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r123 - in trunk/src/site/en/rst/v4/user: . tutorials
by jcouteau＠users.forge.codelutin.com Jan. 22, 2013

Jan. 22, 2013

Author: jcouteau Date: 2013-01-22 17:56:23 +0100 (Tue, 22 Jan 2013) New Revision: 123 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/123 Log: Continue translating FAQ into english. Add tuto that are linked from FAQ (not translated) Added: trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/ trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst Modified: trunk/src/site/en/rst/v4/user/FAQ.rst Modified: trunk/src/site/en/rst/v4/user/FAQ.rst =================================================================== --- trunk/src/site/en/rst/v4/user/FAQ.rst 2013-01-21 15:43:25 UTC (rev 122) +++ trunk/src/site/en/rst/v4/user/FAQ.rst 2013-01-22 16:56:23 UTC (rev 123) @@ -117,10 +117,165 @@ In the rules or plan script (script editor), * at the imports levels, add : import fr.ifremer.isisfish.util.Doc * on top of the parameter to document (for example public Zone param_zone = - null;), add @Doc("the parameter Zone correspond to ???") + null;), add @Doc("the parameter Zone correspond to ???") Insert comments in a script ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ System.out.println (); +How to use APIs ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +cf tutorial_ . + +.. _tutorial: tutorials/useAPI.html + + +How to create simulation plan scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +`cf tutorial`_ + +.. _cf tutorial: tutorials/simulationPlan.html + +What is the structure of an analysis plan or management rules script ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +cf simulation procedure at the bottom of `this page`_ and `this one`_ + +.. _this page: ../devel/architecture.html + +.. _this one: usermanual/analysisPlan.html + +A parameter of my rule behaves strangely, what is happening ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +The rules parameters variables (thos which start by \param_) are initialized at +the beginning of each simulation and not each time step. So you have not to +modify them but use intermediate variables. + +User interfaces +--------------- + +Verifying fishery parameters +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +* For all the fishery. In the region interface : bottom button to check. + + - blue : ok + - orange : parameters with a problem +* For an equation. In the equation editor : check button - syntax verification +* For a script (rule, AnalysisPlan,...). In the script editor : check button - + syntax verification. You can check the differences between your version and + the server version using the server menu from the script editor interface. + +What "tag" is for in the launcing interface, in the advanced parameters +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Parameterize exports, the simulator or equations. + +Example : In the simulator, simulate economical variables:: + + if (!"false".equalsIgnoreCase(param.getTagValue().get("ecoResult"))) { + control.setText("Add economics results"); + saveGravityModel(date, resManager, gravityModel); + } + +Here the tag is called ecoResult + +Effort description +~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +The variables 'Fishing operation number' and 'gear number per operation' are +taken into account in the equations for the "effort standardisation by trip" +this way:: + + StdEffortPerHour = Fstd * FishingOperationNumber * GearNumberPerOperation. + +So they have to be fille din when Fstd is computed at FishingOperation*gear +scale. + +If Fstd is computed at trip scale, you HAVE TO put 1 in both variable (or +catches will be nil). The "fishingOperationLength" variable is not used in +equations. + +Units... +~~~~~~~~ + +Trip types : + + * Trip length in hours + * Minimum time between two trips : unused + +Vessel type + + * Trip max length : unused + * speed in km/h + * activity interval : unused + +Enter a management rule application month in the simulation launching interface +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +That is the number of the month that is queried, so a number between 0 and 11 +(0 : january, 11 : december). Otherwise you will have a bug ! + +Did the simulation run ? +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +* Ensure the simulation is in "simulation finished" state in the simulation + queue + +* Select the simulation in the table (or in simulation result interface) and + click on "see the logs" + +* Select fatal, error and warning : If something appears, there is a bug. Below + ERROR is the exception. You have to look into the stacktrace and watch for a + line with ifremer.isisfish and see what it says. + +See Numbers and biomasses in the results window +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Small tweak : In the results window, the numbers, biomass of a population for a +month is the number/biomass at the end of the previous time