[Isis-fish-commits] r3045 - in isis-fish/trunk/src: main/java/fr/ifremer/isisfish main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity main/resources site site/resources site/resources/documentation site/resources/documentation/userManual site/resources/downloads site/rst site/rst/documentation site/rst/documentation/userManual

31 May 2010

Author: jcouteau
Date: 2010-05-31 18:03:57 +0000 (Mon, 31 May 2010)
New Revision: 3045

Log:
Beginning of doc migration from wiki
Install + user manual -> no adaptation, just copy
Waiting for jrst bug resolution for iso-documentation


Added:
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png
   isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/
   isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip
   isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst
   isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst
Modified:
   isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java
   isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java
   isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties
   isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst
   isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml

Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java
===================================================================

--- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java	2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044)
+++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/IsisFish.java	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -593,6 +593,12 @@
      */
     public static void launchUI() {
         if (config.isLaunchUI()) {
+            
+            // migration must be done in UI envirronement and
+            // must nerver be done in caparmor
+            // TODO set it here for now, ui is not displayed on caparmor
+            //doNuitonMigration();
+            
             // init simulater manager
             SimulationService.getService();
 

Modified: isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java	2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044)
+++ isis-fish/trunk/src/main/java/fr/ifremer/isisfish/simulator/sensitivity/SensitivityCalculator.java	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -24,6 +24,7 @@
 import org.nuiton.topia.TopiaContext;
 
 import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import org.nuiton.topia.TopiaContext;
 
 /**
  * Interface commune Ã  toutes implÃ©mentation de calcul de sensibilitÃ©.

Modified: isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties	2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044)
+++ isis-fish/trunk/src/main/resources/log4j.properties	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -8,6 +8,7 @@
 # package level
 log4j.logger.fr.ifremer.isisfish=INFO
 log4j.logger.org.nuiton=INFO
+log4j.logger.org.nuiton.j2r=DEBUG
 log4j.logger.analyseplans=INFO
 log4j.logger.exports=INFO
 log4j.logger.formules=INFO

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_00_Growth.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_01_GrowthReverse.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_02_NaturalDeathRate.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_03_MeanWeight.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_04_Price.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_05_Migration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_06_Emigration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_07_Immigration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputEquation_08_GearSelectivity.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTab.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/inputTabRegion.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_00.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_01_menuFile.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_02_menuServer.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_04_create.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_05_inputMailles.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_06_inputZones.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_07_inputPorts.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_08_inputSpecies.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_09_inputPopulations.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_10_inputPopulations_tabBase.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_11_inputPopulations_tabGroup.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_12_inputPopulations_tabEquation.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_13_inputPopulations_tabZone.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_14_inputPopulations_tabSeason.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_15_inputPopulations_tabCapturability.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_17_inputPopulations_tabMigration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_18_inputPopulations_tabEmigration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_19_inputPopulations_tabImmigration.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_21_inputEngins.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_22_inputEnginsSelectivity.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_23_inputMetiers.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_24_inputMetiersSeasonZone.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_25_inputMetierCapturability.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_26_inputTripType.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_27_inputVesselTypes.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_28_inputVessels.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescription.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_30_inputStrategies.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/input_31_inputStrategiesMonthInfo.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/mainWindow.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultTab.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowGraph.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/resultWindowMap.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_00.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_01.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_02.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_03.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/result_04.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/scriptTab.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_00.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_01_menuFile.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_02_menuFile_new.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_03_combo_new.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_04_new.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_05_importConfirm.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_06_exportConfirm.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_07_menuEdit.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_08_menuServer.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_09_menuCode.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_10_verifSyntax_ok.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/script_11_verifSyntax_ko.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivityTab.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_00.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_01_menuSimulation.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_parameters.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactors.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_04_sensitivityMethod.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_05_tabExportResult.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_06_tabResultChoice.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_07_tabAdvancedParams.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/sensitivity_08_results.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulationTab.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_00.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_01_tabParams.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_03_tabPreSimulScript.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_04_tabAnalyzePlan.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_05_tabExportResult.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_06_tabResultChoice.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_07_tabAdvancedParams.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_08_tabQueue.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_00_filter.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_01_consoleLog.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/simulation_dialog_02_sendMail.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/documentation/userManual/tip.png
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/FLIsis_1.1.2.zip
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: isis-fish/trunk/src/site/resources/downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip
___________________________________________________________________
Added: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/installation.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,240 @@
+Installation et lancement d'ISIS-Fish
+=====================================
+
+MatÃ©riel requis
+---------------
+
+Afin de pouvoir faire tourner ISIS-Fish sur votre machine, il est
+nÃ©cessaire d'avoir au moins la vesion 1.6.0_18 de Java d'installÃ©e. Il est
+possible de connaÃ®tre la version actuellement installÃ©e sur votre
+ordinateur en tapant dans une commande DOS : Â«java -versionÂ». Si vous
+aboutissez Ã  un message d'erreur, cela signifie que Java n'est pas
+installÃ©. Si la version installÃ©e est antÃ©rieure Ã  la version 1.6.0_18 ou
+que Java n'est pas installÃ©, vous devez tÃ©lÃ©charger la derniÃšre
+version de Java SE Development Kit (JDK). Ceci peut se faire
+directement Ã  cette adresse : http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
+
+Comment se procurer ISIS-Fish
+-----------------------------
+
+Il est possible de tÃ©lÃ©charger ISIS-Fish Ã  cette adresse :
+http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3. les
+fichiers contenant ISIS-Fish et tout ce qui est nÃ©cessaire Ã  son bon
+fonctionnement sont nommÃ©s : Â«isis-fish-x.y.z.zipÂ» oÃ¹ x.y.z
+correspond au numÃ©ro de la version.
+
+Installation
+------------
+
+Une fois le zip tÃ©lÃ©chargÃ©, il faut le dÃ©zipper dans le rÃ©pertoire de
+votre choix.
+
+Sous linux vous pouvez taper::
+
+  unzip isis-fish-x.y.z.zip
+
+Un nouveau rÃ©pertoire isis-fish-x.y.z apparaÃ®t
+
+Lancement
+---------
+
+Fichier de lancement par dÃ©faut .bat et .sh
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Par dÃ©faut ISIS-Fish peut allouer au maximum 512Mo de Ram pour son
+utilisation. Si votre rÃ©gion contient de trÃšs nombreux mÃ©tiers,
+stratÃ©gies et populations vous pouvez devoir augmenter cette valeur
+pour cela Ã©ditez le fichier *go.bat* ou *go.sh* suivant votre
+plateforme (windows, Unix/Linux).
+
+Par dÃ©faut les fichiers de lancement redirigent les sorties vers un
+fichier error.txt. Si jamais un problÃšme se produit durant
+l'utilisation d'ISIS-Fish ce fichier peut vous permettre de comprendre
+plus simplement le problÃšme. Si vous faites appel aux mailing-lists pour
+demander de l'aide, il vous sera demander de joindre ce fichier Ã  votre demande.
+
+Lancer ISIS-Fish sous windows
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Double-cliquer sur le fichier .bat crÃ©Ã©. Une fenÃªtre DOS va alors
+s'ouvrir. Puis l'interface d'ISIS.
+
+.. image:: mainWindow.png
+
+Si l'interface n'apparaÃ®t pas, cela signifie qu'une erreur s'est
+produite lors du lancement. Le message d'erreur est situÃ© dans le
+fichier error.txt, mais il peut dans certains cas Ãªtre difficilement
+comprÃ©hensible. Si vous ne pouvez comprendre ce message, envoyez le sur
+la liste utilisateur (voir partie Contact-Assistance_ )
+
+.. _Contact-Assistance: community
+
+Lancer ISIS-Fish depuis un porte document windows
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Dans le go.bat ou go.sh du porte doc, il faut passer Ã  la ligne apres start et
+ajouter::
+
+  c:
+  cd c:\la position du fichier go.bat du porte doc (par exemple, cd c:\"Documents and settings"\smahevas\Bureau\PorteDoc\Isis_v3\isis-fish-3.1.1)
+
+Lancer ISIS-Fish sous Unix/Linux
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Placez-vous dans le rÃ©pertoire contenant le fichier go.sh et exÃ©cutez
+le avec::
+
+  ./go.sh
+
+Option de la ligne de commande
+------------------------------
+
+Il est possible de passer des paramÃštres Ã  la ligne de commande par exemple::
+
+  ./go.sh --help
+
+l'option --help permet d'afficher la liste des options disponibles
+
+Voici les autres options.
+
+.. FIXME Wait for simple table fix in JRST : http://nuiton.org/issues/show/651
+
+.. ================================================  =======================================================================================================================================================================================================
+.. Commande                                          Description
+.. ================================================  =======================================================================================================================================================================================================
+.. -help, -h                                        Affiche l'aide
+.. -listRegion                                      Affiche la liste des rÃ©gions disponibles
+.. -importRegion region                             Importe une rÃ©gion dans la base locale. Il est possible d'importer des rÃ©gions depuis ISIS-Fish version 2 ou 3. Suivant l'extension du fichier, ISIS-Fish fera la bonne opÃ©ration
+.. -importAndRenameRegion region newName            Importe une rÃ©gion dans la base local et modifie son nom durant l'import.
+.. -exportRegion regionName output.zip              Exporte une rÃ©gion existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultÃ©rieurement.
+.. -listSimulation                                  Affiche la liste des simulations disponibles
+.. -importSimulation simulation                     Importe une simulation dans la base locale
+.. -exportSimulation simulationName simulation.zip  Exporte une simulation existante dans la base locale sous la forme d'un fichier zip importable ultÃ©rieurement.
+.. -update <true|false>                             Force la mise Ã  jour des scripts comme lors du premier lancement d'ISIS-Fish
+.. -create-ssh-key                                  Permet de crÃ©er une paire de clÃ© ssh. Ces clÃ©s sont utilisÃ©es pour pouvoir modifier les scripts pour les personnes ayant un login sur le CVS hÃ©bergeant les sources des scripts. (Voir le chapitre CVS)
+.. -ssh-key-file pathToPrivateKey                   Permet d'indiquer Ã  ISIS-Fish d'utiliser une paire de clÃ©s ssh existantes pour l'accÃšs au CVS. (Voir le chapitre CVS)
+.. -config name value                               Permet de modifier des valeurs de configuration. Cela revient au mÃªme que de modifier le fichier $HOME/.isis-config-3, ou utiliser l'interface depuis le menu fenÃªtre->configuration.
+.. ================================================  =======================================================================================================================================================================================================
+
+Liste des options disponibles:
+
+.. =======================  ==================================================================================================================================================  ======================================================================================================  ===================================================
+.. option                   description                                                                                                                                         type                                                                                                    exemple
+.. =======================  ==================================================================================================================================================  ======================================================================================================  ===================================================
+.. compileDirectory         rÃ©pertoire utilisÃ© pour la compilation des scripts                                                                                                  chemin vers un rÃ©pertoire                                                                               /tmp/isis-build
+.. language                 La langue Ã  utiliser                                                                                                                                ISO Language Code http://www.loc.gov/standards/iso639-2/englangn.html                                   fr
+.. country                  La variable pays pour la langue                                                                                                                     ISO Country Code http://www.iso.ch/iso/en/prods-services/iso3166ma/02iso-3166-code-lists/list...  FR
+.. database                 rÃ©pertoire utilisÃ© pour stocker les informations                                                                                                    chemin vers un rÃ©pertoire                                                                               /home/poussin/isis-database-3
+.. defaultSimulator         nom du fichier Ã  utiliser comme simulateur                                                                                                          nom d'un fichier .java contenu dans le rÃ©pertoire $database/simulators                                  DefaultSimulator.java
+.. javadocUrl               URL pointant vers la javadoc du simulateur                                                                                                          URL                                                                                                     http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/apidocs/
+.. defaultExportDirectory   RÃ©pertoire ou les exports de simulation sont placÃ© par dÃ©faut                                                                                       chemin vers un rÃ©pertoire                                                                               /home/poussin/isis-export
+.. defaultExportNames       la liste des noms des exports par dÃ©faut Ã  utiliser                                                                                                 liste sÃ©parÃ©e par des virgules                                                                          Abundances.java,Biomasses.java
+.. defaultResultNames       la liste des rÃ©sultats que l'on souhaite conserver durant la simulation pour les visualiser ultÃ©rieurement via l'interface de rendu des rÃ©sultats.  liste sÃ©parÃ© par des virgules                                                                           matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixPrice
+.. defaultMap               la carte Ã  utiliser par dÃ©faut pour nouvelle rÃ©gion                                                                                                 le chemin d'un fichier de carte .shp sans l'extension                                                   maps/vmap_area_thin
+.. defaultTagValue          la liste des tags values Ã  utiliser par dÃ©faut pour les simulations                                                                                 liste sÃ©parÃ© par des virgules de couple "nom":"valeur"                                                  "ecoResult":"true","maVal":"truc"
+.. cvsHostName              le nom du serveur contenant l'arbre CVS des donnÃ©es                                                                                                 le nom d'un serveur ou une ip                                                                           labs.libre-entreprise.org
+.. cvsRepository            le rÃ©pertoire racine du CVS sur le serveur                                                                                                          chemin vers un rÃ©pertoire                                                                               /cvsroot/isis-fish
+.. cvsDataBase              le nom du module CVS contenant les donnÃ©es sur le serveur                                                                                           String                                                                                                  isis-fish-data
+.. cvsHost                  fichier contenant les cles des serveurs CVS                                                                                                         chemin d'un fichier xml                                                                                 /home/poussin/.isis-ssh-host.xml
+.. cvsUserName              le nom de l'utilisateur pouvant accÃ©der au CVS                                                                                                      login                                                                                                   anonymous ou bpoussin
+.. cvsSsh2Connexion         indique si l'on utilise ou non un accÃšs sÃ©curisÃ© au CVS. Cela n'est pas utile pour le compte anonymous et nÃ©cessite une clÃ© SSH                     boolean                                                                                                 true
+.. cvsKeyFile               le fichier contenant la clÃ© privÃ©e SSH                                                                                                              chemin vers un fichier                                                                                  /home/poussin/.ssh/id_dsa
+.. smtpServer               le nom du serveur SMTP Ã  utiliser pour envoyer des mails.                                                                                           nom d'un serveur ou ip                                                                                  smtp.codelutin.com
+.. localSimulator           valeur par dÃ©faut utilisÃ©e pour savoir si les simulations que l'on exÃ©cute doivent Ãªtre faites localement ou sur un serveur de simulation           boolean                                                                                                 true
+.. simulatorServer          URL permettant de contacter le serveur de simulations                                                                                               URL                                                                                                     http://simulateur.ifremer.fr:9090
+.. simulatorServerLogin     le login Ã  utiliser pour le serveur de simulations                                                                                                  login                                                                                                   bpoussin
+.. simulatorServerPassword  le mot de passe Ã  utiliser pour le serveur de simulations                                                                                           mot de passe                                                                                            guest
+.. =======================  ==================================================================================================================================================  ======================================================================================================  ===================================================
+
+Premier lancement et fichier de configuration
+---------------------------------------------
+
+Lors du premier lancement ISIS-Fish vous posera un certain nombre de
+question.
+
+Si vous souhaitez les modifier ultÃ©rieurement il faut Ã©diter le
+fichier $HOME/.isis-config-3.
+
+$HOME est une variable d'environnement sous Unix/Linux qui pointe vers
+le rÃ©pertoire utilisateur de la personne logguÃ©e. Sous Windows
+l'utilisateur Ã  aussi un espace de travail personnel, mais son
+emplacement varie suivant la version de Windows utilisÃ©e.
+
+Il est possible qu'ISIS-Fish ne se lance pas avec l'erreur "la configuration
+n'est pas correcte". Dans ce cas, il faut Ã©diter le fichier .isis-config-3 et y
+ajouter::
+
+  vcs.typeRepo=HEAD
+  vcs.remoteDatabase=3.1.3 (ou le numero de version utilisÃ©)
+
+DonnÃ©es et scripts initiaux
+---------------------------
+
+Lors du premier lancement il est conseillÃ© d'Ãªtre connectÃ© Ã  Internet,
+car ISIS-Fish rÃ©cupÃšre une rÃ©gion de dÃ©monstration et les scripts de
+simulation, export, ...
+
+Si vous ne pouvez pas Ãªtre connectÃ©, depuis la version 3.0.16 il vous
+est possible de rÃ©cupÃ©rer Ã  l'adresse:
+http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3 le fichier se
+nommant isis-database.x.y.z.zip oÃ¹ x.y.z correspond au numÃ©ro de la version.
+
+DÃ©compressez ce fichier et placez le rÃ©pertoire obtenu dans votre rÃ©pertoire
+$HOME. Tous les scripts normalement rÃ©cupÃ©rÃ© par Isis-fish se trouvent dans
+ce rÃ©pertoire. Par contre, la rÃ©gion de dÃ©monstration n'est pas valide et vous
+ne pouvez pas l'utiliser.
+
+Mettre Ã  jour les scripts
+-------------------------
+
+Les scripts de simulation sont modifiÃ©s indÃ©pendament de la version
+d'ISIS-Fish. Il est donc possible de mettre Ã  jour les scripts sans
+modifier sa version d'ISIS-Fish. Dans certain cas, les nouveaux
+scripts ne fonctionneront qu'avec une nouvelle version d'ISIS-Fish,
+par exemple en cas de modification de la structure des rÃ©gions (ajout
+de champs Ã  un objet).
+
+Pour mettre Ã  jour les scripts, il faut dans la fenÃªtre principale
+aller dans le menu **fichier->Synchronisation serveur**.
+
+Vous devez voir apparaitre une fenÃªtre vous invitant Ã  sÃ©lectionner
+les Ã©lÃ©ments Ã  mettre Ã  jour ou les nouveaux Ã©lÃ©ments Ã  rÃ©cupÃ©rer.
+
+.. image:: synchroWindow.png
+
+Dans la zone texte du bas vous pouvez voir les changements effectuÃ©s
+sur le fichier sÃ©lectionnÃ©.
+
+Changer le rÃ©pertoire de simulations  : .isis-config-3
+------------------------------------------------------
+
+Pour windows : .isis-config-3 se trouve dans le rÃ©pertoire home (C:\Documents
+and  settings\chezsoi).
+[ou sur Mac : Users/<account>/ .isis-config-3
+(Comme le nom de fichier commence par un "." il peut Ãªtre cachÃ©)]
+Par dÃ©fault, la zone de travail est C:\Documents and Settings\chezsoi (zone oÃ¹
+sont crÃ©Ã©s les rÃ©pertoires isis-database-3, isis-build,...). Pour changer de
+zone de travail, il suffit de changer le rÃ©pertoire par dÃ©faut dans le
+isis-config par le rÃ©pertoire choisi.
+
+Fichier exemple ::
+
+  #Last saved Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009
+  #Tue Sep 15 09:25:33 CEST 2009
+
+  compilation.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-build
+  database.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-database-3
+  default.export.directory=D\:\\SimulationsISIS\\isis-export
+
+
+Installer Isis-FISH pour effectuer les simulations sur le super-calculateur CAPARMOR
+------------------------------------------------------------------------------------
+
+Afin d'utiliser Caparmor pour effectuer les simulations, il convient de suivre
+une procÃ©dure particuliÃšre (et d'avoir l'autorisation d'utiliser Caparmor). La
+procÃ©dure dÃ©crite dans le fichier joint devrait vous permettre de configurer et
+utiliser ISIS et Caparmor correctement.
+
+`Installation d ISIS-Caparmor`_
+
+.. _Installation d ISIS-Caparmor::installation-isis-caparmor.pdf

