Author: jcouteau Date: 2010-05-31 18:03:57 +0000 (Mon, 31 May 2010) New Revision: 3045 Log: Beginning of doc migration from wiki Install + user manual -> no adaptation, just copy Waiting for jrst bug resolution for iso-documentation Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/ isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/ isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/ isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -593,6 +593,12 @@ */ public static void launchUI() { if (config.isLaunchUI()) { + + // migration must be done in UI envirronement and + // must nerver be done in caparmor + // TODO set it here for now, ui is not displayed on caparmor + //doNuitonMigration(); + // init simulater manager SimulationService.getService(); Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -24,6 +24,7 @@ import org.nuiton.topia.TopiaContext; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; +import org.nuiton.topia.TopiaContext; /** * Interface commune à toutes implémentation de calcul de sensibilité. Modified: isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -8,6 +8,7 @@ # package level log4j.logger.fr.ifremer.isisfish=INFO log4j.logger.org.nuiton=INFO +log4j.logger.org.nuiton.j2r=DEBUG log4j.logger.analyseplans=INFO log4j.logger.exports=INFO log4j.logger.formules=INFO Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip =================================================================== (Binary files differ) Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip ___________________________________________________________________ Added: svn:mime-type + application/octet-stream Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,240 @@ +Installation et lancement d'ISIS-Fish +===================================== + +Matériel requis +--------------- + +Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est +nécessaire d'avoir au moins la vesion 1.6.0_18 de Java d'installée. Il est +possible de connaître la version actuellement installée sur votre +ordinateur en tapant dans une commande DOS : «java -version». Si vous +aboutissez à un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas +installé. Si la version installée est antérieure à la version 1.6.0_18 ou +que Java n'est pas installé, vous devez télécharger la derniÚre +version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire +directement à cette adresse : http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp + +Comment se procurer ISIS-Fish +----------------------------- + +Il est possible de télécharger ISIS-Fish à cette adresse : +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3. les +fichiers contenant ISIS-Fish et tout ce qui est nécessaire à son bon +fonctionnement sont nommés : «isis-fish-x.y.z.zip» où x.y.z +correspond au numéro de la version. + +Installation +------------ + +Une fois le zip téléchargé, il faut le dézipper dans le répertoire de +votre choix. + +Sous linux vous pouvez taper:: + + unzip isis-fish-x.y.z.zip + +Un nouveau répertoire isis-fish-x.y.z apparaît + +Lancement +--------- + +Fichier de lancement par défaut .bat et .sh +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Par défaut ISIS-Fish peut allouer au maximum 512Mo de Ram pour son +utilisation. Si votre région contient de trÚs nombreux métiers, +stratégies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur +pour cela éditez le fichier *go.bat* ou *go.sh* suivant votre +plateforme (windows, Unix/Linux). + +Par défaut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un +fichier error.txt. Si jamais un problÚme se produit durant +l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre +plus simplement le problÚme. Si vous faites appel aux mailing-lists pour +demander de l'aide, il vous sera demander de joindre ce fichier à votre demande. + +Lancer ISIS-Fish sous windows +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Double-cliquer sur le fichier .bat créé. Une fenêtre DOS va alors +s'ouvrir. Puis l'interface d'ISIS. + +.. image:: mainWindow.png + +Si l'interface n'apparaît pas, cela signifie qu'une erreur s'est +produite lors du lancement. Le message d'erreur est situé dans le +fichier error.txt, mais il peut dans certains cas être difficilement +compréhensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur +la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance_ ) + +.. _Contact-Assistance: community + +Lancer ISIS-Fish depuis un porte document windows +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Dans le go.bat ou go.sh du porte doc, il faut passer à la ligne apres start et +ajouter:: + + c: + cd c:\la position du fichier go.bat du porte doc (par exemple, cd c:\"Documents and settings"\smahevas\Bureau\PorteDoc\Isis_v3\isis-fish-3.1.1) + +Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Placez-vous dans le répertoire contenant le fichier go.sh et exécutez +le avec:: + + ./go.sh + +Option de la ligne de commande +------------------------------ + +Il est possible de passer des paramÚtres à la ligne de commande par exemple:: + + ./go.sh --help + +l'option --help permet d'afficher la liste des options disponibles + +Voici les autres options. + +.. FIXME Wait for simple table fix in JRST : http://nuiton.org/issues/show/651 + +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= +.. Commande Description +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= +.. -help, -h Affiche l'aide +.. -listRegion Affiche la liste des régions disponibles +.. -importRegion region Importe une région dans la base locale. Il est possible d'importer des régions depuis ISIS-Fish version 2 ou 3. Suivant l'extension du fichier, ISIS-Fish fera la bonne opération +.. -importAndRenameRegion region newName Importe une région dans la base local et modifie son nom durant l'import. +.. -exportRegion regionName output.zip Exporte une région existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultérieurement. +.. -listSimulation Affiche la liste des simulations disponibles +.. -importSimulation simulation Importe une simulation dans la base locale +.. -exportSimulation simulationName simulation.zip Exporte une simulation existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultérieurement. +.. -update <true|false> Force la mise à jour des scripts comme lors du premier lancement d'ISIS-Fish +.. -create-ssh-key Permet de créer une paire de clé ssh. Ces clés sont utilisées pour pouvoir modifier les scripts pour les personnes ayant un login sur le CVS hébergeant les sources des scripts. (Voir le chapitre CVS) +.. -ssh-key-file pathToPrivateKey Permet d'indiquer à ISIS-Fish d'utiliser une paire de clés ssh existantes pour l'accÚs au CVS. (Voir le chapitre CVS) +.. -config name value Permet de modifier des valeurs de configuration. Cela revient au même que de modifier le fichier $HOME/.isis-config-3, ou utiliser l'interface depuis le menu fenêtre->configuration. +.. ================================================ ======================================================================================================================================================================================================= + +Liste des options disponibles: + +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== +.. option description type exemple +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== +.. compileDirectory répertoire utilisé pour la compilation des scripts chemin vers un répertoire /tmp/isis-build +.. language La langue à utiliser ISO Language Code http://www.loc.gov/standards/iso639-2/englangn.html fr +.. country La variable pays pour la langue ISO Country Code http://www.iso.ch/iso/en/prods-services/iso3166ma/02iso-3166-code-lists/list... FR +.. database répertoire utilisé pour stocker les informations chemin vers un répertoire /home/poussin/isis-database-3 +.. defaultSimulator nom du fichier à utiliser comme simulateur nom d'un fichier .java contenu dans le répertoire $database/simulators DefaultSimulator.java +.. javadocUrl URL pointant vers la javadoc du simulateur URL http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/ +.. defaultExportDirectory Répertoire ou les exports de simulation sont placé par défaut chemin vers un répertoire /home/poussin/isis-export +.. defaultExportNames la liste des noms des exports par défaut à utiliser liste séparée par des virgules Abundances.java,Biomasses.java +.. defaultResultNames la liste des résultats que l'on souhaite conserver durant la simulation pour les visualiser ultérieurement via l'interface de rendu des résultats. liste séparé par des virgules matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixPrice +.. defaultMap la carte à utiliser par défaut pour nouvelle région le chemin d'un fichier de carte .shp sans l'extension maps/vmap_area_thin +.. defaultTagValue la liste des tags values à utiliser par défaut pour les simulations liste séparé par des virgules de couple "nom":"valeur" "ecoResult":"true","maVal":"truc" +.. cvsHostName le nom du serveur contenant l'arbre CVS des données le nom d'un serveur ou une ip labs.libre-entreprise.org +.. cvsRepository le répertoire racine du CVS sur le serveur chemin vers un répertoire /cvsroot/isis-fish +.. cvsDataBase le nom du module CVS contenant les données sur le serveur String isis-fish-data +.. cvsHost fichier contenant les cles des serveurs CVS chemin d'un fichier xml /home/poussin/.isis-ssh-host.xml +.. cvsUserName le nom de l'utilisateur pouvant accéder au CVS login anonymous ou bpoussin +.. cvsSsh2Connexion indique si l'on utilise ou non un accÚs sécurisé au CVS. Cela n'est pas utile pour le compte anonymous et nécessite une clé SSH boolean true +.. cvsKeyFile le fichier contenant la clé privée SSH chemin vers un fichier /home/poussin/.ssh/id_dsa +.. smtpServer le nom du serveur SMTP à utiliser pour envoyer des mails. nom d'un serveur ou ip smtp.codelutin.com +.. localSimulator valeur par défaut utilisée pour savoir si les simulations que l'on exécute doivent être faites localement ou sur un serveur de simulation boolean true +.. simulatorServer URL permettant de contacter le serveur de simulations URL http://simulateur.ifremer.fr:9090 +.. simulatorServerLogin le login à utiliser pour le serveur de simulations login bpoussin +.. simulatorServerPassword le mot de passe à utiliser pour le serveur de simulations mot de passe guest +.. ======================= ================================================================================================================================================== ====================================================================================================== =================================================== + +Premier lancement et fichier de configuration +--------------------------------------------- + +Lors du premier lancement ISIS-Fish vous posera un certain nombre de +question. + +Si vous souhaitez les modifier ultérieurement il faut éditer le +fichier $HOME/.isis-config-3. + +$HOME est une variable d'environnement sous Unix/Linux qui pointe vers +le répertoire utilisateur de la personne logguée. Sous Windows +l'utilisateur à aussi un espace de travail personnel, mais son +emplacement varie suivant la version de Windows utilisée. + +Il est possible qu'ISIS-Fish ne se lance pas avec l'erreur "la configuration +n'est pas correcte". Dans ce cas, il faut éditer le fichier .isis-config-3 et y +ajouter:: + + vcs.typeRepo=HEAD + vcs.remoteDatabase=3.1.3 (ou le numero de version utilisé) + +Données et scripts initiaux +--------------------------- + +Lors du premier lancement il est conseillé d'être connecté à Internet, +car ISIS-Fish récupÚre une région de démonstration et les scripts de +simulation, export, ... + +Si vous ne pouvez pas être connecté, depuis la version 3.0.16 il vous +est possible de récupérer à l'adresse: +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3 le fichier se +nommant isis-database.x.y.z.zip où x.y.z correspond au numéro de la version. + +Décompressez ce fichier et placez le répertoire obtenu dans votre répertoire +$HOME. Tous les scripts normalement récupéré par Isis-fish se trouvent dans +ce répertoire. Par contre, la région de démonstration n'est pas valide et vous +ne pouvez pas l'utiliser. + +Mettre à jour les scripts +------------------------- + +Les scripts de simulation sont modifiés indépendament de la version +d'ISIS-Fish. Il est donc possible de mettre à jour les scripts sans +modifier sa version d'ISIS-Fish. Dans certain cas, les nouveaux +scripts ne fonctionneront qu'avec une nouvelle version d'ISIS-Fish, +par exemple en cas de modification de la structure des régions (ajout +de champs à un objet). + +Pour mettre à jour les scripts, il faut dans la fenêtre principale +aller dans le menu **fichier->Synchronisation serveur**. + +Vous devez voir apparaitre une fenêtre vous invitant à sélectionner +les éléments à mettre à jour ou les nouveaux éléments à récupérer. + +.. image:: synchroWindow.png + +Dans la zone texte du bas vous pouvez voir les changements effectués +sur le fichier sélectionné. + +Changer le répertoire de simulations : .isis-config-3 +------------------------------------------------------ + +Pour windows : .isis-config-3 se trouve dans le répertoire home (C:\Documents +and settings\chezsoi). +[ou sur Mac : Users/<account>/ .isis-config-3 +(Comme le nom de fichier commence par un "." il peut être caché)] +Par défault, la zone de travail est C:\Documents and Settings\chezsoi (zone où +sont créés les répertoires isis-database-3, isis-build,...). Pour changer de +zone de travail, il suffit de changer le répertoire par défaut dans le +isis-config par le répertoire choisi. + +Fichier exemple :: + + #Last saved Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009 + #Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009 + + compilation.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-build + database.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-database-3 + default.export.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-export + + +Installer Isis-FISH pour effectuer les simulations sur le super-calculateur CAPARMOR +------------------------------------------------------------------------------------ + +Afin d'utiliser Caparmor pour effectuer les simulations, il convient de suivre +une procédure particuliÚre (et d'avoir l'autorisation d'utiliser Caparmor). La +procédure décrite dans le fichier joint devrait vous permettre de configurer et +utiliser ISIS et Caparmor correctement. + +`Installation d ISIS-Caparmor`_ + +.. _Installation d ISIS-Caparmor::installation-isis-caparmor.pdf Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,184 @@ +======================= +L'interface utilisateur +======================= + +Fenêtre principale +================== + +L'interface utilisateur est constituée d'une fenêtre composée d'onglets. Chaque +onglet permet d'utiliser le simulateur différement. + +.. image:: mainWindow.png + +Cette fenêtre contient six onglets : + +- de lancement de simulation +- de rendu des résultats +- de saisie de région +- de saisie de script, rÚgles de gestion, export, plan d'analyse, ... +- de lancement d'analyse de sensibilité +- de queue de simulation + +Il est aussi possible d'ouvrir ces onglets dans une nouvelle fenêtre depuis le +menu *fenêtre*. + +Le menu fichier +--------------- + +Le premier sous menu *synchronisation serveur* permet de synchroniser +les fichiers de scripts avec le serveur. + +Le deuxiÚme sous menu *quitter* permet de fermer ISIS-Fish + +Le menu fenêtre +--------------- + +Les six sous menus sont l'équivalent des quatres onglets. Ils ouvrent l'onglet +correspondant dans une nouvelle fenêtre. + +Le menu configuration +--------------------- + +Les sous-menu permettent de configurer différentes partie d'ISIS-Fish : +* Configuration générale +* Configuration VCS +* Configuration de l'utilisation de Caparmor + +Pour certaines options il faut relancer ISIS-Fish pour que les +nouvelles valeurs soient prises en compte, comme par exemple la +langue. + +Le menu aide +------------ + +Les sous menus permettent d'accéder à différentes aides sur ISIS-Fish + +* Ce site +* La documentation des différentes API +* La fenêtre des logs de l'application (utile en cas d'erreur ou de comportement + anormal) +* La fenêtre d'informations sur le simulateur. + +La barre de statut +------------------ + +La barre de statut, située en bas de la fenêtre indique à droite la mémoire +utilisé puis la mémoire actuellement alloué pour ISIS-Fish. + +La zone centrale permet à ISIS-Fish de d'afficher des messages et la +partie gauche indique l'avancement de tâche en train de s'exécuter. + +Lancement de simulation +======================= + +L'onglet de lancement de simulation permet de paramÚtrer les +simulations et de les exécuter. + +.. image:: simulationTab.png + +Cette onglet est consitué de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÚtres** de base de la simulation: identifiant, description, région, + stratégies, populations, rÚgles, nombre d'années +- **Script de présimulation**, pour l'activer il faut coché la + case *utiliser un script de pré-simulation* dans l'onglet ParamÚtres. Le + script de pré-simulation est du BSH exécuté avant toutes les simulations et + permet de modifier la base de données. +- **Plan de simulation**, pour l'activer il faut cocher la case + *Utiliser le plan d'analyse* dans l'onglet ParamÚtres. +- **Export des résultats** qui permet de sélectionner les scripts d'export à + utiliser et le répertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des résultats** qui permet de sélectionner les résultats à conserver + pour une visualisation ultérieure via l'interface de rendu des résultats +- **ParamÚtres avancés** qui permet de changer le simulateur à utiliser, activer + ou désactiver le cache, activer ou désactiver les statistiques, ajouter des + paramÚtres libres récupérable dans les rÚgles de gestion, le simulateur, ... + +Si une rÚgle de gestion ou un export a besoin d'un résultat qui n'est +pas sélectionné alors ce résultat est automatiquement ajouté a la +liste des résultats souhaités. + +Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante +sera ajouté au nom de la simulation. + +Rendu des résultats +=================== + +L'onglet de rendu des résultats permet de visualiser les résultats +en graphe, en carte, ou en nombre. Il permet aussi de supprimer +d'anciennes simulations. + +.. image:: resultTab.png + +Pour ouvrir une ancienne simulation, sélectionnez la simulation +souhaitée dans la combobox et cliquez sur *ouvrir une nouvelle fenêtre*. + +.. image:: resultWindowGraph.png + +.. image:: resultWindowMap.png + +Saisie de région +================ + +La fenêtre saisie de régions permet de visualiser et modifier les +régions. + +Vous pouvez sélectionner dans la combobox votre région pour la faire +apparaître. + +.. image:: inputTab.png + +.. image:: inputTabRegion.png + +Saisie de scripts +================= + +L'onglet de script permet de modifier tous les scripts: + +- scripts +- simulateurs +- exports +- rÚgles +- plans d'analyses +- modÚle d'équations +- analyses de sensibilité + +.. image:: scriptTab.png + +Tous ces scripts sont des fichiers textes sur le systÚme de +fichier. Il est donc possible d'utiliser n'importe quel éditeur pour +les modifier. Voir +http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/othertools.html +pour plus d'explications. + +Lancement d'analyse de sensibilité +================================== +L'onglet de lancement d'analyse de sensibilité permet de paramÚtrer les +analyses de sensibilité, de les exécuter et de les analyser. + +.. image:: sensitivityTab.png + +Cette onglet est consitué de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÚtres** de base de l'analyse de sensibilité: identifiant, description, + région, stratégies, populations, rÚgles, nombre d'années +- **Analyse de sensibilité** permet de déterminer les facteurs étudiés. +- **Méthode de la sensibilité** permet de choisir le type d'analyse utilisé et + de la paramétrée. +- **Export des résultats** qui permet de sélectionner les scripts d'export à + utiliser et le répertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des résultats** qui permet de sélectionner les résultats à conserver + pour une visualisation ultérieure via l'interface de rendu des résultats +- **ParamÚtres avancés** qui permet de changer le simulateur à utiliser, activer + ou désactiver le cache, activer ou désactiver les statistiques, ajouter des + paramÚtres libres récupérable dans les rÚgles de gestion, le simulateur, ... +- **Analyse des résultats** qui permet de voir les résultats (simples) d'une + analyse de sensibilité terminée. + +Si une rÚgle de gestion ou un export a besoin d'un résultat qui n'est +pas sélectionné alors ce résultat est automatiquement ajouté a la +liste des résultats souhaités. + +Lors du lancement de l'analyse de sensibilité, automatiquement la date courante +sera ajouté au nom de l'analyse. Le nom de chaque simulation est terminée par _ +suivi du numéro de la simulation dans l'analyse de sensibilité. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,1534 @@ +===================== +Saisie d'une pêcherie +===================== + +La fenêtre de saisie de pêcherie permet de créer, visualiser et modifier des pêcheries. + +.. contents:: + +Description des différentes zones de l'interface +------------------------------------------------ + +.. image:: input_00.png + +#. les menus de l'éditeur de pêcheries. +#. le nom d'une nouvelle région à créer. +#. pour créer une nouvelle région. +#. la liste des régions détectées par ISIS-Fish. +#. la zone de navigation dans les objets de la pêcherie. +#. la zone d'édition des données de la pêcherie. +#. la zone classique de statut général. + +Une pêcherie contient une région. + +On peut soit créer entiÚrement la région en renseignant son nom (zone 2) puis +en cliquant sur le bouton **Nouvelle région** (zone 3). + +On peut aussi sélectionner une région existante localement dans la liste +déroulante (zone 4). + +Un dossier du nom de votre cas d'étude a ainsi été créé dans le menu déroulant et dans la colonne de gauche +ont été créées des sous dossiers correspondant à toutes les composantes de la pêcherie (zone 5). + +Dans les deux cas, une fois la région chargée ou créée, les objets de la +pêcherie sont disponibles dans leur zone de navigation (zone 6). + +La carte est affichée à droite. + +On peut aussi éditer les caractéristiques de la région. + + +Les différentes actions des menus +--------------------------------- + +On détaille dans cette section, l'ensemble des actions réalisables par menu. +Il s'agit d'actions globales sur les pêcheries. + +Menu **Région** +================ + +.. image:: input_01_menuFile.png + + +#. **Importer une région** : + Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v3. +#. **Importer une région et la rennommer** : + Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v3 et + renommer le nom de la région. +#. **Importer une région de la V2 d'IsisFish** : + Importer une région précédemment exportée depuis une autre instance d'IsisFish v2. +#. **Importer la région d'une simulation** : + Importer une région depuis une simulation localement existante. + Une interface de sélection de simulation s'affiche. + Une fois le nom de la simulation choisi, le nom de la région est demandé. + Ensuite, la région est extraite de la simulation et sauvegardée localement. +#. **Exporter la région** : + Exporter la région dans un fichier compressé. L'archive produite pourra être + importée dans une autre instance d'IsisFish v3. + Une région doit être sélectionnée au préalable. +#. **Copier région** : + Permet la recopie simple de région. + Une région doit être sélectionnée au préalable. +#. **Supprimer localement** une région : + Permet de supprimer localement une région. + Une région doit être sélectionnée au préalable. + Attention, cette opération est irréversible, une fois supprimée, la pêcherie + ne sera plus récupérable. + +Menu **Serveur** +================ + +.. image:: input_02_menuServer.png + +Ce menu regroupe les fonctionnalités de communication avec le serveur de données. + +#. **Ajouter une région** : + Permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle région + Une boite de dialogue apparaît où sont affichés les différents messages de + sauvegarde déjà rentrés pour cette pêcherie. + En appuyant sur le bouton Ok, la pêcherie est ajoutée sur le serveur distant si vous avez les + droits d'écriture sur ce serveur (voir chapitre configuration vcs). +#. **Sauvegarder les changements** d'une région : + TODO est-ce actif, je ne crois pas... +#. **Supprimer localement et à distance** : + Permet de supprimer une région localement mais aussi sur le serveur distant. + Vous devez disposer de droits d'écriture sur le serveur distant. + Attention : A utiliser avec précaution! + + +Créer une nouvelle pêcherie +--------------------------- + +La saisie d'une pêcherie se déroule en plusieurs étapes : + +#. création ou sélection de la région à utiliser dans la pêcherie +#. saisie des mailles +#. saisie des zones +#. saisie des ports +#. saisie des espÚces +#. saisie des populations +#. saisie des engins +#. saisie des métiers +#. saisie des marées +#. saisie des types de navire +#. saisie des flottilles +#. saisie des stratégies + + +1. **Création** ou **sélection** de région +========================================== + +Une fois la région créée ou chargée voila à quoi ressemble l'interface. + +.. image:: input_04_create.png + +Les latitudes et longitudes sont en degrés décimaux. + +#. **Nom de la région** + Le nom de la région (il s'agit d'un nom d'objet de la pêcherie, il est + préférable de normaliser ces noms, par exemple n'utiliser que des caractÚres + alphanumériques sans ponctuation). + La région est un rectangle avec une grille réguliÚre de mailles. +#. **Latitude minimum** : + latitude minimum de la région (valeur réelle) +#. **Latitude maximum** : + latitude maximum de la région (valeur réelle) +#. **Longitude minimum** : + longitude minimum de la région (valeur réelle) +#. **Longitude maximum** : + longitude maximum de la région (valeur réelle) +#. résolution spatiale (**latitude**) : + étendue de chaque maille en latitude (valeur réelle) +#. résolution spatiale (**longitude**) : + étendue de chaque maille en longitude (valeur réelle) +#. liste des cartes : TODO +#. **Ajouter une carte** : + Si vous désirez changer la carte par défaut pour une carte plus + précise, cliquez sur Ajouter carte et sélectionnez la carte à + ajouter grâce au menu défilant. + Il n'est nécessaire d'ajouter que la carte au format shp néanmoins les deux cartes shp et ssx doivent être situées dans le + même dossier +#. **Supprimer la carte** : + Pour supprimer une carte précédemment ajoutée. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires sur la région peuvent être ajoutées + grâce aux encadrés **Commentaires**. Elles seront sauvegarder en même temps + que la région. +#. **Ajouter un fichier de mailles** : + Un fichier contenant des mailles prédéfinies peut aussi être chargé. + Cliquez sur **...*** +#. **Sauver** la région : + Une fois que les frontiÚres de la région ont été définies (la carte + et le fichier de mailles prédéfinies ajoutés si nécessaire), cliquez + sur **Sauver**. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + enregistrée. +#. **Vérifier** : + Pour vérifier la cohérence de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les **mailles** : + A la fin de ce stade, la région ainsi qu'une grille de mailles ont été crées. + + Afin de continuer la paramétrisation, cliquez sur **Continuer vers les mailles** + ou sélectionner l'onglet **Mailles** dans le menu de gauche. + +2. **Saisie des mailles** +========================= + +.. image:: input_05_inputMailles.png + +La feuille de saisie des mailles permet à l'utilisateur de renommer les +mailles. Il est aussi possible de définir si la maille est en fait de la terre +en cochant la case **Terre**. + +#. **Maille** dans la navigation : + On peut sélectionner une maille à partir de cette zone. Les autres zones + seront alors mises à jour avec les données de cette maille. +#. **Maille** dans la liste : + On peut sélectionner une maille à partir de cette liste déroulante des noms + des mailles de la région. Les autres zones seront alors mises à jour avec les + données de cette maille. +#. **Maille** sur la carte : + On peut enfin sélectionner une maille en la sélectionnant sur la carte. Les + autres zones seront alors mises à jour avec les données de cette maille. +#. **Nom** de maille : + Pour modifier le nom de la maille, par défaut un nom de maille est l'expression + de sa latitude suivi de sa longitude; exemple : La44.5Lo-3.0 +#. **Latitude** : + latitude du coin bas gauche de la maille sélectionnée exprimée en degré. +#. **Longitude** : + longitude du coin bas gauche de la maille sélectionnée exprimée en degré. +#. **Terre** : + Case à cocher permettant de spécifier si la maille est sur terre ou non. +#. **Commentaires** : + Pour saisir un commentaire lié à cette maille. Des informations + complémentaires peuvent être ajoutées grâce cette fenêtre. Chaque + commentaire est lié à une maille, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque maille préalablement définie. +#. **Sauver** : + Pour sauver les modifications sur cette maille. Ne pas oublier de sauver en + cliquant sur ce bouton pour chaque modification de maille. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications sur cette maille et revenir à la derniÚre + version sauvegardée. +#. **Continuer** vers les zones : + Afin de poursuivre, cliquez sur **Continuer vers les Zones** ou sélectionner + l'onglet **Zones** dans le menu de gauche. + + +3. **Saisie des zones** +======================= + +Les zones **Populations**, les zones **Métier** et les zones de gestion doivent être +créées respectivement avant les populations, les métiers et les mesures de +gestion. + +.. image:: input_06_inputZones.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par créer la zone avant de modifier ses valeurs, on + clique ici pour créer la zone vide. Une fois la zone créée, elle apparaît + dans la combo-box **Choisir une zone** et il est possible de la sélectionner et + de la renommer. +#. **Nom** : + Pour renseigner le nom de la zone une fois celle-ci créée. Voir remarque sur + les noms des objets de la pêcherie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver en base la nouvelle zone. + Ne pas oublier de sauver à la fin de ces opérations. + + A ce stade, la zone a été créée, il faut désormais lui associer des mailles. +#. **Choisir une zone** : + La **zone** dans la zone de navigation des objets de la pêcherie. +#. **Sélection des mailles** de la zone : + Sélectionner les mailles composant cette zone soit en cochant les cases une + par une soit en les sélectionnant directement sur la carte. +#. **les mailles de la zone représentées sur la carte** : + cliquer sur la maille à sélectionner, elle devient verte une fois sélectionnée. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectués dans la zone sélectionnée. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une zone de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois la zone supprimée, elle n'est plus récupérable. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce cette fenêtre. + Chaque commentaire est lié à une **Zone**, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque Zone préalablement définie. +#. **Continuer** vers les ports : + Afin de poursuivre la saisie des paramÚtres, cliquer sur **continuer vers + les ports** ou cliquer sur l'onglet Ports dans le menu de gauche. + +ATTENTION : il est possible de créer des zones population se chevauchant pour une même population + + +4. **Saisie des ports** +======================= + +Les ports sont utilisés afin de pouvoir calculer les coûts de transport. +Un port est contenu dans une maille correspondant à la localisation +géographique du port. + +Chaque port est localisé exactement sur une maille. + +.. image:: input_07_inputPorts.png + +#. **Créer** : + On commence toujours par créer le port avant d'effectuer des modifications. + On clique ici pour créer un port vide. Une fois le port créé, il apparaît + dans la zone de navigation **Choisir un port** et il est possible de le + sélectionner et de l'éditer. +#. **Nom du port** : + Le nom du port à renseigner (Voir remarque sur les noms des objets de la + pêcherie.) +#. **Sauver** : + Pour sauver le port, en base. Ne pas oublier de sauver à la fin de ces + opérations. + + A ce stade, le port a été créé, il faut désormais lui associer une maille. +#. **Choisir un port** : + Le port dans la zone de navigation des objets de la pêcherie. +#. **Sélection de la maille du port** : + Sélectionner la maille où se situe le port en cochant une case ou en les + sélectionnant directement sur la carte. +#. **La maille du port représenté sur la carte** : + Cliquer sur la maille à sélectionner, elle devient alors verte. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectués sur le port sélectionné. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer le port de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois le port supprimé, il ne sera plus récupérable. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette fenêtre. + Chaque commentaire est lié à un Port, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque Port préalablement défini. +#. **Continuer** vers les espÚces : + Afin de poursuivre la saisie des paramÚtres, cliquer sur l'onglet + **EspÚces** dans le menu de gauche. + + +5. **Saisie des espÚces** +========================= + +.. image:: input_08_inputSpecies.png + +#. **Créer** une espÚce : + On commence toujours par créer l'espÚce avant de modifier ses + caractéristiques. On clique ici pour créer une espÚce vide. + Une fois l'espÚce créée, elle apparaît dans la zone de navigation des + objets de la pêcherie. Il est possible de la sélectionner et de l'éditer. +#. **Nom de l'espÚce** : + On nomme l'espÚce une fois celle-ci créée. (Voir remarque sur les noms des + objets de la pêcherie.) +#. **Sauver** : + Permet de sauver en base la nouvelle espÚce. + Ne pas oublier de sauver à la fin de ces opérations. + + A ce stade, l'espÚce est crée, il faut désormais terminer la configuration + de ses caractéristiques. +#. **Nom scientifique** : + Pour renseigner le nom scientifique de l'espÚce. Le nom commun uniquement sera + utilisé par la suite. La plupart des paramÚtres biologiques à définir + ensuite dépendent de la Dynamique choisie. Les populations peuvent soit + avoir une dynamique en âge, soit avoir une dynamique en stades (incluant + aussi la structuration en longueur). +#. **Code rubbin** TODO +#. **CEE** TODO +#. **Structuré en age** : + Dynamique de la population en age, cela correspondant au nombre de classes + d'âge. +#. **Structuré** en longueur : + Dynamique de la population en longueur, cela correspond au nombre de classes + de longueur. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette fenêtre. + Chaque commentaire est lié à une espÚce, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque espÚce préalablement définie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les changements effectués sur l'espÚce sélectionnée et revenir + à la derniÚre version sauvegardée. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer l'espÚce de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois l'espÚce supprimée, elle ne sera plus récupérable. +#. **Choisir une espÚce** : + L'espÚce dans la zone de navigation des objets de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les populations : + Afin de poursuivre la saisie des paramÚtres, cliquer sur l'onglet + **Populations** de l'espÚce dans le menu de gauche. + +6. **Saisie des populations** +============================= + +Les populations sont décrites au travers de huit onglets. Une fois la population +créée, renseignez les différents paramÚtres dans l'ordre suivant : + +.. image:: input_09_inputPopulations.png + +#. onglet de saisie des paramÚtres de base de la population +#. onglet de saisie des zones de la population +#. onglet de saisie des saisons de la population +#. onglet de saisie des équations de population +#. onglet de saisie des équations de reproduction de la population +#. onglet de saisie des groupes de populations +#. onglet de saisie des équations de capturabilité de la population +#. onglet de saisie des migrations de la population +#. **population** dans la navigation : + Vous pouvez choisir dans la zone de navigation des objets de la pêcherie, + les populations à éditer. +#. **continuer** + Une fois les modifications sur les populations terminées, vous pouvez + continuer vers la saisie des engins. + +La saisie des populations requiert la définition d'un certain nombre d'équations +dont voici la liste: + +#. **équation de croissance** : + Si le dernier groupe est défini comme un **groupe plus**, la fonction de + croissance de la population (lorsqu'elle est structurée en âge) et les + paramÚtres correspondant. + + .. image:: inputEquation_00_Growth.png + +#. **équation de croissance inverse** : + Fonction inverse de la croissance de la population (lorsqu'elle est + structurée en stade). + + .. image:: inputEquation_01_GrowthReverse.png + +#. **équation de taux de mortalité naturelle** : + + .. image:: inputEquation_02_NaturalDeathRate.png + +#. **équation de poids principal** : + + .. image:: inputEquation_03_MeanWeight.png + +#. **équation de prix** : + + .. image:: inputEquation_04_Price.png + +#. **équation de migration** : + + .. image:: inputEquation_05_Migration.png + +#. **équation d'émigration** : + + .. image:: inputEquation_06_Emigration.png + +#. **équation d'immigration** : + + .. image:: inputEquation_07_Immigration.png + +#. **équation de reproduction** : + Une équation donnant le nombre d'œufs émis en fonction de l'abondance des + reproducteurs et d'autres paramÚtres dont, par exemple le coefficient de la + fécondité. + + .. image:: inputEquation_08_GearSelectivity.png + + +Onglet **Saisie des populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les paramÚtres de base incluent tous les paramÚtres biologiques définis à +l'échelle de la population. + +.. image:: input_10_inputPopulations_tabBase.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par créer une nouvelle population, avant d'en modifier + les caractéristiques. +#. **Sauver** : + Sauver la population en base. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées sur la population et revenir sur la + derniÚre version sauvegardée. +#. **Supprimer** : + Supprimer la population sélectionnée de la pêcherie. +#. **Reconstruire** les groupes : + Créer les groupes de la population. + Cela ouvrira différentes boites de dialogue selon la maniÚre dont les + populations sont structurées, ainsi que de la maniÚre dont l'utilisateur + veut décrire les classes. TODO (voir figures des dialogues). + + Pour effectuer cette opération, il est possible d'avoir besoin des équations de + croissance et autres. Il faudra alors les avoir préalablement renseignées. +#. **Structuration dynamique** : + Une fois que les interfaces concernant les fonctions de croissance ou les + fonctions inverse de croissance ont été renseignées, il est possible de + vérifier les paramÚtres grâce à la table. + Si les paramÚtres de croissance ont été modifiés, ne pas oublier de sauver. +#. **Sauver comme modÚle** : + Pour sauver une équation de type croissance dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/growth TODO) + + Si la fonction de croissance créée peut a priori être réutilisée pour + d'autres espÚces, il peut être utile de la sauver comme modÚle en + utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** : + Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance (voir figure + input_XX_equationGrowth). +#. **Sauver comme modÚle** : + Pour sauver une équation de type décroissance inverse dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reversegrowth TODO) + + Si la fonction de croissance inverse créée peut a priori être réutilisée + pour d'autres espÚces il peut être utile de la sauver comme modÚle en + utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** : + Pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance inverse (voir figure + input_XX_equationReverseGrowth). +#. **Nom** : + Pour renseigner le nom de la population (voir remarque sur les noms des + objets d'une pêcherie). +#. **Identifant géographique** : + Pour renseigner l'identifiant de la population. Un petit commentaire de + description de la population peut être ajouté ici. +#. **Nombre de groupes** : + Une fois les classes de la population créées, on voit ici le nombre de + groupes de la population. +#. **Groupe de maturité** : + Pour choisir le groupe de maturité. Il faut avoir créé les classes de la + population avant. Il s'agit de l'âge auquel 50% de la population est mature. + + Saisir l'âge de maturité des individus. Cette valeur pourra être utilisée + comme variable dans l'équation de reproduction. L'âge de maturité est + exprimée en années. +#. **plusGroup** : + Pour définir une population de type **plusGroup** + Cocher la case si la derniÚre classe de la population est définie comme un + groupe plus. + Si le dernier groupe est définit comme un groupe plus, la fonction de + croissance de la population (lorsqu'elle est structurée en age) et les + paramÚtres correspondants. +#. **choix équation croissance** : + Pour choisir l'équation de croissance à utiliser pour la population. +#. **éditeur équation croissance** : + Pour éditer l'équation de croissance L'interface de saisie de la fonction + de croissance permettant de calculer la taille en fonction de l'âge n'est a + renseigner (et ne sera utilisée) que dans le cas de populations structurées + en âge. + + Il est possible d'utiliser soit un modÚle prédéfini et dans ce cas la seule + opération consiste à changer les paramÚtres pour ceux correspondant au cas d'étude. + La seconde option consiste à écrire votre propre modÚle en utilisant l'éditeur. + + Les ages sont exprimés en années (Classe Mature et Age) mais la variable + age dans la fonction de croissance est exprimée en mois. +#. **choix équation croissance inverse** : + Pour choisir l'équation de croissance inverse à utiliser pour la population + (lorsqu'elle est structurée en longueur). + +#. **éditeur équation croissance inverse** : + Pour éditer l'équation de croissance inverse. + + Ne renseigner cette partie que si la population est structurée en stades + (commentaires identique à ceux formulés au dessus pour les fonctions de + croissances et les populations structurées en âge). +#. **commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette fenêtre. + Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque population préalablement définie. + + +Onglet **Saisie des groupes de populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet d'éditer les paramÚtres de chaque groupe de la population. + +.. image:: input_11_inputPopulations_tabGroup.png + +#. **Liste des groupes** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des groupes connus pour cette + espÚces (ils ont été générés pendant la création des classes). +#. **Poids principal** du groupe sélectionné : + Il s'agit du poids moyen de la classe (en kg). +#. **Prix** du groupe sélectionné : + Il s'agit du prix moyen de la classe (en euros par kg). +#. **Taux de mortalité naturelle** du groupe sélectionné : + Il s'agit du résultat de l'équation de mortalité naturelle par année. +#. **Taux de reproduction** du groupe sélectionné : + Intensité relative de la reproduction durant les mois de la saison de + reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois + courant de la saison de reproduction). + autrement dit : nombre d'œufs - par kg de femelles de la classe (ne pas + oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe + ratio dans l'équation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de + multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus. +#. **Age** du groupe sélectionné : + Si la population est structurée en stades, cette valeur est l'âge moyen + d'une classe (en années). +#. **Longueur** du groupe sélectionné : + Si la population est structurée en âge, cette valeur est la longueur moyenne + de la classe d'âge (en ???). +#. **Commentaires** : + permet d'ajouter des commentaires. +#. **Sauver** : + sauver les modifications sur les groupes de la population +#. **Annuler** : + annuler les modifications effectuées sur les groupes de la population. + + +Onglet **Saisie des équations de population** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_12_inputPopulations_tabEquation.png + +Pour saisir les équations de mortalité naturelle, poids principal et prix de la +population. + + +#. **Liste des populations** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de mortalité + naturelles connues pour cette espÚce. +#. **équation de taux de mortalité naturelle** : + Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de mortalité + naturelle. +#. **liste des populations** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de poids moyen + connues pour cette espÚce. +#. **équation de poids moyen** : + Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de poids moyen. +#. **Liste des populations** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des équations de prix + connues pour cette espÚce. +#. **équation de prix** : + Pour éditer sans passer par l'éditeur d'équations, l'équation de prix. +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de taux de mortalité naturelle + pour sauver une équation de type taux de mortalité naturelle dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/NaturalDeathRate TODO) + + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de taux de mortalité naturelle : + pour ouvrir l'éditeur d'équation de croissance (voir figure input_XX_equationNaturalDeathRate TODO). +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de poids principal + pour sauver une équation de type poids principal dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/meanWeight TODO). + + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de poids principal + pour ouvrir l'éditeur d'équation de poids principal(voir figure + input_XX_equationMeanWeight). +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de prix : + pour sauver une équation de type prix dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/price TODO) + + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de prix + pour ouvrir l'éditeur d'équation de prix (voir figure input_XX_equationPrice). +#. **Sauver** + sauver les modifications sur les équations de la population +#. **Annuler** + annuler les modifications effectuées sur les équations de la population et + revenir à la derniÚre version sauvegardée. + + +Onglet **Saisie des zones de populations** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_13_inputPopulations_tabZone.png + +On définit ici les zones d'apparition et reproduction + +#. **sélection des zones** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pêcherie. +#. **Sélection des zones de présence** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pêcherie. On doit + sélectionner les zones de présence de la population durant l'année. +#. **Sélection des zones de reproduction** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pêcherie. On doit + sélectionner les zones où se dérouleront les reproductions. +#. **Éditeur des correspondances** : + Pour spécifier les correspondances entre les zones de reproduction, et les + zones de recrutements si il y a plusieurs aires, i.e définir la proportion + d'œufs émis de la zone de reproduction qui sont recrutés dans une zone de + recrutement. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications effectuées sur les zones de la population. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées sur les zones de la population et + revenir à la version précédente. + +Onglet **Saisie des saisons** (population en age) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +On définit ici les saisons pour une population structurée en age. + +.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeason.png + +#. **Liste des saisons** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des saisons actuellement définies + pour cette population. +#. **Plage de la saison** : + On définit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant + aux mois sélectionnés de la saison. +#. **Changement de groupe** : + Pour une saison donnée, si cette case est cochée, les poissons changeront de + classe le premier mois de la saison. + Pour une population structurée en age, le changement de groupe ne peut être appliqué que sur une seule saison par an. +#. **Reproduction** : + Pour une saison donnée, si cette case est cochée, un tableau décrivant la + distribution de la reproduction apparaît, chaque cellule doit être renseignée + avec l'intensité de la reproduction par mois de la saison. +#. **Répartition des apparitions** : + Chaque cellule doit être renseignée avec l'intensité de la reproduction par + mois de la saison. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrées qu'aprÚs avoir validé en + appuyant sur la touche **Entrée**. Les paramÚtres ont cependant besoin + d'être sauvés en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une saison, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque saison préalablement définie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver les modifications effectuées sur les saisons de la population. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuées et de revenir à la derniÚre + version sauvegardée. +#. **Nouveau** : + On doit toujours commencer par créer une saison avant d'en modifier le + contenue. Une fois la saison créée, on définit sa position dans l'année. + Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut + commencer une année et finir l'année suivante (commencer en novembre et finir + en février de l'année suivante par exemple). +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une saison de la population, cette opération est + irréversible, une fois supprimée la saison n'est plus récupérable. + +Remarque : S'assurer que le changement de groupe n'est coché que pour une +saison, sinon les poissons pourront changer de classe plus d'une fois par an. + +Onglet **Saisie des saisons** (population en longueur) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +TODO faire screenshot pour ce type de classe + +On définit ici les saisons pour une population structurée en longueur. + +.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeasonStade.png + +#. **Liste des saisons** : + Cette liste déroulante contient l'ensemble des saisons actuellement définies + pour cette population. +#. **Plage de la saison** : + On définit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant + aux mois sélectionnés de la saison. +#. **Reproduction** : + Pour une saison donnée, si cette case est cochée, un tableau décrivant la + distribution de la reproduction apparaît, chaque cellule doit être renseignée + avec l'intensité de la reproduction par mois de la saison. +#. **Distribution de la reproduction** : + Chaque cellule doit être renseignée avec l'intensité de la reproduction par + mois de la saison. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrées qu'aprÚs avoir validé en + appuyant sur la touche **Entrée**. Les paramÚtres ont cependant besoin + d'être sauvés en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Changement de groupe** : + Sélectionner si le changement de classe doit se faire de maniÚre spatialisée + ou non (cocher la case appropriée). + Renseigner la matrice de coefficient de changement de classes. Si la matrice + est spatialisée, la taille de la matrice sera le nombre de zones de présence * le nombre de groupes. + Pour chaque mois le coefficient correspond à la proportion d'individus passant + de la classe i (en ligne) à la classe j(en colonne). Ces coefficients peuvent + être définis par zones. + Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrées qu'aprÚs avoir validé en + appuyant sur la touche **Entrée**. Les paramÚtres ont cependant besoin + d'être sauvés en cliquant sur le bouton **Sauver**. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une saison, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque saison préalablement définie. +#. **Sauver** : + Permet de sauver les modifications effectuées sur les saisons de la population. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuées et de revenir à la derniÚre + version sauvegardée. +#. **Nouveau** : + On doit toujours commencer par créer une saison avant d'en modifier le + contenue. Une fois la saison créée on définit sa position dans l'année. + Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut + commencer une année et finir l'année suivante (commencer en novembre et finir + en février de l'année suivante par exemple). +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une saison de la population, cette opération est + irréversible, une fois supprimée la saison n'est plus récupérable. + +Onglet **Saisie de la capturabilité** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour chaque groupe et chaque saison, le coefficient de capturabilité est défini +comme la probabilité d'un individu du groupe, présent dans la zone au +cours d'une saison, d'être capturé par une unité d'effort standardisé +appliquée par un engin non sélectif. + +.. image:: input_15_inputPopulations_tabCapturability.png + +#. **Édition** : + Saisir ces coefficients pour chaque classe et chaque saison. + Les valeurs dans la table ne seront saisies qu'aprÚs avoir appuyé sur **Entrée** + (sinon les cellules restent bleues, ce qui signifie qu'elles ne seront pas sauvées). +#. **Commentaires** : + Pour saisir des commentaire concernant la capturabilité de la population, ils seront + sauvegardé en même temps que la population. +#. **Sauver** : + Pour enregistrer les modifications effectuées sur cet écran en base. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modification effectuées sur cet écran et revenir à la + derniÚre version enregistrée. + +Onglet **Saisie des reproductions** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Pour configurer les reproductions et recrutements de la population. + +L'équation de reproduction est une équation qui permet de calculer le nombre +d'œufs produits en fonction de l'abondance des reproducteurs ainsi que +d'autres paramÚtres, pouvant inclure le coefficient de fécondité et le groupe Mature. + +On définit l'étalement de recrutement : Proportion du groupe naissant qui +est effectivement recrutée chaque mois. +Cet étalement reflÚte la variabilité individuelle des œufs et des larves +dans le développement d'une cohorte mensuelle. Par défaut, le recrutement +d'une cohorte dure un mois, cela signifie que tous les individus de la +cohorte recrutent durant le même mois lorsqu'ils sont prÚs à être recrutés. + +.. image:: input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png + +#. **Liste des équations de reproduction** : + On retrouve dans cette liste déroulante, l'ensemble des équation de + reproduction connues dans la pêcherie. +#. **Éditeur de l'équation de reproduction** : + Pour éditer l'équation de reproduction sans passer par l'éditeur d'équation + externe. +#. **Nombre de mois** entre la ponte et le recrutement : + Temps requis au groupe naissant pour être recruté. Cela détermine le + début du recrutement à partir de la saison de reproduction. ce paramÚtre peut être + égal à 0 (i.e. les juvéniles se recrutent instantanément au mois de + reproduction : si reproduction en juin et nombre de mois entre ponte et recrutement = 0 alors recrutement en juin) +#. **Distribution du recrutement** : + Pour modifier les proportions dans la distribution du recrutement. + Par défaut toutes les valeurs sont à zéro. +#. **Nouvelle matrice** : + Cliquer sur ce bouton afin de faire apparaître une boite de dialogue + permettant de définir la durée du recrutement. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone + d'édition. Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population préalablement définie. +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de reproduction : + pour sauver une équation de type reproduction dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reproduction TODO) + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour l'équation de reproduction + pour ouvrir l'éditeur d'équation de reproduction (voir figure + input_XX_equationReproduction). +#. **Sauver** + Sauver les modifications effectuées. +#. **Annuler** + Annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + sauvegardée.. + +Remarque : Si la seule relation disponible est une relation Stock/Recrutement, +il suffit de saisir cette relation dans l'équation de reproduction et de mettre +la mortalité naturelle du groupe naissant ainsi que le nombre de mois entre +la reproduction et le recrutement à zéro. + +Onglet **Migration** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Saisie des migrations, émigrations et immigrations sur les groupes de la +population. + +Jusqu'à la version 2.2.2, les migrations, immigrations et émigrations sont +définies comme des coefficients ou des effectifs relatifs à chaque classe. +À partir de la version 2.2.2, il est possible de décrire ces migrations à +l'aide d'équations ayant pour arguments les groupes, les zones de départ et +d'arrivée et les matrices d'effectifs. + +Les migrations se réalisent instantanément au début de la saison sélectionnée. +(voir les différents articles sur ISIS-Fish) + +On peut le réaliser de deux maniÚres: + +#. en saisissant directement les mouvements de populations +#. en saisissant des équations décrivant les mouvements de populations + +Onglet **Migration** (Migration de population) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les migrations se réalisent instantanément au début de la saison sélectionnée. +(voir les différents articles sur ISIS-Fish) + +Correspond aux migrations entre les zones de la région. + +.. image:: input_17_inputPopulations_tabMigration.png + +#. **Sélection de la saison** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrées + pour l'espÚce dans la pêcherie. Il faut en sélectionner une pour définir une + migration. +#. **Sélection du groupe de population à migrer** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les migrations sont détaillées par groupe. On sélectionne ici le groupe + affecté par l'immigration à détailler. +#. **Sélection de la zone de départ** : + Liste déroulante des zones de départ parmi les différents aires préalablement + définies. Il faut sélectionner un zone de départ pour la classe sélectionnée. +#. **Coefficient de migration** : + il s'agit de la proportion du groupe sélectionné affectée par la migration. +#. **Sélection de la zone d'arrivée** : + Liste déroulante des zones d'arrivé parmi les différents aires préalablement + définies. Il faut sélectionner une zone d'arrivée pour la classe sélectionnée. +#. **Ajouter la migration** : + Une fois sélectionnés les paramÚtres précédemment cités, on appuie ici pour + créer la migration; les paramÚtres de la migration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrées** : + Liste des migrations actuellement renseignées. +#. **Supprimer une migration** : + Pour supprimer une migration précédemment ajoutée. Attention cette opération + est irréversible, une fois supprimée la migration ne sera plus récupérable. