Author: jcouteau Date: 2010-06-10 12:56:37 +0000 (Thu, 10 Jun 2010) New Revision: 3055 Log: Finish doc Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/ isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/traitementSorties.R 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,99 @@ +# Un script R pour le traitement des résultats de simulation. +# Auteur : Hussein +# objectif du programme : importations des résultats des plans d'analyse (issus de 256 simulations) "l'analyse de sensibilité", avec ce programme R, on peut importer les 256 résultats +# des simulations (Biomasse Finale, Abondance finale, les captures cumulées de la dernière année, les captures cumulées au cours de 5 dernières années de simulation, Effort de pêche +# cumulé sur toute la durée de simulation) en même temps. Et en fin renvoyer tous les resultats dans une même matrice. + +#------------- + +#----Import des fichiers de simulation --------- + +FILES<-list.files(path="C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations") #pour recuperer les noms des repertoires des simulations + +# Import du Fichier 1 : Biomasse Finale " BF" = la biomasse du mois de decembre de la dernière année de simulation (soit 10 ans de simulation) +#------------- + +Biomasse<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Biomasse[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\Biomasses.csv",sep=""),sep=";") +} + +BF<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(BF)) +{ +BF[i,]<-sum(subset(Biomasse[[i]][,-c(1,2,3,4)],Biomasse[[i]][,4]==119)) +} + +#----------------------------------------------------------------------- +# Import du Fichier 2 : Abondance finale "AF" = l'abondance du mois de decembre de la dernière année de simulation +#------------- +Abondance<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Abondance[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\Abondances.csv",sep=""),sep=";") +} + +AF<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(AF)) +{ +AF[i,]<-sum(subset(Abondance[[i]][,-c(1,2,3,4)],Abondance[[i]][,4]==119)) +} + + +#------------- +# Import du Fichier 3 : les captures cumulées de la dernière année "CaptCumDerAn" +#------------- +Captures<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Captures[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\CapturesPoids.csv",sep=""),sep=";") +} + +CaptCumDerAn<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(CaptCumDerAn)) +{ +CaptCumDerAn[i,]<-sum(subset(Captures[[i]][,-c(1,2,3,4,5)],Captures[[i]][,5]>107)) +} + + + +#------------- +# Calcul des captures cumulées au cours des 5 dernières années de simulation "CaptCum5Der" +#------------------------- +CaptCum5Der<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(CaptCum5Der)) +{ +CaptCum5Der[i,]<-sum(subset(Captures[[i]][,-c(1,2,3,4,5)],Captures[[i]][,5]>59)) +} + + + +#------------- +# Import du Fichier 4 : Effort cummulé sur toute la durée de la simulation "Effortcumule" +#------------- +Effort<-list() + +for (i in 1:length(FILES)) +{ +Effort[[i]]<-read.table(paste("C:\\Documents and Settings\\nom\\isis-database-3\\simulations\\",FILES[i],"\\resultExports\\EffortsMetier.csv",sep=""),sep=";") +} + +Effortcumule<-matrix(nrow=256, ncol=1) + +for (i in 1:nrow(Effortcumule)) +{ +Effortcumule[i,]<-sum(Effort[[i]][,4]) +} + +#---------------------------------------- +AS<-cbind(BF,AF,CaptCumDerAn,CaptCum5Der,Effortcumule) # pour creéer une matrice des 5 indicateurs +dimnames(AS)[[2]]<-c("BF","AF","CaptCumDerAn","CaptCum5Der","Effortcumule")# pour donner les nomes de chaque colonne + Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/IsisFishModel.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/AnalysePlanMexico.svg 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,567 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?> +<!-- Created with Inkscape (http://www.inkscape.org/) --> +<svg + xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" + xmlns:cc="http://web.resource.org/cc/" + xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" + xmlns:svg="http://www.w3.org/2000/svg" + xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" + xmlns:sodipodi="http://sodipodi.sourceforge.net/DTD/sodipodi-0.dtd" + xmlns:inkscape="http://www.inkscape.org/namespaces/inkscape" + width="210mm" + height="297mm" + id="svg2" + sodipodi:version="0.32" + inkscape:version="0.44.1" + sodipodi:docbase="/usr/local/src/PROJET/lutin/isis-fish/doc" + sodipodi:docname="AnalysePlanMexico.svg"> + <defs + id="defs4"> + <marker + inkscape:stockid="Arrow2Lend" + orient="auto" + refY="0.0" + refX="0.0" + id="Arrow2Lend" + style="overflow:visible;"> + <path + id="path2947" + style="font-size:12.0;fill-rule:evenodd;stroke-width:0.62500000;stroke-linejoin:round;" + d="M 8.7185878,4.0337352 L 