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Communication ISIS - R en direct ou via l'intermédiaire de fichiers.
by Benoit Archambault March 11, 2010

March 11, 2010

Bonjour à tous , je me présente au passage pour ceux qui ne me connaissent pas, je suis le nouveau stagiaire de Stéphanie et je vais travailler sur une application Isis au Canada. En attendant j'essaye d'intégrer un module XSA (eXtended Survivor Analysis) à Isis, qui permet de faire une évaluation de stock chaque année (méthode utilisée dans les groupes de travail). L'idée est de pouvoir derrière utiliser les sorties de XSA dans des règles de gestion par exemple. Je désire exporter vers R des sorties ISIS avec un pas de temps annuel, faire tourner un script R sur ces sorties, et ensuite réimporter dans ISIS les sorties R. J'ai regardé un peu le code pour la connection à R (je débute en java). Ma question principale est la suivante : vaut-il mieux transmettre les matrices dont j'ai besoin à R en flux tendu, en exportant directement de Isis à R. Ou au contraire exporter les matrices dans des csv et les importer ensuite avec R. J'ai déjà testé cette option en enregistrant manuellement les csv depuis Isis et ca fonctionnait (après un remaniement des matrices pour coller au format demandé par le package utilisé dans R). Je suis au passage preneur de tout conseil ou exemple pour faire communiquer Isis et R. Merci, Benoit.

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Nouvelle version d'Isis-Fish 3.3 disponible
by Eric Chatellier Feb. 24, 2010

Feb. 24, 2010

Bonjour, Une nouvelle version de test d'IsisFish 3.3.O.0, est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Pensez à sauvegarder votre dossier isis-database-3 avant de lancer cette nouvelle version d'IsisFish. Cette version comporte plusieurs modifications: - migration codelutin vers nuiton - amélioration de l'utilisation de caparmor - diverses corrections de bugs Migration codelutin vers nuiton ------------------------------- Les librairies utilisées par IsisFish ont changé de serveur et leurs nom de package également. Concrètement, cela signifie que dans les scripts (règles, plans), les imports en tête de fichier: org.codelutin. devrons être remplacés par: org.nuiton. IsisFish effectuera la migration lui même lors du premier lancement. Il est toutefois conseillé de vérifier les scripts depuis l'interface de gestion. Les liens vers les API Java ont été mises à jour sur le wiki : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Erreur de compilation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Certaines erreurs de compilation sont connues. Auparavant le code suivant: List<PopulationGroup> groups = matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); produisait un warning Java. Maintenant il produit une erreur. Il faut corriger ce genre d'erreur en forçant le cast : List<PopulationGroup> groups = (List<PopulationGroup>)matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); C'est normalement la seule erreur qui pourrait survenir. Amélioration de l'utilisation de caparmor ----------------------------------------- La majeure partie des améliorations concerne l'utilisation de caparmor. Multijob ~~~~~~~~ Les plans d'analyse indépendants et les analyses de sensibilités sont exécutés sur caparmor dans un job unique. Cela permet notamment d'aller au delà de la limite de 100 simulation qui était imposée dans la version 3.2. Il est maintenant important que les plans d'analyse se termine correctement (sans erreur sur la condition d'arrêt) car IsisFish demande le démarrage du plan lors de l'envoi de la dernière simulation. Les plans dépendants exécutés sur caparmor ne sont pas concernés car les simulations sont séquentielles. Espace disque ~~~~~~~~~~~~~ IsisFish supprimera maintenant les fichiers inutiles après téléchargement des résultats. Les erreurs dues au dépassement du quota de 50go seront donc moins fréquentes. Installation ~~~~~~~~~~~~ Pensez à modifier votre configuration. Si IsisFish n'est pas installé sur votre compte caparmor, vous pouvez utiliser la version disponible à l'emplacement suivant (configuration : "Emplacement d'IsisFish") : /home3/caparmor/poussin/isis-fish-3.3.0 Le changelog complet est disponible à l'adresse suivante : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°63912 : Énormément de crash jvm java sur caparmor (suite)
by Eric Chatellier Feb. 9, 2010

