
-1=0.00008
1=0.008

-1=0;5;7.2;10.2;13.9;17.4;20.4;23.2;25.6
1=0;9.2;12.2;15.9;19.4;21.4;25.2;27.6;47

1;1;1;1;1
1;1;1;1;-1
1;1;1;-1;1
1;1;-1;1;1
1;-1;1;1;1
-1;1;1;1;1
-1;-1;1;1;1
-1;1;-1;1;1
-1;1;1;-1;1
-1;1;1;1;-1
1;-1;-1;1;1
1;-1;1;-1;1
1;-1;1;1;-1
1;1;-1;-1;1
1;1;-1;1;-1
1;1;1;-1;-1
-1;-1;-1;1;1
-1;-1;1;-1;1
-1;1;-1;-1;1
-1;1;1;-1;-1
-1;1;-1;1;-1
-1;-1;1;1;-1
1;-1;1;-1;-1
1;-1;-1;1;-1
1;-1;-1;-1;1
1;1;-1;-1;-1
-1;-1;-1;-1;1
-1;1;-1;-1;-1
-1;-1;1;-1;-1
-1;-1;-1;1;-1
1;-1;-1;-1;-1
-1;-1;-1;-1;-1

-1=if (group == null) return 18.4;else if (group.getId() == 0) return 0.60;else if (group.getId() < 3) return 0.62;else return 0.04;
1=if (group == null) return 55.3;else if (group.getId() == 0) return 0.95; else if (group.getId() < 3) return 0.92;else return 0.34;

-1=if (group.getLength()<=15.5) return 0.0;else if (group.getLength()<=18.7) return 0.25;else if (group.getLength()<=21.9) return 0.62;else if (group.getLength()<=31.5) return 0.80;else return 1;
1=if (group.getLength()<=15.5) return 0.20;else if (group.getLength()<=18.7) return 0.37;else if (group.getLength()<=21.9) return 0.94;else if (group.getLength()<=31.5) return 1;else return 1;

-1=if (group.getLength()<=4.9) return 0.0;else if (group.getLength()<=7)return  0.06;else if (group.getLength()<=9.3)return  0.69;else if (group.getLength()<=10.2)return 0.05;else return  0;
1=if (group.getLength()<=4.9) return 0.0;else if (group.getLength()<=7)return  0.09;else if (group.getLength()<=9.3)return  0.99;else if (group.getLength()<=10.2)return  0.07;else return  0;

-1=if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=50) return (1/(1+(Math.exp(-2.04*(group.getLength()-11.82)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=60) return (1/(1+(Math.exp(-2.45*(group.getLength()-17.74)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=70) return (1/(1+(Math.exp(-2.86*(group.getLength()-16.56)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=80) return (1/(1+(Math.exp(-3.27*(group.getLength()-18.92)))));else return  1;
1=if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=50) return (1/(1+(Math.exp(-2.04*(group.getLength()-17.74)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=60) return (1/(1+(Math.exp(-2.45*(group.getLength()-21.288)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=70) return (1/(1+(Math.exp(-2.86*(group.getLength()-24.84)))));else if (metier.getGearParameterValueAsDouble()<=80) return (1/(1+(Math.exp(-3.27*(group.getLength()-28.38)))));else return  1;

-1=if (group.getLength()<=16.2) return 0.0;else if (group.getLength()<=19.3) return 0.30;else if (group.getLength()<=23) return 0.22;else if (group.getLength()<=30) return 0.20;else return 0;
1=if (group.getLength()<=16.2) return 0.0;else if (group.getLength()<=19.3) return 0.456;else if (group.getLength()<=23) return 0.52;else if (group.getLength()<=30) return 0.30;else return 0;

-1=if (group.getLength()<=12) return 0;else if (group.getLength()<=18) return 0.25;else if (group.getLength()<=28.25) return 0.25;else if (group.getLength()<=38) return 0.30;else return 0;
1=if (group.getLength()<=12) return 1;else if (group.getLength()<=18) return 0.73;else if (group.getLength()<=28.25) return 0.37;else if (group.getLength()<=38) return 0.45;else return 0;

-1=if (group.getLength()<=12) return 0;else if (group.getLength()<=18) return 0.25;else if (group.getLength()<=28.25) return 0.25;else if (group.getLength()<=38) return 0.31;
1=if (group.getLength()<=12) return 1;else if (group.getLength()<=18) return 0.37;else if (group.getLength()<=28.25) return 0.37;else if (group.getLength()<=38) return 0.46;else return 0;

