This is an automated email from the git hooks/post-receive script. New change to branch master in repository wao. See http://git.codelutin.com/wao.git from 3376104 Merge branch 'release/4.2.2' adds dfd0132 Ajout du référentiel d'espèces cibles dans le modèle (refs #5973)) adds 69befc9 Introduction de la notion de laboratoire et d'organisation dans le modèle, on lie l'utilisateur à l'organisation et la ligne du plan à l'organisation (refs #2262) adds be716c0 Déclaration du programme Sclérochronologie adds 8cb8b78 [jgitflow-maven-plugin]updating poms for 4.2.3-SNAPSHOT development adds 7996659 [jgitflow-maven-plugin]updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts adds 42f1885 Merge branch 'master' into develop adds f005d30 [jgitflow-maven-plugin]Updating develop poms back to pre merge state adds aae647d Merge branch 'develop' of https://git.codelutin.com/wao into develop adds 2379fdd POM en 4.3-SNAPSHOT adds 368edb5 On permet de mettre l'utilisateur dans un laboratoire et non plus seulement dans une société adds 8a9d440 Liste des laboratoires, création, modification et suppression d'un laboratoire adds f7a23fa Ajout de la notion de laboratoire Ifremer (fixes #2262) adds 759d2d0 Pour les tests, ajout d'un fichier d'exemple adds 4fc2981 Ajout d'un service d'import des espèces adds 0715813 Ajout de l'interface utilisateur d'import du référentiel des espèces adds 296e68e Ajout d'un référentiel d'espèces cibles (refs #5973) adds 368202f Tri bundle adds 159153c Correction d'un bogue suscité par l'utilisation de instanceof sur des entités Hibernate adds 1d50585 Correction d'une NPE si un plan comporte un mois sans effort (fixes #6249) adds b05a2c3 Pour le calcul des jours de mers, on se base sur tous les contacts de la ligne et pas seulement ceux sur la période sinon il manque les marées commencées avant le premier mois (fixes #6246) adds 4661866 On permet l'import des espèces depuis tous les programmes (scléro n'est pas dispo) (refs #5973) adds 16e03e3 Correction de divers problèmes suite à l'introduction des laboratoires (refs #2262, fixes #6272) adds f97f22e Ajout d'une valeur i18n manquante adds 1b9676d Mise à jour des dépendances adds 27f2c02 POM en 5.0-SNAPSHOT, conformément à la feuille de route adds 0206540 Utilisation du code permanent comme clé du référentiel des espèces (et non le aphiaId) (fixes #5973) adds 6b7a0f0 Fusion du référentiel des espèces cibles dans develop (fixes #5973) adds ff4a960 Simplification bête adds 12328c6 La version 4.3 n'aura pas lieu, on renomme la migration adds 6bf8157 Ouverture de l'accès au programme Scléro pour le compte 'admin', correction du formulaire d'administration des utilisateurs pour ne pas pouvoir utiliser la notion d'invité et de professionnel adds fd59834 Modification du modèle de la ligne du plan, introduction du service et de la vue pour le plan scléro, migration adds 2c6e908 Dans l'écran de gestion des référentiels, on n'affiche que ce qui est pertinent pour scléro adds 675f001 Suppression d'un fichier obsdeb adds f4a83c2 Import du plan d'échantillonnage scléro adds fde3c64 On gère les filtres dans le plan scléro adds 321824f Ajout des champs scléro dans le formulaire de modification d'une ligne du plan adds 626b064 Les filtres du plan sont désormais effectifs adds 5bcc4c2 Dans le plan scléro, on ajoute une colonne pour l'espèce adds 50588e1 On adapte la génération de la liste des modifications pour considérer les changements sur une ligne scléro adds a182c8a Impact des données de test suite à changement de modèle CSV adds 1a11c49 Correction du message généré quand on compare les organisations (qui ne sont plus forcément des sociétés) adds 44b8232 Pour les coordinateurs et les observateurs, on affiche que les lignes du plan d'échantillonnage de l'organisation adds e2e361a Dans