Feb. 9, 2010

Le 26/01/2010 16:05, Eric Chatellier a écrit : > Le 26/01/2010 15:54, Tina ODAKA a écrit : > >> thanks, i need the array ID also... >> Hi, Tina. Have you any news about JVM crashes on caparmor ? Regards. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Désactivation des fonctionnalités de filtrage
by Eric Chatellier Feb. 2, 2010

Feb. 2, 2010

Bonjour, À partir de IsisFish 3.3.0.0-rc2, j'ai désactivé toutes les fonctionnalités de filtrage des simulations. Avec un grand nombre de simulation, elle prennent trop de temps à s'exécuter, empêchant IsisFish de démarrer, et ralentissant le monitoring des simulations en cours. Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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La version de test d'Isis-Fish 3.3.0.0rc1 est disponible
by Eric Chatellier Jan. 28, 2010

Jan. 28, 2010

Bonjour, Une nouvelle version de test d'IsisFish, 3.3.O.0-rc1, est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/ Pensez à sauvegarder votre dossier isis-database-3 avant de lancer cette nouvelle version d'IsisFish si vous souhaitez la tester. Nous vous rappelons que cette version est une release candidate servant à détecter les derniers bugs avant la release finale. Il se peut que certains bugs soient encore présents. Cette version comporte plusieurs modifications: - migration codelutin vers nuiton - amélioration de l'utilisation de caparmor - diverses corrections de bugs Migration codelutin vers nuiton ------------------------------- Les librairies utilisées par IsisFish ont changé de serveur et leurs nom de package également. Concrètement, cela signifie que dans les scripts (règles, plans), les imports en tête de fichier: org.codelutin. devrons être remplacés par: org.nuiton. IsisFish effectuera la migration lui même lors du premier lancement. Il est toutefois conseillé de vérifier les scripts depuis l'interface de gestion. Erreur de compilation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Certaines erreurs de compilation sont connues. Auparavant le code suivant: List<PopulationGroup> groups = matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); produisait un warning Java. Maintenant il produit une erreur. Il faut corriger ce genre d'erreur en forcant le cast : List<PopulationGroup> groups = (List<PopulationGroup>)matrixCatchPerStrategyMetPerCell.getSemantic(2); C'est normalement la seule erreur qui pourrait survenir. Amélioration de l'utilisation de caparmor ----------------------------------------- La majeur partie des améliorations concerne l'utilisation de caparmor. Multijob ~~~~~~~~ Les plans d'analyse indépendants et les analyses de sensibilités sont exécutés sur caparmor dans un job unique. Cela permet notamment d'aller au delà de la limite de 100 simulation qui était imposée dans la version 3.2. Il est maintenant important que les plans d'analyse se termine correctement (sans erreur sur la condition d'arrêt) car IsisFish demande le démarrage du plan lors de l'envoi de la dernière simulation. Les plans dépendants exécutés sur caparmor ne sont pas concernés car les simulations sont séquentielles. Espace disque ~~~~~~~~~~~~~ IsisFish supprimera maintenant les fichiers inutiles après téléchargement des résultats. Les erreurs dues au dépassement du quota de 50go seront donc moins fréquentes. Installation ~~~~~~~~~~~~ Pensez à modifier votre configuration. Si IsisFish n'est pas installé sur votre compte caparmor, vous pouvez utiliser la version disponible à l'emplacement suivant : /home3/caparmor/poussin/isis-fish-3.3.0 (configuration : "Emplacement d'IsisFish") Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°63912 : Énormément de crash jvm java sur caparmor (suite)
by Eric Chatellier Jan. 26, 2010

Jan. 26, 2010

Le 26/01/2010 15:36, Tina ODAKA a écrit : > hi, > i would like to know pbs job id to see if there were any other job > running > on the same node when it crashed or not. ha ok, sorry. Here are some (pbs multijobs) : - 150652[].service4 (slehuta) - 150671[].service4 (slehuta) - 148812[].service4 (slehuta) - 150470[].service4 (poussin) - 150373[].service4 (poussin) - 150481[].service4 (poussin) regards. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°63912 : Énormément de crash jvm java sur caparmor (suite)
by Eric Chatellier Jan. 26, 2010

