October 2015 - Isis-fish-docs-commits - mailman.cloud.codelutin.com

r265 - trunk/src/site/rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: echatellier Date: 2015-10-27 10:49:47 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 265 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/265 Log: Dawned, links already presents Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-27 09:48:00 UTC (rev 264) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-27 09:49:47 UTC (rev 265) @@ -135,8 +135,6 @@ * `Equation de migration densite dependante`_ * `Equation de migration`_ dont les coefficients sont forces aux valeurs observees tous les ans * `Equation de prix en fonction des debarquements`_ -* `Equation de recrutement de type stock-recrutement`_ -* `Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut`_ .. _Equation de croissance simple VBGF: ../downloads/VGBFAnchois.java .. _Equation de Poids qui change selon le mois: ../downloads/Weight_month.java

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r264 - trunk/src/site/rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: echatellier Date: 2015-10-27 10:48:00 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 264 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/264 Log: Add links Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-27 09:45:15 UTC (rev 263) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-27 09:48:00 UTC (rev 264) @@ -5,7 +5,7 @@ .. * $Id$ .. * $HeadURL$ .. * %% -.. * Copyright (C) 1999 - 2012 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * Copyright (C) 1999 - 2015 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric .. * %% .. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify .. * it under the terms of the GNU General Public License as @@ -135,6 +135,8 @@ * `Equation de migration densite dependante`_ * `Equation de migration`_ dont les coefficients sont forces aux valeurs observees tous les ans * `Equation de prix en fonction des debarquements`_ +* `Equation de recrutement de type stock-recrutement`_ +* `Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut`_ .. _Equation de croissance simple VBGF: ../downloads/VGBFAnchois.java .. _Equation de Poids qui change selon le mois: ../downloads/Weight_month.java

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r263 - in trunk/src/site: resources/v4/downloads rst/v4/user
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: echatellier Date: 2015-10-27 10:45:15 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 263 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/263 Log: Add user equations Added: trunk/src/site/resources/v4/downloads/ModifRepro.java trunk/src/site/resources/v4/downloads/StockRecru.java Removed: trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java Added: trunk/src/site/resources/v4/downloads/ModifRepro.java =================================================================== --- trunk/src/site/resources/v4/downloads/ModifRepro.java (rev 0) +++ trunk/src/site/resources/v4/downloads/ModifRepro.java 2015-10-27 09:45:15 UTC (rev 263) @@ -0,0 +1,25 @@ +/// exemple 2 mois de repro +/// un an sur 2 le recrutement a lieu ds les zones repro +int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); +if(y%2 == 1){ +// reinitialise result +MatrixHelper.fill(result,0); + +double nbM = recruitmentInputs.size(); // nb de mois de repro +double res = 0; +PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); // recrutement arrive ds la classe 0 + +for(int m=0; m<nbM; m++){ + Double p = recruitmentInputs.get(m).getRecuitementContribution(); + if(p !=null){ + MatrixND oeufsm = recruitmentInputs.get(m).getRepro().copy(); // copy sinon on modifie la matrice de base + oeufsm = oeufsm.mults(p); // [zoneRepro] + + for(MatrixIterator it = oeufsm.iterator(); it.hasNext();) { + it.next(); + result.setValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0], it.getValue()+result.getValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0])); // ajoute au contenu de result pour ne pas ecraser la contri du mois precedent + } + } +} +return 0; +}else return 0; Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/downloads/ModifRepro.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords ## -0,0 +1 ## +Author Date Id Revision HeadURL \ No newline at end of property Added: svn:eol-style ## -0,0 +1 ## +native \ No newline at end of property Added: trunk/src/site/resources/v4/downloads/StockRecru.java =================================================================== --- trunk/src/site/resources/v4/downloads/StockRecru.java (rev 0) +++ trunk/src/site/resources/v4/downloads/StockRecru.java 2015-10-27 09:45:15 UTC (rev 263) @@ -0,0 +1,12 @@ +// exemple eq stock recrutement simple (1 seul mois de repro) R = k * biomass +//class RecrutementInputMap recrutementInputs; +double k = 10000; +double biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass().sumAll(); // zone x group +Double p = recruitmentInputs.get(0).getRecuitementContribution(); +double res=0; +PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); +if(p != null) res = k*biom*p; // test necessaire car p est null si le mois de repro demandé ne contribue pas au mois de recru en cours +for(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ + result.setValue(g0,z,res / pop.getRecruitmentZone().size()); +} +return 0; Property changes on: trunk/src/site/resources/v4/downloads/StockRecru.java ___________________________________________________________________ Added: svn:keywords ## -0,0 +1 ## +Author Date Id Revision HeadURL \ No newline at end of property Added: svn:eol-style ## -0,0 +1 ## +native \ No newline at end of property Deleted: trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java 2015-10-27 08:54:43 UTC (rev 262) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java 2015-10-27 09:45:15 UTC (rev 263) @@ -1,25 +0,0 @@ -/// exemple 2 mois de repro -/// un an sur 2 le recrutement a lieu ds les zones repro -int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); -if(y%2 == 1){ -// reinitialise result -MatrixHelper.fill(result,0); - -double nbM = recruitmentInputs.size(); // nb de mois de repro -double res = 0; -PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); // recrutement arrive ds la classe 0 - -for(int m=0; m<nbM; m++){ - Double p = recruitmentInputs.get(m).getRecuitementContribution(); - if(p !=null){ - MatrixND oeufsm = recruitmentInputs.get(m).getRepro().copy(); // copy sinon on modifie la matrice de base - oeufsm = oeufsm.mults(p); // [zoneRepro] - - for(MatrixIterator it = oeufsm.iterator(); it.hasNext();) { - it.next(); - result.setValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0], it.getValue()+result.getValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0])); // ajoute au contenu de result pour ne pas ecraser la contri du mois precedent - } - } -} -return 0; -}else return 0;