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/GUI.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,184 @@
+=======================
+L'interface utilisateur
+=======================
+
+FenÃªtre principale
+==================
+
+L'interface utilisateur est constituÃ©e d'une fenÃªtre composÃ©e d'onglets. Chaque
+onglet permet d'utiliser le simulateur diffÃ©rement.
+
+.. image:: mainWindow.png
+
+Cette fenÃªtre contient six onglets :
+
+- de lancement de simulation
+- de rendu des rÃ©sultats
+- de saisie de rÃ©gion
+- de saisie de script, rÃšgles de gestion, export, plan d'analyse, ...
+- de lancement d'analyse de sensibilitÃ©
+- de queue de simulation
+
+Il est aussi possible d'ouvrir ces onglets dans une nouvelle fenÃªtre depuis le
+menu *fenÃªtre*.
+
+Le menu fichier
+---------------
+
+Le premier sous menu *synchronisation serveur* permet de synchroniser
+les fichiers de scripts avec le serveur.
+
+Le deuxiÃšme sous menu *quitter* permet de fermer ISIS-Fish
+
+Le menu fenÃªtre
+---------------
+
+Les six sous menus sont l'Ã©quivalent des quatres onglets. Ils ouvrent l'onglet
+correspondant dans une nouvelle fenÃªtre.
+
+Le menu configuration
+---------------------
+
+Les sous-menu permettent de configurer diffÃ©rentes partie d'ISIS-Fish :
+* Configuration gÃ©nÃ©rale
+* Configuration VCS
+* Configuration de l'utilisation de Caparmor
+
+Pour certaines options il faut relancer ISIS-Fish pour que les
+nouvelles valeurs soient prises en compte, comme par exemple la
+langue.
+
+Le menu aide
+------------
+
+Les sous menus permettent d'accÃ©der Ã  diffÃ©rentes aides sur ISIS-Fish
+
+* Ce site
+* La documentation des diffÃ©rentes API
+* La fenÃªtre des logs de l'application (utile en cas d'erreur ou de comportement
+  anormal)
+* La fenÃªtre d'informations sur le simulateur.
+
+La barre de statut
+------------------
+
+La barre de statut, situÃ©e en bas de la fenÃªtre indique Ã  droite la mÃ©moire
+utilisÃ© puis la mÃ©moire actuellement allouÃ© pour ISIS-Fish.
+
+La zone centrale permet Ã  ISIS-Fish de d'afficher des messages et la
+partie gauche indique l'avancement de tÃ¢che en train de s'exÃ©cuter.
+
+Lancement de simulation
+=======================
+
+L'onglet de lancement de simulation permet de paramÃštrer les
+simulations et de les exÃ©cuter.
+
+.. image:: simulationTab.png
+
+Cette onglet est consituÃ© de plusieurs onglets qui permettent de modifier:
+
+- **ParamÃštres** de base de la simulation: identifiant, description, rÃ©gion,
+  stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es
+- **Script de prÃ©simulation**, pour l'activer il faut cochÃ© la
+  case *utiliser un script de prÃ©-simulation* dans l'onglet ParamÃštres. Le
+  script de prÃ©-simulation est du BSH exÃ©cutÃ© avant toutes les simulations et
+  permet de modifier la base de donnÃ©es.
+- **Plan de simulation**, pour l'activer il faut cocher la case
+  *Utiliser le plan d'analyse* dans l'onglet ParamÃštres.
+- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã 
+  utiliser et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter.
+- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã  conserver
+  pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats
+- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã  utiliser, activer
+  ou dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des
+  paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ...
+
+Si une rÃšgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est
+pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la
+liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s.
+
+Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante
+sera ajoutÃ© au nom de la simulation.
+
+Rendu des rÃ©sultats
+===================
+
+L'onglet de rendu des rÃ©sultats permet de visualiser les rÃ©sultats
+en graphe, en carte, ou en nombre. Il permet aussi de supprimer
+d'anciennes simulations.
+
+.. image:: resultTab.png
+
+Pour ouvrir une ancienne simulation, sÃ©lectionnez la simulation
+souhaitÃ©e dans la combobox et cliquez sur *ouvrir une nouvelle fenÃªtre*.
+
+.. image:: resultWindowGraph.png
+
+.. image:: resultWindowMap.png
+
+Saisie de rÃ©gion
+================
+
+La fenÃªtre saisie de rÃ©gions permet de visualiser et modifier les
+rÃ©gions.
+
+Vous pouvez sÃ©lectionner dans la combobox votre rÃ©gion pour la faire
+apparaÃ®tre.
+
+.. image:: inputTab.png
+
+.. image:: inputTabRegion.png
+
+Saisie de scripts
+=================
+
+L'onglet de script permet de modifier tous les scripts:
+
+- scripts
+- simulateurs
+- exports
+- rÃšgles
+- plans d'analyses
+- modÃšle d'Ã©quations
+- analyses de sensibilitÃ©
+
+.. image:: scriptTab.png
+
+Tous ces scripts sont des fichiers textes sur le systÃšme de
+fichier. Il est donc possible d'utiliser n'importe quel Ã©diteur pour
+les modifier. Voir
+http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/othertools.html
+pour plus d'explications.
+
+Lancement d'analyse de sensibilitÃ©
+==================================
+L'onglet de lancement d'analyse de sensibilitÃ© permet de paramÃštrer les
+analyses de sensibilitÃ©, de les exÃ©cuter et de les analyser.
+
+.. image:: sensitivityTab.png
+
+Cette onglet est consituÃ© de plusieurs onglets qui permettent de modifier:
+
+- **ParamÃštres** de base de l'analyse de sensibilitÃ©: identifiant, description,
+  rÃ©gion, stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es
+- **Analyse de sensibilitÃ©** permet de dÃ©terminer les facteurs Ã©tudiÃ©s.
+- **MÃ©thode de la sensibilitÃ©** permet de choisir le type d'analyse utilisÃ© et
+  de la paramÃ©trÃ©e.
+- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã 
+  utiliser et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter.
+- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã  conserver
+  pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats
+- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã  utiliser, activer
+  ou dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des
+  paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ...
+- **Analyse des rÃ©sultats** qui permet de voir les rÃ©sultats (simples) d'une
+  analyse de sensibilitÃ© terminÃ©e.
+
+Si une rÃšgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est
+pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la
+liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s.
+
+Lors du lancement de l'analyse de sensibilitÃ©, automatiquement la date courante
+sera ajoutÃ© au nom de l'analyse. Le nom de chaque simulation est terminÃ©e par _
+suivi du numÃ©ro de la simulation dans l'analyse de sensibilitÃ©.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/inputs.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,1534 @@
+=====================
+Saisie d'une pÃªcherie
+=====================
+
+La fenÃªtre de saisie de pÃªcherie permet de crÃ©er, visualiser et modifier des pÃªcheries.
+
+.. contents::
+
+Description des diffÃ©rentes zones de l'interface
+------------------------------------------------
+
+.. image:: input_00.png
+
+#. les menus de l'Ã©diteur de pÃªcheries.
+#. le nom d'une nouvelle rÃ©gion Ã  crÃ©er.
+#. pour crÃ©er une nouvelle rÃ©gion.
+#. la liste des rÃ©gions dÃ©tectÃ©es par ISIS-Fish.
+#. la zone de navigation dans les objets de la pÃªcherie.
+#. la zone d'Ã©dition des donnÃ©es de la pÃªcherie.
+#. la zone classique de statut gÃ©nÃ©ral.
+
+Une pÃªcherie contient une rÃ©gion.
+
+On peut soit crÃ©er entiÃšrement la rÃ©gion en renseignant son nom (zone 2) puis
+en cliquant sur le bouton **Nouvelle rÃ©gion** (zone 3).
+
+On peut aussi sÃ©lectionner une rÃ©gion existante localement dans la liste
+dÃ©roulante (zone 4).
+
+Un dossier du nom de votre cas d'Ã©tude a ainsi Ã©tÃ© crÃ©Ã© dans le menu dÃ©roulant et dans la colonne de gauche
+ont Ã©tÃ© crÃ©Ã©es des sous dossiers correspondant Ã  toutes les composantes de la pÃªcherie (zone 5).
+
+Dans les deux cas, une fois la rÃ©gion chargÃ©e ou crÃ©Ã©e, les objets de la
+pÃªcherie sont disponibles dans leur zone de navigation (zone 6).
+
+La carte est affichÃ©e Ã  droite.
+
+On peut aussi Ã©diter les caractÃ©ristiques de la rÃ©gion.
+
+
+Les diffÃ©rentes actions des menus
+---------------------------------
+
+On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu.
+Il s'agit d'actions globales sur les pÃªcheries.
+
+Menu **RÃ©gion**
+================
+
+.. image:: input_01_menuFile.png
+
+
+#. **Importer une rÃ©gion** :
+   Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v3.
+#. **Importer une rÃ©gion et la rennommer** :
+   Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v3 et
+   renommer le nom de la rÃ©gion.
+#. **Importer une rÃ©gion de la V2 d'IsisFish** :
+   Importer une rÃ©gion prÃ©cÃ©demment exportÃ©e depuis une autre instance d'IsisFish v2.
+#. **Importer la rÃ©gion d'une simulation** :
+   Importer une rÃ©gion depuis une simulation localement existante.
+   Une interface de sÃ©lection de simulation s'affiche.
+   Une fois le nom de la simulation choisi, le nom de la rÃ©gion est demandÃ©.
+   Ensuite, la rÃ©gion est extraite de la simulation et sauvegardÃ©e localement.
+#. **Exporter la rÃ©gion** :
+   Exporter la rÃ©gion dans un fichier compressÃ©. L'archive produite pourra Ãªtre
+   importÃ©e dans une autre instance d'IsisFish v3.
+   Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable.
+#. **Copier rÃ©gion** :
+   Permet la recopie simple de rÃ©gion.
+   Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable.
+#. **Supprimer localement** une rÃ©gion :
+   Permet de supprimer localement une rÃ©gion.
+   Une rÃ©gion doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e au prÃ©alable.
+   Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, la pÃªcherie
+   ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+
+Menu **Serveur**
+================
+
+.. image:: input_02_menuServer.png
+
+Ce menu regroupe les fonctionnalitÃ©s de communication avec le serveur de donnÃ©es.
+
+#. **Ajouter une rÃ©gion** :
+   Permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle rÃ©gion
+   Une boite de dialogue apparaÃ®t oÃ¹ sont affichÃ©s les diffÃ©rents messages de
+   sauvegarde dÃ©jÃ  rentrÃ©s pour cette pÃªcherie.
+   En appuyant sur le bouton Ok, la pÃªcherie est ajoutÃ©e sur le serveur distant si vous avez les
+   droits d'Ã©criture sur ce serveur (voir chapitre configuration vcs).
+#. **Sauvegarder les changements** d'une rÃ©gion :
+   TODO est-ce actif, je ne crois pas...
+#. **Supprimer localement et Ã  distance** :
+   Permet de supprimer une rÃ©gion localement mais aussi sur le serveur distant.
+   Vous devez disposer de droits d'Ã©criture sur le serveur distant.
+   Attention : A utiliser avec prÃ©caution!
+
+
+CrÃ©er une nouvelle pÃªcherie
+---------------------------
+
+La saisie d'une pÃªcherie se dÃ©roule en plusieurs Ã©tapes :
+
+#. crÃ©ation ou sÃ©lection de la rÃ©gion Ã  utiliser dans la pÃªcherie
+#. saisie des mailles
+#. saisie des zones
+#. saisie des ports
+#. saisie des espÃšces
+#. saisie des populations
+#. saisie des engins
+#. saisie des mÃ©tiers
+#. saisie des marÃ©es
+#. saisie des types de navire
+#. saisie des flottilles
+#. saisie des stratÃ©gies
+
+
+1. **CrÃ©ation** ou **sÃ©lection** de rÃ©gion
+==========================================
+
+Une fois la rÃ©gion crÃ©Ã©e ou chargÃ©e voila Ã  quoi ressemble l'interface.
+
+.. image:: input_04_create.png
+
+Les latitudes et longitudes sont en degrÃ©s dÃ©cimaux.
+
+#. **Nom de la rÃ©gion**
+   Le nom de la rÃ©gion (il s'agit d'un nom d'objet de la pÃªcherie, il est
+   prÃ©fÃ©rable de normaliser ces noms, par exemple n'utiliser que des caractÃšres
+   alphanumÃ©riques sans ponctuation).
+   La rÃ©gion est un rectangle avec une grille rÃ©guliÃšre de mailles.
+#. **Latitude minimum** :
+   latitude minimum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle)
+#. **Latitude maximum** :
+   latitude maximum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle)
+#. **Longitude minimum** :
+   longitude minimum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle)
+#. **Longitude maximum** :
+   longitude maximum de la rÃ©gion (valeur rÃ©elle)
+#. rÃ©solution spatiale  (**latitude**) :
+   Ã©tendue de chaque maille en latitude (valeur rÃ©elle)
+#. rÃ©solution spatiale  (**longitude**) :
+   Ã©tendue de chaque maille en longitude (valeur rÃ©elle)
+#. liste des cartes : TODO
+#. **Ajouter une carte** :
+   Si vous dÃ©sirez changer la carte par dÃ©faut pour une carte plus
+   prÃ©cise, cliquez sur Ajouter carte et sÃ©lectionnez la carte Ã 
+   ajouter grÃ¢ce au menu dÃ©filant.
+   Il n'est nÃ©cessaire d'ajouter que la carte au format shp nÃ©anmoins les deux cartes shp et ssx doivent Ãªtre situÃ©es dans le
+   mÃªme dossier
+#. **Supprimer la carte** :
+   Pour supprimer une carte prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires sur la rÃ©gion peuvent Ãªtre ajoutÃ©es
+   grÃ¢ce aux encadrÃ©s **Commentaires**. Elles seront sauvegarder en mÃªme temps
+   que la rÃ©gion.
+#. **Ajouter un fichier de mailles** :
+   Un fichier contenant des mailles prÃ©dÃ©finies peut aussi Ãªtre chargÃ©.
+   Cliquez sur **...***
+#. **Sauver** la rÃ©gion :
+   Une fois que les frontiÃšres de la rÃ©gion ont Ã©tÃ© dÃ©finies (la carte
+   et le fichier de mailles prÃ©dÃ©finies ajoutÃ©s si nÃ©cessaire), cliquez
+   sur **Sauver**.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   enregistrÃ©e.
+#. **VÃ©rifier** :
+   Pour vÃ©rifier la cohÃ©rence de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les **mailles** :
+   A la fin de ce stade, la rÃ©gion ainsi qu'une grille de mailles ont Ã©tÃ© crÃ©es.
+
+   Afin de continuer la paramÃ©trisation, cliquez sur **Continuer vers les mailles**
+   ou sÃ©lectionner l'onglet **Mailles** dans le menu de gauche.
+
+2. **Saisie des mailles**
+=========================
+
+.. image:: input_05_inputMailles.png
+
+La feuille de saisie des mailles permet Ã  l'utilisateur de renommer les
+mailles. Il est aussi possible de dÃ©finir si la maille est en fait de la terre
+en cochant la case **Terre**.
+
+#. **Maille** dans la navigation :
+   On peut sÃ©lectionner une maille Ã  partir de cette zone. Les autres zones
+   seront alors mises Ã  jour avec les donnÃ©es de cette maille.
+#. **Maille** dans la liste :
+   On peut sÃ©lectionner une maille Ã  partir de cette liste dÃ©roulante des noms
+   des mailles de la rÃ©gion. Les autres zones seront alors mises Ã  jour avec les
+   donnÃ©es de cette maille.
+#. **Maille** sur la carte :
+   On peut enfin sÃ©lectionner une maille en la sÃ©lectionnant sur la carte. Les
+   autres zones seront alors mises Ã  jour avec les donnÃ©es de cette maille.
+#. **Nom** de maille :
+   Pour modifier le nom de la maille, par dÃ©faut un nom de maille est l'expression
+   de sa latitude suivi de sa longitude; exemple : La44.5Lo-3.0
+#. **Latitude** :
+   latitude du coin bas gauche de la maille sÃ©lectionnÃ©e exprimÃ©e en degrÃ©.
+#. **Longitude** :
+   longitude du coin bas gauche de la maille sÃ©lectionnÃ©e exprimÃ©e en degrÃ©.
+#. **Terre** :
+   Case Ã  cocher permettant de spÃ©cifier si la maille est sur terre ou non.
+#. **Commentaires** :
+   Pour saisir un commentaire liÃ© Ã  cette maille. Des informations
+   complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette fenÃªtre. Chaque
+   commentaire est liÃ© Ã  une maille, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque maille prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauver les modifications sur cette maille. Ne pas oublier de sauver en
+   cliquant sur ce bouton pour chaque modification de maille.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications sur cette maille et revenir Ã  la derniÃšre
+   version sauvegardÃ©e.
+#. **Continuer** vers les zones :
+   Afin de poursuivre, cliquez sur **Continuer vers les Zones** ou sÃ©lectionner
+   l'onglet **Zones** dans le menu de gauche.
+
+
+3. **Saisie des zones**
+=======================
+
+Les zones **Populations**, les zones **MÃ©tier** et les zones de gestion doivent Ãªtre
+crÃ©Ã©es respectivement avant les populations, les mÃ©tiers et les mesures de
+gestion.
+
+.. image:: input_06_inputZones.png
+
+#. **Nouveau** :
+   On commence toujours par crÃ©er la zone avant de modifier ses valeurs, on
+   clique ici pour crÃ©er la zone vide. Une fois la zone crÃ©Ã©e, elle apparaÃ®t
+   dans la combo-box **Choisir une zone** et il est possible de la sÃ©lectionner et
+   de la renommer.
+#. **Nom** :
+   Pour renseigner le nom de la zone une fois celle-ci crÃ©Ã©e. Voir remarque sur
+   les noms des objets de la pÃªcherie.
+#. **Sauver** :
+   Permet de sauver en base la nouvelle zone.
+   Ne pas oublier de sauver Ã  la fin de ces opÃ©rations.
+
+   A ce stade, la zone a Ã©tÃ© crÃ©Ã©e, il faut dÃ©sormais lui associer des mailles.
+#. **Choisir une zone** :
+   La **zone** dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **SÃ©lection des mailles**  de la zone :
+   SÃ©lectionner les mailles composant cette zone soit en cochant les cases une
+   par une soit en les sÃ©lectionnant directement sur la carte.
+#. **les mailles de la zone reprÃ©sentÃ©es sur la carte** :
+   cliquer sur la maille Ã  sÃ©lectionner, elle devient verte une fois sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les changements effectuÃ©s dans la zone sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer une zone de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois la zone supprimÃ©e, elle n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette fenÃªtre.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une **Zone**, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque Zone prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Continuer** vers les ports :
+   Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur **continuer vers
+   les ports** ou cliquer sur l'onglet Ports dans le menu de gauche.
+
+ATTENTION : il est possible de crÃ©er des zones population se chevauchant pour une mÃªme population
+
+
+4. **Saisie des ports**
+=======================
+
+Les ports sont utilisÃ©s afin de pouvoir calculer les coÃ»ts de transport.
+Un port est contenu dans une maille correspondant Ã  la localisation
+gÃ©ographique du port.
+
+Chaque port est localisÃ© exactement sur une maille.
+
+.. image:: input_07_inputPorts.png
+
+#. **CrÃ©er** :
+   On commence toujours par crÃ©er le port avant d'effectuer des modifications.
+   On clique ici pour crÃ©er un port vide. Une fois le port crÃ©Ã©, il apparaÃ®t
+   dans la zone de navigation **Choisir un port** et il est possible de le
+   sÃ©lectionner et de l'Ã©diter.
+#. **Nom du port** :
+   Le nom du port Ã  renseigner (Voir remarque sur les noms des objets de la
+   pÃªcherie.)
+#. **Sauver** :
+   Pour sauver le port, en base. Ne pas oublier de sauver Ã  la fin de ces
+   opÃ©rations.
+
+   A ce stade, le port a Ã©tÃ© crÃ©Ã©, il faut dÃ©sormais lui associer une maille.
+#. **Choisir un port** :
+   Le port dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **SÃ©lection de la maille du port** :
+   SÃ©lectionner la maille oÃ¹ se situe le port en cochant une case ou en les
+   sÃ©lectionnant directement sur la carte.
+#. **La maille du port reprÃ©sentÃ© sur la carte** :
+   Cliquer sur la maille Ã  sÃ©lectionner, elle devient alors verte.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les changements effectuÃ©s sur le port sÃ©lectionnÃ©.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer le port de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois le port supprimÃ©, il ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette fenÃªtre.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  un Port, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque Port prÃ©alablement dÃ©fini.
+#. **Continuer** vers les espÃšces :
+   Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur l'onglet
+   **EspÃšces** dans le menu de gauche.
+
+
+5. **Saisie des espÃšces**
+=========================
+
+.. image:: input_08_inputSpecies.png
+
+#. **CrÃ©er** une espÃšce :
+   On commence toujours par crÃ©er l'espÃšce avant de modifier ses
+   caractÃ©ristiques. On clique ici pour crÃ©er une espÃšce vide.
+   Une fois l'espÃšce crÃ©Ã©e, elle apparaÃ®t dans la zone de navigation des
+   objets de la pÃªcherie. Il est possible de la sÃ©lectionner et de l'Ã©diter.
+#. **Nom de l'espÃšce** :
+   On nomme l'espÃšce une fois celle-ci crÃ©Ã©e. (Voir remarque sur les noms des
+   objets de la pÃªcherie.)
+#. **Sauver** :
+   Permet de sauver en base la nouvelle espÃšce.
+   Ne pas oublier de sauver Ã  la fin de ces opÃ©rations.
+
+   A ce stade, l'espÃšce est crÃ©e, il faut dÃ©sormais terminer la configuration
+   de ses caractÃ©ristiques.
+#. **Nom scientifique** :
+   Pour renseigner le nom scientifique de l'espÃšce. Le nom commun uniquement sera
+   utilisÃ© par la suite. La plupart des paramÃštres biologiques Ã  dÃ©finir
+   ensuite dÃ©pendent de la Dynamique choisie. Les populations peuvent soit
+   avoir une dynamique en Ã¢ge, soit avoir une dynamique en stades (incluant
+   aussi la structuration en longueur).
+#. **Code rubbin** TODO
+#. **CEE** TODO
+#. **StructurÃ© en age** :
+   Dynamique de la population en age, cela correspondant au nombre de classes
+   d'Ã¢ge.
+#. **StructurÃ©** en longueur :
+   Dynamique de la population en longueur, cela correspond au nombre de classes
+   de longueur.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette fenÃªtre.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une espÃšce, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque espÃšce prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les changements effectuÃ©s sur l'espÃšce sÃ©lectionnÃ©e et revenir
+   Ã  la derniÃšre version sauvegardÃ©e.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer l'espÃšce de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois l'espÃšce supprimÃ©e, elle ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Choisir une espÃšce** :
+   L'espÃšce dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les populations  :
+   Afin de poursuivre la saisie des paramÃštres, cliquer sur l'onglet
+   **Populations** de l'espÃšce dans le menu de gauche.
+
+6. **Saisie des populations**
+=============================
+
+Les populations sont dÃ©crites au travers de huit onglets. Une fois la population
+crÃ©Ã©e, renseignez les diffÃ©rents paramÃštres dans l'ordre suivant :
+
+.. image:: input_09_inputPopulations.png
+
+#. onglet de saisie des paramÃštres de base de la population
+#. onglet de saisie des zones de la population
+#. onglet de saisie des saisons de la population
+#. onglet de saisie des Ã©quations de population
+#. onglet de saisie des Ã©quations de reproduction de la population
+#. onglet de saisie des groupes de populations
+#. onglet de saisie des Ã©quations de capturabilitÃ© de la population
+#. onglet de saisie des migrations de la population
+#. **population** dans la navigation :
+   Vous pouvez choisir dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie,
+   les populations Ã  Ã©diter.
+#. **continuer**
+   Une fois les modifications sur les populations terminÃ©es, vous pouvez
+   continuer vers la saisie des engins.
+
+La saisie des populations requiert la dÃ©finition d'un certain nombre d'Ã©quations
+dont voici la liste:
+
+#. **Ã©quation de croissance** :
+   Si le dernier groupe est dÃ©fini comme un **groupe plus**, la fonction de
+   croissance de la population (lorsqu'elle est structurÃ©e en Ã¢ge) et les
+   paramÃštres correspondant.
+
+   .. image:: inputEquation_00_Growth.png
+
+#. **Ã©quation de croissance inverse** :
+   Fonction inverse de la croissance de la population (lorsqu'elle est
+   structurÃ©e en stade).
+
+   .. image:: inputEquation_01_GrowthReverse.png
+
+#. **Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle** :
+
+   .. image:: inputEquation_02_NaturalDeathRate.png
+
+#. **Ã©quation de poids principal** :
+
+   .. image:: inputEquation_03_MeanWeight.png
+
+#. **Ã©quation de prix** :
+
+   .. image:: inputEquation_04_Price.png
+
+#. **Ã©quation de migration** :
+
+   .. image:: inputEquation_05_Migration.png
+
+#. **Ã©quation d'Ã©migration** :
+
+   .. image:: inputEquation_06_Emigration.png
+
+#. **Ã©quation d'immigration** :
+
+   .. image:: inputEquation_07_Immigration.png
+
+#. **Ã©quation de reproduction** :
+   Une Ã©quation donnant le nombre d'Åufs Ã©mis en fonction de l'abondance des
+   reproducteurs et d'autres paramÃštres dont, par exemple le coefficient de la
+   fÃ©conditÃ©.
+
+   .. image:: inputEquation_08_GearSelectivity.png
+
+
+Onglet **Saisie des populations**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Les paramÃštres de base incluent tous les paramÃštres biologiques dÃ©finis Ã 
+l'Ã©chelle de la population.
+
+.. image:: input_10_inputPopulations_tabBase.png
+
+#. **Nouveau** :
+   On commence toujours par crÃ©er une nouvelle population, avant d'en modifier
+   les caractÃ©ristiques.
+#. **Sauver** :
+   Sauver la population en base.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es sur la population et revenir sur la
+   derniÃšre version sauvegardÃ©e.
+#. **Supprimer** :
+   Supprimer la population sÃ©lectionnÃ©e de la pÃªcherie.
+#. **Reconstruire** les groupes :
+   CrÃ©er les groupes de la population.
+   Cela ouvrira diffÃ©rentes boites de dialogue selon la maniÃšre dont les
+   populations sont structurÃ©es, ainsi que de la maniÃšre dont l'utilisateur
+   veut dÃ©crire les classes. TODO (voir figures des dialogues).
+
+   Pour effectuer cette opÃ©ration, il est possible d'avoir besoin des Ã©quations de
+   croissance et autres. Il faudra alors les avoir prÃ©alablement renseignÃ©es.
+#. **Structuration dynamique** :
+   Une fois que les interfaces concernant les fonctions de croissance ou les
+   fonctions inverse de croissance ont Ã©tÃ© renseignÃ©es, il est possible de
+   vÃ©rifier les paramÃštres grÃ¢ce Ã  la table.
+   Si les paramÃštres de croissance ont Ã©tÃ© modifiÃ©s, ne pas oublier de sauver.
+#. **Sauver comme modÃšle** :
+   Pour sauver une Ã©quation de type croissance dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/growth TODO)
+
+   Si la fonction de croissance crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour
+   d'autres espÃšces, il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en
+   utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** :
+   Pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance (voir figure
+   input_XX_equationGrowth).
+#. **Sauver comme modÃšle** :
+   Pour sauver une Ã©quation de type dÃ©croissance inverse dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reversegrowth TODO)
+
+   Si la fonction de croissance inverse crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e
+   pour d'autres espÃšces il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en
+   utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** :
+   Pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance inverse (voir figure
+   input_XX_equationReverseGrowth).
+#. **Nom** :
+   Pour renseigner le nom de la population (voir remarque sur les noms des
+   objets d'une pÃªcherie).
+#. **Identifant gÃ©ographique** :
+   Pour renseigner l'identifiant de la population. Un petit commentaire de
+   description de la population peut Ãªtre ajoutÃ© ici.
+#. **Nombre de groupes** :
+   Une fois les classes de la population crÃ©Ã©es, on voit ici le nombre de
+   groupes de la population.
+#. **Groupe de maturitÃ©** :
+   Pour choisir le groupe de maturitÃ©. Il faut avoir crÃ©Ã© les classes de la
+   population avant. Il s'agit de l'Ã¢ge auquel 50% de la population est mature.
+
+   Saisir l'Ã¢ge de maturitÃ© des individus. Cette valeur pourra Ãªtre utilisÃ©e
+   comme variable dans l'Ã©quation de reproduction. L'Ã¢ge de maturitÃ© est
+   exprimÃ©e en annÃ©es.
+#. **plusGroup** :
+   Pour dÃ©finir une population de type **plusGroup**
+   Cocher la case si la derniÃšre classe de la population est dÃ©finie comme un
+   groupe plus.
+   Si le dernier groupe est dÃ©finit comme un groupe plus, la fonction de
+   croissance de la population (lorsqu'elle est structurÃ©e en age) et les
+   paramÃštres  correspondants.
+#. **choix Ã©quation croissance** :
+   Pour choisir l'Ã©quation de croissance Ã  utiliser pour la population.
+#. **Ã©diteur Ã©quation croissance** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation de croissance L'interface de saisie de la fonction
+   de croissance permettant de calculer la taille en fonction de l'Ã¢ge n'est a
+   renseigner (et ne sera utilisÃ©e) que dans le cas de populations structurÃ©es
+   en Ã¢ge.
+
+   Il est possible d'utiliser soit un modÃšle prÃ©dÃ©fini et dans ce cas la seule
+   opÃ©ration consiste Ã  changer les paramÃštres pour ceux correspondant au cas d'Ã©tude.
+   La seconde option consiste Ã  Ã©crire votre propre modÃšle en utilisant l'Ã©diteur.
+
+   Les ages sont exprimÃ©s en annÃ©es (Classe Mature et Age) mais la variable
+   age dans la fonction de croissance est exprimÃ©e en mois.
+#. **choix Ã©quation croissance inverse** :
+   Pour choisir l'Ã©quation de croissance inverse Ã  utiliser pour la population
+   (lorsqu'elle est structurÃ©e en longueur).
+
+#. **Ã©diteur Ã©quation croissance inverse** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation de croissance inverse.
+
+   Ne renseigner cette partie que si la population est structurÃ©e en stades
+   (commentaires identique Ã  ceux formulÃ©s au dessus pour les fonctions de
+   croissances et les populations structurÃ©es en Ã¢ge).
+#. **commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette fenÃªtre.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+
+
+Onglet **Saisie des groupes de populations**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Permet d'Ã©diter les paramÃštres de chaque groupe de la population.
+
+.. image:: input_11_inputPopulations_tabGroup.png
+
+#. **Liste des groupes** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des groupes connus pour cette
+   espÃšces (ils ont Ã©tÃ© gÃ©nÃ©rÃ©s pendant la crÃ©ation des classes).
+#. **Poids principal** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   Il s'agit du poids moyen de la classe (en kg).
+#. **Prix** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   Il s'agit du prix moyen de la classe (en euros par kg).
+#. **Taux de mortalitÃ© naturelle** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   Il s'agit du rÃ©sultat de l'Ã©quation de mortalitÃ© naturelle par annÃ©e.
+#. **Taux de reproduction** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   IntensitÃ© relative de la reproduction durant les mois de la saison de
+   reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois
+   courant de la saison de reproduction).
+   autrement dit : nombre d'Åufs  - par kg de femelles de la classe (ne pas
+   oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe
+   ratio dans l'Ã©quation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de
+   multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus.
+#. **Age** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   Si la population est structurÃ©e en stades, cette valeur est l'Ã¢ge moyen
+   d'une classe (en annÃ©es).
+#. **Longueur** du groupe sÃ©lectionnÃ© :
+   Si la population est structurÃ©e en Ã¢ge, cette valeur est la longueur moyenne
+   de la classe d'Ã¢ge (en ???).
+#. **Commentaires** :
+   permet d'ajouter des commentaires.
+#. **Sauver** :
+   sauver les modifications sur les groupes de la population
+#. **Annuler** :
+   annuler les modifications effectuÃ©es sur les groupes de la population.
+
+
+Onglet **Saisie des Ã©quations de population**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_12_inputPopulations_tabEquation.png
+
+Pour saisir les Ã©quations de mortalitÃ© naturelle, poids principal et prix de la
+population.
+
+
+#. **Liste des populations** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de mortalitÃ©
+   naturelles connues pour cette espÃšce.
+#. **Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle** :
+   Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de mortalitÃ©
+   naturelle.
+#. **liste des populations** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de poids moyen
+   connues pour cette espÃšce.
+#. **Ã©quation de poids moyen** :
+   Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de poids moyen.
+#. **Liste des populations** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des Ã©quations de prix
+   connues pour cette espÃšce.
+#. **Ã©quation de prix** :
+   Pour Ã©diter sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations, l'Ã©quation de prix.
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle
+   pour sauver une Ã©quation de type taux de mortalitÃ© naturelle dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/NaturalDeathRate TODO)
+
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de taux de mortalitÃ© naturelle :
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de croissance (voir figure input_XX_equationNaturalDeathRate TODO).
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de poids principal
+   pour sauver une Ã©quation de type poids principal dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/meanWeight TODO).
+
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de poids principal
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de poids principal(voir figure
+   input_XX_equationMeanWeight).
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de prix :
+   pour sauver une Ã©quation de type prix dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/price TODO)
+
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de prix
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de prix  (voir figure input_XX_equationPrice).
+#. **Sauver**
+   sauver les modifications sur les Ã©quations de la population
+#. **Annuler**
+   annuler les modifications effectuÃ©es sur les Ã©quations de la population et
+   revenir Ã  la derniÃšre version sauvegardÃ©e.
+
+
+Onglet **Saisie des zones de populations**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_13_inputPopulations_tabZone.png
+
+On dÃ©finit ici les zones d'apparition et reproduction
+
+#. **sÃ©lection des zones** :
+   Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie.
+#. **SÃ©lection des zones de prÃ©sence** :
+   Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. On doit
+   sÃ©lectionner les zones de prÃ©sence de la population durant l'annÃ©e.
+#. **SÃ©lection des zones de reproduction** :
+   Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie. On doit
+   sÃ©lectionner les zones oÃ¹ se dÃ©rouleront les reproductions.
+#. **Ãditeur des correspondances** :
+   Pour spÃ©cifier les correspondances entre les zones de reproduction, et les
+   zones de recrutements si il y a plusieurs aires, i.e dÃ©finir la proportion
+   d'Åufs Ã©mis de la zone de reproduction qui sont recrutÃ©s dans une zone de
+   recrutement.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications effectuÃ©es sur les zones de la population.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es sur les zones de la population et
+   revenir Ã  la version prÃ©cÃ©dente.
+
+Onglet **Saisie des saisons** (population en age)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+On dÃ©finit ici les saisons pour une population structurÃ©e en age.
+
+.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeason.png
+
+#. **Liste des saisons** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des saisons actuellement dÃ©finies
+   pour cette population.
+#. **Plage de la saison** :
+   On dÃ©finit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant
+   aux mois sÃ©lectionnÃ©s de la saison.
+#. **Changement de groupe** :
+   Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, les poissons changeront de
+   classe le premier mois de la saison.
+   Pour une population structurÃ©e en age, le changement de groupe ne peut Ãªtre appliquÃ© que sur une seule saison par an.
+#. **Reproduction** :
+   Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, un tableau dÃ©crivant la
+   distribution de la reproduction apparaÃ®t, chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e
+   avec l'intensitÃ© de la reproduction par mois de la saison.
+#. **RÃ©partition des apparitions** :
