Le 01/03/2010 23:31, Bastien Preuss a écrit :
De Jérôme Lefèvre (Administrateur Cluster Nouméa)
Bonjour,
Bonjour,
Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), mais je peux l'ajouter si besoin.
Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de lancement des jobs discute avec PBS ? Finalement, c'est exactement la même architecture que Caparmor. IsisFish communique avec le serveur via SSH et lance les jobs via PBS. Il vérifie périodiquement l'avancement de simulation et télécharge les résultats via SSH également. Enfin, quelles sont les prerequis software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ?
Idéalement, seul le JDK java 6 est nécessaire. Cependant, suivant votre descriptif, le serveur est en 64bits (comme caparmor), et nous obtenons de meilleurs performance avec un JDK Java en 32bit. Sur caparmor, nous avons installé Java 6 en 32 bits sur un compte utilisateur avec accord de l'administrateur. Les scripts PBS pointe sur cette instance de Java.
Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. Il est préférable que IsisFish soit également sur le HOME utilisateur car il doit être mis à jour à chaque version. On ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement du cluster étant accessible que sous Linux.
Toute la communication s'effectue via SSH via IsisFish, un serveur ssh classique est donc suffisant (Isis supporte toutes les méthodes d'authentification). Tel que c'est défini, vous n'avez aucune action particulières à effectuer (sauf java peut-être). Le soucis restant étant de tester le fonctionnement et de configurer IsisFish pour ce cluster. Est-il possible d'y accéder depuis l'extérieur ?
Merci Jérôme Lefèvre
Cordialement. -- Éric <chatellier@codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com