Animation du réseau ISIS-Fish en chaire et en os
Chers ISIS-Fishiens La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation scientifique et technique autour de ISIS-Fish. Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et doit permettre 1. aux utilisateurs/développeurs * de mieux se connaitre * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions pour y pallier 2. aux nouveaux * de mieux comprendre ce qu'est ISIS, * à quoi il sert et * comment on l'utilise 3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications L'organisation de la réunion serait la suivante: Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le fonctionnement du réseau Journée 3 : Travaux pratiques Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux utilisateurs lointains de s'organiser http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de cette réunion. Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de leur diffuser l'information. Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
Hello, J'aimerais bien assister à ces journées pour me tenir au courant et aussi participer à certaines discussions (évolutions et stratégie externe à l'ifremer entre autre (journee 2 ?)). Je ne pourrais probablement pas revenir en France, donc ca sera raté pour la chair et les os, mais serait il possible d'EVO-er ou de Skyper une partie de ces journées ? Sinon si ca peut aider, je serais ravie de me rendre disponible pour de l'assistance technique par skype à ce moment là. A+ Sigrid Stephanie MAHEVAS <Stephanie.Mahevas@ifremer.fr> a écrit :
Chers ISIS-Fishiens
La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation scientifique et technique autour de ISIS-Fish. Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et doit permettre
1. aux utilisateurs/développeurs
* de mieux se connaitre * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions pour y pallier
2. aux nouveaux
* de mieux comprendre ce qu'est ISIS, * à quoi il sert et * comment on l'utilise
3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications
L'organisation de la réunion serait la suivante: Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le fonctionnement du réseau Journée 3 : Travaux pratiques
Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux utilisateurs lointains de s'organiser http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de cette réunion.
Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de leur diffuser l'information.
Bonne journée Stéphanie
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Bonjour, Je tente de lancer quelques AS avec la méthode de Morris afin d'essayer de me familiariser avec. Tout fonctionne bien à l'exception d'un petit problème concernant le choix du domaine de variation dans lequel on souhaite faire varier le paramètre choisi: Je veux faire varier un paramètre Ktemp ayant 1 comme valeur par défaut et qui, multiplié par 0,1, permet de calculer la mortalité naturelle. Dans l'onglet d'analyse de sensibilité j'indique que c'est un paramètre continu, le nom du paramètre (Ktemp), sa valeur par défaut (1), je choisis un % de variation, le *, puis je valide. L'AS tourne et on obtient les résultats mais quels que soient la valeur par défaut et le % de variation choisis ce sont toujours des valeurs entre 0 et 1 qui sont simulées pour Ktemp... Et je ne vois pas trop d'où peut venir ce problème... Une idée ? Loïc
En fait c'était un problème qui n'en est pas un : la méthode de Morris fait toujours varier entre 0 et 1 et on choisit seulement le pas permettant de calculer l'effet élémentaire... Et la valeur par défaut est bien prise en compte dans le calcul des résultats. Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Je tente de lancer quelques AS avec la méthode de Morris afin d'essayer de me familiariser avec. Tout fonctionne bien à l'exception d'un petit problème concernant le choix du domaine de variation dans lequel on souhaite faire varier le paramètre choisi:
Je veux faire varier un paramètre Ktemp ayant 1 comme valeur par défaut et qui, multiplié par 0,1, permet de calculer la mortalité naturelle. Dans l'onglet d'analyse de sensibilité j'indique que c'est un paramètre continu, le nom du paramètre (Ktemp), sa valeur par défaut (1), je choisis un % de variation, le *, puis je valide. L'AS tourne et on obtient les résultats mais quels que soient la valeur par défaut et le % de variation choisis ce sont toujours des valeurs entre 0 et 1 qui sont simulées pour Ktemp... Et je ne vois pas trop d'où peut venir ce problème...
Une idée ?
Loïc _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Bonjour, Après vérification, mes interrogations demeurent en ce qui concerne l'utilisation de la méthode de Morris dans ISIS... Je souhaitais réaliser une analyse de sensibilité sur 2 facteurs (standardisation et Ktemp), le facteur de standardisation variant de manière continue entre 0.8 et 1.2 et Ktemp variant de 20% autour de sa valeur de base de 1. Pourtant les bornes appelées lors de l'appel de morris dans R ne correspondent pas à celles demandées (Ktemp a pour bornes 0 et 1)...
call morris(model = NULL, factors = c("BeamTrawl.standardisationFactor", "Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp"), r = 4, design = list(type = "oat", levels = c(5, 5), grid.jump = c(2, 2)), binf = c(0.8, 0), bsup = c(1.2, 1))
Et les bornes indiquées par $isis.factors et $isis.factor.distribution sont également assez perturbantes...