+   Chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e avec l'intensitÃ© de la reproduction par
+   mois de la saison.
+   Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en
+   appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin
+   d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une saison, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Permet de sauver les modifications effectuÃ©es sur les saisons de la population.
+#. **Annuler** :
+   Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es et de revenir Ã  la derniÃšre
+   version sauvegardÃ©e.
+#. **Nouveau** :
+   On doit toujours commencer par crÃ©er une saison avant d'en modifier le
+   contenue. Une fois la saison crÃ©Ã©e, on dÃ©finit sa position dans l'annÃ©e.
+   Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut
+   commencer une annÃ©e et finir l'annÃ©e suivante (commencer en novembre et finir
+   en fÃ©vrier de l'annÃ©e suivante par exemple).
+#. **Supprimer** :
+   Permet de supprimer une saison de la population, cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la saison n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+
+Remarque : S'assurer que le changement de groupe n'est cochÃ© que pour une
+saison, sinon les poissons pourront changer de classe plus d'une fois par an.
+
+Onglet **Saisie des saisons** (population en longueur)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+TODO faire screenshot pour ce type de classe
+
+On dÃ©finit ici les saisons pour une population structurÃ©e en longueur.
+
+.. image:: input_14_inputPopulations_tabSeasonStade.png
+
+#. **Liste des saisons** :
+   Cette liste dÃ©roulante contient l'ensemble des saisons actuellement dÃ©finies
+   pour cette population.
+#. **Plage de la saison** :
+   On dÃ©finit la saison en utilisant le curseur. Les mois en jaune correspondant
+   aux mois sÃ©lectionnÃ©s de la saison.
+#. **Reproduction** :
+   Pour une saison donnÃ©e, si cette case est cochÃ©e, un tableau dÃ©crivant la
+   distribution de la reproduction apparaÃ®t, chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e
+   avec l'intensitÃ© de la reproduction par mois de la saison.
+#. **Distribution de la reproduction** :
+   Chaque cellule doit Ãªtre renseignÃ©e avec l'intensitÃ© de la reproduction par
+   mois de la saison.
+   Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en
+   appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin
+   d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**.
+#. **Changement de groupe** :
+   SÃ©lectionner si le changement de classe doit se faire de maniÃšre spatialisÃ©e
+   ou non (cocher la case appropriÃ©e).
+   Renseigner la matrice de coefficient de changement de classes. Si la matrice
+   est spatialisÃ©e, la taille de la matrice sera le nombre de zones de prÃ©sence * le nombre de groupes.
+   Pour chaque mois le coefficient correspond Ã  la proportion d'individus passant
+   de la classe i (en ligne) Ã  la classe j(en colonne). Ces coefficients peuvent
+   Ãªtre dÃ©finis par zones.
+   Les valeurs dans le tableau ne sont enregistrÃ©es qu'aprÃšs avoir validÃ© en
+   appuyant sur la touche **EntrÃ©e**. Les paramÃštres ont cependant besoin
+   d'Ãªtre sauvÃ©s en cliquant sur le bouton **Sauver**.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une saison, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Permet de sauver les modifications effectuÃ©es sur les saisons de la population.
+#. **Annuler** :
+   Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es et de revenir Ã  la derniÃšre
+   version sauvegardÃ©e.
+#. **Nouveau** :
+   On doit toujours commencer par crÃ©er une saison avant d'en modifier le
+   contenue. Une fois la saison crÃ©Ã©e on dÃ©finit sa position dans l'annÃ©e.
+   Deux saisons ne peuvent pas se chevaucher. Par contre une saison peut
+   commencer une annÃ©e et finir l'annÃ©e suivante (commencer en novembre et finir
+   en fÃ©vrier de l'annÃ©e suivante par exemple).
+#. **Supprimer** :
+   Permet de supprimer une saison de la population, cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la saison n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+
+Onglet **Saisie de la capturabilitÃ©**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Pour chaque groupe et chaque saison, le coefficient de capturabilitÃ© est dÃ©fini
+comme la probabilitÃ© d'un individu du groupe, prÃ©sent dans la zone au
+cours d'une saison, d'Ãªtre capturÃ© par une unitÃ© d'effort standardisÃ©
+appliquÃ©e par un engin non sÃ©lectif.
+
+.. image:: input_15_inputPopulations_tabCapturability.png
+
+#. **Ãdition** :
+   Saisir ces coefficients pour chaque classe et chaque saison.
+   Les valeurs dans la table ne seront saisies qu'aprÃšs avoir appuyÃ© sur **EntrÃ©e**
+   (sinon les cellules restent bleues, ce qui signifie qu'elles ne seront pas sauvÃ©es).
+#. **Commentaires** :
+   Pour saisir des commentaire concernant la capturabilitÃ© de la population, ils seront
+   sauvegardÃ© en mÃªme temps que la population.
+#. **Sauver** :
+   Pour enregistrer les modifications effectuÃ©es sur cet Ã©cran en base.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modification effectuÃ©es sur cet Ã©cran et revenir Ã  la
+   derniÃšre version enregistrÃ©e.
+
+Onglet **Saisie des reproductions**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Pour configurer les reproductions et recrutements de la population.
+
+L'Ã©quation de reproduction est une Ã©quation qui permet de calculer le nombre
+d'Åufs produits en fonction de l'abondance des reproducteurs ainsi que
+d'autres paramÃštres, pouvant inclure le coefficient de fÃ©conditÃ© et le groupe Mature.
+
+On dÃ©finit l'Ã©talement de recrutement : Proportion du groupe naissant qui
+est effectivement recrutÃ©e chaque mois.
+Cet Ã©talement reflÃšte la variabilitÃ© individuelle des Åufs et des larves
+dans le dÃ©veloppement d'une cohorte mensuelle. Par dÃ©faut, le recrutement
+d'une cohorte dure un mois, cela signifie que tous les individus de la
+cohorte recrutent durant le mÃªme mois lorsqu'ils sont prÃšs Ã  Ãªtre recrutÃ©s.
+
+.. image:: input_16_inputPopulations_tabRecruetment.png
+
+#. **Liste des Ã©quations de reproduction** :
+   On retrouve dans cette liste dÃ©roulante, l'ensemble des Ã©quation de
+   reproduction connues dans la pÃªcherie.
+#. **Ãditeur de l'Ã©quation de reproduction** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation de reproduction sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quation
+   externe.
+#. **Nombre de mois** entre la ponte et le recrutement :
+   Temps requis au groupe naissant pour Ãªtre recrutÃ©. Cela dÃ©termine le
+   dÃ©but du recrutement Ã  partir de la saison de reproduction. ce paramÃštre peut Ãªtre
+   Ã©gal Ã  0 (i.e. les juvÃ©niles se recrutent instantanÃ©ment au mois de
+   reproduction : si reproduction en juin et nombre de mois entre ponte et recrutement = 0 alors recrutement en juin)
+#. **Distribution du recrutement** :
+   Pour modifier les proportions dans la distribution du recrutement.
+   Par dÃ©faut toutes les valeurs sont Ã  zÃ©ro.
+#. **Nouvelle matrice** :
+   Cliquer sur ce bouton afin de faire apparaÃ®tre une boite de dialogue
+   permettant de dÃ©finir la durÃ©e du recrutement.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone
+   d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible
+   d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de reproduction :
+   pour sauver une Ã©quation de type reproduction dans les scripts d'ISIS-Fish (formules/reproduction TODO)
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour l'Ã©quation de reproduction
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de reproduction (voir figure
+   input_XX_equationReproduction).
+#. **Sauver**
+   Sauver les modifications effectuÃ©es.
+#. **Annuler**
+   Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   sauvegardÃ©e..
+
+Remarque :  Si la seule relation disponible est une relation Stock/Recrutement,
+il suffit de saisir cette relation dans l'Ã©quation de reproduction et de mettre
+la mortalitÃ© naturelle du groupe naissant ainsi que le nombre de mois entre
+la reproduction et le recrutement Ã  zÃ©ro.
+
+Onglet **Migration**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Saisie des migrations, Ã©migrations et immigrations sur les groupes de la
+population.
+
+Jusqu'Ã  la version 2.2.2, les migrations, immigrations et Ã©migrations sont
+dÃ©finies comme des coefficients ou des effectifs relatifs Ã  chaque classe.
+Ã partir de la version 2.2.2, il est possible de dÃ©crire ces migrations Ã 
+l'aide d'Ã©quations ayant pour arguments les groupes, les zones de dÃ©part et
+d'arrivÃ©e et les matrices d'effectifs.
+
+Les migrations se rÃ©alisent instantanÃ©ment au dÃ©but de la saison sÃ©lectionnÃ©e.
+(voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish)
+
+On peut le rÃ©aliser de deux maniÃšres:
+
+#. en saisissant directement les mouvements de populations
+#. en saisissant des Ã©quations dÃ©crivant les mouvements de populations
+
+Onglet **Migration** (Migration de population)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Les migrations se rÃ©alisent instantanÃ©ment au dÃ©but de la saison sÃ©lectionnÃ©e.
+(voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish)
+
+Correspond aux migrations entre les zones de la rÃ©gion.
+
+.. image:: input_17_inputPopulations_tabMigration.png
+
+#. **SÃ©lection de la saison** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es
+   pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une
+   migration.
+#. **SÃ©lection du groupe de population Ã  migrer** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population.
+   Les migrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe
+   affectÃ© par l'immigration Ã  dÃ©tailler.
+#. **SÃ©lection de la zone de dÃ©part** :
+   Liste dÃ©roulante des zones de dÃ©part parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement
+   dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner un zone de dÃ©part pour la classe sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Coefficient de migration** :
+   il s'agit de la proportion du groupe sÃ©lectionnÃ© affectÃ©e par la migration.
+#. **SÃ©lection de la zone d'arrivÃ©e** :
+   Liste dÃ©roulante des zones d'arrivÃ© parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement
+   dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner une zone d'arrivÃ©e pour la classe sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Ajouter la migration** :
+   Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour
+   crÃ©er la migration; les paramÃštres de la migration apparaissent comme une
+   ligne dans la table ci-dessous.
+#. **Les immigrations enregistrÃ©es** :
+   Liste des migrations actuellement renseignÃ©es.
+#. **Supprimer une migration** :
+   Pour supprimer une migration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration
+   est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone
+   d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible
+   d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   enregistrÃ©e..
+
+Remarque :  Il n'y a pas de test sur les valeurs saisies, faire attention Ã 
+saisir un coefficient pour les migrations et les Ã©migrations et un nombre pour
+les immigrations. Il est en effet possible de saisir Â« 1000 Â» pour un
+coefficient de migration sans gÃ©nÃ©rer d'erreur.
+
+Onglet **Migration** (Immigration)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+Il s'agit de la proportion de poissons migrant d'en dehors de la rÃ©gion vers la rÃ©gion.
+
+.. image:: input_19_inputPopulations_tabImmigration.png
+
+#. **SÃ©lection de la saison** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es
+   pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une
+   immigration.
+#. **SÃ©lection du groupe de population Ã  immigrer** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population.
+   Les immigrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe
+   affectÃ© par l'immigration Ã  dÃ©tailler.
+#. **SÃ©lection de la zone d'arrivÃ©e** :
+   Liste dÃ©roulante des zones d'arrivÃ©e parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement
+   dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner un zone d'arrivÃ©e pour le groupe sÃ©lectionnÃ©.
+#. **Coefficient d'immigration** :
+   il s'agit de la proportion du groupe sÃ©lectionnÃ© affectÃ©e par l'immigration.
+#. **Ajouter l'immigration** :
+   Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour
+   crÃ©er l'immigration; les paramÃštres de l'immigration apparaissent comme une
+   ligne dans la table ci-dessous.
+#. **Les immigrations enregistrÃ©es** :
+   Liste des immigrations actuellement renseignÃ©es.
+#. **Supprimer une immigration** :
+   Pour supprimer une immigration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration
+   est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone
+   d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible
+   d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications sur les immigrations.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   enregistrÃ©e.
+
+Onglet **Migration** (Migration)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+Il s'agit de la proportion de poissons migrant hors de la rÃ©gion.
+
+.. image:: input_18_inputPopulations_tabEmigration.png
+
+#. **SÃ©lection de la saison** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©e
+   pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une
+   Ã©migration.
+#. **SÃ©lection du groupe de population Ã  Ã©migrer** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des groupes de la population.
+   Les Ã©migrations sont dÃ©taillÃ©es par groupe. On sÃ©lectionne ici le groupe
+   affectÃ© par l'Ã©migration Ã  dÃ©tailler.
+#. **SÃ©lection zone de dÃ©part** :
+   Liste dÃ©roulante des zones de dÃ©part parmi les diffÃ©rents aires prÃ©alablement
+   dÃ©finies. Il faut sÃ©lectionner une zone de dÃ©part pour la classe sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Coefficient d'Ã©migration** :
+   Il s'agit de la proportion de la classe sÃ©lectionnÃ©e affectÃ©e par l'Ã©migration.
+#. **Ajouter l'Ã©migration** :
+   Une fois sÃ©lectionnÃ©s les paramÃštres prÃ©cÃ©demment citÃ©s, on appuie ici pour
+   crÃ©er l'Ã©migration; les paramÃštres de l'Ã©migration apparaissent comme une
+   ligne dans la table ci-dessous.
+#. **Les immigrations enregistrÃ©es** :
+   Liste des Ã©migrations actuellement renseignÃ©es.
+#. **Supprimer une Ã©migration** :
+   Pour supprimer une Ã©migration prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e. Attention cette opÃ©ration
+   est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la migration ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone
+   d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible
+   d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications sur les Ã©migrations.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   enregistrÃ©e.
+
+Onglet **Migration** (par Ã©quation)
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_20_inputPopulations_tabMigrationEquation.png
+
+#. **SÃ©lection de la saison** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des saisons actuellement enregistrÃ©es
+   pour l'espÃšce dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour dÃ©finir une
+   migration-Ã©migration ou immigration.
+#. pour utiliser le mode Ã©quation, il faut cocher ici.
+#. **SÃ©lection Ã©quation de migration** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations de migration connues
+   dans la pÃªcherie.
+#. **Ãditeur Ã©quation de migration** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation de migration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations
+   externe.
+#. **SÃ©lection Ã©quation d'Ã©migration** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations d'Ã©migration connues
+   dans la pÃªcherie.
+#. **Ãditeur Ã©quation de Ã©migration** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation d'Ã©migration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations
+   externe.
+#. **SÃ©lection Ã©quation d'immigration** :
+   Liste dÃ©roulante contenant l'ensemble des Ã©quations d'immigration connues
+   dans la pÃªcherie.
+#. **Ãditeur Ã©quation d'immigration** :
+   Pour Ã©diter l'Ã©quation d'immigration sans passer par l'Ã©diteur d'Ã©quations
+   externe.
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de migration
+   pour sauver une Ã©quation de type migration dans les scripts d'IsisFish (formules/migration TODO)
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de migration :
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de migration (voir figure inputEquation_XX_migration).
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation d'Ã©migration :
+   pour sauver une Ã©quation de type Ã©migration dans les scripts d'IsisFish (formules/emigration TODO)
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation d'Ã©migration :
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation d'Ã©migration (voir figure inputEquation_XX_emigration).
+#. **Sauver comme modÃšle** pour Ã©quation de immigration :
+   pour sauver une Ã©quation de type immigration dans les scripts d'IsisFish (formules/immigration TODO)
+   Si la fonction crÃ©Ã©e peut a priori Ãªtre rÃ©utilisÃ©e pour d'autres population
+   il peut Ãªtre utile de la sauver comme modÃšle en utilisant ce bouton.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur** pour Ã©quation de immigration :
+   pour ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation de migration (voir figure inputEquation_XX_immigration).
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone
+   d'Ã©dition. Chaque commentaire est liÃ© Ã  une population, il est ainsi possible
+   d'ajouter un commentaire pour chaque population prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver**
+   Sauver les modifications sur les Ã©quations.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version enregistrÃ©e.
+
+
+7. **Saisie des engins**
+========================
+
+La saisie d'un engin se compose de deux onglets:
+
+#. **Engin** : pour renseigner les caratÃ©ristiques gÃ©nÃ©rales de l'engin.
+#. **SÃ©lectivitÃ©** : pour renseigner les caractÃ©ristisques de sÃ©lectivitÃ© de
+   l'engin (assocation equation de sÃ©lectivite - pouplation).
+
+Onglet **Engin**
+~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_21_inputEngins.png
+
+#. **Nouvel engin** :
+   On commence toujours par crÃ©er l'engin, avant de renseigner ces caractÃ©ristiques.
+#. **Nom de l'engin** :
+   le nom de l'engin (il faut utiliser de prÃ©fÃ©rence un nom standardisÃ© comme
+   pour tous les objets de la pÃªcherie).
+#. **UnitÃ© d'effort** :
+   pour renseigner l'unitÃ© dans laquelle est mesurÃ©e l'effort.
+#. **Facteur de standardisation** :
+   facteur permettant de standardiser l'effort de pÃªche entre les diffÃ©rents
+   engins (rÃ©el positif).
+#. **ParamÃštre technique** : le nom du paramÃšre technique se rÃ©fÃ©rent Ã  l'engin (maille, nombre d'hameÃ§ons...) qui pourra intervenir dans l'Ã©quation de selectivitÃ© ou Ãªtre modifiÃ© par une rÃšgle de gestion
+#. **Type de valeur** :
+   pour dÃ©finir le type des valeurs de l'intervalle renseignÃ© ci-dessous.
+#. **Intervalle de valeurs** :
+   Valeurs possibles du paramÃštres est l'intervalle des valeurs pouvant Ãªtre
+   prises par le paramÃštre technique. Cela peut se prÃ©senter sous la forme
+   d'une liste de valeurs (pour les paramÃštres discrets (sÃ©parÃ©s par des ";")) ou d'un intervalle (pour les paramÃštres continus (sÃ©parÃ©s par un "-")). Ces valeurs sont renseignÃ©es Ã  titre informatif et non utilisÃ©es dans le moteur de simulation.
+   Ex:
+   80-100
+   ou 10;30;50
+   ou petit;moyen;grand
+#. **Commentaires** :
+   Pour permettre de saisir des commentaires propres Ã  cet engin. Ils seront
+   sauvegarder en base lors de la sauvegarde de l'engin.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications apportÃ©s sur l'engin.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre suavegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer un engin de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©, l'engin n'est pas rÃ©cupÃ©rable.
+#. **engins dans la navigation** :
+   positionnement de l'engin dans les objets de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les mÃ©tiers  :
+   Une fois le paramÃ©trage de l'engin terminÃ©, continuer vers la prochaine Ã©tape
+   de la configuration de la pÃªcherie : les mÃ©tiers.
+
+Onglet **SÃ©lectivitÃ©**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+L'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© dÃ©finie pour chaque espÃšce pouvant Ãªtre capturÃ©e
+par l'engin.
+
+La sÃ©lectivitÃ© doit Ãªtre saisie pour chaque population susceptible d'Ãªtre
+capturÃ©e par l'engin.
+
+.. image:: input_22_inputEnginsSelectivity.png
+
+#. **SÃ©lection de la population** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante, sont reprÃ©sentÃ©es les populations connues de la
+   pÃªcherie.
+#. **SÃ©lection de l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des Ã©quation de
+   sÃ©lectivitÃ©s connues dans la pÃªcherie. Quand vous sauvegarderez l'engin,
+   l'Ã©quation utilisÃ©e sera ajoutÃ©e ici (s'il s'agit d'une nouvelle Ã©quation).
+   Si l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© Ã  appliquer Ã  la population a dÃ©jÃ  Ã©tÃ© saisie
+   pour une autre population, la sÃ©lectionner parmi les Ã©quation existantes.
+#. **Ãditeur de l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©** :
+   Pour Ã©diter dans la fenÃªtre de configuration de l'engin l'Ã©quation de
+   sÃ©lectivitÃ© sans ouvrir l'Ã©diteur d'Ã©quation.
+#. **Sauver comme modÃšle** :
+   permet de sauvegarder une Ã©quation comme modÃšle, qui peut Ãªtre ensuite
+   rÃ©utilisÃ©e ailleurs.
+#. **Ouvrir dans l'Ã©diteur** d'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© :
+   Pour Ã©diter dans l'Ã©diteur d'Ã©quation l'Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©.(TODO figure)
+#. **Ajouter** :
+   Permet d'ajouter une association Ã©quation de sÃ©lectivitÃ© - population.
+#. **Liste ajoutÃ©s** :
+   On retrouve ici l'ensemble des associations Ã©quations de sÃ©lectivitÃ© - population
+   ajoutÃ©s dans la pÃªcherie pour cet engin.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer une association Ã©quation de sÃ©lectivitÃ©- population
+   prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©e Ã  l'engin.
+#. **Sauver** :
+   Sauver les modifications.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es.
+#. **Engins dans la navigation** :
+   Position de l'engin dans l'arborescence de navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les mÃ©tiers
+   Une fois le paramÃ©trage de l'engin terminÃ©, continuer vers la prochaine Ã©tape
+   de la configuration de la pÃªcherie : les mÃ©tiers.
+
+8. **Saisie des mÃ©tiers**
+=========================
+
+Trois diffÃ©rents onglets sont disponibles afin de dÃ©crire les mÃ©tiers:
+
+#. **MÃ©tier** : oÃ¹ les caractÃ©ristiques du mÃ©tier sont entrÃ©es.
+#. **Saison/Zones** : oÃ¹ sont spÃ©cifiÃ©es les saisons et zones
+   correspondant Ã  la description du mÃ©tier.
+#. **EspÃšces capturables** : oÃ¹ sont dÃ©crites les espÃšces capturÃ©es.
+
+Onglet **MÃ©tier**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_23_inputMetiers.png
+
+#. **Nouveau** :
+   On commence toujours par ajouter un mÃ©tier avant de renseigner ses caractÃ©ristiques.
+   Une fois ajoutÃ©, le mÃ©tier apparaÃ®t dans la zone de navigation des objets de
+   la pÃªcherie.
+#. **Nom du mÃ©tier** :
+   Le nom donnÃ© pour ce mÃ©tier (comme pour tous les objets, il faut que ce soit
+   un nom normÃ©, puisque sauvÃ© en base).
+#. **Engin** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des engins connus de la
+   pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un car un mÃ©tier est liÃ© Ã  un engin.
+#. **Valeurs** :
+   La valeur du paramÃštre contrÃŽlable est la valeur du paramÃštre technique
+   utilisÃ©e par le mÃ©tier. Cette valeur doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e parmi les valeurs
+   possibles du paramÃštre.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  un mÃ©tier, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque mÃ©tier prÃ©alablement dÃ©fini.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder ce mÃ©tier en base.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler toutes les modifications et revenir Ã  la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Permet de supprimer un mÃ©tier de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois le mÃ©tier supprimÃ©, il ne sera plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **MÃ©tier** dans la zone de navigation :
+   Positionnement du mÃ©tier dans la navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les types de trajets :
+   Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã  la prochaine Ã©tape
+   de la saisie, Ã  savoir la configuration des types de trajets (ou marÃ©es).
+
+
+Onglet **Saison/zones**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_24_inputMetiersSeasonZone.png
+
+#. **Nouveau** :
+   Toujours commencer par ajouter une nouvelle association saison-zone. Une fois
+   celle-ci ajoutÃ©e, une nouvelle entrÃ©e est ajoutÃ© dans la liste de sÃ©lection
+   des saisons.
+#. **SÃ©lectionnez une saison** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante sont reprÃ©sentÃ©es les associations saisons-zones
+   ajoutÃ©es pour ce mÃ©tier.
+#. **Saison** :
+   DÃ©finir un ensemble de mois durant lesquels le mÃ©tier est pratiquÃ© en utilisant
+   le curseur et les cellules jaunes/bleue (jaune: le mois est inclus dans la
+   saison, bleu: il ne l'est pas).
+#. **Zones sÃ©lectionnÃ©es** :
+   Dans cette liste, on retrouve l'ensemble des zones de la pÃªcherie.
+   SÃ©lectionner les zones dans lesquelles le mÃ©tier est pratiquÃ© pendant la
+   saison dÃ©finie parmi les zones prÃ©dÃ©finies.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une saison, il est ainsi possible d'ajouter un
+   commentaire pour chaque saison prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder en base, les modifications apportÃ©es Ã  l'Ã©cran.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le mÃ©tier en cours de modification.
+   Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, l'association
+   n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **mÃ©tier** dans la zone de navigation :
+   Positionnement du mÃ©tier dans la navigation des objets de la pÃªcherie.
+#. **Continuer** vers les types de trajets :
+   Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã  la prochaine Ã©tape
+   de la saisie, Ã  savoir configuration des types de trajets (ou marÃ©es).
+
+Onglet **EspÃšces capturables**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Le **Facteur de ciblage** quantifie la maniÃšre avec laquelle un mÃ©tier cible
+la population. Cela comprend la puissance de pÃªche, le calibrage des engins,
+etc. (voir les diffÃ©rents articles sur ISIS-Fish).
+Pour une population donnÃ©e, il peut Ãªtre vu comme le ratio des captures entre
+deux mÃ©tiers pÃªchant au mÃªme endroit, au mÃªme moment avec le mÃªme engin.
+
+.. image:: input_25_inputMetierCapturability.png
+
+#. **SÃ©lectionnez une saison** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante apparaÃ®t l'ensemble des saisons dÃ©finies dans
+   l'onglet prÃ©cÃ©dent. Il faut sÃ©lectionner une.
+#. **Choix de l'espÃšce** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des espÃšces de population
+   connues parmi les populations du cas d'Ã©tude..
+#. **Facteur de ciblage**
+   Dans cette liste dÃ©roulante, on retrouve l'ensemble des facteurs cibles.
+   Il faut en sÃ©lectionner un.
+#. **Ãditeur Ã©quation Facteur **
+   Pour Ã©diter une Ã©quation de **facteur cible** sans utiliser l'Ã©diteur externe
+   d'Ã©quation.
+#. **Sauver comme modÃšle**
+   Permet de sauvegarder l'Ã©quation saisie dans la zone prÃ©cÃ©dente en tant que
+   modÃšle et la rendre ainsi rÃ©utilisable.
+#. **Ouvrir l'Ã©diteur**
+   Permet d'ouvrir l'Ã©diteur externe d'Ã©quation de facteur cible.
+#. **EspÃšces principales pour le mÃ©tier**
+   Permet de spÃ©cifier si l'espÃšce actuellement sÃ©lectionnÃ©e est une capture
+   principale pour ce mÃ©tier.
+#. **Ajouter** :
+   Une fois sÃ©lectionnÃ©e la saison, l'espÃšce et le facteur cible, on appuie sur
+   ce bouton afin d'ajouter l'association. Elle sera alors ajoutÃ©e dans la table
+   juste en dessous.
+#. **EspÃšces ajoutÃ©es** :
+   On retrouve ici l'ensemble des associations ajoutÃ©es pour ce mÃ©tier.
+
+   Tip : en cliquant sur la cellule facteur cible d'une des entrÃ©es l'Ã©diteur
+   d'Ã©quations externe s'ouvre avec l'Ã©quation correspondante.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder en base, les modifications apportÃ©s Ã  l'Ã©cran.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Permet de supprimer une association Saison-Zone pour le mÃ©tier en cours.
+   Attention, cette opÃ©ration est irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, l'association
+   n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Continuer** vers les types de trajets :
+   Une fois terminÃ©e la configuration des mÃ©tiers, on passe Ã  la prochaine Ã©tape
+   de la saisie, Ã  savoir configuration des types de trajets (ou marÃ©es).
+
+Remarque : Il n'y a pas de test sur le facteur de ciblage, il est possible
+d'ajouter plusieurs facteurs de ciblage pour le mÃªme mÃ©tier et la mÃªme espÃšce
+pour la mÃªme pÃ©riode sans gÃ©nÃ©rer d'erreur.
+
+
+9. **Saisie des marÃ©es**
+========================
+
+.. image:: input_26_inputTripType.png
+
+#. **Nouveau** type de trajet :
+   On commence toujours par ajouter un nouveau type de trajet avant d'en modifier
+   ses caractÃ©ristiques. Une fois le type de trajet crÃ©Ã©, il apparaÃ®t dans la
+   zone de navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom initialement gÃ©nÃ©rique.
+#. **Nom** du type de trajet :
+   Pour modifier le nom d'un type de trajet
+#. **DurÃ©e** du trajet :
+   Pour indiquer le nombre d'heures en mer par marÃ©e.
+#. **Temps minimal entre deux voyages** :
+   Pour indiquer la durÃ©e minimale entre deux voyages pour ce type de trajet (en jours).
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  un type de marÃ©e, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque type de marÃ©e prÃ©alablement dÃ©fini.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder en base les caractÃ©ristiques de ce type de trajet.
+#. **Annuler** :
+   Permet d'annuler les modifications depuis la derniÃšre sauvegarde du type de
+   trajet.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer ce type de trajet de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration
+   est irrÃ©versible, une fois un type de trajet supprimÃ©, il ne sera plus
+   rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Continuer** vers les types de navires
+   Une fois terminÃ©es les modifications sur les types de trajets de la pÃªcherie,
+   on passe Ã  l'Ã©tape suivante de la configuration : les types de navires.
+
+10. **Saisie des types de navires**
+===================================
+
+.. image:: input_27_inputVesselTypes.png
+
+#. **Nom** du type de navire :
+   Pour indiquer le nom du type de navire. Ce nom doit Ãªtre normalisÃ© comme le
+   nom de tous les objets de la pÃªcherie.
+#. **Longueur** :
+   Longueur moyenne (en m) d'un bateau appartenant Ã  ce type de bateau.
+#. **Vitese** :
+   Permet de dÃ©finir la vitesse moyenne de ce type de navire (en km.h-1).
+#. **DurÃ©ee maximale du trajet** :
+   Pour dÃ©finir la durÃ©e maximale du trajet en jours.
+#. **Intervalle d'activitÃ©**:
+   Pour dÃ©finir le temps d'activitÃ© d'un bateau TODO Revoir
+#. **Taille minimale d'Ã©quipage** :
+   Pour dÃ©finir la taille minimale de l'Ã©quipage d'un navire de ce type (en nombre de personnes).
+#. **CoÃ»t d'un trajet en fuel** :
+   Permet de dÃ©finir le coÃ»t en fuel d'un trajet pour un navire de ce type.
+#. **Type de trajet** :
+   Dans cette liste apparaissent tous les types de trajets connus dans la pÃªcherie.
+   Un type de trajet doit Ãªtre sÃ©lectionnÃ©.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  un type de bateau, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque type de bateau prÃ©alablement dÃ©fini.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauver le type de navire.
+#. **Nouveau** :
+   Permet de construire un nouveau type de navire. C'est l'action Ã  rÃ©aliser
+   en premier avant toute modification des caractÃ©ristiques de ce type de navire.
+   Une fois crÃ©e, le type de navire apparaÃ®t dans la zone de navigation des
+   objets de la pÃªcherie.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©es et revenir Ã  la derniÃšre version
+   sauvegardÃ©e.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer le type de navire de la base. Attention, cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible et une fois supprimÃ©, le type de navire n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Continuer** vers les ensembles de navires :
+   Une fois terminÃ©es les modifications sur les types de navires de la pÃªcherie,
+   on passe Ã  l'Ã©tape suivante de la configuration : les flottilles.
+
+11. **Saisie des flottilles**
+=============================
+
+Trois onglets permettent de dÃ©crire les flottilles:
+
+#. **CaractÃ©ristiques** qui permet de dÃ©crire les caractÃ©ristiques de la flottille
+#. **MÃ©tiers pratiquÃ©s** qui permet de dÃ©tailler les diffÃ©rents mÃ©tiers possibles.
+#. **ParamÃštres des mÃ©tiers** qui permet de dÃ©tailler les coÃ»ts associÃ©s Ã  chaque mÃ©tier pratiquÃ©.
+
+Onglet **CaractÃ©ristiques**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_28_inputVessels.png
+
+#. **Nouveau** :
+   On commence toujours par crÃ©er une flottille avant d'en modifier les
+   caractÃ©ristiques. Une fois crÃ©e, la flottille apparaÃ®t dans la zone de
+   navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom gÃ©nÃ©rique.
+#. **Nom** :
+   Pour modifier le nom de la flottille.
+#. **Port** d'attache :
+   Dans cette liste dÃ©roulante apparaissent les diffÃ©rents ports connus dans la
+   pÃªcherie. Il faut sÃ©lectionner un port d'attache par flottille.
+#. **Type de navire** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante apparaissent les diffÃ©rents type de navires
+   connus dans la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un pour dÃ©finir le type de
+   navires dont est composÃ©e le flottille.
+#. **Nombre de navires** :
+   Pour indiquer le nombre de navire dont est composÃ© la flottille.
+#. **CoÃ»ts fixe** :
+   Pour renseigner les **coÃ»ts fixes** imputÃ©s Ã  chaque propriÃ©taire d'un
+   bateau de la flottille en euros par an.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une flottille, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque flottille prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur la flottille.
+#. **Annuler** :
+   Permet d'annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer la flottille de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e la flottille ne sera pus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **flottilles** dans la navigation :
+   Position de la flottille dans la zone de navigation des objet de la pÃªcherie.
+#. **continuer** vers les stratÃ©gies :
+   Une fois terminÃ©es les modifications sur les flottilles de la pÃªcherie, on
+   passe Ã  la derniÃšre Ã©tape de la configuration : les stratÃ©gies.
+
+Onglet **MÃ©tiers pratiquÃ©s**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescription.png
+
+#. **SÃ©lection du mÃ©tier** :
+   Dans cette liste apparaissent la liste des mÃ©tiers connues dans la pÃªcherie.
+   Il faut en sÃ©lectionner en pour l'ajouter Ã  la flottille et le paramÃ©trer.
+#. **Ajouter** :
+   On ajoute les diffÃ©rents mÃ©tiers susceptibles d'Ãªtre opÃ©rÃ©s lors d'une marÃ©e
+   en sÃ©lectionnant le mÃ©tier dans la liste des diffÃ©rents mÃ©tier.
+#. **MÃ©tiers pratiquÃ©s** :
+   Liste des mÃ©tiers pratiquÃ©s par la flottille.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer un mÃ©tier de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©, le mÃ©tier n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur l'engin.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Continuer** vers les stratÃ©gies :