step. + +You do not use the correct repository for your ISIS-Fish version +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +The following message appear :: + You don't use correct repository script for your application version 3.2.0.8. + Do you want to switch your repository ? + +This message appear when you use a new major version of ISIS-Fish. It simply +asks you if you want to use the new script version that works with your new +version. + +Modeling tips +------------- + +Split males and females with different growth +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +We create consecutive length classes for males and others for the females that +will follow. For examples, for males we got those classes:: + + 60-70 70-77 77-110 110-166 + +and for females :: + + 60-70 70-78 78-86 + +you click on 'recruit classes'. For the first length, enter '60'. +Then for the max lengths, enter : +'70;77;110;166;70;78;86' and validate. That will create a 4th class with +minimal length of 166 and maximal length of 70 ! + +In the population group interface, modify the minimal length of the 4th class +(the first female class) : from 166 to 60. You save and that's all !!! + +To do not take into account the trip time in the effort +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +The tip consists in entering a huge vessel speed (fo example 10^9). The trip +length becomes really small ~0. + Copied: trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst (from rev 121, trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/simulationPlan.rst 2013-01-22 16:56:23 UTC (rev 123) @@ -0,0 +1,208 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Tutorial to use simulation plans +================================ + +This tutorial have not been translated yet. Here is the French version + +Un plan d'analyse est un ensemble d'expériences (simulations) pour lesquelles on +va modifier la valeur de certains paramètres selon un protocole défini pour +répondre à une question. On distingue des plans de simulations pour lesquels + +* *les expériences sont indépendantes* . C'est à dire que l'ordre des + simulations n'a pas d'importance et que l'on pourrait par exemple les lancer + sur des ordinateurs différents. Les valeurs que les paramètres devront prendre + à chaque nouvelle simulation sont déterminées au préalable. + +* *les expériences sont séquentielles* . Les valeurs des paramètres de la + simulation n+1 dépendent des résultats de la simulation n. + +Expériences Indépendantes : exemple d'une analyse de sensibilité +---------------------------------------------------------------- + +Dans le cas d'expériences indépendantes, la première étape est de définir les +paramètres à modifier et les différentes valeurs qu'ils devront prendre +(appelées « modalités »). On les organise ensuite selon un plan d'expérience +adéquat (plan complet, factoriel, optimisé...) qu'on écrit sous forme de matrice. +Des méthodes sont déjà disponibles pour réaliser ce type de plans sous +ISIS-Fish. Ils sont décrits ici mais libre à l'utilisateur d'écrire ses propres +scripts si la méthode actuellement utilisée ne répond pas à ses besoins. Voici +la description et le fonctionnement des scripts existants : ils nécessitent +l'écriture de 3 types de fichiers : un script de plan d'analyse, une matrice +d'expérience et des fichiers paramètre : + +La matrice d'expérience +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +*La matrice d'expérience* est une matrice [expériences x paramètres] : chaque +colonne correspond à l'un des paramètres à modifier et chaque ligne contient +les modalités des paramètres pour une expérience donnée. Les modalités sont +codées par des entiers (-1 ;0 ;1 etc). Cette matrice est copiée dans un +fichier .txt sans en-tête de colonnes ni de lignes. + +Les fichiers paramètres +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +*Les fichiers paramètres* : un fichier .txt par paramètre donnant la +correspondance entre la valeur de la modalité (-1 ;0 ;1) dans la matrice et la +valeur du paramètre. Ce paramètre peut être un réel, une liste de réels, une +équation… Si l'on nomme les modalités –1 et 1, le fichier est de la forme + +Pour un paramètre qui est une liste +___________________________________ + +:: + + -1=0.5;0.8;0.9;0.11 + 1=0.5;0.11;0.15;0.41 + +Pour un paramètre qui est une équation +______________________________________ + +:: + + -1=if(condition = true) return 5 ; else return 3 ; + 1=if(condition = true) return 7 ; else return 3 ; + +Pour un paramètre qui est un réel +_________________________________ + +:: + + -1=0.8 + 1=1.2 + +Autres +______ + +On peut aussi modifier les paramètres des règles de gestion...