$isis.factors nomFacteur Nominal Continu Binf Bsup 1 BeamTrawl.standardisationFactor 1 TRUE 0.8 1.2 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp 1 TRUE 0.8 1.2
$isis.factor.distribution NomFacteur NomDistribution ParametreDistribution 1 BeamTrawl.standardisationFactor qunif [0.8;1.2] 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp qunif [0.0;1.0]
Quelqu'un a-t-il déjà rencontré ce problème ? Cela peut-il venir d'ISIS ? Le Rdata et le dossier de la simulation sont en pièce jointe. Merci d'avance. Loïc
Le 17/06/2011 10:38, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Bonjour,
Après vérification, mes interrogations demeurent en ce qui concerne l'utilisation de la méthode de Morris dans ISIS... Je souhaitais réaliser une analyse de sensibilité sur 2 facteurs (standardisation et Ktemp), le facteur de standardisation variant de manière continue entre 0.8 et 1.2 et Ktemp variant de 20% autour de sa valeur de base de 1. Pourtant les bornes appelées lors de l'appel de morris dans R ne correspondent pas à celles demandées (Ktemp a pour bornes 0 et 1)...
Dans le cas des équations continues (Ktemp) on a toujours 0 et 1 lors de l'appel de morris dans R, après on gère le retour pour le remettre dans les vraies bornes.
call morris(model = NULL, factors = c("BeamTrawl.standardisationFactor", "Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp"), r = 4, design = list(type = "oat", levels = c(5, 5), grid.jump = c(2, 2)), binf = c(0.8, 0), bsup = c(1.2, 1))
Et les bornes indiquées par $isis.factors et $isis.factor.distribution sont également assez perturbantes...
$isis.factors nomFacteur Nominal Continu Binf Bsup 1 BeamTrawl.standardisationFactor 1 TRUE 0.8 1.2 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp 1 TRUE 0.8 1.2
Pas tant que ça en fait. Si tu pars sur une valeur nominale de 1 et une variation de 20%, tu as donc des "vraies" bornes de 0,8 et 1,2
$isis.factor.distribution NomFacteur NomDistribution ParametreDistribution 1 BeamTrawl.standardisationFactor qunif [0.8;1.2] 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp qunif [0.0;1.0]
Ici c'est les bornes de l'appel à la méthode de morris. Dans la nouvelle version on a unifié tout ça et ça devrait être beaucoup moins perturbant (en tout cas j'espère). Jean
Merci Jean pour cette réponse, A l'origine ces questions émergent d'une autre : est-il possible de trouver dans les sorties du modèle les résultats de l'analyse de sensibilité correspondant aux "vraies" valeurs, c'est à dire ici celles appartenant à l'intervalle 0.8-1.2 pour la mortalité naturelle et pas à 0-1 ? Car pour le moment je n'ai trouvé de sorties que sous la forme de 3 colonnes: la standardisation qui est bien entre 0.8 et 1.2, la biomasse de fin, mais uniquement des valeurs entre 0 et 1 pour Ktemp. Ou alors faut il se débrouiller et convertir les valeurs entre 0 et 1 pour les faire correspondre à la bonne valeur dans l'intervalle souhaité ? Merci ! Loïc Jean Couteau a écrit :
Le 17/06/2011 10:38, Loic GASCHE a écrit :
Bonjour,
Bonjour,
Après vérification, mes interrogations demeurent en ce qui concerne l'utilisation de la méthode de Morris dans ISIS... Je souhaitais réaliser une analyse de sensibilité sur 2 facteurs (standardisation et Ktemp), le facteur de standardisation variant de manière continue entre 0.8 et 1.2 et Ktemp variant de 20% autour de sa valeur de base de 1. Pourtant les bornes appelées lors de l'appel de morris dans R ne correspondent pas à celles demandées (Ktemp a pour bornes 0 et 1)...
Dans le cas des équations continues (Ktemp) on a toujours 0 et 1 lors de l'appel de morris dans R, après on gère le retour pour le remettre dans les vraies bornes.
call morris(model = NULL, factors = c("BeamTrawl.standardisationFactor", "Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp"), r = 4, design = list(type = "oat", levels = c(5, 5), grid.jump = c(2, 2)), binf = c(0.8, 0), bsup = c(1.2, 1))
Et les bornes indiquées par $isis.factors et $isis.factor.distribution sont également assez perturbantes...
$isis.factors nomFacteur Nominal Continu Binf Bsup 1 BeamTrawl.standardisationFactor 1 TRUE 0.8 1.2 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp 1 TRUE 0.8 1.2
Pas tant que ça en fait. Si tu pars sur une valeur nominale de 1 et une variation de 20%, tu as donc des "vraies" bornes de 0,8 et 1,2
$isis.factor.distribution NomFacteur NomDistribution ParametreDistribution 1 BeamTrawl.standardisationFactor qunif [0.8;1.2] 2 Sole7D.naturalDeathRate.Ktemp qunif [0.0;1.0]
Ici c'est les bornes de l'appel à la méthode de morris.
Dans la nouvelle version on a unifié tout ça et ça devrait être beaucoup moins perturbant (en tout cas j'espère).
Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Le 17/06/2011 13:44, Loic GASCHE a écrit :
Merci Jean pour cette réponse,
A l'origine ces questions émergent d'une autre : est-il possible de trouver dans les sorties du modèle les résultats de l'analyse de sensibilité correspondant aux "vraies" valeurs, c'est à dire ici celles appartenant à l'intervalle 0.8-1.2 pour la mortalité naturelle et pas à 0-1 ?
Pour moi c'est les mêmes, mais je ne suis pas un spécialiste. Stéphanie, je dis des bêtises ?
Car pour le moment je n'ai trouvé de sorties que sous la forme de 3 colonnes: la standardisation qui est bien entre 0.8 et 1.2, la biomasse de fin, mais uniquement des valeurs entre 0 et 1 pour Ktemp. Ou alors faut il se débrouiller et convertir les valeurs entre 0 et 1 pour les faire correspondre à la bonne valeur dans l'intervalle souhaité ?
C'est ça. Jean
Jean Couteau a écrit :
Le 17/06/2011 13:44, Loic GASCHE a écrit :
Merci Jean pour cette réponse,
A l'origine ces questions émergent d'une autre : est-il possible de trouver dans les sorties du modèle les résultats de l'analyse de sensibilité correspondant aux "vraies" valeurs, c'est à dire ici celles appartenant à l'intervalle 0.8-1.2 pour la mortalité naturelle et pas à 0-1 ?
Pour moi c'est les mêmes, mais je ne suis pas un spécialiste. Stéphanie, je dis des bêtises ?
En fait, si j'ai bien compris la question de Loic, c'est plus un soucis d'homogeneite dans la visualisation du plan d'experience. Lorsque qu'un parametre varie entre a et b, l'echantillonnage dans [a;b] est issu d'un echantillonnage dans [0;1]. Et donc soit on presente les valeurs échantillonnées dans [0;1] ou dans [a;b]. Actullement on a les deux... bien sur il est facile par une regle de trois de passer des valeurs échantillonnées dans [0;1] à celles dans [a;b], mais il serait plus simple pour l'utilisateur de ne voir que les valeurs échantillonnées dans [a;b].
Car pour le moment je n'ai trouvé de sorties que sous la forme de 3 colonnes: la standardisation qui est bien entre 0.8 et 1.2, la biomasse de fin, mais uniquement des valeurs entre 0 et 1 pour Ktemp. Ou alors faut il se débrouiller et convertir les valeurs entre 0 et 1 pour les faire correspondre à la bonne valeur dans l'intervalle souhaité ?
C'est ça.
Jean _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas@ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................
-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 20/06/2011 09:13, Stephanie MAHEVAS a écrit :
Jean Couteau a écrit :
Le 17/06/2011 13:44, Loic GASCHE a écrit :
Merci Jean pour cette réponse,
A l'origine ces questions émergent d'une autre : est-il possible de trouver dans les sorties du modèle les résultats de l'analyse de sensibilité correspondant aux "vraies" valeurs, c'est à dire ici celles appartenant à l'intervalle 0.8-1.2 pour la mortalité naturelle et pas à 0-1 ?
Pour moi c'est les mêmes, mais je ne suis pas un spécialiste. Stéphanie, je dis des bêtises ?
En fait, si j'ai bien compris la question de Loic, c'est plus un soucis d'homogeneite dans la visualisation du plan d'experience. Lorsque qu'un parametre varie entre a et b, l'echantillonnage dans [a;b] est issu d'un echantillonnage dans [0;1]. Et donc soit on presente les valeurs échantillonnées dans [0;1] ou dans [a;b]. Actullement on a les deux... bien sur il est facile par une regle de trois de passer des valeurs échantillonnées dans [0;1] à celles dans [a;b], mais il serait plus simple pour l'utilisateur de ne voir que les valeurs échantillonnées dans [a;b].
C'est bien ce que je comprenais dans la question ;). C'est prévu avec la nouvelle version mais on ne pourra voir que les valeurs échantillonnées dans [0,1]. En fait, ce qui limite c'est les matrices qui ne sont pas représentables dans R. Je ne peux pas les afficher comme [a,b]. Jean Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.11 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJN/wQVAAoJEFOQdnjKiPj3VZkH/jxuEtKaAZkH/lgktXa9ixiv 716d6dZ1jO/wnqJl0DILHhmkm7Czpy7ZD0idBFdiI7JE3lUSTaf7ThV3KabIlMDJ PQ7q5jsxuHKg5YuBluaPeKSAz0nWjMSsDrgQnZfxi42e7jsA6d+H0Lim4gSS8iJ2 gW7nvth7v+0YWSXcmsQZCg/UpY1VJfHXx28XC6x1FHDkGH0gK/SlcPduVc/WrEGd yMhtxV4Mj6qwyB/ejj/KrbqqOer+vimfAGsYta+2A/ZUVI+/Se1WNRC6Jcrwk8Me NDqb95148hBJknuYJ+Arn5G06zPDIGWB3pi0gAyLkxETOA0GmmAHBsYIdowGjb8= =dL27 -----END PGP SIGNATURE-----
participants (4)
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Jean Couteau -
Loic GASCHE -
Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr -
Stephanie MAHEVAS