April 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

cannot find symbol
by Loic GASCHE April 11, 2012

April 11, 2012

Bonjour, J'ai rajouté un petit bout de code à notre script de calcul de F dans SiMatrix pour que le calcul de F se fasse bien uniquement sur les F jugés "représentatifs" par le CIEM et pas les autres : if (pop.getName() == "Sole7D"){ List<PopulationGroup> groups3a8 = groups.subList(3, 9); List<PopulationGroup> groupesRepresentatifs = new ArrayList(groups3a8); log.info("groupesRepresentatifs = " + groupesRepresentatifs + "Year=" + step.getYear()); } else if (pop.getName() == "Plaice7D"){ List<PopulationGroup> groups3a6 = groups.subList(3, 7); List<PopulationGroup> groupesRepresentatifs = new ArrayList(groups3a6); log.info("groupesRepresentatifs = " + groupesRepresentatifs + "Year=" + step.getYear()); } Le but est de créer une liste de groupes par pop qui contienne uniquement les groupes représentatifs, afin par la suite de boucler sur ces groupes uniquement. Déjà j'ai quelques doutes sur les conditions dans mes "if", mais il n'y a que comme ça que j'ai réussi à avoir un code qui se compile. Par exemple je doute sur l'utilité du "pop.getName()" alors que "pop" tout seul sort déjà Sole7D ou Plaice7D... Mais alors il faut peut-être modifier la manière d'écrire la condition ? Sans les conditions, les subList me sortent bien une liste contenant uniquement les groupes que je souhaite conserver. Mais malgré tout quand je demande de boucler sur "groupesRepresentatifs" au lieu de "groups" (tous les groupes) : for (PopulationGroup group : groupesRepresentatifs) { j'ai le message d'erreur suivant qui me dit que groupesRepresentatifs n'existe pas : C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-database\scripts\SiMatrix.java:1637: cannot find symbol symbol : variable groupesRepresentatifs location: class scripts.SiMatrix for (PopulationGroup group : groupesRepresentatifs) { //groupesRepresentatifs ^ Voilà, je ne vois pas trop d'où vient le soucis... Help ? Loïc

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Bagarre avec les dimensions de la matrice des captures
by Loic GASCHE April 6, 2012

April 6, 2012

Bonjour, J'ai voulu récupérer les captures par groupe et par an depuis la matrice des captures par stratégie et par zones d'ISIS. Je n'étais pas certain du tout de faire les choses correctement (l 1628-1632 de Simatrix) mais j'espérais au moins avoir plus d'infos sur les objets que je manipulais grâce à des log... Le pb c'est qu'un problème semble subvenir avant cette étape (l 1623 selon le débug) alors que c'est une ligne à laquelle je n'ai pas touché, et qui ne pose aucun problème depuis le début... Donc je ne comprends pas trop ce qui se passe. Loïc

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Un résultat/export SSB dans ISIS ?
by Loic GASCHE April 6, 2012

April 6, 2012

Bonjour, J'aurais besoin d'avoir en résultat de mes simulations une biomasse féconde plutôt qu'une biomasse totale, ce qui à priori n'existe pas en l'état dans ISIS. Stéphanie m'a dit que Jean s'était peut-être déjà penché sur la question et aurait peut-être même déjà des scripts sous la main, ce qui pourrait beaucoup m'intéresser. Qu'en est-il réellement ? Loïc

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Simulation qui s'arrête à Janvier 0
by Loic GASCHE April 5, 2012

April 5, 2012

Rebonjour, J'ai tenté de faire tourner une simulation après avoir corrigé DefaultSimulator_F et SiMatrix, mais la simulation s'arrête à Janvier0. Je n'arrive pas à voir avec le debug quel est le problème, juste qu'apparemment il vient des lignes 1609 de SiMatrix et 506 de DefaultSimulator_F. Je ne trouve pas ce qui peut clocher à ces lignes à part peut-être dans les List[] et String[] laissés vide lors de la création de la matrice tfmMatrix. Help ? Loïc

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Message d'erreur à la compilation de DefaultSimulator
by Loic GASCHE April 5, 2012