(voir +exemple). Il faut alors indiquer dans le .txt tous les paramètres public de +la règle. Attention pour certaines règles de gestion il faut définir la +population, l'engin, la zone... ciblée par la règle dans les paramètres. +Pour ce faire il n'est pas possible d'écrire le nom de la population, de la +zone... il faut déterminer le code correspondant qui est du genre + +:: + + fr.ifremer.isisfish.entities.Zone#1169028645767#0.37798185123822536 + +Pour cela on peut faire tourner une simulation avec la règle en question +correctement paramétrée et aller voir dans les logs (fichier debug.txt dans +le même dossier que le .bat de lancement), ces codes sont inscrits à coté du +nom du paramètre au moment de l'initialisation des règle de gestion. + +*Attention !!!!* dans ces fichiers la syntaxe est importante: + +* Pas d'espace +* Pas de « ; » à la fin des lignes +* Pas de « + » devant un chiffre quand il désigne une modalité (+1=NON ; 1=OUI) + +Les fichier matrix.txt et les fichiers paramètres.txt doivent être placés *dans +un même dossier* de préférence localisé dans le dossier contenant le .bat de +lancement d'ISIS-Fish (qui est la racine pour le logiciel). + +Exemple +~~~~~~~ + +On propose ici la matrice et les fichiers paramètres d'une analyse +de sensibilité sur les paramètres de croissance, capturabilité, selectivité et +la période de fermeture d'un cantonnement. + +`Fichiers parametres et matrice`_ + +.. _Fichiers parametres et matrice: ../../downloads/Exemple_directory.zip + +*Le script de plan de simulation* (écrit à partir de l'éditeur de scripts) +permet de récupérer et modifier les valeurs des paramètres en fonction de la +matrice d'expérience pour chaque simulation. (Voir le manuel pour l'explication +de la structure des scripts de plans de simulation.) + +On joint ici le script commenté correspondant à l'analyse de sensibilité +précédante. Le script contient les méthodes nécessaires à lire les fichiers +matrice.txt et les fichiers contenant les modalités des paramètres. Il contient +aussi le code servant à modifier les valeurs de ces paramètres dans la base de +donnée (pour connaitre les méthodes permettant d'accéder aux différents +paramètres de la base de donnée, se référer aux APIs). + +`Script d'analyse de sensibilite`_ + +.. _Script d'analyse de sensibilite: ../../downloads/Exemple_PlanSimulation.java + +Plans sequentiels : exemple de calibration par la méthode du simplexe +--------------------------------------------------------------------- + +Dans ce cas, les modalités prises par les paramètres à la simulation suivante +dépendent des résultats des simulations précédentes. Il faut donc écrire +l'algorithme de calcul de ces nouvelles valeurs en fonction des résultats de +simulation dans le script du plan d'analyse. Il faut également écrire le code +permettant de modifier la valeur des paramètres pour la remplacer par la +nouvelle valeur calculée. + +Exemple +~~~~~~~ + +L'exemple reprend un script qui permet de calibrer deux paramètres (ici la +capturabilité) par la méthode du simplexe à pas variable à partir des +débarquements trimestriels. + +`Script de calibration`_ + +.. _Script de calibration: ../../downloads/calibration.java + +Lancement d'un Plan d'analyse +----------------------------- + +Quand les scripts sont écrits, c'est tout simple ! + +Dans l'interface de lancement de simulation on prépare sa simulation comme +d'habitude à l'exception des règles de gestion : il ne faut pas charger une +règle si elle doit être modifiée par le plan car elle sera ajoutée par le plan +d'analyse à la suite des règles entrées dans l'interface. On coche la case +« Utiliser le plan d'analyse ». On sélectionne le plan Exemple_PlanAnalyse ou +CalibrationExpeceq1q2 dans la liste déroulante. On remplit les paramètres du +plan et on lance la simulation. + +PS : Attention à bien vérifier les différentes étapes listées dans le Pense-Bête +sinon gare aux 500 simulations sans effectifs initiaux... ;-) + +Biblio intéressante +------------------- + +* Drouineau, H., Mahévas, S., Pelletier, D. and Beliaeff, B. 2006. Assessing the + impact of different management options using ISIS-Fish: the French + Hake-Nephrops mixed fishery of the Bay of Biscay. Aquatic living resource, + 19 : 15-29. +* Saltelli, A., Tarantola, S., Campolongo, F. and Ratto, M. 2004. Sensitivity + Analysis in Practise. A guide to Assessing Scientific Models. J.W.&. Sons. pp. +* Kleijnen, J.P.C. 1998. Experimental Design for Sensitivity Analysis, + Optimization, and Validation of Simulations Models. In Handbook of simulation. + Principles, Methodology, Advances, Applications and Practise, pp. 173-224. Ed. + by Banks, J. Wiley, New York. Engeneering and Management Press. 864 pp. +* Walters, F.H., Parker, L.R., Morgan, S.L. and Deming, S.N. 1991. Sequential + Simplex optimization: a technique for improving quality and productivity in + research, development, and manufacturing (Chemometrics series). B.R. CRC Press + LLC. 402 pp. +* Nocedal, J., and Wright, S.J. 2006. Numerical Optimization. Mikosch, T. V., Resnick, S. I. , andRobinson, S. M. (Eds.). 