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style="opacity:1;fill:#c73845;fill-opacity:0.15677966;stroke:#f90024;stroke-width:3;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect4396" + width="445.34537" + height="248.21216" + x="25.539516" + y="131.34335" + rx="50.507626" + ry="47.315186" /> + <g + id="g3367" + transform="translate(190.1312,-51.07903)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="65.285011" + x="55.36198" + height="108.67815" + width="179.98769" + id="rect1872" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:2.54407144;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(-12.21547,-11.16112)" + id="flowRoot1874" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion1876"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="79.283073" + width="150.72223" + id="rect1878" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara1880">Sélection de facteurs via une interface graphique.</flowPara><flowPara + id="flowPara1882"></flowPara><flowPara + id="flowPara1884">Sélection des domaines pour chaque facteur</flowPara></flowRoot> </g> + <g + id="g3353" + transform="translate(229.8558,-56.66581)"> + <rect + ry="50.507629" + rx="50.507626" + y="94.177116" + x="306.77921" + height="50.18235" + width="163.10562" + id="rect1886" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.64568543;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(233.5908,11.90593)" + id="flowRoot1888" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion1890"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="31.2381" + width="148.83069" + id="rect1892" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara2975">Ensembles des facteurs et leur domaine</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 426.75293,66.62658 L 535.81216,64.334077" + id="path1906" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3353" + inkscape:connection-start="#g3367" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 617.59485,88.516499 L 615.79823,167.03245" + id="path2989" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3353" + inkscape:connection-end="#g3415" /> + <g + 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<flowRoot + transform="translate(-44.91571,330.7524)" + id="flowRoot3079" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3081"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="16.064329" + width="130.50113" + id="rect3083" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3085">Résultats XML Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <rect + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.18402004;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3087" + width="106.79429" + height="39.673115" + x="162.38371" + y="485.31128" + rx="50.507626" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3089" + transform="translate(90.42409,405.5258)"><flowRegion + id="flowRegion3091"><rect + id="rect3093" + width="86.595398" + height="15.769013" + x="82.85714" + y="92.362183" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3095">Résultats CSV</flowPara></flowRoot> <g + id="g3305" + 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style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.46230793;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + transform="translate(329.6083,-45.1851)" + id="flowRoot3130" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3132"><rect + y="92.362183" + x="82.85714" + height="13.835983" + width="142.77779" + id="rect3134" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3136">DesignPlan XML Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <g + id="g3163" + transform="translate(-132.8232,141.3038)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="6.6095109" + x="179.67854" + height="39.568836" + width="126.76725" + id="rect3145" + style="fill:#feff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.28830016;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + transform="translate(109.812,-73.93643)" + id="flowRoot3147" + 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id="path3174" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3163" + inkscape:connection-start="#g4382" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 567.03463,88.516499 L 417.11311,164.46618" + id="path3176" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3138" + inkscape:connection-start="#g3353" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none" + d="M 543.88696,304.73615 L 492.04898,405.93495" + id="path3178" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 399.20902,406.54172 L 185.04852,355.00894" + id="path3180" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3305" + inkscape:connection-start="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 399.20902,426.45366 L 