultats rÃ©calcitrants +------------------------------------- + +Si la simulation s'est terminÃ©e mais les rÃ©sultats n'ont pas Ã©tÃ© rapatriÃ©s, il +faut rÃ©cupÃ©rer le fichier simulation-sim_...-result.zip en le copiant sur le +serveur d'Ã©change par exemple :: + + cp *-result.zip /home/navidad/partages/echange/sigrid + +Commandes Unix +-------------- +Une page web bien utile pour les commandes Unix en general : +http://www.infres.enst.fr/~danzart/unix_abrege.html#exemples \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/tutorials.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -0,0 +1,24 @@ +Liste des tutoriels +=================== + +* `Premiere utilisation d ISIS-Fish`_ +* `Exemple de parametrisation d une pecherie`_ +* `Les plans d analyse`_ +* `Tutoriaux JAVA`_ +* `Un site tres pedagogique pour apprendre a programmer en JAVA`_ +* `Comment utiliser les APIs`_ +* `Quelques commandes utiles pour les simulations sur CAPARMOR`_ + +.. _Premiere utilisation d ISIS-Fish:: tutorials/firstLaunch.html + +.. _Tutoriaux JAVA:: http://java.sun.com/docs/books/tutorial/ + +.. _Un site tres pedagogique pour programmer en JAVA:: http://www.siteduzero.com/tutoriel-3-10601-programmation-en-java.html + +.. _Quelques commandes utiles pour les simulations sur CAPARMOR:: tutorials/utilCaparmor.html + +.. _Les plans d analyse:: tutorials/analysisPlan.html + +.. _Exemple de parametrisation d une pecherie::tutorials/parameterising.html + +.. _Comment utiliser les APIs:: tutorials/useAPI.html Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst 2010-06-02 08:02:53 UTC (rev 3053) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/analysisPlan.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -42,7 +42,7 @@ Il est possible de dÃ©finir des attributs dans la classe qui seront automatiquement paramÃštrable par l'interface de sÃ©lection des plans -d'analyses. Ces attributs doivent commencer par le prÃ©fix **param_** +d'analyses. Ces attributs doivent commencer par le prÃ©fix **\param_** et Ãªtre soit de type primitif (String, int, double, ...), soit de type Date ou Mois, soit de type entitÃ© (Metier, StratÃ©gies, ...). @@ -90,8 +90,9 @@ RÃ©cupÃ©ration d'une simulation prÃ©cÃ©dente ======================================== -exemple:: - // reccupÃ©ration de la simulation n +Exemple:: + + // rÃ©cupÃ©ration de la simulation n SimulationStorage firstSim = context.getSimulation(n); ATTENTION : @@ -102,12 +103,10 @@ nextSimulation et lastSimulation selon que l'on est en beforeSimulation ou en afterSimulation. - - RÃ©cupÃ©ration des rÃ©sultats d'une simulation =========================================== -exemple:: +Exemple:: ResultStorage results = sim.getResultStorage(); MatrixND n = results.getMatrix(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); @@ -115,17 +114,17 @@ Modification de la base de donnÃ©es pour la prochaine simulation =============================================================== -exemple:: +Exemple:: TopiaContext db = nextSimulation.getStorage(); MetierDAO dao = IsisFishDAOHelper.getMetierDAO(db); Metier metier = dao.findByName("Mon metier"); metier.setGearParameterValue("30"); -Exemple de mÃ©thode next qui modifie le paramÃštre de l'engin -=========================================================== +MÃ©thode next qui modifie le paramÃštre de l'engin +================================================ -:: +Exemple:: public boolean next(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception { String [] values = new String[]{"10", "20", "30"}; @@ -149,27 +148,32 @@ du paramÃštre controlable de l'engin pour le mÃ©tier *Mon metier*. Une fois ces trois simulations faites le plan s'arrÃªtera. -Des tutoriaux et exemples de plans d'analyse pour l'analyse de sensibilitÃ© et la calibration -============================================================================================ -sont disponibles : +Tutoriaux et exemples de plans d'analyse pour l'analyse de sensibilitÃ© et la calibration +======================================================================================== -http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual/tuto/PlanAnalyse +Tutoriaux_ -Pense bÃªte : avant de lancer un plan d'analyse -============================================== +.. _Tutoriaux::tuto/PlanAnalyse.html -vÃ©rifier: +Pense bÃªte avant de lancer un plan d'analyse +============================================ +VÃ©rifier: + * Les effectifs initiaux -* la prÃ©sence des rÃšgles de gestion (non ajoutÃ©es par le plan) +* La prÃ©sence des rÃšgles de gestion (non ajoutÃ©es par le plan) -* Le nom de la simu +* Le nom de la simulation -remarque : Il peut etre pratique si on suit une matrice d'expÃ©rience de faire figurer dans le nom le numero de la premiere ligne lancÃ©e : exemple "planMPA_54" si on lance le plan a partir de la ligne 54 de la matrice, isis appelera la premiere simu "planMPA_54 2008-11-13-16-50_0" et en sommant les 2 chiffres on retrouve ... le numero de la ligne, pratique pour l'exploitation des rÃ©sultats. +Remarque : Il peut etre pratique si on suit une matrice d'expÃ©rience de faire +figurer dans le nom le numero de la premiere ligne lancÃ©e : exemple "planMPA_54" +si on lance le plan a partir de la ligne 54 de la matrice, isis appelera la +premiÃšre simu "planMPA_54 2008-11-13-16-50_0" et en sommant les 2 chiffres on +retrouve ... le numero de la ligne, pratique pour l'exploitation des rÃ©sultats. -* vÃ©rifier les paramÃštres du plan : en particulier qu on a bien entrÃ© la ligne de la matrice d'expÃ©rience Ã laquelle commencer les simulations ou encore le chemin d'acces aux fichiers Ã charger +* Les paramÃštres du plan : en particulier qu'on a bien entrÃ© la ligne de la matrice d'expÃ©rience Ã laquelle commencer les simulations ou encore le chemin d'accÃšs aux fichiers Ã charger -* que les resultats a exporter et sauvegarder sont selectionnÃ©s et que le repertoire d'export est correct +* Que les resultats Ã exporter et sauvegarder sont selectionnÃ©s et que le repertoire d'export est correct -* enfin verifier la duree de simulation et c'est parti ! +* La durÃ©e de simulation et c'est parti ! Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-06-02 08:02:53 UTC (rev 3053) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -11,6 +11,7 @@ + `Editeur de script`_ + `Queue de simulation`_ - `Plan d experience-Plan d analyse`_ +- `Analyses de sensibilite`_ .. _Introduction:: userManual/introduction.html .. _Interface utilisateur:: userManual/GUI.html @@ -20,4 +21,5 @@ .. _Rendu des resultats:: userManual/results.html .. _Editeur de script:: userManual/scripts.html .. _Queue de simulation:: userManual/queue.html -.. _Plan d experience-Plan d analyse:: userManual/analysisPlan.html \ No newline at end of file +.. _Plan d experience-Plan d analyse:: userManual/analysisPlan.html +.. _Analyses de sensibilite:: ../downloads/manuel_sensitivity.pdf \ No newline at end of file Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-02 08:02:53 UTC (rev 3053) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) @@ -21,9 +21,7 @@ <body> <links> <item name="Ifremer" href="http://www.ifremer.fr/"/> - <item name="Code Lutin" href="http://www.codelutin.com/"/> <item name="Site scientifique" href="http://www.ifremer.fr/isis-fish/index.html"/> - <item name="Labs" href="http://labs.libre-entreprise.org/projects/isis-fish"/> <item name="[fr" href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/index.html"/> <item name="en]" href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/en/index.html"/> </links> @@ -35,8 +33,8 @@ <item name="Documentation" href=""> <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/> - <item name="Tutoriaux" href=""/> - <item name="FAQ" href=""/> + <item name="Tutoriaux" href="documentation/tutorials.html"/> + <item name="FAQ" href="documentation/FAQ.html"/> <item name="Manuel développeur" href=""/> <item name="Documentation des APIs" href=""/> <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/>