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone + d'édition. Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population préalablement définie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + enregistrée.. + +Remarque : Il n'y a pas de test sur les valeurs saisies, faire attention à +saisir un coefficient pour les migrations et les émigrations et un nombre pour +les immigrations. Il est en effet possible de saisir « 1000 » pour un +coefficient de migration sans générer d'erreur. + +Onglet **Migration** (Immigration) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Il s'agit de la proportion de poissons migrant d'en dehors de la région vers la région. + +.. image:: input_19_inputPopulations_tabImmigration.png + +#. **Sélection de la saison** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrées + pour l'espÚce dans la pêcherie. Il faut en sélectionner une pour définir une + immigration. +#. **Sélection du groupe de population à immigrer** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les immigrations sont détaillées par groupe. On sélectionne ici le groupe + affecté par l'immigration à détailler. +#. **Sélection de la zone d'arrivée** : + Liste déroulante des zones d'arrivée parmi les différents aires préalablement + définies. Il faut sélectionner un zone d'arrivée pour le groupe sélectionné. +#. **Coefficient d'immigration** : + il s'agit de la proportion du groupe sélectionné affectée par l'immigration. +#. **Ajouter l'immigration** : + Une fois sélectionnés les paramÚtres précédemment cités, on appuie ici pour + créer l'immigration; les paramÚtres de l'immigration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrées** : + Liste des immigrations actuellement renseignées. +#. **Supprimer une immigration** : + Pour supprimer une immigration précédemment ajoutée. Attention cette opération + est irréversible, une fois supprimée la migration ne sera plus récupérable. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone + d'édition. Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population préalablement définie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications sur les immigrations. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + enregistrée. + +Onglet **Migration** (Migration) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +Il s'agit de la proportion de poissons migrant hors de la région. + +.. image:: input_18_inputPopulations_tabEmigration.png + +#. **Sélection de la saison** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrée + pour l'espÚce dans la pêcherie. Il faut en sélectionner une pour définir une + émigration. +#. **Sélection du groupe de population à émigrer** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des groupes de la population. + Les émigrations sont détaillées par groupe. On sélectionne ici le groupe + affecté par l'émigration à détailler. +#. **Sélection zone de départ** : + Liste déroulante des zones de départ parmi les différents aires préalablement + définies. Il faut sélectionner une zone de départ pour la classe sélectionnée. +#. **Coefficient d'émigration** : + Il s'agit de la proportion de la classe sélectionnée affectée par l'émigration. +#. **Ajouter l'émigration** : + Une fois sélectionnés les paramÚtres précédemment cités, on appuie ici pour + créer l'émigration; les paramÚtres de l'émigration apparaissent comme une + ligne dans la table ci-dessous. +#. **Les immigrations enregistrées** : + Liste des émigrations actuellement renseignées. +#. **Supprimer une émigration** : + Pour supprimer une émigration précédemment ajoutée. Attention cette opération + est irréversible, une fois supprimée la migration ne sera plus récupérable. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone + d'édition. Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population préalablement définie. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications sur les émigrations. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + enregistrée. + +Onglet **Migration** (par équation) +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png + +#. **Sélection de la saison** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrées + pour l'espÚce dans la pêcherie. Il faut en sélectionner une pour définir une + migration-émigration ou immigration. +#. pour utiliser le mode équation, il faut cocher ici. +#. **Sélection équation de migration** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des équations de migration connues + dans la pêcherie. +#. **Éditeur équation de migration** : + Pour éditer l'équation de migration sans passer par l'éditeur d'équations + externe. +#. **Sélection équation d'émigration** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des équations d'émigration connues + dans la pêcherie. +#. **Éditeur équation de émigration** : + Pour éditer l'équation d'émigration sans passer par l'éditeur d'équations + externe. +#. **Sélection équation d'immigration** : + Liste déroulante contenant l'ensemble des équations d'immigration connues + dans la pêcherie. +#. **Éditeur équation d'immigration** : + Pour éditer l'équation d'immigration sans passer par l'éditeur d'équations + externe. +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de migration + pour sauver une équation de type migration dans les scripts d'IsisFish (formules/migration TODO) + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de migration : + pour ouvrir l'éditeur d'équation de migration (voir figure inputEquation_XX_migration). +#. **Sauver comme modÚle** pour équation d'émigration : + pour sauver une équation de type émigration dans les scripts d'IsisFish (formules/emigration TODO) + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation d'émigration : + pour ouvrir l'éditeur d'équation d'émigration (voir figure inputEquation_XX_emigration). +#. **Sauver comme modÚle** pour équation de immigration : + pour sauver une équation de type immigration dans les scripts d'IsisFish (formules/immigration TODO) + Si la fonction créée peut a priori être réutilisée pour d'autres population + il peut être utile de la sauver comme modÚle en utilisant ce bouton. +#. **Ouvrir l'éditeur** pour équation de immigration : + pour ouvrir l'éditeur d'équation de migration (voir figure inputEquation_XX_immigration). +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone + d'édition. Chaque commentaire est lié à une population, il est ainsi possible + d'ajouter un commentaire pour chaque population préalablement définie. +#. **Sauver** + Sauver les modifications sur les équations. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version enregistrée. + + +7. **Saisie des engins** +======================== + +La saisie d'un engin se compose de deux onglets: + +#. **Engin** : pour renseigner les caratéristiques générales de l'engin. +#. **Sélectivité** : pour renseigner les caractéristisques de sélectivité de + l'engin (assocation equation de sélectivite - pouplation). + +Onglet **Engin** +~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_21_inputEngins.png + +#. **Nouvel engin** : + On commence toujours par créer l'engin, avant de renseigner ces caractéristiques. +#. **Nom de l'engin** : + le nom de l'engin (il faut utiliser de préférence un nom standardisé comme + pour tous les objets de la pêcherie). +#. **Unité d'effort** : + pour renseigner l'unité dans laquelle est mesurée l'effort. +#. **Facteur de standardisation** : + facteur permettant de standardiser l'effort de pêche entre les différents + engins (réel positif). +#. **ParamÚtre technique** : le nom du paramÚre technique se référent à l'engin (maille, nombre d'hameçons...) qui pourra intervenir dans l'équation de selectivité ou être modifié par une rÚgle de gestion +#. **Type de valeur** : + pour définir le type des valeurs de l'intervalle renseigné ci-dessous. +#. **Intervalle de valeurs** : + Valeurs possibles du paramÚtres est l'intervalle des valeurs pouvant être + prises par le paramÚtre technique. Cela peut se présenter sous la forme + d'une liste de valeurs (pour les paramÚtres discrets (séparés par des ";")) ou d'un intervalle (pour les paramÚtres continus (séparés par un "-")). Ces valeurs sont renseignées à titre informatif et non utilisées dans le moteur de simulation. + Ex: + 80-100 + ou 10;30;50 + ou petit;moyen;grand +#. **Commentaires** : + Pour permettre de saisir des commentaires propres à cet engin. Ils seront + sauvegarder en base lors de la sauvegarde de l'engin. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications apportés sur l'engin. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées depuis la derniÚre suavegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer un engin de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois supprimé, l'engin n'est pas récupérable. +#. **engins dans la navigation** : + positionnement de l'engin dans les objets de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les métiers : + Une fois le paramétrage de l'engin terminé, continuer vers la prochaine étape + de la configuration de la pêcherie : les métiers. + +Onglet **Sélectivité** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +L'équation de sélectivité définie pour chaque espÚce pouvant être capturée +par l'engin. + +La sélectivité doit être saisie pour chaque population susceptible d'être +capturée par l'engin. + +.. image:: input_22_inputEnginsSelectivity.png + +#. **Sélection de la population** : + Dans cette liste déroulante, sont représentées les populations connues de la + pêcherie. +#. **Sélection de l'équation de sélectivité** : + Dans cette liste déroulante, on retrouve l'ensemble des équation de + sélectivités connues dans la pêcherie. Quand vous sauvegarderez l'engin, + l'équation utilisée sera ajoutée ici (s'il s'agit d'une nouvelle équation). + Si l'équation de sélectivité à appliquer à la population a déjà été saisie + pour une autre population, la sélectionner parmi les équation existantes. +#. **Éditeur de l'équation de sélectivité** : + Pour éditer dans la fenêtre de configuration de l'engin l'équation de + sélectivité sans ouvrir l'éditeur d'équation. +#. **Sauver comme modÚle** : + permet de sauvegarder une équation comme modÚle, qui peut être ensuite + réutilisée ailleurs. +#. **Ouvrir dans l'éditeur** d'équation de sélectivité : + Pour éditer dans l'éditeur d'équation l'équation de sélectivité.(TODO figure) +#. **Ajouter** : + Permet d'ajouter une association équation de sélectivité - population. +#. **Liste ajoutés** : + On retrouve ici l'ensemble des associations équations de sélectivité - population + ajoutés dans la pêcherie pour cet engin. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une association équation de sélectivité- population + précédemment ajoutée à l'engin. +#. **Sauver** : + Sauver les modifications. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées. +#. **Engins dans la navigation** : + Position de l'engin dans l'arborescence de navigation des objets de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les métiers + Une fois le paramétrage de l'engin terminé, continuer vers la prochaine étape + de la configuration de la pêcherie : les métiers. + +8. **Saisie des métiers** +========================= + +Trois différents onglets sont disponibles afin de décrire les métiers: + +#. **Métier** : où les caractéristiques du métier sont entrées. +#. **Saison/Zones** : où sont spécifiées les saisons et zones + correspondant à la description du métier. +#. **EspÚces capturables** : où sont décrites les espÚces capturées. + +Onglet **Métier** +~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_23_inputMetiers.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par ajouter un métier avant de renseigner ses caractéristiques. + Une fois ajouté, le métier apparaît dans la zone de navigation des objets de + la pêcherie. +#. **Nom du métier** : + Le nom donné pour ce métier (comme pour tous les objets, il faut que ce soit + un nom normé, puisque sauvé en base). +#. **Engin** : + Dans cette liste déroulante, on retrouve l'ensemble des engins connus de la + pêcherie. Il faut en sélectionner un car un métier est lié à un engin. +#. **Valeurs** : + La valeur du paramÚtre contrÃŽlable est la valeur du paramÚtre technique + utilisée par le métier. Cette valeur doit être sélectionnée parmi les valeurs + possibles du paramÚtre. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce cette zone. + Chaque commentaire est lié à un métier, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque métier préalablement défini. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder ce métier en base. +#. **Annuler** : + Pour annuler toutes les modifications et revenir à la derniÚre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer un métier de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois le métier supprimé, il ne sera plus récupérable. +#. **Métier** dans la zone de navigation : + Positionnement du métier dans la navigation des objets de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminée la configuration des métiers, on passe à la prochaine étape + de la saisie, à savoir la configuration des types de trajets (ou marées). + + +Onglet **Saison/zones** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_24_inputMetiersSeasonZone.png + +#. **Nouveau** : + Toujours commencer par ajouter une nouvelle association saison-zone. Une fois + celle-ci ajoutée, une nouvelle entrée est ajouté dans la liste de sélection + des saisons. +#. **Sélectionnez une saison** : + Dans cette liste déroulante sont représentées les associations saisons-zones + ajoutées pour ce métier. +#. **Saison** : + Définir un ensemble de mois durant lesquels le métier est pratiqué en utilisant + le curseur et les cellules jaunes/bleue (jaune: le mois est inclus dans la + saison, bleu: il ne l'est pas). +#. **Zones sélectionnées** : + Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pêcherie. + Sélectionner les zones dans lesquelles le métier est pratiqué pendant la + saison définie parmi les zones prédéfinies. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une saison, il est ainsi possible d'ajouter un + commentaire pour chaque saison préalablement définie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base, les modifications apportées à l'écran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications depuis la derniÚre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le métier en cours de modification. + Attention, cette opération est irréversible, une fois supprimée, l'association + n'est plus récupérable. +#. **métier** dans la zone de navigation : + Positionnement du métier dans la navigation des objets de la pêcherie. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminée la configuration des métiers, on passe à la prochaine étape + de la saisie, à savoir configuration des types de trajets (ou marées). + +Onglet **EspÚces capturables** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Le **Facteur de ciblage** quantifie la maniÚre avec laquelle un métier cible +la population. Cela comprend la puissance de pêche, le calibrage des engins, +etc. (voir les différents articles sur ISIS-Fish). +Pour une population donnée, il peut être vu comme le ratio des captures entre +deux métiers pêchant au même endroit, au même moment avec le même engin. + +.. image:: input_25_inputMetierCapturability.png + +#. **Sélectionnez une saison** : + Dans cette liste déroulante apparaît l'ensemble des saisons définies dans + l'onglet précédent. Il faut sélectionner une. +#. **Choix de l'espÚce** : + Dans cette liste déroulante, on retrouve l'ensemble des espÚces de population + connues parmi les populations du cas d'étude.. +#. **Facteur de ciblage** + Dans cette liste déroulante, on retrouve l'ensemble des facteurs cibles. + Il faut en sélectionner un. +#. **Éditeur équation Facteur ** + Pour éditer une équation de **facteur cible** sans utiliser l'éditeur externe + d'équation. +#. **Sauver comme modÚle** + Permet de sauvegarder l'équation saisie dans la zone précédente en tant que + modÚle et la rendre ainsi réutilisable. +#. **Ouvrir l'éditeur** + Permet d'ouvrir l'éditeur externe d'équation de facteur cible. +#. **EspÚces principales pour le métier** + Permet de spécifier si l'espÚce actuellement sélectionnée est une capture + principale pour ce métier. +#. **Ajouter** : + Une fois sélectionnée la saison, l'espÚce et le facteur cible, on appuie sur + ce bouton afin d'ajouter l'association. Elle sera alors ajoutée dans la table + juste en dessous. +#. **EspÚces ajoutées** : + On retrouve ici l'ensemble des associations ajoutées pour ce métier. + + Tip : en cliquant sur la cellule facteur cible d'une des entrées l'éditeur + d'équations externe s'ouvre avec l'équation correspondante. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base, les modifications apportés à l'écran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications depuis la derniÚre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le métier en cours. + Attention, cette opération est irréversible, une fois supprimée, l'association + n'est plus récupérable. +#. **Continuer** vers les types de trajets : + Une fois terminée la configuration des métiers, on passe à la prochaine étape + de la saisie, à savoir configuration des types de trajets (ou marées). + +Remarque : Il n'y a pas de test sur le facteur de ciblage, il est possible +d'ajouter plusieurs facteurs de ciblage pour le même métier et la même espÚce +pour la même période sans générer d'erreur. + + +9. **Saisie des marées** +======================== + +.. image:: input_26_inputTripType.png + +#. **Nouveau** type de trajet : + On commence toujours par ajouter un nouveau type de trajet avant d'en modifier + ses caractéristiques. Une fois le type de trajet créé, il apparaît dans la + zone de navigation des objets de la pêcherie avec un nom initialement générique. +#. **Nom** du type de trajet : + Pour modifier le nom d'un type de trajet +#. **Durée** du trajet : + Pour indiquer le nombre d'heures en mer par marée. +#. **Temps minimal entre deux voyages** : + Pour indiquer la durée minimale entre deux voyages pour ce type de trajet (en jours). +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à un type de marée, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque type de marée préalablement défini. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder en base les caractéristiques de ce type de trajet. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications depuis la derniÚre sauvegarde du type de + trajet. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer ce type de trajet de la pêcherie. Attention cette opération + est irréversible, une fois un type de trajet supprimé, il ne sera plus + récupérable. +#. **Continuer** vers les types de navires + Une fois terminées les modifications sur les types de trajets de la pêcherie, + on passe à l'étape suivante de la configuration : les types de navires. + +10. **Saisie des types de navires** +=================================== + +.. image:: input_27_inputVesselTypes.png + +#. **Nom** du type de navire : + Pour indiquer le nom du type de navire. Ce nom doit être normalisé comme le + nom de tous les objets de la pêcherie. +#. **Longueur** : + Longueur moyenne (en m) d'un bateau appartenant à ce type de bateau. +#. **Vitese** : + Permet de définir la vitesse moyenne de ce type de navire (en km.h-1). +#. **Duréee maximale du trajet** : + Pour définir la durée maximale du trajet en jours. +#. **Intervalle d'activité**: + Pour définir le temps d'activité d'un bateau TODO Revoir +#. **Taille minimale d'équipage** : + Pour définir la taille minimale de l'équipage d'un navire de ce type (en nombre de personnes). +#. **Coût d'un trajet en fuel** : + Permet de définir le coût en fuel d'un trajet pour un navire de ce type. +#. **Type de trajet** : + Dans cette liste apparaissent tous les types de trajets connus dans la pêcherie. + Un type de trajet doit être sélectionné. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à un type de bateau, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque type de bateau préalablement défini. +#. **Sauver** : + Pour sauver le type de navire. +#. **Nouveau** : + Permet de construire un nouveau type de navire. C'est l'action à réaliser + en premier avant toute modification des caractéristiques de ce type de navire. + Une fois crée, le type de navire apparaît dans la zone de navigation des + objets de la pêcherie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées et revenir à la derniÚre version + sauvegardée. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer le type de navire de la base. Attention, cette opération est + irréversible et une fois supprimé, le type de navire n'est plus récupérable. +#. **Continuer** vers les ensembles de navires : + Une fois terminées les modifications sur les types de navires de la pêcherie, + on passe à l'étape suivante de la configuration : les flottilles. + +11. **Saisie des flottilles** +============================= + +Trois onglets permettent de décrire les flottilles: + +#. **Caractéristiques** qui permet de décrire les caractéristiques de la flottille +#. **Métiers pratiqués** qui permet de détailler les différents métiers possibles. +#. **ParamÚtres des métiers** qui permet de détailler les coûts associés à chaque métier pratiqué. + +Onglet **Caractéristiques** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_28_inputVessels.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par créer une flottille avant d'en modifier les + caractéristiques. Une fois crée, la flottille apparaît dans la zone de + navigation des objets de la pêcherie avec un nom générique. +#. **Nom** : + Pour modifier le nom de la flottille. +#. **Port** d'attache : + Dans cette liste déroulante apparaissent les différents ports connus dans la + pêcherie. Il faut sélectionner un port d'attache par flottille. +#. **Type de navire** : + Dans cette liste déroulante apparaissent les différents type de navires + connus dans la pêcherie. Il faut en sélectionner un pour définir le type de + navires dont est composée le flottille. +#. **Nombre de navires** : + Pour indiquer le nombre de navire dont est composé la flottille. +#. **Coûts fixe** : + Pour renseigner les **coûts fixes** imputés à chaque propriétaire d'un + bateau de la flottille en euros par an. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une flottille, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque flottille préalablement définie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuées sur la flottille. +#. **Annuler** : + Permet d'annuler les modifications effectuées depuis la derniÚre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer la flottille de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois supprimée la flottille ne sera pus récupérable. +#. **flottilles** dans la navigation : + Position de la flottille dans la zone de navigation des objet de la pêcherie. +#. **continuer** vers les stratégies : + Une fois terminées les modifications sur les flottilles de la pêcherie, on + passe à la derniÚre étape de la configuration : les stratégies. + +Onglet **Métiers pratiqués** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescription.png + +#. **Sélection du métier** : + Dans cette liste apparaissent la liste des métiers connues dans la pêcherie. + Il faut en sélectionner en pour l'ajouter à la flottille et le paramétrer. +#. **Ajouter** : + On ajoute les différents métiers susceptibles d'être opérés lors d'une marée + en sélectionnant le métier dans la liste des différents métier. +#. **Métiers pratiqués** : + Liste des métiers pratiqués par la flottille. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer un métier de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois supprimé, le métier n'est plus récupérable. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuées sur l'engin. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées depuis la derniÚre sauvegarde. +#. **Continuer** vers les stratégies : + Une fois terminées les modifications sur les flottilles de la pêcherie, + on passe à la derniÚre étape de la configuration : les stratégies. + +Onglet **ParamÚtres des métiers** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png + +#. **Métiers** : + Sélectionnez un des métiers pratiqués par la flottille pour entrer ses paramÚtres. +#. **Opération de pêche** : + Pour définir le nombre d'opérations de pêche par jour pour ce métier et + cette flottille. +#. **Durée de la pêche** : + Pour définir la durée d'une opération de pêche en heure pour ce métier et + cette flottille. +#. **Nombre d'engins par opération** : + Pour indiquer le nombre d'engins à utiliser par opération de pêche pour ce + métier et cette flottille. +#. **Taille de l'équipage** : + Pour indiquer la taille de l'équipage d'une pêche pour ce métier et cette flottille. +#. **Coût unitaire de la pêche** : + Pour indiquer le coût unitaire de la pêche, à savoir le carburant, l'huile + et glace pour un bateau de cette flottille pratiquant ce métier (en euros par opération de pêche). +#. **Salaire d'équipage fixe** : + Pour indiquer la part fixe du salaire de l'équipage de cette flottille + pratiquant ce métier (en euros par mois). +#. **Coût de l'alimentation pour l'équipage** : + Pour indiquer le coût de l'alimentation pour l'équipage pour un bateau de + cette flottille pratiquant ce métier. +#. **Taux de partage de l'équipage** : + Pour indiquer la part variable du salaire de l'équipage pour un bateau de + cette flottille pratiquant ce métier. +#. **Coût de maintenance de l'engin** : + Pour renseigner le coût de réparation et de maintenance des engins de pêche + par jour pour un bateau de cette flottille pratiquant ce métier (en euros + par jour). +#. **Coût de revient à terre** : + Pour renseigner le coût de débarquement (taux) lié au métier et au port + de la stratégie. +#. **Autres coûts** : + Pour indiquer les autres coûts d'exploitation de cette flottille pratiquant + ce métier (en euros par heure). + +Remarque : Tous les paramÚtres économiques n'ont pas besoin d'être renseignés +afin de faire tourner une simulation, il est possible de faire tourner une +simulation (avec uniquement la partie biologique du modÚle), en laissant les +coûts à zéro (valeurs par défaut). + +12. **Saisie des stratégies** +============================= + +Deux onglets permettent de décrire les stratégies: + +#. **cararctéristiques** de la stratégie +#. **description des informations mensuelles** + +Onglet **Caractéristiques** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_30_inputStrategies.png + +#. **Nouveau** : + On commence toujours par crée une stratégie avant d'en modifier les + caractéristiques. Une fois créée, la stratégie apparaît dans la zone de + navigation des objets de la pêcherie avec un nom générique. +#. **Nom de la stratégie** : + Pour indiquer le nom de la stratégie, comme les autres noms d'objets dans + la pêcherie, il est préférable que le nom soit normalisé. +#. **Sélection de la flottille** : + Dans cette liste déroulante, on affiche l'ensemble des flottilles connues pour + la pêcherie. Il faut en sélectionner une pour l'associer à la stratégie + courante. +#. **Proportion de la flottille** : + Pour renseigner la proportion du nombre de bateaux de la flottille qui suivent + cette stratégie. +#. **Commentaires** : + Des informations complémentaires peuvent être ajoutées grâce à cette zone. + Chaque commentaire est lié à une stratégie, il est ainsi possible d'ajouter + un commentaire pour chaque stratégie préalablement définie. +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectuées sur la stratégie. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectuées depuis la derniÚre sauvegarde. +#. **Supprimer** : + Pour supprimer une stratégie de la pêcherie. Attention cette opération est + irréversible, une fois supprimée, la stratégie n'est plus récupérable. +#. **Stratégies** dans la navigation : + Position de la stratégie dans la zone de navigation des objets de la pêcherie. + + +Onglet **Saisie des mois** +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: input_31_inputStrategiesMonthInfo.png + +Cet écran permet de décrire par mois la stratégie. On retrouve douze zones pour +configurer chaque mois. On décrit ici la configuration d'un mois. + +#. **Sélection du type de trajet** : + Dans cette liste déroulante sont affichés les types de trajet connus dans la + pêcherie. Il faut en sélectionner un afin de pouvoir configurer pour + le métier associé à l'engin pour ce mois. Une fois sélectionné, on voit + s'afficher juste en dessous le nombre de trajets possibles calculé pour ce mois. +#. **Nombre de jours d'inactivités** : + Une fois un type de trajet sélectionné, on peut renseigner ici le nombre + minimum de jours d'inactivité, correspondant au nombre minimal de jours + d'inactivité dans le mois pour un bateau pratiquant cette stratégie le mois + donné. +#. **Proportion** : + Pour renseigner la proportion du temps passé par les bateaux de la stratégie + pour un métier et un mois donné. (réel entre 0 et 1). +#. **Sauver** : + Pour sauvegarder les modifications effectués sur cet écran. +#. **Annuler** : + Pour annuler les modifications effectués sur cet écran. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,108 @@ +Introduction +============ + +Objectifs +--------- + +La plupart des pêcheries sont des systÚmes complexes en raison de la +diversité des ressources exploitées (multispécifique) et des activités +de pêche (multiflottille). Ces pêcheries sont dites mixtes ou +composites. La complexité des pêcheries provient aussi des +hétérogénéités spatiales et saisonniÚres des distributions des +ressources et de la pêche. Dans les pêcheries mixtes, les ressources +sont exploitées soit simultanément, soit de maniÚre séquentielle par +des unités de pêche (navire et équipage) pratiquant différentes +activités de pêche. Il est ainsi difficile d'évaluer la dynamique des +ressources et de l'exploitation, et la mortalité par pêche qui en +résulte pour les populations exploitées. La diversité des activités de +pêche et des captures associées est due à la multiplicité des lieux de +pêche, des espÚces ciblées et des engins utilisés, mais aussi à +d'autres facteurs comme le comportement individuel des pêcheurs et les +conditions économiques et environnementales. + +Par ailleurs, les pêcheurs connaissent les distributions +spatio-temporelles des ressources, et ils allouent leur effort de +pêche en conséquence. Aux grandes échelles, les variations de ces +distributions spatiales sont principalement dues aux mouvements et +migrations ontogéniques des populations, occasionnant des +concentrations de certains stades démographiques dans certaines zones +à certaines périodes de l'année, en relation avec certains processus +du cycle de vie (reproduction, alimentation'). + +Dans ce contexte, il est essentiel de prendre en compte l'allocation +spatiale et saisonniÚre de l'effort de pêche entre les lieux de pêche +pour évaluer la dynamique de la pêcherie. Dans les pêcheries mixtes, +ces aspects sont d'autant plus importants que les pêcheurs peuvent non +seulement changer de lieu de pêche, mais aussi d'engin et +d'espÚce-cible. Des modÚles spatialement explicites sont nécessaires +pour comprendre la dynamique de ces pêcheries. + +ISIS-Fish est un modÚle de simulation spatial et saisonnier qui décrit +la dynamique des ressources, de l'exploitation et de la gestion. Il a +été développé pour explorer les conséquences d'un ensemble de mesures +de gestion sur la dynamique des pêcheries. Il permet de comparer les +impacts respectifs de mesures de gestion conventionnelles comme les +Totaux Autorisés de Capture (TAC), des contrÃŽles sur l'effort de +pêche, des mesures techniques sur les engins et des mesures comme des +Aires Marines Protégées (AMP) au sens large, i.e. des mesures de +gestion spatialisées. + +ISIS-Fish est aussi générique que possible afin d'être applicable à +différents types de pêcherie. Le logiciel comprend une base de données +qui permet d'intégrer la connaissance sur la pêcherie tout en étant +facilement modifiable. Cette connaissance comprend les paramÚtres +décrivant chaque population et chaque activité de pêche. + +ISIS-Fish permet une grande flexibilité pour plusieurs hypothÚses du +modÚle, notamment les relations entre stock de géniteurs et +reproduction, les relations de sélectivité, etc. ; et ce afin de +garantir une utilisation pour un grand nombre de pêcheries démersales +et benthiques. Les mesures de gestion et la réponse des pêcheurs à ces +mesures et aux conditions économiques et environnementales peuvent +être codées interactivement grâce à un langage de script. + +Des applications d'ISIS-Fish à plusieurs pêcheries européennes sont +en cours de développement, dans le cadre de projets de recherche +nationaux et européens. + +Bon à savoir avant de se lancer... +---------------------------------- + + * Malgré l'attention qui a été portée à la convivialité et à l'intuitivité du logiciel supportant le modÚle, ISIS-Fish reste avant tout un modÚle. A ce titre la lecture et la compréhension des équations et des hypothÚses sous-jacentes est un préalable obligatoire à la paramétrisation. N'hésitez pas à demander des clarifications à leur sujet par le biais de la mailing-list en cas de besoin. + + * La saisie d'un certain nombre de paramÚtres d'ISIS-Fish, ainsi que la création de rÚgles de gestion et plans d'analyse nécessitent la connaissance du language JAVA. Nous pensons que des connaissances de base de ce language sont nécessaires à la bonne utilisation du logiciel. Des tutoriaux pour les plans d'expériences sont disponibles sur ce site ainsi qu'un lien vers les tutoriaux JAVA. + + * Les méthodes liées aux différents objets d'ISIS-Fish sont documentées dans les API JAVA et les API ISIS-Fish pour les objets spécifiques à ISIS. La maitrise de l'utilisation de ces pages est nécessaire pour l'utilisation du logiciel. + + * ISIS-Fish est un outil collaboratif, nous vous invitons donc à échanger par le biais du wiki et des mailing-lists, vos questions, reflexions et scripts au bénéfice de tous les utilisateurs. + + * Enfin, nous mettons en garde les futurs utilisateurs qu'au vu des points mentionnés plus hauts et de la complexité du modÚle ISIS-Fish, la paramétrisation est une étape nécessitant un temps important qui ne doit pas être sous-estimé. + +Description du modÚle +--------------------- + +ISIS-Fish est destiné à évaluer l'efficacité de mesures de gestion +saisonniÚres et spatialisées sur des pêcheries mixtes. Cela passe par +le contrÃŽle de certaines variables d'exploitation, notamment captures +et effort de pêche. + +Le simulateur repose sur trois sous-modÚles: un modÚle de la dynamique +des populations, un modÚle de l'activité de pêche et un modÚle de +gestion. Chaque sous-modÚle comporte une dimension spatiale et une +dimension saisonniÚre + +.. image:: modelesFr.jpg + +La région de la pêcherie se définit par ses contours et est découpée +en mailles. La résolution spatiale du maillage est choisie en fonction +de la dynamique à décrire et des données disponibles. Des zones (c'est +à dire des ensembles de mailles contiguës) sont ensuite définies +indépendamment pour chaque population, chaque activité de pêche et +chaque mesure de gestion. + +Le modÚle a un pas de temps mensuel. Des saisons (c'est à dire une +suite de mois) sont également définies indépendamment pour chaque +population, chaque activité de pêche et chaque mesure de gestion. Au +sein de chaque zone et pour chaque saison, l'effort de pêche d'une +activité particuliÚre, ou l'abondance d'une population, sont supposées +homogÚnes et uniformément distribuées. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,301 @@ +====================== +Lanceur de simulations +====================== + +.. |tip| image:: tip.png + +Le but de ce module est de lancer des simulations en utilisant des scripts +d'ISIS-Fish (voir section script) et une region préalablement renseignée (voir +section input). + +Introduction +------------ + +Il contient toutes les interfaces utilisateur permettant la configuration d'une +simulation. + +On y retrouve enfin l'interface graphique de la queue de simulation, où l'on +peut lancer des simulations locales. + +La fenêtre de lancement de simulation permet de paramÚtrer les +simulations et de les exécuter. + +Cette fenêtre est consituée de plusieurs onglets qui permettent de modifier: + +- **ParamÚtres** de base de la simulation: identifiant, description, région, + stratégies, populations, rÚgles, nombre d'années +- **Script de présimulation**, pour l'activer il faut coché la + case *utiliser un script de pré-simulation*. Le script de pré-simulation est du BSH + exécuter avant toutes les simulations et permet de modifier la base de données. +- **Analyse de sensibilité**, pour l'activer il faut coché la case + *Utiliser le plan d'analyse*. +- **Export des résultats** qui permet de sélectionner les scripts d'export à utiliser + et le répertoire dans lequel on souhaite exporter. +- **Choix des résultats** qui permet de sélectionner les résultats à conserver + pour une visualisation ultérieure via l'interface de rendu des résultats +- **ParamÚtres avancés** qui permet de changer le simulateur à utiliser, activer ou + désactiver le cache, activer ou désactiver les statistiques, ajouter des + paramÚtres libres récupérable dans les rÚgles de gestion, le simulateur, ... + +Si une rêgle de gestion ou un export a besoin d'un résultat qui n'est +pas sélectionné alors ce résultat est automatiquement ajouté a la +liste des résultats souhaités. + +Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante +sera ajouté au nom de la simulation. + + +Description détaillée de l'interface +------------------------------------ + +On présente dans cette section, les différents options configurables via +l'interface graphique (par onglet). + +Les zones de l'interface +======================== + +.. image:: simulation_00.png + +#. le menu + La zone des menus du simulateur, (pour le moment juste une action fermer + dans le menu fichier pour fermer le lanceur de simulations, et l'action A + propos dans le menu Aide). +#. les différents onglets de configurations, 6 pour la configuration et le + dernier pour afficher l'interface de surveillance des simulations locales en + cours. +#. le contenu de chaque onglet. +#. la zone de classique de status. + +Onglet **ParamÚtres** +===================== + +.. image:: simulation_01_tabParams.png + +il s'agit de l'onglet principal des paramÚtres de base du simulateur. + +#. **Charger une ancienne simulation** + La liste déroulante contient l'ensemble des simulations existantes localement. + La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune + simulation n'existe localement. + Une fois une simulation exécutée (avec succes), elle sera ajoutée dans cette liste au prochain + lancement d'ISIS-Fish. +#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant + sur le boutton filtrer. + Un dialogue de filtre de simulation apparaît (voir section filtreSimulation) +#. **Réinitialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible en cliquant sur ce boutton de repositionner la liste de toutes + les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre précemment saisi). +#. **Nom de la simulation** + Pour saisir le nom d'une nouvelle simulation. + + Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignée ici. + + |tip| On peut trÚs facilement créer une nouvelle simulation à partir d'une ancienne en la chargeant et en changeant son nom. +#. **Description** + Pour saisir la description d'une nouvelle simulation. + + Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera renseignée ici. +#. **Region** + Pour choisir la région associée à la simulation. + + Le chargement de la région renseignera les zones de stratégies et de populations. + + |tip| commencer toujours par charger la région avant de renseigner les rÚgles + car celles-ci sont liées aux données de la région chargée. +#. **Stratégies** + Une fois une région chargée, on retrouve ici la liste des stratégies connues de la pêcherie. + La stratégie utilisé par le simulateur sera celle sélectionnée dans cette liste. +#. **Populations** + Une fois une région chargée, on retrouve ici la liste des populations connues + de la pêcherie. + + La sélection d'une population, remplit les données à saisir de cette + population dans la zone (9). + + La population utilisé par le simulateur sera celle sélectionnée dans cette liste. +#. **Données d'une population** + Une fois une population sélectionné, apparaît ici la matrice des données à + saisir sur la population. +#. **Liste des rÚgles disponibles localement** + Il s'agit de la liste des rÚgles connues par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les rÚgles dans la liste, une info bulle apparaît en affichant la description de la rÚgle (voir section script). +#. **Liste des rÚgles ajoutées** + Contient la liste des rÚgles que vous avez ajoutées. + + La sélection d'une des rÚgles ajoutées, remplit la zone (15) des paramÚtres + de configuration de la rÚgle. + + Toutes les rÚgles ajoutées dans cette liste seront utilisées par le simulateur. + + |tip| en survolant les rÚgles dans la liste, une info bulle apparaît en + affichant la description de la rÚgle (voir section script). +#. **Ajouter une rÚgle** + Permet d'ajouter la rÚgle sélectionné dans la liste déroulante (10). + Une fois ajoutée, la rÚgle apparaît dans la zone (11). +#. **Supprimer une rÚgle ajoutée** + Permet de supprimer la rÚgle actuellement sélectionné dans la liste des rÚgles + ajoutées (11). + Cette action n'est possible que si une rÚgle ajoutée est sélectionnée. +#. **Supprimer toutes les rÚgles ajoutées** + Permet de supprimer tous les rÚgles que vous avez ajoutées. