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Fuite mémoire identifiée (Re: Base ISIS)
by Eric Chatellier Nov. 18, 2013

Nov. 18, 2013

Le 18/11/2013 12:57, Loic GASCHE a écrit : > Salut Eric, > > J'ai fait le test avec une base un chouia différente de celle d'avant, mais à > priori ça marche super bien ! J'ai modifié l'implémentation du cache d'IsisFish qui semble être la cause du problème de mémoire. Maintenant la mémoire est correctement libérée entre les pas de temps et le temps de simulation à l'air relativement linéaire. > > 55 minutes pour faire tourner une simu avec toutes les flottilles de pêche. Je l'ai fait tournée pendant 44 ans (en 2h50) avec 1Go et elle aurait pu encore continuer. J'aimerais bien faire encore quelques tests la dessus. Tu veux que je t'installe une version de test sur caparmor ? -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°=190608 : Utilisation ponctuelle de beaucoup de RAM sur caparmor
by Eric Chatellier Nov. 18, 2013

Nov. 18, 2013

Bonjour, Nous n'utilisons actuellement aucune directive particuliere pour PBS. Voici un de nos script: #!/bin/csh cd "/home3/caparmor/poussin/isis-fish-4.2.1" setenv R_HOME /appli/R/2.15.0-gnu-4.3/lib64/R setenv LD_LIBRARY_PATH ${R_HOME}/lib /home3/caparmor/poussin/jdk7x64/bin/java -Djava.library.path=jri64 -DR.type=jni -Xmx6000M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-preparation.zip" "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-result.zip" >& "/home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58-output.txt" rm -rf "$HOME/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_test_7D_Bis_Caparmor_6gigas_Carnivores_Poissons_ttesStrat_2013-11-15-17-58" Cordialement, Eric Chatellier. Le 18/11/2013 10:16, Denis Croizé-Fillon a écrit : > > Bonjour, > > > Pourriez vous me fournir les directives PBS qui sont en entête de votre > script. La limite mémoire est peut-être à ce niveau là car chaque noeud > dispose de 24 Go de mémoire. Vous pouvez donc accéder à 23 Go et quelques au > mieux. > > Denis -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Utilisation ponctuelle de beaucoup de RAM sur caparmor
by Eric Chatellier Nov. 15, 2013

Nov. 15, 2013

Bonjour, Pour un besoin ponctuel, nous aurions souhaiter utiliser une importante quantité de RAM pour des jobs sur caparmor. Idéalement 6Go. Il semble que caparmor refuse au delà de 2 ou 3Go. Est-il possible d'utiliser ponctuellement plus de ram ? Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Distribution (R)
by Eric Chatellier Oct. 25, 2013

Oct. 25, 2013

Le 22/10/2013 15:59, Jean Couteau a écrit : > * Distribution (lib java) : générateur de nombre aléatoire : > Mersenne-Twister and Marsaglia's Complementary-multiply-with-carry > 4096. A priori ok. > * Certains suites ne sont pas bonnes (périodicité trop forte) > * http://jdistlib.sourceforge.net/ > * attention à stocker la graine En fait, ce n'est pas possible d'utiliser une méthode de distribution en Java. Ce qu'on fait c'est une AS avec une methode R à laquelle on configure la methode de distribution en parametre. -- Éric Chatellier - Code Lutin Tel: 02.40.50.29.28 - http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2013

Sept. 30, 2013

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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java version sur caparmor
by Sigrid Lehuta Aug. 12, 2013

Aug. 12, 2013

Salut, je reviens vers vous concernant la configuration de ISIS pour Caparmor. Si je ne me trompe, chaque utilisateur installe java 32 bits sur son espace, car ISIS tourne très lentement sur le java 64 qui est la version installée sur caparmor. Tina, qui gere Caparmor, propose qu'une version de java 32 soit installée sur caparmor afin de ne pas multiplier les installations de java sur caparmor. Si cette proposition vous intéresse, pourriez vous prendre contact avec les gens de caparmor via l'assistance informatique ifremer ( assistance(a)ifremer.fr) pour voir avec eux (Tina est en vacances mais un collègue sera disponible) les modalités de configuration (chemin vers la version java 32...) ? Merci d'avance. Sigrid

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2013

June 30, 2013

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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acces aux sources
by Sigrid Lehuta June 10, 2013

June 10, 2013

Hello, dans la FAQ il est ecrit que pour acceder aux sources on suit ce lien http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish/trunk/ ... mais apres on va ou??? c'est pas a jour peut etre? MERCI

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âge des groupes bloqué à 0 ?
by Loic GASCHE May 7, 2013

May 7, 2013

Bonjour, J'ai l'impression qu'il y un petit problème lors de la création des groupes d'une population : quand on choisit "Reconstruire les groupes" et qu'on les crée ils apparaissent bien, mais tous les âges sont à 0. Cela ne semble pas poser de problème pour le calcul des tailles. Loïc

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PB de commit ?
by Loic GASCHE May 2, 2013

May 2, 2013

Bonjour, J'ai essayé de commiter des scripts à partir d'ISIS (en utilisant serveur --> Commiter des scripts sur le serveur), mais quand je valide j'ai le message d'erreur suivant : Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Vous ne pouver pas ajouter de fichier, ce dépôt est en lecture seule ! Level: SEVERE Stack Trace: Vous ne pouver pas ajouter de fichier, ce dépôt est en lecture seule ! fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.add(VCSSVN.java:481) fr.ifremer.isisfish.datastore.VersionStorage.add(VersionStorage.java:291) fr.ifremer.isisfish.datastore.VersionStorage.commit(VersionStorage.java:339) fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptAction.commitScript(ScriptAction.java:544) fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptUI.doActionPerformed__on__miCommitVCS(ScriptUI.java:454) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Quelle en est la cause ? Loïc

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