+   Une fois terminÃ©es les modifications sur les flottilles de la pÃªcherie,
+   on passe Ã  la derniÃšre Ã©tape de la configuration : les stratÃ©gies.
+
+Onglet **ParamÃštres des mÃ©tiers**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_29_inputVesselsEffortDescriptionParameters.png
+
+#. **MÃ©tiers** :
+   SÃ©lectionnez un des mÃ©tiers pratiquÃ©s par la flottille pour entrer ses paramÃštres.
+#. **OpÃ©ration de pÃªche** :
+   Pour dÃ©finir le nombre d'opÃ©rations de pÃªche par jour pour ce mÃ©tier et
+   cette flottille.
+#. **DurÃ©e de la pÃªche** :
+   Pour dÃ©finir la durÃ©e d'une opÃ©ration de pÃªche en heure pour ce mÃ©tier et
+   cette flottille.
+#. **Nombre d'engins par opÃ©ration** :
+   Pour indiquer le nombre d'engins Ã  utiliser par opÃ©ration de pÃªche pour ce
+   mÃ©tier et cette flottille.
+#. **Taille de l'Ã©quipage** :
+   Pour indiquer la taille de l'Ã©quipage d'une pÃªche pour ce mÃ©tier et cette flottille.
+#. **CoÃ»t unitaire de la pÃªche** :
+   Pour indiquer le coÃ»t unitaire de la pÃªche, Ã  savoir le carburant, l'huile
+   et glace pour un bateau de cette flottille pratiquant ce mÃ©tier (en euros par opÃ©ration de pÃªche).
+#. **Salaire d'Ã©quipage fixe** :
+   Pour indiquer la part fixe du salaire de l'Ã©quipage de cette flottille
+   pratiquant ce mÃ©tier (en euros par mois).
+#. **CoÃ»t de l'alimentation pour l'Ã©quipage** :
+   Pour indiquer le coÃ»t de l'alimentation pour l'Ã©quipage pour un bateau de
+   cette flottille pratiquant ce mÃ©tier.
+#. **Taux de partage de l'Ã©quipage** :
+   Pour indiquer la part variable du salaire de l'Ã©quipage pour un bateau de
+   cette flottille pratiquant ce mÃ©tier.
+#. **CoÃ»t de maintenance de l'engin** :
+   Pour renseigner le coÃ»t de rÃ©paration et de maintenance des engins de pÃªche
+   par jour pour un bateau de cette flottille pratiquant ce mÃ©tier (en euros
+   par jour).
+#. **CoÃ»t de revient Ã  terre** :
+   Pour renseigner le coÃ»t de dÃ©barquement (taux) liÃ© au mÃ©tier et au port
+   de la stratÃ©gie.
+#. **Autres coÃ»ts** :
+   Pour indiquer les autres coÃ»ts d'exploitation de cette flottille pratiquant
+   ce mÃ©tier (en euros par heure).
+
+Remarque : Tous les paramÃštres Ã©conomiques n'ont pas besoin d'Ãªtre renseignÃ©s
+afin de faire tourner une simulation, il est possible de faire tourner une
+simulation (avec uniquement la partie biologique du modÃšle), en laissant les
+coÃ»ts Ã  zÃ©ro (valeurs par dÃ©faut).
+
+12. **Saisie des stratÃ©gies**
+=============================
+
+Deux onglets permettent de dÃ©crire les stratÃ©gies:
+
+#. **cararctÃ©ristiques** de la stratÃ©gie
+#. **description des informations mensuelles**
+
+Onglet **CaractÃ©ristiques**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_30_inputStrategies.png
+
+#. **Nouveau** :
+   On commence toujours par crÃ©e une stratÃ©gie avant d'en modifier les
+   caractÃ©ristiques. Une fois crÃ©Ã©e, la stratÃ©gie apparaÃ®t dans la zone de
+   navigation des objets de la pÃªcherie avec un nom gÃ©nÃ©rique.
+#. **Nom de la stratÃ©gie** :
+   Pour indiquer le nom de la stratÃ©gie, comme les autres noms d'objets dans
+   la pÃªcherie, il est prÃ©fÃ©rable que le nom soit normalisÃ©.
+#. **SÃ©lection de la flottille** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante, on affiche l'ensemble des flottilles connues pour
+   la pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner une pour l'associer Ã  la stratÃ©gie
+   courante.
+#. **Proportion de la flottille** :
+   Pour renseigner la proportion du nombre de bateaux de la flottille qui suivent
+   cette stratÃ©gie.
+#. **Commentaires** :
+   Des informations complÃ©mentaires peuvent Ãªtre ajoutÃ©es grÃ¢ce Ã  cette zone.
+   Chaque commentaire est liÃ© Ã  une stratÃ©gie, il est ainsi possible d'ajouter
+   un commentaire pour chaque stratÃ©gie prÃ©alablement dÃ©finie.
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©es sur la stratÃ©gie.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©es depuis la derniÃšre sauvegarde.
+#. **Supprimer** :
+   Pour supprimer une stratÃ©gie de la pÃªcherie. Attention cette opÃ©ration est
+   irrÃ©versible, une fois supprimÃ©e, la stratÃ©gie n'est plus rÃ©cupÃ©rable.
+#. **StratÃ©gies** dans la navigation :
+   Position de la stratÃ©gie dans la zone de navigation des objets de la pÃªcherie.
+
+
+Onglet **Saisie des mois**
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: input_31_inputStrategiesMonthInfo.png
+
+Cet Ã©cran permet de dÃ©crire par mois la stratÃ©gie. On retrouve douze zones pour
+configurer chaque mois. On dÃ©crit ici la configuration d'un mois.
+
+#. **SÃ©lection du type de trajet** :
+   Dans cette liste dÃ©roulante sont affichÃ©s les types de trajet connus dans la
+   pÃªcherie. Il faut en sÃ©lectionner un afin de pouvoir configurer pour
+   le mÃ©tier associÃ© Ã  l'engin pour ce mois. Une fois sÃ©lectionnÃ©, on voit
+   s'afficher juste en dessous le nombre de trajets possibles calculÃ© pour ce mois.
+#. **Nombre de jours d'inactivitÃ©s** :
+   Une fois un type de trajet sÃ©lectionnÃ©, on peut renseigner ici le nombre
+   minimum de jours d'inactivitÃ©,  correspondant au nombre minimal de jours
+   d'inactivitÃ© dans le mois pour un bateau pratiquant cette stratÃ©gie le mois
+   donnÃ©.
+#. **Proportion** :
+   Pour renseigner la proportion du temps passÃ© par les bateaux de la stratÃ©gie
+   pour un mÃ©tier et un mois donnÃ©. (rÃ©el entre 0 et 1).
+#. **Sauver** :
+   Pour sauvegarder les modifications effectuÃ©s sur cet Ã©cran.
+#. **Annuler** :
+   Pour annuler les modifications effectuÃ©s sur cet Ã©cran.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/introduction.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,108 @@
+Introduction
+============
+
+Objectifs
+---------
+
+La plupart des pÃªcheries sont des systÃšmes complexes en raison de la
+diversitÃ© des ressources exploitÃ©es (multispÃ©cifique) et des activitÃ©s
+de pÃªche (multiflottille). Ces pÃªcheries sont dites mixtes ou
+composites. La complexitÃ© des pÃªcheries provient aussi des
+hÃ©tÃ©rogÃ©nÃ©itÃ©s spatiales et saisonniÃšres des distributions des
+ressources et de la pÃªche. Dans les pÃªcheries mixtes, les ressources
+sont exploitÃ©es soit simultanÃ©ment, soit de maniÃšre sÃ©quentielle par
+des unitÃ©s de pÃªche (navire et Ã©quipage) pratiquant diffÃ©rentes
+activitÃ©s de pÃªche. Il est ainsi difficile d'Ã©valuer la dynamique des
+ressources et de l'exploitation, et la mortalitÃ© par pÃªche qui en
+rÃ©sulte pour les populations exploitÃ©es. La diversitÃ© des activitÃ©s de
+pÃªche et des captures associÃ©es est due Ã  la multiplicitÃ© des lieux de
+pÃªche, des espÃšces ciblÃ©es et des engins utilisÃ©s, mais aussi Ã 
+d'autres facteurs comme le comportement individuel des pÃªcheurs et les
+conditions Ã©conomiques et environnementales.
+
+Par ailleurs, les pÃªcheurs connaissent les distributions
+spatio-temporelles des ressources, et ils allouent leur effort de
+pÃªche en consÃ©quence. Aux grandes Ã©chelles, les variations de ces
+distributions spatiales sont principalement dues aux mouvements et
+migrations ontogÃ©niques des populations, occasionnant des
+concentrations de certains stades dÃ©mographiques dans certaines zones
+Ã  certaines pÃ©riodes de l'annÃ©e, en relation avec certains processus
+du cycle de vie (reproduction, alimentation').
+
+Dans ce contexte, il est essentiel de prendre en compte l'allocation
+spatiale et saisonniÃšre de l'effort de pÃªche entre les lieux de pÃªche
+pour Ã©valuer la dynamique de la pÃªcherie. Dans les pÃªcheries mixtes,
+ces aspects sont d'autant plus importants que les pÃªcheurs peuvent non
+seulement changer de lieu de pÃªche, mais aussi d'engin et
+d'espÃšce-cible. Des modÃšles spatialement explicites sont nÃ©cessaires
+pour comprendre la dynamique de ces pÃªcheries.
+
+ISIS-Fish est un modÃšle de simulation spatial et saisonnier qui dÃ©crit
+la dynamique des ressources, de l'exploitation et de la gestion. Il a
+Ã©tÃ© dÃ©veloppÃ© pour explorer les consÃ©quences d'un ensemble de mesures
+de gestion sur la dynamique des pÃªcheries. Il permet de comparer les
+impacts respectifs de mesures de gestion conventionnelles comme les
+Totaux AutorisÃ©s de Capture (TAC), des contrÃŽles sur l'effort de
+pÃªche, des mesures techniques sur les engins et des mesures comme des
+Aires Marines ProtÃ©gÃ©es (AMP) au sens large, i.e. des mesures de
+gestion spatialisÃ©es.
+
+ISIS-Fish est aussi gÃ©nÃ©rique que possible afin d'Ãªtre applicable Ã 
+diffÃ©rents types de pÃªcherie. Le logiciel comprend une base de donnÃ©es
+qui permet d'intÃ©grer la connaissance sur la pÃªcherie tout en Ã©tant
+facilement modifiable. Cette connaissance comprend les paramÃštres
+dÃ©crivant chaque population et chaque activitÃ© de pÃªche.
+
+ISIS-Fish permet une grande flexibilitÃ© pour plusieurs hypothÃšses du
+modÃšle, notamment les relations entre stock de gÃ©niteurs et
+reproduction, les relations de sÃ©lectivitÃ©, etc. ; et ce afin de
+garantir une utilisation pour un grand nombre de pÃªcheries dÃ©mersales
+et benthiques. Les mesures de gestion et la rÃ©ponse des pÃªcheurs Ã  ces
+mesures et aux conditions Ã©conomiques et environnementales peuvent
+Ãªtre codÃ©es interactivement grÃ¢ce Ã  un langage de script.
+
+Des applications d'ISIS-Fish Ã  plusieurs pÃªcheries europÃ©ennes sont
+en cours de dÃ©veloppement, dans le cadre de projets de recherche
+nationaux et europÃ©ens.
+
+Bon Ã  savoir avant de se lancer...
+----------------------------------
+
+ * MalgrÃ© l'attention qui a Ã©tÃ© portÃ©e Ã  la convivialitÃ© et Ã  l'intuitivitÃ© du logiciel supportant le modÃšle, ISIS-Fish reste avant tout un modÃšle. A ce titre la lecture et la comprÃ©hension des Ã©quations et des hypothÃšses sous-jacentes est un prÃ©alable obligatoire Ã  la paramÃ©trisation. N'hÃ©sitez pas Ã  demander des clarifications Ã  leur sujet par le biais de la mailing-list en cas de besoin.
+
+ * La saisie d'un certain nombre de paramÃštres d'ISIS-Fish, ainsi que la crÃ©ation de rÃšgles de gestion et plans d'analyse nÃ©cessitent la connaissance du language JAVA. Nous pensons que des connaissances de base de ce language sont nÃ©cessaires Ã  la bonne utilisation du logiciel. Des tutoriaux pour les plans d'expÃ©riences sont disponibles sur ce site ainsi qu'un lien vers les tutoriaux JAVA.
+
+ * Les mÃ©thodes liÃ©es aux diffÃ©rents objets d'ISIS-Fish sont documentÃ©es dans les API JAVA et les API ISIS-Fish pour les objets spÃ©cifiques Ã  ISIS. La maitrise de l'utilisation de ces pages est nÃ©cessaire pour l'utilisation du logiciel.
+
+ * ISIS-Fish est un outil collaboratif, nous vous invitons donc Ã  Ã©changer par le biais du wiki et des mailing-lists, vos questions, reflexions et scripts au bÃ©nÃ©fice de tous les utilisateurs.
+
+ * Enfin, nous mettons en garde les futurs utilisateurs qu'au vu des points mentionnÃ©s plus hauts et de la complexitÃ© du modÃšle ISIS-Fish, la paramÃ©trisation est une Ã©tape nÃ©cessitant un temps important qui ne doit pas Ãªtre sous-estimÃ©.
+
+Description du modÃšle
+---------------------
+
+ISIS-Fish est destinÃ© Ã  Ã©valuer l'efficacitÃ© de mesures de gestion
+saisonniÃšres et spatialisÃ©es sur des pÃªcheries mixtes. Cela passe par
+le contrÃŽle de certaines variables d'exploitation, notamment captures
+et effort de pÃªche.
+
+Le simulateur repose sur trois sous-modÃšles: un modÃšle de la dynamique
+des populations, un modÃšle de l'activitÃ© de pÃªche et un modÃšle de
+gestion. Chaque sous-modÃšle comporte une dimension spatiale et une
+dimension saisonniÃšre
+
+.. image:: modelesFr.jpg
+
+La rÃ©gion de la pÃªcherie se dÃ©finit par ses contours et est dÃ©coupÃ©e
+en mailles. La rÃ©solution spatiale du maillage est choisie en fonction
+de la dynamique Ã  dÃ©crire et des donnÃ©es disponibles. Des zones (c'est
+Ã  dire des ensembles de mailles contiguÃ«s) sont ensuite dÃ©finies
+indÃ©pendamment pour chaque population, chaque activitÃ© de pÃªche et
+chaque mesure de gestion.
+
+Le modÃšle a un pas de temps mensuel. Des saisons (c'est Ã  dire une
+suite de mois) sont Ã©galement dÃ©finies indÃ©pendamment pour chaque
+population, chaque activitÃ© de pÃªche et chaque mesure de gestion.  Au
+sein de chaque zone et pour chaque saison, l'effort de pÃªche d'une
+activitÃ© particuliÃšre, ou l'abondance d'une population, sont supposÃ©es
+homogÃšnes et uniformÃ©ment distribuÃ©es.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/launcher.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,301 @@
+======================
+Lanceur de simulations
+======================
+
+.. |tip| image:: tip.png
+
+Le but de ce module est de lancer des simulations en utilisant des scripts
+d'ISIS-Fish (voir section script) et une region prÃ©alablement renseignÃ©e (voir
+section input).
+
+Introduction
+------------
+
+Il contient toutes les interfaces utilisateur permettant la configuration d'une
+simulation.
+
+On y retrouve enfin l'interface graphique de la queue de simulation, oÃ¹ l'on
+peut lancer des simulations locales.
+
+La fenÃªtre de lancement de simulation permet de paramÃštrer les
+simulations et de les exÃ©cuter.
+
+Cette fenÃªtre est consituÃ©e de plusieurs onglets qui permettent de modifier:
+
+- **ParamÃštres** de base de la simulation: identifiant, description, rÃ©gion,
+  stratÃ©gies, populations, rÃšgles, nombre d'annÃ©es
+- **Script de prÃ©simulation**, pour l'activer il faut cochÃ© la
+  case *utiliser un script de prÃ©-simulation*. Le script de prÃ©-simulation est du BSH
+  exÃ©cuter avant toutes les simulations et permet de modifier la base de donnÃ©es.
+- **Analyse de sensibilitÃ©**, pour l'activer il faut cochÃ© la case
+  *Utiliser le plan d'analyse*.
+- **Export des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les scripts d'export Ã  utiliser
+  et le rÃ©pertoire dans lequel on souhaite exporter.
+- **Choix des rÃ©sultats** qui permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats Ã  conserver
+  pour une visualisation ultÃ©rieure via l'interface de rendu des rÃ©sultats
+- **ParamÃštres avancÃ©s** qui permet de changer le simulateur Ã  utiliser, activer ou
+  dÃ©sactiver le cache, activer ou dÃ©sactiver les statistiques, ajouter des
+  paramÃštres libres rÃ©cupÃ©rable dans les rÃšgles de gestion, le simulateur, ...
+
+Si une rÃªgle de gestion ou un export a besoin d'un rÃ©sultat qui n'est
+pas sÃ©lectionnÃ© alors ce rÃ©sultat est automatiquement ajoutÃ© a la
+liste des rÃ©sultats souhaitÃ©s.
+
+Lors du lancement de la simulation, automatiquement la date courante
+sera ajoutÃ© au nom de la simulation.
+
+
+Description dÃ©taillÃ©e de l'interface
+------------------------------------
+
+On prÃ©sente dans cette section, les diffÃ©rents options configurables via
+l'interface graphique (par onglet).
+
+Les zones de l'interface
+========================
+
+.. image:: simulation_00.png
+
+#. le menu
+   La zone des menus du simulateur, (pour le moment juste une action fermer
+   dans le menu fichier pour fermer le lanceur de simulations, et l'action A
+   propos dans le menu Aide).
+#. les diffÃ©rents onglets de configurations, 6 pour la configuration et le
+   dernier pour afficher l'interface de surveillance des simulations locales en
+   cours.
+#. le contenu de chaque onglet.
+#. la zone de classique de status.
+
+Onglet **ParamÃštres**
+=====================
+
+.. image:: simulation_01_tabParams.png
+
+il s'agit de l'onglet principal des paramÃštres de base du simulateur.
+
+#. **Charger une ancienne simulation**
+   La liste dÃ©roulante contient l'ensemble des simulations existantes localement.
+   La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune
+   simulation n'existe localement.
+   Une fois une simulation exÃ©cutÃ©e (avec succes), elle sera ajoutÃ©e dans cette liste au prochain
+   lancement d'ISIS-Fish.
+#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0)
+   Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant
+   sur le boutton filtrer.
+   Un dialogue de filtre de simulation apparaÃ®t (voir section filtreSimulation)
+#. **RÃ©initialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0)
+   Il est possible en cliquant sur ce boutton de repositionner la liste de toutes
+   les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre prÃ©cemment saisi).
+#. **Nom de la simulation**
+   Pour saisir le nom d'une nouvelle simulation.
+
+   Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignÃ©e ici.
+
+   |tip| On peut trÃšs facilement crÃ©er une nouvelle simulation Ã  partir d'une ancienne en la chargeant et en changeant son nom.
+#. **Description**
+   Pour saisir la description d'une nouvelle simulation.
+
+   Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera renseignÃ©e ici.
+#. **Region**
+   Pour choisir la rÃ©gion associÃ©e Ã  la simulation.
+
+   Le chargement de la rÃ©gion renseignera les zones de stratÃ©gies et de populations.
+
+   |tip| commencer toujours par charger la rÃ©gion avant de renseigner les rÃšgles
+   car celles-ci sont liÃ©es aux donnÃ©es de la rÃ©gion chargÃ©e.
+#. **StratÃ©gies**
+   Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des stratÃ©gies connues de la pÃªcherie.
+   La stratÃ©gie utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette liste.
+#. **Populations**
+   Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des populations connues
+   de la pÃªcherie.
+
+   La sÃ©lection d'une population, remplit les donnÃ©es Ã  saisir de cette
+   population dans la zone (9).
+
+   La population utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette liste.
+#. **DonnÃ©es d'une population**
+   Une fois une population sÃ©lectionnÃ©, apparaÃ®t ici la matrice des donnÃ©es Ã 
+   saisir sur la population.
+#. **Liste des rÃšgles disponibles localement**
+   Il s'agit de la liste des rÃšgles connues par ISIS-Fish (voir section script).
+
+   |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description de la rÃšgle (voir section script).
+#. **Liste des rÃšgles ajoutÃ©es**
+   Contient la liste des rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es.
+
+   La sÃ©lection d'une des rÃšgles ajoutÃ©es, remplit la zone (15) des paramÃštres
+   de configuration de la rÃšgle.
+
+   Toutes les rÃšgles ajoutÃ©es dans cette liste seront utilisÃ©es par le simulateur.
+
+   |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en
+   affichant la description de la rÃšgle (voir section script).
+#. **Ajouter une rÃšgle**
+   Permet d'ajouter la rÃšgle sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (10).
+   Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (11).
+#. **Supprimer une rÃšgle ajoutÃ©e**
+   Permet de supprimer la rÃšgle actuellement sÃ©lectionnÃ© dans la liste des rÃšgles
+   ajoutÃ©es (11).
+   Cette action n'est possible que si une rÃšgle ajoutÃ©e est sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Supprimer toutes les rÃšgles ajoutÃ©es**
+   Permet de supprimer tous les rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es.
+   Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un rÃšgle.
+#. **ParamÃštres d'un rÃšgle ajoutÃ©e**
+   Une fois une rÃšgle ajoutÃ©e sÃ©lectionnÃ©e dans la liste (11), apparaissent ici
+   ses paramÃštres.
+
+   |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en
+   affichant la documentation du paramÃštre de la rÃšgle (voir section script @Doc).
+#. **Nombre d'annÃ©es**
+   Pour indiquer le nombre d'annÃ©es Ã  utiliser par le simulateur.
+   Si vous avez chargÃ© une ancienne simulation, son nombre d'annÃ©es sera
+   renseignÃ© ici.
+#. **Simuler**
+   Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseignÃ© dans la liste (21)
+#. **Utiliser un script de prÃ©-simulation**
+   Permet d'utiliser (ou pas) un script de prÃ© simulation.
+   L'onglet 'prÃ©-simulation' est activÃ© ou dÃ©sactivÃ© par ce controle.
+
+   Pour ajouter un script de prÃ©-simulation, la case Ã  cocher doit Ãªtre activÃ©e,
+   on bascule alors dans l'onglet 'Script de prÃ©-simulation' oÃ¹ l'on saisit
+   le script Ã  exÃ©cuter avant la simulation.
+
+   Pour ne plus utiliser un script de prÃ©-simulation, il faut dÃ©sactiver la case
+   Ã  cocher. L'onglet 'prÃ©-simulation' est alors dÃ©activÃ©.
+#. **Utiliser le plan d'analyse**
+   Permet d'utiliser (ou pas) un plan d'analyse sur la simulation.
+   L'onglet **analyse de sensibilitÃ©** est activÃ© ou dÃ©sactivÃ© par ce controle.
+
+   Pour utiliser un plan d'analyse, la case Ã  cocher doit Ãªtre activÃ©e, on
+   bascule alors dans l'onglet **analyse de sensibilitÃ©** (qui est alors activÃ©)
+   oÃ¹ l'on paramÃštre l'analyse.
+
+   Pour ne plus utiliser un plan d'analyse, il faut dÃ©sactiver la case Ã  cocher.
+   L'onglet **analyse de sensibilitÃ©** est alors dÃ©sactivÃ©.
+#. **Exporter uniquement des simulations**
+   Permet d'exporter ??? TODO
+#. **Lanceur de simulations**
+   Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisÃ© pour rÃ©aliser la simulation :
+
+   - dans un sous-processus (par dÃ©faut) lance les simulations dans des sous-processus. Si plusieures simulations sont lancÃ©es an mÃªme temps, ISIS-Fish utilisera les diffÃ©rents coeurs de la machine utilisÃ©e pour effectuer plusieures simulations en parallÃšle. ISIS-Fish lancera une simulation par coeur (2 coeurs = 2 simulations en parallÃšle).
+
+   - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous Ã  la section Installation de ce manuel.
+#. **Sauver les paramÃštres de la simulation**
+   Enregistre les paramÃštres enregistrÃ©s afin de les recharger lors du prochain lancement de simulation.
+
+
+Onglet **Script de prÃ©-simulation**
+===================================
+
+.. image:: simulation_03_tabPreSimulScript.png
+
+#. **Ã©diteur du script de prÃ©-simulation**.
+#. **Retour aux paramÃštres** : pour revenir Ã  l'onglet des paramÃštres de base
+   de la simulation une fois le script dÃ©fini.
+
+Onglet **Plan de simulation**
+==============================
+
+Cet onglet contient l'interface de configuration des plans d'analyse Ã  appliquer pendant la simulation.
+
+
+.. image:: simulation_04_tabAnalyzePlan.png
+
+#. **Liste des plans existants localement**
+
+   Contient la liste de tous les plans d'analyse connus par ISIS-Fish (voir section script).
+
+   |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description de la rÃšgle (voir section script @Doc).
+#. **Liste des plans d'analyse ajoutÃ©s**
+   Contient la liste des plans d'analyse que vous avez ajoutÃ©.
+   La sÃ©lection d'un des plans d'analyse ajoutÃ©s, remplit la zone (6) des paramÃštres de configuration de ce plan d'analyse.
+   Toutes les plans d'analyse ajoutÃ©s dans cette liste seront utilisÃ©s par le simulateur.
+
+   |tip| en survolant les plans d'analyse dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en affichant la description du plan (voir section script).
+#. **Ajouter un plan d'analyse**
+   Permet d'ajouter le plan d'analyse sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (1).
+   Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (2).
+#. **Supprimer un plan d'analyse ajoutÃ©**
+   Permet de supprimer le plan d'analyse prÃ©cÃ©demment ajoutÃ© actuellement
+   sÃ©lectionnÃ© dans la liste des plans d'analyse ajoutÃ©s (2).
+   Cette action n'est possible que si un plan d'analyse ajoutÃ© est sÃ©lectionnÃ©.
+#. **Supprimer toutes les plans d'analyse ajoutÃ©s**
+   Permet de supprimer tous les plans d'analyse que vous avez prÃ©cÃ©demment ajoutÃ©s.
+   Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un plan d'analyse.
+#. **ParamÃštres d'un plan d'analyse ajoutÃ©**
+   Une fois un plan d'analyse ajoutÃ© et sÃ©lectionnÃ© dans la liste (2), apparaissent ici ses paramÃštres Ã  renseigner.
+
+   |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en affichant la documentation du paramÃštre (voir section script @Doc)
+#. **Retour aux paramÃštres**
+   Une fois, les plans d'analyse configurÃ©s, cliquez ici pour retourner Ã  l'onglet **ParamÃštre** et continuer la configuration de votre simulation.
+
+Onglet **Export des rÃ©sultats**
+===============================
+Cet onglet permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats de la simulation que l'on veut exporter.
+
+.. image:: simulation_05_tabExportResult.png
+
+#. **liste des rÃ©sultats exportables** : on sÃ©lectionne parmis la liste des
+   rÃ©sultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la simulation
+   terminÃ©e.  TODO Voir lien avec rÃ©sultat choisis.
+#. **chemin du rÃ©pertoire** : chemin du rÃ©pertoire oÃ¹ exporter les rÃ©sultats (voir configuration)
+#. **...** : pour rechercher un rÃ©pertoire en local, oÃ¹ l'on veut exporter les
+   rÃ©sultats.
+#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des
+   rÃ©sultats Ã  exporter ainsi que le rÃ©pertoire oÃ¹ exporter pour une prochaine simulation.
+
+Onglet **Choix de rÃ©sultats**
+=============================
+
+.. image:: simulation_06_tabResultChoice.png
+
+#. **rÃ©sultats disponibles** : liste des rÃ©sultats disponibles pour la simulation.
+   On sÃ©lectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports
+#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des
+   rÃ©sultats Ã  traiter pour une prochaine simulation.
+
+Onglet **ParamÃštres avancÃ©s**
+=============================
+
+.. image:: simulation_07_tabAdvancedParams.png
+
+#. **configuration du simulateur** :  Cette premiÃšre zone permet de configurer
+   le simulateur Ã  utiliser pour simuler. Elle comprend :
+
+   #. **sÃ©lection du simulateur** : une liste dÃ©roulante de simulateurs connus par ISIS-Fish.
+   #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation statique, (dÃ©cochÃ© signifie TODO).
+   #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache, (dÃ©cochÃ© signifie TODO).
+
+#. **paramÃ©trage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration
+   des niveaux de log Ã  utiliser pendant une simulation.
+   On distingue troix types de tracage diffÃ©rents:
+
+   #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur (par dÃ©faut niveau **INFO**)
+   #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par dÃ©faut niveau **INFO**)
+   #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par dÃ©faut niveau **ERREUR**)
+
+#. **ajout de paramÃštres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux
+   paramÃštres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÃštres
+   ajoutÃ©s, le paramÃštres dÃ©fini par le nom de son tag et la valeur du tag.
+#. **liste des paramÃštres libres ajoutÃ©s** : cette liste contient l'ensemble
+   des paramÃštres libres ajoutÃ©s.
+#. **supprimer**, pour supprimer un paramÃštre libre ajoutÃ© (il faut
+   sÃ©lectionner avant un paramÃštre libre.)
+#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration
+   du simulateur pour une prochaine simulation. TODO
+
+
+Filtre de simulation
+--------------------
+
+.. image:: simulation_dialog_00_filter.png
+
+TODO
+
+CrÃ©er une nouvelle simulation
+-----------------------------
+
+TODO
+AprÃšs cette description dÃ©taillÃ© de tout la configuration, un petit tuto pour
+rÃ©aliser ''en trois clics'' une simulation.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/queue.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,74 @@
+===================
+Queue de simulation
+===================
+
+La queue de simulation permet de visualiser toutes les simulations qui sont en
+cours (ainsi que leur progression), celles qui sont terminÃ©es et celles qu'il
+reste a effectuer.
+
+.. image:: simulation_08_tabQueue.png
+
+#. **simulations en cours** : cette zone contient l'ensemble des simulations
+   locales en attente de traitement ou en cours de simulation.
+#. **simulations locales terminÃ©es** : cette zone contient l'ensemble des
+   simulations locales terminÃ©es.
+#. **lanceur de la queue des simulations** : permet de lancer l'ensemble des
+   simulations locales placÃ©es dans la queue de simulation et qui ne sont pas
+   dÃ©jÃ  en cours de traitement.
+#. **arrÃªter une simulation** : permet d'arrÃªter une simulation en cours
+   de traitement. (pour rÃ©aliser cette action, une simulation doit Ãªtre
+   en cours de traitement et Ãªtre sÃ©lectionnÃ©e dans la zone 1).
+#. **voir les logs de la simulation** : permet d'ouvrir la console de log d'une
+   simulation **terminÃ©e**. (Pour rÃ©aliser cette action, il faut sÃ©lectionner
+   une simulation terminÃ©e dans la zone 2).
+#. **RedÃ©marrer la simulation** : permet de redÃ©marrer une simulation en Ã©chec.
+   (Pour rÃ©aliser cette action, il faut sÃ©lectionner une simulation terminÃ©e dans
+   la zone 2).
+#. **Retirer les simulations terminÃ©es** : Vide la liste des simulations
+   terminÃ©es.
+
+Console de log de simulation
+----------------------------
+
+A partir de la version 3.0.22?, on peut afficher dans une console, les traces
+retenues lors d'une simulation.
+
+.. image:: simulation_dialog_01_consoleLog.png
+
+#. **filtre sur niveau de log** : on peut ici filtrer sur certains niveaus de log
+   en cochant la cache Ã  cocher correspondant au niveau que l'on veut afficher.
+
+   Si plusieurs niveaux sont sÃ©lectionnÃ©s, alors on affiche toutes lignes de tous
+   les niveaux sÃ©lectionnÃ©s.
+
+   Par dÃ©faut, aucun niveau de log n'est sÃ©lectionnÃ©, ce qui veut dire : afficher
+   tous les niveaux de log.
+#. **filtre sur mot** : on peut ici saisir un mot sur lequel on veut filtrer.
+#. **appliquer le filtre** : permet de lancer une recherche de toutes les lignes
+   contenant le mot recherchÃ©.
+
+   Ce filtre s'applique en plus du filtre sur niveau de log. C'est Ã  dire que l'on
+   va rechercher les lignes contenant le mot souhaitÃ© uniquement sur les lignes
+   des niveaux de log choisis.
+#. **rÃ©initiliser filtre** : permet de rÃ©initialiser les filtres.
+   On se retrouve alors avec aucun mot de filtrage et utilisation de tous les
+   niveaux de log.
+#. **envoyer par courriel** : permet d'ouvrir une nouvelle boite de dialogue pour
+   envoyer la simulation par courriel.
+
+Envoyer simulation par courriel
+===============================
+
+.. image:: simulation_dialog_02_sendMail.png
+
+#. **envoyer la simulation complÃªte** : cochez cette case pour envoyer dans le
+   courriel une piÃšce-jointe avec l'ensemble de la simulation zippÃ©.
+
+   Si la case n'est pas cochÃ©, on envoie uniquement la trace de log zippÃ©.
+
+   Par dÃ©faut, cette option est cochÃ©e.
+#. **adresse du destinataire** : zone oÃ¹ saisir l'adresse du destinataire du
+   courriel.
+#. **corps du message** : corps du courriel Ã  envoyer.
+#. **envoyer** : pour envoyer le courriel.
+#. **annuler** : pour annuler l'envoie de courriel et revenir Ã  la console de log.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/results.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,85 @@
+===================
+Rendu des rÃ©sultats
+===================
+
+La fenÃªtre de rendu des rÃ©sultats permet de visualiser les rÃ©sultats
+en graph, en carte, ou en nombre. Elle permet aussi de supprimer
+d'ancienne simulation, de viusaliser les logs d'une simulation.
+
+
+Description des actions de la fenetre
+-------------------------------------
+
+.. image:: result_00.png
+
+#. le menu (pour le moment uniquement l'action pour quitter la fenÃªtre).
+#. la liste dÃ©roulante des simulations prÃ©sentes en local.
+#. la bouton pour permettre de filter les simulations (voir TODO ).
+   Il s'agit de la mÃªme interface que dans le lanceur de simulation.
+#. Pour ouvrir dans la zone centrale les rÃ©sultats de la simulation.
+   Il faut avant tout avoir sÃ©lectionner une simulation.
+#. Pour supprimer une simulation sÃ©lectionnÃ©e.
+#. Pour visualiser les logs de la simulation sÃ©lectionnÃ©e.
+#. la zone centrale oÃ¹ apparaissent les rÃ©sultats d'une simulation sÃ©lectionnÃ©e.
+
+Description de la vue rÃ©sumÃ©
+----------------------------
+
+.. image:: result_01.png
+
+#. **choix des rÃ©sultats Ã  afficher** : en sÃ©lectionnant l'un des radio boutons
+   on change les donnÃ©es de la zone centrale et sur la gauche.
+   Par dÃ©faut, on arrive sur la page de rÃ©sumÃ© comme indiquÃ© dans le figure
+   ci-dessus.
+#. **liste dÃ©roulante des matrices Ã  afficher**. TODO Ã  revoir.
+#. **liste des exports** ce menu permet de sauvegarder un des exports de la
+   simulation; on sÃ©lectionnant un des export, une boite de dialogue apparaÃ®t
+   pour vous demander un chemin oÃ¹ sauvegarder le fichier.
+#. **liste des donnÃ©es de la dimension temps**, on sÃ©lectionner les tranches
+   qui nous interessent.
+#. **liste des donnÃ©es de la dimension 1**, on sÃ©lectionner les plages qui
+   nous interessent.
+#. **liste des donnÃ©es de la dimension 2**, on sÃ©lectionner les plages qui
+   nous interessent.
+#. **Somme par annÃ©e** Effectue la somme des donnÃ©es par annÃ©e.
+#. **Somme des dates** Effectue la somme sur toutes les dates.
+#. **Somme sur la dimension 1** Effectue la somme sur la dimension 1
+#. **Somme sur la dimension 2** Effectue la somme sur la dimension 2
+#. Une fois tous les dimensions sÃ©lectionnÃ©es, on appuye ici pour afficher
+   les rapports (voir figure suivante).
+#. Le rÃ©sumÃ© de la simulation ouverte (unqiuement visible dans la vue rÃ©sumÃ©).
+
+Description de la vue graphe
+----------------------------
+
+.. image:: result_02.png
+
+#. AprÃšs sÃ©lection des donnÃ©es Ã  mettre en rapport, et en appuyant sur ce
+   bouton, on change de vue.
+#. On bascule en mode graphe.
+#. dans la zone centrale, sont affichÃ©s les rÃ©sultats sÃ©lectionnÃ©s.
+#. **liste dÃ©roulante** des types de graphiques disponibles. On sÃ©lectionne et
+   les donnÃ©es apparaissent sous une nouvelle forme.
+#. On peut dans cet zone, **configurer les graphiques gÃ©nÃ©rÃ©s**.
+#. appuyez ici pour **mettre en application vos modifications**.
+
+Description de la vue carte
+---------------------------
+
+.. image:: result_03.png
+
+#. pour passer en mode **carte**
+#. la zone centrale contient la carte de la pÃªcherie, avec les donnÃ©es
+   sÃ©lectionnÃ©es dans les listes de gauche. TODO Comment Ã§a marche?
+
+Description de la vue donnÃ©es
+-----------------------------
+
+.. image:: result_04.png
+
+#. pour passer en mode **donnÃ©es**
+#. la zone centrale contient la matrice des donnÃ©es sÃ©lectionnÃ©es.
+#. il est possible d'exporter ces donnÃ©es sous la forme d'un fichier au format
+   CSV. Un dialogue vous demandera d'indiquer le chemin oÃ¹ sauvegarder le
+   fichier.
+   
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/scripts.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,277 @@
+=======================
+Gestionnaire de scripts
+=======================
+
+Le but de ce module est la gestion des diffÃ©rents scripts utilisÃ©s dans
+IsisFish.
+
+On peut y crÃ©er, Ã©diter, supprimer des scripts en local.
+
+On peut aussi communiquer avec un serveur de scripts pour rÃ©cupÃ©rer de
+nouveau scripts, ou d'en soumettre,...
+
+Il faut pour toutes ces opÃ©rations avoir une configuration correcte concernant
+le serveur de script (voir configuration vcs).
+
+Il est aussi possible ici de compiler et tester des scripts.
+
+description des zones de la fenetre
+-----------------------------------
+
+.. image:: script_00.png
+   :align: center
+   :scale: 50
+
+
+#. le menu regroupe tous les actions possibles.
+#. la liste de tous les types de scripts connus par IsisFish.
+#. la barre d'actions sur le(s) script(s) sÃ©lectionnÃ©(s).
+   Ce sont des raccourcis des actions les plus courantes des menus.
+#. l'arborescence des scripts trouvÃ©s localement par IsisFish. Les types de
+   scripts sont reprÃ©sentÃ©s par des noeuds, et les scripts sont des feuilles de
+   l'arbre.
+#. la zone d'Ã©dition d'un script sÃ©lectionnÃ©. Pour Ã©diter un script, il suffit
+   de le sÃ©lectionner dans la zone de navigation de script (4).
+#. la zone de message  des diffÃ©rentes opÃ©rations (Ã©valuation, diff,...)
+   effectuÃ©es sur les scripts.
+#. la zone classique de status.
+
+Les diffÃ©rentes actions du gestionnaire
+---------------------------------------
+
+On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu.
+
+menu **fichier**
+================
+
+.. image:: script_01_menuFile.png
+   :align: center
+   :scale: 75
+
+
+1. **nouveau** script
