[Isis-fish-data-commits] r379 - trunk/scripts

28 Oct 2015

Author: echatellier
Date: 2015-10-28 14:58:16 +0100 (Wed, 28 Oct 2015)
New Revision: 379

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Log:
Remove pop dimension in F result

Modified:
   trunk/scripts/SiMatrix.java

Modified: trunk/scripts/SiMatrix.java
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--- trunk/scripts/SiMatrix.java	2015-10-27 16:36:34 UTC (rev 378)
+++ trunk/scripts/SiMatrix.java	2015-10-28 13:58:16 UTC (rev 379)
@@ -1158,13 +1158,12 @@
         double Mgroup = 0;
         double NgroupRef = 0;
 
-        List<Population> populations = Collections.singletonList(pop);
         List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
 
         MatrixND tfgMatrix = MatrixFactory.getInstance().create(
                 MatrixFishingMortalityPerGroup.NAME, 
-                new List[]{populations, groups},  // On travaille sur les pops ET les groupes
-                new String[]{n("Population"), n("Group")});
+                new List[]{groups},  // On travaille sur les groupes
+                new String[]{n("Group")});
 
         for (PopulationGroup group : groups) {
 
@@ -1195,12 +1194,8 @@
                 catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(0); // Strategy
                 catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(1); // Metier
                 catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(3); // Zone : une pop peut avoir plusieurs zonespop dans ISIS
-                List semgroup = catchPerStrategy.getSemantic(2);
-                catchPerStrategy = catchPerStrategy.reduce(); // Enleve les dimensions de taille 1
-                catchPerStrategy.setSemantic(0, semgroup); // Ne plait pas a Eric
+                catchPerStrategy = catchPerStrategy.reduceDims(0, 1, 3); // Enleve les dimensions de taille 1
                 Cgroup = catchPerStrategy.getValue(group);
-                //log.info("Cgroup = " + Cgroup + "Year=" + step.getYear());
-                //log.info("catchPerStrategy = " + catchPerStrategy + "Year=" + step.getYear());
 
                 // compute total mortality by suming naturalDeathRate and fishingMortalityOtherFleetsMatrix
                 MatrixND naturalDeathRatePop = pop.getNaturalDeathRateMatrix();
@@ -1217,7 +1212,8 @@
                     abundanceReferenceMonth = Month.JANUARY;
                 }
                 TimeStep refStep = new TimeStep(12 * step.getYear() + abundanceReferenceMonth.getMonthNumber());
-                MatrixND abundancePopRef = resManager.getMatrix(refStep, pop, MatrixAbundanceBeginMonth.NAME); // Le timestep 0 correspond a janvier de la premiere annee et les annees sont numerotees a partir de zero
+                // Le timestep 0 correspond a janvier de la premiere annee et les annees sont numerotees a partir de zero
+                MatrixND abundancePopRef = resManager.getMatrix(refStep, pop, MatrixAbundanceBeginMonth.NAME);
                 abundancePopRef = abundancePopRef.sumOverDim(1); // somme sur Zone
                 abundancePopRef = abundancePopRef.reduce();
                 NgroupRef = abundancePopRef.getValue(group);
@@ -1224,22 +1220,16 @@
                 //log.info("NgroupRef = " + NgroupJan + "Year=" + step.getYear());
 
                 ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, Mgroup, NgroupRef);
-                Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0,2.0,1.0e-10, f); // step ??
+                Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0, 2.0, 1.0e-10, f); // step ??
 
-                //log.info("Fgroup = " + Fgroup);
+                tfgMatrix.setValue(group, Fgroup); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ?
 
-                tfgMatrix.setValue(pop, group, Fgroup); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ?
-
             } else {
                 //Fgroup = 0; // Ce n'est plus une valeur unique mais une matrice, est-ce que cette notation peut fonctionner ?
-                tfgMatrix.setValue(pop, group, 0); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ?
+                tfgMatrix.setValue(group, 0); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ?
             }    
         }     
 
-        //log.info("tfgMatrix = " + tfgMatrix);
-        //log.info("tfg.DimensionNames = " + Arrays.toString(tfgMatrix.getDimensionNames())); 
-        //log.info("tfg.Semantics = " + Arrays.toString(tfgMatrix.getSemantics())); 
-
         return tfgMatrix;          
     }
 
@@ -1251,23 +1241,19 @@
     public MatrixND totalFishingMortality(TimeStep step, Population pop, MatrixND fishingMortalityPerGroup) throws TopiaException {
         MatrixND tfmMatrix = fishingMortalityPerGroup.copy();
         tfmMatrix.setName(MatrixTotalFishingMortality.NAME);
-        //log.info("tfmMatrix = " + tfmMatrix);
 
         List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
 
         int groupMin = pop.getFbarGroupMin();
         int groupMax = pop.getFbarGroupMax();
-        int Nbre = (int)groupMax - (int)groupMin + 1;
-        //log.info("Nbre = " + Nbre);
+        int groupCount = (int)groupMax - (int)groupMin + 1;
 
         for (PopulationGroup group : groups) {
             if (group.getId() == groupMin) {
                 // MatrixND getSubMatrix(int dim, Object, int nb)
-                tfmMatrix = tfmMatrix.getSubMatrix(1, group, Nbre); 
-                tfmMatrix = tfmMatrix.meanOverDim(1);
+                tfmMatrix = tfmMatrix.getSubMatrix(0, group, groupCount); 
+                tfmMatrix = tfmMatrix.meanOverDim(0);
                 tfmMatrix = tfmMatrix.reduce();
-                //log.info("tfm.DimensionNames = " + Arrays.toString(tfmMatrix.getDimensionNames())); 
-                //log.info("tfm.Semantics = " + Arrays.toString(tfmMatrix.getSemantics())); 
             }
         }

    

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