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajouté un rÚgle. +#. **ParamÚtres d'un rÚgle ajoutée** + Une fois une rÚgle ajoutée sélectionnée dans la liste (11), apparaissent ici + ses paramÚtres. + + |tip| en survolant les nom des paramÚtres, une info bulle apparaît en + affichant la documentation du paramÚtre de la rÚgle (voir section script @Doc). +#. **Nombre d'années** + Pour indiquer le nombre d'années à utiliser par le simulateur. + Si vous avez chargé une ancienne simulation, son nombre d'années sera + renseigné ici. +#. **Simuler** + Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseigné dans la liste (21) +#. **Utiliser un script de pré-simulation** + Permet d'utiliser (ou pas) un script de pré simulation. + L'onglet 'pré-simulation' est activé ou désactivé par ce controle. + + Pour ajouter un script de pré-simulation, la case à cocher doit être activée, + on bascule alors dans l'onglet 'Script de pré-simulation' où l'on saisit + le script à exécuter avant la simulation. + + Pour ne plus utiliser un script de pré-simulation, il faut désactiver la case + à cocher. L'onglet 'pré-simulation' est alors déactivé. +#. **Utiliser le plan d'analyse** + Permet d'utiliser (ou pas) un plan d'analyse sur la simulation. + L'onglet **analyse de sensibilité** est activé ou désactivé par ce controle. + + Pour utiliser un plan d'analyse, la case à cocher doit être activée, on + bascule alors dans l'onglet **analyse de sensibilité** (qui est alors activé) + où l'on paramÚtre l'analyse. + + Pour ne plus utiliser un plan d'analyse, il faut désactiver la case à cocher. + L'onglet **analyse de sensibilité** est alors désactivé. +#. **Exporter uniquement des simulations** + Permet d'exporter ??? TODO +#. **Lanceur de simulations** + Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisé pour réaliser la simulation : + + - dans un sous-processus (par défaut) lance les simulations dans des sous-processus. Si plusieures simulations sont lancées an même temps, ISIS-Fish utilisera les différents coeurs de la machine utilisée pour effectuer plusieures simulations en parallÚle. ISIS-Fish lancera une simulation par coeur (2 coeurs = 2 simulations en parallÚle). + + - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous à la section Installation de ce manuel. +#. **Sauver les paramÚtres de la simulation** + Enregistre les paramÚtres enregistrés afin de les recharger lors du prochain lancement de simulation. + + +Onglet **Script de pré-simulation** +=================================== + +.. image:: simulation_03_tabPreSimulScript.png + +#. **éditeur du script de pré-simulation**. +#. **Retour aux paramÚtres** : pour revenir à l'onglet des paramÚtres de base + de la simulation une fois le script défini. + +Onglet **Plan de simulation** +============================== + +Cet onglet contient l'interface de configuration des plans d'analyse à appliquer pendant la simulation. + + +.. image:: simulation_04_tabAnalyzePlan.png + +#. **Liste des plans existants localement** + + Contient la liste de tous les plans d'analyse connus par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaît en affichant la description de la rÚgle (voir section script @Doc). +#. **Liste des plans d'analyse ajoutés** + Contient la liste des plans d'analyse que vous avez ajouté. + La sélection d'un des plans d'analyse ajoutés, remplit la zone (6) des paramÚtres de configuration de ce plan d'analyse. + Toutes les plans d'analyse ajoutés dans cette liste seront utilisés par le simulateur. + + |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaît en affichant la description du plan (voir section script). +#. **Ajouter un plan d'analyse** + Permet d'ajouter le plan d'analyse sélectionné dans la liste déroulante (1). + Une fois ajoutée, la rÚgle apparaît dans la zone (2). +#. **Supprimer un plan d'analyse ajouté** + Permet de supprimer le plan d'analyse précédemment ajouté actuellement + sélectionné dans la liste des plans d'analyse ajoutés (2). + Cette action n'est possible que si un plan d'analyse ajouté est sélectionné. +#. **Supprimer toutes les plans d'analyse ajoutés** + Permet de supprimer tous les plans d'analyse que vous avez précédemment ajoutés. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajouté un plan d'analyse. +#. **ParamÚtres d'un plan d'analyse ajouté** + Une fois un plan d'analyse ajouté et sélectionné dans la liste (2), apparaissent ici ses paramÚtres à renseigner. + + |tip| en survolant les nom des paramÚtres, une info bulle apparaît en affichant la documentation du paramÚtre (voir section script @Doc) +#. **Retour aux paramÚtres** + Une fois, les plans d'analyse configurés, cliquez ici pour retourner à l'onglet **ParamÚtre** et continuer la configuration de votre simulation. + +Onglet **Export des résultats** +=============================== +Cet onglet permet de sélectionner les résultats de la simulation que l'on veut exporter. + +.. image:: simulation_05_tabExportResult.png + +#. **liste des résultats exportables** : on sélectionne parmis la liste des + résultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la simulation + terminée. TODO Voir lien avec résultat choisis. +#. **chemin du répertoire** : chemin du répertoire où exporter les résultats (voir configuration) +#. **...** : pour rechercher un répertoire en local, où l'on veut exporter les + résultats. +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + résultats à exporter ainsi que le répertoire où exporter pour une prochaine simulation. + +Onglet **Choix de résultats** +============================= + +.. image:: simulation_06_tabResultChoice.png + +#. **résultats disponibles** : liste des résultats disponibles pour la simulation. + On sélectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + résultats à traiter pour une prochaine simulation. + +Onglet **ParamÚtres avancés** +============================= + +.. image:: simulation_07_tabAdvancedParams.png + +#. **configuration du simulateur** : Cette premiÚre zone permet de configurer + le simulateur à utiliser pour simuler. Elle comprend : + + #. **sélection du simulateur** : une liste déroulante de simulateurs connus par ISIS-Fish. + #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation statique, (décoché signifie TODO). + #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache, (décoché signifie TODO). + +#. **paramétrage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration + des niveaux de log à utiliser pendant une simulation. + On distingue troix types de tracage différents: + + #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur (par défaut niveau **INFO**) + #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par défaut niveau **INFO**) + #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par défaut niveau **ERREUR**) + +#. **ajout de paramÚtres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux + paramÚtres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÚtres + ajoutés, le paramÚtres défini par le nom de son tag et la valeur du tag. +#. **liste des paramÚtres libres ajoutés** : cette liste contient l'ensemble + des paramÚtres libres ajoutés. +#. **supprimer**, pour supprimer un paramÚtre libre ajouté (il faut + sélectionner avant un paramÚtre libre.) +#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration + du simulateur pour une prochaine simulation. TODO + + +Filtre de simulation +-------------------- + +.. image:: simulation_dialog_00_filter.png + +TODO + +Créer une nouvelle simulation +----------------------------- + +TODO +AprÚs cette description détaillé de tout la configuration, un petit tuto pour +réaliser ''en trois clics'' une simulation. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,74 @@ +=================== +Queue de simulation +=================== + +La queue de simulation permet de visualiser toutes les simulations qui sont en +cours (ainsi que leur progression), celles qui sont terminées et celles qu'il +reste a effectuer. + +.. image:: simulation_08_tabQueue.png + +#. **simulations en cours** : cette zone contient l'ensemble des simulations + locales en attente de traitement ou en cours de simulation. +#. **simulations locales terminées** : cette zone contient l'ensemble des + simulations locales terminées. +#. **lanceur de la queue des simulations** : permet de lancer l'ensemble des + simulations locales placées dans la queue de simulation et qui ne sont pas + déjà en cours de traitement. +#. **arrêter une simulation** : permet d'arrêter une simulation en cours + de traitement. (pour réaliser cette action, une simulation doit être + en cours de traitement et être sélectionnée dans la zone 1). +#. **voir les logs de la simulation** : permet d'ouvrir la console de log d'une + simulation **terminée**. (Pour réaliser cette action, il faut sélectionner + une simulation terminée dans la zone 2). +#. **Redémarrer la simulation** : permet de redémarrer une simulation en échec. + (Pour réaliser cette action, il faut sélectionner une simulation terminée dans + la zone 2). +#. **Retirer les simulations terminées** : Vide la liste des simulations + terminées. + +Console de log de simulation +---------------------------- + +A partir de la version 3.0.22?, on peut afficher dans une console, les traces +retenues lors d'une simulation. + +.. image:: simulation_dialog_01_consoleLog.png + +#. **filtre sur niveau de log** : on peut ici filtrer sur certains niveaus de log + en cochant la cache à cocher correspondant au niveau que l'on veut afficher. + + Si plusieurs niveaux sont sélectionnés, alors on affiche toutes lignes de tous + les niveaux sélectionnés. + + Par défaut, aucun niveau de log n'est sélectionné, ce qui veut dire : afficher + tous les niveaux de log. +#. **filtre sur mot** : on peut ici saisir un mot sur lequel on veut filtrer. +#. **appliquer le filtre** : permet de lancer une recherche de toutes les lignes + contenant le mot recherché. + + Ce filtre s'applique en plus du filtre sur niveau de log. C'est à dire que l'on + va rechercher les lignes contenant le mot souhaité uniquement sur les lignes + des niveaux de log choisis. +#. **réinitiliser filtre** : permet de réinitialiser les filtres. + On se retrouve alors avec aucun mot de filtrage et utilisation de tous les + niveaux de log. +#. **envoyer par courriel** : permet d'ouvrir une nouvelle boite de dialogue pour + envoyer la simulation par courriel. + +Envoyer simulation par courriel +=============================== + +.. image:: simulation_dialog_02_sendMail.png + +#. **envoyer la simulation complête** : cochez cette case pour envoyer dans le + courriel une piÚce-jointe avec l'ensemble de la simulation zippé. + + Si la case n'est pas coché, on envoie uniquement la trace de log zippé. + + Par défaut, cette option est cochée. +#. **adresse du destinataire** : zone où saisir l'adresse du destinataire du + courriel. +#. **corps du message** : corps du courriel à envoyer. +#. **envoyer** : pour envoyer le courriel. +#. **annuler** : pour annuler l'envoie de courriel et revenir à la console de log. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,85 @@ +=================== +Rendu des résultats +=================== + +La fenêtre de rendu des résultats permet de visualiser les résultats +en graph, en carte, ou en nombre. Elle permet aussi de supprimer +d'ancienne simulation, de viusaliser les logs d'une simulation. + + +Description des actions de la fenetre +------------------------------------- + +.. image:: result_00.png + +#. le menu (pour le moment uniquement l'action pour quitter la fenêtre). +#. la liste déroulante des simulations présentes en local. +#. la bouton pour permettre de filter les simulations (voir TODO ). + Il s'agit de la même interface que dans le lanceur de simulation. +#. Pour ouvrir dans la zone centrale les résultats de la simulation. + Il faut avant tout avoir sélectionner une simulation. +#. Pour supprimer une simulation sélectionnée. +#. Pour visualiser les logs de la simulation sélectionnée. +#. la zone centrale où apparaissent les résultats d'une simulation sélectionnée. + +Description de la vue résumé +---------------------------- + +.. image:: result_01.png + +#. **choix des résultats à afficher** : en sélectionnant l'un des radio boutons + on change les données de la zone centrale et sur la gauche. + Par défaut, on arrive sur la page de résumé comme indiqué dans le figure + ci-dessus. +#. **liste déroulante des matrices à afficher**. TODO à revoir. +#. **liste des exports** ce menu permet de sauvegarder un des exports de la + simulation; on sélectionnant un des export, une boite de dialogue apparaît + pour vous demander un chemin où sauvegarder le fichier. +#. **liste des données de la dimension temps**, on sélectionner les tranches + qui nous interessent. +#. **liste des données de la dimension 1**, on sélectionner les plages qui + nous interessent. +#. **liste des données de la dimension 2**, on sélectionner les plages qui + nous interessent. +#. **Somme par année** Effectue la somme des données par année. +#. **Somme des dates** Effectue la somme sur toutes les dates. +#. **Somme sur la dimension 1** Effectue la somme sur la dimension 1 +#. **Somme sur la dimension 2** Effectue la somme sur la dimension 2 +#. Une fois tous les dimensions sélectionnées, on appuye ici pour afficher + les rapports (voir figure suivante). +#. Le résumé de la simulation ouverte (unqiuement visible dans la vue résumé). + +Description de la vue graphe +---------------------------- + +.. image:: result_02.png + +#. AprÚs sélection des données à mettre en rapport, et en appuyant sur ce + bouton, on change de vue. +#. On bascule en mode graphe. +#. dans la zone centrale, sont affichés les résultats sélectionnés. +#. **liste déroulante** des types de graphiques disponibles. On sélectionne et + les données apparaissent sous une nouvelle forme. +#. On peut dans cet zone, **configurer les graphiques générés**. +#. appuyez ici pour **mettre en application vos modifications**. + +Description de la vue carte +--------------------------- + +.. image:: result_03.png + +#. pour passer en mode **carte** +#. la zone centrale contient la carte de la pêcherie, avec les données + sélectionnées dans les listes de gauche. TODO Comment ça marche? + +Description de la vue données +----------------------------- + +.. image:: result_04.png + +#. pour passer en mode **données** +#. la zone centrale contient la matrice des données sélectionnées. +#. il est possible d'exporter ces données sous la forme d'un fichier au format + CSV. Un dialogue vous demandera d'indiquer le chemin où sauvegarder le + fichier. + \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,277 @@ +======================= +Gestionnaire de scripts +======================= + +Le but de ce module est la gestion des différents scripts utilisés dans +IsisFish. + +On peut y créer, éditer, supprimer des scripts en local. + +On peut aussi communiquer avec un serveur de scripts pour récupérer de +nouveau scripts, ou d'en soumettre,... + +Il faut pour toutes ces opérations avoir une configuration correcte concernant +le serveur de script (voir configuration vcs). + +Il est aussi possible ici de compiler et tester des scripts. + +description des zones de la fenetre +----------------------------------- + +.. image:: script_00.png + :align: center + :scale: 50 + + +#. le menu regroupe tous les actions possibles. +#. la liste de tous les types de scripts connus par IsisFish. +#. la barre d'actions sur le(s) script(s) sélectionné(s). + Ce sont des raccourcis des actions les plus courantes des menus. +#. l'arborescence des scripts trouvés localement par IsisFish. Les types de + scripts sont représentés par des noeuds, et les scripts sont des feuilles de + l'arbre. +#. la zone d'édition d'un script sélectionné. Pour éditer un script, il suffit + de le sélectionner dans la zone de navigation de script (4). +#. la zone de message des différentes opérations (évaluation, diff,...) + effectuées sur les scripts. +#. la zone classique de status. + +Les différentes actions du gestionnaire +--------------------------------------- + +On détaille dans cette section, l'ensemble des actions réalisables par menu. + +menu **fichier** +================ + +.. image:: script_01_menuFile.png + :align: center + :scale: 75 + + +1. **nouveau** script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Cette action est accessible de deux maniÚres : + +a. Soit par le sous-menu **nouveau**, en choisissisant un type de script à créer +b. Soit par le boutton à droite de la barre d'actions, aprÚs avoir sélectionné + dans la liste des types de scripts à droite du boutton. + +Ensuite l'application vous demande le nom du nouveau script à créer. + +.. important:: Le nom du script doit toujours commencer par une majuscule, et ne + doit contenir