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3 May 2009

Author: chatellier
Date: 2009-05-03 08:55:49 +0000 (Sun, 03 May 2009)
New Revision: 1465

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   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/information
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/parameters.properties
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/Abondances.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/BateauProfit.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/Biomasses.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/CapturesNombre.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/CapturesPoids.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/EffortsMetier.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/MailleDefinition.csv
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   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/NonActivite.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/PatronProfit.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RegionDefinition.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RejetsNombre.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RejetsPoids.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/ZonesDefinition.csv
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/RuleUtil.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.class
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.java
   lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation2.tbz2
Modified:
   lutinutil/trunk/changelog.txt
   lutinutil/trunk/pom.xml
   lutinutil/trunk/src/main/java/org/codelutin/util/Tbz2Util.java
   lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/FileUtilTest.java
   lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/Tbz2UtilTest.java
Log:
Patch commons-compress (bug to report).
Improve tests.

Modified: lutinutil/trunk/changelog.txt
===================================================================

--- lutinutil/trunk/changelog.txt	2009-05-03 08:16:41 UTC (rev 1464)
+++ lutinutil/trunk/changelog.txt	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -1,4 +1,6 @@
 ver 1.0.5 chatellier xxxxxx
+  * Add Tar/bzip2 utility class
+  * Add md5 creation on ZipUtil methods
   * Change MD5 implementation to http://ostermiller.org/utils/MD5.html one.
 
 ver 1.0.4 chemit 20090311

Modified: lutinutil/trunk/pom.xml
===================================================================
--- lutinutil/trunk/pom.xml	2009-05-03 08:16:41 UTC (rev 1464)
+++ lutinutil/trunk/pom.xml	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -50,7 +50,7 @@
         <dependency>
             <groupId>org.apache.commons</groupId>
             <artifactId>commons-compress</artifactId>
-            <version>20090428</version>
+            <version>20090428-cl</version>
             <scope>compile</scope>
         </dependency>
 

Modified: lutinutil/trunk/src/main/java/org/codelutin/util/Tbz2Util.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/main/java/org/codelutin/util/Tbz2Util.java	2009-05-03 08:16:41 UTC (rev 1464)
+++ lutinutil/trunk/src/main/java/org/codelutin/util/Tbz2Util.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -28,6 +28,7 @@
 import java.util.Collection;
 import java.util.List;
 
+import org.apache.commons.compress.archivers.ArchiveEntry;
 import org.apache.commons.compress.archivers.ArchiveException;
 import org.apache.commons.compress.archivers.ArchiveInputStream;
 import org.apache.commons.compress.archivers.ArchiveOutputStream;
@@ -47,6 +48,8 @@
  *
  * Last update: $Date: 2009-04-30 14:26:16 +0200 (jeu. 30 avril 2009) $
  * by : $Author: chatellier $
+ * 
+ * @since 1.0.5
  */
 public class Tbz2Util {
 
@@ -106,9 +109,9 @@
             String renameFrom, String renameTo) throws IOException {
         String result = null;
         try {
+            InputStream is = new FileInputStream(tbz2File);
             CompressorInputStream cis = new CompressorStreamFactory()
-                    .createCompressorInputStream("bzip2", new FileInputStream(
-                            tbz2File));
+                    .createCompressorInputStream("bzip2", is);
             ArchiveInputStream in = new ArchiveStreamFactory()
                     .createArchiveInputStream("tar", cis);
             TarArchiveEntry entry;
@@ -187,26 +190,23 @@
                     .createArchiveOutputStream("tar", cos);
 
             for (File file : includes) {
-                String entryName = toArchiveEntryName(root, file);
-
-                // Création d'une nouvelle entrée dans le zip
-                TarArchiveEntry entry = new TarArchiveEntry(entryName);
-                entry.setSize(file.length());
-                entry.setModTime(file.lastModified());
-                os.putArchiveEntry(entry);
-
                 if (file.isFile() && file.canRead()) {
+                    String entryName = toArchiveEntryName(root, file);
+                    ArchiveEntry entry = os.createArchiveEntry(file, entryName);
+                    os.putArchiveEntry(entry);
                     InputStream is = new FileInputStream(file);
                     try {
                         IOUtils.copy(is, os);
                     } finally {
                         is.close();
                     }
+                    os.closeArchiveEntry();
                 }
-                os.closeArchiveEntry();
+                
             }
             os.finish();
             os.close();
+            cos.close();
             
             // if md5 creation flag
             if (createMD5) {
@@ -215,7 +215,6 @@
                 FileUtil.writeString(md5File, md5hash);
             }
             
-            cos.close();
         } catch (ArchiveException e) {
             throw new IOException("Can't archive as tar", e);
         } catch (CompressorException e) {

Modified: lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/FileUtilTest.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/FileUtilTest.java	2009-05-03 08:16:41 UTC (rev 1464)
+++ lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/FileUtilTest.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -80,9 +80,6 @@
         FileUtil.deleteRecursively(srcDir);
         FileUtil.deleteRecursively(destDir1);
         FileUtil.deleteRecursively(destDir2);
-        Assert.assertFalse(srcDir.isDirectory());
-        Assert.assertFalse(destDir1.isDirectory());
-        Assert.assertFalse(destDir2.isDirectory());
     }
 
     @Test

Modified: lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/Tbz2UtilTest.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/Tbz2UtilTest.java	2009-05-03 08:16:41 UTC (rev 1464)
+++ lutinutil/trunk/src/test/java/org/codelutin/util/Tbz2UtilTest.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -71,7 +71,58 @@
         FileUtil.deleteRecursively(uctbz2);
     }
 
+    /**
+     * Test de decompression d'une archive.
+     * 
+     * @throws IOException
+     */
+    @Test
+    public void testUncompress2() throws IOException {
+
+        File tbz2File = new File("src" + File.separator + "test"
+                + File.separator + "resources" + File.separator + "compress",
+                "simulation2.tbz2");
+
+        Assert.assertTrue(tbz2File.isFile());
+
+        File uctbz2 = FileUtil.createTempDirectory("testUncompressTbz2", "");
+        log.info("uncompress tbz2 " + tbz2File + " in " + uctbz2);
+
+        Tbz2Util.uncompress(tbz2File, uctbz2);
+
+        List<File> dest = FileUtil.getFilteredElements(uctbz2, null, true);
+
+        Assert.assertEquals(254, dest.size());
+
+        // remove created temp dirs :
+        FileUtil.deleteRecursively(uctbz2);
+    }
+
     /*
+     * Test to compress directory and uncompress it.
+     */
+    @Test
+    public void testCompressUncompress() throws IOException {
+
+        File rootDir = new File("src" + File.separator + "test"
+                + File.separator + "resources" + File.separator + "compress",
+                "simulation");
+        File tbz2File = File.createTempFile("testCompressTbz2-", ".tbz2");
+        tbz2File.deleteOnExit();
+        log.info("Compress " + rootDir + " in tbz2 file = " + tbz2File);
+
+        Tbz2Util.compress(tbz2File, rootDir);
+
+        Assert.assertTrue(tbz2File.exists());
+        Assert.assertTrue(tbz2File.length() > 0);
+
+        // uncompress
+        File uctbz2 = FileUtil.createTempDirectory("testUncompressTbz2", "");
+        Tbz2Util.uncompress(tbz2File, uctbz2);
+        FileUtil.deleteRecursively(uctbz2);
+    }
+
+    /*
      * Test method for 'org.codelutin.util.ZipUtil.compress(File, File, FileFilter)'
      */
     @Test
@@ -134,7 +185,7 @@
     @Test
     public void testCompressMD5() throws IOException {
         File tbz2File = File.createTempFile("testCompressTbz2Md5", ".tbz2");
-        //tbz2File.deleteOnExit();
+        tbz2File.deleteOnExit();
         log.info("Compress " + I18N_DIR + " in tbz2 file = " + tbz2File);
 
         FileFilter filter = new FileFilter() {
@@ -154,9 +205,9 @@
         md5File.deleteOnExit();
         Assert.assertTrue(md5File.exists());
         String md5sum = FileUtil.readAsString(md5File);
-        
+
         // MD5 disabled, files are not same throw svn
-        // encoding ?
+        // due to svn keywords
         //Assert.assertEquals("566f3f4b280eddf8637fe9e4336980a9", md5sum);
     }
 

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/control
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/control	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/control	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,10 @@
+#Control
+#Fri May 01 19:54:35 CEST 2009
+started=true
+progressMax=12
+running=true
+progress=12
+date=11
+stop=false
+text=Simulation termin\u00E9e
+id=sim__2009-05-01-19-53

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(Binary files differ)


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(Binary files differ)


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===================================================================
(Binary files differ)


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===================================================================
(Binary files differ)


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(Binary files differ)


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Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/data/data.lobs.db/116.t61.lob.db
===================================================================
(Binary files differ)


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   + application/octet-stream

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Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/data-backup.sql.gz
===================================================================
(Binary files differ)


