June 2012 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings
by Bastien Preuss Sept. 21, 2012

Sept. 21, 2012

Oui c'est bien ça, les Landings sont en abondance. Par contre je ne sais pas pourquoi ... y a-t-il un intérêt à cela? Stéphanie? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Fabian ZIMMERMANN Envoyé : mercredi 30 mai 2012 17:52 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings Salut, if I'm not mistaken: The Landings are in numbers of fish, not weight. This means it corresponds to the results of Catch and Discards (in numbers), not CatchWeight. Fabian Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > > > Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings > cest les Catch Weights les Discards. > > Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et > groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes > DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les > résultats me montrent 533.8 tonnes de landings. Comprends pas, comment > est-ce-possible ?! Jai ca pour toute mes espèce, les landings sont > supérieurs aux CatchWeights Si cest une erreur dunité, je la voie pas. > > > > Toute suggestions bienvenues Merci davance > > > > Jess > > > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow > > Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > University of Tasmania, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2012

June 30, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Installation version 4
by Jessica Andre June 29, 2012

June 29, 2012

Bonjour Eric, J'ai donc installé la version 4, importé ma région, changé mes Rules et mon plan de simulation pour être en accord avec la nouvelle version. Ca compile ok (ca me met juste 2 notes en bas : Note: C:\Documents and Settings\jandre\isis-fish-4\isis-database\scripts\SiMatrix.java uses unchecked or unsafe operations. Note: Recompile with -Xlint:unchecked for details.) J'essaye de lancer une simulation très simple (une espèce sur 3 ans) et ca veut rien faire... Il n'y a pas de message d'erreur, l'onglet de lanceur de simulation est ouvert, l'Etat est : « Préparation de la simulation » et puis il ne se passe rien de rien... Mais je ne vois pas d'erreur dans le debug. Aussi, je ne peux pas créer de CommunitySimulationplans depuis l'onglet, ca m'affiche une erreur, qui n'apparait d'ailleurs pas dans le debug non plus. J'ai copié le message dans un .txt. Par contre je peux créer un nouveau script ou une règle, juste pas un plan de simulation. Qu'est-ce-qu'il se passe ?! Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au<mailto:Jessica.Andre@utas.edu.au> Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Au secour! Plan d'analyse independant
by Jessica Andre June 28, 2012

June 28, 2012

Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant
by Bastien Preuss June 28, 2012

June 28, 2012

Pour ce qui est du vcs, peut être que la version d'ISIS que tu utilises n'est plus sur le serveur. Mais bon c'est juste un "Warn" donc je ne pense pas que ça soit ça qui pose le problème. Il y a cette ligne : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Sigrid1q.java:39: cannot find symbol symbol : class Doc location: class analyseplans.Sigrid1q @Doc("path and name of the file where parameter values and performance criteria are saved")" ^ Je ne connais pas très bien ces aspects du code, mais as-tu regardé quel pouvait être le problème avec cette déclaration "@Doc" qui est mentionnée ? Vérifies bien aussi que tes chemins d'accès ne contiennent aucune erreur... Je ne saurais t'en dire plus. Bon courage. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 13:16 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Pourtant ca m'a l'air d'être déclaré correctement dans le plan, comprends pas. Je viens de relancer une simu fraiche, même topo mais le debug est moins long... Donc je l'ai mis en PJ aussi. J'ai l'impression que ISIS essaye de se connecter a un folder qu'il ne trouve pas (c'est quoi vcs?!) WARN [main] (IsisFish.java:145) main - Error during vcs initialisation fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSException: Impossible d'obtenir l'adresse correspondant au dépôt local Pourtant je peux faire tourner d'autre simus et ca marche. Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Bastien Preuss Sent: Thursday, 28 June 2012 10:27 AM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Salut Jessica, Je ne m'y connais pas trop là dedans mais par rapport à ton debug, as-tu essayer de corriger cette erreur : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Future_Catch_biomass_independan tPlan2.java:73: class Future_Catch_biomass_independantPlan is public, should be declared in a file named Future_Catch_biomass_independantPlan.java" On dirait que tu ne déclares pas ton plan comme il faut... Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 10:51 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant
by Bastien Preuss June 28, 2012

