May 2013 - Isis-fish-community-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r28 - trunk/rules
by loic＠users.forge.codelutin.com 02 May '13

02 May '13

Author: loic Date: 2013-05-02 18:53:01 +0200 (Thu, 02 May 2013) New Revision: 28 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-community/repository/revision… Log: gravity_VPUE Added: trunk/rules/GraviteVPUE1_Ponderation.java Added: trunk/rules/GraviteVPUE1_Ponderation.java =================================================================== --- trunk/rules/GraviteVPUE1_Ponderation.java (rev 0) +++ trunk/rules/GraviteVPUE1_Ponderation.java 2013-05-02 16:53:01 UTC (rev 28) @@ -0,0 +1,337 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package rules; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + +import scripts.ResultName; +import scripts.SiMatrix; + +import java.util.Arrays; +import java.util.List; +import java.util.Collection; + +import org.nuiton.math.matrix.*; + +import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.types.Month; +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; +import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; + +/** + * GraviteVPUE1_Ponderation.java + * + * Created: 26 aout 2008 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 257 $ + * + * Last update: $Date: 2011-07-08 15:04:29 +0200 (ven., 08 juil. 2011) $ + * by : $Author: 2SY- Sigrid+Youen+Stephanie $ + */ +public class GraviteVPUE1_Ponderation extends AbstractRule { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(GraviteVPUE1_Ponderation.class); + + ////Essai de passage de alpha en paramÃƒÂ¨tre de la rÃƒÂ¨gle. + @Doc("fishers behaviour parameter (between 0 and 1)") + public double param_alpha = 0; + + /** stocke la somme des prop initiales [str x month] */ + private MatrixND SommePropInitial = null; + /** stocke par strat*met, la derniÃƒÂ¨re attractivite pour chaque mois [str x met x month] */ + + /** permet de stocker les CPUE nominales [str x met] */ + private MatrixND valuePerUnitOfEffort = null; + + /** declare here all the parameters describing the different scenarios investigated; */ + //public double alpha; //fishers behaviour parameter; + + public String[] necessaryResult = { + // put here all necessary result for this rule + // example: + // ResultName.MATRIX_BIOMASS, + // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, + //ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET, + ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET, // garder la , + + }; + + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + /** + * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. + * @return L'aide ou la description de la regle + */ + @Override + public String getDescription() throws Exception { + return _("Calcule les proportion par metier chaque mois en fonction de la VPUE du metier l'annee precedante"); + /*"HYPOTHESES GRAVITE" + " attention cette rÃƒÂ¨gle doit toujours ÃƒÂªtre mise avant les mesures de gestion"+ + " si pour un metier Effort(metier annee-1,mois) = 0 et propinitiale (metier, mois) !=0 (ie metier potentiellement pratique), alors "+ + on remet propInitiale pour tous les metiers (premiere vue complete pour tous les metiers de la strategie - GraviteVPUE1_Ponderation-, une alternative + pourrait ÃƒÂªtre de chercher lapremiere annee avant annee -1 pour laquelle le metier, ayant une propInitiale non nulle , aurait une VPUE (metier,mois) non nulle + et recuperer la propStr (metier,mois) pour cette annee et on l'affecte annee courante - mois, les autres metiers se partageant la proportion d'effort restante + en fonction de leur VPUE - graviteVPUE2-, une alternative pourrait etre de chercher la premiere annee avant annee -1 pour laquelle tous les metiers, + ayant une propInitiale non nulle, auraient eu une propStr non nulle, (surement difficile a trouver) - - graviteVPUE3- d'autres hypothÃƒÂ¨ses pourraient etre envisagees) + "*/ + } + + /** + * function used to initialise MatrixND to NaN double + */ + private MapFunction nanFunction = new MapFunction() { + @Override + public double apply(double value) { + return Double.NaN; + } + }; + + /** + * Appele au demarrage de la simulation, cette methode permet d'initialiser + * des valeurs + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + */ + @Override + public void init(SimulationContext context) throws