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Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Abundances.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Abundances.class
___________________________________________________________________
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   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Abundances.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Abundances.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Abundances.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,112 @@
+package exports;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * Abundance.java
+ *
+ * Created: 1 septembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+@Doc(value="do the doc of class Abundances") 
+public class Abundances implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(Abundances.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_ABUNDANCE
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "Abondances";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les abondances en nombre tableau avec des lignes pop;id;zone;date;nombre.");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE);
+            for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                i.next();
+                Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                Date date = (Date)sems[0];
+                PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1];
+                Zone zone = (Zone)sems[2];
+                
+                double val = i.getValue();
+                out.write(pop.getName() +";"+ group.getId() +";"+ zone.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+            }
+        }
+/*
+writeln("debut export abondances");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+var Parametre=sim.getParametre();
+var Populations=Parametre.getPopulations();
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+
+var result="";
+
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+	var pop=ipop.next();
+	writeln("population "+pop.getNom());
+	for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+		var date=new PDate(idate);
+
+		var matrice=resultats.getMatrix(date,pop, "Abondance");
+		var BadZones=matrice.getSemantics(1);
+		var Zones = new Packages.java.util.ArrayList(BadZones);
+		var BadClasses=matrice.getSemantics(0);
+		var Classes=new Packages.java.util.ArrayList(BadClasses);
+  		for(var iz=Zones.iterator(); iz.hasNext();){
+			var z=iz.next();
+			for(var ic=Classes.iterator(); ic.hasNext();){
+				var c = ic.next();
+				result+=pop.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+matrice.getValue(c,z)+"\n";
+			}
+		}
+	}
+}
+writeln("fin export abondances");
+
+return ""+result;
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Biomasses.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Biomasses.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Biomasses.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Biomasses.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/Biomasses.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,113 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * Biomasses.java
+ *
+ * Created: 23 novembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class Biomasses")
+public class Biomasses implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(Biomasses.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_BIOMASS
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "Biomasses";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les biomasses tableau avec des lignes pop;id;zone;date;nombre");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(pop, ResultName.MATRIX_BIOMASS);
+            for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                i.next();
+                Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                Date date = (Date)sems[0];
+                PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1];
+                Zone zone = (Zone)sems[2];
+                
+                double val = i.getValue();
+                out.write(pop.getName() +";"+ group.getId() +";"+ zone.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+            }
+        }
+
+        
+        /*
+var Parametre=sim.getParametre();
+var Populations=Parametre.getPopulations();
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+
+var result="";
+writeln("debut export biomasse");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+
+for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+	var pop=ipop.next();
+	for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+		var date=new PDate(idate);
+		var matrice=resultats.getMatrix(date,pop, "matriceBiomass");
+		var BadZones=matrice.getSemantics(1);
+		var Zones = new Packages.java.util.ArrayList(BadZones);
+		var BadClasses=matrice.getSemantics(0);
+		var Classes=new Packages.java.util.ArrayList(BadClasses);
+  		for(var iz=Zones.iterator(); iz.hasNext();){
+			var z=iz.next();
+			for(var ic=Classes.iterator(); ic.hasNext();){
+				var c = ic.next();
+				result+=pop.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+matrice.getValue(c,z)+"\n";
+			}
+		}
+	}
+}
+writeln("fin export biomasse");
+
+return ""+result;
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesNombre.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesNombre.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesNombre.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesNombre.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesNombre.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,123 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixIterator;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+
+import scripts.ResultName;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc;
+
+/**
+ * CapturesNombre.java
+ * 
+ * Created: 23 novembre 2006
+ * 
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.4 $
+ * 
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $
+ */
+@Doc(value = "do the doc of class CaptureNombre")
+public class CapturesNombre implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(CapturesNombre.class);
+
+    protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "CapturesNombre";
+    }
+
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les captures en nombre de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;nombre");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out)
+            throws Exception {
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();
+
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date
+                    .next()) {
+                MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date,
+                        pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET);
+                if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation
+                    mat = mat.sumOverDim(0); //sum on strategy
+                    for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                        i.next();
+                        Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                        Metier metier = (Metier) sems[1];
+                        PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[2];
+                        Zone zone = (Zone) sems[3];
+
+                        double val = i.getValue();
+                        out.write(pop.getName() + ";" + metier.getName() + ";"
+                                + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";"
+                                + date.getDate() + ";" + val + "\n");
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        /*
+        var Parametre=sim.getParametre();
+        var Populations=Parametre.getPopulations();
+        var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+
+        var capture=0.0;
+        var result="";
+
+        writeln("debut de export captures nombre");
+        var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+        var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+        writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+        var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+        for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+        var pop=ipop.next();
+        for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+        var date=new PDate(idate);
+        var matrice=resultats.getMatrix(date,pop, "matriceCatchPerStrategyMet");
+        var temp=matrice.sumOverDim(0);
+        writeln("on a la matrice");
+        for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+        	var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+        	var metier=coordonnees[1];
+        	var c=coordonnees[2];
+        	var z=coordonnees[3];
+        	capture=iiterateur.getValue();
+        	result+=pop.getNom()+";"+metier.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+        }
+        }
+        }
+
+        writeln("fin de CapturesNombre");
+
+
+
+        return ""+result;
+
+        */
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesPoids.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesPoids.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesPoids.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesPoids.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CapturesPoids.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,119 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixIterator;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+
+import scripts.ResultName;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc;
+
+/**
+ * CapturesPoids.java
+ * 
+ * Created: 23 novembre 2006
+ * 
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.4 $
+ * 
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $
+ */
+@Doc(value = "do the doc of class CapturesPoids")
+public class CapturesPoids implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(CapturesPoids.class);
+
+    protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "CapturesPoids";
+    }
+
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les captures en poids de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;nombre");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out)
+            throws Exception {
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();
+
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date
+                    .next()) {
+                MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date,
+                        pop, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET);
+                if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation
+                    mat = mat.sumOverDim(0); //sum on strategy
+                    for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                        i.next();
+                        Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                        Metier metier = (Metier) sems[1];
+                        PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[2];
+                        Zone zone = (Zone) sems[3];
+
+                        double val = i.getValue();
+                        out.write(pop.getName() + ";" + metier.getName() + ";"
+                                + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";"
+                                + date.getDate() + ";" + val + "\n");
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        /*
+        var Parametre=sim.getParametre();
+        var Populations=Parametre.getPopulations();
+        var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+
+        var capture=0.0;
+        var result="";
+        writeln("debut de export captures poids");
+        var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+        var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+        writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+        var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+        for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+        	var pop=ipop.next();
+        	for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+        		var date=new PDate(idate);
+        		var matrice=resultats.getMatrix(date,pop, "matriceCatchWeightPerStrategyMet");
+        		var temp=matrice.sumOverDim(0);
+        		writeln("on a la matrice");
+        		for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+        			var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+        			var metier=coordonnees[1];
+        			var c=coordonnees[2];
+        			var z=coordonnees[3];
+        			capture=iiterateur.getValue();
+        			result+=pop.getNom()+";"+metier.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+        		}
+        	}
+        }
+
+        writeln("fin de CapturesPoids");
+        return ""+result;
+
+        */
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CellsDefinition.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CellsDefinition.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CellsDefinition.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CellsDefinition.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/CellsDefinition.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,68 @@
+package exports;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+import java.util.List;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * CellsDefinition.java
+ *
+ * Created: 17 janvier 2007
+ *
+ * @author bpoussin <bpoussin@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.2 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class CellsDefinition")
+public class CellsDefinition implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(CellsDefinition.class);
+
+    public String [] necessaryResult = {
+    // put here all necessary result for this rule
+    // example: 
+    // ResultName.MATRIX_BIOMASS,
+    // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
+    };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "MailleDefinition";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export cell's position(longitute/latitute)");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        List<Cell> cells = simulation.getFisheryRegion().getCell();
+        
+        for (Cell cell : cells) {
+            out.write(cell + ";" + cell.getLongitude() + ";" + cell.getLatitude() + "\n");
+        }
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/EffortsMetier.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/EffortsMetier.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/EffortsMetier.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/EffortsMetier.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/EffortsMetier.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,101 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * EffortsMetier.java
+ *
+ * Created: 23 novembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class EffortsMetier")
+public class EffortsMetier implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(EffortsMetier.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "EffortsMetier";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("retourne un tableau strategie;metier;date;effort");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET);
+        for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+            i.next();
+            Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+            Date date = (Date)sems[0];
+            Strategy str = (Strategy)sems[1];
+            Metier metier = (Metier)sems[2];
+            
+            double val = i.getValue();
+            out.write(str.getName() +";"+ metier.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+        }        
+/*
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+writeln("debut de export effort");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+var result="";
+
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+	var date=new PDate(idate);
+	var matrice=resultats.getMatrix(date, "matriceEffortPerStrategyMet");
+	writeln("on a la matrice");
+	for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+		var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+		var metier=coordonnees[1];
+		var strat=coordonnees[0];
+		capture=iiterateur.getValue();
+		result+=strat.getName()+";"+metier.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+	}
+}
+
+writeln("fin de EffortMetier");
+return ""+result;
+
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/MetierZone.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,76 @@
+package exports;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * MetierZone.java
+ *
+ * Created: 17 janvier 2007
+ *
+ * @author bpoussin <bpoussin@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class MetierZone")
+public class MetierZone implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(MetierZone.class);
+
+    public String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_METIER_ZONE,
+    };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "MetierZone";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export zone used by metier during simulation");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();       
+        
+        for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date.next() ) {
+            MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date, ResultName.MATRIX_METIER_ZONE);
+            if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation
+                for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                    i.next();
+                    if (i.getValue() == 1) {
+                        Object metier = i.getSemanticsCoordinates()[0];
+                        Object zone = i.getSemanticsCoordinates()[1];
+                        out.write(metier + ";" + zone + ";" + date.getDate() + "\n");
+                    }
+                }
+            }
+        }
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/NonActivite.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,103 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * NonActivite.java
+ *
+ * Created: 23 novembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class NonActivite")
+public class NonActivite implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(NonActivite.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "NonActivite";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("retourne un tableau strategie;metier;date;proportion");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY);
+        for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+            i.next();
+            Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+            Date date = (Date)sems[0];
+            Strategy str = (Strategy)sems[1];
+            Metier metier = (Metier)sems[2];
+            
+            double val = i.getValue();
+            out.write(str.getName() +";"+ metier.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+        }
+/*
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+writeln("debut de export nonActivite");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+var result="";
+
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+	var date=new PDate(idate);
+	var matrice=resultats.getMatrix(date, "nonActivite");
+	if (matrice==null){
+		matrice=MatrixFactory.create(resultats.getMatrix(new PDate(0),"nonActivite"));
+		matrice.mults(0);
+	}
+	for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+		var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+		var metier=coordonnees[1];
+		var strat=coordonnees[0];
+		capture=iiterateur.getValue();
+		result+=strat.getName()+";"+metier.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+	}
+}
+
+writeln("fin de nonActivite");
+return ""+result;
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/OwnerMargin.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,98 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * OwnerMargin.java
+ *
+ * Created: 23 novembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class OwnerMargin")
+public class OwnerMargin implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(OwnerMargin.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "PatronProfit";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("cvs out strategy;date;value");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL);
+        for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+            i.next();
+            Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+            Date date = (Date)sems[0];
+            Strategy str = (Strategy)sems[1];
+            
+            double val = i.getValue();
+            out.write(str.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+        }
+/*
+var Parametre=sim.getParametre();
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+
+var result="";
+writeln("debut export ownermargin");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+
+for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+	var date=new PDate(idate);
+	var matrice=resultats.getMatrix(date, "matriceOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel");
+	for(var iiterateur=matrice.iterator(); iiterateur.next();){
+		var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+		var str=coordonnees[0];
+		result+=str.getName()+";"+idate+";"+iiterateur.getValue()+"\n";
+	}
+}
+writeln("fin export ownermargin");
+
+return ""+result;
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RegionDefinition.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,71 @@
+package exports;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * RegionDefinition.java
+ *
+ * Created: 17 janvier 2007
+ *
+ * @author bpoussin <bpoussin@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 10:05:22 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class RegionDefinition")
+public class RegionDefinition implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(RegionDefinition.class);
+
+    public String [] necessaryResult = {
+    // put here all necessary result for this rule
+    // example: 
+    // ResultName.MATRIX_BIOMASS,
+    // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
+    };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "RegionDefinition";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export region description");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        // NomRegion LatituteMin LatitudeMax LongitudeMin LongitudeMax PasLatitude PasLongitude
+        FisheryRegion region = simulation.getFisheryRegion();
+        out.write(region.getName() + ";"
+                + region.getMinLatitude() + ";"
+                + region.getMaxLatitude() + ";" 
+                + region.getMinLongitude() + ";" 
+                + region.getMaxLongitude() + ";"
+                + region.getCellLengthLatitude() + ";" 
+                + region.getCellLengthLongitude() +
+                "\n");
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsNombre.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,122 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixIterator;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+
+import scripts.ResultName;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc;
+
+/**
+ * RejetsNombre.java
+ * 
+ * Created: 23 novembre 2006
+ * 
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.4 $
+ * 
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $
+ */
+@Doc(value = "do the doc of class RejetsNombre")
+public class RejetsNombre implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(RejetsNombre.class);
+
+    protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "RejetsNombre";
+    }
+
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les rejets en nombre de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;date;nombre");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out)
+            throws Exception {
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();
+
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date
+                    .next()) {
+                MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date,
+                        pop, ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET);
+                if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation
+                    mat = mat.sumOverDim(0); //sum on strategy
+                    for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                        i.next();
+                        Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                        Metier metier = (Metier) sems[1];
+                        PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[2];
+                        Zone zone = (Zone) sems[3];
+
+                        double val = i.getValue();
+                        out.write(pop.getName() + ";" + metier.getName() + ";"
+                                + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";"
+                                + date.getDate() + ";" + val + "\n");
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        /*
+        var Parametre=sim.getParametre();
+        var Populations=Parametre.getPopulations();
+        var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+
+        var capture=0.0;
+        var result="";
+        writeln("debut de export rejets nombre");
+        var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+        var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+        writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+        var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+        for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+        	var pop=ipop.next();
+        	for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+        		var date=new PDate(idate);
+        		var matrice=resultats.getMatrix(date,pop ,"Rejet par metier");
+        		if (matrice==null){
+        			matrice=MatrixFactory.create(resultats.getMatrix(new PDate(0),pop ,"Rejet par metier"));
+        			matrice.mults(0);
+        		}
+        		var temp=matrice.sumOverDim(0);
+        		writeln("on a la matrice");
+        		for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+        			var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+        			var metier=coordonnees[1];
+        			var c=coordonnees[2];
+        			var z=coordonnees[3];
+        			capture=iiterateur.getValue();
+        			result+=pop.getNom()+";"+metier.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+        		}
+        	}
+        }
+
+        writeln("fin de RejetsNombre");
+        return ""+result;
+        */
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/RejetsPoids.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,123 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixIterator;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+
+import scripts.ResultName;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc;
+
+/**
+ * RejetsPoids.java
+ * 
+ * Created: 23 novembre 2006
+ * 
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.4 $
+ * 
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $
+ */
+@Doc(value = "do the doc of class RejetsPoids")
+public class RejetsPoids implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(RejetsPoids.class);
+
+    protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET
+
+    };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "RejetsPoids";
+    }
+
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+
+    public String getDescription() {
+        return _("Export les rejets en poids de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;date;nombre");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out)
+            throws Exception {
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();
+
+        for (Population pop : simulation.getParameter().getPopulations()) {
+            for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date
+                    .next()) {
+                MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date,
+                        pop, ResultName.MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET);
+                if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation
+                    mat = mat.sumOverDim(0); //sum on strategy
+                    for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) {
+                        i.next();
+                        Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+                        Metier metier = (Metier) sems[1];
+                        PopulationGroup group = (PopulationGroup) sems[2];
+                        Zone zone = (Zone) sems[3];
+
+                        double val = i.getValue();
+                        out.write(pop.getName() + ";" + metier.getName() + ";"
+                                + group.getId() + ";" + zone.getName() + ";"
+                                + date.getDate() + ";" + val + "\n");
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        /*
+        var Parametre=sim.getParametre();
+        var Populations=Parametre.getPopulations();
+        var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+
+        var capture=0.0;
+        var result="";
+        writeln("debut de export rejets poids");
+        var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+        var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+        writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+        var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+        for (var ipop=Populations.iterator();ipop.hasNext();){
+        	var pop=ipop.next();
+        	for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+        		var date=new PDate(idate);
+        		var matrice=resultats.getMatrix(date, pop, "Rejet par metier");
+        		if (matrice==null){
+        			matrice=MatrixFactory.create(resultats.getMatrix(new PDate(0),pop ,"Rejet par metier"));
+        			matrice.mults(0);
+        		}
+        		var temp=matrice.sumOverDim(0);
+        		for (var iiterateur=temp.iterator();iiterateur.next();){
+        			var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+        			var metier=coordonnees[1];
+        			var c=coordonnees[2];
+        			var z=coordonnees[3];
+        			capture=iiterateur.getValue()*c.getPoidsMoyen();
+        			result+=pop.getNom()+";"+metier.getNom()+";"+c.getId()+";"+z.getNom()+";"+idate+";"+capture+"\n";
+        		}
+        	}
+        }
+
+        writeln("fin de RejetsPoids");
+        return ""+result;
+        */
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/VesselMargin.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,98 @@
+package exports;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import scripts.ResultName;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * VesselMargin.java
+ *
+ * Created: 23 novembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class VesselMargin")
+public class VesselMargin implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(VesselMargin.class);
+
+    protected String [] necessaryResult = {
+            ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL
+    };
+    
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "BateauProfit";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("cvs out strategy;date;value");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL);
+        for (MatrixIterator i=mat.iterator(); i.hasNext();) {
+            i.next();
+            Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates();
+            Date date = (Date)sems[0];
+            Strategy str = (Strategy)sems[1];
+            
+            double val = i.getValue();
+            out.write(str.getName() +";"+ date.getDate() +";"+ val +"\n");
+        }
+            /*
+var Parametre=sim.getParametre();
+var PDate=Packages.fr.ifremer.nodb.Date;
+var finsimu=resultats.getLastDate().getDate();
+
+
+var result="";
+writeln("debut export vesselmargin");
+var dateexport=new Packages.java.util.Date();
+var formatteur= new Packages.java.text.SimpleDateFormat();
+writeln("heure de debut: "+formatteur.format(dateexport));
+
+
+for (var idate=0;idate<=finsimu;idate++){
+	var date=new PDate(idate);
+	var matrice=resultats.getMatrix(date, "matriceVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel");
+	for(var iiterateur=matrice.iterator(); iiterateur.next();){
+		var coordonnees=iiterateur.getSemanticsCoordinates();
+		var str=coordonnees[0];
+		result+=str.getName()+";"+idate+";"+iiterateur.getValue()+"\n";
+	}
+}
+writeln("fin export vesselmargin");
+
+return ""+result;
+*/
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/exports/ZonesDefinition.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,73 @@
+package exports;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import java.io.Writer;
+import java.util.List;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.*;
+import fr.ifremer.isisfish.export.Export;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * ZonesDefinition.java
+ *
+ * Created: 17 janvier 2007
+ *
+ * @author bpoussin <bpoussin@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.2 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+ @Doc(value="do the doc of class ZoneDefinition")
+public class ZonesDefinition implements Export {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(ZonesDefinition.class);
+
+    public String [] necessaryResult = {
+    // put here all necessary result for this rule
+    // example: 
+    // ResultName.MATRIX_BIOMASS,
+    // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
+    };
+
+    public String[] getNecessaryResult() {
+        return this.necessaryResult;
+    }
+
+    public String getExportFilename() {
+        return "ZonesDefinition";
+    }
+    
+    public String getExtensionFilename() {
+        return ".csv";
+    }
+    
+    public String getDescription() {
+        return _("Export cell's zone constitution");
+    }
+
+    public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception {
+        List<Zone> zones = simulation.getFisheryRegion().getZone();
+        Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate();       
+        
+        for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date.next() ) {
+            for (Zone zone : zones) {
+                for (Cell cell : zone.getCell()) {
+                    out.write(zone + ";" + cell + ";" + date.getDate() + "\n");
+                }
+            }
+        }
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/information
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/information	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/information	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,20 @@
+#Simulation Information
+#Fri May 01 19:54:35 CEST 2009
+exportTime.RejetsNombre=1
+exportTime.All\ export=452
+exportTime.RegionDefinition=4
+exportTime.CellsDefinition=25
+exportTime.RejetsPoids=0
+exportTime.OwnerMargin=22
+exportTime.VesselMargin=22
+exportTime.NonActivite=25
+exportTime.Abundances=62
+exportTime.CapturesPoids=62
+simulationStart=2009.05.01 19\:54\:16
+optimizationUsage=--- Cache Statistiques ---\nTotal call\: 44651\nCache used\: 18945\nCache usage\: 42%\n--------------------\n
+exportTime.CapturesNombre=85
+exportTime.ZonesDefinition=52
+exportTime.EffortsMetier=29
+simulationEnd=2009.05.01 19\:54\:35
+exportTime.MetierZone=2
+exportTime.Biomasses=52

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/parameters.properties
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/parameters.properties	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/parameters.properties	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,28 @@
+#Parameters
+#Fri May 01 19:54:16 CEST 2009
+libLogLevel=error
+numberOfSensitivitySimulation=-1
+sensitivityexports=
+preScript=
+usePreScript=false
+onlyExport=false
+numberOfYear=1
+scriptLogLevel=info
+simulLogLevel=info
+population.nephrops.number=[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]]
+rules=
+useOptimization=true
+useStatistic=false
+exportDirectory=/home/chatellier/isis-export
+useAnalysePlan=false
+isisFishVersion=3.2.0.4
+regionName=Golfe de Gascogne
+populations=nephrops
+description=
+analysePlan=
+plans=
+simulatorName=DefaultSimulator.java
+strategies=NephropsLargeLesSables
+analysePlanNumber=-1
+exports=Abundances.java,Biomasses.java,CapturesNombre.java,CapturesPoids.java,CellsDefinition.java,EffortsMetier.java,MetierZone.java,NonActivite.java,OwnerMargin.java,RegionDefinition.java,RejetsNombre.java,RejetsPoids.java,VesselMargin.java,ZonesDefinition.java,
+resultNames=matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet,matrixFuelCostsPerVessel,matrixBiomass,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel,matrixBiomassBeginMonth,matrixEffortPerStrategyMet,matrixCatchRatePerStrategyMet,matrixPrice,matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel,matrixFuelCostsOfTravelPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy,matrixFishingMortality,matrixEffortPerZonePop,matrixCrewSharePerStrategyPerVessel,matrixLandingPerMet,matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop,matrixDiscardsPerStrMet,matrixDiscardsWeightPerStrMet,matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZoneMet,matrixNoActivity,matrixCostsOfFishingPerVessel,matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet,matrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet,matrixFishingTimePerMonthPerVessel,matrixAbondanceBeginMonth,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet,matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZonePop,matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy,matrixStdTravelEffortPerStrategyMet,matrixMetierZone,matrixSharedNotFixedCostsPerVessel,matrixAbundance,matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel,matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel,matrixOtherRunningCostsPerVessel,

