Lancement de R sous ISIS
Bonjour, Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder? Merci pour vos réponses Paul -- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal@ifremer.fr
-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 05/05/2011 09:47, Paul MARCHAL a écrit :
Bonjour,
Bonjour,
Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder?
Il va falloir instancier un engine R et lui passer les appels. Si tu n'as pas de problème à lancer des analyses de sensibilité, tu ne devrais pas avoir de problèmes non plus icic. Exemple : REngine engine = new RProxy(); //ici j'envoie une intruction à R sans récupérer la valeur de retour engine.voidEval("a<-5"); //ici j'envoie une instruction à R en récupérant la valeur de retour //(ici un dataFrame). Je peux alors traiter la valeur de retour dans la //règle. RDataFrame dataFrame = (RDataFrame)engine.eval("expPlan"); Plus d'informations sur comment ça fonctionne dans la javadoc de Nuiton-j2r : http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html ou alors il y a des exemples dans les méthodes de sensitivité dans les data d'isis (dans sensitivity ;))
Merci pour vos réponses
De rien, j'espère que ça va aider. -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.11 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJNwlnTAAoJEFOQdnjKiPj3uBAH/jXZ2UUxEKP2IGha8oCk7axv aD5hr36s0Y5vuIr0CfHUQVaen17SCIsNriQkFN2mO00IEmaIHTNzekcIF+IQLSnT PfCfBMrut1DgKnbw8Yn9YIJSTVw6+n3dLg7Ysr4Rc44OvFoPNkJZi2pOJvVkPjAg x6hQvA7ePu+E02DT+oh8qJjh8//H4oeIM7jBK4YCSHvUyEdnZtRbjpmMt3iGoqDw 4tEgVCPhIDu9oIUDx5lyWww1luoKJLW9aDcGJDotOI3UvSQnjfTbDtjk9oknqIiF Z4+ybejhofEV7p5X7SYzzKuGGhiGKfJU/pLZMjtVy61zeOrTZFlbAVR2haUwF5c= =1Y8W -----END PGP SIGNATURE-----
Bonjour, il est possible d'utiliser la librairie nuiton-J2R, http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html <http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html>Pour des exemples d'utilisation, il y a les analyses de sensibilité ou un début de script couplant des sorties ISIS et une évaluation par XSA sous R que j'avais commencé à écrire (http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... ) Si je me souviens bien, Il faut bien penser à renseigner la variable d'environnement avec le chemin de R et faire attention aux formats d'export/import des matrices. J'étais passé par des exports en csv depuis Isis, réimportés dans R. Quelques commandes de base : REngine nom_engine = new RProxy(); //démarre une session R nom_engine.voidEval("commande_R"); //envoie la commande sans récupérer de valeur nom_engine.eval("commande_R"); //envoie la commande et récupère la valeur Voilà c'est tout ce dont je me souviens. Benoit Le 5 mai 2011 09:47, Paul MARCHAL <Paul.Marchal@ifremer.fr> a écrit :
Bonjour,
Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder?
Merci pour vos réponses
Paul
-- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal@ifremer.fr
_______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users@list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users
Merci Benoît et Jean pour vos réponses rapides. Je devrais pouvoir me débrouiller avec ce que vous m'avez envoyé. Bonne journée Paul Benoit Archambault a écrit :
Bonjour, il est possible d'utiliser la librairie nuiton-J2R, http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html
Pour des exemples d'utilisation, il y a les analyses de sensibilité ou un début de script couplant des sorties ISIS et une évaluation par XSA sous R que j'avais commencé à écrire (http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... <%28http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.cgi/v3/usermanual/tuto/UtilEvaluationXSA>)
Si je me souviens bien, Il faut bien penser à renseigner la variable d'environnement avec le chemin de R et faire attention aux formats d'export/import des matrices. J'étais passé par des exports en csv depuis Isis, réimportés dans R.
Quelques commandes de base : REngine nom_engine = new RProxy(); //démarre une session R
nom_engine.voidEval("commande_R"); //envoie la commande sans récupérer de valeur
nom_engine.eval("commande_R"); //envoie la commande et récupère la valeur
Voilà c'est tout ce dont je me souviens.
Benoit
Le 5 mai 2011 09:47, Paul MARCHAL <Paul.Marchal@ifremer.fr <mailto:Paul.Marchal@ifremer.fr>> a écrit :
Bonjour,
Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder?
Merci pour vos réponses
Paul
-- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal@ifremer.fr <mailto:paul.marchal@ifremer.fr>
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