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Cette action est accessible de deux maniÃšres :
+
+a. Soit par le sous-menu **nouveau**, en choisissisant un type de script Ã  crÃ©er
+b. Soit par le boutton Ã  droite de la barre d'actions, aprÃšs avoir sÃ©lectionnÃ©
+   dans la liste des types de scripts Ã  droite du boutton.
+
+Ensuite l'application vous demande le nom du nouveau script Ã  crÃ©er.
+
+.. important:: Le nom du script doit toujours commencer par une majuscule, et ne
+               doit contenir que des caractÃšres alphanumÃ©rique (ou le caractÃšre
+               '_').
+
+Pour l'instant, il n'est pas possible de dÃ©finir des sous-types de scripts (sauf
+pour les formules).
+
+
+Pour les formules il suffit de prÃ©fixer lors de la crÃ©ation son nom par le nom
+du sous-type suivi d'un '/'.
+
+
+AprÃšs avoir rentrÃ© un nom de script valide, le script est crÃ©e localement, et il
+apparait Ã  sa bonne place dans la zone de naivgation de scripts. Il est
+sÃ©lectionnÃ© dans la zone de navigation (1) et son contenu apparait dans
+l'Ã©diteur (2).
+
+
+2. **Sauver** un script
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+sauvegarder localement les modification apportÃ©es sur un script.
+
+Cette action n'est disponible que lorsqu'un script est sÃ©lectionnÃ© dans
+l'Ã©diteur. On la retrouve aussi dans la barre d'action.
+
+
+3. **Importer** des scripts
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+permet d'importer des scripts Ã  partir d'une archive de scripts prÃ©alablement
+exportÃ©e par IsisFish.
+
+L'application demande un fichier d'import de scripts.
+
+Ensuite un dialogue de confirmation apparaÃ®t
+
+#. On retrouve ici la liste des scripts trouvÃ©s dans le fichier qui sont dÃ©jÃ 
+   prÃ©sents localement.
+#. Vous pouvez sÃ©lectionner ou deselectionner les scripts que vous voulez
+   Ã©craser localement.
+#. En bas Ã  droite, on peut effectuer cette opÃ©ration sur l'ensemble des scripts
+   de la liste.
+#. indique le chemin du fichier d'import.
+#. pour lancer l'import (seront importer tous les fichiers non prÃ©sents
+   localement, plus ceux dont vous avez confirmÃ© l'Ã©crasement).
+#. pour ne pas effectuer l'import.
+
+.. image:: script_05_importConfirm.png
+
+4. **Exporter** des scripts
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+exporter des scripts qui pourront ensuite Ãªtre importer dans une autre instance
+d'IsisFish. Cette action n'est disponible que lorsqu'au moins un script est
+sÃ©lectionnÃ©. Pour exporter tous les scripts d'un type, il suffit de
+sÃ©lectionner le noeud du type de script dans l'arborescence des script.
+
+L'application demande un rÃ©pertoire oÃ¹ stocker le fichier d'export.
+
+Ensuite un dialogue de confirmation apparaÃ®t
+
+#. On retrouve ici la liste des scripts Ã  exporter, il est de sÃ©lectionner ou
+   dÃ©selectionner des scripts Ã  exports grÃ¢ce aux cases Ã  cocher  sur la gauche.
+#. En bas Ã  droite, on peut effectuer cette opÃ©ration sur l'ensemble des scripts
+   de la liste.
+#. le chemin du fichier d'export, par dÃ©faut le nom d'export suit le pattern
+   suivant : exportScript-YYYY-MM-DD-mm-ss.zip.
+#. Vous pouvez changer le rÃ©pertoire du ficher d'export (le nom sera appliquÃ©
+   sur le nouveau rÃ©pertoire choisi).
+#. pour lancer l'export
+#. pour ne pas effectuer l'export.
+
+.. image:: script_06_exportConfirm.png
+
+5. **Supprimer localement** un script
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Permet de supprimer des scripts localement, sans les supprimer sur le serveur
+distant.
+
+.. danger::  A utiliser avec prÃ©caution!
+
+
+6. **Fermer** le gestionnaire
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+fermer le gestionnaire de scripts.
+
+menu **Edit**
+=============
+
+Dans ce menu on retrouve les actions classiques de manipulation de texte dans
+l'Ã©diteur de script (4).
+
+Elles ne sont utilisables que lorsqu'un script est sÃ©lectionnÃ© et prÃ©sent dans
+l'Ã©diteur de script.
+
+Les Toutes ces actions sont aussi disponibles depuis la barre d'action, Ã 
+savoir :
+
+#. **couper** : couper un bout de code depuis l'Ã©diteur de script.
+#. **copier** : copier un bout de code dans l'Ã©diteur de script.
+#. **coller** : coller un bout de code dans l'Ã©diteur de script Ã  partir du
+   presse-papier.
+
+.. image:: script_07_menuEdit.png
+
+menu **Serveur**
+================
+
+Ce menu regroupe les fonctionnalitÃ©s de communication avec le serveur de script.
+
+Pour toutes ces actions, vous devez avoir sÃ©lectionnÃ© un script au prÃ©alable.
+
+.. image:: script_08_menuServer.png
+
+1. **commiter** un script sur le serveur distant
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+permet d'envoyer au serveur distant une nouvelle version d'un script Ã 
+sauvegarder.
+
+Un message de commit vous sera demandÃ© dans une boite de dialogue.
+
+
+Vous avez les droits d'Ã©criture sur ce serveur (voir chapitre configuration
+vcs). On retrouve aussi cette action dans la barre d'actions.
+
+2. **voir les diffÃ©rences** avec la derniÃšre version du serveur
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+permet d'afficher dans la zone (5) les diffÃ©rences entre votre version locale
+d'un script et la derniÃšre version enregistrÃ©e sur le serveur distant.
+
+3. **mettre Ã  jour** un serveur depuis le serveur
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+permet de rÃ©cupÃ©rer la derniÃšre version Ã  partir du serveur distant.
+
+Pour exÃ©cuter cette action vous ne devez pas avoir modifiÃ© localement le script
+(dans ce cas, il faudra d'abord revenir Ã  la version prÃ©cÃ©dente voir operation
+de synchronisation au serveur). Cette opÃ©ration est aussi prÃ©sente dans la barre
+d'actions.
+
+4. **supprimer** localement et sur le serveur distant
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+permet de supprimer un script localement mais aussi sur le serveur distant.
+
+
+Vous devez disposer de droits d'Ã©criture sur le serveur distant.
+
+.. DANGER::  A utiliser avec prÃ©caution!
+
+menu **Code**
+=============
+
+.. image:: script_09_menuCode.png
+
+Ce menu regroupe les opÃ©rations de code possibles sur un script sÃ©lectionnÃ©.
+
+Les actions suivantes necessitent donc d'avoir au prÃ©alable sÃ©lectionnÃ© un
+script dans la zone de navigation.
+
+Toutes ces actions sont toutes prÃ©sentes dans le barre d'actions.
+
+1. **VÃ©rifer** du code
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Lancement une opÃ©ration de compilation du script sÃ©lectionnÃ©.
+
+Suite Ã  l'opÃ©ration, on voit apparaÃ®tre dans la zone de notification (5) les
+traces du compilateur.
+
+
+Il est Ã  noter que des messages d'informations peuvent apparaÃ®tre Ã  une
+vÃ©rification, mÃªme si la compilation s'est bien dÃ©roulÃ©e.
+
+
+2. **Evaluer** du code
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Permet d'Ã©valuer un script possÃ©dant une mÃ©thode main.
+
+Une opÃ©ration de compilation est lancÃ©e si nÃ©cessaire au prÃ©alable.
+
+Cette opÃ©ration n'est possible que  si un script est sÃ©lectionnÃ© dans l'Ã©diteur
+et que le script contient une mÃ©thode plublique static sans retour nommÃ©
+**main** et ayant pour paramÃštre un tableau de String.
+
+
+autres figures
+==============
+
+.. image:: script_02_menuFile_new.png
+
+pour crÃ©er un script depuis le sous-menu **nouveau** du menu **fichier**
+
+.. image:: script_03_combo_new.png
+
+pour crÃ©er un script depuis la liste dÃ©roulante de la barre d'action
+
+.. image:: script_04_new.png
+
+aprÃšs la crÃ©ation d'une rÃšgle **ReturnZero**
+
+.. image:: script_10_verifSyntax_ok.png
+
+aprÃšs une vÃ©rification avec succÃšs mais avec un message d'avertissement du
+compilateur
+
+.. image:: script_11_verifSyntax_ko.png
+
+aprÃšs une vÃ©rification qui a Ã©chouÃ©
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual/sensitivity.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,641 @@
+======================================
+Lancement d'une analyse de sensibilitÃ©
+======================================
+
+.. |tip| image:: tip.png
+
+L'onglet de lancement d'analyse de sensibilitÃ© permet de crÃ©er, lancer et
+exploiter des analyse de sensibilitÃ©.
+
+.. contents::
+
+Description des diffÃ©rentes zones de l'interface
+------------------------------------------------
+
+.. image:: sensitivity_00.png
+
+#. les menus du lanceur d'analyse de sensibilitÃ©.
+#. les onglets du lanceur de sensibilitÃ© : 6 pour la paramÃ©trisation de
+   l'analyse de sensibilitÃ©, le dernier pour l'affichage des rÃ©sultats.
+#. le contenu de chaque onglet.
+#. la zone classique de statut gÃ©nÃ©ral.
+
+Les diffÃ©rentes actions des menus
+---------------------------------
+
+On dÃ©taille dans cette section, l'ensemble des actions rÃ©alisables par menu.
+Il s'agit d'actions globales sur les analyses de sensibilitÃ©.
+
+Menu **Simulation**
+===================
+
+.. image:: sensitivity_01_menuSimulation.png
+
+
+#. **Sauver les paramÃštres de la simulation** :
+   Sauver les paramÃštres de la simulation afin qu'ils soient utilisÃ©s par dÃ©faut
+   par les prochaines analyses de sensibilitÃ©.
+#. **Restaurer les paramÃštres d'une simulation** :
+   RÃ©utiliser les paramÃštres d'une simulation dÃ©jÃ  lancÃ©e.
+
+CrÃ©er une nouvelle analyse de sensibilitÃ©
+-----------------------------------------
+
+Le lancement d'une analyse de sensibilitÃ© s'effectue en plusieurs Ã©tapes :
+
+#. Onglet ParamÃštres - ParamÃštres des simulations
+#. Onglet Analyse de sensibilitÃ© - DÃ©termination des facteurs
+#. Onglet MÃ©thode de la sensibilitÃ© - DÃ©termination de la mÃ©thode d'exploration
+   des domaines des facteurs et des variables Ã  Ã©tudier.
+#. Onglet Export des rÃ©sultats - Choix des exports annexes
+#. Onglet Choix de rÃ©sultats - Choix des rÃ©sultats Ã  enregistrer pour
+   visualisation.
+#. Onglet ParamÃštres avancÃ©s - Choix des paramÃštres avancÃ©s des simulations de
+   l'analyse de sensibilitÃ©.
+#. Onglet Analyse des rÃ©sultats - Visualisation des rÃ©sultats d'analyses de
+   sensibilitÃ©
+
+Onglet **ParamÃštres** - ParamÃštres des simulations
+==================================================
+
+Une fois la rÃ©gion crÃ©Ã©e ou chargÃ©e voila Ã  quoi ressemble l'interface.
+
+.. image:: sensitivity_02_parameters.png
+
+il s'agit de l'onglet principal des paramÃštres de base du simulateur.
+
+#. **Charger une ancienne simulation**
+   La liste dÃ©roulante contient l'ensemble des simulations existantes
+   localement.
+   La liste est vide lors du premier lancement d'ISIS-Fish, puisqu'aucune
+   simulation n'existe localement.
+   Une fois une simulation exÃ©cutÃ©e (avec succÃšs), elle sera ajoutÃ©e dans cette
+   liste au prochain lancement d'ISIS-Fish.
+#. **Filtrer** les simulations existantes (nouveau depuis 3.1.0)
+   Il est possible de filtrer les simulations existantes localement en cliquant
+   sur le bouton filtrer.
+   Un dialogue de filtre de simulation apparaÃ®t (voir section filtreSimulation)
+#. **RÃ©initialiser** la liste des simulations (nouveau depuis 3.1.0)
+   Il est possible en cliquant sur ce bouton de repositionner la liste de toutes
+   les simulations existantes localement (en supprimant tout filtre prÃ©cÃ©demment
+   saisi).
+#. **Nom de la simulation**
+   Pour saisir le nom d'une nouvelle analyse de sensibilitÃ©.
+   Si vous chargez une ancienne simulation, le nom de celle-ci sera renseignÃ©e
+   ici.
+
+   |tip| On peut trÃšs facilement crÃ©er une nouvelle simulation Ã  partir d'une
+   ancienne en la chargeant et en changeant son nom.
+#. **Description**
+   Pour saisir la description d'une nouvelle analyse de sensibilitÃ©.
+   Si vous chargez une ancienne simulation, la description de celle-ci sera
+   renseignÃ©e ici.
+#. **RÃ©gion**
+   Pour choisir la rÃ©gion associÃ©e Ã  la simulation.
+   Le chargement de la rÃ©gion renseignera les zones de stratÃ©gies et de
+   populations.
+
+   |tip| commencer toujours par charger la rÃ©gion avant de renseigner les rÃšgles
+   car celles-ci sont liÃ©es aux donnÃ©es de la rÃ©gion chargÃ©e.
+#. **StratÃ©gies**
+   Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des stratÃ©gies connues
+   de la pÃªcherie.
+   La stratÃ©gie utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette
+   liste.
+
+   |tip| Par dÃ©faut, la premiÃšre stratÃ©gie est sÃ©lectionnÃ©e, utilisez les
+   touches Maj et Ctrl lors de vos sÃ©lections pour sÃ©lectionner toutes,aucune ou
+   quelques stratÃ©gies.
+#. **Populations**
+   Une fois une rÃ©gion chargÃ©e, on retrouve ici la liste des populations connues
+   de la pÃªcherie.
+
+   La sÃ©lection d'une population, remplit les donnÃ©es Ã  saisir de cette
+   population dans la zone (9).
+
+   La population utilisÃ© par le simulateur sera celle sÃ©lectionnÃ©e dans cette
+   liste.
+#. **DonnÃ©es d'une population**
+   Une fois une population sÃ©lectionnÃ©e, apparaÃ®t ici la matrice des donnÃ©es Ã 
+   saisir sur la population.
+#. **Liste des rÃšgles disponibles localement**
+   Il s'agit de la liste des rÃšgles connues par ISIS-Fish (voir section script).
+
+   |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en
+   affichant la description de la rÃšgle (voir section script).
+#. **Liste des rÃšgles ajoutÃ©es**
+   Contient la liste des rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es.
+
+   La sÃ©lection d'une des rÃšgles ajoutÃ©es, remplit la zone (15) des paramÃštres
+   de configuration de la rÃšgle.
+
+   Toutes les rÃšgles ajoutÃ©es dans cette liste seront utilisÃ©es par le
+   simulateur.
+
+   |tip| en survolant les rÃšgles dans la liste, une info bulle apparaÃ®t en
+   affichant la description de la rÃšgle (voir section script).
+#. **Ajouter une rÃšgle**
+   Permet d'ajouter la rÃšgle sÃ©lectionnÃ© dans la liste dÃ©roulante (10).
+   Une fois ajoutÃ©e, la rÃšgle apparaÃ®t dans la zone (11).
+#. **Supprimer une rÃšgle ajoutÃ©e**
+   Permet de supprimer la rÃšgle actuellement sÃ©lectionnÃ© dans la liste des
+   rÃšgles ajoutÃ©es (11).
+   Cette action n'est possible que si une rÃšgle ajoutÃ©e est sÃ©lectionnÃ©e.
+#. **Supprimer toutes les rÃšgles ajoutÃ©es**
+   Permet de supprimer tous les rÃšgles que vous avez ajoutÃ©es.
+   Cette action n'est possible que si vous avez au moins ajoutÃ© un rÃšgle.
+#. **ParamÃštres d'un rÃšgle ajoutÃ©e**
+   Une fois une rÃšgle ajoutÃ©e sÃ©lectionnÃ©e dans la liste (11), apparaissent ici
+   ses paramÃštres.
+
+   |tip| en survolant les nom des paramÃštres, une info bulle apparaÃ®t en
+   affichant la documentation du paramÃštre de la rÃšgle (voir section script
+   @Doc).
+#. **Nombre d'annÃ©es**
+   Pour indiquer le nombre d'annÃ©es Ã  utiliser par le simulateur.
+   Si vous avez chargÃ© une ancienne simulation, son nombre d'annÃ©es sera
+   renseignÃ© ici.
+#. **Simuler**
+   Pour lancer la simulation en utilisant le mode renseignÃ© dans la liste (21)
+#. **Exporter uniquement des simulations**
+   Permet d'exporter ??? TODO
+#. **Lanceur de simulations**
+   Pour choisir le lanceur de simulations qui sera utilisÃ© pour rÃ©aliser la
+   simulation :
+
+   - dans un sous-processus (par dÃ©faut) lance les simulations dans des
+     sous-processus. Si plusieurs simulations sont lancÃ©es an mÃªme temps,
+     ISIS-Fish utilisera les diffÃ©rents cÅurs de la machine utilisÃ©e pour
+     effectuer plusieurs simulations en parallÃšle. ISIS-Fish lancera une
+     simulation par cÅur (2 cÅurs = 2 simulations en parallÃšle).
+
+   - sur le serveur CAPARMOR lance les simulations sur le super-calculateur de
+     l'IFREMER CAPARMOR. Pour utiliser correctement CAPARMOR, reportez-vous Ã  la
+     section Installation de ce manuel.
+#. **Sauver les paramÃštres de la simulation**
+   Enregistre les paramÃštres enregistrÃ©s afin de les recharger lors du prochain
+   lancement de simulation.
+
+Onglet **Analyse de sensibilitÃ©** - DÃ©termination des facteurs
+=================================================================
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactors.png
+
+L'onglet de saisie des facteurs permet Ã  l'utilisateur de naviguer dans la
+pÃªcherie afin de choisir les facteurs qu'il souhaite Ã©tudier et de les
+paramÃ©trer.
+
+#. **Arbre de navigation dans la pÃªcherie** :
+   L'arbre permet de naviguer dans la pÃªcherie (interface identique Ã  la saisie
+   de pÃªcherie) afin de sÃ©lectionner les Ã©lÃ©ments factorisables.
+#. **Liste des facteurs Ã©tudiÃ©s** :
+   Liste des facteurs qui seront Ã©tudiÃ©s lors de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+   |tip| Un clic sur un facteur permet de le modifier. Un clic droit sur un
+   facteur fait apparaÃ®tre un menu contextuel pour le supprimer.
+
+#. **Element factorisable** :
+   Le petit icÃŽne prÃ©sent sur certains Ã©lÃ©ments et qui change d'aspect au survol
+   de ce dernier indique que l'Ã©lÃ©ment est factorisable. Il suffit alors de
+   cliquer dessus pour que l'interface de mise en facteur s'ouvre.
+
+
+Saisie d'un facteur continu Ã  partir d'un paramÃštre quantitatif
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousNumber.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre quantitatif peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit
+continu, soit discret. Pour un facteur continu :
+
+#. **Facteur continu** :
+   DÃ©termine que le facteur est continu
+#. **PremiÃšre valeur** :
+   Valeur minimale du facteur.
+#. **DerniÃšre valeur** :
+   Valeur maximale du facteur.
+#. **Commentaires** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste
+   des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Saisie d'un facteur discret Ã  partir d'un paramÃštre quantitatif
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteNumber.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre quantitatif peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit
+continu, soit discret. Pour un facteur discret :
+
+#. **Facteur discret** :
+   DÃ©termine que le facteur est discret.
+#. **Nombre de facteurs** :
+   Le nombre de modalitÃ©s du facteur.
+#. **Valider** :
+   Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il
+   faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque
+   onglet.
+#. **Onglets de modalitÃ©** :
+   Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur.
+#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** :
+   Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour chaque
+   modalitÃ©. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs.
+#. **Commentaires** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste
+   des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Saisie d'un facteur continu Ã  partir d'une Ã©quation
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu,
+soit discret. Pour un facteur continu :
+
+#. **Facteur continu** :
+   DÃ©termine que le facteur est continu
+#. **Name** :
+   Nom de la constante de l'Ã©quation a faire varier
+#. **Value** :
+   Valeur nominale (usuellement valeur par dÃ©faut dans l'Ã©quation).
+#. **Coef (in %)** :
+   Coefficient modificateur de la valeur, exprimÃ©e en pourcentage (pour un
+   coefficient de 0.05, entrer 5).
+#. **Operator** :
+   OpÃ©rateur modificateur de la valeur. Cet opÃ©rateur, combinÃ© avec le
+   coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par
+   la constante. Ces valeurs sont calculÃ©es de la maniÃšre suivante :
+
+   min = value - (value (operator) coefficient)
+
+   max = value + (value (operator) coefficient)
+
+#. **Valider** :
+   VÃ©rifie que la constante existe bien, et modifie l'Ã©quation en base afin que
+   le facteur soit pris en compte. La modification de l'Ã©quation en base ne
+   change pas les rÃ©sultats des simulations qui peuvent Ãªtre lancer avec cette
+   derniÃšre.
+   |tip| Il est possible de crÃ©er plusieurs facteurs pour une mÃªme Ã©quation dans
+   le cas oÃ¹ cette derniÃšre aurait plusieurs constantes. ISIS-Fish crÃ©e autant
+   de facteurs que de constantes validÃ©es et dÃ©clarÃ©es dans cette interface.
+#. **Ajouter** :
+   Ajouter une constante factorisable.
+#. **Supprimer** :
+   Supprimer une constante factorisable.
+#. **Commentaires** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le(s) facteur(s). On peut ensuite retrouver le(s) facteur(s) dans
+   la liste des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Saisie d'un facteur discret Ã  partir d'une Ã©quation
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteEquation.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu,
+soit discret. Pour un facteur discret :
+
+#. **Facteur discret** :
+   DÃ©termine que le facteur est discret.
+#. **Nombre de facteurs** :
+   Le nombre de modalitÃ©s du facteur.
+#. **Valider** :
+   Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il
+   faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque
+   onglet.
+#. **Onglets de modalitÃ©** :
+   Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur.
+#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** :
+   Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour cette
+   derniÃšre. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs.
+   [tip| Chaque onglet contient un Ã©diteur d'Ã©quation, il est donc possible
+   d'ouvrir l'Ã©diteur externe pour avoir plus d'information sur l'Ã©quation ou
+   sauver comme modÃšle.
+#. **Commentaire** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste
+   des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Saisie d'un facteur continu Ã  partir d'une matrice
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsContinuousEquation.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre Ã©quation peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu,
+soit discret. Pour un facteur continu :
+
+#. **Facteur continu** :
+   DÃ©termine que le facteur est continu
+#. **Nom du facteur** :
+   Nom du facteur
+#. **Value** :
+   Valeur nominale de la matrice (usuellement et par dÃ©faut valeur dans la base).
+#. **Coefficient (en %)** :
+   Coefficient modificateur de la valeur, exprimÃ©e en pourcentage (pour un
+   coefficient de 0.05, entrer 5).
+#. **OpÃ©rateur** :
+   OpÃ©rateur modificateur de la valeur. Cet opÃ©rateur, combinÃ© avec le
+   coefficient permet de calculer les valeurs minimales et maximales prises par
+   la matrice. Ces valeurs sont calculÃ©es de la maniÃšre suivante :
+
+   min = value - (value (operator) coefficient)
+
+   max = value + (value (operator) coefficient)
+
+#. **Commentaires** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste
+   des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Saisie d'un facteur discret Ã  partir d'une matrice
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+.. image:: sensitivity_02_sensitivityFactorsDiscreteMatrix.png
+
+Lorsqu'un paramÃštre matrice peut Ãªtre factorisable, il peut Ãªtre soit continu,
+soit discret. Pour un facteur discret :
+
+#. **Facteur discret** :
+   DÃ©termine que le facteur est discret.
+#. **Nombre de facteurs** :
+   Le nombre de modalitÃ©s du facteur.
+#. **Valider** :
+   Valide le nombre de modalitÃ©s entrÃ©es et crÃ©e un onglet par modalitÃ©. Il
+   faudra par la suite rentrer la valeur prise par chaque modalitÃ© dans chaque
+   onglet.
+#. **Onglets de modalitÃ©** :
+   Permet de choisir et d'afficher les modalitÃ©s prises par le facteur.
+#. **Contenu d'onglet de modalitÃ©** :
+   Chaque onglet de modalitÃ© contient la valeur prise par le facteur pour cette
+   derniÃšre. Il faut Ã©diter chacune de ces valeurs.
+#. **Commentaire** :
+   Commentaire sur le facteur. Permet de prÃ©ciser des informations sur le
+   facteur.
+#. **Annuler** :
+   Annuler les modifications effectuÃ©es (si le facteur Ã©tait en cours de
+   crÃ©ation, il n'est pas crÃ©Ã©).
+#. **Sauver** :
+   Enregistrer le facteur. On peut ensuite retrouver le facteur dans la liste
+   des facteurs de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+Onglet **MÃ©thode de la sensibilitÃ©** - DÃ©termination de la mÃ©thode d'exploration des domaines des facteurs et des variables Ã  Ã©tudier.
+======================================================================================================================================
+
+.. image:: sensitivity_04_sensitivityMethod.png
+
+#. **MÃ©thode** :
+   Choix de la mÃ©thode d'exploration a utiliser
+#. **ParamÃštres de la mÃ©thode d'exploration** :
+   Permet de paramÃ©trer la mÃ©thode d'exploration. Des valeurs par dÃ©faut sont
+   prÃ©-remplies, elles peuvent ne pas Ãªtre adaptÃ©es au cas d'Ã©tude. Il faut
+   toujours vÃ©rifier ces paramÃštres.
+#. **ModalitÃ©s** :
+   Certaines mÃ©thodes d'exploration discrÃ©tisent le domaine d'exploration des
+   facteurs continus, il faut alors indiquer le nombre de modalitÃ© souhaitÃ© pour
+   chaque facteur. (Ce tableau n'apparaÃ®t que si nÃ©cessaire).
+#. **Export** :
+   Liste des exports de sensibilitÃ© (variables Ã  Ã©tudier) connues par ISIS-Fish.
+   Il est possible ici d'effectuer des multi-sÃ©lection.
+#. **Liste des exports de sensibilitÃ© utilisÃ©s** :
+   Liste des exports de sensibilitÃ© (variables Ã  Ã©tudier) qui seront utilisÃ©es
+   dans l'analyse de sensibilitÃ©.
+#. **Ajouter** un export de sensibilitÃ© :
+   Ajoute un ou plusieurs exports de sensibilitÃ© Ã  l'analyse.
+#. **Supprimer** un export de sensibilitÃ© :
+   Supprime un export de sensibilitÃ© de l'analyse.
+#. **Effacer** :
+   Supprime tous les exports de sensibilitÃ© de l'analyse.
+#. ParamÃštres des exports de sensibilitÃ©** :
+   Quand un export de sensibilitÃ© assignÃ© Ã  l'analyse est sÃ©lectionnÃ©, ses
+   paramÃštres apparaissent dans ce tableau. Afin de voir l'analyse de
+   sensibilitÃ© se dÃ©rouler correctement, il est nÃ©cessaire de renseigner tous
+   les paramÃštres de tous les exports de sensibilitÃ© sÃ©lectionnÃ©s.
+
+Onglet **Export des rÃ©sultats** - Choix des exports annexes
+===========================================================
+Cet onglet permet de sÃ©lectionner les rÃ©sultats de la simulation que l'on veut
+exporter.
+
+.. image:: sensitivity_05_tabExportResult.png
+
+#. **liste des rÃ©sultats exportables** : on sÃ©lectionne parmis la liste des
+   rÃ©sultats connus par ISIS-Fish, ceux que l'on veut exporter une fois la
+   simulation terminÃ©e.  TODO Voir lien avec rÃ©sultat choisis.
+#. **chemin du rÃ©pertoire** : chemin du rÃ©pertoire oÃ¹ exporter les rÃ©sultats
+   (voir configuration)
+#. **...** : pour rechercher un rÃ©pertoire en local, oÃ¹ l'on veut exporter les
+   rÃ©sultats.
+#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des
+   rÃ©sultats Ã  exporter ainsi que le rÃ©pertoire oÃ¹ exporter pour une prochaine
+   simulation.
+
+Onglet **Choix de rÃ©sultats** - Choix des rÃ©sultats Ã  enregistrer pour visualisation.
+=====================================================================================
+
+.. image:: sensitivity_06_tabResultChoice.png
+
+#. **rÃ©sultats disponibles** : liste des rÃ©sultats disponibles pour la simulation.
+   On sÃ©lectionne dans cette liste, ceux que l'on veut traiter. TODO lien avec les exports
+#. **sauvegarder pour prochaine simulation** : pour sauvegarder le choix des
+   rÃ©sultats Ã  traiter pour une prochaine simulation.
+
+Onglet **ParamÃštres avancÃ©s** - Choix des paramÃštres avancÃ©s des simulations de l'analyse de sensibilitÃ©.
+=========================================================================================================
+
+.. image:: sensitivity_07_tabAdvancedParams.png
+
+#. **configuration du simulateur** :  Cette premiÃšre zone permet de configurer
+   le simulateur Ã  utiliser pour simuler. Elle comprend :
+
+   #. **sÃ©lection du simulateur** : une liste dÃ©roulante de simulateurs connus
+      par ISIS-Fish.
+   #. **simulation statique** : cochez ici pour indiquer une simulation
+      statique, (dÃ©cochÃ© signifie TODO).
+   #. **simulation cache** : cochez ici pour indiquer une simulation cache,
+      (dÃ©cochÃ© signifie TODO).
+
+#. **paramÃ©trage des niveaux de tracage** : cette zone permet la configuration
+   des niveaux de log Ã  utiliser pendant une simulation.
+   On distingue troix types de tracage diffÃ©rents:
+
+   #. **tracage du simulateur** qui regroupe les traces propres au simulateur
+      (par dÃ©faut niveau **INFO**)
+   #. **tracage des scripts** qui regroupe les traces propres aux scripts (par
+      dÃ©faut niveau **INFO**)
+   #. **tracage des librairies** qui regroupe les traces du reste. (par dÃ©faut
+      niveau **ERREUR**)
+
+#. **ajout de paramÃštres libres** : dans cette zone on peut ajouter de nouveaux
+   paramÃštres libres. Le boutton **ajouter** ajoute dans la liste des paramÃštres
+   ajoutÃ©s, le paramÃštres dÃ©fini par le nom de son tag et la valeur du tag.
+#. **liste des paramÃštres libres ajoutÃ©s** : cette liste contient l'ensemble
+   des paramÃštres libres ajoutÃ©s.
+#. **supprimer**, pour supprimer un paramÃštre libre ajoutÃ© (il faut
+   sÃ©lectionner avant un paramÃštre libre.)
+#. **sauver pour la prochaine simulation** : pour sauvegarder la configuration
+   du simulateur pour une prochaine simulation. TODO
+
+Onglet **Analyse des rÃ©sultats** - Visualisation des rÃ©sultats d'analyses de sensibilitÃ©
+========================================================================================
+
+.. image:: sensitivity_08_results.png
+
+#. **Liste des analyses de sensibilitÃ©** :
+   Liste toute les analyses de sensibilitÃ© connues par ISIS-Fish (attention,
+   certaines peuvent ne pas Ãªtre terminÃ©es).
+#. **Analyse des rÃ©sultats** :
+   Lance l'analyse des rÃ©sultats Ã  partir des rÃ©sultats des simulations et des
+   scripts d'analyse de sensibilitÃ© et les affiches dans l'espace de
+   visualisation.
+
+   |tip| L'analyse des rÃ©sultats Ã  toujours lieu lors de la fin de la derniÃšre
+   simulation de l'analyse. Ce bouton permet de relancer des calculs d'analyse
+   de sensibilitÃ© Ã  partir des rÃ©sultats des simulations sans avoir Ã  relancer
+   ces derniÃšres. Cela permet entre autre de modifier les scripts d'analyse de
+   sensibilitÃ© aprÃšs que les simulations aient tournÃ©.
+
+#. **Afficher les rÃ©sultats** :
+   Affiche les rÃ©sultats de l'analyse de sensibilitÃ©.
+
+#. **Espace de visualisation** :
+   Espace oÃ¹ sont affichÃ©s les diffÃ©rents rÃ©sultats des analyse de sensibilitÃ©.
+   Ne sont affichÃ©s que les rÃ©sultats qui ont Ã©tÃ© exportÃ©s par le script
+   d'analyse de sensibilitÃ©.
+
+RÃ©cupÃ©ration des rÃ©sultats d'analyse de sensibilitÃ© dans R
+==========================================================
+
+Les scripts d'analyse de sensibilitÃ© utilisent R pour rÃ©aliser leurs calculs.
+Les objets utilisÃ©s sont standardisÃ©s et la session R utilisÃ©e est enregistrÃ©e.
+Il est donc possible de rÃ©cupÃ©rer les rÃ©sultats des analyses de sensibilitÃ© dans
+R afin de les traiter plus en dÃ©tail.
+
+Trouver le fichier .RData
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Les rÃ©sultats sont situÃ©s dans un fichier Â« .RData Â» situÃ© dans le rÃ©pertoire
+isis-export dÃ©clarÃ© dans votre fichier de configuration. Il est nommÃ© de la
+maniÃšre suivante : nomDeLAnalyse.RData
+
+Contenu du fichier .RData
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+La session R contenue dans le fichier .RData contient de nombreux objets R
+obtenus aux diffÃ©rentes Ã©tapes de l'analyse dans Isis.
+
+isis.factor
+!!!!!!!!!!!
+
+isis.factor est un data.frame Ã  5 colonnes et une ligne par facteur organisÃ©
+comme ceci :
+
+- colonne 1 : nomFacteur
+- colonne 2 : Nominal (valeur dans la base)
+- colonne 3 : Continu (TRUE/FALSE)
+- colonne 4 : Binf (valeur minimum)
+- colonne 5 : Bsup (valeur maximum si continu, nombre de modalitÃ© si discret)
+
+Il a les attributs suivants :
+
+- un attribut par facteur discret : nomFacteur : list(modalitÃ©s)
+- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â»
+
+isis.factor est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante :
+nomdel'analyse_0.isis.factor (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R).
+
+isis.factor.distribution
+!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+
+Isis.factor.distribution est un data.frame Ã  3 colonnes et une ligne par facteur
+organisÃ© comme ceci :
+
+- colonne 1 : NomFacteur
+- colonne 2 : NomDistribution
+- colonne 3 : ParametreDistribution
+
+isis.factor.distribution est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante :
+nomdel'analyse_0.isis.factor.distribution (tous les espaces sont enlevÃ©s dans
+R).
+
+isis.methodExp
+!!!!!!!!!!!!!!
+
+Isis.methodExp est une liste contenant trois objets :
+
+- objet 1 : isis.factor
+- objet 2 : isis.factor.distribution
+- objet 3 : call
+
+Il a les attributs suivants :
+
+- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â»
+
+isis.methodExp est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante :
+nomdel'analyse_0.isis.methodExp (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R).
+
+isis.simule
+!!!!!!!!!!!
+
+Isis.simule est un data.frame avec une ligne par simulation et un nombre de
+colonne Ã©quivalent au nombre de facteur additionnÃ© au nombre de rÃ©sultats pour
+l'analyse :
+
+- colonne 1 Ã  k : valeurs des k facteurs.
+- colonne k Ã  n : valeurs des rÃ©sultats des simulations
+
+Il a les attributs suivants :
+
+- un attribut nomModel : Â« isis-fish-externeR Â»
+- un attribut call : la mÃ©thode qui a gÃ©nÃ©rÃ© les simulations.
+
+isis.simule est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante :
+nomdel'analyse_0.isis.simule (tous les espaces sont enlevÃ©s dans R).
+
+isis.methodAnalyse
+!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+
+Isis.methodAnalyse est une liste contenant 5 objets :
+
+- objet 1 : isis.factor
+- objet 2 : isis.factor.distribution
+- objet 3 : isis.simule
+- objet 4 : call_method
+- objet 5 : analysis_result (objet R contenant les rÃ©sultats de l'analyse, dans
+le cas d'un rÃ©sultat calculÃ© par une aov, l'objet est une liste contenant l'aov
+et les indices de sensibilitÃ©)
+
+isis.methodAnalyse est enregistrÃ© dans R de la maniÃšre suivante :
+nomdel'analyse_0.nomduresultat.isis.methodAnalyse (tous les espaces sont enlevÃ©s
+dans R).
+
+Liste de tous les objets de la session R
+!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
+
+N'oubliez pas que vous pouvez obtenir tous les objets de la session R en
+utilisant la fonction ls() dans R.
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/documentation/userManual.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,23 @@
+Documentation utilisateur
+-------------------------
+
+- Introduction_
+- `Interface utilisateur`_
+
+  + `Saisie de pecheries`_
+  + `Lanceur de simulations`_
+  + `Lanceur d analyse de sensibilite`_
+  + `Rendu des resultats`_
+  + `Editeur de script`_
+  + `Queue de simulation`_
+- `Plan d experience/Plan d analyse`_
+- `Analyses de sensibilite`_
+
+.. _Introduction:: userManual/introduction.html
+.. _Interface utilisateur:: userManual/GUI.html
+.. _Saisie de pecheries:: userManual/inputs.html
+.. _Lanceur de simulations:: userManual/launcher.html
+.. _Lanceur d analyse de sensibilite:: userManual/sensitivity.html
+.. _Rendu des resultats:: userManual/results.html
+.. _Editeur de script:: userManual/scripts.html
+.. _Queue de simulation:: userManual/queue.html
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/download.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,38 @@
+=====================
+TÃ©lÃ©charger ISIS-Fish
+=====================
+
+ISIS-Fish (Version Java)
+------------------------
+
+La version Java d'ISIS-Fish est la seule supportÃ©e sur ce site. Vous pouvez
+tÃ©lÃ©charger la derniÃšre version (ou les anciennes) Ã  partir d'ici.
+
+Telechargement__ (derniÃšre version : Avril 2010)
+
+__ http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/
+
+
+Base Golfe de Gascogne
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+
+Voici une base de dÃ©monstration utilisable sur la version 3.3.0.3 d'ISIS-Fish.
+
+`Base Golfe de Gascogne`_
+
+.. _Base Golfe de Gascogne::downloads/GolfeDeGascogneDemoV3.3.0.3.zip
+
+
+ISIS-Fish (Version R)
+---------------------
+
+La version R d'ISIS-Fish nommÃ©e FLISIS et faisant partie du projet FLR n'est pas
+supportÃ©e sur ce site. Vous pouvez nÃ©anmoins la tÃ©lÃ©charger Ã  partir d'ici.
+
+Telechargement__ (derniÃšre version : Janvier 2009)
+
+__ downloads/FLIsis_1.1.2.zip
+
+`Site du projet`_
+
+.. _Site du projet::http://flr-project.org/wiki/doku.php?id=applications:isisflr

