Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la calibration

2 Jun 2011

      Salut Sigrid,

Effectivement c'est plus simple en mettant directement tous les métiers dans
le même fichier .csv ! Je ne sais plus pourquoi j'étais parti sur une
séparation des fichiers métiers (ça date de novembre ...).

Donc j'ai tout re simplifié avec à chaque fois un seul objet pour tous les
métiers: "debarquements", "debarquementsObserves" et
"matrixDebarquementsObserves".

Je fais effectivement l'option 2 !: somme sur les pas de temps (somme sur
les metiers de (CatchObs (t,

metier) - CatchSimule (t,metier))^2).

Par contre je n'arrive pas à utiliser la partie de script pour créer la
semantic.

J'obtiens des erreurs... j'ai trouvé comment en résoudre certaines, mais là
je bloque...

Après avoir importé directement le fichier avec tous les métiers (même ceux
qui ne capturent pas l'espèces). J'ai remplacé "Date" pas "Month" dans le
bout de script que tu m'avais envoyé (est-ce que ça pose problème?).

J'ai eu:

cannot find symbol

symbol  : class Month

location: class scripts.SiMatrix

        List<Month> months = new ArrayList <Month>(); 

J'ai donc rajouté: import fr.ifremer.isisfish.types.Month; en début de
script.

Puis j'ai eu:

cannot find symbol

symbol  : class SiMatrix

location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane

        SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context);

J'ai donc rajouté : import scripts.SiMatrix; en début de script.

Puis j'ai eu:

cannot find symbol

symbol  : variable siMatrix

location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane

        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); 

J'ai rajouté : SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); dans mon
init.

Et maintenant, j'ai le message: 

C:\Documents and
Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable
2_BecDeCane.java:136:
getSiMatrix(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext) in
scripts.SiMatrix cannot be applied to
(fr.ifremer.isisfish.simulator.AnalysePlanContext)

        SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context);

                                    ^

C:\Documents and
Settings\bpreuss\isis-database-3\analyseplans\CalibrationSimplexePasVariable
2_BecDeCane.java:137: cannot find symbol

symbol  : method getMetiers(fr.ifremer.isisfish.types.Month)

location: class scripts.SiMatrix

        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Month(0)); 

                                       ^

Note: C:\Documents and
Settings\bpreuss\isis-database-3\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or
unsafe operations.

Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.

2 errors

Je pense comprendre lerreur mais je ne vois pas comment la résoudre

Donc je bloque ici Comprends pas tout au Java ;-)

Je mets en pièce jointe, mon script et mon fichier .csv pour que ça soit
plus clair sur ce que je fais.

Merci davance,

Bastien

-----Message d'origine-----
De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org
[mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de
Sigrid.Lehuta@ifremer.fr
Envoyé : jeudi 2 juin 2011 01:40
À : isis-fish-users@list.isis-fish.org
Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la
calibration

Hello,

je pense que je n'avais pas compris ce que tu fais. Quelle est ta  

fonction objectif?

somme sur les pas de temps ((CatchObs(t) - CatchSimule(t))^2)

ou

somme sur les pas de temps (somme sur les metiers de (CatchObs (t,  

metier) - CatchSimule (t,metier))^2) ?

l option 2, n'est ce pas? desolee j ai ete longue a la comprenette.

Dans ce cas en effet, il faut s assurer que les metiers correspondent.

le plus propre c est de creer les "semantics" pour ta matrice de  

debarquements observes. semantics c'est les coordonnées en termes  

d'objet plutot qu'en terme d'indice. par ex pour aller chercher la  

valeur dans la matrice a la premiere ligne deuxieme colonne qui  

correspond a la date d et au metier m au lieu de faire

mamatrice[1,2]

tu lui donne les objets en indices:

mamatrice[Date d,Metier m].

// Dans init

// reccup la liste des metiers

List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(new Date(0));

// creer la liste des metiers de ton fichier de debarq observes

// tu rentres la liste de tes metiers dans l ordre de ton fichier d'import

String[] metiersNomsNous = new String[]{"Espagnols",  

"BolincheProfil2lan", "BolincheProfil2nord","Autre"};

List<Metier> metiersNous = new ArrayList<Metier>();

for(String metiersNomCurrent : metiersNomsNous){

for (Metier met : metiers){

if(met.getName().equals(metiersNomCurrent)){

metiersNous.add(met);

}}}

//creer la liste des dates

//si par ex tes simu ont 60 pas de temps (60 trimestres,60 mois...)

List<Date> dates = new ArrayList <Date>();

for (int i=0; i < 60; i++) {

dates.add(new Date (i));

}

// creation de la matrice en specifiant ses semantics plutot que sa taille

MatrixND matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(

new List[]{dates,metiersNous});

matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves),new  

int []{0,0});

// Puis dans la partie ou tu compares :

for ( MatrixIterator g = L.iterator(); g.hasNext();){

             g.next();

Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates();

double obs = matrixDebarquement.getValue(sem);

//etc..