Exception { + TimeStep step = new TimeStep(0); + + List<Strategy> strs = SiMatrix.getSiMatrix(context).getStrategies(step); + List<Metier> metiers = SiMatrix.getSiMatrix(context).getMetiers(step); + List<Month> months = Arrays.asList(Month.MONTH); + + SommePropInitial = MatrixFactory.getInstance().create( + "SommePropInitial", new List[] { strs, months }, + new String[] { "Strategies", "Months" }); + SommePropInitial.map(nanFunction); + + valuePerUnitOfEffort = MatrixFactory.getInstance().create( + "ValuePerUnitOfEffort", new List[] { strs, metiers }, + new String[] { "Strategies", "Metiers" }); + valuePerUnitOfEffort.map(nanFunction); + + for (Strategy str : strs) { + List<Metier> strMetiers = SiMatrix.getSiMatrix(context).getMetiers( + str, step); + List<StrategyMonthInfo> infos = str.getStrategyMonthInfo(); + for (StrategyMonthInfo info : infos) { + double somme = 0; + for (Metier strMetier : strMetiers) { + somme += info.getProportionMetier(strMetier); + } + // FIXME soit on somme pour toutes les str le meme metier; donc pas de notion de str.getName dans la cle + // soit pour une str on somme tous ces metiers (mais ce doit etre 1; donc pas de notion de metier.getName dans la cle + SommePropInitial.setValue(str, info.getMonth(), somme); + } + } + + /** Setting the different scenarios parameters; */ + //fishers behavior: alpha varies between 0 (fully static) to 1 (fully dynamic); + //alpha = 0.5; + + } + + /** + * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concerne + * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites + */ + @Override + public boolean condition(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + // Il faut etre au moins au deuxieme pas de temps. + return step.getYear() > 0; + } + + // Booleen permettant que ne boucler que sur un seul metier dans la preaction : + boolean first = true; + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee avant le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context la simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concerne + */ + @Override + public void preAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) + throws Exception { + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("first = " + first + "step:" + step); + } + //log.info("first = " + first + " ,on passe dans la preaction ?"); + if (first) { // on passe dans preaction pour la premiere fois + //log.info("Oui, preaction : "); + + List<Strategy> strs = SiMatrix.getSiMatrix(context).getStrategies( + step); + //List<Population> populations = SiMatrix.getSiMatrix(context) + // .getPopulations(date); + ResultStorage resultmanager = context.getSimulationStorage() + .getResultStorage(); + + ////////Initialisation des matrices qui resultent de la simulation//////////////////////////////////////////////////////////// + + //Calcul de l effort nominal par strategy met + MatrixND EffortNominalPerStrMet = null; + EffortNominalPerStrMet = resultmanager.getMatrix(step.previousYear(), + ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET); + //System.out.println("EffortNominalPerStrMet calculee " + // + EffortNominalPerStrMet); + + //on commence par creer une matrice de valeurs (somme sur ttes les especes capturees) par strategie met + MatrixND GrossValuePerStrMet = null; + GrossValuePerStrMet = resultmanager.getMatrix(step.previousYear(), + ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET); + + //System.out.println("GrossValuePerStrMet calculee " + GrossValuePerStrMet); + + //ajouter pour tous les metiers les valeurs liees aux autres espÃƒÂ¨ces calculees par modele lineaire + + ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// + valuePerUnitOfEffort.map(nanFunction); //reinitialisation avant calcul pour date + + for (Strategy str : strs) { + + //log.info("INFO: Boucle creation valuePerUnitEffort : " + str.getName()); + // log.info("Boucle creation catchperuniteffort : "+ str.getName()); + StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(step.getMonth()); + StrategyMonthInfo smi_1 = str.getStrategyMonthInfo(step.previousYear().getMonth()); + Collection<EffortDescription> strMet = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(); + //SiMatrix.getSiMatrix(context).getMetiers(str, date); + + // boucle pour tester s'il existe un metier pour lequel effort(metier)=0 et PropInitiale(metier)=0 (Condition) + boolean testCondition = false; + double somme = 0;//initialisation de la somme des VPUE des metiers de la strategie + + for (EffortDescription ed : strMet) { + Metier strMetier = ed.getPossibleMetiers(); + //log.info("Pour str=" + str.getName() + " et metier=" + strMetier.getName()); + double effort = EffortNominalPerStrMet.getValue(str,strMetier); + // on teste effort pour le calcul des VPUE + // si effort != 0 , valeur/effort + //sinon (effort =0) , deux cas de figure : + // 1. soit propInitiale =0 pour ce metier et dans ce cas VPUE =0 et ca ne doit pas impacter le calcul de la gravite pour les autres metiers de str + // 2. soit propInitiale! =0 et dans ce cas, on mettra PropInitiale pour tous les metiers de str + if (effort > 0) {// a peche au mois, annee-1 + //on recupere la capture tot + double value = GrossValuePerStrMet.getValue(str,strMetier); + //log.debug("DEBUG: value : " + value); + //log.debug("DEBUG: effort : " + effort); + double vpue = value / effort; + valuePerUnitOfEffort.setValue(str, strMetier, vpue); + //log.info("value/effort= " + vpue); + somme += value / effort; + } else if ((effort == 0) + & (smi.getProportionMetier(strMetier) == 0)) {// n'a jamais pÃƒÂªche avec ce metier + valuePerUnitOfEffort.setValue(str, strMetier, 0); + //log.info("n'a jamais pÃƒÂªche avec ce metier"); + } else {// n'a pas peche au mois, annee -1, mais avait une prop d'effort non nul a l'annee=0 + testCondition = true;// ie somme est incomplÃƒÂ¨te mais pas grave car on mettra PropInitiale a tous les metiers + //log.info("n'a pas peche au mois, annee -1, mais avait une prop d'effort non nul a l'annee=0"); + } + } + //log.info("testCondition pour str" + str.getName() + // + ":" + testCondition); + // A partir des VPUE stockees dans valuePerUnitOfEffort, on calcule la gravite + double newProp=0.0; + double newProp2=0.0; + //log.info("A partir des VPUE stockees dans valuePerUnitOfEffort, on calcule la gravite"); + if (!testCondition) { + double SommeVPUEstrat = somme; + //System.out.println("SommeVPUEstrat=" + SommeVPUEstrat); + for (EffortDescription ed : strMet) { + Metier strMetier = ed.getPossibleMetiers(); + //System.out.println("PropStrInitiale(metier=" + // + strMetier.getName() + ")" + // + smi.getProportionMetier(strMetier)); + //System.out.println("SommePropInitial.getValue(str, date.getMonth()=" + // + SommePropInitial.getValue(str, date + // .getMonth())); + //System.out.println("valuePerUnitOfEffort.getValue(str, strMetier)" + // + valuePerUnitOfEffort.getValue(str, + // strMetier)); + // si le profit anticipe pour une strategie est negatif ou nul, on abandonne cette strategie + if (SommeVPUEstrat <= 0.0) { + newProp=0.0; + newProp2=0.0; + } else { + // VPUE du metier / VPUE de la strategie + newProp = valuePerUnitOfEffort.getValue(str,strMetier) / SommeVPUEstrat; //Ce sont bien les VPUE de l'annee precedente (step.PreviousYear() dans l'appel) + // Allocation de l'annee precedente + newProp2 = smi_1.getProportionMetier(strMetier); + } + //System.out.println("newProp(metier=" + // + strMetier.getName() + ")" + newProp); + // L'allocation de l'effort a un metier vient a hauteur de param_alpha de newProp et a hauteur de 1-param_alpha de l'allocation de l'anne precedente + smi.setProportionMetier(strMetier,param_alpha*newProp+(1-param_alpha)*newProp2); + //System.out.println("PropStrNouvelle(metier=" + // + strMetier.getName() + ")" + // + smi.getProportionMetier(strMetier)); + } + } + // else ie on met propInitiale dans PropStr(str,annee,mois) + // rien n'a faire car au debut de chaque pas de temps, PropStr + // est par defaut initialise a la valeur de la base de donnees (val initiales) + + }//fin de boucle sur strategy + + first = false; + + }// fin de first= true + + if (log.isDebugEnabled()) { + log.debug("fin Gravite CPUEAction avant"); + } + + } + + ///////////////////////////////fin Gravite CPUEAction avant//////////////////////////// + + /** + * Si la condition est vrai alors cette action est executee apres le pas + * de temps de la simulation. + * + * @param context La simulation pour lequel on utilise cette regle + * @param step le pas de temps courant + * @param metier le metier concerne + */ + @Override + public void postAction(SimulationContext context, TimeStep step, Metier metier) throws Exception { + first = true; + } +}