que des caractÚres alphanumérique (ou le caractÚre + '_'). + +Pour l'instant, il n'est pas possible de définir des sous-types de scripts (sauf +pour les formules). + + +Pour les formules il suffit de préfixer lors de la création son nom par le nom +du sous-type suivi d'un '/'. + + +AprÚs avoir rentré un nom de script valide, le script est crée localement, et il +apparait à sa bonne place dans la zone de naivgation de scripts. Il est +sélectionné dans la zone de navigation (1) et son contenu apparait dans +l'éditeur (2). + + +2. **Sauver** un script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +sauvegarder localement les modification apportées sur un script. + +Cette action n'est disponible que lorsqu'un script est sélectionné dans +l'éditeur. On la retrouve aussi dans la barre d'action. + + +3. **Importer** des scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'importer des scripts à partir d'une archive de scripts préalablement +exportée par IsisFish. + +L'application demande un fichier d'import de scripts. + +Ensuite un dialogue de confirmation apparaît + +#. On retrouve ici la liste des scripts trouvés dans le fichier qui sont déjà + présents localement. +#. Vous pouvez sélectionner ou deselectionner les scripts que vous voulez + écraser localement. +#. En bas à droite, on peut effectuer cette opération sur l'ensemble des scripts + de la liste. +#. indique le chemin du fichier d'import. +#. pour lancer l'import (seront importer tous les fichiers non présents + localement, plus ceux dont vous avez confirmé l'écrasement). +#. pour ne pas effectuer l'import. + +.. image:: script_05_importConfirm.png + +4. **Exporter** des scripts +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +exporter des scripts qui pourront ensuite être importer dans une autre instance +d'IsisFish. Cette action n'est disponible que lorsqu'au moins un script est +sélectionné. Pour exporter tous les scripts d'un type, il suffit de +sélectionner le noeud du type de script dans l'arborescence des script. + +L'application demande un répertoire où stocker le fichier d'export. + +Ensuite un dialogue de confirmation apparaît + +#. On retrouve ici la liste des scripts à exporter, il est de sélectionner ou + déselectionner des scripts à exports grâce aux cases à cocher sur la gauche. +#. En bas à droite, on peut effectuer cette opération sur l'ensemble des scripts + de la liste. +#. le chemin du fichier d'export, par défaut le nom d'export suit le pattern + suivant : exportScript-YYYY-MM-DD-mm-ss.zip. +#. Vous pouvez changer le répertoire du ficher d'export (le nom sera appliqué + sur le nouveau répertoire choisi). +#. pour lancer l'export +#. pour ne pas effectuer l'export. + +.. image:: script_06_exportConfirm.png + +5. **Supprimer localement** un script +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet de supprimer des scripts localement, sans les supprimer sur le serveur +distant. + +.. danger:: A utiliser avec précaution! + + +6. **Fermer** le gestionnaire +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +fermer le gestionnaire de scripts. + +menu **Edit** +============= + +Dans ce menu on retrouve les actions classiques de manipulation de texte dans +l'éditeur de script (4). + +Elles ne sont utilisables que lorsqu'un script est sélectionné et présent dans +l'éditeur de script. + +Les Toutes ces actions sont aussi disponibles depuis la barre d'action, à +savoir : + +#. **couper** : couper un bout de code depuis l'éditeur de script. +#. **copier** : copier un bout de code dans l'éditeur de script. +#. **coller** : coller un bout de code dans l'éditeur de script à partir du + presse-papier. + +.. image:: script_07_menuEdit.png + +menu **Serveur** +================ + +Ce menu regroupe les fonctionnalités de communication avec le serveur de script. + +Pour toutes ces actions, vous devez avoir sélectionné un script au préalable. + +.. image:: script_08_menuServer.png + +1. **commiter** un script sur le serveur distant +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle version d'un script à +sauvegarder. + +Un message de commit vous sera demandé dans une boite de dialogue. + + +Vous avez les droits d'écriture sur ce serveur (voir chapitre configuration +vcs). On retrouve aussi cette action dans la barre d'actions. + +2. **voir les différences** avec la derniÚre version du serveur +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet d'afficher dans la zone (5) les différences entre votre version locale +d'un script et la derniÚre version enregistrée sur le serveur distant. + +3. **mettre à jour** un serveur depuis le serveur +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet de récupérer la derniÚre version à partir du serveur distant. + +Pour exécuter cette action vous ne devez pas avoir modifié localement le script +(dans ce cas, il faudra d'abord revenir à la version précédente voir operation +de synchronisation au serveur). Cette opération est aussi présente dans la barre +d'actions. + +4. **supprimer** localement et sur le serveur distant +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +permet de supprimer un script localement mais aussi sur le serveur distant. + + +Vous devez disposer de droits d'écriture sur le serveur distant. + +.. DANGER:: A utiliser avec précaution! + +menu **Code** +============= + +.. image:: script_09_menuCode.png + +Ce menu regroupe les opérations de code possibles sur un script sélectionné. + +Les actions suivantes necessitent donc d'avoir au préalable sélectionné un +script dans la zone de navigation. + +Toutes ces actions sont toutes présentes dans le barre d'actions. + +1. **Vérifer** du code +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Lancement une opération de compilation du script sélectionné. + +Suite à l'opération, on voit apparaître dans la zone de notification (5) les +traces du compilateur. + + +Il est à noter que des messages d'informations peuvent apparaître à une +vérification, même si la compilation s'est bien déroulée. + + +2. **Evaluer** du code +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Permet d'évaluer un script possédant une méthode main. + +Une opération de compilation est lancée si nécessaire au préalable. + +Cette opération n'est possible que si un script est sélectionné dans l'éditeur +et que le script contient une méthode plublique static sans retour nommé +**main** et ayant pour paramÚtre un tableau de String. + + +autres figures +============== + +.. image:: script_02_menuFile_new.png + +pour créer un script depuis le sous-menu **nouveau** du menu **fichier** + +.. image:: script_03_combo_new.png + +pour créer un script depuis la liste déroulante de la barre d'action + +.. image:: script_04_new.png + +aprÚs la création d'une rÚgle **ReturnZero** + +.. image:: script_10_verifSyntax_ok.png + +aprÚs une vérification avec succÚs mais avec un message d'avertissement du +compilateur + +.. image:: script_11_verifSyntax_ko.png + +aprÚs une vérification qui a échoué \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,641 @@ +====================================== +Lancement d'une analyse de sensibilité +====================================== + +.. |tip| image:: tip.png + +L'onglet de lancement d'analyse de sensibilité permet de créer, lancer et +exploiter des analyse de sensibilité. + +.. contents:: + +Description des différentes zones de l'interface +------------------------------------------------ + +.. image:: sensitivity_00.png + +#. les menus du lanceur d'analyse de sensibilité. +#. les onglets du lanceur de sensibilité : 6 pour la paramétrisation de + l'analyse de sensibilité, le dernier pour l'affichage des résultats. +#. le contenu de chaque onglet. +#. la zone classique de statut général. + +Les différentes actions des menus +--------------------------------- + +On détaille dans cette section, l'ensemble des actions réalisables par menu. +Il s'agit d'actions globales sur les analyses de sensibilité. + +Menu **Simulation** +=================== + +.. image:: sensitivity_01_menuSimulation.png + + +#. **Sauver les paramÚtres de la simulation** : + Sauver les paramÚtres de la simulation afin qu'ils soient utilisés par défaut + par les prochaines analyses de sensibilité. +#. **Restaurer les paramÚtres d'une simulation** : + Réutiliser les paramÚtres d'une simulation déjà lancée. + +Créer une nouvelle analyse de sensibilité +----------------------------------------- + +Le lancement d'une analyse de sensibilité s'effectue en plusieurs étapes : + +#. Onglet ParamÚtres - ParamÚtres des simulations +#. Onglet Analyse de sensibilité - Détermination des facteurs +#. Onglet Méthode de la sensibilité - Détermination de la méthode d'exploration + des domaines des facteurs et des variables à étudier. +#. Onglet Export des résultats - Choix des exports annexes +#. Onglet Choix de résultats - Choix des résultats à enregistrer pour + visualisation. +#. Onglet ParamÚtres avancés - Choix des paramÚtres avancés des simulations de + l'analyse de sensibilité. +#. Onglet Analyse des résultats - Visualisation des résultats d'analyses de + sensibilité + +Onglet **ParamÚtres** - ParamÚtres des simulations +================================================== + +Une fois la région créée ou chargée voila à quoi ressemble l'interface. + +.. image:: sensitivity_02_parameters.png + +il s'agit de l'onglet principal des paramÚtres de base du simulateur. + +#. **Charger une ancienne simulation** + La liste déroulante contient l'ensemble des simulations existantes + localement. + La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune + simulation n'existe localement. + Une fois une simulation exécutée (avec succÚs), elle sera ajoutée dans cette + liste au prochain lancement d'ISIS-Fish. +#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant + sur le bouton filtrer. + Un dialogue de filtre de simulation apparaît (voir section filtreSimulation) +#. **Réinitialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0) + Il est possible en cliquant sur ce bouton de repositionner la liste de toutes + les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre précédemment + saisi). +#. **Nom de la simulation** + Pour saisir le nom d'une nouvelle analyse de sensibilité. + Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignée + ici. + + |tip| On peut trÚs facilement créer une nouvelle simulation à partir d'une + ancienne en la chargeant et en changeant son nom. +#. **Description** + Pour saisir la description d'une nouvelle analyse de sensibilité. + Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera + renseignée ici. +#. **Région** + Pour choisir la région associée à la simulation. + Le chargement de la région renseignera les zones de stratégies et de + populations. + + |tip| commencer toujours par charger la région avant de renseigner les rÚgles + car celles-ci sont liées aux données de la région chargée. +#. **Stratégies** + Une fois une région chargée, on retrouve ici la liste des stratégies connues + de la pêcherie. + La stratégie utilisé par le simulateur sera celle sélectionnée dans cette + liste. + + |tip| Par défaut, la premiÚre stratégie est sélectionnée, utilisez les + touches Maj et Ctrl lors de vos sélections pour sélectionner toutes,aucune ou + quelques stratégies. +#. **Populations** + Une fois une région chargée, on retrouve ici la liste des populations connues + de la pêcherie. + + La sélection d'une population, remplit les données à saisir de cette + population dans la zone (9). + + La population utilisé par le simulateur sera celle sélectionnée dans cette + liste. +#. **Données d'une population** + Une fois une population sélectionnée, apparaît ici la matrice des données à + saisir sur la population. +#. **Liste des rÚgles disponibles localement** + Il s'agit de la liste des rÚgles connues par ISIS-Fish (voir section script). + + |tip| en survolant les rÚgles dans la liste, une info bulle apparaît en + affichant la description de la rÚgle (voir section script). +#. **Liste des rÚgles ajoutées** + Contient la liste des rÚgles que vous avez ajoutées. + + La sélection d'une des rÚgles ajoutées, remplit la zone (15) des paramÚtres + de configuration de la rÚgle. + + Toutes les rÚgles ajoutées dans cette liste seront utilisées par le + simulateur. + + |tip| en survolant les rÚgles dans la liste, une info bulle apparaît en + affichant la description de la rÚgle (voir section script). +#. **Ajouter une rÚgle** + Permet d'ajouter la rÚgle sélectionné dans la liste déroulante (10). + Une fois ajoutée, la rÚgle apparaît dans la zone (11). +#. **Supprimer une rÚgle ajoutée** + Permet de supprimer la rÚgle actuellement sélectionné dans la liste des + rÚgles ajoutées (11). + Cette action n'est possible que si une rÚgle ajoutée est sélectionnée. +#. **Supprimer toutes les rÚgles ajoutées** + Permet de supprimer tous les rÚgles que vous avez ajoutées. + Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajouté un rÚgle. +#. **ParamÚtres d'un rÚgle ajoutée** + Une fois une rÚgle ajoutée sélectionnée dans la liste (11), apparaissent ici + ses paramÚtres. + + |tip| en survolant les nom des paramÚtres, une info bulle apparaît en + affichant la documentation du paramÚtre de la rÚgle (voir section script + @Doc). +#. **Nombre d'années** + Pour indiquer le nombre d'années à utiliser par le simulateur. + Si vous avez chargé une ancienne simulation, son nombre d'années sera + renseigné ici. +#. **Simuler** + Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseigné dans la liste (21) +#. **Exporter uniquement des simulations** + Permet d'exporter ??? TODO +#. **Lanceur de simulations** + Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisé pour réaliser la + simulation : + + - dans un sous-processus (par défaut) lance les simulations dans des + sous-processus. Si plusieurs simulations sont lancées an même temps, + ISIS-Fish utilisera les différents cœurs de la machine utilisée pour + effectuer plusieurs simulations en parallÚle. ISIS-Fish lancera une + simulation par cœur (2 cœurs = 2 simulations en parallÚle). + + - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de + l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous à la + section Installation de ce manuel. +#. **Sauver les paramÚtres de la simulation** + Enregistre les paramÚtres enregistrés afin de les recharger lors du prochain + lancement de simulation. + +Onglet **Analyse de sensibilité** - Détermination des facteurs +================================================================= + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactors.png + +L'onglet de saisie des facteurs permet à l'utilisateur de naviguer dans la +pêcherie afin de choisir les facteurs qu'il souhaite étudier et de les +paramétrer. + +#. **Arbre de navigation dans la pêcherie** : + L'arbre permet de naviguer dans la pêcherie (interface identique à la saisie + de pêcherie) afin de sélectionner les éléments factorisables. +#. **Liste des facteurs étudiés** : + Liste des facteurs qui seront étudiés lors de l'analyse de sensibilité. + + |tip| Un clic sur un facteur permet de le modifier. Un clic droit sur un + facteur fait apparaître un menu contextuel pour le supprimer. + +#. **Element factorisable** : + Le petit icÃŽne présent sur certains éléments et qui change d'aspect au survol + de ce dernier indique que l'élément est factorisable. Il suffit alors de + cliquer dessus pour que l'interface de mise en facteur s'ouvre. + + +Saisie d'un facteur continu à partir d'un paramÚtre quantitatif +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png + +Lorsqu'un paramÚtre quantitatif peut être factorisable, il peut être soit +continu, soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + Détermine que le facteur est continu +#. **PremiÚre valeur** : + Valeur minimale du facteur. +#. **DerniÚre valeur** : + Valeur maximale du facteur. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Saisie d'un facteur discret à partir d'un paramÚtre quantitatif +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png + +Lorsqu'un paramÚtre quantitatif peut être factorisable, il peut être soit +continu, soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + Détermine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalités du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalités entrées et crée un onglet par modalité. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalité dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalité** : + Permet de choisir et d'afficher les modalités prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalité** : + Chaque onglet de modalité contient la valeur prise par le facteur pour chaque + modalité. Il faut éditer chacune de ces valeurs. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Saisie d'un facteur continu à partir d'une équation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png + +Lorsqu'un paramÚtre équation peut être factorisable, il peut être soit continu, +soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + Détermine que le facteur est continu +#. **Name** : + Nom de la constante de l'équation a faire varier +#. **Value** : + Valeur nominale (usuellement valeur par défaut dans l'équation). +#. **Coef (in %)** : + Coefficient modificateur de la valeur, exprimée en pourcentage (pour un + coefficient de 0.05, entrer 5). +#. **Operator** : + Opérateur modificateur de la valeur. Cet opérateur, combiné avec le + coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par + la constante. Ces valeurs sont calculées de la maniÚre suivante : + + min = value - (value (operator) coefficient) + + max = value + (value (operator) coefficient) + +#. **Valider** : + Vérifie que la constante existe bien, et modifie l'équation en base afin que + le facteur soit pris en compte. La modification de l'équation en base ne + change pas les résultats des simulations qui peuvent être lancer avec cette + derniÚre. + |tip| Il est possible de créer plusieurs facteurs pour une même équation dans + le cas où cette derniÚre aurait plusieurs constantes. ISIS-Fish crée autant + de facteurs que de constantes validées et déclarées dans cette interface. +#. **Ajouter** : + Ajouter une constante factorisable. +#. **Supprimer** : + Supprimer une constante factorisable. +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le(s) facteur(s). On peut ensuite retrouver le(s) facteur(s) dans + la liste des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Saisie d'un facteur discret à partir d'une équation +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png + +Lorsqu'un paramÚtre équation peut être factorisable, il peut être soit continu, +soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + Détermine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalités du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalités entrées et crée un onglet par modalité. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalité dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalité** : + Permet de choisir et d'afficher les modalités prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalité** : + Chaque onglet de modalité contient la valeur prise par le facteur pour cette + derniÚre. Il faut éditer chacune de ces valeurs. + [tip| Chaque onglet contient un éditeur d'équation, il est donc possible + d'ouvrir l'éditeur externe pour avoir plus d'information sur l'équation ou + sauver comme modÚle. +#. **Commentaire** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Saisie d'un facteur continu à partir d'une matrice +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png + +Lorsqu'un paramÚtre équation peut être factorisable, il peut être soit continu, +soit discret. Pour un facteur continu : + +#. **Facteur continu** : + Détermine que le facteur est continu +#. **Nom du facteur** : + Nom du facteur +#. **Value** : + Valeur nominale de la matrice (usuellement et par défaut valeur dans la base). +#. **Coefficient (en %)** : + Coefficient modificateur de la valeur, exprimée en pourcentage (pour un + coefficient de 0.05, entrer 5). +#. **Opérateur** : + Opérateur modificateur de la valeur. Cet opérateur, combiné avec le + coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par + la matrice. Ces valeurs sont calculées de la maniÚre suivante : + + min = value - (value (operator) coefficient) + + max = value + (value (operator) coefficient) + +#. **Commentaires** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Saisie d'un facteur discret à partir d'une matrice +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png + +Lorsqu'un paramÚtre matrice peut être factorisable, il peut être soit continu, +soit discret. Pour un facteur discret : + +#. **Facteur discret** : + Détermine que le facteur est discret. +#. **Nombre de facteurs** : + Le nombre de modalités du facteur. +#. **Valider** : + Valide le nombre de modalités entrées et crée un onglet par modalité. Il + faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalité dans chaque + onglet. +#. **Onglets de modalité** : + Permet de choisir et d'afficher les modalités prises par le facteur. +#. **Contenu d'onglet de modalité** : + Chaque onglet de modalité contient la valeur prise par le facteur pour cette + derniÚre. Il faut éditer chacune de ces valeurs. +#. **Commentaire** : + Commentaire sur le facteur. Permet de préciser des informations sur le + facteur. +#. **Annuler** : + Annuler les modifications effectuées (si le facteur était en cours de + création, il n'est pas créé). +#. **Sauver** : + Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste + des facteurs de l'analyse de sensibilité. + +Onglet **Méthode de la sensibilité** - Détermination de la méthode d'exploration des domaines des facteurs et des variables à étudier. +====================================================================================================================================== + +.. image:: sensitivity_04_sensitivityMethod.png + +#. **Méthode** : + Choix de la méthode d'exploration a utiliser +#. **ParamÚtres de la méthode d'exploration** : + Permet de paramétrer la méthode d'exploration. Des valeurs par défaut sont + pré-remplies, elles peuvent ne pas être adaptées au cas d'étude. Il faut + toujours vérifier ces paramÚtres. +#. **Modalités** : + Certaines méthodes d'exploration discrétisent le domaine d'exploration des + facteurs continus, il faut alors indiquer le nombre de modalité souhaité pour + chaque facteur. (Ce tableau n'apparaît que si nécessaire). +#. **Export** : + Liste des exports de sensibilité (variables à étudier) connues par ISIS-Fish. + Il est possible ici d'effectuer des multi-sélection. +#. **Liste des exports de sensibilité utilisés** : + Liste des exports de sensibilité (variables à étudier) qui seront utilisées + dans l'analyse de sensibilité. +#. **Ajouter** un export de sensibilité : + Ajoute un ou plusieurs exports de sensibilité à l'analyse. +#. **Supprimer** un export de sensibilité : + Supprime un export de sensibilité de l'analyse. +#. **Effacer** : + Supprime tous les exports de sensibilité de l'analyse. +#. ParamÚtres des exports de sensibilité** : + Quand un export de sensibilité assigné à l'analyse est sélectionné, ses + paramÚtres apparaissent dans ce tableau. Afin de voir l'analyse de + sensibilité se dérouler correctement, il est nécessaire de renseigner tous + les paramÚtres de tous les exports de sensibilité sélectionnés. + +Onglet **Export des résultats** - Choix des exports annexes +=========================================================== +Cet onglet permet de sélectionner les résultats de la simulation que l'on veut +exporter. + +.. image:: sensitivity_05_tabExportResult.png + +#. **liste des résultats exportables** : on sélectionne parmis la liste des + résultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la + simulation terminée. TODO Voir lien avec résultat choisis. +#. **chemin du répertoire** : chemin du répertoire où exporter les résultats + (voir configuration) +#. **...** : pour rechercher un répertoire en local, où l'on veut exporter les + résultats. +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + résultats à exporter ainsi que le répertoire où exporter pour une prochaine + simulation. + +Onglet **Choix de résultats** - Choix des résultats à enregistrer pour visualisation. +===================================================================================== + +.. image:: sensitivity_06_tabResultChoice.png + +#. **résultats disponibles** : liste des résultats disponibles pour la simulation. + On sélectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports +#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des + résultats à traiter pour une prochaine simulation. + +Onglet **ParamÚtres avancés** - Choix des paramÚtres avancés des simulations de l'analyse de sensibilité. +========================================================================================================= + +.. image:: sensitivity_07_tabAdvancedParams.png + +#. **configuration du simulateur** : Cette premiÚre zone permet de configurer + le simulateur à utiliser pour simuler. Elle comprend : + + #. **sélection du simulateur** : une liste déroulante de simulateurs connus + par ISIS-Fish. + #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation + statique, (décoché signifie TODO). + #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache, + (décoché signifie TODO). + +#. **paramétrage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration + des niveaux de log à utiliser pendant une simulation. + On distingue troix types de tracage différents: + + #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur + (par défaut niveau **INFO**) + #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par + défaut niveau **INFO**) + #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par défaut + niveau **ERREUR**) + +#. **ajout de paramÚtres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux + paramÚtres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÚtres + ajoutés, le paramÚtres défini par le nom de son tag et la valeur du tag. +#. **liste des paramÚtres libres ajoutés** : cette liste contient l'ensemble + des paramÚtres libres ajoutés. +#. **supprimer**, pour supprimer un paramÚtre libre ajouté (il faut + sélectionner avant un paramÚtre libre.) +#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration + du simulateur pour une prochaine simulation. TODO + +Onglet **Analyse des résultats** - Visualisation des résultats d'analyses de sensibilité +======================================================================================== + +.. image:: sensitivity_08_results.png + +#. **Liste des analyses de sensibilité** : + Liste toute les analyses de sensibilité connues par ISIS-Fish (attention, + certaines peuvent ne pas être terminées). +#. **Analyse des résultats** : + Lance l'analyse des résultats à partir des résultats des simulations et des + scripts d'analyse de sensibilité et les affiches dans l'espace de + visualisation. + + |tip| L'analyse des résultats à toujours lieu lors de la fin de la derniÚre + simulation de l'analyse. Ce bouton permet de relancer des calculs d'analyse + de sensibilité à partir des résultats des simulations sans avoir à relancer + ces derniÚres. Cela permet entre autre de modifier les scripts d'analyse de + sensibilité aprÚs que les simulations aient tourné. + +#. **Afficher les résultats** : + Affiche les résultats de l'analyse de sensibilité. + +#. **Espace de visualisation** : + Espace où sont affichés les différents résultats des analyse de sensibilité. + Ne sont affichés que les résultats qui ont été exportés par le script + d'analyse de sensibilité. + +Récupération des résultats d'analyse de sensibilité dans R +========================================================== + +Les scripts d'analyse de sensibilité utilisent R pour réaliser leurs calculs. +Les objets utilisés sont standardisés et la session R utilisée est enregistrée. +Il est donc possible de récupérer les résultats des analyses de sensibilité dans +R afin de les traiter plus en détail. + +Trouver le fichier .RData +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Les résultats sont situés dans un fichier « .RData » situé dans le répertoire +isis-export déclaré dans votre fichier de configuration. Il est nommé de la +maniÚre suivante : nomDeLAnalyse.RData + +Contenu du fichier .RData +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +La session R contenue dans le fichier .RData contient de nombreux objets R +obtenus aux différentes étapes de l'analyse dans Isis. + +isis.factor +!!!!!!!!!!! + +isis.factor est un data.frame à 5 colonnes et une ligne par facteur organisé +comme ceci : + +- colonne 1 : nomFacteur +- colonne 2 : Nominal (valeur dans la base) +- colonne 3 : Continu (TRUE/FALSE) +- colonne 4 : Binf (valeur minimum) +- colonne 5 : Bsup (valeur maximum si continu, nombre de modalité si discret) + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut par facteur discret : nomFacteur : list(modalités) +- un attribut nomModel : « isis-fish-externeR » + +isis.factor est enregistré dans R de la maniÚre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.factor (tous les espaces sont enlevés dans R). + +isis.factor.distribution +!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.factor.distribution est un data.frame à 3 colonnes et une ligne par facteur +organisé comme ceci : + +- colonne 1 : NomFacteur +- colonne 2 : NomDistribution +- colonne 3 : ParametreDistribution + +isis.factor.distribution est enregistré dans R de la maniÚre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.factor.distribution (tous les espaces sont enlevés dans +R). + +isis.methodExp +!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.methodExp est une liste contenant trois objets : + +- objet 1 : isis.factor +- objet 2 : isis.factor.distribution +- objet 3 : call + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut nomModel : « isis-fish-externeR » + +isis.methodExp est enregistré dans R de la maniÚre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.methodExp (tous les espaces sont enlevés dans R). + +isis.simule +!!!!!!!!!!! + +Isis.simule est un data.frame avec une ligne par simulation et un nombre de +colonne équivalent au nombre de facteur additionné au nombre de résultats pour +l'analyse : + +- colonne 1 à k : valeurs des k facteurs. +- colonne k à n : valeurs des résultats des simulations + +Il a les attributs suivants : + +- un attribut nomModel : « isis-fish-externeR » +- un attribut call : la méthode qui a généré les simulations. + +isis.simule est enregistré dans R de la maniÚre suivante : +nomdel'analyse_0.isis.simule (tous les espaces sont enlevés dans R). + +isis.methodAnalyse +!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +Isis.methodAnalyse est une liste contenant 5 objets : + +- objet 1 : isis.factor +- objet 2 : isis.factor.distribution +- objet 3 : isis.simule +- objet 4 : call_method +- objet 5 : analysis_result (objet R contenant les résultats de l'analyse, dans +le cas d'un résultat calculé par une aov, l'objet est une liste contenant l'aov +et les indices de sensibilité) + +isis.methodAnalyse est enregistré dans R de la maniÚre suivante : +nomdel'analyse_0.nomduresultat.isis.methodAnalyse (tous les espaces sont enlevés +dans R). + +Liste de tous les objets de la session R +!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! + +N'oubliez pas que vous pouvez obtenir tous les objets de la session R en +utilisant la fonction ls() dans R. \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,23 @@ +Documentation utilisateur +------------------------- + +- Introduction_ +- `Interface utilisateur`_ + + + `Saisie de pecheries`_ + + `Lanceur de simulations`_ + + `Lanceur d analyse de sensibilite`_ + + `Rendu des resultats`_ + + `Editeur de script`_ + + `Queue de simulation`_ +- `Plan d experience/Plan d analyse`_ +- `Analyses de sensibilite`_ + +.. _Introduction:: userManual/introduction.html +.. _Interface utilisateur:: userManual/GUI.html +.. _Saisie de pecheries:: userManual/inputs.html +.. _Lanceur de simulations:: userManual/launcher.html +.. _Lanceur d analyse de sensibilite:: userManual/sensitivity.html +.. _Rendu des resultats:: userManual/results.html +.. _Editeur de script:: userManual/scripts.html +.. _Queue de simulation:: userManual/queue.html \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,38 @@ +===================== +Télécharger ISIS-Fish +===================== + +ISIS-Fish (Version Java) +------------------------ + +La version Java d'ISIS-Fish est la seule supportée sur ce site. Vous pouvez +télécharger la derniÚre version (ou les anciennes) à partir d'ici. + +Telechargement__ (derniÚre version : Avril 2010) + +__ http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/ + + +Base Golfe de Gascogne +~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ + +Voici une base de démonstration utilisable sur la version 3.3.0.3 d'ISIS-Fish. + +`Base Golfe de Gascogne`_ + +.. _Base Golfe de Gascogne::downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip + + +ISIS-Fish (Version R) +--------------------- + +La version R d'ISIS-Fish nommée FLISIS et faisant partie du projet FLR n'est pas +supportée sur ce site. Vous pouvez néanmoins la télécharger à partir d'ici. + +Telechargement__ (derniÚre version : Janvier 2009) + +__ downloads/FLIsis_1.1.2.zip + +`Site du projet`_ + +.. _Site du projet::http://flr-project.org/wiki/doku.php?id=applications:isisflr Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -28,7 +28,6 @@ celui-ci. L'analyse et la réalisation technique ont été confiées à différents partenaires: -- Irin (Intitue de Recherche en Informatique de Nantes) +- Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes) - Cogitec (http://www.cogitec.fr) - Code Lutin (http://www.codelutin.com) - Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,42 @@ +========================================= +Les évÚnements autour du projet Isis-FISH +========================================= + +2010 +---- + +- *20-24 septembre 2010* : `Conference annuelle du CIEM - Nantes`_ , FRANCE +- *7 juillet 2010* : Conférence ISIS-Fish aux RMLL_ - Bordeaux, FRANCE +- *7-11 juin 2010* : `Ecole chercheur`_ (Analyse de sensibilité) - Giens, FRANCE + +2009 +---- + +- *1-3 décembre 2009* : Atelier collaboration IFREMER-MPO dans le cadre de l’Approche Écosystémique - Rimouski, CANADA +- *21-26 septembre 2009* : `Conference annuelle du CIEM - Berlin`_ , ALLEMAGNE +- *14-18 septembre 2009* : Séminaire Utilisateurs ISIS-Fish - Nantes, FRANCE - Inscriptions_ +- *8-11 septembre 2009* : `Atelier franco-australien - modeles bio-economiques`_ +- *29 août - 4 septembre 2009* : `Groupe de travail CIEM`_ (WKSHORT) : comparaison de modÚles pour l'Anchois +- *11-14 mai 2009* : Ecole chercheur (Analyse de sensibilité) + +2008 +---- + +- *3-4 décembre 2008* : réunion Mexico_ à Montpellier, France +- *28 novembre 2008* : causerie au département EMH, le modÚle ISIS-Fish anchois dans le Golfe de Gascogne +- *22-26 septembre 2008* : `Conference annuelle du CIEM - Halifax`_ , CANADA +- *2 juillet 2008* : Présentation Isis-FISH aux RMLL_ +- *5 et 6 juin 2008* : réunion Mexico_ à Nantes, FRANCE + + +...................................Links........................................... + +.. _RMLL::http://rmll.info +.. _Conference annuelle du CIEM - Nantes::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2010/index.asp +.. _Ecole chercheur:: http://www.reseau-mexico.fr/node/165 +.. _Conference annuelle du CIEM - Berlin::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2009/index.asp +.. _Inscriptions::http://pollen.chorem.org/pollen/poll/VoteFor/3e830a78-a9a9-4043-9da6-6232d47... +.. _Atelier franco-australien - modeles bio-economiques::http://www.umr-amure.fr/pg_workshop_fast.php +.. _Conference annuelle du CIEM - Halifax::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2008/index.asp +.. _Groupe de travail CIEM::http://www.ices.dk/workinggroups/ViewWorkingGroup.aspx?ID=345 +.. _Mexico::http://www.avignon.inra.fr/mexico/index.php/Accueil \ No newline at end of file Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst (rev 0) +++ isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -0,0 +1,29 @@ +ISIS-Fish +--------- + +ISIS-Fish est un simulateur de pêcherie complexe. Il est entiÚrement écrit en +Java. Dans sa version 2 Le langage de script utilisé était ECMAScript, depuis la +version 3 on utilise directement du Java, ce qui permet de faire des +vérification syntaxique et indiquer à l'utilisateur la ligne en erreur. + +Pour utiliser Isis-fish, il vous faut Java d'installé sur votre machine. + +Les caractéristiques sont : + + * Base de données embarquée + * Création d'autant de région de pêche, contenant autant de population que l'on souhaite + * Création de mesures de gestion en langage de script + * Possibilité de modifier la façon de simuler en langage de script + * Possibilité d'exécuter une suite de simulations en modifiant une ou des données de simulation + * Possibilité d'envoyer les simulations ce faire sur une autre machine + * Affichage des résultats spatialement (carte) ou temporellement (graph) + * Possibilité de publier les résultats d'une simulation sur un serveur + * Possibilité de publier une région sur un serveur + +Ce projet est un projet initié à la demande de l'Ifremer et financé par +celui-ci. L'analyse et la réalisation technique ont été confiées à différents +partenaires : + + * Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes) + * Cogitec ( http://www.cogitec.fr ) + * Code Lutin ( http://www.codelutin.com ) \ No newline at end of file Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml =================================================================== --- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044) +++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml 2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045) @@ -28,7 +28,34 @@ <item name="en]" href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/en/index.html"/> </links> - <menu name="Survol"> + <menu name="ISIS-Fish"> + <item name="Presentation" href="index.html"/> + <item name="Nouvelles" href="news.html"/> + <item name="Téléchargement" href="download.html"/> + <item name="Documentation" href=""> + <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/> + <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/> + <item name="Tutoriaux" href=""/> + <item name="FAQ" href=""/> + <item name="Manuel développeur" href=""/> + <item name="Documentation des APIs" href=""/> + <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/> + <item name="Exemples de scripts R" href=""/> + </item> + <item name="Publications" href=""/> + <item name="Projets de recherche" href=""/> + <item name="Historique" href=""> + <item name="Le projet" href=""/> + <item name="Journal des modifications" href=""/> + <item name="Version 1" href=""/> + <item name="Version 2" href=""/> + </item> + <item name="Autres utilitaires" href=""/> + <item name="License" href=""/> + <item name="Contact/Assistance" href=""/> + </menu> + + <!--menu name="Survol"> <item href="/index.html" name="Présentation"></item> <item href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki/fr:start" name="Wiki"></item> <item href="/jnlp/isis-fish-v3.jnlp" name="Lancer Isis-fish v3"></item> @@ -97,7 +124,7 @@ <menu name="Liens"> <item href="http://java.sun.com/javase" name="Le site Java de Sun"></item> - </menu> + </menu--> ${reports}