July 2009 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Equations en cellule : une erreur ?
by Sigrid LEHUTA July 21, 2009

July 21, 2009

Hello, Je suis en train de repasser sur les methodes de calcul pour les equations en cellule et j ai un doute : SiMatrix ligne 818 private double totalCatchRatePerCell(Date date, PopulationGroup group, Zone zone, double totalFishingMortalityPerCell) throws TopiaException { double M = group.getNaturalDeathRate(zone) / Month.NUMBER_OF_MONTH; double F = totalFishingMortalityPerCell; etc... } et ligne 783 double totalFishingMortality = totalFishingMortalityPerCell(date, matrixFishingMortalityPerCell).getValue(group, zone); OR totalFishingMortalityPerCell comme son nom l'indique est une matrice [group x zone x cell] quelque chose m a peut etre echappé mais F n'est donc pas un double ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 (interne : 8165)

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Rapport sur les tests de recopie de base
by Eric Chatellier July 17, 2009

July 17, 2009

Bonjour, Voici un (petit) rapport sur les tests que j'ai effectué après avoir recopié les bases. La release canditate (de test) devrait suivre dans la soirée. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com Test de recopie des bases de données ==================================== Copie ===== GofleDeGascogne --------------- Recopie en suivant l'ordre de l'arbre et l'ordre des onglets. Ajout de l'equation "Efficacité technique" à "return 1.0;". L'init des groupes a été effectué avec l'assistant (premier age/dernier age). BaseMotosICA ------------ Recopie en suivant l'ordre de l'arbre et l'ordre des onglets. Ajout de l'equation "Efficacité technique" à "return 1.0;". L'init des groupes a été effectué avec l'assistant et la liste de toutes les valeurs. Cependant, je n'ai pas pu determiner les bonnes valeurs a y mettre, et les groupe n'ont pas été créée avec les valeurs attendu. J'ai donc modifier les tailles min/max via l'interface "Saisie des groupes de population" La population "Anchois" a été recopiée. La population "Population_new" ne la pas été. Tests ===== BaseMotosICA ------------ Meme population de départ, sur les bases de 10000.0 pour l'effectif initial (sauf quelques valeurs differente). Toutes les stratégies ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Premier essai différents : erreur de saisie. Second essai : résultat identiques (somme sur toutes les dimensions) : - matrice abondance - biomass - fishing mortality - matrix catch weigth per strategy met per zone pop Une strategie ~~~~~~~~~~~~~ Résultats identiques Aucune stratégies ~~~~~~~~~~~~~~~~~ Les simulations sans stratégies ne fonctionnait pas dans isis 3.1.3. Pour faire la comparaison, j'ai fait tourner une simulation avec une statégie qui ne pêche rien et aucune strategie dans la 3.2. Les résultats sont identiques. GofleDeGascogne --------------- Meme population de départ, sur les bases de 10000.0 pour l'effectif initial (sauf quelques valeurs differentes). Les deux premières simulations ont donné des résultats differents du à des erreurs de saisie. Ensuite, les résultats étaient toujours différent, j'ai donc augmenté les "jour minimums d'inactivité" pour que le "Nombre de trajet" passe de 4.6 à 4.0 (changement en double dans isis 3.2.0) : dans ce cas, les résultats redeviennent identiques Règles ~~~~~~ Les regles suivantes ont été testée pour les deux bases : - Cantonnement - GraviteCPUE les resultats obtenu ont été identiques. La regles ChangementParamControlablePresimu ne semble pas fonctionner dans Isis 3.1. TACPoigs et d'autre regles egalement, on ne peut pas modifier certains paramètres.

