Re: [Isis-fish-users] calibration / minimisation method
Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit :
Salut Eric, Salut,
j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour tester ~4 variables.
Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher mieux avec Isis ?
Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;)
Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization/... ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester:
import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x); Par exemple. Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre. -- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Le 19/09/2012 16:22, Eric Chatellier a écrit :
Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit :
Salut Eric, Salut,
j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour tester ~4 variables.
Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher mieux avec Isis ? Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;)
Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization/... ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Essaye plutot la version 3.0 directement: http://commons.apache.org/math/apidocs/org/apache/commons/math3/optimization...
-- Éric Chatellier <chatellier@codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com
Salut, Pour faire de l'optimisation non-linéaire avec 1 seule variable, j'avais utilisé une librairie java "non-officielle" (traduction en java d'une librairie Fortran - NAG je crois). Jette un coup d'oeil à: http://www1.fpl.fs.fed.us/optimization.html C'est un peu ad hoc, mais les tests que j'ai pu faire se sont avérés concluant. J'ai utilisé "Fmin.java", vu que je n'optimisais qu'une variable, mais je crois que "Uncmin_f77.java" fait de l'optimisation multivariée. Cela dit, je ne l'ai pas testée. Bon courage Paul Le 19/09/2012 16:22, Eric Chatellier a écrit :
Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit :
Salut Eric, Salut,
j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour tester ~4 variables.
Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher mieux avec Isis ?
Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;)
Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization/... ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester:
import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x);
Par exemple.
Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre.
-- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal@ifremer.fr
Salut Paul, oui, c'est peut-être une option, merci pour l'indication! Fabian Paul MARCHAL a écrit :
Salut,
Pour faire de l'optimisation non-linéaire avec 1 seule variable, j'avais utilisé une librairie java "non-officielle" (traduction en java d'une librairie Fortran - NAG je crois). Jette un coup d'oeil à:
http://www1.fpl.fs.fed.us/optimization.html
C'est un peu ad hoc, mais les tests que j'ai pu faire se sont avérés concluant. J'ai utilisé "Fmin.java", vu que je n'optimisais qu'une variable, mais je crois que "Uncmin_f77.java" fait de l'optimisation multivariée. Cela dit, je ne l'ai pas testée.
Bon courage
Paul
Le 19/09/2012 16:22, Eric Chatellier a écrit :
Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit :
Salut Eric, Salut,
j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour tester ~4 variables.
Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher mieux avec Isis ?
Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;)
Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization/...
? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester:
import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x);
Par exemple.
Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre.
Au sujet de l'optimisation, une ref interessante et pédagogique (au moins les premiers chapitres) sur les differents types et methodes. Super pour s'initier. Nocedal, J., and Wright, S.J. 2006. Numerical Optimization. Mikosch, T. V., Resnick, S. I. , andRobinson, S. M. (Eds.). 2nd Ed., Springer Series in Operations Research, New York. je l'ai ajouté sur le site ISIS. Pour info, on a parlé d'implémenter un algorithme génétique dans ISIS (Je le dis aussi pour me forcer à le faire...). Le 19 septembre 2012 11:27, Fabian ZIMMERMANN <Fabian.Zimmermann@ifremer.fr>a écrit :
Salut Paul,
oui, c'est peut-être une option, merci pour l'indication!
Fabian
Paul MARCHAL a écrit :
Salut,
Pour faire de l'optimisation non-linéaire avec 1 seule variable, j'avais utilisé une librairie java "non-officielle" (traduction en java d'une librairie Fortran - NAG je crois). Jette un coup d'oeil à:
http://www1.fpl.fs.fed.us/**optimization.html<http://www1.fpl.fs.fed.us/optimization.html>
C'est un peu ad hoc, mais les tests que j'ai pu faire se sont avérés concluant. J'ai utilisé "Fmin.java", vu que je n'optimisais qu'une variable, mais je crois que "Uncmin_f77.java" fait de l'optimisation multivariée. Cela dit, je ne l'ai pas testée.
Bon courage
Paul
Le 19/09/2012 16:22, Eric Chatellier a écrit :
Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit :
Salut Eric,
Salut,
j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour tester ~4 variables.
Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher mieux avec Isis ?
Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;)
Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante
http://commons.apache.org/**math/api-2.2/org/apache/** commons/math/optimization/**direct/NelderMead.html<http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization/direct/NelderMead.html>
?
Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester:
import org.apache.commons.math.**optimization.direct.**NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x);
Par exemple.
Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre.
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participants (4)
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Fabian ZIMMERMANN -
Paul MARCHAL -
Sigrid Lehuta