April 5, 2012

Bonjour, J'ai le message suivant quand j'essaye de compiler mon DefaultSimulator, mais je ne le trouve pas très explicite et je n'arrive donc pas à trouver où se situe l'erreur : C:\Users\lgasche\isis-fish-4\isis-community-database\simulators\DefaultSimulator_F.java:506: totalFishingMortality(fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep,org.nuiton.math.matrix.MatrixND) in scripts.SiMatrix cannot be applied to (fr.ifremer.isisfish.types.TimeStep,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage) MatrixND totalFishingMortality = siMatrix.totalFishingMortality(step, pop, context.getSimulationStorage().getResultStorage()); // pop, Il doit y avoir une différence entre totalFishingMortality de DefaultSimulator et celle de SiMatrix qui les empêche d'interagir, mais je ne sais pas laquelle. Dans DefaultSimulator on a : MatrixND totalFishingMortality = siMatrix.totalFishingMortality(step, pop, context.getSimulationStorage().getResultStorage()); resManager.addResult(step, pop, totalFishingMortality); Et dans SiMatrix : public MatrixND TotalFishingMortality (TimeStep step, Population pop, ResultStorage resManager)throws TopiaException { Loïc

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish April 4, 2012

April 4, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Où se cache getPopulations ?
by Loic GASCHE April 4, 2012

April 4, 2012

Bonjour, Dans notre tentative création d'un script de calcul de la mortalité par pêche totale avec Eric, nous avons fait une boucle sur les populations de la manière suivante : for (Population pop : getPopulations(step)) { Je voulais essayer de rajouter une boucle sur les groupes d'âge des populations et suis donc parti à la recherche de "getPopulations" pour voir s'il n'existait pas un "getGroups" ou quelque chose du genre pour faire ma boucle. Mais je n'ai rien trouvé dans les API à part un getPopulation() dans "Species" et un getPopulationGroup() dans "Population" de l'API d'ISIS... getPopulations est aussi utilisé au début de SiMatrix dans ce morceau de code : /** * @return * @throws TopiaException */ public List<Population> getPopulations(TimeStep step) throws TopiaException { List<Population> populations = new ArrayList<Population>(); for (Population pop : context.getSimulationStorage().getParameter() .getPopulations()) { Population tmp = (Population) db.findByTopiaId(pop.getTopiaId()); populations.add(tmp); } return populations; Voilà... Help ? Loïc

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish April 3, 2012

April 3, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-devel] Demande/Question n°131753 : Impossible d'utiliser R 2.14.1
by Eric Chatellier April 3, 2012

April 3, 2012

Le 05/03/2012 15:17, assistance(a)ifremer.fr a écrit : > Bonjour, > > Votre demande n°131753 concernant " Impossible d'utiliser R 2.14.1 " a été fermée. > > Réponse de l'assistance : > ------------------------- > Bonjour, > > Je viens d'ajouter deux modules pour R 2.14.2 compilés avec intel et avec gnu > R/2.14.2-intel-11.1.073 > R/2.14.2-gnu-4.3 > Bon après-midi, > Denis > > Bonne journée. Bonjour, Pour information, la version de R actuellement installé sur caparmor n'a pas été compilée avec l'option "--enable-R-shlib". Il ne m'est donc pas possible de l'utiliser. J'ai cependant réussit à recompiler une autre version de R (installé sur mon compte) que je peux utiliser sans problème. Cordialement, -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Utilisation de R sur caparmor
by Eric Chatellier April 2, 2012

April 2, 2012

Bonjour, J'ai réussi à appeler R sur caparmor, mais non sans mal :( Tout d'abord, on ne peut pas utiliser la version de R de caparmor car il n'est pas compilé avec les bonnes options pour que Isis puisse l'utiliser. Je l'ai donc recompilé et isis utilise R installé sur le compte de benjamin (2.15.0) Il faudra donc, pour utiliser ce R et installer les librairies XSA lancer R via: /home3/caparmor/poussin/R/bin/R Autre chose, l'utilisation de R 64 bits nécéssite maintenant d'utiliser java, R, et IsisFish en 64 bits tous les 3 sur caparmor. ca ne change rien pour les utilisateurs normalement. Bref, ca fonctionne, reste à tester un petit peu. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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