Jan. 26, 2010

Le 26/01/2010 14:45, Tina ODAKA a écrit : > hi, eric > > can i have job id that got crashed? > any message from pbs? Hi It' seam to not be a pbs crash, job terminated fine. I attach some system reports. Our programs run on a java virtual machine, and it is that JVM who crashes for unknown reason since at least last two weeks :( Output ends with : # # A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment: # # SIGSEGV (0xb) at pc=0x5561052c, pid=26007, tid=4204309408 # # JRE version: 6.0_18-b07 # Java VM: Java HotSpot(TM) Server VM (16.0-b13 mixed mode linux-x86 ) # Problematic frame: # C [libc.so.6+0x6b52c] memset+0x18c # # An error report file with more information is saved as: # /mnt/data2/home3/poussin/isis-fish-3.3.0.0-rc1-SNAPSHOT/hs_err_pid26007.log # # If you would like to submit a bug report, please visit: # http://java.sun.com/webapps/bugreport/crash.jsp # > did you try to run the same job which got crashed by hand? > did it got crashed?? Rerunning same job worked, crashed again sometimes. > regards, tina Regards -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] HelpDesk Nv3 / n°63912 : Énormément de crash jvm java sur caparmor (suite)
by Eric Chatellier Jan. 26, 2010

Jan. 26, 2010

Le 26/01/2010 13:56, Tina ODAKA a écrit : > hello, > how's going with your problem? > > bernard told me that you passed 3000 job in the weekend, did it went ok? > Hi, We are experimenting crashes with 'poussin' and 'slehuta' accounts. For poussin, crash report are located in /home3/caparmor/poussin/isis-fish-3.3.0.0-rc1-SNAPSHOT directory. Crash rate is about : 116/6080 jobs from january 25 to junuary 26. For slehuta, crash report are located in /home1/caparmor/slehuta/isis-fish-3.3.0.0-rc1-SNAPSHOT directory. Crash rate is about : 52/200 jobs from january 22 to junuary 26. Have you any clue about those crashes ? > regards, tina Regards. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Énormément de crash jvm java sur caparmor
by Eric Chatellier Jan. 25, 2010

Jan. 25, 2010

Bonjour, J'espère que j'utilise la bonne liste concernant les problèmes relatifs à caparmor. Nous utilisons une application pour effectuer des simulations (isis-fish) tournant sur une jvm Java. Cependant, nous avons énormément de crash jvm pour une cause inconnue. Principalement depuis cette semaine. Je vous joins un exemple de rapport d'erreurs générés lors des crashs. Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] plantage de caparmor
by Eric Chatellier Jan. 22, 2010

Jan. 22, 2010

Le 07/01/2010 10:32, Stephanie MAHEVAS a écrit : > INFO|09:19:50,777|CompileHelper.java|116|loadClass|Can't load class: > simulators.DefaultSimulator > java.lang.ClassNotFoundException: simulators.DefaultSimulator > at > fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader.findClass(AspectClassLoader.java:86) > > at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:307) > at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:252) > at > fr.ifremer.isisfish.util.CompileHelper.loadClass(CompileHelper.java:114) > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:139) > > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:154) > > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulatorStorage.getNewSimulatorInstance(SimulatorStorage.java:76) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:370) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) > > ERROR|09:19:50,777|InProcessSimulatorLauncher.java|426|localSimulateSameThread|Error > during simulation > fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: > simulators.DefaultSimulator > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:142) > > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:154) > > at > fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulatorStorage.getNewSimulatorInstance(SimulatorStorage.java:76) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:370) > > at > fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) > > INFO|09:19:51,531|InProcessSimulatorLauncher.java|456|localSimulateSameThread|Simulation > time: 0.912 > Cette erreur se produit lorsque le fichier DefaultSimulator.class n'est pas dans le zip (seul le DefaultSimulator.java) y est. Il ne semble pas y avoir d'erreur de compilation. Mais au moment de créer l'instance il n'y arrive pas. Le classpath est configuré sur : - le dossier de simulation - le dossier de compilation (le .class est ici dans ce cas) Pourtant, il ne semble pas le trouver. Je ne trouve pas ce que j'oublie. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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