la scléro, on utilise pas la notion de Profession adds ddc9f4e Ajout du plan d'échantillonnage pour le programme sclérochronologie (fixes #2263) adds bf80c88 fusion de deux migrations dans un même fichier suite à une fusion de branche de fonctionnalité adds d2305ae Correction d'une clause catch pour un import CSV adds 0e7cf12 Correction d'un WARN struts en ajoutant un champs manquant dans l'action adds f01d75b On renomme un modèle CSV (plus de ObsDeb) adds 36c1b90 Dans la liste déroulante, afficher la société avant le labo pour grouper adds 85b06c7 Changer les intitulés pour « Laboratoire Ifremer », changer « Organisation » pour « Société / Laboratoire » adds 7c33594 Dans la liste des utilisateurs, ajouter une colonne pour le labo ; dans la liste déroulante, afficher la société avant le labo pour grouper adds 141f8e2 On garde un libellé « Société » pour obsmer et obsvente de le formulaire de modification d'une ligne du plan adds dfad235 Corrections pour éviter la notion d'organisation (fixes #6295) adds 1f3474a Correction du calcul du réal en jours de mer dans ObsMer adds 6dac550 On gère l'absence de AphiaId (fixes #5973) adds 5c5786f Correction clé bundle i18n adds 6b25c5a Correction NPE adds 6687a87 Correction appel i18n dans JSP adds 90b80fd Correction de l'import du plan scléro (refs #2263) adds b660ae2 Dans les plans, on propose toujours l'action de création d'un contact (fixes #6398) adds 8503b96 Correction des tests adds 8c8c2a5 Utilisation d'une constante disponible depuis le refactoring de Wao 4.1 adds 737b88f Dans le modèle, on ajoute les champs scléro sur l'entité Contact, dans les tests, on ajoute un import d'un contact adds 7ab5f4e Correction d'un lien pour la création d'un utilisateur adds 2a485b8 Ouverture de l'accès à l'onglet « Contacts » adds 529a0b8 On rétrograde la version de struts car on a plus les traces en cas d'erreur adds a6674c1 Activivation de la création d'un contact sous scléro adds 912ef1e Ébauche du formulaire de modification d'un contact scléro adds 068d1a2 Tableau des contacts pour scléro et forme du formulaire (pas encore de validation adéquat) adds 5d6b2f2 Passage du plan scléro en nombre d'individus (totaux manquants) adds 8de096c Ajout des totaux en individus dans le plan adds ca4479f On supprime les notions de nombre d'observations du plan scléro adds cceafbe Filtres scléro pour l'onglet Contacts adds e3d91c2 Correction filtre organisation de l'onglet contact adds 166ecae Remaniement de la validation des contacts (séparation en méthodes du service) adds 9e55adb Ajout d'une règle de validation pour le nombre d'individus échantilonnés adds e491dea css pour le tableau des contacts adds e7ed94d Ajout de la validation sur la chronologie des différentes dates des contacts scléro adds 5597bb5 C'est le coordinateur qui doit renseigner la date de réception et la date de traitement adds 790797e Gestion des contacts Scléro (fixes #2264) adds 920bef6 On ignore un test qui pose problème adds dfaa79d Correction d'une NPE potentielle adds 109f65b Correction clé bundle adds 0a84939 Synthèses pour la scléro OK mais on est toujours en mois en non en trimestres adds 38ed029 Nom de variable adds 1342d6f Passage de la synthèse scléro en trimestres adds 16a9054 Filtres pour la synthèse scléro adds 9480d83 Synthèses pour la sclérochronologie (fixes #2265) adds 15c4c06 Correction d'une NPE à l'export du plan scléro (fixes #6486) adds 29a6950 On évite un échappement (fixes #6488) adds 5bd58fb Correction du lien pour créer un utilisateur dans la liste des sociétés (fixes #6492) adds b1d3b08 On supprime les filtres sur les commentaires dans l'onglet synthèses (fixes #6493) adds 47e2e0a On affiche les boutons volants au dessus du bandeau d'avertissement (fixes #6494)) adds 1305cc5 On partage les informations entre laboratoires