June 28, 2012

Salut Jessica, Je ne m'y connais pas trop là dedans mais par rapport à ton debug, as-tu essayer de corriger cette erreur : "C:\Documents and Settings\jandre\isis-database-3\analyseplans\Future_Catch_biomass_independan tPlan2.java:73: class Future_Catch_biomass_independantPlan is public, should be declared in a file named Future_Catch_biomass_independantPlan.java" On dirait que tu ne déclares pas ton plan comme il faut... Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : jeudi 28 juin 2012 10:51 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Au secour! Plan d'analyse independant Bonjour, Un petit appel de détresse. Mon plan d'analyse indépendant compile mais ne marche pas. Et j'ai un milestone éminent... Si quelqu'un a une idée, je suis preneur! Merci d'avance Jess -----Original Message----- From: Jessica Andre Sent: Monday, 25 June 2012 1:57 PM To: 'isis-fish-users(a)list.isis-fish.org' Subject: RE: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Bonjour Eric, Merci pour les corrections du plan d'analyse. Et pour avoir remis l'API de la version 3, ca m'a un peu manqué... J'ai continué a modifier le plan d'analyse pour qu'il me créer un csv file avec certain résultats des simu. Tout semble compiler OK mais quand je teste mon plan d'analyse, ca ne tourne pas et m'affiche un message d'erreur (impossible de lancer la simulation). J'ai attache le debug en PJ, et mon plan d'analyse (quand tu dis " un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan", est-ce-que c'est bien comme je l'ai fait dans la nouvelle version de mon plan d'analyse?!) Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Friday, 22 June 2012 5:49 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Le 22/06/2012 02:09, Jessica Andre a écrit : > > Re-bonjour, > > Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant > sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. > Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je > travaille toujours sur la version > 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet.). J'en ai remplace certaine et > ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois > bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la > syntaxe correcte et a corriger le code. > > J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une > idée lumineuse. > Bonjour, Je pense que tu t'es basé sur un script de la V4 d'où les erreurs. Je les ai corrigé dans la pièce jointe. J'ai remis l'API de la version 3 pour t'aider un peu plus: http://www.isis-fish.org/isis-fish-3.3.0/apidocs/ Attention aussi: - un plan independant doit herité de AnalysePlanIndependent au lieu de AnalysePlan. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Plan d'analyse independant
by Jessica Andre June 25, 2012

June 25, 2012

Re-bonjour, Je recommence donc mon plan d'analyse depuis le départ, en me basant sur celui de Sigrid qu'il y a sur le web pour qu'il soit independant. Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je travaille toujours sur la version 3.3.0.7 (j'ai quasiment fini le projet...). J'en ai remplace certaine et ca ne m'affiche pas d'erreur mais pour d'autres, ca coince. Je vois bien que java n'est pas content mais je n'arrive pas a trouver la syntaxe correcte et a corriger le code... J'ai attache le Plan d'analyse en PJ au cas ou quelqu'un aurait une idée lumineuse... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant
by Bastien Preuss June 22, 2012

June 22, 2012

De mon coté je ne saurais taider sur ce point. Par contre fait attention dans tes scripts à bien éviter les accents qui créés la multiplication de signes divers. Ces signes saccumulent et à la longue ça peut poser problème, il mest arrivé de planter mes simulations à cause de ça. Bon courage pour la suite. Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : vendredi 22 juin 2012 11:10 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] Plan d'analyse independant Re-bonjour, Je recommence donc mon plan danalyse depuis le départ, en me basant sur celui de Sigrid quil y a sur le web pour quil soit independant. Depuis, certaine fonction on été « deprecated » et en plus je travaille toujours sur la version 3.3.0.7 (jai quasiment fini le projet). Jen ai remplace certaine et ca ne maffiche pas derreur mais pour dautres, ca coince. Je vois bien que java nest pas content mais je narrive pas a trouver la syntaxe correcte et a corriger le code Jai attache le Plan danalyse en PJ au cas ou quelquun aurait une idée lumineuse Merci davance ! Jess **************************************************************************** *********** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs
by Bastien Preuss June 20, 2012