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IsisFish 3.2.0.5-rc1 disponible
by Eric Chatellier July 16, 2009

July 16, 2009

Bonjour, La release candidate 1 de IsisFish 3.2.0.5 a été tagué. Cette version est à des fins de test seulement. Elle est disponible au téléchargement ici : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/isis-fish-3.2.… Elle comprend des tests concernant la saisie des base de référence en age et en longueur. Nous avons aussi changer le type de lancement. Toutes les simulations s'effectue maintenant en sous process. Ce type de lancement ne souffre pas du problème de mémoire que nous n'avons pas encore déterminé. Il permet de plus de faire tourner plusieurs simulation simultanément, ce qui est plus rapide sur les ordinateurs disposant de plusieurs processeurs. Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-user] croissance spatialisée
by Eric Chatellier July 16, 2009

July 16, 2009

Stephanie MAHEVAS a écrit : > petit sondage avant le we 8-) > est-ce que quelqu'un utilisant la 3.1.3, a de la croissance spatialisée? Salut, J'ai enfin pu voir avec Benjamin, et ce n'est pas possible de changer l'organisation de la matrice de : G0Z0, G0Z1... G0Zn, G1Z0...GmZn G0Z1... ... en G0Z0, G1Z0 ...GmZ0, G0Z1...GmZn G0Z1... ... La matrice de changement de groupe est multipliée par la matrice d'abondance. La matrice d'abondance est a une dimension G0Z0, G0Z1... G0Zn, G1Z0...GmZn Le changement donnerait un produit matriciel différent. La solution, serait peut être d'afficher une représentation différente à l'utilisateur, mais c'est un peu lourd à mettre en œuvre. > merci > Stephanie > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Fwd: caparmor II]
by Stephanie MAHEVAS July 16, 2009

July 16, 2009

-------- Message original -------- Sujet: caparmor II Date: Thu, 16 Jul 2009 09:54:17 +0200 De: Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation: IFREMER Pour: caparmor(a)ifremer.fr Références: <4A55A51D.5080005(a)ifremer.fr> Dear caparmor user, as we announced last week by e-mail, this morning, we named new caparmor phaseII as 'caparmor' thus from now on if you do ssh to caparmor you will be connected to service4, which is the login name of caparmor phaseII with this change, you will probably have following message if you do ssh to caparmor ------------------------------------------ balanec>346% ssh caparmor @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @ WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED! @ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ The RSA host key for caparmor has changed, and the key for the according IP address 134.246.166.245 is unknown. This could either mean that DNS SPOOFING is happening or the IP address for the host and its host key have changed at the same time. @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY! Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)! It is also possible that the RSA host key has just been changed. The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is 00:0000:0000:0000:0000:0000:00 Please contact your system administrator. Add correct host key in /home1/balanec/perso/username/.ssh/known_hosts to get rid of this message. Offending key in /home1/balanec/perso/username/.ssh/known_hosts:6 RSA host key for caparmor has changed and you have requested strict checking. Host key verification failed. balanec>347% ------------------------------------------ do not afraid, your computer is not hacked!! ;-) you just need to delete your .ssh/known_hosts you can do following rm $HOME/.ssh/known_hosts For those of you who will attend meeting this afternoon, 14:00, the meeting room is changed from salle de réuinion IDM to salle de réuinion NSE, which is in the same building, and please go down 2 floor regards Tina Bernard PREVOSTO wrote: > Bonjour, > > jeudi prochain, 16/07/2009, entre 8h30 et 9h, caparmorII entrera > officiellement en exploitation. > A cette date, la commande "ssh caparmor" vous connectera au nouveau > noeud de login (service4) > à partir duquel vous aurez accés, via PBS, aux 2048 nouveaux coeurs de > calcul... > > -nouveaux processeurs > -nouveaux compilateurs > -nouvelle gestion de l'espace disque > -nouvelles queues batch > > pour ceux qui le désirent, tout ceci leur sera expliqué ce même jeudi > à 14H > en salle de réuinion IDM du bâtiment Blaise Pascal, avec possibilité > de visioconférence. > > mais vous pouvez dés à présent consulter la doc : > sur l'intranet : > http://w3.ifremer.fr/intraric/portail/services_et_solutions/informatique_sc… > > > ou à travers le portail calcul: > https://portail.ifremer.fr/get/uri/http://w3.ifremer.fr/intraric/portail/se… > > > En attendant cette date, vous pouvez toujours essayer cette nouvelle > machine > en vous connectant avec "ssh service4" > > A partir de jeudi prochain, et jusqu'a fin Août, vous pourrez toujours, > si vous le désirez, vous connecter sur l'ancienne machine > avec "ssh service0". > > Ensuite, début septembre, l'ancienne machine sera démontée > > Bernard -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IFREMER Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ================================================== -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Étude des temps de simulation sur caparmor
by Eric Chatellier July 10, 2009