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r27 - trunk/exports
by loic＠users.forge.codelutin.com 02 May '13

02 May '13

Author: loic Date: 2013-05-02 18:52:28 +0200 (Thu, 02 May 2013) New Revision: 27 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-community/repository/revision… Log: export_biomasse_feconde Added: trunk/exports/BiomasseFeconde.java Added: trunk/exports/BiomasseFeconde.java =================================================================== --- trunk/exports/BiomasseFeconde.java (rev 0) +++ trunk/exports/BiomasseFeconde.java 2013-05-02 16:52:28 UTC (rev 27) @@ -0,0 +1,96 @@ +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package exports; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + +import java.io.Writer; + +import org.nuiton.math.matrix.*; + +import scripts.ResultName; + +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.export.Export; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; + +/** + * Biomasses.java + * + * Created: 23 novembre 2006 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: $ + * + * Last update: $Date: 28/08/2012$ + * by : $Author:lgasche $ + */ +public class BiomasseFeconde implements Export { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(BiomasseFeconde.class); + + protected String [] necessaryResult = { + ResultName.MATRIX_BIOMASS + }; + + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + @Override + public String getExportFilename() { + return "BiomasseFeconde"; + } + + @Override + public String getExtensionFilename() { + return ".csv"; + } + + @Override + public String getDescription() { + return _("Exporte les biomasses fecondes, tableau avec des lignes pop;id;zone;date;nombre"); + } + + @Override + public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { + for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { + MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(pop, ResultName.MATRIX_BIOMASS); + for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) { + i.next(); + Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); + TimeStep step = (TimeStep)sems[0]; + PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; + Zone zone = (Zone)sems[2]; + + double val = i.getValue()* group.getMaturityOgive(); + out.write(pop.getName() +";"+ group.getId() +";"+ zone.getName() +";"+ step.getStep() +";"+ val +"\n"); + } + } + } +}

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r26 - trunk/exports
by echatellier＠users.forge.codelutin.com 02 May '13

