October 2015 - Isis-fish-docs-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r255 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 19:01:56 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 255 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/255 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:59:15 UTC (rev 254) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:01:56 UTC (rev 255) @@ -86,20 +86,23 @@ *Exemple pour reproductions*: Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction -et de recrutement de 8 moins, avec un étalement du recrutement sur 2 mois, la ``Map`` ``reproductions`` contiendra respectivement: +et de recrutement de 8 moins, avec un étalement du recrutement sur 2 mois (contribution "p" : 70% le premier mois, 30% le second), la ``Map`` ``reproductions`` contiendra respectivement: - en septembre: - * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) -- en novembre: + * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.7) +- en octobre: - * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) - * février : ReproductionData (avec reproduction en février) + * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.3) + * février : ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.7) - en décembre: - * février : ReproductionData (avec reproduction en février) - * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars) + * février : ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.3) + * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.7) +- en janvier : + * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.3) + Dans le simulateur ##################

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r254 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 18:59:15 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 254 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/254 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:52:46 UTC (rev 253) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:59:15 UTC (rev 254) @@ -42,14 +42,15 @@ A présent, on considère que - l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction à chaque mois de repro. Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose: -. l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, -. le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) -. aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). -- l'équation de recrutement sert à - - modifier ce fonctionnement par défaut - - implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") + . l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, + . le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) + . aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). + - l'équation de recrutement sert à + - modifier ce fonctionnement par défaut + - implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") + La signature complète de cette équation est la suivante: .. class:: java @@ -85,7 +86,7 @@ *Exemple pour reproductions*: Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction -et de recrutement de 8 moins, la ``Map`` ``reproductions`` contiendra respectivement: +et de recrutement de 8 moins, avec un étalement du recrutement sur 2 mois, la ``Map`` ``reproductions`` contiendra respectivement: - en septembre: @@ -96,7 +97,6 @@ * février : ReproductionData (avec reproduction en février) - en décembre: - * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier) * février : ReproductionData (avec reproduction en février) * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars)

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r253 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 18:52:46 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 253 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/253 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:46:48 UTC (rev 252) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:52:46 UTC (rev 253) @@ -40,7 +40,7 @@ La version 4.4 ajoute une nouvelle équation de recrutement, dans l'onglet recrutement d'une population permettant de redéfinir la façon dont le recrutement peut s'effectuer. A présent, on considère que -- l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction. +- l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction à chaque mois de repro. Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose: . l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, . le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) @@ -78,10 +78,10 @@ reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction (identifiés par des entiers, 0 pour le premier mois de la saison de repro, 1 pour le deuxieme etc.), - cette map contient un `recruitmentInputs <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ -qui contient abondance et biomasse + cette map contient un `RecruitmentInput <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ +qui contient lui meme les matrices d'abondance, de biomasse et le resultat de l'equation de repro à ce pas de temps. result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ - La matrice de résultat à modifier + La matrice de résultat à modifier, et qui contient le recrutement par défaut (repro * mortalité * migration dans les zones de ponte et étalement dans le temps). *Exemple pour reproductions*: Si la période de reproduction s'étale de Janvier à Mars et le delta entre la période de reproduction

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r252 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 18:46:48 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 252 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/252 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:38:45 UTC (rev 251) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:46:48 UTC (rev 252) @@ -78,7 +78,7 @@ reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction (identifiés par des entiers, 0 pour le premier mois de la saison de repro, 1 pour le deuxieme etc.), - cette map contient un `ReproductionData <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ + cette map contient un `recruitmentInputs <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ qui contient abondance et biomasse result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ La matrice de résultat à modifier

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r251 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 18:38:45 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 251 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/251 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-09-03 16:53:45 UTC (rev 250) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 17:38:45 UTC (rev 251) @@ -34,10 +34,20 @@ ----------- Avant, la version 4.4, il n'était pas possible de contrôler la façon dont le -recrutement se faisait. +recrutement se faisait. De même il n'était pas prévu d'implémenter directement une relation stock-recrutement. +Celle-ci pouvait être simulée via une paramétrisation astucieuse de l'équation de reproduction. La version 4.4 ajoute une nouvelle équation de recrutement, dans l'onglet recrutement d'une population permettant de redéfinir la façon dont le recrutement peut s'effectuer. +A présent, on considère que +- l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction. +Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose: +. l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, +. le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) +. aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). +- l'équation de recrutement sert à + - modifier ce fonctionnement par défaut + - implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") La signature complète de cette équation est la suivante: @@ -51,7 +61,7 @@ } -L’exécution de cette équation permet de modifier la matrice ``result`` avec les autres paramètres de l’équation. Elle est appelée **à chaque pas de temps**. +L’exécution de cette équation permet de modifier la matrice ``result`` avec les autres paramètres de l’équation. Elle est appelée **à chaque pas de temps de recrutement** c'est à dire à chaque pas de temps correspondant à un mois de reproduction + le temps entre repro et recrutement + etalement de recrutement. **Attention: la matrice** ``result`` **n'est pas vide.** Par défaut, elle contient déjà les données de recrutement tel qu'ISIS-Fish le calcule par défaut (voir @@ -66,10 +76,10 @@ pop: `Population <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/entities/Popula…>`_ population reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ - Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient les données - certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, - et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction, + Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, + et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction (identifiés par des entiers, 0 pour le premier mois de la saison de repro, 1 pour le deuxieme etc.), cette map contient un `ReproductionData <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ +qui contient abondance et biomasse result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ La matrice de résultat à modifier

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