June 20, 2012

Bonjour Jessica, Il me semble que c'est une analyse sous incertitude que tu souhaites faire où le recrutement est ta source d'incertitude. Comme c'est expliqué sur la page "plan d'analyse" du site Isis, et comme le rappel Eric, les calibration utilise des plans séquentiels et les analyses de sensibilité ou d'incertitude utilise des plans indépendant (en général). Donc tu devrais pouvoir utiliser tes 64 processeurs pour le plan de simulation que tu souhaites réaliser. A partir du paramètre que tu souhaites utiliser pour faire varier ton recrutement (mortalité naturelle pré-recrutement, ou nombre d'œufs produit, ou recrutement fixé à l'avance par tes soins, etc.) et du nombre de valeurs que tu souhaites tester pour ce paramètre, il te faut choisir la méthode la plus adapter pour définir ton plan de simulation. Par exemple, si tu veux faire varier ta mortalité naturelle pré-recrutement entre une borne min et max avec 300 valeurs qui sont prises entre ses bornes, tu peux utiliser la méthode FAST (attention ce n'est qu'un exemple, je ne sais pas s'il convient précisément a ton cas). Tu peux regarder ce qu'a fait par exemple Delphine Rocklin dans sa thèse (article E), j'ai l'impression que c'est un peu dans l'idée de ce que tu veux faire mais avec des paramètres différents. Après tout dépend aussi si tu veux conserver la même valeurs de paramètre chaque année d'une simu où si tu souhaites qu'elle varie aussi d'une année sur l'autre. Si tu souhaites faire des choses assez spécifiques, il te faudra probablement passer par la l'utilisation de fichiers avec les valeurs des paramètres à prendre, un peu comme l'a fait Sigrid avec de bonnes ou mauvaises années de recrutement. Dans mon cas j'ai aussi testé un recrutement aléatoire. En ce qui concerne le codage des valeurs entre -1 et 1, c'est effectivement comme cela que fonctionne ISIS, mais cela correspond bien à de "vraies" valeurs (que l'on ne voit pas directement) choisies par la méthode du plan de simulation ou par toi selon le cas. -1 et 1 correspondent aux bornes min et max de l'intervalle de valeurs possibles pour un paramètre, les autres valeurs prises par le paramètre vont se répartir (régulièrement ou non) à l'intérieur de cet intervalle. Dans la thèse de Sigrid tu trouvera des exemples. J'espère que cela pourra t'aider. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jessica Andre Envoyé : mercredi 20 juin 2012 15:08 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Mmm.. Donc il me faut un plan indépendant, avec matrice d'expérience et fichier paramètres. Pour ce que je veux faire, ca se corse un peu du coup. L'idée est de tester différent scenarios de recrutement sur 30 ans (et ce pour chacune de mes 4 espèces simultanément) afin d'obtenir un joli graph des Landings projetés pour chaque espèces (avec la moyenne et 95% confidence intervals). Donc il me faut pas mal de simulations (1000 idéalement...) Une premiere question donc (je suis sure que je vais en avoir d'autres...): 1. Dans les exemples qui sont sur le site web, les modalités sont codées par des entiers dans la matrice d'expérience. Est-ce-que je suis restreinte a -1, 0, 1, ou est-ce-que je peux faire -1,0,1,2,...100 et plus si affinité?! Merci d'avance! Jess -----Original Message----- From: isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] On Behalf Of Eric Chatellier Sent: Tuesday, 19 June 2012 5:57 PM To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Subject: Re: [Isis-fish-users] Lancement de simulations sur plusieurs processeurs Le 19/06/2012 07:40, Jessica Andre a écrit : > > Bonjour, > Bonjour, > > Petite question pratique. J'ai installé ISIS sur un super-ordi (bon, c'est pas > Caparmor.), avec espoir de pouvoir lancer plusieurs simulations simultanément. > Le but à ce stade est de lancer 500 simulations avec différents future > recrutements pour chaque espèce. > > J'ai testé le nouveau joujou avec mon plan de simulation de calibration pour > catchability /q/ (donc a chaque nouvelle simu, le q est changé, 100 q sont > testés en tout) . Mais avec ce format, ISIS n'utilise qu'un processeur sur les > 64 pour cette tache étant donne qu'il fait les simus les unes après les > autres. Y-a-t-il un bout de code que je puisse mettre dans mon plan de > simulation qui spécifie a ISIS qu'il n'a pas besoin d'attendre pour lancer une > autre simu, ce qui devrait théoriquement utiliser les autres processeurs pour > chaque nouvelle simu lancée? Ou un bout de code java qui me permet de lancer > plusieurs instances de ISIS automatiquement (c'est-à-dire que je n'aurai pas a > lancer manuellement les simu depuis l'interface, je sais pas si c'est possible)? > > Parce que si je dois lancer 500 simulations individuellement, on n'est pas > couché. > En fait, Isis peut lancer plusieurs simulation en parallèle, mais pour des simulations indépendantes. Dans votre cas, je pense que votre plan est un plan dépendant : c'est à dire qu'une simulation dépend (ou peut dépendre) des résultats de la précédente, et doit attendre qu'une simulation soit terminée pour lancer la suivante. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Lancement de simulations sur plusieurs processeurs
by Jessica Andre June 20, 2012

June 20, 2012

Bonjour, Petite question pratique. J'ai installé ISIS sur un super-ordi (bon, c'est pas Caparmor...), avec espoir de pouvoir lancer plusieurs simulations simultanément. Le but à ce stade est de lancer 500 simulations avec différents future recrutements pour chaque espèce. J'ai testé le nouveau joujou avec mon plan de simulation de calibration pour catchability q (donc a chaque nouvelle simu, le q est changé, 100 q sont testés en tout) . Mais avec ce format, ISIS n'utilise qu'un processeur sur les 64 pour cette tache étant donne qu'il fait les simus les unes après les autres... Y-a-t-il un bout de code que je puisse mettre dans mon plan de simulation qui spécifie a ISIS qu'il n'a pas besoin d'attendre pour lancer une autre simu, ce qui devrait théoriquement utiliser les autres processeurs pour chaque nouvelle simu lancée? Ou un bout de code java qui me permet de lancer plusieurs instances de ISIS automatiquement (c'est-à-dire que je n'aurai pas a lancer manuellement les simu depuis l'interface, je sais pas si c'est possible)? Parce que si je dois lancer 500 simulations individuellement, on n'est pas couché... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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