-1=0.07;0.14;0.046;0.8;0.06;0.15
1=0.11;0.21;0.07;1.2;0.09;0.226

package analyseplans;

import static org.codelutin.i18n.I18n._;

import org.apache.commons.logging.Log;
import org.apache.commons.logging.LogFactory;

import scripts.ResultName;

import java.io.*;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.Writer;
import java.util.*;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collection;
import java.util.Collections;
import java.util.HashMap;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.util.Properties;

import org.codelutin.math.matrix.*;
import org.codelutin.util.*;
import org.codelutin.topia.*;

import fr.ifremer.isisfish.*;
import fr.ifremer.isisfish.types.*;
import fr.ifremer.isisfish.rule.Rule;
import fr.ifremer.isisfish.rule.RuleHelper;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlan;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext;
import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.RuleStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;

/**
 * Sensibility.java
 *
 * Created: 21 décembre 2008
 *
 * @author HUSSEIN chirine <m475chi@yahoo.fr>
 *
 */
public class Sensibility implements AnalysePlan {

    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
    static private Log log = LogFactory.getLog(Sensibility.class);

    static private final String MATRIX = "matrix"; /// Le fichier est donc matrix.txt
    static private final String VBGF = "growth";
    static private final String SELECTIVITY = "selectivity";
    static private final String SELECTIVITYFiletMer = "selectivityFiletMer";
    static private final String SELECTIVITYFiletEtang = "selectivityFiletEtang";
    static private final String SELECTIVITYLignecote = "selectivityLignecote";
    static private final String SELECTIVITYLigneemb = "selectivityLigneemb";
    static private final String SELECTIVITYChalut = "selectivityChalut";
    static private final String SELECTIVITYHarpon = "selectivityHarpon";
    static private final String CATCHABILITY = "capturabilite";
    static private final String MORTALITY = "mortalite";
    static private final String STANDARDISATION = "standardisation";
	    //static private final String AMP = "amp";
    //static private final String AMP1 = "ampRPrepro_Lignecote";
    //static private final String AMP2 = "ampRPrepro_FiletMer"; 
    ///////////* completer ici avec tous les fichiers .txt des amp
        
    public int param_parameterNumber = 5; /// ce paramètre n'est normalement pas modifié
    public int param_first = 0; /// on utilise ce paramètre pour indiquer à quelle ligne 
                /// de la matrice on doit commencer à faire tourner les simulations au cas où on ait dû interompre le plan
    public int param_simulationNumber = 32;/// ce paramètre n'est normalement pas modifié 
    public String param_directory = "C:/Documents and Settings/hussein/Bureau/isis-fish-3.1.3/isis-fish-3.1.3/fichier paramètres//"; /// Il s'agit du chemin vers le dossier 
        ///contenant les fichier de matrice et paramètres, par défaut le repertoire du go.bat 
        /// donc dans ce cas c'est le dossier Exemple_repertory qui est dans le dossier contenant le go.bat
  
	/// Déclaration de la matrice d'expérience 
    private MatrixND matrix = null;

	/// Non utilisé pour ce script mais à ne pas effacer
    public String [] necessaryResult = {
    // put here all necessary result for this rule
    // example: 
    // ResultName.MATRIX_BIOMASS,
    // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
    };

    public String[] getNecessaryResult() {
        return this.necessaryResult;
    }


    /**
     * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur le plan.
     * @return L'aide ou la description du plan
     */
    public String getDescription() throws Exception {
       
        return _("réalise les expériences d'un plan complet pour 5 parametres à 2 modalités");
    }
 
    /**
     * Appel? au d?marrage de la simulation, cette m?thode permet d'initialiser
     * des valeurs
     * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle
     */
    public void init(AnalysePlanContext context) throws Exception {
        /// Création de la matrice d'expérience et chargement :
        File dir = new File(param_directory);
 
        File csvFile = new File(dir, MATRIX + ".txt");
        log.info("CSV file is : " + csvFile.getAbsolutePath());
        if(!csvFile.exists()) {
            log.warn("File doesn't exists");
        }

        matrix = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{param_simulationNumber, param_parameterNumber});
        matrix.importCSV(new FileReader(csvFile), new int[]{0,0});
        matrix.setSemantics(1, Arrays.asList(new String[]{VBGF,CATCHABILITY,MORTALITY,SELECTIVITY, STANDARDISATION}));
        System.out.println(matrix);