Modified: isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst	2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/index.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -28,7 +28,6 @@
 celui-ci. L'analyse et la rÃ©alisation technique ont Ã©tÃ© confiÃ©es Ã  diffÃ©rents
 partenaires:
 
-- Irin (Intitue de Recherche en Informatique de Nantes)
+- Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes)
 - Cogitec (http://www.cogitec.fr)
 - Code Lutin (http://www.codelutin.com)
-

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/news.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,42 @@
+=========================================
+Les Ã©vÃšnements autour du projet Isis-FISH
+=========================================
+
+2010
+----
+
+- *20-24 septembre 2010* : `Conference annuelle du CIEM - Nantes`_ , FRANCE
+- *7 juillet 2010* : ConfÃ©rence ISIS-Fish aux RMLL_ - Bordeaux, FRANCE
+- *7-11 juin 2010* : `Ecole chercheur`_ (Analyse de sensibilitÃ©) - Giens, FRANCE
+
+2009
+----
+
+- *1-3 dÃ©cembre 2009* : Atelier collaboration IFREMER-MPO dans le cadre de lâApproche ÃcosystÃ©mique  - Rimouski, CANADA
+- *21-26 septembre 2009* : `Conference annuelle du CIEM - Berlin`_ , ALLEMAGNE
+- *14-18 septembre 2009* : SÃ©minaire Utilisateurs ISIS-Fish - Nantes, FRANCE - Inscriptions_      
+- *8-11 septembre 2009* : `Atelier franco-australien - modeles bio-economiques`_
+- *29 aoÃ»t - 4 septembre 2009* : `Groupe de travail CIEM`_ (WKSHORT) : comparaison de modÃšles pour l'Anchois
+- *11-14 mai 2009* : Ecole chercheur (Analyse de sensibilitÃ©)
+
+2008
+----
+
+- *3-4 dÃ©cembre 2008* : rÃ©union Mexico_ Ã  Montpellier, France
+- *28 novembre 2008* : causerie au dÃ©partement EMH, le modÃšle ISIS-Fish anchois dans le Golfe de Gascogne
+- *22-26 septembre 2008* : `Conference annuelle du CIEM - Halifax`_ , CANADA
+- *2 juillet 2008* : PrÃ©sentation Isis-FISH aux RMLL_
+- *5 et 6 juin 2008* : rÃ©union Mexico_ Ã  Nantes, FRANCE
+
+
+...................................Links...........................................
+
+.. _RMLL::http://rmll.info
+.. _Conference annuelle du CIEM - Nantes::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2010/index.asp
+.. _Ecole chercheur:: http://www.reseau-mexico.fr/node/165
+.. _Conference annuelle du CIEM - Berlin::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2009/index.asp
+.. _Inscriptions::http://pollen.chorem.org/pollen/poll/VoteFor/3e830a78-a9a9-4043-9da6-6232d47...
+.. _Atelier franco-australien - modeles bio-economiques::http://www.umr-amure.fr/pg_workshop_fast.php
+.. _Conference annuelle du CIEM - Halifax::http://www.ices.dk/iceswork/asc/2008/index.asp
+.. _Groupe de travail CIEM::http://www.ices.dk/workinggroups/ViewWorkingGroup.aspx?ID=345
+.. _Mexico::http://www.avignon.inra.fr/mexico/index.php/Accueil
\ No newline at end of file