2nd Ed., Springer Series in Operations Research, New York. \ No newline at end of file Copied: trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst (from rev 121, trunk/src/site/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/en/rst/v4/user/tutorials/useAPI.rst 2013-01-22 16:56:23 UTC (rev 123) @@ -0,0 +1,137 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 1999 - 2010 Ifremer, Code Lutin +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Tutorial on APIs use +==================== + +This tutorial have not been translated to english yet. + +Avant tout il faut savoir, que toutes les valeurs saisies dans l'interface de +saisie par l'utilisateur sont stoquées dans les objets d'ISIS correspondants. +Pour modifier ces valeurs avant ou en cours de simulation, il faut connaitre +leur nature et leur structure, savoir comment y accéder et les modifier. +Pour savoir comment y accéder il faut connaitre les dépendances entre objets +(objets qui sont des attributs d'autres objets). Pour cela on consulte +l'architecture de la base de donnée ( `Modele ISIS-Fish`_ ) qui se reflète dans +l'architecture de l'interface de saisie. + +Pour savoir comment passer d'un objet a un autre il faut connaitre les méthodes +appliquables aux objets : tout est dans l'API. + +Remarque : Il vaut mieux commencer par se familiariser avec les differents types +d'objets JAVA (double, boolean, string, integer, equation, matrix,...), les +attributs et les methodes (cf tutoriaux JAVA). + +Voici un exemple "pas à pas" pour le cas ou l'on voudrait modifier l'equation de +mortalité naturelle dans un plan d'analyse par exemple. On veut remplacer +provisoirement la valeur de la base par une autre. On crée un objet String +rempli avec l'autre valeur par exemple:: + + String mortalitenaturelle = "if (groupe.getId() == 0) return 1.5; else return 0.2;" + +Se poser la question : "Dans la base de donnée où se trouve la mortalité naturelle ?" +------------------------------------------------------------------------------------- + +Réponse : dans l'interface de saisie, elle est dans la branche "population" et +l'onglet "equations". +(au passage le titre de l'onglet nous renseigne sur le type d'objet auquel on a +affaire : ya de grandes chances pour que parmi la batterie d'objets possibles +(int, double, matrice...) la mortalité naturelle soit une equation ;-) ) + +En francais on dirait "dans population, va chercher l'objet equation de +mortalité naturelle, et attribut lui la valeur du string mortalitenaturelle", ya +pu qu'a le dire en java. + +Ouvrir la page des APIs +----------------------- + +Dans la colonne de gauche de l'API (sous "all classes") on cherche l'entite +"population" et on clique dessus. + +Les méthodes disponibles +------------------------ + +Toutes méthodes que l'on peut appliquer à un objet population (colonne de +droite) s'affichent , et le type d'objet qu'elles renvoient (colonne de gauche). + +c'est a dire que les lignes de commandes qu'on ecrira seront de la forme:: + + objet_renvoyé_indiqué_à_gauche nomObjet = population.methode_ecrite_à_droite(argument de la methode); + +Il y a surtout deux grands types de méthodes : + +* les méthodes "get" : qui vont chercher un objet +* les méthodes "set" : qui assignent une valeur a un objet. + +Dans notre exemple on veut changer l'equation de mortalité naturelle, c est donc +un set ! + +On cherche une méthode qui parle de mortalité naturelle... +---------------------------------------------------------- + +On trouve getNaturalDeathRate() qui renvoit un objet equation (c'est l'objet +equation qui contient la valeur de l'equation de mortalite naturelle remplie par +l'utilisateur) et setNaturalDeathRate(Equation naturalDeathRate) pour laquelle +on doit passer un objet equation (une equation de naturalDeathRate) en argument. + +(en cliquant sur le nom de la méthode on a une description sommaire de ce +qu'elle fait) + +setNaturalDeathRate() parait être ce qu'on veut faire... +mais la méthode setNaturalDeathRate prend en argument une equation, on ne peut +donc pas faire:: + + pop.setNaturalDeathRate(mortalitenaturelle); + +puisque mortalitenaturelle n'est pas une equation mais un string. + + +Créer une équation +------------------ + +Du coup il faut trouver autre chose qui fasse le lien entre un string et une +equation. En cliquant sur "equation" dans la page d'API on tombe sur la page des +méthodes qui s'appliquent aux objets qui sont des equations. On trouve une +méthode .setContent(String ) qui prend en argument un string. Ca veut dire que +si on a une equation, on peut lui changer sa valeur en utilisant cette methode +avec un string en argument. +L'equation dont on veut changer la valeur on sait la récupérer:: + + Equation eqMortalite = pop.getNaturalDeathRate(); + +L'objet eqMortalite est un objet equation:: + + eqMortalite.setContent(mortalitenaturelle); + +et là on a le droit vu que mortalitenaturelle est un string et que la méthode +prend un string en argument. + +et voilà c'est fait ! + +remarque : on pourrait le faire en 1 ligne:: + + pop.getNaturalDeathRate().setContent(mortalitenaturelle); + +.. _Modele ISIS-Fish: ../isisFishModel.html