July 10, 2009

Bonjour, J'ai effectuer quelques tests des simulations sur disque et simulation en mémoire pour comparer les temps d'exécution sur Caparmor. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com Test de performance des temps de simulation sur caparmor ======================================================== Ces tests ont été effectués sur les bases de données "BaseMotosICA" et "Golfe de Gascogne" sur 10 ans avec toutes les stratégies sélectionnées. Les tests étant basés sur les tests d'accès disque, et ont été effectués en deux temps : - simulation avec résultats sur diques - simulation mémoire (sans écriture disque) Les temps mesuré ont été (seulement depuis caparmor) : - temps total de la simulation - temps d'import du zip de simulation - temps de simulation - temps d'export - temps de creation du zip de resultat Les tests ont été fait une secondes fois sur un comptes NFS. Compte local ------------ ICA1 et GDG1 : en fin de matinée ICA2 et GDG2 : en fin de journée Simulation sur disque ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | | ICA1 | GdG1 | ICA2 | GdG2 | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Import du zip de simulation | 10s | 10s | 9s | 8s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de simulation | 4m56s | 15m37s | 3m26s | 15m21s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps d'export | 8s | 24s | 8s | 21s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de zippage des résultats | 10s | 28s | 5s | 20s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps total | 5m24s | 16m39s | 3m48s | 16m08s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ Simulation mémoire ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | | ICA1 | GdG1 | ICA1 | GdG2 | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Import du zip de simulation | 7s | 9s | 8s | 8s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de simulation | 3m55s | 10m14s | 2m54s | 10m08s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps d'export | 8s | 24s | 13s | 22s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de zippage des résultats | 4s | 13s | 8s | 12s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps total | 4m14s | 11m00s | 3m23s | 10m50s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ Compte NFS ---------- Simulation sur disque ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+-------------+-------------+ | | ICA | GdG | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Import du zip de simulation | 13s | 14s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de simulation | 38m27s | 1h58m03s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps d'export | 48s | 2m29s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de zippage des résultats | 61s | 5m14s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps total | 40m29s | 2h05m33s | +--------------------------------+-------------+-------------+ Simulation mémoire ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+-------------+-------------+ | | ICA | GdG | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Import du zip de simulation | 9s | 12s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de simulation | 36m28s | 59m42s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps d'export | 49s | 2m32s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de zippage des résultats | 10s | 26s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps total | 37m36s | 1h02m52s | +--------------------------------+-------------+-------------+ Note : les résultats ont été ajustés, les simulations ayant été toutes mise en pause une dixaine de minutes. Remarque -------- Le test "en mémoire" a été effectué en utilisant une base mémoire seulement pour les résultats de simulation. Toutes les accès disques n'ont pas été supprimé (rechargement des paramêtres, etc...).

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CR réunion Bilan du passage de la 3.1 à la 3.2
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr July 7, 2009

July 7, 2009

Bonjour ci-joint le CR de la réunion à Code Lutin de vendredi dernier. Eric (et peut-être Tony?), on se revoit le 9 à Ifremer pour valider la première phase? bon week-end. Stephanie

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ISIS et Caparmor - CR
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr July 3, 2009

July 3, 2009

Bonjour ci-joint le compte-rendu de la réunion téléphonique de vendredi dernier. reste à préciser la date de réunion ISIS- Caparmor et présentation de caparmor à Nantes. Merci Tina de nous donner vos disponibilités dès que possible. Bon week-end. Stéphanie.

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