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r3053 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 2, 2010

June 2, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-02 08:02:53 +0000 (Wed, 02 Jun 2010) New Revision: 3053 Log: Remove debug output Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-06-02 08:02:12 UTC (rev 3052) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-06-02 08:02:53 UTC (rev 3053) @@ -1146,19 +1146,4 @@ this.aliases = aliases; } } - - @Override - public void saveForUser(String... excludeKeys) { - - System.out.println("******************************************"); - System.out.println("******* ******"); - System.out.println("******************************************"); - System.out.println("******* SAVE FOR USER ******"); - System.out.println("******************************************"); - System.out.println("******* *****"); - System.out.println("******************************************"); - super.saveForUser(excludeKeys); - } - - }

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r3052 - isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 2, 2010

June 2, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-02 08:02:12 +0000 (Wed, 02 Jun 2010) New Revision: 3052 Log: Perte de configuration, ajout d'un fixme Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-06-02 07:54:00 UTC (rev 3051) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisConfig.java 2010-06-02 08:02:12 UTC (rev 3052) @@ -923,7 +923,11 @@ } } if (mustSave) { + + // FIXME EC-20100602 this save for user and configuration can be + // lost when multiple instance are launched at same time !!! saveForUser(); + if (log.isInfoEnabled()) { log.info("Config file migration done"); } @@ -1142,4 +1146,19 @@ this.aliases = aliases; } } + + @Override + public void saveForUser(String... excludeKeys) { + + System.out.println("******************************************"); + System.out.println("******* ******"); + System.out.println("******************************************"); + System.out.println("******* SAVE FOR USER ******"); + System.out.println("******************************************"); + System.out.println("******* *****"); + System.out.println("******************************************"); + super.saveForUser(excludeKeys); + } + + }

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r3051 - isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 2, 2010

June 2, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-02 07:54:00 +0000 (Wed, 02 Jun 2010) New Revision: 3051 Log: Update devel doc for usb key creation Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst 2010-06-02 07:37:28 UTC (rev 3050) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst 2010-06-02 07:54:00 UTC (rev 3051) @@ -8,6 +8,9 @@ * Faire un checkout anonyme du tag correspondant dans le dosssier dezippé * Ajouter les base de données * Ajouter les simulations de référence +* Ajouter les regles specifiques +* Ajouter les export spécifiques +* Ajouter les fichiers de paramêtres des règles Configuration -------------

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r3050 - isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel
by chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org June 2, 2010

June 2, 2010

Author: chatellier Date: 2010-06-02 07:37:28 +0000 (Wed, 02 Jun 2010) New Revision: 3050 Log: Add devel doc for usb key creation Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/v3/devel/usbkey.rst 2010-06-02 07:37:28 UTC (rev 3050) @@ -0,0 +1,29 @@ +Installation d'Isis sur clé USB +=============================== + +Procedure +--------- + +* Dézipper isis-fish-w.x.y.z-bin.zip +* Faire un checkout anonyme du tag correspondant dans le dosssier dezippé +* Ajouter les base de données +* Ajouter les simulations de référence + +Configuration +------------- + +Le fichier de configuration doit être placé dans le répertoire de lancemenent +et avoir son nom par défaut pour que ApplicationConfig le charge dans +le dossier courant. + +Cela fonctionne également pour les simulations en sous processus car elle +trouve également ce fichier. + +Il doit contenir (3.3.y.z) :: + + database.directory=isis-database-3 + user.name=mexicouser + vcs.protocol=svn + vcs.username=anonymous + compilation.directory=isis-build + monitoring.directory=isis-monitoring \ No newline at end of file

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