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r122 - in trunk/src/site: . en/rst en/rst/v4 en/rst/v4/user
by jcouteau＠users.forge.codelutin.com Jan. 21, 2013

Jan. 21, 2013

Author: jcouteau Date: 2013-01-21 16:43:25 +0100 (Mon, 21 Jan 2013) New Revision: 122 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/122 Log: Begin translating FAQ to english Added: trunk/src/site/en/rst/v4/ trunk/src/site/en/rst/v4/index.rst trunk/src/site/en/rst/v4/user/ trunk/src/site/en/rst/v4/user/FAQ.rst Modified: trunk/src/site/site_en.xml Copied: trunk/src/site/en/rst/v4/index.rst (from rev 121, trunk/src/site/rst/v4/index.rst) =================================================================== --- trunk/src/site/en/rst/v4/index.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/en/rst/v4/index.rst 2013-01-21 15:43:25 UTC (rev 122) @@ -0,0 +1,53 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2011 Ifremer, CodeLutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. 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In 3.1.3.1, the minor version + is 1. + +When you already got ISIS-Fish, you can use any other version with the same +major, base and scripts numbers. It means that only the minor number changes. + +If you want to use an ISIS-Fish version with an upper base number, ISIS-Fish +will automagically convert your database into this version. You will not be able +to use an ISIS-Fish version with a lower base number. + +It is possible to use ISIS-Fish in two different major versions because they do +not share the same configuration files. So they are two completely different +installations. + +You can launch version 3 and version 4 at the same time. + +What are my limits when I write scripts ? +----------------------------------------- + +You have to never modify an object returned by a script method because a caching +system is used. If you do so, you modify the cache object, and on the next call, +you will get the modified object and not the one you want. For example, if you +return a ``List``, you have to, in the method that gets the list, do a copy of +that ``List`` before modifying it. If you just read the ``List`` content, you +have nothing to do. + +Scripts : objects and syntax +---------------------------- + +Know ISIS objects and methods +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + + * List of objects, methods and links between objects (UML model) : + ../../v3/devel/images/IsisFishModel.png . + This figure gives you the name of objects and the name of the attached methods + * ISIS-Fish API : http://www.isis-fish.org/apidocs/index.html + * Scripts access : in the software, using the scripts edition interface. Most + of the equations are in ``scripts/SiMatrix.java``. All the other scripts are + available online : http://www.isis-fish.org/xref/ . The source are also + viewable from the svn repo : + http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish/trunk/ + +Update scripts +~~~~~~~~~~~~~~ + +This can be done via synchronisation with the server : File/Server +synchronization. This action compares the scripts on the PC with those on the +server and indicates the differences. You have then to check the scripts you +want to update and validate. + +Warning : If an error is indicated in a script, the synchronisation will modify +the said script. If modifications happen betwen the local version and the server +versions, the lines in error will be marked with '<<<<'. You will have the local +version and the server version. You have to choose the version to keep and +delete or comment the other one so that the script can work. + +All the scripts are available here : +http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data/trunk/ + +Local scripts +~~~~~~~~~~~~~ + +If you have local scripts, they are not synchronized. + +Inherited scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +If a local script have been written from a script on the server, it is necessary +to keep track of the script of origin. So in cas the script of origin is +modified on the server, the user can find the local inherited scripts and modify +them back. + +Add a contextual help on rules and analysis plans +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +In the rules or plan script (script editor), + * at the imports levels, add : import fr.ifremer.isisfish.util.Doc + * on top of the parameter to document (for example public Zone param_zone = + null;), add @Doc("the parameter Zone correspond to ???") + +Insert comments in a script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +System.out.println (); + Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2012-12-20 15:15:22 UTC (rev 121) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2013-01-21 15:43:25 UTC (rev 122) @@ -65,6 +65,9 @@ <item name="Roadmap" href="http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap" /> <item name="Download" href="download.html" /> + <item name="Documentation" href="v4/index.html"> + <item name="FAQ" href="v4/user/FAQ.html"/> + </item> <item name="Publications" href="publications.html" /> <item name="Research projects" href="research.html" /> <item name="License" href="license.html" />

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r121 - trunk/src/site/rst/v4/user/scripts
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Dec. 20, 2012

Dec. 20, 2012

Author: echatellier Date: 2012-12-20 16:15:22 +0100 (Thu, 20 Dec 2012) New Revision: 121 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/121 Log: FOrmat Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst 2012-12-20 15:08:48 UTC (rev 120) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst 2012-12-20 15:15:22 UTC (rev 121) @@ -37,6 +37,7 @@ Les règles sont situées dans le dossier ``rule`` et doivent obligatoirement hériter de ``fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule`` qui implémente lui même l'interface ``fr.ifremer.isisfish.rule.Rule``. Chaque règle doit implémenter 4 méthodes obligatoire: + * ``init`` : qui permet d'initialiser la règle * ``condition`` : qui permet on non d'appliquer la règle sur le pas de temps courant pour le métier * ``preAction`` : action de la règle **avant** le pas de temps @@ -49,6 +50,7 @@ Au début de la simulation, ISIS-Fish instancie l'ensemble des règles que l'utilisateur a sélectionné et appele la méthode ``init`` pour chaque règle. La méthode ``init`` est donc appelée **une seule fois**. Ensuite, dans la boucle générale sur les pas de temps, le simulateur: + * appelle la méthode ``condition`` pour tous les métiers et pour toutes les règles (les méthodes ``condition`` de toutes les règles sont appelées avant les autres méthodes de la règles) * appelle la méthode ``preAction`` pour toutes les règles et tous les métier **ssi** la méthode condition a renvoyé ``true`` pour la règle et le métier * effectue la simulation du pas de temps courant