174.07763,426.70001" + id="path3182" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3317" + inkscape:connection-start="#g3293" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 101.73406,447.19843 L 86.341766,484.17016" + id="path3184" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3341" + inkscape:connection-start="#g3317" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 140.6599,447.19843 L 196.5335,484.71927" + id="path3186" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3317" /> + <g + id="g3415"> + <rect + ry="50.507629" + rx="50.507626" + y="168.69302" + x="490.19153" + height="134.38255" + width="248.06244" + id="rect2979" + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:3.32115221;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(423.4259,86.37395)" + id="flowRoot2981" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion2983"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="31.616407" + width="215.79102" + id="rect2985" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara2987">Appel d'une méthode pour calculer les scénarii</flowPara></flowRoot> <g + transform="translate(0.79811,-19.95275)" + id="g3252"> + <rect + style="fill:#ff00bd;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.93876094;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3016" + width="89.664413" + height="29.704088" + x="643.49713" + y="256.11728" + rx="50.507622" + ry="50.507633" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3018" + transform="translate(561.2913,171.107)" + style="text-align:center;text-anchor:middle"><flowRegion + id="flowRegion3020"><rect + id="rect3022" + width="87.544983" + height="17.619053" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="text-align:center;text-anchor:middle" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3024">Evaluation R</flowPara></flowRoot> </g> + <g + transform="translate(0.79811,-19.95275)" + id="g3240"> + <rect + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.90237761;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3197" + width="90.835693" + height="27.092321" + x="501.42471" + y="232.64406" + rx="50.507629" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3199" + transform="translate(423.1395,148.13)" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans"><flowRegion + id="flowRegion3201"><rect + id="rect3203" + width="84.140213" + height="15.34921" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3205">Préparation des paramÚtres pour l'appel R</flowPara></flowRoot> </g> + <g + transform="translate(135.4753,78.40704)" + id="g3229"> + <rect + style="fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.90237761;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" + id="rect3207" + width="90.835693" + height="27.092321" + x="374.50278" + y="187.24724" + rx="50.507629" + ry="50.507626" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot3209" + transform="translate(303.3064,100.3666)" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans"><flowRegion + id="flowRegion3211"><rect + id="rect3213" + width="67.494713" + height="15.34921" + x="82.85714" + y="92.362183" + style="font-size:6px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:center;line-height:125%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:middle;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3215">Transformation du DataFrame R en Java</flowPara></flowRoot> </g> + <path + inkscape:connection-start="#rect3197" + inkscape:connector-type="polyline" + id="path3236" + d="M 593.50971,234.27068 L 643.82584,243.08273" + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" /> + <path + inkscape:connection-end="#g3229" + inkscape:connector-type="polyline" + id="path3238" + d="M 643.82584,260.56386 L 601.26497,269.53355" + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" /> + </g> + <g + id="g3447" + transform="translate(-205.8125,2.091027)"> + <rect + ry="50.507633" + rx="50.507622" + y="235.40968" + x="271.21933" + height="29.704088" + width="89.664413" + id="rect3405" + style="fill:#ff00bd;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:0.93876094;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(189.1629,150.3994)" + id="flowRoot3407" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion3409"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="17.619053" + width="87.544983" + id="rect3411" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara3413">R Mexico</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.23901,188.1263 L 110.23903,237.03133" + id="path3456" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3447" + inkscape:connection-start="#g3163" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 296.06792,205.32332 L 