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r262 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-27 09:54:43 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 262 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/262 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-27 08:32:10 UTC (rev 261) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-27 08:54:43 UTC (rev 262) @@ -110,6 +110,8 @@ * mars (indice 2): ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.3) +Des exemples de scripts sont disponibles sur la page de dépot de scripts/equations. + Dans le simulateur ################## @@ -151,6 +153,12 @@ Pour utiliser le nouveau code, il faudra le remplacer par ``MATRIX_ABUNDANCE.NAME``. +Mortalité par pêche "autres" +---------------------------- +Une equation de mortalité par pêche "autres" a été ajoutée dans l'onglet "Stocks". Elle permet de spécifier une mortalité due à des flottilles non explicitement modélisées. La structure est identique à celle de l'equation de mortalité naturelle (par groupe et potentiellement par zone). +L'equation est appelée chaque fois que l'equation de mortalité naturelle est appelée et leurs résultats additionnés. La mortalité par pêche calculée par ISIS ne reflète toujours que les captures explicites d'ISIS; néanmoins son calcul tient compte de la mortalité par pêche des autres (inclue dans Z). + + Et beaucoup d'autre bugs... ---------------------------

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r261 - trunk/src/site/rst/v4/user
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-27 09:32:10 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 261 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/261 Log: >From scmwebeditor -- add the file : ModifRepro.java Added: trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java Added: trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/ModifRepro.java 2015-10-27 08:32:10 UTC (rev 261) @@ -0,0 +1,25 @@ +/// exemple 2 mois de repro +/// un an sur 2 le recrutement a lieu ds les zones repro +int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); +if(y%2 == 1){ +// reinitialise result +MatrixHelper.fill(result,0); + +double nbM = recruitmentInputs.size(); // nb de mois de repro +double res = 0; +PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); // recrutement arrive ds la classe 0 + +for(int m=0; m<nbM; m++){ + Double p = recruitmentInputs.get(m).getRecuitementContribution(); + if(p !=null){ + MatrixND oeufsm = recruitmentInputs.get(m).getRepro().copy(); // copy sinon on modifie la matrice de base + oeufsm = oeufsm.mults(p); // [zoneRepro] + + for(MatrixIterator it = oeufsm.iterator(); it.hasNext();) { + it.next(); + result.setValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0], it.getValue()+result.getValue(g0,it.getSemanticsCoordinates()[0])); // ajoute au contenu de result pour ne pas ecraser la contri du mois precedent + } + } +} +return 0; +}else return 0;

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r260 - trunk/src/site/rst/v4/user
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 27, 2015

Oct. 27, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-27 09:28:19 +0100 (Tue, 27 Oct 2015) New Revision: 260 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/260 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-26 18:22:06 UTC (rev 259) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-27 08:28:19 UTC (rev 260) @@ -144,7 +144,7 @@ .. _Equation de migration: ../downloads/MigrationAdultsAvrilHistoric.java .. _Equation de prix en fonction des debarquements: ../downloads/prixAnchois.java .. _Equation de recrutement de type stock-recrutement: ../downloads/StockRecru.java -.. _Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut: ../downloads/ModifRecru.java +.. _Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut: ../downloads/ModifRepro.java Scripts -------

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r259 - trunk/src/site/rst/v4/user
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 19:22:06 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 259 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/259 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-26 18:14:50 UTC (rev 258) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts.rst 2015-10-26 18:22:06 UTC (rev 259) @@ -130,6 +130,8 @@ * `Equation de Poids qui change selon le mois`_ * `Equation de mortalite naturelle spatialisee`_ et variant chaque annee pour le premier groupe * `Equation de reproduction`_ qui force la valeur les trois premieres annees puis la calcule +* `Equation de recrutement de type stock-recrutement`_ qui implémente une relation stock-recrutement simple +* `Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut`_ en ne migrant pas dans la zone recru * `Equation de migration densite dependante`_ * `Equation de migration`_ dont les coefficients sont forces aux valeurs observees tous les ans * `Equation de prix en fonction des debarquements`_ @@ -141,6 +143,8 @@ .. _Equation de migration densite dependante: ../downloads/MigrationAout.java .. _Equation de migration: ../downloads/MigrationAdultsAvrilHistoric.java .. _Equation de prix en fonction des debarquements: ../downloads/prixAnchois.java +.. _Equation de recrutement de type stock-recrutement: ../downloads/StockRecru.java +.. _Equation de recrutement qui modifie le recrutement par défaut: ../downloads/ModifRecru.java Scripts -------