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/Abondances.csv
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/Abondances.csv	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/Abondances.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,1080 @@
+nephrops;0;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;0;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;0;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;0;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;0;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;0;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;0;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;0;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;0;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;1;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;1;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;1;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;1;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;1;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;1;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;1;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;1;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;1;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;2;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;2;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;2;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;2;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;2;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;2;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;2;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;2;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;2;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;3;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;3;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;3;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;3;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;3;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;3;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;3;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;3;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;3;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;4;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;4;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;4;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;4;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;4;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;4;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;4;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;4;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;4;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;5;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;5;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;5;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;5;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;5;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;5;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;5;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;5;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;5;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;6;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;6;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;6;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;6;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;6;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;6;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;6;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;6;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;6;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;7;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;7;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;7;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;7;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;7;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;7;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;7;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;7;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;7;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;8;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;8;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;8;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;8;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;8;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;8;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;8;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;8;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;8;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;9;zone L21E7;0;0.0
+nephrops;9;zone L21E8;0;0.0
+nephrops;9;zone L22E6;0;0.0
+nephrops;9;zone L22E7;0;0.0
+nephrops;9;zone L23E5;0;0.0
+nephrops;9;zone L23E6;0;0.0
+nephrops;9;zone L23E7;0;0.0
+nephrops;9;zone L24E5;0;0.0
+nephrops;9;zone L24E6;0;0.0
+nephrops;0;zone L21E7;1;0.0
+nephrops;0;zone L21E8;1;0.0
+nephrops;0;zone L22E6;1;0.0
+nephrops;0;zone L22E7;1;0.0
+nephrops;0;zone L23E5;1;0.0
+nephrops;0;zone L23E6;1;0.0
+nephrops;0;zone L23E7;1;0.0
+nephrops;0;zone L24E5;1;0.0
+nephrops;0;zone L24E6;1;0.0
+nephrops;1;zone L21E7;1;0.0
+nephrops;1;zone L21E8;1;0.0
+nephrops;1;zone L22E6;1;0.0
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+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/CapturesNombre.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
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Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/MetierZone.csv
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+metier lang simple;zone metier lang;2
+metier lang jum;zone metier lang;2
+metier benth jum ;zone metier benth;2
+metier benth simp;zone metier benth;2
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;2
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;3
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;3
+metier lang simple;zone metier lang;3
+metier lang jum;zone metier lang;3
+metier benth jum ;zone metier benth;3
+metier benth simp;zone metier benth;3
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;3
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;4
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;4
+metier lang simple;zone metier lang;4
+metier lang jum;zone metier lang;4
+metier benth jum ;zone metier benth;4
+metier benth simp;zone metier benth;4
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;4
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;5
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;5
+metier lang simple;zone metier lang;5
+metier lang jum;zone metier lang;5
+metier benth jum ;zone metier benth;5
+metier benth simp;zone metier benth;5
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;5
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;6
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;6
+metier lang simple;zone metier lang;6
+metier lang jum;zone metier lang;6
+metier benth jum ;zone metier benth;6
+metier benth simp;zone metier benth;6
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;6
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;7
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;7
+metier lang simple;zone metier lang;7
+metier lang jum;zone metier lang;7
+metier benth jum ;zone metier benth;7
+metier benth simp;zone metier benth;7
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;7
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;8
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;8
+metier lang simple;zone metier lang;8
+metier lang jum;zone metier lang;8
+metier benth jum ;zone metier benth;8
+metier benth simp;zone metier benth;8
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;8
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;9
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;9
+metier lang simple;zone metier lang;9
+metier lang jum;zone metier lang;9
+metier benth jum ;zone metier benth;9
+metier benth simp;zone metier benth;9
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;9
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;10
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;10
+metier lang simple;zone metier lang;10
+metier lang jum;zone metier lang;10
+metier benth jum ;zone metier benth;10
+metier benth simp;zone metier benth;10
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;10
+metier merlu-seiche jum;zone metier merlu-seiche;11
+metier merlu-seiche simp;zone metier merlu-seiche;11
+metier lang simple;zone metier lang;11
+metier lang jum;zone metier lang;11
+metier benth jum ;zone metier benth;11
+metier benth simp;zone metier benth;11
+nonActiviteLesSables;PortLesSablesdOlonne;11

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/NonActivite.csv
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/NonActivite.csv	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/NonActivite.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,84 @@
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;0;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;1;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;2;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;3;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;3;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;3;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;3;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;3;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;3;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;4;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;5;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;5;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;6;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;7;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;7;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;8;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;10;0.0
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+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche jum;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier merlu-seiche simp;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang simple;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier lang jum;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth jum ;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;metier benth simp;11;0.0
+NephropsLargeLesSables;nonActiviteLesSables;11;0.0

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/PatronProfit.csv
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/PatronProfit.csv	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/PatronProfit.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,12 @@
+NephropsLargeLesSables;0;-4426.697265625
+NephropsLargeLesSables;1;-4326.41015625
+NephropsLargeLesSables;2;-4930.2568359375
+NephropsLargeLesSables;3;-4930.33544921875
+NephropsLargeLesSables;4;-4930.3642578125
+NephropsLargeLesSables;5;-5030.984375
+NephropsLargeLesSables;6;-4930.3642578125
+NephropsLargeLesSables;7;-5030.91552734375
+NephropsLargeLesSables;8;-4728.9873046875
+NephropsLargeLesSables;9;-4829.35205078125
+NephropsLargeLesSables;10;-4829.22607421875
+NephropsLargeLesSables;11;-4829.2158203125

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RegionDefinition.csv
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RegionDefinition.csv	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RegionDefinition.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1 @@
+Golfe de Gascogne;43.0;48.0;-8.0;-1.0;0.5;1.0

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RejetsNombre.csv
===================================================================

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/RejetsPoids.csv
===================================================================