155.54062,240.88786" + id="path3458" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3447" + inkscape:connection-start="#g3138" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.23903,267.67418 L 110.23901,316.57919" + id="path3460" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3447" + inkscape:connection-end="#g3305" /> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:1px;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 110.239,357.43632 L 110.23901,406.34129" + id="path3462" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-start="#g3305" + inkscape:connection-end="#g3317" /> + <g + id="g4382" + transform="translate(30.42797,27.93378)"> + <rect + ry="50.507626" + rx="50.507626" + y="17.384565" + x="21.182014" + height="52.333363" + width="117.25803" + id="rect4356" + style="text-align:center;text-anchor:middle;fill:#05ff00;fill-opacity:0.17372879;stroke:#f9a100;stroke-width:1.42494261;stroke-linecap:round;stroke-linejoin:miter;stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1" /> + <flowRoot + style="text-align:center;text-anchor:middle" + transform="translate(-59.32471,-64.73396)" + id="flowRoot4358" + xml:space="preserve"><flowRegion + id="flowRegion4360"><rect + style="text-align:center;text-anchor:middle" + y="92.362183" + x="82.85714" + height="30.59837" + width="112.41296" + id="rect4362" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara4368">Données Isis-Fish</flowPara><flowPara + id="flowPara4374">(pêcherie)</flowPara></flowRoot> </g> + <path + style="fill:none;fill-opacity:0.75;fill-rule:evenodd;stroke:black;stroke-width:3;stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:miter;marker-end:url(#Arrow2Lend);stroke-miterlimit:4;stroke-dasharray:none;stroke-opacity:1;display:inline" + d="M 169.58049,70.710492 L 244.22118,69.736271" + id="path4394" + inkscape:connector-type="polyline" + inkscape:connection-end="#g3367" + inkscape:connection-start="#g4382" /> + <flowRoot + xml:space="preserve" + id="flowRoot6168" + style="font-size:40px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:start;line-height:100%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:start;font-family:Bitstream Vera Sans" + transform="translate(63.84879,-34.31873)"><flowRegion + id="flowRegion6170"><rect + id="rect6172" + width="144.4579" + height="129.29381" + x="243.42352" + y="271.01257" + style="font-size:40px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;font-stretch:normal;text-align:start;line-height:100%;writing-mode:lr-tb;text-anchor:start;font-family:Bitstream Vera Sans" /></flowRegion><flowPara + id="flowPara6174">Travail Mexico à faire</flowPara></flowRoot> </g> +</svg> Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-interface.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-legend.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modelisation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-modules.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-persistence.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulateur.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/images/devel/isis-architecture-simulation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/API.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,24 @@ +Documentation des APIs +====================== + +* `Le modele de donnees`_ +* `Javadoc ISIS-Fish`_ ( src_ ) +* `Javadoc JAVA`_ + +Librairies +---------- + +* `Javadoc ToPIA`_ (accÚs base de données) +* `Javadoc Nuiton-Matrix`_ et plus particuliÚrement MatrixND_ +* `Javadoc Nuiton-Utils`_ (ensemble de méthodes couramment utilisées) +* `Javadoc Nuiton-j2r`_ (interface entre IsisFish et R) + +.. _Le modele de donnees:: isisFishModel.html +.. _Javadoc ISIS-Fish:: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/apidocs/index.html +.. _src:: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/isis-fish/xref/index.html +.. _Javadoc JAVA:: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/ +.. _Javadoc ToPIA:: http://maven-site.nuiton.org/topia/topia-persistence/apidocs/index.html +.. _Javadoc Nuiton-Matrix:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/apidocs/index.html +.. _MatrixND:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-matrix/apidocs/org/nuiton/math/matrix/Ma... +.. _Javadoc Nuiton-Utils:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-utils/apidocs/index.html +.. _Javadoc Nuiton-j2r:: http://maven-site.nuiton.org/nuiton-j2r/apidocs/index.html \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/caparmor.