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r258 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 19:14:50 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 258 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/258 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:08:15 UTC (rev 257) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:14:50 UTC (rev 258) @@ -39,19 +39,20 @@ La version 4.4 ajoute une nouvelle équation de recrutement, dans l'onglet recrutement d'une population permettant de redéfinir la façon dont le recrutement peut s'effectuer. -A présent, on considère que -- l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction à chaque mois de repro. +A présent, on considère que +- l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction à chaque mois de repro. + Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose : - * l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, - * le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) - * aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). + * l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, + * le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) + * aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). -- l'équation de recrutement sert à +- l'équation de recrutement sert à - * modifier ce fonctionnement par défaut - * implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") + * modifier ce fonctionnement par défaut + * implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") La signature complète de cette équation est la suivante: @@ -82,9 +83,11 @@ reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction (identifiés par des entiers, 0 pour le premier mois de la saison de repro, 1 pour le deuxieme etc.), + cette map contient un objet : - `RecruitmentInput <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ -qui contient lui meme les matrices d'abondance, de biomasse et le resultat de l'equation de repro à ce pas de temps. + +recruitmentInput: `RecruitmentInput <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ + qui contient lui meme les matrices d'abondance, de biomasse et le resultat de l'equation de repro à ce pas de temps. result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ La matrice de résultat à modifier, et qui contient le recrutement par défaut (repro * mortalité * migration dans les zones de ponte et étalement dans le temps).

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r257 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 19:08:15 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 257 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/257 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:03:36 UTC (rev 256) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:08:15 UTC (rev 257) @@ -41,16 +41,19 @@ permettant de redéfinir la façon dont le recrutement peut s'effectuer. A présent, on considère que - l'équation de reproduction sert à décrire la ponte. Le résultat est une matrice 1D (result [ZoneRepro]) contenant le nombre d'oeufs pondus dans chaque zone de reproduction à chaque mois de repro. -Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose: - . l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, - . le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) - . aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). - - l'équation de recrutement sert à - - modifier ce fonctionnement par défaut - - implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") +Si aucune equation de recrutement n'est implémentée (défaut:"return 0;"), le processus de recrutement par défaut suppose : + * l'application à ces oeufs de la mortalité du group "null" durant toute la période précédant le recrutement, + * le recrutement se fait dans les zones de recrutement telles que définies par la matrice de correspondance des zones de repro-recrutement (onglet zones) + * aux mois définis par le temps entre repro et recrutement et l'étalement du recrutement (Même fonctionnement qu'avant). +- l'équation de recrutement sert à + + * modifier ce fonctionnement par défaut + * implémenter un recrutement sans passer par un calcul du nombre d'oeufs (equation de repro : "return 0;") + + La signature complète de cette équation est la suivante: .. class:: java @@ -79,7 +82,8 @@ reproductions: `ReproductionDataMap <http://isis-fish.org/apidocs/index.html?fr/ifremer/isisfish/types/Reproduct…>`_ Cette structure est specifique à l'equation de recrutement. C'est une map qui contient certaines données telles qu'elles étaient *au moment de la période de reproduction*, et en particulier la reproduction. Donc pour chaque pas de temps de la période de reproduction (identifiés par des entiers, 0 pour le premier mois de la saison de repro, 1 pour le deuxieme etc.), - cette map contient un `RecruitmentInput <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ +cette map contient un objet : + `RecruitmentInput <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/RecruitmentInput…>`_ qui contient lui meme les matrices d'abondance, de biomasse et le resultat de l'equation de repro à ce pas de temps. result: `MatrixND <http://nuiton-matrix.nuiton.org/v/latest/nuiton-matrix/apidocs/index.html?o…>`_ La matrice de résultat à modifier, et qui contient le recrutement par défaut (repro * mortalité * migration dans les zones de ponte et étalement dans le temps).

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r256 - trunk/src/site/rst/v4/user/changes
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Oct. 26, 2015

Oct. 26, 2015

Author: slehuta Date: 2015-10-26 19:03:36 +0100 (Mon, 26 Oct 2015) New Revision: 256 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/256 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:01:56 UTC (rev 255) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/changes/changements44.rst 2015-10-26 18:03:36 UTC (rev 256) @@ -90,18 +90,18 @@ - en septembre: - * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.7) + * janvier (indice 0) : ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.7) - en octobre: - * janvier : ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.3) - * février : ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.7) + * janvier (indice 0): ReproductionData (avec reproduction en janvier, p=0.3) + * février (indice 1): ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.7) - en décembre: - * février : ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.3) - * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.7) + * février (indice 1): ReproductionData (avec reproduction en février, p=0.3) + * mars (indice 2): ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.7) - en janvier : - * mars : ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.3) + * mars (indice 2): ReproductionData (avec reproduction en mars, p=0.3) Dans le simulateur ##################

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