Added: isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst	                        (rev 0)
+++ isis-fish/trunk/src/site/rst/presentation.rst	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -0,0 +1,29 @@
+ISIS-Fish
+---------
+
+ISIS-Fish est un simulateur de pÃªcherie complexe. Il est entiÃšrement Ã©crit en
+Java. Dans sa version 2 Le langage de script utilisÃ© Ã©tait ECMAScript, depuis la
+version 3 on utilise directement du Java, ce qui permet de faire des
+vÃ©rification syntaxique et indiquer Ã  l'utilisateur la ligne en erreur.
+
+Pour utiliser Isis-fish, il vous faut Java d'installÃ© sur votre machine.
+
+Les caractÃ©ristiques sont :
+
+ * Base de donnÃ©es embarquÃ©e
+ * CrÃ©ation d'autant de rÃ©gion de pÃªche, contenant autant de population que l'on souhaite
+ * CrÃ©ation de mesures de gestion en langage de script
+ * PossibilitÃ© de modifier la faÃ§on de simuler en langage de script
+ * PossibilitÃ© d'exÃ©cuter une suite de simulations en modifiant une ou des donnÃ©es de simulation
+ * PossibilitÃ© d'envoyer les simulations ce faire sur une autre machine
+ * Affichage des rÃ©sultats spatialement (carte) ou temporellement (graph)
+ * PossibilitÃ© de publier les rÃ©sultats d'une simulation sur un serveur
+ * PossibilitÃ© de publier une rÃ©gion sur un serveur
+
+Ce projet est un projet initiÃ© Ã  la demande de l'Ifremer et financÃ© par
+celui-ci. L'analyse et la rÃ©alisation technique ont Ã©tÃ© confiÃ©es Ã  diffÃ©rents
+partenaires :
+
+ * Irin (Institut de Recherche en Informatique de Nantes)
+ * Cogitec ( http://www.cogitec.fr )
+ * Code Lutin ( http://www.codelutin.com )
\ No newline at end of file