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r120 - in trunk/src/site: . rst/v4/user rst/v4/user/scripts
by echatellier＠users.forge.codelutin.com Dec. 20, 2012

Dec. 20, 2012

Author: echatellier Date: 2012-12-20 16:08:48 +0100 (Thu, 20 Dec 2012) New Revision: 120 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/120 Log: Ajout de documentation sur les r?\195?\168gles. Added: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst Modified: trunk/src/site/site_en.xml trunk/src/site/site_fr.xml Added: trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst (rev 0) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/scripts/rules.rst 2012-12-20 15:08:48 UTC (rev 120) @@ -0,0 +1,105 @@ +.. - +.. * #%L +.. * IsisFish +.. * +.. * $Id$ +.. * $HeadURL$ +.. * %% +.. * Copyright (C) 2012 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric +.. * %% +.. * This program is free software: you can redistribute it and/or modify +.. * it under the terms of the GNU General Public License as +.. * published by the Free Software Foundation, either version 3 of the +.. * License, or (at your option) any later version. +.. * +.. * This program is distributed in the hope that it will be useful, +.. * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +.. * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +.. * GNU General Public License for more details. +.. * +.. * You should have received a copy of the GNU General Public +.. * License along with this program. If not, see +.. * <http://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html>. +.. * #L% +.. - + +Scripts - Règles +================ + +Une règle permet de récupérer des données ou de les modifier avant ou après +chaque pas de temps d'une simulation. + +**Cependant attention, toutes les modifications effectuées par une règles sur la base de données sont annulées +à la fin de chaque pas de temps**. + +Scripts +------- +Les règles sont situées dans le dossier ``rule`` et doivent obligatoirement hériter de ``fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule`` qui implémente lui même l'interface ``fr.ifremer.isisfish.rule.Rule``. + +Chaque règle doit implémenter 4 méthodes obligatoire: + * ``init`` : qui permet d'initialiser la règle + * ``condition`` : qui permet on non d'appliquer la règle sur le pas de temps courant pour le métier + * ``preAction`` : action de la règle **avant** le pas de temps + * ``postAction`` : action de la règle **après** le pas de temps + +Utilisation des règles par ISIS-Fish +------------------------------------ +Dans ISIS-Fish, les règles sont utilisées par les simulateurs. + +Au début de la simulation, ISIS-Fish instancie l'ensemble des règles que l'utilisateur a sélectionné et appele la méthode ``init`` pour chaque règle. La méthode ``init`` est donc appelée **une seule fois**. + +Ensuite, dans la boucle générale sur les pas de temps, le simulateur: + * appelle la méthode ``condition`` pour tous les métiers et pour toutes les règles (les méthodes ``condition`` de toutes les règles sont appelées avant les autres méthodes de la règles) + * appelle la méthode ``preAction`` pour toutes les règles et tous les métier **ssi** la méthode condition a renvoyé ``true`` pour la règle et le métier + * effectue la simulation du pas de temps courant + * appelle la méthode ``postAction`` pour toutes les règles et tous les métier **ssi** la méthode condition a renvoyé ``true`` pour la règle et le métier + * annulation des modifications de la base de données + +De façon algorithmique, voilà l’enchaînement des appels:: + + // debut de simulation + pour toutes les règles + appel de la méthode init() de la règle + finpour + + pour chaque pas de temps + // condition + pour toutes les regles + pour tous les metiers + appel de la methode condition() + + // preAction + pour toutes les regles + pour tous les metiers + si la regle est active pour ce metier + appel de la methode preAction() + + // simulation du pas de temps + + // postAction + pour toutes les regles + pour tous les metiers + si la regle est active pour ce metier + appel de la méthode postAction() + +Points de vigilance +------------------- + +preAction / postAction +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Les méthodes ``preAction`` et ``postAction`` sont appelées plusieurs fois à chaque pas de temps (une fois pour chaque métier). Si une règle doit effectuer une ``preAction`` ou une ``postAction`` une seule fois pas pas de temps, il faudra utiliser une astuce pour ne l'effectuer qu'une seule fois par pas de temps (tel qu'un ``boolean`` d'état en attribut de règle). + +Instance de règle +~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Une règles n'est instancié qu'une seule fois par simulation et la méthode ``init`` n'est appelée qu'une seule et unique fois. Les attributs de la classe ne sont donc pas réinitialisé entre les pas de temps + +Annulation des modifications +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Si une règle doit modifier la base de données, et devra le refaire à chaque pas de temps. Toutes les modifications sont annulées à chaque fin de pas de temps. + +Liens +----- + * http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/rule/Rule.html + * http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/rule/AbstractRule.html + * http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data/repository/show/trunk/ru… + * http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-community/trunk/rules/ Modified: trunk/src/site/site_en.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_en.xml 2012-12-12 16:10:21 UTC (rev 119) +++ trunk/src/site/site_en.xml 2012-12-20 15:08:48 UTC (rev 120) @@ -1,15 +1,28 @@ <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> - + <project name="Isis-fish"> Modified: trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- trunk/src/site/site_fr.xml 2012-12-12 16:10:21 UTC (rev 119) +++ trunk/src/site/site_fr.xml 2012-12-20 15:08:48 UTC (rev 120) @@ -6,7 +6,7 @@ $Id: site_fr.xml 3124 2010-11-29 18:14:09Z chatellier $ $HeadURL$ %% - Copyright (C) 1999 - 2011 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric + Copyright (C) 1999 - 2012 Ifremer, Code Lutin, Chatellier Eric %% This program is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as @@ -86,11 +86,16 @@ <item name="Utilisation des APIs" href="v4/user/tutorials/useAPI.html"/> <item name="Commandes CAPARMOR" href="v4/user/tutorials/utilCaparmor.html"/> </item> + <item name="Documentation des APIs" href="v4/user/API.html"/> + <item name="Scripts Java" href="v4/user/scripts.html" collapse="true"> + <item name="Règles" href="v4/user/scripts/rules.html" /> + <item name="Exemples de scripts ISIS" href="v4/user/scripts.html"/> + </item> + <item name="Scripts R" href="v4/user/installationr.html" collapse="true"> + <item name="Installation R" href="v4/user/installationr.html"/> + <item name="Exemples de scripts R" href="v4/user/scriptsR.html"/> + </item> <item name="FAQ" href="v4/user/FAQ.html"/> - <item name="Documentation des APIs" href="v4/user/API.html"/> - <item name="Installation R" href="v4/user/installationr.html"/> - <item name="Exemples de scripts ISIS" href="v4/user/scripts.html"/> - <item name="Exemples de scripts R" href="v4/user/scriptsR.html"/> </item> <item name="Publications" href="publications.html"/> <item name="Projets de recherche" href="research.html"/>