adds 94e7bd8 On permet la création de contacts que pour les membres du labo affecté à la ligne adds 7987520 mend adds 085fa9e Ne pas masquer la vue entre labo appartenant à la même société (fixes #6490) adds 95de1fb Correction OGNL (refs #6393) adds 153e83d Correction d'un décalage provoqué par une textarea trop large (fixes #6487) adds 660b269 On supprime les appels à findByTopiaId adds 880fd0a Correction du formulaire de création de ligne ObsVente (fixes #6500) adds 15eeaed On enlève des override inutiles adds cada707 Utilisation de topia 3.0-SNAPSHOT adds 529a73a Utilisation de ToPIA stable adds 21ef218 Début de gestion des utilisateurs associés au labo dans le formulaire de modification d'un labo adds e526ee6 Introduction d'une propriété slf4jJclScope dans le POM pour contourner https://issues.apache.org/jira/browse/MTOMCAT-257 adds d1a3a75 Les membres d'un laboratoire peuvent être modifiés depuis le formulaire de modification d'un laboratoire adds 6e20d44 On permet de modifier les membres d'un labo directement depuis le formulaire de modification du labo (fixes #6489) adds 696e106 [jgitflow-maven-plugin]updating poms for branch '5.0-RC1' with snapshot versions adds 8e70298 Utilisation de la dernière version de pom adds ce0ced0 Ajout des entêtes manquants adds d8bdca7 [jgitflow-maven-plugin]updating poms for branch'release/5.0-RC1' with non-snapshot versions adds 8c8e421 Merge branch 'release/5.0-RC1' No new revisions were added by this update. Summary of changes: pom.xml | 22 +- wao-persistence/pom.xml | 2 +- ...{WaoException.java => AbstractWaoTopiaDao.java} | 32 +- .../main/java/fr/ifremer/wao/SampleRowsFilter.java | 68 ++- .../fr/ifremer/wao/WaoTopiaPersistenceContext.java | 10 +- .../src/main/java/fr/ifremer/wao/WaoUtils.java | 62 ++- .../java/fr/ifremer/wao/entity/BoatTopiaDao.java | 2 +- .../main/java/fr/ifremer/wao/entity/Companies.java | 9 +- .../java/fr/ifremer/wao/entity/CompanyImpl.java | 10 + .../java/fr/ifremer/wao/entity/ContactImpl.java | 26 -- .../java/fr/ifremer/wao/entity/ContactState.java | 1 + .../fr/ifremer/wao/entity/ContactTopiaDao.java | 40 +- ...rol.java => IndividualMeasurementStrategy.java} | 36 +- .../entity/{GeoPoint.java => LaboratoryImpl.java} | 20 +- .../java/fr/ifremer/wao/entity/ObsProgram.java | 7 +- .../fr/ifremer/wao/entity/OrganisationImpl.java | 8 +- .../entity/{WaoUsers.java => Organisations.java} | 28 +- .../java/fr/ifremer/wao/entity/SampleRowImpl.java | 35 +- .../fr/ifremer/wao/entity/SampleRowLogImpl.java | 94 ++++- .../fr/ifremer/wao/entity/SampleRowTopiaDao.java | 35 +- .../entity/SclerochronologySamplingContext.java | 73 ++++ .../wao/entity/{Dcf5Codes.java => Specieses.java} | 15 +- .../java/fr/ifremer/wao/entity/WaoUserImpl.java | 6 + .../fr/ifremer/wao/entity/WaoUserTopiaDao.java | 2 +- .../main/java/fr/ifremer/wao/entity/WaoUsers.java | 16 + ...ies,_add_laboratories,_add_sclerochronology.sql | 81 ++++ .../i18n/wao-persistence_en_GB.properties | 8 + .../i18n/wao-persistence_fr_FR.properties | 8 + wao-persistence/src/main/xmi/wao-model.properties | 21 +- wao-persistence/src/main/xmi/wao-model.zargo | Bin 59661 -> 62318 bytes wao-services/pom.xml | 2 +- .../ifremer/wao/services/AuthenticatedWaoUser.java | 19 +- .../fr/ifremer/wao/services/ObsMerFixtures.java | 222 ---------- .../wao/services/service/BoatsFilterValues.java | 10 +- .../ifremer/wao/services/service/BoatsService.java | 69 ++- .../{ObsMerContactsList.java => ContactsList.java} | 8 +- .../wao/services/service/ContactsService.java | 469 +++++++++++++-------- ...n.java => IllegalSampleReceptionException.java} | 6 +- ...eption.java => IllegalSampleSizeException.java} | 6 +- ....java => IllegalSampleSubmissionException.java} | 6 +- ...n.java => IllegalSampleTreatmentException.java} | 6 +- .../wao/services/service/InitWaoService.java | 9 +- ...ismatchContactMainObserverCompanyException.java | 12 +- ...chContactSecondaryObserverCompanyException.java | 12 +- ...ingIndividualMeasurementStrategyException.java} | 6 +- ...n.java => MissingSampleReceptionException.java} | 6 +- ...eption.java => MissingSampleSizeException.java} | 6 +- ....java => MissingSampleSubmissionException.java} | 6 +- ...gSclerochronologySamplingContextException.java} | 6 +- ...Exception.java => MissingSpeciesException.java} | 6 +- .../service/ObsMerSamplingPlanBuilder.java | 2 +- .../service/ObsMerSamplingPlanService.java | 40 +- .../services/service/SampleRowsFilterValues.java | 106 +++-- .../ifremer/wao/services/service/SamplingPlan.java | 60 +-- .../wao/services/service/SamplingPlanService.java | 197 ++++++--- .../service/SclerochronologySamplingPlan.java | 179 ++++++++ ...va => SclerochronologySamplingPlanBuilder.java} | 200 ++++----- ...va => SclerochronologySamplingPlanService.java} | 15 +- .../fr/ifremer/wao/services/service/Synthesis.java | 5 +- .../wao/services/service/SynthesisService.java | 68 +-- .../services/service/UpdateSampleRowCommand.java | 93 +++- .../wao/services/service/WaoServiceSupport.java | 33 ++ .../service/administration/CompaniesService.java | 38 +- .../administration/LaboratoriesService.java | 112 +++++ .../service/administration/NewsService.java | 4 +- ... => OrganisationNameMustBeUniqueException.java} | 2 +- .../administration/OrganisationsService.java | 115 +++++ .../service/administration/ReferentialService.java | 122 +++--- .../administration/UpdateWaoUserCommand.java | 41 +- .../service/administration/WaoUsersList.java | 65 +++ .../service/administration/WaoUsersService.java | 65 +-- .../service/csv/ContactImportExportModel.java | 46 +- ...del.java => SamplingPlanImportExportModel.java} | 63 ++- .../services/service/csv/SpeciesImportModel.java | 55 +++ ...atter.java => OrganisationParserFormatter.java} | 48 ++- ...rFormatter.java => SpeciesParserFormatter.java} | 57 ++- .../resources/i18n/wao-services_en_GB.properties | 16 +- .../resources/i18n/wao-services_fr_FR.properties | 14 +- .../wao/services/service/BoatsServiceTest.java | 1 - .../wao/services/service/ContactsServiceTest.java | 96 ++++- .../wao/services/service/ObsMerFixtures.java | 93 ++++ .../service/ObsMerSamplingPlanServiceTest.java | 1 - .../services/service/SclerochronologyFixtures.java | 138 ++++++ .../SclerochronologySamplingPlanServiceTest.java | 198 +++++++++ .../ifremer/wao/services/service/WaoFixtures.java | 140 ++++++ .../administration/ReferentialServiceTest.java | 16 + ...java => SamplingPlanImportExportModelTest.java} | 6 +- .../import/contacts-sclerochronologie.csv | 2 + .../src/test/resources/import/echantillonnage.csv | 20 +- wao-services/src/test/resources/import/especes.csv | 5 + .../resources/import/plan-sclerochronologie.csv | 6 + .../test/resources/import/samplingPlan-obsdeb.csv | 3 - wao-web/pom.xml | 5 +- .../fr/ifremer/wao/web/WaoJspActionSupport.java | 4 + .../wao/web/action/AbstractImportCsvAction.java | 8 +- .../fr/ifremer/wao/web/action/ContactsAction.java | 4 +- .../wao/web/action/CreateContactAction.java | 6 +- .../ifremer/wao/web/action/EditContactAction.java | 60 ++- .../wao/web/action/EditSampleRowAction.java | 15 +- .../action/SampleRowsFilterValuesJsonAction.java | 34 +- .../wao/web/action/ValidateContactJsonAction.java | 96 ++--- ...panyAction.java => DeleteLaboratoryAction.java} | 25 +- .../action/administration/EditCompanyAction.java | 6 +- .../administration/EditLaboratoryAction.java | 125 ++++++ .../action/administration/EditWaoUserAction.java | 20 +- ...rtBoatsAction.java => ImportSpeciesAction.java} | 11 +- ...ompaniesAction.java => LaboratoriesAction.java} | 18 +- .../web/action/administration/WaoUsersAction.java | 25 +- .../SamplingPlanAction.java | 