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/ZonesDefinition.csv
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/ZonesDefinition.csv	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/resultExports/ZonesDefinition.csv	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,2424 @@
+zone metier merlu-seiche;La43.5Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La44.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La44.5Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La45.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La45.5Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche;La45.5Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La46.0Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche;La46.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche;La46.5Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche;La47.0Lo-4.0;0
+zone metier merlu-seiche;La47.0Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche;La47.5Lo-6.0;0
+zone metier merlu-seiche;La47.5Lo-5.0;0
+zone metier merlu-seiche;La47.5Lo-4.0;0
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.0Lo-4.0;0
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.0Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.5Lo-6.0;0
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.5Lo-5.0;0
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.5Lo-4.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La44.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La44.5Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La45.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La45.5Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La45.5Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La46.0Lo-3.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La46.0Lo-2.0;0
+zone metier merlu-seiche Sud;La46.5Lo-3.0;0
+MPA23E6-t24E6;La47.5Lo-4.0;0
+MPA23E6-t24E6;La47.0Lo-4.0;0
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+zone metier merlu-seiche;La47.0Lo-4.0;11
+zone metier merlu-seiche;La47.0Lo-3.0;11
+zone metier merlu-seiche;La47.5Lo-6.0;11
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+zone metier merlu-seiche;La47.5Lo-4.0;11
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.0Lo-4.0;11
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.0Lo-3.0;11
+zone metier merlu-seiche Nord;La47.5Lo-6.0;11
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+zone metier benth cote lesSables;La46.0Lo-4.0;11
+zone metier benth cote lesSables;La46.0Lo-3.0;11
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+zone metier benth cote lesSables;La46.5Lo-4.0;11
+zone metier benth cote lesSables;La46.5Lo-3.0;11
+zone metier lang;La45.5Lo-3.0;11
+zone metier lang;La45.5Lo-2.0;11
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Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/GravityModel.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,1457 @@
+/* *##%
+ * Copyright (C) 2006
+ *     Code Lutin, C�dric Pineau, Benjamin Poussin
+ *
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
+ *##%*/
+
+/* *
+ * GravityModel.java
+ *
+ * Created: 4 sept. 06 15:49:08
+ *
+ * @author poussin
+ * @version $Revision: 1.9 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-03-01 17:16:12 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+
+package scripts;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n.n_;
+
+import java.util.Collection;
+import java.util.List;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+import org.codelutin.topia.TopiaContext;
+import org.codelutin.topia.TopiaException;
+
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.SetOfVessels;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Month;
+import fr.ifremer.isisfish.types.TimeUnit;
+
+/**
+ * @author poussin
+ * 
+ */
+
+public class GravityModel {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(GravityModel.class);
+
+    protected SimulationContext context = null;
+    protected TopiaContext db = null;
+    protected SiMatrix siMatrix = null;
+    protected ResultStorage resultManager = null;
+
+    /**
+     * Method used to get GravityModel used for simulation
+     * 
+     * @param context
+     *            context simulation
+     * @return GravityModel or null if no GravityModel created for simulation
+     */
+    public static GravityModel getGravityModel(SimulationContext context) {
+        GravityModel result = (GravityModel) context
+                .getValue(GravityModel.class.getName());
+        return result;
+    }
+
+    private static void setGravityModel(SimulationContext context,
+            GravityModel gravityModel) {
+        context.setValue(GravityModel.class.getName(), gravityModel);
+    }
+
+    public GravityModel(SimulationContext context, SiMatrix siMatrix)
+            throws TopiaException, StorageException {
+        this.context = context;
+        this.db = context.getDB();
+        this.resultManager = context.getSimulationStorage().getResultStorage();
+        this.siMatrix = siMatrix;
+        setGravityModel(context, this);
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // Matrice de Revenue et Cout
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // MatrixFishingTimePerMonthPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixFishingTimePerMonthPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_FISHING_TIME_PER_MONTH_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = fishingTimePerMonthPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = fishingTimePerMonthPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * FishingTimePerMonthPerVessel[str,met,month] =
+     * FishingTimePerTrip[str,met,month]NbTripsPerMonth[str,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double fishingTimePerMonthPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        double timePerTrip = siMatrix.fishingTimePerTrip(str, metier, date);
+        double nbTrip = str.getStrategyMonthInfo(month).getNumberOfTrips();
+        return timePerTrip * nbTrip;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixFuelCostsOfTravelPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixFuelCostsOfTravelPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_FUEL_COSTS_OF_TRAVEL_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = fuelCostsOfTravelPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = fuelCostsOfTravelPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * FuelCostsOfTravelPerVessel[sov,met,month] =
+     * NbTripsPerMonth[str,month]*TravelTimePerTrip[sov,met,month]*UnitFuelCostsOfTravel[vt]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double fuelCostsOfTravelPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        double nbTrip = str.getStrategyMonthInfo(month).getNumberOfTrips();
+
+        Collection<Zone> zone = metier.getMetierSeasonInfo(month).getZone();
+        // TODO: verifier que travelTime est bien en heure, car le unitFuelCost est l'unite par heure
+        double travelTime = siMatrix.travelTimePerTrip(str.getSetOfVessels(),
+                zone);
+        double unitFuelCost = str.getSetOfVessels().getVesselType()
+                .getUnitFuelCostOfTravel();
+
+        return nbTrip * travelTime * unitFuelCost;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixCostsOfFishingPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixCostsOfFishingPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_COSTS_OF_FISHING_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = costsOfFishingPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = costsOfFishingPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * CostsOfFishingPerVessel[str,met,month]= FishingTimePerMonthPerVessel
+     * [str,met,month] {NbFishingOperationsPerDay[sov,met]
+     * UnitCostsOfFishing[sov,met] / 24}
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double costsOfFishingPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        double fishingTime = fishingTimePerMonthPerVessel(str, metier, date);
+
+        EffortDescription effort = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(
+                metier);
+        int nbOperation = 0;
+        double unitCostOfFishing = 0;
+        if (effort != null) {
+            nbOperation = effort.getFishingOperation();
+            unitCostOfFishing = effort.getUnitCostOfFishing();
+        }
+
+        return fishingTime
+                * (nbOperation * unitCostOfFishing / TimeUnit.HOUR_PER_DAY);
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixFuelCostsPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixFuelCostsPerVessel(Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_FUEL_COSTS_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = fuelCostsPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = fuelCostsPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * FuelCostsPerVessel[str,met,month] = FuelCostsOfTravelPerVessel
+     * [sov,met,month] + CostsOfFishingPerVessel [str,met,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double fuelCostsPerVessel(Strategy str, Metier metier, Date date) {
+        double fuelCosts = fuelCostsOfTravelPerVessel(str, metier, date);
+        double costsOfFishing = costsOfFishingPerVessel(str, metier, date);
+
+        return fuelCosts + costsOfFishing;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_REPAIR_AND_MAINTENANCE_GEAR_COSTS_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = repairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(str,
+                        metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = repairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * RepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel[str,met,month] =
+     * FishingTimePerMonthPerVessel[str,met,month]
+     * *RepairAndMaintenanceGearCostsPerDay[sov,met]/NbHoursPerDay
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double repairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) {
+        double fishingTime = fishingTimePerMonthPerVessel(str, metier, date);
+
+        EffortDescription effort = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(
+                metier);
+
+        double repair = 0;
+        if (effort != null) {
+            repair = effort.getRepairAndMaintenanceGearCost();
+        }
+        // FIXME verifier qu'il faut bien retourner 0, si pas d'effort
+        return fishingTime * repair / TimeUnit.HOUR_PER_DAY;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixOtherRunningCostsPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixOtherRunningCostsPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_OTHER_RUNNING_COSTS_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = otherRunningCostsPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = otherRunningCostsPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * OtherRunningCostsPerVessel[str,met,month] =
+     * FishingTimePerMonthPerVessel[str,met,month]*OtherRunningCostsPerDay[sov,met]/
+     * NbHoursPerDay
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double otherRunningCostsPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        double fishingTime = fishingTimePerMonthPerVessel(str, metier, date);
+
+        EffortDescription effort = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(
+                metier);
+
+        double otherCosts = 0;
+        if (effort != null) {
+            otherCosts = effort.getOtherRunningCost();
+        }
+        // FIXME verifier qu'il faut bien retourner 0, si pas d'effort
+        return fishingTime * otherCosts / TimeUnit.HOUR_PER_DAY;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixSharedNotFixedCostsPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixSharedNotFixedCostsPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_SHARED_NOT_FIXED_COSTS_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = sharedNotFixedCostsPerVessel(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = sharedNotFixedCostsPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * SharedNotFixedCostsPerVessel[str,met,month]=FuelCostsPerVessel[str,met,month]
+     * +OtherRunningCostsPerVessel[str,met,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double sharedNotFixedCostsPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        double fuelCostsPerVessel = fuelCostsPerVessel(str, metier, date);
+        double otherRunningCostsPerVessel = otherRunningCostsPerVessel(str,
+                metier, date);
+
+        return fuelCostsPerVessel + otherRunningCostsPerVessel;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixSharedFixedCostsPerVesselPerMet
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // Supprime avec Steph le 20070227 
+    //    public MatrixND matrixSharedFixedCostsPerVesselPerMet(Date date) throws TopiaException{
+    //        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+    //
+    //        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+    //                ResultName.MATRIX_SHARED_FIXED_COSTS_PER_VESSEL_PER_MET,
+    //                new List[]{strategies},
+    //                new String[]{n_("Strategies")});
+    //
+    //        for (int s=0; s < strategies.size(); s++) {
+    //            Strategy str = strategies.get(s);
+    //            double value = sharedFixedCostsPerVesselPerMet(str, date);
+    //            result.setValue(s, value);
+    //        }
+    ////        for(Strategy str : strategies){
+    ////            double value = sharedFixedCostsPerVesselPerMet(str, date);
+    ////            result.setValue(str, value);
+    ////        }
+    //
+    //        return result;
+    //    }
+    //
+    //    /**
+    //     * implant� suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+    //     * SharedFixedCostsPerVesselPerMet [str,month]=FixedCostsPerMonth[sov]/NbMet[sov]
+    //     * 
+    //     * @param str
+    //     * @param date
+    //     * @return
+    //     */
+    //    private double sharedFixedCostsPerVesselPerMet(Strategy str, Date date) {       
+    //        SetOfVessels sov = str.getSetOfVessels();
+    //        double fixedCosts = sov.getFixedCosts();
+    //        int nbMet = sov.sizePossibleMetiers();
+    //
+    //        return fixedCosts / (double)nbMet;
+    //    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+        List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_SPECIES_PER_STRATEGY_MET,
+                        new List[] { strategies, metiers, pops },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"),
+                                n_("Populations") });
+
+        for (int p = 0; p < pops.size(); p++) {
+            Population pop = pops.get(p);
+            for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+                Strategy str = strategies.get(s);
+                metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+                for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                    Metier metier = metiers.get(m);
+                    double value = grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(
+                            str, metier, pop, date);
+                    result.setValue(str, metier, pop, value);
+                }
+            }
+        }
+
+        //        for(Population pop : pops){            
+        //            for(Strategy str : strategies){
+        //                metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //                for(Metier metier : metiers) {
+        //                    double value = grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(str, metier, pop, date);
+        //                    result.setValue(str, metier, pop, value);
+        //                }
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * GrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet[str,met,pop,month]=sum over
+     * classes_cl of [PricePerKg(pop,cl, t)* (CatchWeightPerStrategyMet
+     * [str,met,pop,cl,month] ?DiscardsWeightPerStrategyMet [str,met,pop,cl,mo
+     * nth] GrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet[str,met,pop,month] =
+     * sum over classes_cl of [PricePerKg(pop,cl, t)* (CatchWeightPerStrategyMet
+     * [str,met,pop,cl,month] -DiscardsWeightPerStrategyMet [str,met,pop,cl,mo
+     * nth])]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(Strategy str,
+            Metier metier, Population pop, Date date) {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        double result = 0;
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            double price = group.getPrice();
+            Collection<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+            for (Zone zone : zones) {
+                double catchWeight = getCatchWeightPerStrMetPerZonePop(str,
+                        metier, group, zone, date);
+                double discardsWeight = getDiscardsWeightPerStrMet(str, metier,
+                        group, zone, date);
+                // FIXME demander/verifier que ce le bon calcule
+                result += price * (catchWeight - discardsWeight);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double getCatchWeightPerStrMetPerZonePop(Strategy str,
+            Metier metier, PopulationGroup group, Zone zone, Date date) {
+        MatrixND mat = resultManager.getMatrix(date, group.getPopulation(),
+                ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET);
+        double result = 0;
+        if (mat != null) {
+            result = mat.getValue(str, metier, group, zone);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double getDiscardsWeightPerStrMet(Strategy str, Metier metier,
+            PopulationGroup group, Zone zone, Date date) {
+        MatrixND mat = resultManager.getMatrix(date, group.getPopulation(),
+                ResultName.MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET);
+        double result = 0;
+        if (mat != null) {
+            result = mat.getValue(str, metier, group, zone);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = grossValueOfLandingsPerStrategyMet(str, metier,
+                        date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = grossValueOfLandingsPerStrategyMet(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double grossValueOfLandingsPerStrategyMet(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date);
+        double result = 0;
+        for (int i = 0; i < pops.size(); i++) {
+            Population pop = (Population) pops.get(i);
+            result += grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(str, metier,
+                    pop, date);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies, metiers },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = grossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(str,
+                        metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = grossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * GrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel[str,met,month]=
+     * GrossValueOfLandingsPerStrategyMet[str,met,month]/[PropNbVessels(str,sov)*NbVesselsSetOfVessels(sov)]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double grossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double grossValueOfLandingsPerStrategyMet = grossValueOfLandingsPerStrategyMet(
+                str, metier, date);
+        // FIXME verifier que c bien cette donn�e qu'il faut utiliser dans le doc: PropNbVessels(str, sov)
+        double proportionSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels();
+        double numberOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels();
+
+        double grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet = grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet(
+                str, metier, date);
+
+        return (grossValueOfLandingsPerStrategyMet + grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet)
+                / (proportionSetOfVessels * numberOfVessels);
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = netValueOfLandingsPerStrategyMet(str, metier,
+                        date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = netValueOfLandingsPerStrategyMet(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * NetValueOfLandingsPerStrategyMet[str,met,month] =
+     * GrossValueOfLandingsPerStrategyMet[str,met,month]
+     * (1-LandingCostRate[str,met])
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double netValueOfLandingsPerStrategyMet(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double grossValue = grossValueOfLandingsPerStrategyMet(str, metier,
+                date);
+        EffortDescription effort = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(
+                metier);
+        double landingCost = 1;
+        // FIXME demander si le metier n'a pas d'effort s'il faut que landingCost soit bien a 1
+        if (effort != null) {
+            landingCost -= effort.getLandingCosts();
+        }
+
+        double grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet = grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet(
+                str, metier, date);
+
+        double result = (grossValue + grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet)
+                * landingCost;
+        return result;
+    }
+
+    private double grossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        // FIXME evaluer l'equation dans suivant le doc des equations
+        return 0;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies, metiers },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = netValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(str,
+                        metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = netValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * NetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel[str,met,month] =
+     * NetValueOfLandingsPerStrategyMet[str,met,month]
+     * /[PropNbVessels(str,sov)*NbVesselsSetOfVessels(sov)]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double netValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double netValueOfLandingsPerStrategyMet = netValueOfLandingsPerStrategyMet(
+                str, metier, date);
+        // FIXME verifier que c bien cette donn�e qu'il faut utiliser dans le doc: PropNbVessels(str, sov)
+        double proportionSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels();
+        double numberOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels();
+
+        return netValueOfLandingsPerStrategyMet
+                / (proportionSetOfVessels * numberOfVessels);
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_NET_RENEVUE_TO_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies, metiers },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(str,
+                        metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * NetRevenueToSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month] =
+     * NetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel[str,met,month] -
+     * SharedNotFixedCostsPerVessel [str,met,month]*PropStr(str,met,month) -
+     * SharedFixedCostsPerVessel PerMet[str,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel = netValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(
+                str, metier, date);
+        double sharedNotFixedCostsPerVessel = sharedNotFixedCostsPerVessel(str,
+                metier, date);
+        double propStr = str.getStrategyMonthInfo(date.getMonth())
+                .getProportionMetier(metier);
+
+        double result = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel
+                - sharedNotFixedCostsPerVessel * propStr;
+        return result;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixCrewSharePerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixCrewSharePerStrategyMetPerVessel(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_CREW_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = crewSharePerStrategyMetPerVessel(str, metier,
+                        date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = crewSharePerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * CrewSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month] =
+     * NetRevenueToSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month]*CrewShareRate[sov,met]
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double crewSharePerStrategyMetPerVessel(Strategy str,
+            Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double netRenevueToShare = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(
+                str, metier, date);
+
+        EffortDescription effort = str.getSetOfVessels().getPossibleMetiers(
+                metier);
+
+        double crewShareRate = 0;
+        if (effort != null) {
+            crewShareRate = effort.getCrewShareRate();
+        }
+        // FIXME verifier qu'il faut bien retourner 0, si pas d'effort
+        return netRenevueToShare * crewShareRate;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies, metiers },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+                        str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * OwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel[str,met,month] =
+     * NetRevenueToSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month] -
+     * CrewSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month] -
+     * RepairAndMaintenanceGearCostsPerVes sel[str,met,month] *
+     * PropStr(str,met,month)
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+            Strategy str, Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double netRenevueToShare = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(
+                str, metier, date);
+        double crewShare = crewSharePerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        double repair = repairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(str, metier,
+                date);
+        double propStr = str.getStrategyMonthInfo(date.getMonth())
+                .getProportionMetier(metier);
+
+        return netRenevueToShare - crewShare - repair * propStr;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = siMatrix.getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies, metiers },
+                        new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+                        str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            metiers = siMatrix.getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metiers) {
+        //                double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(str, metier, date);
+        //                result.setValue(str, metier, value);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * VesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel [str,met,month]
+     * =NetRevenueToSharePerStrategyMetPerVessel[str,met,month]-
+     * RepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel [str,met,month] *
+     * PropStr(str,met,month)
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(
+            Strategy str, Metier metier, Date date) throws TopiaException {
+        double netRenevueToShare = netRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(
+                str, metier, date);
+        double repair = repairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(str, metier,
+                date);
+        double propStr = str.getStrategyMonthInfo(date.getMonth())
+                .getProportionMetier(metier);
+
+        return netRenevueToShare - repair * propStr;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies },
+                        new String[] { n_("Strategies") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+                    str, date);
+            result.setValue(s, value);
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(str, date);
+        //            result.setValue(str, value);
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * OwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel[str,month] = somme sur
+     * tous les metiers de OwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel
+     * [str,met,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+            Strategy str, Date date) throws TopiaException {
+        SetOfVessels sov = str.getSetOfVessels();
+        Collection<EffortDescription> efforts = sov.getPossibleMetiers();
+
+        float result = 0;
+
+        for (EffortDescription effort : efforts) {
+            Metier metier = effort.getPossibleMetiers();
+            result += ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(str,
+                    metier, date);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY,
+                        new List[] { strategies },
+                        new String[] { n_("Strategies") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategy(str, date);
+            result.setValue(s, value);
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            double value = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategy(str, date);
+        //            result.setValue(str, value);
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * OwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy[str,month] =
+     * OwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel[str,month]
+     * *[PropNbVessels(str,sov)*NbVesselsSetOfVessels(sov)]
+     * 
+     * @param str
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double ownerMarginOverVariableCostsPerStrategy(Strategy str,
+            Date date) throws TopiaException {
+        double ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel = ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+                str, date);
+        double proportionSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels();
+        double numberOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels();
+
+        return ownerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel
+                * (proportionSetOfVessels * numberOfVessels);
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL,
+                        new List[] { strategies },
+                        new String[] { n_("Strategies") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+                    str, date);
+            result.setValue(s, value);
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(str, date);
+        //            result.setValue(str, value);
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * VesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel[str,month] = somme sur
+     * tous les metiers de VesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel
+     * [str,met,month]
+     * 
+     * @param str
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+            Strategy str, Date date) throws TopiaException {
+        SetOfVessels sov = str.getSetOfVessels();
+        Collection<EffortDescription> efforts = sov.getPossibleMetiers();
+
+        float result = 0;
+
+        for (EffortDescription effort : efforts) {
+            Metier metier = effort.getPossibleMetiers();
+            result += vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(str,
+                    metier, date);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    // matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy
+    //////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy(Date date)
+            throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = siMatrix.getStrategies(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory
+                .getInstance()
+                .create(
+                        ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY,
+                        new List[] { strategies },
+                        new String[] { n_("Strategies") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategy(str, date);
+            result.setValue(s, value);
+        }
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            double value = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategy(str, date);
+        //            result.setValue(str, value);
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * implante suivant document ModifTable3PourBP25-07-2006.doc
+     * VesselMarginOverVariableCostsPerStrategy[str,month]
+     * =VesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel [str,month]
+     * *[PropNbVessels(str,sov)*NbVesselsSetOfVessels(sov)]
+     * 
+     * @param str
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double vesselMarginOverVariableCostsPerStrategy(Strategy str,
+            Date date) throws TopiaException {
+        double vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel = vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(
+                str, date);
+        double proportionSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels();
+        double numberOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels();
+
+        return vesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel
+                * (proportionSetOfVessels * numberOfVessels);
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    // Methode non utilisee directement dans GravityModel, mais dans les rules
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public double valuePerUnitFishingEffort(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date);
+
+        double result = 0;
+
+        for (Population pop : pops) {
+            List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+            Collection<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+            for (PopulationGroup group : groups) {
+                double price = group.getPrice();
+                for (Zone zone : zones) {
+                    double catchValue = getCatchWeightPerStrMetPerZonePop(str,
+                            metier, group, zone, date);
+                    double discards = getDiscardsWeightPerStrMet(str, metier,
+                            group, zone, date);
+                    result += price * (catchValue - discards);
+                }
+            }
+        }
+
+        double effort = getEffortPerStrategyMet(str, metier, date);
+
+        if (effort == 0) {
+            result = 0;
+        } else {
+            result = result / effort;
+        }
+        // FIXME verifier qu'il faut bien retourner 0, si pas d'effort
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    public double getEffortPerStrategyMet(Strategy str, Metier metier, Date date) {
+        MatrixND mat = resultManager.getMatrix(date,
+                ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET);
+        double result = 0;
+        if (mat != null) {
+            result = mat.getValue(str, metier);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    public double landingPerUnitFishingEffort(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) throws TopiaException {
+        List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date);
+
+        double effort = getEffortPerStrategyMet(str, metier, date);
+        double result = 0;
+
+        if (effort != 0) { // s'il n'y a pas d'effort on retournera 0
+            for (Population pop : pops) {
+                List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+                Collection<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+                for (PopulationGroup group : groups) {
+                    for (Zone zone : zones) {
+                        double catchValue = getCatchWeightPerStrMetPerZonePop(
+                                str, metier, group, zone, date);
+                        double discards = getDiscardsWeightPerStrMet(str,
+                                metier, group, zone, date);
+                        result += catchValue - discards;
+                    }
+                }
+            }
+            result = result / effort;
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/ResultName.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,135 @@
+/* *##%
+ * Copyright (C) 2006
+ *     Code Lutin, Cedric Pineau, Benjamin Poussin
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
+ *##%*/
+
+/* *
+ * ResultName.java
+ *
+ * Created: 23 aout 2006 15:09:37
+ *
+ * @author poussin
+ * @version $Revision: 1.10 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-07-09 19:51:34 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+
+package scripts;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n.n_;
+
+import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; // pour pouvoir afficher une aide contextuelle (BUG#1605)
+
+/**
+ * Contient l'ensemble des noms des differents resultats. Le mieux lorsque l'on
+ * veut un nouveau resultat est d'ajouter une constante ici, et de l'utiliser
+ * ensuite lors de la creation de la matrice.
+ * <p>
+ * Ceci permet d'avoir un endroit unique ou l'on voit l'ensemble des resultats
+ * potentiellement disponible et de ne pas ce tromper en ecrivent le nom
+ * d'un resultat
+ * <p>
+ * Cette classe ne doit contenir que des noms de resultat en static public String
+ * l'interface de lancement de simulation se base sur cette classe pour 
+ * afficher l'ensemble des resultats disponible
+ * 
+ * @author poussin
+ */
+public class ResultName {
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixDiscardsWeightPerStrMet")
+    static final public String MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET = n_("matrixDiscardsWeightPerStrMet");
+
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixDiscardsPerStrMet") 
+    static final public String MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET = n_("matrixDiscardsPerStrMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixLandingPerMet") 
+    static final public String MATRIX_LANDING_PER_MET = n_("matrixLandingPerMet");
+
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixEffortPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixEffortPerStrategyMet");
+	@Doc(value = "do the doc of Result matrixEffortNominalPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixEffortNominalPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixStdTravelEffortPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_STD_TRAVEL_EFFORT_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixStdTravelEffortPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixEffortPerZonePop") 
+    static final public String MATRIX_EFFORT_PER_ZONE_POP = n_("matrixEffortPerZonePop");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixCatchRatePerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_CATCH_RATE_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixCatchRatePerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixCatchPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixCatchPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixFishingMortality") 
+    static final public String MATRIX_FISHING_MORTALITY = n_("matrixFishingMortality");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixCatchWeightPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixCatchWeightPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixAbundance") 
+    static final public String MATRIX_ABUNDANCE = n_("matrixAbundance");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixBiomass") 
+    static final public String MATRIX_BIOMASS = n_("matrixBiomass");
+
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixFishingTimePerMonthPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_FISHING_TIME_PER_MONTH_PER_VESSEL = n_("matrixFishingTimePerMonthPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixFuelCostsOfTravelPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_FUEL_COSTS_OF_TRAVEL_PER_VESSEL = n_("matrixFuelCostsOfTravelPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixCostsOfFishingPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_COSTS_OF_FISHING_PER_VESSEL = n_("matrixCostsOfFishingPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixFuelCostsPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_FUEL_COSTS_PER_VESSEL = n_("matrixFuelCostsPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_REPAIR_AND_MAINTENANCE_GEAR_COSTS_PER_VESSEL = n_("matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixOtherRunningCostsPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_OTHER_RUNNING_COSTS_PER_VESSEL = n_("matrixOtherRunningCostsPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixSharedNotFixedCostsPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_SHARED_NOT_FIXED_COSTS_PER_VESSEL = n_("matrixSharedNotFixedCostsPerVessel");
+//    static final public String MATRIX_SHARED_FIXED_COSTS_PER_VESSEL_PER_MET = n_("matrixSharedFixedCostsPerVesselPerMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_SPECIES_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixGrossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_OTHER_SPECIES_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixGrossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet") 
+    static final public String MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET = n_("matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_NET_RENEVUE_TO_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixCrewSharePerStrategyPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_CREW_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixCrewSharePerStrategyPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL = n_("matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL = n_("matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy") 
+    static final public String MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY = n_("matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel") 
+    static final public String MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL = n_("matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy") 
+    static final public String MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY = n_("matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy");
+
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixNoActivity") 
+    static final public String MATRIX_NO_ACTIVITY = n_("matrixNoActivity");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixMetierZone") 
+    static final public String MATRIX_METIER_ZONE = n_("matrixMetierZone");
+    @Doc(value = "do the doc of Result matrixPrice") 
+    static final public String MATRIX_PRICE = n_("matrixPrice");
+}
+
+