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r119 - trunk/src/site/rst/v4/user
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Dec. 12, 2012

Dec. 12, 2012

Author: slehuta Date: 2012-12-12 17:10:21 +0100 (Wed, 12 Dec 2012) New Revision: 119 Url: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-docs/repository/revisions/119 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst Modified: trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2012-11-23 11:41:09 UTC (rev 118) +++ trunk/src/site/rst/v4/user/FAQ.rst 2012-12-12 16:10:21 UTC (rev 119) @@ -396,6 +396,28 @@ (et ca marche qu'on soit dans le modèle par cellule ou dans le modèle par zone) + +Capturabilité dans ISIS +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +La capturabilité dans isis est la part biologique du paramètre (disponibilité) telle que definie par Mahévas et al. 2001 = accessibilité x vulnérabilité. +La partie due au navire et à l'engin est prise en compte explicitement dans ISIS par les paramètres de selectivité/ ciblage/ efficacité de pêche etc. +Le paramètre de disponibilité représente normalement les variation de probabilité de capture due au changement de distribution spatiale. +Ces variations sont modélisés explicitement dans ISIS puisque le modèle est spatialisé. Le paramètre compense donc pour les autres causes de variation +de probabilité de capture par unité d'effort lié au comportement du poisson (agrégation en banc, enfouissement, changement de distribution verticale...). + +voir +Mahevas, S., Trenkel, V.M., Doray, M. and Peyronnet, A. 2011. Hake catchability by the french trawler fleet in the bay of biscay: estimating technical and biological components. ICES JOURNAL OF MARINE SCIENCE 68: pp. 107-118 +Laurec, A., et J. C. Le Guen. Dynamique des populations marines exploitées Tome1 : Concepts et Modèles. Centre National pour l’Exploitation des Océans, 1981. 602. +Gascuel: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/pdf/136.pdf +citing: +Anonyme, 1979. Monitoring of fish stock abundance : the use of catch and effort data. +FAO Fish. Tech. Paper. 155 : 101 p. +Chadwick M., R.N. O'Boyle, 1990. L'analyse des données de captures et d'effort. In: +Méthodes d'évaluation des stocks halieutiques, Brêthes J.C., R.N. O'Boyle éd., Univ. +Québec à Rimouski, Vol. I et II, 77-101. + + Simulations -----------

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r118 - trunk/src/site/rst
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Nov. 23, 2012

