July 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier Nov. 22, 2013

Nov. 22, 2013

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

2 6

site isis en anglais
by Sigrid Lehuta Aug. 24, 2012

Aug. 24, 2012

Hello je viens de me connecter sur isis-fish.org et je ne trouve pas les pages en anglais il me semble que tout avait ete traduit non? Quelle est l'adresse? Merci.

4 6

Can't get scenarios from calculator
by Loic GASCHE Aug. 10, 2012

Aug. 10, 2012

Bonjour les lutins, J'ai essayé de faire tourner une AS sur le PC de Fabian, et on se retrouve avec le message suivant : Can't get scenarios from calculator. On avait déjà eu cette erreur en tentant de faire tourner ISIS sur le serveur linux ici, mais je n'ai pas trouvé d'autres messages y faisant référence. Une idée sur le cause de cette erreur et comment la corriger ? Loïc ------------ Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:528) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:370) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:614) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) null fr.ifremer.isisfish.mexico.MexicoHelper.getStringFromObject(MexicoHelper.java:545) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.DiscreteDomainXMLVisitor.visit(DiscreteDomainXMLVisitor.java:57) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.domain.DiscreteDomain.accept(DiscreteDomain.java:106) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.FactorXMLVisitor.visit(FactorXMLVisitor.java:134) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.Factor.accept(Factor.java:263) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.FactorGroupXMLVisitor.visit(FactorGroupXMLVisitor.java:73) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.FactorGroup.accept(FactorGroup.java:278) fr.ifremer.isisfish.mexico.xml.DesignPlanXMLVisitor.visit(DesignPlanXMLVisitor.java:63) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.DesignPlan.accept(DesignPlan.java:101) fr.ifremer.isisfish.mexico.MexicoHelper.getDesignPlanAsXML(MexicoHelper.java:102) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:448) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:370) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:614) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

3 35

Target Factor n'affectant pas la mortalité par pêche (et donc rien dans le modèle)...
by Loic GASCHE July 18, 2012

July 18, 2012

Bonjour, Pour tenter de calibrer ma mortalité par pêche sur celle d'une année donnée, j'ai fait une AS sur le TargetFactor de mon modèle pour voir comment celui-ci pouvait faire évoluer F. Et il apparait que quelle que soit la valeur du TargetFactor testée la valeur de F n'est pas impactée du tout. Comme le TF rentre directement dans l'équation de calcul de la mortalité par pêche, ce résultat est plus que bizarre... J'ai fait différentes AS/simus avec des méthodes différentes et des durées différentes, aucun changement n'est apparu. J'ai essayé de faire une AS sur une autre base de données, mais l'AS ne s'est pas lancée et je n'ai pas eu le temps de regarder pourquoi. J'ai voulu essayer avec des paramètres discrets mais la fenêtre de sélection se figeait au moment de valider. J'ai quand même testé avec les deux types de paramètres continus à tout hasard mais le résultat est le même. J'ai mis le débug que j'obtiens en pièce jointe. Les deux premières erreurs concernent mon essai avec la base Gascogne, et la troisième erreur semble correspondre à un soucis de java a vue de nez... Donc voilà, si quelqu'un a déjà rencontré ce problème ou a une idée sur la manière de le résoudre je suis preneur ! Loïc

2 1

[ANN] - IsisFish 4.1.0.2 released
by forge.codelutin.com Release Notification July 18, 2012

July 18, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o La sauvegarde des facteurs discrets ne fonctionne plus Issue: 1346. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.2-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/409 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

1 0

Temps d' upload / download / suppression des simus ?
by Loic GASCHE July 12, 2012

July 12, 2012

Bonjour les lutins (si vous n'êtes pas tous en vacances), Je ne sais pas si le sujet a déjà été mis sur la table, mais je m'interroge grandement sur la lenteur des échanges entre caparmor et ISIS... Par exemple il faut plusieurs heures pour charger une AS sur caparmor (plus même je pense que le temps de simulation en lui même)... et il faut des dizaines d'heures pour télécharger les résultats de cette même AS depuis caparmor vers mon pc. Autant dire qu'on perd une grande partie des avantages donnés par caparmor en termes de temps de simulation... Je ne sais pas trop comment sont échangées les données entre caparmor et le pc, mais n'y aurait-t-il pas moyen d'accélérer cette phase ? Par exemple au lieu de télécharger et supprimer chaque simu avant de passer à la suivante, ne pourrait-on pas toutes les télécharger et laisser la suppression se faire en arrière-plan après (pendant qu'on lance ou télécharge une autre AS) ? Loïc

2 1