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/RuleUtil.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/RuleUtil.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/RuleUtil.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,65 @@
+package scripts;
+
+import java.util.List;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+
+import org.codelutin.math.matrix.*;
+
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Species;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+
+/**
+ * ChangeMatrixBackend.java
+ *
+ * Created: 6 septembre 2006
+ *
+ * @author anonymous <anonymous@labs.libre-entreprise.org>
+ * @version $Revision: 1.3 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-11-20 15:51:05 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+public class RuleUtil {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(RuleUtil.class);
+
+    /**
+     * @param context le context de simulation
+     * @param species l'espece sur lequel on souhaite le total
+     * @param date la date pour laquel on veut le calcul, cet argument est
+     * passe seulement pour que le cache ne retourne pas toujours la meme valeur
+     * @return
+     */
+    public static double getTotalCatchTons(SimulationContext context, Species species, Date date) {
+        double result = 0;
+        for (Population pop : species.getPopulation()) {
+            MatrixND mat = context.getPopulationMonitor().getHoldCatch(pop);
+            if(mat!=null) {
+                mat = mat.copy();
+                mat = mat.sumOverDim(0); // sum over Strategies
+                mat = mat.sumOverDim(1); // sum over metiers
+                mat = mat.sumOverDim(3); // sum over zones
+//                List<PopulationGroup> groups = mat.getSemantics(2);
+
+                List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+                
+                for (int c=0; c<groups.size(); c++) {
+                    PopulationGroup group = groups.get(c);
+                    double weight = group.getMeanWeight();
+                    result += mat.getValue(0, 0, c, 0) * weight / 1000.0;
+                }
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    
+    
+    
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.java
===================================================================
--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/scripts/SiMatrix.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,1815 @@
+/* *##%
+ * Copyright (C) 2006
+ *     Code Lutin, Benjamin Poussin
+ *
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
+ *##%*/
+
+/* *
+ * SiMatrix.java
+ *
+ * Created: 21 aout 2006 15:53:01
+ *
+ * @author poussin
+ * @version $Revision: 1.18 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-11-02 17:53:20 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+
+package scripts;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n.n_;
+
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.Collection;
+import java.util.HashSet;
+import java.util.List;
+import java.util.Set;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixIterator;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+import org.codelutin.topia.TopiaContext;
+import org.codelutin.topia.TopiaException;
+
+import fr.ifremer.isisfish.IsisFishDAOHelper;
+import fr.ifremer.isisfish.IsisFishException;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Cell;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.EffortDescription;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Gear;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfo;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Selectivity;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.SetOfVessels;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.StrategyMonthInfo;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.ZoneDAO;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Month;
+
+/**
+ * @author poussin
+ * 
+ */
+
+public class SiMatrix {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(SiMatrix.class);
+
+    protected SimulationContext context = null;
+    protected TopiaContext db = null;
+
+    /**
+     * Method used to get SiMatrix used for simulation
+     * 
+     * @param context
+     *            context simulation
+     * @return SiMatrix or null if no SiMatrix created for simulation
+     */
+    public static SiMatrix getSiMatrix(SimulationContext context)
+            throws TopiaException {
+        SiMatrix result = (SiMatrix) context.getValue(SiMatrix.class.getName());
+        if (result == null) {
+            result = new SiMatrix(context);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    private static void setSiMatrix(SimulationContext context, SiMatrix siMatrix) {
+        context.setValue(SiMatrix.class.getName(), siMatrix);
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @param context
+     *            Simulation context
+     * @param db
+     *            TopiaContext with transaction opened. You must used this
+     *            TopiaContext and not used
+     *            SimulationContext.getSimulationStorage().getStorage()
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public SiMatrix(SimulationContext context) throws TopiaException {
+        this.context = context;
+        this.db = context.getDB();
+        setSiMatrix(context, this);
+    }
+
+    /**
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public List<Zone> getZones(Date date) throws TopiaException {
+        ZoneDAO dao = IsisFishDAOHelper.getZoneDAO(db);
+        List<Zone> result = dao.findAll();
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public List<Population> getPopulations(Date date) throws TopiaException {
+        List<Population> populations = new ArrayList<Population>();
+        for (Population pop : context.getSimulationStorage().getParameter()
+                .getPopulations()) {
+            Population tmp = (Population) db.findByTopiaId(pop.getTopiaId());
+            populations.add(tmp);
+        }
+        return populations;
+    }
+
+    /**
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public List<Strategy> getStrategies(Date date) throws TopiaException {
+        //        if (strategies == null) {
+        List<Strategy> strategies = new ArrayList<Strategy>();
+        for (Strategy str : context.getSimulationStorage().getParameter()
+                .getStrategies()) {
+            Strategy tmp = (Strategy) db.findByTopiaId(str.getTopiaId());
+            strategies.add(tmp);
+        }
+        //        }
+        return strategies;
+    }
+
+    public List<Metier> getMetiers(Date date) throws TopiaException {
+        //        if (metiers == null) {
+        List<Metier> metiers = new ArrayList<Metier>();
+        HashSet<Metier> tmp = new HashSet<Metier>();
+        for (Strategy str : getStrategies(date)) {
+            SetOfVessels sov = str.getSetOfVessels();
+            for (EffortDescription effort : sov.getPossibleMetiers()) {
+                Metier metier = effort.getPossibleMetiers();
+                if (tmp.add(metier)) {
+                    metiers.add(metier);
+                }
+            }
+        }
+        //        }
+        return metiers;
+    }
+
+    /**
+     * Retourne les metiers pratiques par une Strategie a une date donnee Un
+     * metier est pratique si le PropStrMet est different de 0
+     * 
+     * @param str
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    public List<Metier> getMetiers(Strategy str, Date date) {
+        StrategyMonthInfo info = str.getStrategyMonthInfo(date.getMonth());
+        MatrixND props = info.getProportionMetier();
+
+        List<Metier> result = new ArrayList<Metier>();
+
+        for (MatrixIterator i = props.iterator(); i.hasNext();) {
+            i.next();
+            if (i.getValue() != 0) {
+                Metier metier = (Metier) i.getSemanticsCoordinates()[0];
+                result.add(metier);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Retourne la matrix Metier x Zone qui correspond au zone utilise par un
+     * metier pour une date donnee. Si la valeur de la matrice est 1 alors la
+     * zone est utilise par le metier, si elle vaut 0 alors elle n'est pas
+     * utilisee.
+     * 
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public MatrixND getMetierZone(Date date) throws TopiaException {
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<Zone> zones = getZones(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_METIER_ZONE, new List[] { metiers, zones },
+                new String[] { n_("Metiers"), n_("Zones") });
+
+        for (Metier metier : metiers) {
+            Collection<Zone> zoneMetier = metier.getMetierSeasonInfo(
+                    date.getMonth()).getZone();
+            for (Zone zone : zoneMetier) {
+                result.setValue(metier, zone, 1);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixPrice(Date date, Population pop) {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_PRICE, new List[] { groups },
+                new String[] { n_("PopulationGroup") });
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            result.setValue(group, group.getPrice());
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    // Toutes les methodes suivantes ne sont utiles que pour
+    // matrixCatchPerStrategyMet
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    public MatrixND matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZoneMet(Date date,
+            Population pop, MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+
+        MatrixND result = matrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet.copy();
+        result.setName(ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET);
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+            double meanWeight = group.getMeanWeight();
+            sub.mults(meanWeight);
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet(MatrixND N,
+            Population pop, Date date) throws TopiaException, IsisFishException {
+
+        MatrixND matrixFishingMortalityPerCell = matrixFishingMortalityPerCell(
+                date, pop);
+        MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell = matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell(
+                pop, date, matrixFishingMortalityPerCell);
+        MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerCell = matrixCatchPerStrategyMetPerCell(
+                N, pop, date, matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell);
+
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<PopulationGroup> groups = matrixCatchPerStrategyMetPerCell
+                .getSemantics(2);
+        List<Zone> zones = getZones(date);
+
+        Set<Cell> cellPops = new HashSet(matrixCatchPerStrategyMetPerCell
+                .getSemantics(4));
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET,
+                new List[] { strategies, metiers, groups, zones },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                        n_("Zones") });
+
+        // matrice temporaire ou les zones pops sont sommees
+        MatrixND tmp = matrixCatchPerStrategyMetPerCell.sumOverDim(3);
+        tmp = tmp.reduceDims(3);
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+                PopulationGroup group = groups.get(g);
+                for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                    Metier metier = metiers.get(m);
+                    MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(date
+                            .getMonth());
+                    Collection<Zone> zoneMet = infoMet.getZone();
+                    for (Zone z : zoneMet) {
+                        double value = 0;
+                        List<Cell> cells = z.getCell();
+                        for (int c = 0; c < cells.size(); c++) {
+                            Cell cell = cells.get(c);
+                            if (cellPops.contains(cell)) {
+                                // les cells de la matrice sont les cells des 
+                                // zones pops, donc seul les intersections avec
+                                // les cells des metiers sont des cells valides
+                                value += tmp.getValue(str, metier, group, cell);
+                            }
+                        }
+                        result.setValue(str, metier, group, z, value);
+                    }
+                }
+            }
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(MatrixND N,
+            Population pop, Date date) throws TopiaException, IsisFishException {
+        MatrixND matrixFishingMortalityPerCell = matrixFishingMortalityPerCell(
+                date, pop);
+        MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell = matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell(
+                pop, date, matrixFishingMortalityPerCell);
+        MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerCell = matrixCatchPerStrategyMetPerCell(
+                N, pop, date, matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell);
+
+        // on somme sur les cellules
+        MatrixND result = matrixCatchPerStrategyMetPerCell.sumOverDim(4);
+        result = result.reduceDims(4);
+        result.setName(ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET);
+
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZonePop(Date date,
+            Population pop, MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+
+        MatrixND result = matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop.copy();
+        result.setName(ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET);
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+            double meanWeight = group.getMeanWeight();
+            sub.mults(meanWeight);
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Utilise pour le calcul en Zone
+     * 
+     * Matrice des captures en nombre dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+     * 
+     * @param N
+     *            l'abondance sous forme de matrice 2D [class x zone]
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    public MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerZone(MatrixND N,
+            Population pop, Date date, MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMet)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        // on le passe en argument ce qui evite de le calculer 2 fois
+        //        MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMet = matrixCatchRatePerStrategyMet(pop, date);
+        MatrixND result = matrixCatchRatePerStrategyMet.copy();
+        result.setName(ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET);
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+            for (Zone zone : zones) {
+                MatrixND subsub = sub.getSubMatrix(3, zone, 1);
+                double val = N.getValue(group, zone);
+                subsub.mults(val);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Utilise pour le calcul en Zone Matrice des captures en poids dim [
+     * Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+     * 
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    public MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMetPerZone(Population pop,
+            Date date, MatrixND matrixFishingMortality) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_CATCH_RATE_PER_STRATEGY_MET,
+                new List[] { strategies, metiers, groups, zones },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                        n_("Zones") });
+
+        // Optimisation Hilaire
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                    Zone zone = zones.get(z);
+                    double effort = effortPerZonePop(str, metier, date, zone);
+                    if (effort > 0) {
+                        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+                            PopulationGroup group = groups.get(g);
+                            double value = catchRatePerStrategyMet(str, metier,
+                                    date, group, zone, matrixFishingMortality);
+                            result.setValue(str, metier, group, zone, value);
+                        }
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @param zone
+     * @return
+     */
+    private double effortPerZonePop(Strategy str, Metier metier, Date date,
+            Zone zonePop) {
+        Month month = date.getMonth();
+        Collection<Zone> zoneMet = metier.getMetierSeasonInfo(month).getZone();
+        double inter = nbCellInter(zoneMet, zonePop);
+
+        double effortPerStrategyPerCell = effortPerStrategyPerCell(str, metier,
+                date);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" strategy=" + str + " metier=" + metier + " inter="
+                    + inter + " effortPerStrategyPerCell="
+                    + effortPerStrategyPerCell);
+        }
+
+        double result = effortPerStrategyPerCell * inter;
+        return result;
+    }
+
+    // Optimisation Hilaire
+    private double catchRatePerStrategyMet(Strategy str, Metier metier,
+            Date date, PopulationGroup group, Zone zone,
+            MatrixND matrixFishingMortality) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+        double totalFishingMortality = totalFishingMortality(date,
+                matrixFishingMortality).getValue(group, zone);
+
+        if (totalFishingMortality == 0) {
+            if (log.isDebugEnabled()) {
+                log.debug("pas de totalFishingMortality pour (" + group + ", "
+                        + zone + ")");
+            }
+            return 0;
+        }
+
+        double fishingMortality = matrixFishingMortality.getValue(str, metier,
+                group, zone);
+        double totalCatchRate = totalCatchRate(date, group, zone,
+                totalFishingMortality);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" totalFishingMortality=" + totalFishingMortality
+                    + " fishingMortality=" + fishingMortality
+                    + " totalCatchRate=" + totalCatchRate);
+        }
+        double result = fishingMortality / totalFishingMortality
+                * totalCatchRate;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param date
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @param totalFishingMortality
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double totalCatchRate(Date date, PopulationGroup group, Zone zone,
+            double totalFishingMortality) throws TopiaException {
+        double M = group.getNaturalDeathRate(zone) / Month.NUMBER_OF_MONTH;
+        if (M == 0) {
+            // normalement il devrait y avoir de la mortalite naturelle
+            if (log.isWarnEnabled()) {
+                log.warn("Pas de mortalite naturelle pour: " + group);
+            }
+        }
+        double F = totalFishingMortality;
+
+        double result = 0;
+        if (M != 0 || F != 0) {
+            result = F / (F + M) * (1 - Math.exp(-(F + M)));
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Returne une matrice de mortalite group x zone, donc somme sur str et
+     * metier
+     * 
+     * @param date
+     * @param matrixFishingMortality
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @return
+     */
+    private MatrixND totalFishingMortality(Date date,
+            MatrixND matrixFishingMortality) {
+        MatrixND result = matrixFishingMortality.sumOverDim(0);
+        result = result.sumOverDim(1);
+        result = result.reduceDims(0, 1);
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Matrice fishing mortality dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+     * 
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    public MatrixND matrixFishingMortality(Date date, Population pop)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        // default value in matrix is 0
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY,
+                new List[] { strategies, metiers, groups, zones },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                        n_("Zones") });
+
+        Month month = date.getMonth();
+        PopulationSeasonInfo infoPop = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+
+            // getCapturability is check matrix validity and create matrix if needed and get one value in
+            double capturability = infoPop.getCapturability(group);
+            if (capturability != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+
+                for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                    Metier metier = metiers.get(m);
+
+                    MetierSeasonInfo infoMet = metier
+                            .getMetierSeasonInfo(month);
+                    // getTargetFactor seem to be simple
+                    double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group);
+
+                    if (ciblage != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+
+                        Gear gear = metier.getGear();
+                        Selectivity selectivity = gear
+                                .getPopulationSelectivity(pop);
+                        if (selectivity != null) {
+
+                            // getCoefficient is equation evaluation
+                            double coeff = selectivity.getCoefficient(pop,
+                                    group, metier);
+                            if (coeff != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+
+                                for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+                                    Strategy str = strategies.get(s);
+                                    for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                                        Zone zone = zones.get(z);
+                                        double effort = effortPerZonePop(str,
+                                                metier, date, zone);
+                                        if (effort > 0) { // put value only if <> 0
+                                            double value = coeff
+                                                    * capturability * ciblage
+                                                    * effort;
+                                            result.setValue(str, metier, group,