Nov. 23, 2012

Author: slehuta Date: 2012-11-23 12:41:09 +0100 (Fri, 23 Nov 2012) New Revision: 118 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/118 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/news.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:37:20 UTC (rev 117) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:41:09 UTC (rev 118) @@ -30,9 +30,9 @@ 2013 ---- -- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE, `Forum Halieumétrique 2012`_ +- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE, `Forum Halieumétrique 2013`_ +- *janvier* : Réunion projet EU Vectors - Integrated Modelling - 2012 ---- @@ -91,4 +91,4 @@ .. _Groupe de travail CIEM: http://www.ices.dk/workinggroups/ViewWorkingGroup.aspx?ID=345 .. _Mexico: http://reseau-mexico.fr/welcome .. _Forum Halieumétrique 2011: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html -.. _Forum Halieumétrique 2012: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html +.. _Forum Halieumétrique 2013: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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r117 - trunk/src/site/rst
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Nov. 23, 2012

Nov. 23, 2012

Author: slehuta Date: 2012-11-23 12:37:20 +0100 (Fri, 23 Nov 2012) New Revision: 117 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/117 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/news.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:34:45 UTC (rev 116) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:37:20 UTC (rev 117) @@ -30,7 +30,7 @@ 2013 ---- -- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE, Forum Halieumétrique 2012_ +- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE, `Forum Halieumétrique 2012`_ 2012

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r116 - trunk/src/site/rst
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Nov. 23, 2012

Nov. 23, 2012

Author: slehuta Date: 2012-11-23 12:34:45 +0100 (Fri, 23 Nov 2012) New Revision: 116 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/116 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/news.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:33:29 UTC (rev 115) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:34:45 UTC (rev 116) @@ -30,7 +30,7 @@ 2013 ---- -- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE +- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE, Forum Halieumétrique 2012_ 2012 @@ -91,3 +91,4 @@ .. _Groupe de travail CIEM: http://www.ices.dk/workinggroups/ViewWorkingGroup.aspx?ID=345 .. _Mexico: http://reseau-mexico.fr/welcome .. _Forum Halieumétrique 2011: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html +.. _Forum Halieumétrique 2012: http://halieutique.agrocampus-ouest.fr/afh/index.html

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r115 - trunk/src/site/rst
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Nov. 23, 2012

Nov. 23, 2012

Author: slehuta Date: 2012-11-23 12:33:29 +0100 (Fri, 23 Nov 2012) New Revision: 115 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/115 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/news.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:32:43 UTC (rev 114) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:33:29 UTC (rev 115) @@ -37,7 +37,7 @@ ---- - *6-7 décembre 2012* : **Séminaire Utilisateurs ISIS-Fish - Nantes, FRANCE**, INSCRIPTION_ -- *22-23 novembre 2012* : *Rencontres MEXICO* - Nantes, FRANCE , Mexico_ +- *22-23 novembre 2012* : *Rencontres MEXICO* - Nantes, FRANCE , MEXICO_ - *17-21 septembre 2012* : `Conference annuelle du CIEM - Bergen`_ , Norvège - *4-8 juin 2012* : `Ecole Chercheur 2012`_ Analyse de sensibilité, Atelier ISIS-Fish (Lyon) - *23-26 avril 2012* : Participation à la réunion de démarrage du projet européen MYFISH_ , Vigo ESPAGNE

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r114 - trunk/src/site/rst
by slehuta＠users.forge.codelutin.com Nov. 23, 2012

Nov. 23, 2012

Author: slehuta Date: 2012-11-23 12:32:43 +0100 (Fri, 23 Nov 2012) New Revision: 114 Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish-docs/114 Log: >From scmwebeditor -- Modified: trunk/src/site/rst/news.rst Modified: trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:20:37 UTC (rev 113) +++ trunk/src/site/rst/news.rst 2012-11-23 11:32:43 UTC (rev 114) @@ -27,13 +27,18 @@ Les évènements autour du projet Isis-FISH ========================================= +2013 +---- +- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH, Bordeaux, FRANCE + + 2012 ---- -- *17-21 juin 2013* : Forum de l'AFH - *6-7 décembre 2012* : **Séminaire Utilisateurs ISIS-Fish - Nantes, FRANCE**, INSCRIPTION_ -- *17-21 septembre 212* : `Conference annuelle du CIEM - Bergen`_ , Norvège +- *22-23 novembre 2012* : *Rencontres MEXICO* - Nantes, FRANCE , Mexico_ +- *17-21 septembre 2012* : `Conference annuelle du CIEM - Bergen`_ , Norvège - *4-8 juin 2012* : `Ecole Chercheur 2012`_ Analyse de sensibilité, Atelier ISIS-Fish (Lyon) - *23-26 avril 2012* : Participation à la réunion de démarrage du projet européen MYFISH_ , Vigo ESPAGNE - *19-20 janvier 2012* : Participation à la réunion Mexico_

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