	/// ajout des regles qui sont modifiées par le plan
	//context.getParam().addExtraRules("Cantonnement","Cantonnement","Cantonnement","Cantonnement","Cantonnement","Cantonnement");
                ////////////* tu dois ecrire cantonnement 11 fois si tu as 11 regles cantonnement
    }

         /// Création des méthodes qui réccupère dans la matrice la modalité du paramètre pour l'expérience en cours 
                /// Les arguments des méthodes sont le nom du fichier et le numéro de la simulation
                /// (On détermine l'expérience en cours et donc la ligne de la matrice en sommant le numéro de la simulation et le param_first)
                /// pour un double  

    private double getDouble(String name, int simulation) throws Exception {
        File dir = new File(param_directory);
        Properties prop = new Properties();
        prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));        
        int ligne = simulation + param_first;
        int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name);
        System.out.println("mod et ligne : "+ mod+" "+ligne);
        double result = Double.parseDouble(prop.getProperty(""+mod));
        System.out.println("result : "+ result);
        return result;
    }
        
                /// pour une liste de doubles

 /**
     * @param name le nom de l'element a recuperer
     * @param simulation le numero de la simulation
     * @return
     */   
    private double [] getList(String name, int simulation) throws Exception {
        File dir = new File(param_directory);
        Properties prop = new Properties();
        prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
                int ligne = simulation + param_first;
        int mod = (int)matrix.getValue(ligne, name);
        double [] result = StringUtil.toArrayDouble(prop.getProperty(""+mod).split(";")); // ""+ ca construit une chaine de caractere
        return result;
    }
        
                /// pour une chaine de characteres (equation)
    /**
     * @param name le nom de l'element a recuperer
     * @param simulation le numero de la simulation
     * @return
     */
    private String getString(String name,String col, int simulation) throws Exception {
        File dir = new File(param_directory);
        Properties prop = new Properties();
        prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name + ".txt"))));
                int ligne = simulation + param_first;
        int mod = (int)matrix.getValue(ligne , col);
        String result = prop.getProperty(""+mod);
        return result;
    }
                /// pour les paramètres d'une règle de gestion
          /**
     * @param name le nom de l'element a recuperer
     * @param simulation le numero de la simulation
     * @return
     */        
    private Rule getRule(RegionStorage regionStorage, String name, String col, int simulation) throws Exception {
        File dir = new File(param_directory);
        Properties prop = new Properties();
        prop.load(new BufferedReader(new FileReader(new File(dir, name+".txt"))));
                int ligne = simulation + param_first;
        int mod = (int)matrix.getValue(ligne , col);
        String ruleName = prop.getProperty(""+mod);
        RuleStorage ruleStorage = RuleStorage.getRule(ruleName);
        Rule rule = ruleStorage.getNewRuleInstance();
        RuleHelper.populateRule(mod, regionStorage, rule, prop); 
        return rule;
    }
    
        
    /**
     * Call before each simulation
     * @param context plan context
     * @param nextSimulation storage used for next simulation
     * @return true if we must do next simulation, false to stop plan
     * @throws Exception
     */
    public boolean beforeSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage nextSimulation) throws Exception {

        int simNum = context.getNumber()+ param_first; 
        
        if(simNum < param_simulationNumber+1) { /// On vérifie qu'il reste des expériences à faire

                        /// On utilise les méthodes crées pour récupérer les valeurs des modalités pour l'expérience en cours
            double [] croissance    = getList (VBGF , simNum);
            double catchability     = getDouble (CATCHABILITY, simNum);
             String mortality      = getString (MORTALITY,MORTALITY, simNum);
			            //String selectivity      = getString (SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityFiletMer      = getString (SELECTIVITYFiletMer,SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityFiletEtang      = getString (SELECTIVITYFiletEtang,SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityLignecote      = getString (SELECTIVITYLignecote,SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityLigneemb      = getString (SELECTIVITYLigneemb,SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityChalut      = getString (SELECTIVITYChalut,SELECTIVITY, simNum);
            String selectivityHarpon      = getString (SELECTIVITYHarpon,SELECTIVITY, simNum);
           double [] standardisation    = getList (STANDARDISATION , simNum);
                        //Rule amp1 = getRule(context.getParam().getRegion(), AMP1, AMP, simNum);
                        //Rule amp2 = getRule(context.getParam().getRegion(), AMP2, AMP, simNum);
                        ///////////////* à completer avec le reste des amp*/
                        
