December 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier Nov. 22, 2013

Nov. 22, 2013

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2012

Dec. 31, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Mise à jour de la version de Java utilisée par ISIS-Fish (7)
by Eric Chatellier Dec. 21, 2012

Dec. 21, 2012

Bonjour, Le support du JDK 6 s'arrêtera en février 2013, les mises à jour ne seront plus assurées [1]. Nous encourageons donc les utilisateurs d'ISIS-Fish à anticiper l'arrêt de ce support et à passer à la version 7 [2]. Une prochaine mise à jour d'ISIS-Fish (probablement 4.3.x.x) imposera au minimum une version 7 pour continuer à fonctionner. Cordialement, Eric Chatellier. [1] : https://blogs.oracle.com/henrik/entry/java_6_eol_h_h [2] : http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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GroupMin, GroupMax et calcul de F ?
by Loic GASCHE Dec. 19, 2012

Dec. 19, 2012

Bonjour les lutins (et les autres), Je rencontre toujours mon problème de Ftot faux dans la dernière version d'ISIS, alors que le calcul de F par groupe est bon. Après avoir cherché un peu plus en profondeur il s'avère que : - le Ftot donné correspond au F du groupe 0 - que groupMin et groupMax qui sont récupérés dans SiMatrix valent 0 (et donc Nbre = 1). Donc a priori il y a soit un problème avec getGroupMin et getGroupMax, soit la façon dont sont déclarées mes variables ne correspond plus avec la façon dont fonctionnent getGroupMin et getGroupMax. A la base mes variables se nommaient AgeMin et AgeMax dans ISIS, mais même en changeant les noms en groupMin et groupMax le problème persiste. Un différence qui apparait est que les variables sont déclarées en tant que "double" et sont récupérées en tant que "int" (elles sont aussi en "int" dans le src), est-ce que cela peut poser problème ? Une idée ? Loïc

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impact de la mise en place d'un pas de temps hebdo ?
by Benjamin POUSSIN Dec. 11, 2012