+                                                    zone, value);
+                                        }
+                                    }
+                                }
+                            }
+                        }
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Matrice des captures en nombre dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+     * 
+     * @param N
+     *            l'abondance sous forme de matrice 2D [class x zone]
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    private MatrixND matrixCatchPerStrategyMetPerCell(MatrixND N,
+            Population pop, Date date,
+            MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        // on le passe en argument ce qui evite de le calculer 2 fois
+        //        MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMet = matrixCatchRatePerStrategyMet(pop, date);
+        MatrixND result = matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell.copy();
+        result.setName("matrixCatchPerStrategyMetPerCell");
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+            for (Zone zone : zones) {
+                MatrixND subsub = sub.getSubMatrix(3, zone, 1);
+                double val = N.getValue(group, zone) / (double) zone.sizeCell();
+                subsub.mults(val);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Matrice des captures en poids dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+     * 
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    private MatrixND matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell(Population pop,
+            Date date, MatrixND matrixFishingMortalityPerCell)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+        List<Cell> cells = getCells(zones);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                "matrixCatchRatePerStrategyMetPerCell",
+                new List[] { strategies, metiers, groups, zones, cells },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                        n_("Zones"), n_("Cells") });
+
+        //        for (int s=0; s < strategies.size(); s++) {
+        //            Strategy str = strategies.get(s);
+        //            metiers = getMetiers(str, date);
+        //            for (int m=0; m < metiers.size(); m++) {
+        //                Metier metier = metiers.get(m);
+        //                for (int g=0; g < groups.size(); g++) {
+        //                    PopulationGroup group = groups.get(g);
+        //                    for (int z=0; z < zones.size(); z++) {
+        //                        Zone zone = zones.get(z);                        
+        //                        double value = catchRatePerStrategyMet(str, metier, date, group, zone);
+        //                        result.setValue(str, metier, group, zone, value);
+        //                    }
+        //                }
+        //            }
+        //        }
+
+        //        if(totalFishingMortality == 0){
+        //            if(log.isDebugEnabled()) {log.debug("pas de totalFishingMortality pour (" + pop + ")");}            
+        //        } else {
+        // Optimisation Hilaire
+
+        MatrixND matrixFishingMortalityPerCellSumOverGroup = matrixFishingMortalityPerCell
+                .sumOverDim(2);
+        matrixFishingMortalityPerCellSumOverGroup = matrixFishingMortalityPerCellSumOverGroup
+                .reduceDims(2);
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                    Zone zone = zones.get(z);
+                    List<Cell> cellZones = zone.getCell();
+                    for (int c = 0; c < cellZones.size(); c++) {
+                        Cell cell = cellZones.get(c);
+                        double effort = matrixFishingMortalityPerCellSumOverGroup
+                                .getValue(str, metier, zone, cell);
+                        if (effort > 0) {
+                            for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+                                PopulationGroup group = groups.get(g);
+                                double value = catchRatePerStrategyMetPerCell(
+                                        str, metier, date, group, zone, cell,
+                                        matrixFishingMortalityPerCell);
+                                result.setValue(new Object[] { str, metier,
+                                        group, zone, cell }, value);
+                            }
+                        }
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        //        }
+
+        //        for (Strategy str : strategies) {
+        //            List<Metier> metierStr = getMetiers(str, date);
+        //            for (Metier metier : metierStr) {
+        //                for (PopulationGroup group : groups) {
+        //                    for (Zone zone : zones) {
+        //                        double val = catchRatePerStrategyMet(str, metier, date, group, zone);
+        //                        result.setValue(str, metier, group, zone, val);
+        //                    }
+        //                }
+        //            }
+        //        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    //    private double catchRatePerStrategyMet(Strategy str, Metier metier, Date date, PopulationGroup group, Zone zone) throws TopiaException, IsisFishException {
+    //        double totalFishingMortality = totalFishingMortality(date, group, zone);
+    //
+    //        if(totalFishingMortality == 0){
+    //            if(log.isDebugEnabled()) {log.debug("pas de totalFishingMortality pour (" + group + ", " + zone +")");}
+    //            return 0;
+    //        }
+    //
+    //        double fishingMortality = fishingMortality(str, metier, date, group, zone);
+    //        double totalCatchRate = totalCatchRate(date, group, zone, totalFishingMortality);
+    //
+    //        if(log.isDebugEnabled()) {
+    //            log.debug(
+    //            " totalFishingMortality=" + totalFishingMortality +
+    //            " fishingMortality=" + fishingMortality +
+    //            " totalCatchRate=" + totalCatchRate);
+    //        }
+    //        double result = fishingMortality / totalFishingMortality * totalCatchRate;
+    //
+    //        return result;
+    //    }
+    // Optimisation Hilaire
+    private double catchRatePerStrategyMetPerCell(Strategy str, Metier metier,
+            Date date, PopulationGroup group, Zone zone, Cell cell,
+            MatrixND matrixFishingMortalityPerCell) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+
+        double totalFishingMortality = totalFishingMortalityPerCell(date,
+                matrixFishingMortalityPerCell).getValue(group, zone);
+
+        if (totalFishingMortality == 0) {
+            if (log.isDebugEnabled()) {
+                log.debug("pas de totalFishingMortality pour (" + group + ", "
+                        + zone + ")");
+            }
+            return 0;
+        }
+
+        double fishingMortalityPerCell = matrixFishingMortalityPerCell
+                .getValue(new Object[] { str, metier, group, zone, cell });
+        double totalCatchRatePerCell = totalCatchRatePerCell(date, group, zone,
+                totalFishingMortality);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" totalFishingMortality=" + totalFishingMortality
+                    + " fishingMortality=" + fishingMortalityPerCell
+                    + " totalCatchRate=" + totalCatchRatePerCell);
+        }
+        double result = fishingMortalityPerCell / totalFishingMortality
+                * totalCatchRatePerCell;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param date
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @param totalFishingMortality
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double totalCatchRatePerCell(Date date, PopulationGroup group,
+            Zone zone, double totalFishingMortalityPerCell)
+            throws TopiaException {
+        double M = group.getNaturalDeathRate(zone) / Month.NUMBER_OF_MONTH;
+        if (M == 0) {
+            // normalement il devrait y avoir de la mortalite naturelle
+            if (log.isWarnEnabled()) {
+                log.warn("Pas de mortalite naturelle pour: " + group);
+            }
+        }
+        double F = totalFishingMortalityPerCell;
+
+        double result = 0;
+        if (M != 0 || F != 0) {
+            result = F / (F + M) * (1 - Math.exp(-(F + M)));
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Returne une matrice de mortalite group x zone, donc somme sur str et
+     * metier
+     * 
+     * @param date
+     * @param matrixFishingMortality
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @return
+     */
+    private MatrixND totalFishingMortalityPerCell(Date date,
+            MatrixND matrixFishingMortalityPerCell) {
+        MatrixND result = matrixFishingMortalityPerCell.sumOverDim(0);
+        result = result.sumOverDim(1);
+        result = result.reduceDims(0, 1);
+        return result;
+    }
+
+    // Nouvelle implantation suite a demande Steph et Sigrid: 20080208 (NouvellesEquationsfev2008ParCelluleAvecAlgo.odt)
+    /**
+     * Matrice fishing mortality dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop x
+     * cellPop]
+     * 
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     * @throws IsisFishException
+     */
+    public MatrixND matrixFishingMortalityPerCell(Date date, Population pop)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+        List<Cell> cells = getCells(zones);
+
+        // default value in matrix is 0
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                "matrixFishingMortalityPerCell",
+                new List[] { strategies, metiers, groups, zones, cells },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                        n_("Zones"), n_("Cells") });
+
+        Month month = date.getMonth();
+        PopulationSeasonInfo infoPop = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+
+            // getCapturability is check matrix validity and create matrix
+            // if needed and get one value in
+            double capturability = infoPop.getCapturability(group);
+            if (capturability != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+                for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                    Metier metier = metiers.get(m);
+
+                    MetierSeasonInfo infoMet = metier
+                            .getMetierSeasonInfo(month);
+                    // getTargetFactor seem to be simple
+                    double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group);
+
+                    if (ciblage != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+
+                        Gear gear = metier.getGear();
+                        Selectivity selectivity = gear
+                                .getPopulationSelectivity(pop);
+                        if (selectivity != null) {
+
+                            // getCoefficient is equation evaluation
+                            double coeff = selectivity.getCoefficient(pop,
+                                    group, metier);
+                            if (coeff != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+
+                                for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+                                    Strategy str = strategies.get(s);
+                                    // l'effort d'une cellule du metier
+                                    double effort = effortPerStrategyPerCell(
+                                            str, metier, date);
+                                    if (effort > 0) { // put value only if <> 0
+                                        for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                                            Zone zone = zones.get(z);
+                                            Set<Cell> cellPops = new HashSet<Cell>(
+                                                    zone.getCell());
+                                            for (Cell cellMet : infoMet
+                                                    .getCells()) {
+                                                if (cellPops.contains(cellMet)) {
+                                                    double value = coeff
+                                                            * capturability
+                                                            * ciblage * effort;
+                                                    result.setValue(
+                                                            new Object[] { str,
+                                                                    metier,
+                                                                    group,
+                                                                    zone,
+                                                                    cellMet },
+                                                            value);
+                                                }
+                                            }
+                                        }
+                                    }
+                                }
+                            }
+                        }
+                    }
+                }
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    // Supprimee suite a demande Steph et Sigrid: 20080208 (NouvellesEquationsfev2008ParCelluleAvecAlgo.odt)
+    //    /**
+    //     * Matrice fishing mortality
+    //     * dim [ Strategy x Metier x Classe x zonePop ]
+    //     * 
+    //     * @param pop
+    //     * @param date
+    //     * @return
+    //     * @throws TopiaException 
+    //     * @throws IsisFishException 
+    //     */
+    //    public MatrixND matrixFishingMortalityPerCell(Date date, Population pop) throws TopiaException, IsisFishException {
+    //        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+    //        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+    //        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+    //        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+    //
+    //        // default value in matrix is 0
+    //        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+    //                ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY,
+    //                new List[]{strategies, metiers, groups, zones},
+    //                new String[]{n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"), n_("Zones")});
+    //
+    //        Month month = date.getMonth();
+    //        PopulationSeasonInfo infoPop = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+    //
+    //	for (int g=0; g < groups.size(); g++) {
+    //	    PopulationGroup group = groups.get(g);
+    //	    
+    //	    // getCapturability is check matrix validity and create matrix if needed and get one value in
+    //	    double capturability = infoPop.getCapturability(group);
+    //	    if (capturability != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //		
+    //		for (int m=0; m < metiers.size(); m++) {
+    //		    Metier metier = metiers.get(m);
+    //		    
+    //			    MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month);
+    //			    // getTargetFactor seem to be simple
+    //			    double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group);
+    //
+    //			    if (ciblage != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //				
+    //			Gear gear = metier.getGear();
+    //			Selectivity selectivity = gear.getPopulationSelectivity(pop);
+    //			if (selectivity != null) {
+    //
+    //		    // getCoefficient is equation evaluation
+    //		    double coeff = selectivity.getCoefficient(pop, group, metier);
+    //		    if (coeff != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //				
+    //				for (int s=0; s < strategies.size(); s++) {
+    //				    Strategy str = strategies.get(s);
+    //				    for (int z=0; z < zones.size(); z++) {
+    //					Zone zone = zones.get(z);
+    //					double effort = effortPerZonePop(str,metier,date,zone);
+    //					if (effort > 0){ // put value only if <> 0
+    //                                            double value = coeff * capturability * ciblage * effort;
+    //                                            result.setValue(str, metier, group, zone, value);
+    //                                        }
+    //                                    }
+    //                                }
+    //                            }
+    //                        }
+    //                    }
+    //                }
+    //            }
+    //        }
+    //        return result;
+    //    }
+
+    // ne prendre que les metiers pratiques semble une bonne idee, mais en fait non, car cela oblige l'ordre des boucles
+    // et donc ne permet pas autant d'optimisation que souhaite
+    //     public MatrixND matrixFishingMortality2(Date date, Population pop) throws TopiaException, IsisFishException {
+    //         List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+    //         List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+    //         List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+    //         List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+    //         // default value in matrix is 0
+    //         MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+    //                 ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY,
+    //                 new List[]{strategies, metiers, groups, zones},
+    //                 new String[]{n_("Strategies"), n_("Metiers"), n_("Groups"), n_("Zones")});
+
+    //         Month month = date.getMonth();
+    //         PopulationSeasonInfo infoPop = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+
+    //         for (int s=0; s < strategies.size(); s++) {
+    //             Strategy str = strategies.get(s);
+    //             metiers = getMetiers(str, date);
+    //             for (int m=0; m < metiers.size(); m++) {
+    //                 Metier metier = metiers.get(m);
+    //                 Gear gear = metier.getGear();
+    //                 Selectivity selectivity = gear.getPopulationSelectivity(pop);
+    //                 if (selectivity != null) {
+    //                     MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month);
+    //                     for (int z=0; z < zones.size(); z++) {
+    //                         Zone zone = zones.get(z);
+    //                         double effort = effortPerZonePop(str,metier,date,zone);
+    //                         if (effort > 0){ // put value only if <> 0
+    //                             for (int g=0; g < groups.size(); g++) {
+    //                                 PopulationGroup group = groups.get(g);
+
+    //                                 // getTargetFactor seem to be simple
+    //                                 double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group);
+    //                                 if (ciblage != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //                                     // getCapturability is check matrix validity and create matrix if needed and get one value in
+    //                                     double capturability = infoPop.getCapturability(group);
+    //                                     if (capturability != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //                                         // getCoefficient is equation evaluation
+    //                                         double coeff = selectivity.getCoefficient(pop, group, metier);
+    //                                         if (coeff != 0) { // check 0, this prevent next call, for default value
+    //                                             double value = coeff * capturability * ciblage * effort;
+    //                                             result.setValue(str, metier, group, zone, value);
+    //                                         }
+    //                                     }
+    //                                 }
+    //                             }
+    //                         }
+    //                     }
+    //                 }
+    //             }
+    //         }
+    //         return result;
+    //     }
+
+    //    /**
+    //     * @param date
+    //     * @param group
+    //     * @param zone
+    //     * @return
+    //     * @throws TopiaException 
+    //     * @throws IsisFishException 
+    //     */
+    //    private double totalFishingMortality(Date date, PopulationGroup group, Zone zone) throws TopiaException, IsisFishException {
+    //        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+    //
+    //        float result = 0;
+    //        
+    ////        for(Strategy str : strategies){
+    ////            List<Metier> metierStr = getMetiers(str, date);
+    ////            for (Metier metier : metierStr) {
+    ////                // TODO peut etre ne pas le faire si classe.pop n'est pas
+    ////                /// peche par le metier
+    ////                result += fishingMortality(str, metier, date, group, zone);
+    ////            }
+    ////        }
+    //        
+    //        // Optimisation Hilaire
+    //        for(Strategy str : strategies){
+    //            List<Metier> metierStr = getMetiers(str, date);
+    //            for (Metier metier : metierStr) {
+    //              double effort=effortPerZonePop(str,metier,date,zone);
+    //                if (effort>0)
+    //                  result += fishingMortality(str, metier, date, group, zone, effort);
+    //            }
+    //        }
+    //
+    //        return result;
+    //    }
+
+    // fusion fishingMortality and matrixFishingMortality for performance reason
+    //    /**
+    //     * @param str
+    //     * @param metier
+    //     * @param date
+    //     * @param group
+    //     * @param zone
+    //     * @return
+    //     * @throws IsisFishException 
+    //     */
+    //    private double fishingMortality(Strategy str, Metier metier, Date date, PopulationGroup group, Zone zone, double effort) throws IsisFishException {
+    //        Month month = date.getMonth();
+    //        Population pop = group.getPopulation();
+    //        Gear gear = metier.getGear();
+    //