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,25 @@ +Note aux utilisateurs de Caparmor +--------------------------------- + +Performances +============ + +Actuellement, le fonctionnement d'ISIS-Fish sur Caparmor n'est pas encore +optimal. En effet, une simulation seule peut être plus longue a être exécutée +sur Caparmor que sur un PC personnel pour des raisons d'optimisation de calcul +et d'accÚs disque. Nous travaillons actuellement à rendre l'utilisation d'ISIS +sur Caparmor aussi rapide et aisée qu'une utilisation sur un poste local. + +Le gain en performance que peut apporter Caparmor est sur le nombre de +simulations tournant en parallÚle, ainsi sur Caparmor, un utilisateur peut avoir +jusqu'à 16 simulations en parallÚle. + +Plans de simulations dépendants +=============================== + +Il est actuellement possible d'effectuer un plan de simulation dépendant sur +Caparmor, mais il n'est pas possible d'en faire tourner plusieurs en parallÚle. +De plus, Caparmor n'effectuant les simulations qu'une par une dans ce cas, il +perd de son utilité. Afin de ne pas perdre de temps, il est grandement conseillé +d'utiliser une machine locale pour effectuer les plans de simulations +dépendants. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/changeVersion.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,101 @@ +Passer de la version 3.1.3 à la version 3.2.0 +============================================= + +Extrait du mail sur les listes de diffusion. + +La nouvelle version d'IsisFish est a present disponible au telechargement. +Il s'agit de la version 3.2. + +Cette version initie la branche 3.2 d'IsisFish, tous les utilisateurs +sont invites a utiliser cette nouvelle version. Les versions 3.1 ne +beneficieront plus d'aucun support. + + +Avant de commencer +------------------ +Cette version apporte de nouvelles fonctionnalites et de profonds +changements. +Avant toutes chose, il est conseille d'effectuer une sauvegarde de vos +donnees a partir de la version 3.1.3 d'IsisFish. + +Action a effectuer: + - exportez votre base de donnees de travail pour la V3.1.3 + Dans l'interface de saisie de la pecherie, ouvrez votre region, + et cliquez dans Fichier > Exporter la region et choisissez + un repertoire pour enregistrer votre region + - fermez maintenant IsisFish-3.1.3 + - renommez le dossier "isis-database-3" en "isis-database-3.1.3" + (ce dossier est normalement situe dans votre repertoire + utilisateur, sous windows C:\Documents and settings\<user>\) + + +Telechargement de la nouvelle version +------------------------------------- +Rendez vous ensuite sur le site http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/. +Dans le menu, dirigez vous ensuite sur "Telechargement". +Et telechargez la derniere version (par exemple isis-fish-3.2.x.y-bin.zip). + +Decompressez l'archive que vous venez de telecharger. + + +Apres avoir telecharge IsisFish +-------------------------------- +Lancez la nouvelle version en cliquant sur le fichier "go.bat" present +dans le repertoire d'IsisFish apres decompression. + +IsisFish telecharge un nouveau "isis-database-3" et vous +propose une migration de la base de donnees. Il vous proposera +egalement cette migration pour toutes vos bases de donnees. + +Il est obligatoire d'accepter cette migration, sans quoi ces bases ne +fonctionneront pas. + +Vous n'avez aucun problemes +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Dans le cas ou vous n'auriez aucun probleme apparent (IsisFish se lance) +verifiez quand meme que le fichier debug.txt ne contient aucune erreur. +S'il en contient, n'hesitez pas a demander de l'aide sur +isis-fish-users at list.isis-fish.org en envoyant votre fichier debug.txt. + +Dirigez-vous dans l'interfaces des scripts et verifiez que vos scripts +ne contiennent pas d'erreurs et compilent (en cliquant sur verifier). + +Vous avez des problemes +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Si vous avez des problemes (isis ne se lance pas, ou rien ne fonctionne). +Envoyez un message a la liste isis-fish-users at list.isis-fish.org en +precisant +le comportement d'IsisFish ou les erreurs rencontrees et accompagnez +votre message du fichier debug.txt. + + +Apres le premier lancement +-------------------------- +Si le premier lancement d'IsisFish s'est bien passe, vous pouvez : + - reimporter vos bases de donnees (en acceptant la migration demandee +normalement) + - faire tourner une simulation + +Si la simulation n'a pas fonctionne, vous pouvez demander de l'aide +sur isis-fish-users at list.isis-fish.org en joignant votre fichier debug.txt + +Vous pouvez ensuite, recopier vos anciens scripts (plans d'analyses, +regles, export) +depuis le dossier "isis-database-3.1.3" que vous avez sauvegarde vers le +dossier +"isis-database-3". N'oubliez pas ensuite de valider tous vos scripts +dans l'interfaces +dans l'interface de gestion des scripts et de verifier qu'ils compilent +bien. + + +Informations complementaires +---------------------------- +Les informations complementaires concernant IsisFish sont presentes sur +le wiki. + +En particulier : + - le manuel : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... + - les changements : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.c... \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architecture.