}

si tu ne veux pas t embeter avec les metiers qui ne capturent rien, ne  

les mets pas dans ta matrice d import. Puis on va faire la boucle sur  

les elements de matrixDebarquement plutot que sur les elements de  

L,comme ca tu n as pas besoin d'extraire de L les metiers qui ne  

capturent pas.

for ( MatrixIterator g = matrixDebarquement.iterator(); g.hasNext();){

             g.next();

Object [] sem = g.getSemanticsCoordinates();

double obs = g.getValue();

double sim = L.getValue(sem);

etc..

}

Enfin pour l erreur ajoute cette ligne aux imports en debut de script

import fr.ifremer.isisfish.entities.*;

Bon courage

Bastien Preuss <Bastien.Preuss@ird.fr> a écrit :
...
Re!
...

...
Si je comprends bien j'ai 2 options:
...

...
1) ne pas supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les
...
valeurs simulées. Mais dans ce cas, il faut que j'importe des matrices des
...
captures nulles pour avoir des valeurs Observées à comparer, non?
...

...
2) Supprimer les métiers qui ne capturent pas mon espèce dans les valeurs
...
simulées. Dans ce cas je peux utiliser le bout de script que tu m'as
envoyé.
...

...

...
J'ai essayé cette deuxième option, mais il y a une erreur car Isis ne
...
reconnait pas l'objet "Metier", j'ai le message d'erreur:
...
cannot find symbol
...
symbol  : class Metier
...
location: class analyseplans.CalibrationSimplexePasVariable2_BecDeCane
...
List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1); int[] indexMetagarder =

...
new int[4];
...

...
J'ai essayé de le déclarer plus haut mais sans succès. Sais-tu à quoi cela
...
est-il dû? J'ai dû rater quelque chose!
...

...

...

...
De façon plus général, pour les deux cas, je me demande comment sait-on si
...
les valeurs comparées obs et simulées sont les bonnes? Je n'ai pas compris
...
dans le script où est-ce qu'on récupère les données obs d'un métier pour
les
...
comparer aux données simulées du métiers correspondant en s'assurant qu'il
...
s'agisse du même métier.
...

...
Merci.
...

...
Bastien
...

...

...

...

...

...

...

...
-----Message d'origine-----
...
De : isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org
...
[mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de
...
Sigrid.Lehuta@ifremer.fr
...
Envoyé : mercredi 1 juin 2011 03:04
...
À : isis-fish-users@list.isis-fish.org
...
Objet : Re: [Isis-fish-users] Exclusion de certains métiers pour la
...
calibration
...

...
Re-hello,
...

...
En fait si les metiers ne capturent pas la population leurs captures
...
seront nulles et c est pas grave de les garder (ca fera + 0!)... mais
...
si tu veux quand meme les extraire,
...

...
d'abord reccuperer les index des metiers à garder en utilisant leurs
...
noms par exemple :
...
List <Metier> listmet = L2.getSemantic(1)
...
int[] indexMetagarder = new int[4];
...
for(Metier m : listmet){
...
if(m.getName().equals("nommetier1")) indexMetagarder [1] =
...
listmet.indexOf(m);
...
else if(m.getName().equals("nommetier5")) indexMetagarder [2] =
...
listmet.indexOf(m);
...
etc...
...
}
...

...
ensuite extraire la sous matrice:
...
MatrixND L = L2.getSubMatrix(1, indexMetagarder).copy();
...

...

...
A++
...

...
Bastien Preuss <Bastien.Preuss@ird.fr> a écrit :
...

...
...
Bonjour,
...
...
...
...
...
...
...
...
Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration.
...
...
...
...
Je calibre espèce par espèce,  donc il me faut exclure les métiers qui ne
...
...
capturent pas lespèce en cours de calibration.
...
...
...
...
...
...
...
...
La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela,
mais
...
...
le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! :
...
...
...
...
...
...
...
...
/////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the
...
...
cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297
and
...
...
replace "L2" by "L" at line 289
...
...
...
...
/////*** the strategies or so to exclude must be at the begining
...
or
...
...
end of the list you enter in the parameters interface
...
...
...
...
/////*** fill the line  MatrixND L =
...
L2.getSubMatrix(a,b,c).copy();
...
...
as follow :
...
...
...
...
/////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers
and
...
4
...
...
if areas
...
...
...
...
/////*** b = indice of the first object considered
...
...
...
...
/////*** c = number of object to keep after b, b included
...
...
...
...
//MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance
:
...
...
keep strategies 2,3,4,5
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma
...
...
calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés
...
les
...
...
métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil
...
ne
...
...
soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste
...
...
comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ?
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Merci de votre aide.
...
...
...
...
...
...
...
...
Bastien
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
...
Bastien Preuss
...
...
...
...
Doctorant (PhD Student)
...
...
...
...
IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie
...
...
...
...
101 Promenade Roger Laroque
...
...
...
...
BP A5
...
...
...
...
98848 Noumea cedex
...
...
...
...
New-Caledonia
...
...
...
...
Tel: (+687) 260 723
...
...
...
...
P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer
ce
...
...
mail qu'en cas de nécessité
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