                        /// On peut afficher des informations dans les logs

                        /// Il faut maintenant modifier la valeur des paramètres dans la base de données et les paramètres des règle de la simulation
                                /// modif les parametres des regles de gestion :
            
                        // on enleve la regle de la simulation passé (elle est stoquée sous le nom LastAMP) 
            //List<Rule> paramRules = nextSimulation.getParameter().getRules();
            
                        //paramRules.remove(context.getValue("lastAMP1"));
            // on nomme la regle que l'on va ajouter LastAMP (pour pouvoir la retrouver a la simulation suivante)
                        //context.setValue("lastAMP1", amp1);
            // on ajoute la regle à la simulation
           // paramRules.add(amp1);
                        
                        //paramRules.remove(context.getValue("lastAMP2"));
                        //context.setValue("lastAMP2", amp2);
            //paramRules.add(amp2);
                        /////////////////* à completer avec les autres amp */
            
                        
                                /// modif les parametres dans la base de données :
            TopiaContext tx = nextSimulation.getStorage().beginTransaction();
            /// On récupère les objets ISIS a modifier dans la base de données
            PopulationDAO popDAO = IsisFishDAOHelper.getPopulationDAO(tx);                        
            Population pop = popDAO.findByName("CSar");
            List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
              GearDAO gearDAO = IsisFishDAOHelper.getGearDAO(tx);
            List<Gear> gears = gearDAO.findAll();

                
                                        ///modif borne des classes de taille
                                        /// On remplace les bornes par les éléments de la liste
            for (PopulationGroup group : groups) {
                group.setMinLength(croissance[group.getId()]) ;
                group.setMaxLength(croissance[group.getId()+1]) ;
            }
            
                                        
                                        // modif la capturabilité
                                        /// On modifie la valeur de la base en la multipliant par la valeur contenue dans la modalité
            MatrixND c = pop.getCapturability();
            for (MatrixIterator i = c.iterator(); i.hasNext();){
                 i.next();
				Object [] sem = i.getSemanticsCoordinates();
					PopulationGroup group = (PopulationGroup)sem[0];
					PopulationSeasonInfo season = (PopulationSeasonInfo)sem[1];
				if (season.getFirstMonth().after(Month.JANUARY) && group.getId() >=4){ //mois >= avril && groupID >= 4
					i.setValue(0.0019);  
					}else {
			i.setValue(0.0008); 

	}


                 i.setValue(catchability);
            }
                                         

                                         // modif la mortalité naturelle
                                        /// On modifie la valeur de la base en la remplacant par la valeur contenue dans la modalité
                  
            for (PopulationGroup group : groups) {
                 Equation eq = pop.getNaturalDeathRate();
                 eq.setContent(mortality);
            }

                
                     // modif les facteurs de standardisation
                                        /// On modifie la valeur de la base en la remplacant par la valeur contenue dans la modalité
            for (Gear gear : gears) {
                 
                if ("FiletMer".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[0]);
                }else if("Lignecote".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[1]);
                }else if("Harpon".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[2]);
                }else if("chalut".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[3]);
                }else if("Ligneemb".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[4]);
                }else if("FiletEtang".equals(gear.getName())) {
                    gear.setStandardisationFactor(standardisation[5]);
/////////////*a completer
                }
            }        


                                        /// modif selectivité
                                        /// On remplace l'equation existante par une autre equation
            for (Gear gear : gears) {

                if ("FiletMer".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityFiletMer);
                } else  if ("FiletEtang".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityFiletEtang);
                }else  if ("Lignecote".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityLignecote);
                }else  if ("Ligneemb".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityLigneemb);
                }else  if ("Chalut".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop);
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityChalut);
                }else  if ("Harpon".equals(gear.getName())) {
                    Selectivity sel = gear.getPopulationSelectivity(pop); 
                    Equation eq = sel.getEquation();                
                    eq.setContent(selectivityHarpon);
                }  
			}
 
            tx.commitTransaction();
            return true;

        }else {
            return false;
        }
    }


    /**
     * Call before each simulation
     * @param context plan context
     * @param nextSimulation storage used for next simulation
     * @return true if we must do next simulation, false to stop plan
     * @throws Exception
     */
         
    public boolean afterSimulation(AnalysePlanContext context, SimulationStorage lastSimulation) throws Exception {
        return true;
	}

}
  

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Isis-fish-user mailing list
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Sigrid LEHUTA
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Doctorante
Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique
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