12 +- .../wao/entity/Contact-conversion.properties | 5 +- .../SamplingPlanAction-conversion.properties | 2 +- .../main/resources/i18n/wao-web_en_GB.properties | 36 +- .../main/resources/i18n/wao-web_fr_FR.properties | 38 +- .../WEB-INF/content/administration/companies.jsp | 4 +- .../content/administration/edit-laboratory.jsp | 77 ++++ .../content/administration/edit-wao-user.jsp | 20 +- .../{companies.jsp => laboratories.jsp} | 34 +- .../administration/referential-management.jsp | 80 ++-- .../WEB-INF/content/administration/wao-users.jsp | 26 +- .../main/webapp/WEB-INF/content/boat-details.jsp | 40 +- .../src/main/webapp/WEB-INF/content/contacts.jsp | 225 +++++++--- .../webapp/WEB-INF/content/edit-contact-input.jsp | 158 ++++--- .../WEB-INF/content/edit-sample-row-input.jsp | 127 ++++-- .../WEB-INF/content/obsmer/sampling-plan.jsp | 8 +- .../WEB-INF/content/obsvente/sampling-plan.jsp | 8 +- .../sampling-plan.jsp | 135 ++---- .../src/main/webapp/WEB-INF/content/synthesis.jsp | 309 +++++++------- .../src/main/webapp/WEB-INF/decorators/layout.jsp | 28 +- wao-web/src/main/webapp/wao.css | 4 +- 129 files changed, 4176 insertions(+), 1917 deletions(-) copy wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/{WaoException.java => AbstractWaoTopiaDao.java} (50%) copy wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/{ObservedDataControl.java => IndividualMeasurementStrategy.java} (56%) copy wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/{GeoPoint.java => LaboratoryImpl.java} (73%) copy wao-web/src/main/webapp/wao-screen.css => wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/OrganisationImpl.java (85%) copy wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/{WaoUsers.java => Organisations.java} (61%) create mode 100644 wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/SclerochronologySamplingContext.java copy wao-persistence/src/main/java/fr/ifremer/wao/entity/{Dcf5Codes.java => Specieses.java} (71%) create mode 100644 wao-persistence/src/main/resources/db/migration/V5_0__add_species,_add_laboratories,_add_sclerochronology.sql delete mode 100644 wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/ObsMerFixtures.java rename wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/{ObsMerContactsList.java => ContactsList.java} (91%) copy wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/{IllegalAcceptationException.java => IllegalSampleReceptionException.java} (82%) copy wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/{IllegalAcceptationException.java => IllegalSampleSizeException.java} (82%) copy wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/{IllegalAcceptationException.java => IllegalSampleSubmissionException.java} (81%) copy 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wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/csv/{ObsMerObsVenteSamplingPlanImportExportModel.java => SamplingPlanImportExportModel.java} (74%) create mode 100644 wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/csv/SpeciesImportModel.java copy wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/csv/operations/{CompanyParserFormatter.java => OrganisationParserFormatter.java} (50%) rename wao-services/src/main/java/fr/ifremer/wao/services/service/csv/operations/{CompanyParserFormatter.java => SpeciesParserFormatter.java} (50%) create mode 100644 wao-services/src/test/java/fr/ifremer/wao/services/service/ObsMerFixtures.java create mode 100644 wao-services/src/test/java/fr/ifremer/wao/services/service/SclerochronologyFixtures.java create mode 100644 wao-services/src/test/java/fr/ifremer/wao/services/service/SclerochronologySamplingPlanServiceTest.java create mode 100644 wao-services/src/test/java/fr/ifremer/wao/services/service/WaoFixtures.java rename 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