02 May '13

Author: echatellier Date: 2013-05-02 16:59:39 +0200 (Thu, 02 May 2013) New Revision: 26 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-community/repository/revision… Log: Mise ?\195?\160 jour de la date de copyright Modified: trunk/exports/MortalitePecheGroupe.java Modified: trunk/exports/MortalitePecheGroupe.java =================================================================== --- trunk/exports/MortalitePecheGroupe.java 2012-12-20 11:01:12 UTC (rev 25) +++ trunk/exports/MortalitePecheGroupe.java 2013-05-02 14:59:39 UTC (rev 26) @@ -1,107 +1,107 @@ -/* - * #%L - * IsisFish data - * %% - * Copyright (C) 2006 - 2011 Ifremer, CodeLutin - * %% - * This program is free software: you can redistribute it and/or modify - * it under the terms of the GNU General Public License as - * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the - * License, or (at your option) any later version. - * - * This program is distributed in the hope that it will be useful, - * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of - * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the - * GNU General Public License for more details. - * - * You should have received a copy of the GNU General Public - * License along with this program. If not, see - * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. - * #L% - */ -package exports; - -import org.apache.commons.logging.Log; -import org.apache.commons.logging.LogFactory; - -import java.io.Writer; - -import static org.nuiton.i18n.I18n._; -import org.nuiton.math.matrix.*; - -import scripts.ResultName; - -import fr.ifremer.isisfish.entities.*; -import fr.ifremer.isisfish.export.Export; -import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; -import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; - -/** - * FishingMortality.java - * - * Created: 19 Avril 2012 - * - * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> - * @version $Revision: 0.1 $ - * - * Last update: $Date: 0000-00-00 00:00:00 $ by : $Author: $ - */ -public class MortalitePecheGroupe implements Export { - - /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ - static private Log log = LogFactory.getLog(MortalitePecheGroupe.class); - - protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP, - ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP, - ResultName.MATRIX_ABUNDANCE, - }; - - @Override - public String[] getNecessaryResult() { - return this.necessaryResult; - } - - @Override - public String getExportFilename() { - return "MortalitePecheGroupe"; - } - - @Override - public String getExtensionFilename() { - return ".csv"; - } - - @Override - public String getDescription() { - return _("Exporte la mortalite par peche par groupe et par population de la simulation (Fgroup par an calcule en decembre)"); - } - - @Override - public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) - throws Exception { - TimeStep lastStep = simulation.getResultStorage().getLastStep(); - - for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { -// for (PopulationGroup group : pop.getPopulationGroup()) { // Rajouter une boucle sur les groupes ?? - for (TimeStep step = new TimeStep(0); !step.after(lastStep); step = step.next()) { - - MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(step, - pop, ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP); // group - - if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation - for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { - i.next(); - Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); - PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; - double val = i.getValue(); - - out.write(pop.getName() + ";" + step.getStep() + ";" + group.getAge() + ";" + val + "\n"); // + ";" + group.getAge() - } - } - } - //} - } - } - } - - +/* + * #%L + * IsisFish data + * %% + * Copyright (C) 2006 - 2013 Ifremer, CodeLutin + * %% + * This program is free software: you can redistribute it and/or modify + * it under the terms of the GNU General Public License as + * published by the Free Software Foundation, either version 2 of the + * License, or (at your option) any later version. + * + * This program is distributed in the hope that it will be useful, + * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + * GNU General Public License for more details. + * + * You should have received a copy of the GNU General Public + * License along with this program. If not, see + * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-2.0.html>. + * #L% + */ +package exports; + +import org.apache.commons.logging.Log; +import org.apache.commons.logging.LogFactory; + +import java.io.Writer; + +import static org.nuiton.i18n.I18n._; +import org.nuiton.math.matrix.*; + +import scripts.ResultName; + +import fr.ifremer.isisfish.entities.*; +import fr.ifremer.isisfish.export.Export; +import fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep; +import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; + +/** + * FishingMortality.java + * + * Created: 19 Avril 2012 + * + * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> + * @version $Revision: 0.1 $ + * + * Last update: $Date: 0000-00-00 00:00:00 $ by : $Author: $ + */ +public class MortalitePecheGroupe implements Export { + + /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ + static private Log log = LogFactory.getLog(MortalitePecheGroupe.class); + + protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP, + ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP, + ResultName.MATRIX_ABUNDANCE, + }; + + @Override + public String[] getNecessaryResult() { + return this.necessaryResult; + } + + @Override + public String getExportFilename() { + return "MortalitePecheGroupe"; + } + + @Override + public String getExtensionFilename() { + return ".csv"; + } + + @Override + public String getDescription() { + return _("Exporte la mortalite par peche par groupe et par population de la simulation (Fgroup par an calcule en decembre)"); + } + + @Override + public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) + throws Exception { + TimeStep lastStep = simulation.getResultStorage().getLastStep(); + + for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) { +// for (PopulationGroup group : pop.getPopulationGroup()) { // Rajouter une boucle sur les groupes ?? + for (TimeStep step = new TimeStep(0); !step.after(lastStep); step = step.next()) { + + MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(step, + pop, ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP); // group + + if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation + for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { + i.next(); + Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); + PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; + double val = i.getValue(); + + out.write(pop.getName() + ";" + step.getStep() + ";" + group.getAge() + ";" + val + "\n"); // + ";" + group.getAge() + } + } + } + //} + } + } + } + +

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