Modified: isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml
===================================================================
--- isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml	2010-05-29 11:48:10 UTC (rev 3044)
+++ isis-fish/trunk/src/site/site_fr.xml	2010-05-31 18:03:57 UTC (rev 3045)
@@ -28,7 +28,34 @@
       <item name="en]" href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/en/index.html"/>
     </links>
 
-    <menu name="Survol">
+    <menu name="ISIS-Fish">
+      <item name="Presentation" href="index.html"/>
+      <item name="Nouvelles" href="news.html"/>
+      <item name="Téléchargement" href="download.html"/>
+      <item name="Documentation" href="">
+        <item name="Installation" href="documentation/installation.html"/>
+        <item name="Manuel utilisateur" href="documentation/userManual.html"/>
+        <item name="Tutoriaux" href=""/>
+        <item name="FAQ" href=""/>
+        <item name="Manuel développeur" href=""/>
+        <item name="Documentation des APIs" href=""/>
+        <item name="Exemples de scripts ISIS" href=""/>
+        <item name="Exemples de scripts R" href=""/>
+      </item>
+      <item name="Publications" href=""/>
+      <item name="Projets de recherche" href=""/>
+      <item name="Historique" href="">
+        <item name="Le projet" href=""/>
+        <item name="Journal des modifications" href=""/>
+        <item name="Version 1" href=""/>
+        <item name="Version 2" href=""/>
+      </item>
+      <item name="Autres utilitaires" href=""/>
+      <item name="License" href=""/>
+      <item name="Contact/Assistance" href=""/>
+    </menu>
+
+    <!--menu name="Survol">
       <item href="/index.html" name="Présentation"></item>
       <item href="http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki/fr:start" name="Wiki"></item>
       <item href="/jnlp/isis-fish-v3.jnlp" name="Lancer Isis-fish v3"></item>
@@ -97,7 +124,7 @@
     
     <menu name="Liens">
       <item href="http://java.sun.com/javase" name="Le site Java de Sun"></item>
-    </menu>
+    </menu-->
 
     ${reports}

    

jcouteau＠users.labs.libre-entreprise.org