+    //        Selectivity selectivity = gear.getPopulationSelectivity(pop);
+    //        
+    //        double result = 0;
+    //        
+    //        if (selectivity != null) {
+    //            MetierSeasonInfo infoMet = metier.getMetierSeasonInfo(month);
+    //            double ciblage = infoMet.getTargetFactor(group);
+    //            
+    //            PopulationSeasonInfo infoPop = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+    //            double capturability = infoPop.getCapturability(group);
+    //            
+    //            double coeff = selectivity.getCoefficient(pop, group, metier);
+    //  
+    //            // Optimisation Hilaire
+    ////            double effort = effortPerZonePop(str, metier, date, zone);
+    //
+    //            // la methode est appeler des millions de fois, donc meme si
+    //            // on ne perd pas beaucoup de temps avec le if, on en perd deja
+    //            // trop
+    ////            if(log.isDebugEnabled()) {
+    ////                log.debug(        
+    ////                        " strategy=" + str +
+    ////                        " metier=" + metier +
+    ////                        " ciblage=" + ciblage +
+    ////                        " capturabilite=" + capturability +
+    ////                        " selectivity=" + coeff +
+    ////                        " effort=" + effort);
+    ////            }
+    //    
+    //            result = coeff * capturability * ciblage * effort;
+    //        }
+    //        
+    //        return result;
+    //    }
+
+    // Supprimee suite a demande Steph et Sigrid: 20080208 (NouvellesEquationsfev2008ParCelluleAvecAlgo.odt)
+    //    /**
+    //     * @param str
+    //     * @param metier
+    //     * @param date
+    //     * @param zone
+    //     * @return
+    //     */
+    //    private double effortPerZonePop(Strategy str, Metier metier, Date date, Zone zonePop) {
+    //        Month month = date.getMonth();
+    //        Collection<Zone> zoneMet = metier.getMetierSeasonInfo(month).getZone();
+    //        double inter = nbCellInter(zoneMet, zonePop);
+    //
+    //        double effortPerStrategyPerCell =  effortPerStrategyPerCell(str, metier, date);
+    //
+    //        if(log.isDebugEnabled()) {
+    //            log.debug(
+    //                    " strategy=" + str +
+    //                    " metier=" + metier +
+    //                    " inter=" + inter +
+    //                    " effortPerStrategyPerCell=" + effortPerStrategyPerCell
+    //            );
+    //        }
+    //
+    //        double result = effortPerStrategyPerCell * inter;
+    //        return result;
+    //    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double effortPerStrategyPerCell(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month);
+        Collection<Zone> zones = metier.getMetierSeasonInfo(month).getZone();
+        double nbCell = getCells(zones).size();
+
+        if (nbCell == 0) {
+            // normalement il devrait y avoir des mailles, mais pour les
+            // ancienne zone AuPort, il n'y en avait pas
+            if (log.isWarnEnabled())
+                log.warn("Calcul d'une distance pour le metier " + metier
+                        + " pour le mois " + month
+                        + " avec une zone sans maille: " + zones);
+            return 0;
+        }
+
+        double effortPerStrategy = effortPerStrategyMet(str, metier, date);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" strategy=" + str + " metier=" + metier + " nbCell="
+                    + nbCell + " effortPerStrategy=" + effortPerStrategy);
+        }
+
+        double result = effortPerStrategy / nbCell;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double effortPerStrategyMet(Strategy str, Metier metier, Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month);
+
+        double propSetOfVessels = str.getProportionSetOfVessels();
+        int nbOfVessels = str.getSetOfVessels().getNumberOfVessels();
+        double propStrMet = smi.getProportionMetier(metier);
+        double effortPerVessel = effortPerStrategyPerVessel(str, metier, date);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" strategy=" + str + " metier=" + metier
+                    + " propSetOfVessels=" + propSetOfVessels + " nbOfVessels="
+                    + nbOfVessels + " propStrMet=" + propStrMet
+                    + " effortPerVessel=" + effortPerVessel);
+        }
+
+        double result = propSetOfVessels * nbOfVessels * propStrMet
+                * effortPerVessel;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    private double effortPerStrategyPerVessel(Strategy str, Metier metier,
+            Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month);
+        double nbTrips = smi.getNumberOfTrips();
+        double fishingTime = fishingTimePerTrip(str, metier, date);
+        double stdEffortPerHour = stdEffortPerHour(date, str.getSetOfVessels(),
+                metier);
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" strategy=" + str + " metier=" + metier + " nbTrips="
+                    + nbTrips + " fishingTime=" + fishingTime
+                    + " stdEffortPerHour=" + stdEffortPerHour);
+        }
+
+        double result = nbTrips * fishingTime * stdEffortPerHour;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Used in GravityModel too
+     * 
+     * @param str
+     * @param metier
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    protected double fishingTimePerTrip(Strategy str, Metier metier, Date date) {
+        Month month = date.getMonth();
+        StrategyMonthInfo smi = str.getStrategyMonthInfo(month);
+        Collection<Zone> zone = metier.getMetierSeasonInfo(month).getZone();
+
+        if (zone == null) {
+            if (log.isWarnEnabled())
+                log.warn("missing zone for metier =" + metier + " for month"
+                        + month);
+        }
+
+        double tripDuration = smi.getTripType().getTripDuration().getHour();
+        double travelTime = travelTimePerTrip(str.getSetOfVessels(), zone);
+
+        double result = tripDuration - travelTime;
+
+        if (result < 0) {
+            if (log.isWarnEnabled())
+                log.warn(" strategy=" + str + " metier=" + metier
+                        + " tripDuration=" + tripDuration + " travelTime="
+                        + travelTime);
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * 
+     * @param setOfVessels
+     * @param zone
+     * @return
+     */
+    protected double travelTimePerTrip(SetOfVessels sov,
+            Collection<Zone> zoneMetier) {
+        Cell maille = sov.getPort().getCell();
+        double result = 2 * distance(zoneMetier, maille)
+                / sov.getVesselType().getSpeed();
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param zoneMetier
+     * @param maille
+     * @return
+     */
+    private double distance(Collection<Zone> zones, Cell cell) {
+        double result = 0;
+        List<Cell> cells = getCells(zones);
+
+        if (cells.size() == 0) {
+            // normalement il devrait y avoir des mailles, mais pour les
+            // ancienne zone AuPort, il n'y en avait pas
+            if (log.isWarnEnabled()) {
+                log.warn("Calcul d'une distance avec une zone sans maille");
+            }
+            return 0;
+        }
+
+        for (Cell c : cells) {
+            result += distance(c, cell);
+        }
+
+        if (log.isDebugEnabled()) {
+            log.debug(" result=" + result + " nbMaille=" + cells.size());
+        }
+
+        result = result / (double) cells.size();
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param c
+     * @param cell
+     * @return
+     */
+    private double distance(Cell m1, Cell m2) {
+        double earthRadius = 6378.388;
+        double p = 180 / Math.PI;
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug("p: " + p);
+
+        double m1lat = m1.getLatitude();
+        double m2lat = m2.getLatitude();
+        double m1lon = m1.getLongitude();
+        double m2lon = m2.getLongitude();
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug(" m1lat=" + m1lat + " m2lat=" + m2lat + " m1lon=" + m1lon
+                    + " m2lonx=" + m2lon);
+
+        double m1lat_div_p = m1lat / p;
+        double m2lat_div_p = m2lat / p;
+        double m1lon_div_p = m1lon / p;
+        double m2lon_div_p = m2lon / p;
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug(" m1lat_div_p=" + m1lat_div_p + " m2lat_div_p="
+                    + m2lat_div_p + " m1lon_div_p=" + m1lon_div_p
+                    + " m2lon_div_p=" + m2lon_div_p);
+
+        double sin_m1lat_div_p = Math.sin(m1lat_div_p);
+        double sin_m2lat_div_p = Math.sin(m2lat_div_p);
+        double cos_m1lat_div_p = Math.cos(m1lat_div_p);
+        double cos_m2lat_div_p = Math.cos(m2lat_div_p);
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug(" sin_m1lat_div_p=" + sin_m1lat_div_p
+                    + " sin_m2lat_div_p=" + sin_m2lat_div_p
+                    + " cos_m1lat_div_p=" + cos_m1lat_div_p
+                    + " cos_m2lat_div_p=" + cos_m2lat_div_p);
+
+        double cos_m1lon_div_p_minus_m2lon_div_p = Math.cos(m1lon_div_p
+                - m2lon_div_p);
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug(" cos_m1lon_div_p_minus_m2lon_div_p="
+                    + cos_m1lon_div_p_minus_m2lon_div_p);
+
+        double acos = Math.acos(sin_m1lat_div_p * sin_m2lat_div_p
+                + cos_m1lat_div_p * cos_m2lat_div_p
+                * cos_m1lon_div_p_minus_m2lon_div_p);
+
+        if (log.isDebugEnabled())
+            log.debug(" acos=" + acos);
+
+        double result = earthRadius * acos;
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param setOfVessels
+     * @param metier
+     * @return
+     */
+    private double stdEffortPerHour(Date date, SetOfVessels sov, Metier metier) {
+        double result = 0;
+        EffortDescription ed = sov.getPossibleMetiers(metier);
+        if (ed != null) {
+            double fstd = metier.getGear().getStandardisationFactor();
+            double etp = sov.getTechnicalEfficiency(date, metier);
+            double val = fstd * etp * ed.getFishingOperation()
+                    * ed.getGearsNumberPerOperation();
+            result = val;
+        }
+        result = result / 24; // 24 heures
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * used here and in Rule (CantonnementPreSimu)
+     * 
+     * @param zones
+     * @return
+     */
+    public List<Cell> getCells(Collection<Zone> zones) {
+        List<Cell> result = new ArrayList<Cell>();
+        for (Zone zone : zones) {
+            result.addAll(zone.getCell());
+        }
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * used here and in Rule (CantonnementPreSimu)
+     * 
+     * @param zoneMet
+     * @param zonePop
+     * @return
+     */
+    public int nbCellInter(Collection<Zone> zoneMet, Zone zonePop) {
+        List<Cell> cells = getCells(zoneMet);
+        List<Cell> tmp = new ArrayList<Cell>(cells);
+        tmp.retainAll(zonePop.getCell());
+        return tmp.size();
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    //
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    /**
+     * @param N
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private MatrixND matrixAbundancePerCell(MatrixND N, Population pop,
+            Date date, MatrixND matrixFishingMortality) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+        List<Cell> allCells = getCells(zones);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_ABUNDANCE + "_PER_CELL",
+                new List[] { groups, zones, allCells },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones"), n_("Cells") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                List<Cell> cells = zone.getCell();
+                for (int c = 0; c < cells.size(); c++) {
+                    Cell cell = cells.get(c);
+                    double value = survivalRatePerCell(date, group, zone, cell,
+                            matrixFishingMortality);
+                    double n = N.getValue(g, z) / zone.sizeCell();
+                    value *= n;
+                    result.setValue(g, z, c, value);
+                }
+            }
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Utilise pour le calcule en Cell
+     * 
+     * @param N
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public MatrixND matrixAbundance(MatrixND N, Population pop, Date date)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+
+        MatrixND matrixFishingMortalityPerCell = matrixFishingMortalityPerCell(
+                date, pop);
+
+        MatrixND result = matrixAbundancePerCell(N, pop, date,
+                matrixFishingMortalityPerCell);
+        result = result.sumOverDim(2);
+        result = result.reduceDims(2);
+        result.setName(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE);
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Utilise pour le calcule en Zone
+     * 
+     * @param N
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public MatrixND matrixAbundance(MatrixND N, Population pop, Date date,
+            MatrixND matrixFishingMortality) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_ABUNDANCE, new List[] { groups, zones },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                double value = survivalRatePerZone(date, group, zone,
+                        matrixFishingMortality);
+                double n = N.getValue(g, z);
+                value *= n;
+                result.setValue(g, z, value);
+            }
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * Utilise pour la mortalite des poissons, lorsqu'aucune strategie n'est
+     * selectionnee.
+     * 
+     * @param N
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public MatrixND matrixAbundanceSsF(MatrixND N, Population pop, Date date)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+        List<Zone> zones = pop.getPopulationZone();
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_ABUNDANCE, new List[] { groups, zones },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                double M = group.getNaturalDeathRate(zone)
+                        / (double) Month.NUMBER_OF_MONTH;
+                double value = (double) Math.exp(-M);
+                ;
+                double n = N.getValue(g, z);
+                value *= n;
+                result.setValue(g, z, value);
+            }
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param date
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double survivalRatePerZone(Date date, PopulationGroup group,
+            Zone zone, MatrixND matrixFishingMortality) throws TopiaException,
+            IsisFishException {
+        double F = totalFishingMortality(date, matrixFishingMortality)
+                .getValue(group, zone); //totalFishingMortality(date, group, zone);  // rem perf: totalFishingMortality a deja ete calcul�
+        double M = group.getNaturalDeathRate(zone)
+                / (double) Month.NUMBER_OF_MONTH;
+        double result = Math.exp(-(F + M));
+
+        return result;
+    }
+
+    /**
+     * @param date
+     * @param group
+     * @param zone
+     * @return
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private double survivalRatePerCell(Date date, PopulationGroup group,
+            Zone zone, Cell cell, MatrixND matrixFishingMortalityPerCell)
+            throws TopiaException, IsisFishException {
+
+        double F = totalFishingMortalityPerCell(date,
+                matrixFishingMortalityPerCell).getValue(group, zone, cell); //totalFishingMortality(date, group, zone);  // rem perf: totalFishingMortality a deja ete calcul�
+        double M = group.getNaturalDeathRate(zone)
+                / (double) Month.NUMBER_OF_MONTH;
+        double result = (double) Math.exp(-(F + M));
+
+        return result;
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    //
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    /**
+     * @param n
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    public MatrixND matrixBiomass(MatrixND N, Population pop, Date date) {
+        List<PopulationGroup> groups = N.getSemantics(0);
+        List<Zone> zones = N.getSemantics(1);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_BIOMASS, new List[] { groups, zones },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            double meanWeight = group.getMeanWeight();
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                double n = N.getValue(group, zone);
+                double value = n * meanWeight;
+                result.setValue(group, zone, value);
+            }
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixBiomassBeginMonth(MatrixND N, Population pop,
+            Date date) {
+        List<PopulationGroup> groups = N.getSemantics(0);
+        List<Zone> zones = N.getSemantics(1);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_BIOMASS, new List[] { groups, zones },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            double meanWeight = group.getMeanWeight();
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                double n = N.getValue(group, zone);
+                double value = n * meanWeight;
+                result.setValue(group, zone, value);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    public MatrixND matrixAbondanceBeginMonth(MatrixND N, Population pop,
+            Date date) {
+        List<PopulationGroup> groups = N.getSemantics(0);
+        List<Zone> zones = N.getSemantics(1);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_ABUNDANCE, new List[] { groups, zones },
+                new String[] { n_("Groups"), n_("Zones") });
+
+        for (int g = 0; g < groups.size(); g++) {
+            PopulationGroup group = groups.get(g);
+            for (int z = 0; z < zones.size(); z++) {
+                Zone zone = zones.get(z);
+                double value = N.getValue(group, zone);
+                result.setValue(group, zone, value);
+            }
+        }
+        return result;
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    //
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    /**
+     * @param date
+     * @return
+     * @throws TopiaException
+     */
+    public MatrixND matrixEffortPerStrategyMet(Date date) throws TopiaException {
+        List<Strategy> strategies = getStrategies(date);
+        List<Metier> metiers = getMetiers(date);
+
+        MatrixND result = MatrixFactory.getInstance().create(
+                ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET,
+                new List[] { strategies, metiers },
+                new String[] { n_("Strategies"), n_("Metiers") });
+
+        for (int s = 0; s < strategies.size(); s++) {
+            Strategy str = strategies.get(s);
+            metiers = getMetiers(str, date);
+            for (int m = 0; m < metiers.size(); m++) {
+                Metier metier = metiers.get(m);
+                double value = effortPerStrategyMet(str, metier, date);
+                result.setValue(str, metier, value);
+            }
+        }
+
+        //        for(Strategy str : strategies){
+        //            List<Metier> metierStr = getMetiers(str, date);
+        //            for(Metier metier : metierStr) {
+        //                double val = effortPerStrategyMet(str, metier, date); // rem perf: effortPerStrategyMet a deja ete calcule
+        //                result.setValue(str, metier, val);
+        //            }
+        //        }
+
+        return result;
+    }
+
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+    //
+    //
+    //
+    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+    //    /**
+    //     * @param pop
+    //     * @param date
+    //     * @return
+    //     */
+    //    public MatrixND matrixCatchWeightPerStrategyMet(Population pop,
+    //            Date date, MatrixND matrixCatchPerStrategyMet) {
+    //      List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+    //
+    //      MatrixND result = matrixCatchPerStrategyMet.copy();
+    //      result.setName(ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET);
+    //
+    //      for(PopulationGroup group : groups){
+    //          MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+    //          double meanWeight = group.getMeanWeight();
+    //          sub.mults(meanWeight);
+    //      }
+    //
+    //      return result;
+    //    }
+
+    /**
+     * 
+     * 
+     * @param pop
+     * @param date
+     * @return
+     */
+    public MatrixND matrixDiscardWeightPerStrategyMetPerZonePop(Population pop,
+            Date date, MatrixND matrixDiscardPerStrategyMetPerZonePop) {
+        List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup();
+
+        MatrixND result = matrixDiscardPerStrategyMetPerZonePop.copy();
+        result.setName(ResultName.MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET);
+
+        for (PopulationGroup group : groups) {
+            MatrixND sub = result.getSubMatrix(2, group, 1);
+            double meanWeight = group.getMeanWeight();
+            sub.mults(meanWeight);
+        }
+
+        return result;
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.class
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.class
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.java
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--- lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.java	                        (rev 0)
+++ lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation/simulators/DefaultSimulator.java	2009-05-03 08:55:49 UTC (rev 1465)
@@ -0,0 +1,642 @@
+/* *##%
+ * Copyright (C) 2006
+ *     Ifremer, Code Lutin, C?dric Pineau, Benjamin Poussin
+ *
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+ * GNU General Public License for more details.
+ *
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with this program; if not, write to the Free Software
+ * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
+ *##%*/
+
+/* *
+ * DefaultSimulator.java
+ *
+ * Created: 21 ao?t 2006 10:57:46
+ *
+ * @author poussin
+ * @version $Revision: 1.19 $
+ *
+ * Last update: $Date: 2007-11-06 18:16:14 $
+ * by : $Author: bpoussin $
+ */
+
+package simulators;
+
+import static org.codelutin.i18n.I18n._;