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,68 @@ +==================== +Architecture globale +==================== + +Isis-Fish est composé de trois modules: + +- Les données et leurs persistences +- Les interfaces utilisateurs +- Le moteur de simulation + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modules.png + + +Le domaine est d'abord décrit (modélisé) en UML. A partir de cette +modélisation un générateur de code est utilisé pour la création de toutes +les classes représentant le métier. Seul les méthodes métiers ne sont pas +généré, elles sont alors écrites en héritant des classes générées. Dans +Isis-FISH le code des méthodes représente 15% du code des classes métiers et +des classes de persistence. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-legend.png +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-modelisation.png + + +La persistence s'appuie sur ToPIA qui permet d'abstraire l'application des +librairie de persistence choisie. Actuellement nous utilisons Hibernate +comme OMR et H2 comme base de données embarquée. + +Des librairies ont été écrites pour la gestion des fichiers textes tel que +les scripts. Toutes les données peuvent être synchronisées avec un serveur +(Région, Simulation, Script) pour cela nous utilisons une librairie SVN +Java. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-persistence.png + + +Les intefaces utilisateurs s'appuie sur la librairie Java Swing. Pour +simplifier l'écriture et la maintenance ainsi que pour avoir un découpage +propre entre le code des interfaces et le code métier nous utilisons la +librairie Jaxx qui nous permet de décrire les interfaces utilisateur en XML. +L'avantage est qu'il est possible d'utiliser des fichiers CSS pour modifier +l'aspect de l'interface. Au paravant nous utilisions la librairie SwiXAT, +l'avantage de Jaxx sur SwiXAT est qu'il est compilé et produit des fichiers +Java directement réutilisable dans du code traditionnel. + +De nombreux composants graphiques sont utilisés dans les interfaces. + +La plupart des interfaces utilisateurs ne sont pas spécifique Isis-FISH et +pourrait facilement réutilisé dans d'autre projet de simulateur. Seul les +interfaces de saisie des données du modÚle métier sont spécifiques, ainsi +qu'un petit nombre d'onglet du lanceur de simulation. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-interface.png + + +Le simulateur est lui aussi non spécifique Isis-FISH. Tout le code +spécifique Isis-FISH est en faite écrit en Script (Java) et modifiable via +les interfaces de saisie des scripts de l'application. + +Les autres composants peuvent être directement réutilisé. + + +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulateur.png +.. image:: ../../images/devel/isis-architecture-simulation.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel/architectureMexico.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,5 @@ +============== +Plan d'analyse +============== + +.. image:: AnalysePlanMexico.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/devel.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,8 @@ +Documentation développeur +========================= + +* `Architecture globale`_ +* `Architecture Mexico-Plan d analyse`_ + +.. _Architecture globale:: devel/architecture.html +.. _Architecture Mexico-Plan d analyse:: devel/architectureMexico.html Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/isisFishModel.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,3 @@ +Le modÚle de données +==================== +.. image:: ../images/IsisFishModel.png Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scripts.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,53 @@ +Page de dépÃŽt de scripts +======================== + +Cette page a pour vocation d'accueillir des scripts non génériques des +utilisateurs qui souhaitent les partager. +Merci d'indiquer + * l'auteur, + * la version pour laquelle le script fonctionne, + * la région, + * de préciser, pour les plans d'analyse, de quel type ils sont (exploration, analyse de sensibilité,...) + * et de produire un descriptif de l'action du script. + +Plans d'analyse +--------------- + +P_As_planFactFractV-12param sur la pêcherie Anchois +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Sigrid V3.1.3, Plan d'analyse : pour l'analyse de sensibilité sur la pêcherie +Anchois du GdG: + +Méthode de groupe screening, les facteurs de l'analyse sont 12 groupes de +paramÚtres (facteurs de standardisation, mortalité naturelle adulte, mortalité +naturelle juvénile, valeurs de capturabilité,valeurs de