hello
Le 05/03/2014 15:15, Yves Reecht a
écrit :
Y a-t-il dans ce cas un moyen de réduire la taille des résultats
(regrouper des zones, groupes,... ?) sans modifier profondément la
dynamique du modèle ?
je ne suis pas sure de bien comprendre mais les actuellement il y a
un stockage des resultats intermediaires pour le calcul de F avec
les dimensions { str, metier, group,zone,cellMet }. C'est tres
certainement optimisable (en place mémoire mais pas en temps de
simu) en ne concervant l'info que par zone metier et non par cellule
car pour chaque cellule de chaque zone metier en intersection avec
une zone pop, le F du metier est le meme... Mais ca demande de
retourner dans le code. Donc dans l'immédiat ce n'est pas possible.
Je rediscute de ça avec Sigrid à son retour.
Ou
bien d'autoriser java à allouer de plus gros vecteurs (j'ai déjà
augmenté la mémoire dispo pour ISIS, mais je ne pense pas que ce
soit un problème de mémoire globale) ?
en faisant tourner sous linux ca devrait etre possible MAIS C'EST
PAS NORMAL qu'avec une base plus complexe (V10) ca tourne et qu'avec
une base plus simple (V11) ca ne tourne pas !!!!
ERIC, peux-tu regarder d'ou vient le pb ?
merci
Steph
Yves
Oui en effet il y a 3 fois moins de pop dans la V11
car elles partageaient tous leurs paramètres biologiques, ça ne
servait à rien de les distinguer. Le nombre de zones, lui, est
bien resté constant; on a donc bien plus de zones pour une même
pop.
Je ne vois aucune autre modification qui pourrait augmenter la
taille des résultats.
Par contre c'est vrai qu'il est peut-être moins lourd d'avoir
plusieurs petites matrices qu'une grosse .
Yves Reecht <Yves.Reecht@ifremer.fr>
a écrit :
OK, merci.
Ce qui est étrange, c'est que ça tourne bien par cellule avec
la version 10 de la base, où il y avait 3x plus de pop (je
n'utilise que les poissons) pour le même nombre de zones pop
(tu peux confirmer Loïc ?).
Est-ce que ça pourrait venir du fait qu'il y a maintenant
davantage de zones associées à chacune des populations ?
Loïc, y a-t-il eu d'autres modifications qui pourraient
entraîner une augmentation de la taille des résultats ?
Yves
Le 04/03/2014 11:49, Eric Chatellier a écrit :
Le 04/03/2014 11:17, Yves Reecht a
écrit :
Bonjour à tous,
Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur
lequel je travaille,
j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11),
limité aux
populations de sole et plie, avec le simulateur par
cellule.
Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans
mesure de gestion) au
premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur
par défaut.
Auriez-vous une quelconque idée de la cause ?
La base de loic, est très conséquente en terme de volume de
données.
Utiliser le simulateur par cellule descend le niveau de
résolution spatiale à la
cellule se qui augmente encore plus la taille des résultats.
Là ca plante, parce qu'il n'arrive même pas à demander une
réservation de
mémoire suffisamment grande avant même de commencer le pas
de temps.
La matrice est de dimension : Stratégie * Metier * Groupes *
Zones * Cellulle
(le tout par population et par pas de temps)
Ca fait un un trop gros volume ?
--
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Yves REECHT
Laboratoire Ressources Halieutiques
IFREMER - Centre Manche Mer du Nord
150, Quai Gambetta
62200 Boulogne-sur-Mer
FRANCE
tel. +33 (0)3 21 99 56 09
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Isis-fish-users mailing list
Isis-fish-users@list.isis-fish.org
http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
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Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr)
IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique)
Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75
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