Dec. 11, 2012

Salut, Voila une petite réflexion rapide sur le pas de temps dans Isis (il manque sûrement des choses, donc il faut compléter) La demande initial est de pouvoir faire un pas de temps hebdomadaire. Les problèmes à un changement de pas de temps ============================================= - tout ce qui est migration vérifie les choses par rapport au mois, il faudrait que dans l'objet Month, on puisse avoir en plus la notion de quart de mois (=1semaine). - Les résultats se font avec des matrices mensuelles, il faudrait qu'en fonction du pas de temps choisi cette dimension puisse varier. - les saisons sont définis par un interval de mois - des Rules et autres scripts utilisent le mois pour faire des choses. Quelques pistes pour y arriver ============================== 1ère solution ------------- l'idée sera de pouvoir définir en paramétrage de simulation la division de l'année souhaitée. (1=année, 4=saison, 12=mois, 52=semaine, 365=jour) - L'objet TimeStep prendrait donc cette valeur comme pas de temps pour la simulation - TimeStep pourrait retourner des objets Year et YearStep (division courante de l'année. Ex: si 4 division d'année, 3 retourne l'equivalent des 3 derniers mois de l'année. si 12 divisions d'annee, 11 retourne l'equivalent du mois de décembre, ...) - Il serait agréable que lors de la division de l'année, l'utilisateur puisse déterminé le nom qu'il souhaite donnée à chaque division (si division en 12 alors janvier, fevrier, ...) Des propositions par défaut serait données, exemple division par 6 alors on propose (janvier/fevrier, mars/avril, mai/juin, ...) - il faudrait conserver une compatibilite avec l'existant, donc par defaut le decoupage est mensuel et la method getMonth dans ce cas fonctionne. 2ème solution ------------- L'idée sera de basé la plus petite division à 1 jour (le plus pratique je pense, si on descend en dessous du jour ça va être compliqué) On indique ensuite avec combien de jour, on souhaite créer le pas de temps. 7=semaine, 30=mois, 90=trimestre, 360=année, 720=2 ans, ... et combien de pas de temps à une rotation (équivalent d'une année avec les mois), ceci est nécessaire pour la création des saisons. Par exemple si on a un pas de temps de 30 jours, on peut indique qu'on utilise 12 pas de temps pour définir une année. Mais on peut vouloir travailler avec des saisons bi-annuelle, dans ce cas, on pourrait indiquer qu'un rotation prend 24 pas de temps. - L'objet TimeStep prendrait donc cette valeur comme pas de temps comme incrément pour passer au pas de temps suivant pour la simulation - TimeStep pourrait retourner des objets Year(=360), Month=(30), Week=(7), Day=(1) quelque soit le le pas de temps choisi (toujours un multiple de jour) - La compatibilite avec l'existant est automatique si le pas est fixé a 30 et la rotation a 12 pas pour une année - il faut une méthode pour retourner le pas de temps courant dans la rotation choisi (0, 1, 2, ...) (step % stepByRotation). Ceci est nécessaire si on choisi un pas de temps différent de year, month, week, day. - je pense qu'il ne faut pas tenir compte des mois de 28, 29, 31 jours (beaucoup de complexite pour peu de plus value) - il faudra une option (case a cochée) dans le rendu des résulats pour indiquer si l'on veut les résultats sous forme d'année ou de rotation. Peut-etre meme un champs texte qui permette de définir l'affichage souhaite (ou une combo editable avec des valeurs par défaut existant, mais l'utilisateur pourra lui meme redéfinir ce qu'il souhaite) Par exemple pour un pas de temps de 30, une rotation de 720. Pour représenter la division 1500 avec: - %day = 1500 - %step = 50 - %stepInRotation r-%rotation = 1 r-2 (on suppose que le premier step est 0) - %month année %year = février année 4 La question a se poser est garde-t-on 0 comme valeur de premier élément ou on fini par prendre 1 ? Conclusion ========== La deuxième solution me semble beaucoup plus évolutive, elle permet de faire des pas de temps supérieurs à l'année, et de choisir sa rotation (on est plus obligé de suivre l'année). Par contre cette solution ne permet pas de faire une simulation sur un pas de temps inférieure au jour (au contraire de la 1ère). Mais ce n'est pas totalement vrai, il suffit de dire que la division minimal de 1 n'est pas un jour mais 1 heure, que la rotation est sur 8640 (dans ce cas les methodes year, month, ... retournent n'importe quoi, mais ceci n'a que peut d'importance, car ne servent a rien a part a affiche de facon plus agréable le pas de temps courant) Les changements a faire ======================= - TimeStep - PopulationSeasonInfoImpl - DefaultSimulator - verifier que les scripts utilise bien le nouveau TimeStep -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Test fichiers mappés windows
by Eric Chatellier Dec. 6, 2012

Dec. 6, 2012

Bonjour, J'ai effectué une série de test pour tenter de cerner la cause de l'erreur "java.lang.OutOfMemoryError: Map failed" sous windows. Test isis: * Windows 7 64 bits * Java 7 32 bits * Base cam2_rv2 * Population merluccius * 10 ans * 1Go de mémoire * Résultat : matrixDiscardsPerStrMetPerZonePop,matrixAbundance,matrixBiomass La simulations tourne, une erreur se produit seulement quand les résultats sont lus pour être visualisé ou exporté. Test de variations des paramètres mémoires: -Xmx1024M: java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1600M: Could not reserve enough space for object heap -Xmx1500M: java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx500M: OK -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=64M (valeur par defaut) java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=256M java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M -XX:MaxDirectMemorySize=1024M java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigMappedVector (valeur par defaut) java.lang.OutOfMemoryError: Map failed -Xmx1024M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector OK -Xmx1500M et org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector OK Donc le paramètre "-XX:MaxDirectMemorySize" n'a aucune incidence pour sur la mémoire des fichiers mappés. Pour Oracle [1], ce n'est ni résolvable, ni configurable car c'est Windows qui échoue dans l'allocation mémoire (si j'ai bien compris il ne peut pas allouer une zone contigue de mémoire). Si on n'utilise pas de mémoire mappé, cette erreur ne peux plus se produire (DoubleBigVector pour les matrices). Donc la solution pour windows et au moins dans le cas de la compléxité de la base cam2_rv2 et de configurer l'option mapped.result.matrix.vector.class à org.nuiton.math.matrix.DoubleBigVector pour ne pas utiliser la mémoire mappée. [1] : http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=6776490 -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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