+import static org.codelutin.i18n.I18n.n_;
+
+import java.util.List;
+
+import org.apache.commons.logging.Log;
+import org.apache.commons.logging.LogFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixFactory;
+import org.codelutin.math.matrix.MatrixND;
+import org.codelutin.topia.TopiaContext;
+import org.codelutin.topia.TopiaException;
+
+import scripts.GravityModel;
+import scripts.ResultName;
+import scripts.SiMatrix;
+import fr.ifremer.isisfish.IsisFishException;
+import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.Population;
+import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfo;
+import fr.ifremer.isisfish.rule.Rule;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.MetierMonitor;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.PopulationMonitor;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.ResultManager;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.RuleMonitor;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationControl;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationParameter;
+import fr.ifremer.isisfish.simulator.Simulator;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Date;
+import fr.ifremer.isisfish.types.Month;
+
+/**
+ * @author poussin
+ * 
+ */
+
+public class DefaultSimulator implements Simulator {
+
+    /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */
+    static private Log log = LogFactory.getLog(DefaultSimulator.class);
+
+    /**
+     * Called by isis don't modify signature
+     */
+    public void simulate(SimulationContext context) throws Exception {
+
+        SimulationParameter param = context.getSimulationStorage()
+                .getParameter();
+        SimulationControl control = context.getSimulationControl();
+        int lastYear = param.getNumberOfYear();
+        int lastDate = lastYear * Month.NUMBER_OF_MONTH;
+        Date date = control.getDate();
+
+        ResultManager resManager = context.getResultManager();
+        TopiaContext db = context.getDB();
+
+        SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context);
+        GravityModel gravityModel = new GravityModel(context, siMatrix);
+
+        PopulationMonitor populationMonitor = context.getPopulationMonitor();
+        MetierMonitor metierMonitor = context.getMetierMonitor();
+        RuleMonitor ruleMonitor = context.getRuleMonitor();
+
+        List<Population> allpops = siMatrix.getPopulations(date);
+        populationMonitor.init(allpops);
+
+        for (Population pop : allpops) {
+            MatrixND N = param.getNumberOf(pop);
+            N.setName(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE);
+            populationMonitor.setN(pop, N);
+        }
+
+        //
+        // Rule initialisation
+        //
+        List<Rule> rules = param.getRules();
+        control.setText("Rules initialisation:" + rules);
+        for (Rule rule : rules) {
+            rule.init(context);
+            log
+                    .info("Rule " + rule.getClass().getSimpleName()
+                            + " initialized");
+        }
+
+        //
+        // Commit all change done un init rules methods.
+        //
+        context.getDB().commitTransaction();
+
+        //
+        // Simulation loop 
+        //
+        while (date.getDate() < lastDate) {
+            //
+            // if user stop simulation before last year
+            //
+            if (control.isStopSimulationRequest()) {
+                break;
+            }
+
+            control.setDate(date);
+            control.setProgress(date.getDate());
+            control.setText(_("begin step " + date));
+
+            // raz des metiers interdits et des licences
+            metierMonitor.clear();
+
+            if (date.getMonth().equals(Month.JANUARY)) {
+                populationMonitor.clearCatch();
+            }
+
+            // only if there are one or more strategy
+            if (siMatrix.getStrategies(date).size() > 0) {
+                if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY)) {
+                    MatrixND mat = metierMonitor.getOrCreateNoActivity(date,
+                            ResultName.MATRIX_NO_ACTIVITY, siMatrix
+                                    .getStrategies(date), siMatrix
+                                    .getMetiers(date));
+                    resManager.addResult(date, mat);
+                }
+            }
+
+            //
+            // Rule condition evaluation
+            //
+            control.setText("Evalute Rules conditions (" + rules.size()
+                    + " rules)");
+            for (Rule rule : rules) {
+                for (Metier metier : siMatrix.getMetiers(date)) {
+                    boolean active = false;
+                    try {
+                        active = rule.condition(context, date, metier);
+                    } catch (Exception eee) {
+                        if (log.isWarnEnabled()) {
+                            log.warn("Can't evaluate rule condition for: "
+                                    + rule, eee);
+                        }
+                    }
+                    ruleMonitor.setEvaluationCondition(date, rule, metier,
+                            active);
+                    if (active) {
+                        log.info("Activate rule: "
+                                + rule.getClass().getSimpleName());
+                        resManager.addActiveRule(date, rule);
+                    }
+                }
+            }
+
+            //
+            // Rule pre action
+            //
+            control.setText("Do pre action Rules");
+            for (Rule rule : rules) {
+                for (Metier metier : siMatrix.getMetiers(date)) {
+                    boolean condition = ruleMonitor.getEvalutionCondition(date,
+                            rule, metier);
+                    if (condition) {
+                        rule.preAction(context, date, metier);
+                    }
+                }
+            }
+
+            //
+            // Keep modification's information done in rule
+            //
+            if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_METIER_ZONE)) {
+                MatrixND metierZone = siMatrix.getMetierZone(date);
+                resManager.addResult(date, metierZone);
+            }
+
+            //
+            // Simulate one step for all pop
+            // 
+            control.setText("Simulate one month");
+            for (Population pop : siMatrix.getPopulations(date)) {
+                computeMonth(context, siMatrix, date, pop);
+            }
+
+            //
+            // Add some result not population dependante
+            //
+
+            // only if there are one or more strategy
+            if (siMatrix.getStrategies(date).size() > 0) {
+
+                control.setText("Add some results");
+                if (resManager
+                        .isEnabled(ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_STRATEGY_MET)) {
+                    MatrixND effortPerStrategyMet = siMatrix
+                            .matrixEffortPerStrategyMet(date);
+                    resManager.addResult(date, effortPerStrategyMet);
+                }
+
+                if (resManager
+                        .isEnabled(ResultName.MATRIX_STD_TRAVEL_EFFORT_PER_STRATEGY_MET)) {
+                    MatrixND stdTravelEffortPerStrategyMet = siMatrix
+                            .matrixEffortPerStrategyMet(date);
+                    resManager.addResult(date, stdTravelEffortPerStrategyMet);
+                }
+
+                if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_EFFORT_PER_ZONE_POP)) {
+                    MatrixND effortPerZonePop = siMatrix
+                            .matrixEffortPerStrategyMet(date);
+                    resManager.addResult(date, effortPerZonePop);
+                }
+
+                //
+                // Add economics results
+                //                        
+                if (!"false".equalsIgnoreCase(param.getTagValue().get(
+                        "ecoResult"))) {
+                    control.setText("Add economics results");
+                    saveGravityModel(date, resManager, gravityModel);
+                }
+            }
+
+            //
+            // Add economics results
+            //                        
+            if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_PRICE)) {
+                for (Population pop : siMatrix.getPopulations(date)) {
+                    MatrixND matPrice = siMatrix.matrixPrice(date, pop);
+                    resManager.addResult(date, pop, matPrice);
+                }
+            }
+
+            //
+            // Rule post action
+            //
+            control.setText("Do post action Rules");
+            for (Rule rule : rules) {
+                for (Metier metier : siMatrix.getMetiers(date)) {
+                    if (ruleMonitor.getEvalutionCondition(date, rule, metier)) {
+                        rule.postAction(context, date, metier);
+                    }
+                }
+            }
+
+            // discard and landing must be done after post action rules
+            // only if there are one or more strategy
+            if (siMatrix.getStrategies(date).size() > 0) {
+
+                control.setText("Compute discard and landing");
+                for (Population pop : siMatrix.getPopulations(date)) {
+                    //
+                    // discard computation
+                    //
+                    MatrixND discard = populationMonitor.getDiscard(date, pop);
+                    if (discard != null || date.getDate() == 0) { // force discard for the first month to have discard in result
+                        if (discard == null) {
+                            discard = MatrixFactory.getInstance().create(
+                                    ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET,
+                                    new List[] { siMatrix.getStrategies(date),
+                                            siMatrix.getMetiers(date),
+                                            pop.getPopulationGroup(),
+                                            pop.getPopulationZone() },
+                                    new String[] { n_("Strategies"),
+                                            n_("Metiers"), n_("Groups"),
+                                            n_("Zones") });
+                        }
+                        resManager.addResult(date, pop, discard);
+
+                        if (resManager
+                                .isEnabled(ResultName.MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET)) {
+                            MatrixND discardWeightPerStrategyMet = siMatrix
+                                    .matrixDiscardWeightPerStrategyMetPerZonePop(
+                                            pop, date, discard);
+                            resManager.addResult(date, pop,
+                                    discardWeightPerStrategyMet);
+                        }
+
+                    }
+
+                    //
+                    // add landing result
+                    //
+                    if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_LANDING_PER_MET)) {
+                        MatrixND landing = MatrixFactory.getInstance().create(
+                                populationMonitor.getCatch(pop));
+                        if (discard != null) {
+                            landing = landing.minus(discard);
+                        }
+                        landing.setName(ResultName.MATRIX_LANDING_PER_MET);
+                        resManager.addResult(date, pop, landing);
+                    }
+                }
+            }
+
+            //
+            // revert modification for next step
+            //
+            control.setText("Rollback rules changes");
+            db.rollbackTransaction();
+
+            //
+            // commit result
+            //
+            control.setText("Commit results");
+            TopiaContext tx = context.getDbResult();
+            tx.commitTransaction();
+
+            //
+            // Go next step
+            //
+            date = date.next();
+        }
+    }
+
+    protected boolean isEffortByCell(SimulationContext context) {
+        boolean result = "true".equalsIgnoreCase(context.getSimulationStorage()
+                .getParameter().getTagValue().get("effortByCell"));
+        return result;
+    }
+
+    protected void computeMonth(SimulationContext context, SiMatrix siMatrix,
+            Date date, Population pop) throws IsisFishException, TopiaException {
+        // to add result
+        ResultStorage resManager = context.getSimulationStorage()
+                .getResultStorage();
+
+        PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor();
+        MatrixND N = popMon.getN(pop);
+
+        if (log.isInfoEnabled()) {
+            log.info("====================== begin " + date + " - " + pop
+                    + " =========================== "
+                    + System.currentTimeMillis());
+            log.info("N: " + N);
+        }
+
+        // add N and biomass result now, before computation
+        // N is reassigned during computation        
+        resManager.addResult(date, pop, N);
+
+        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_BIOMASS)) {
+            MatrixND biomass = siMatrix.matrixBiomass(N, pop, date);
+            resManager.addResult(date, pop, biomass);
+        }
+
+        Month month = date.getMonth();
+        PopulationSeasonInfo info = pop.getPopulationSeasonInfo(month);
+
+        // group change
+        MatrixND CA = null;
+        if (date.getDate() == 0) {
+            CA = MatrixFactory.getInstance().matrixId(
+                    pop.sizePopulationGroup() * pop.sizePopulationZone());
+        } else {
+            CA = info.getGroupChangeMatrix(month);
+        }
+
+        log.debug("CA: " + CA);
+
+        //migration
+        MatrixND M = info.getMigrationMatrix(month, N);
+        log.debug("M: " + M);
+        //emigration
+        MatrixND EM = info.getEmigrationMatrix(month, N);
+        log.debug("EM: " + EM);
+        //immigration
+        MatrixND IM = info.getImmigrationMatrix(month, N).transpose();
+        log.debug("IM: " + IM);
+
+        // pour les premiers calculs on met N en une matrice 1D
+        MatrixND N1D = pop.N2DToN1D(N);
+        log.debug("N1D: " + N1D);
+
+        MatrixND tmp0 = N1D.mult(CA);
+        MatrixND tmp1 = M.minus(EM);
+        MatrixND tmp2 = tmp0.mult(tmp1);
+        MatrixND tmp3 = tmp2.add(IM);
+
+        log.debug("N1D after mig: " + tmp3);
+
+        // On reconvertie en une matrice Semantique
+        N = pop.split2D(tmp3);
+
+        log.debug("N after mig: " + N);
+
+        //Recrutement
+        MatrixND R = info.getReproductionMatrix(month, N);
+        log.debug("R: " + R);
+
+        // ajout de la matrice R dans le suivi de la pop comme etant
+        // la reproduction pour le mois courant.
+        popMon.setReproduction(date, pop, R);
+
+        // recrutement
+        MatrixND recruitment = popMon.getRecruitment(date, pop);
+        log.debug("recruitment: " + recruitment);
+
+        // mortalite de la reproduction
+        popMon.applyReproductionMortality(pop);
+
+        N = N.add(recruitment);
+        log.debug("N after recru: " + N);
+
+        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_ABUNDANCE)) {
+            MatrixND abondanceBM = siMatrix.matrixAbondanceBeginMonth(N, pop,
+                    date);
+            resManager.addResult(date, pop, abondanceBM);
+        }
+
+        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_BIOMASS)) {
+            MatrixND biomassBM = siMatrix.matrixBiomassBeginMonth(N, pop, date);
+            resManager.addResult(date, pop, biomassBM);
+        }
+
+        MatrixND abundance = N;
+        // compute fishing matrix only if there are one or more strategy
+        if (siMatrix.getStrategies(date).size() > 0) {
+            // compute some Matrix and add result
+
+            // this matrix is necessary for PopulationMonitor.holdCatch (reused in rule)
+            MatrixND catchPerStrategyMetPerZonePop;
+
+            if (isEffortByCell(context)) {
+                abundance = siMatrix.matrixAbundance(N, pop, date);
+                catchPerStrategyMetPerZonePop = siMatrix
+                        .matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop(N, pop, date);
+            } else { // en zone
+                MatrixND matrixFishingMortality = siMatrix
+                        .matrixFishingMortality(date, pop);
+                resManager.addResult(date, pop, matrixFishingMortality);
+
+                abundance = siMatrix.matrixAbundance(N, pop, date,
+                        matrixFishingMortality);
+
+                // this matrix is necessary for matrixCatchPerStrategyMet
+                MatrixND catchRatePerStrategyMet = siMatrix
+                        .matrixCatchRatePerStrategyMetPerZone(pop, date,
+                                matrixFishingMortality);
+                resManager.addResult(date, pop, catchRatePerStrategyMet);
+
+                catchPerStrategyMetPerZonePop = siMatrix
+                        .matrixCatchPerStrategyMetPerZone(N, pop, date,
+                                catchRatePerStrategyMet);
+
+            }
+
+            popMon.holdCatch(pop, catchPerStrategyMetPerZonePop);
+            resManager.addResult(date, pop, catchPerStrategyMetPerZonePop);
+
+            if (resManager
+                    .isEnabled(ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET)) {
+                MatrixND catchWeightPerStrategyMet = siMatrix
+                        .matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZonePop(date, pop,
+                                catchPerStrategyMetPerZonePop);
+                resManager.addResult(date, pop, catchWeightPerStrategyMet);
+            }
+
+            if (isEffortByCell(context)) {
+                MatrixND catchPerStrategyMetPerZoneMet = siMatrix
+                        .matrixCatchPerStrategyMetPerZoneMet(N, pop, date);
+                resManager.addResult(date, pop, catchPerStrategyMetPerZoneMet);
+
+                if (resManager
+                        .isEnabled(ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET)) {
+                    MatrixND catchWeightPerStrategyMet = siMatrix
+                            .matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZoneMet(date,
+                                    pop, catchPerStrategyMetPerZoneMet);
+                    resManager.addResult(date, pop, catchWeightPerStrategyMet);
+                }
+            }
+
+        } else { // no strategies
+            // compute only if fishing mortality =0 to apply Natural Mortality
+            abundance = siMatrix.matrixAbundanceSsF(N, pop, date);
+        }
+        log.debug("abundance: " + abundance);
+
+        // Keep new N
+        popMon.setN(pop, abundance);
+
+        log.debug("====================== end " + date + " - " + pop
+                + " ===========================");
+
+    }
+
+    /**
+     * @param date
+     * @param resManager
+     * @throws IsisFishException
+     * @throws TopiaException
+     */
+    private void saveGravityModel(Date date, ResultManager resManager,
+            GravityModel gravityModel) throws IsisFishException, TopiaException {
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_FISHING_TIME_PER_MONTH_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixFishingTimePerMonthPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_FUEL_COSTS_OF_TRAVEL_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel.matrixFuelCostsOfTravelPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_COSTS_OF_FISHING_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel.matrixCostsOfFishingPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_FUEL_COSTS_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel.matrixFuelCostsOfTravelPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_REPAIR_AND_MAINTENANCE_GEAR_COSTS_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixRepairAndMaintenanceGearCostsPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_OTHER_RUNNING_COSTS_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel.matrixOtherRunningCostsPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_SHARED_NOT_FIXED_COSTS_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixSharedNotFixedCostsPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        //        if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_SHARED_FIXED_COSTS_PER_VESSEL_PER_MET)) {
+        //            MatrixND mat = gravityModel.matrixSharedFixedCostsPerVesselPerMet(date); 
+        //            resManager.addResult(date, mat);
+        //        }      
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_SPECIES_PER_STRATEGY_MET)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMet(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixNetValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_NET_RENEVUE_TO_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixNetRenevueToSharePerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_CREW_SHARE_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixCrewSharePerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_MET_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyMetPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_OWNER_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixOwnerMarginOverVariableCostsPerStrategy(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY_PER_VESSEL)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategyPerVessel(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+        if (resManager
+                .isEnabled(ResultName.MATRIX_VESSEL_MARGIN_OVER_VARIABLE_COSTS_PER_STRATEGY)) {
+            MatrixND mat = gravityModel
+                    .matrixVesselMarginOverVariableCostsPerStrategy(date);
+            resManager.addResult(date, mat);
+        }
+    }
+
+}

Added: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation2.tbz2
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: lutinutil/trunk/src/test/resources/compress/simulation2.tbz2
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

    

chatellier＠users.labs.libre-entreprise.org