fécondité, coefficients +de migration, bornes des classes de longueur,équations de sélectivité,équations +des facteurs de ciblage, valeur d'inactivité, valeur du TAC (français et +espagnol), paramÚtres de l'aire marine protegee), le plan est un plan factoriel +fractionnaire de résolution V (256 simulations). + +`Plan d analyse et Fichiers Parametres et matrice`_ + +.. _Plan d analyse et Fichiers Parametres et matrice:: ../downloads/P_As_planFactFract_12param_Anchois.zip + +RÚgles de gestion +----------------- + +Exports +------- + +Analyses de sensibilité +----------------------- + +Exports pour analyse de sensibilité +----------------------------------- + +Simulateurs +----------- + +Ãquations +--------- + +Scripts +------- Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/scriptsR.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,18 @@ +Exemple de scripts R +==================== + +Traitement des sorties +---------------------- + +Le document proposé contient un exemple de script R , pour le traitement des +résultats de simulation .l'objectif du programme : importations des résultats +des plans d'analyse (issus de 256 simulations) "l'analyse de sensibilité", avec +ce programme R, on peut importer les 256 résultats des simulations (Biomasse +Finale, Abondance finale, les captures cumulées de la derniÚre année, les +captures cumulées au cours de 5 derniÚres années de simulation, Effort de pêche +cumulé sur toute la durée de simulation) en même temps. Et en fin renvoyer tous +les resultats dans une même matrice. + +`Script R pour le traitement des sorties`_ + +.. _Script R pour le traitement des sorties:: ../downloads/traitementSorties.R Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/warning.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,12 @@ +Attention +========= + +Nous ne garantissons pas la pertinence des résultats en sortie d'ISIS-Fish. Les +résultats sont dépendants des données saisies et des choix de modÚles. Il est +important de vérifier que la paramétrisation de votre application d'ISIS-Fish +correspond effectivement au fonctionnement connu de la pêcherie. Il en va de +même pour les sorties d'une analyse de sensibilité faite avec l'interface +d'analyse de sensibilité. Le choix de la méthode d'analyse ne peut pas être le +fruit du hasard. Toutes les méthodes ne peuvent pas s'appliquer à toutes +analyses et chaque analyse permet de répondre à une question précise +préalablement définie. Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation.rst 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -0,0 +1,26 @@ +Documentation d'ISIS-Fish +========================= + +* `Mise en garde`_ +* `Installation`_ +* `Manuel utilisateur`_ +* `Tutoriaux`_ +* `FAQ`_ +* `Manuel developpeur`_ +* `Documentation des APIs`_ +* `Exemples de scripts ISIS`_ +* `Exemples de scripts R`_ +* `Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0`_ +* `Note aux utilisateurs de CAPARMOR`_ + +.. _Mise en garde:: documentation/warning.html +.. _Installation:: documentation/installation.html +.. _Manuel utilisateur:: documentation/userManual.html +.. _Tutoriaux:: documentation/tutorials.html +.. _FAQ:: documentation/FAQ.html +.. _Manuel developpeur:: documentation/devel.html +.. _Documentation des APIs:: documentation/API.html +.. _Exemples de scripts ISIS:: documentation/scripts.html +.. _Exemples de scripts R:: documentation/scriptsR.html +.. _Note pour le passage de la version 3.1.3 a la version 3.2.0:: documentation/changeVersion.html +.. _Note aux utilisateurs de Caparmor:: documentation/caparmor.html Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 09:24:04 UTC (rev 3054) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-06-10 12:56:37 UTC (rev 3055) @@ -30,15 +30,15 @@ <item name="Presentation" href="index.html"/> <item name="Nouvelles" href="news.html"/> <item name="Téléchargement" href="download.html"/> - <item name="Documentation" href=""> + <item name="Documentation" href="documentation.html"> <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/> <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/> <item name="Tutoriaux" href="documentation/tutorials.html"/> <item name="FAQ" href="documentation/FAQ.html"/> - <item name="Manuel développeur" href=""/> - <item name="Documentation des APIs" href=""/> - <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/> - <item name="Exemples de scripts R" href=""/> + <item name="Manuel développeur" href="documentation/devel.html"/> + <item name="Documentation des APIs" href="documentation/API.html"/> + <item name="Exemples de scripts ISIS" href="documentation/scripts.html"/> + <item name="Exemples de scripts R" href="documentation/scriptsR.html"/> </item> <item name="Publications" href=""/> <item name="Projets de recherche" href=""/>