March 2020 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta May 10, 2022

May 10, 2022

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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ISIS - Système de projection
by Charlotte Sève March 8, 2021

March 8, 2021

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait quel est le système de projection utilisé dans ISIS ? Merci beaucoup ! Ciao Charlotte -- *--* *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE (USR 3278 CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 | Skype: charlotteseve Mail: charlotte.m.seve(a)gmail.com

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Out of memory error; java heap space; GC overhead limit exceeded
by Audric Vigier Sept. 8, 2020

Sept. 8, 2020

Bonjour, Je fais tourner mes simulations sur une longue durée; 40 ans, au lieu de 10 habituellement. Je les ai fait tourner dans un plan de simulation test (21 simulations, pour 19 en //; je sais c'est pas malin, mais l'idée étant de faire tourner ça la nuit ça allait). Elles ne sont pas allées jusqu'aux 40 ans, mais se sont arrêtées avant, entre 36 et 39 ans ; voir PJ. En regardant dans le debug des simulations, je retrouve 20 fois Java heap space, et une fois GC overhead limit exceeded (voir bas de message pour les 3 différentes erreurs que j'ai trouvées dans le debug) Je travaille avec des simulations utilisant 4 règles, dont 2 produisent des .csv (5.5MB pour le plus lourd). Elles ont besoin de paramètres définis dans le contexte (context.setComputeValue[...]), il y en a des milliers. Je demande à supprimer les résultats après les exports (bien qu'en réalité, le répertoire results/matrix de chaque simulation contient plein de .gz). Je sauvegarde 4 exports : Abondances, AbondancesBeginMonth, CapturesNombre et RejetsNombre. Les 2 derniers sont très lourds et avoisinent les 1GB chacun; contre environ 25 MB pour chaque export d'abondance. Quelles pistes pour éviter d'en demander trop à ISIS? A+ Audric ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:40:33,132|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.Arrays.copyOfRange(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuffer.toString(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.toString(BasicMatrix.java:380) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.toString(MatrixNDImpl.java:206) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at java.lang.String.valueOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:446) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:40:33,148|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_13\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0

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erreur en rechargeant une ancienne simu (V4.4.2.5) dans la version 4.4.4.1
by Sigrid LEHUTA May 15, 2020

May 15, 2020

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:275) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:237) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.id.factory.internal.DefaultIdentifierGeneratorFactory.injectServices(DefaultIdentifierGeneratorFactory.java:152) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.injectDependencies(AbstractServiceRegistryImpl.java:286) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:243) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.boot.internal.InFlightMetadataCollectorImpl. (InFlightMetadataCollectorImpl.java:175) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:118) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:473) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:84) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:223) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:176) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:260) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:76) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:689) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:107) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:246) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:101) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:263) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.throwPoolInitializationException(HikariPool.java:576) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:562) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:115) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:81) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLNonTransientException: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:505) at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:429) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:194) at org.h2.message.DbException.convert(DbException.java:347) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:333) at org.h2.engine.Database. (Database.java:301) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:74) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:192) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:171) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:166) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:29) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:340) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:173) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:152) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:136) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:369) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newPoolEntry(PoolBase.java:198) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.createPoolEntry(HikariPool.java:467) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:541) ... 63 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2213) at org.h2.mvstore.MVMap.readPage(MVMap.java:672) at org.h2.mvstore.MVMap.readOrCreateRootPage(MVMap.java:688) at org.h2.mvstore.MVMap.setRootPos(MVMap.java:682) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:576) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:535) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:516) at org.h2.mvstore.MVStore.removeMap(MVStore.java:2742) at org.h2.engine.Database.handleUpgradeIssues(Database.java:866) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:742) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:307) ... 78 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unsupported type 17 [1.4.200/3] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.newType(ObjectDataType.java:165) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:229) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:114) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:605) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:239) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2211) ... 88 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2020

March 31, 2020

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] Datarmor : usage des noeuds de login
by slehuta March 25, 2020

March 25, 2020

Bonjour, je lance des simulation ISIS-Fish sur datarmor en utilisant la configuration habituelle qui normalement ne pose pas probleme. Je transmet le message à code lutin car je ne comprends pas ce que vous demandez. Avez vous interompu mes jobs? Eric, vaut il mieux que je configure les lancements datarmor pour utiliser le isis-database-4 sur mon datawork plutot qu en local ? Merci Le 2020-03-22 12:11, Denis Croizé-Fillon a écrit : > Bonjour, > > Merci de ne pas faire de transfert (rsync cp scp ...) via les noeuds de login : > > Pour les échanges avec l'extérieur : > - un accès ftp est possible à votre repertoire scratch : /home1/scratch/slehuta/eftp qui correspond au répertoire scratch une fois connecter en ftp sur eftp.ifremer.fr avec login et password extranet > - un échange via la queue ftp est possible : /appli/services/exemples/pbs/ftp.pbs > > Pour des échanges importants au sein des espaces de stockage de datarmor : lancer un job en interactif sur sequentiel et réaliser le traitement. Voici un exemple pour 1h avec 10 Go de mémoire réservé > > qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=10gb -l walltime=01:00:00 > > Pour les questions sur l'usage de la machine : assistance(a)ifremer.fr > > Denis

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Calcul du nombre d'oeufs produits - boucle sur les groupes
by BACH Adrian March 20, 2020

March 20, 2020

Bonsoir, J’espère que votre confinement se passe bien ! Une petite question java : je voudrais calculer le nombre d’œufs produits pendant la période de fraye d’un seul mois sur une seule zone de pop avec le calcul suivant (champ ‘équation de reproduction’ dans le panneau ‘Reproductions’) // nombre d'oeufs produits = somme sur les groupes 4 à 7 du calcul sexRatio*fecondite*[nombre de poissons dans le groupe]*[leur poids] Je suis complètement nouveau en java donc je ne sais trop comment obtenir les valeurs entre crochets, mais je pensais à un truc comme ça : //double prodOeufs = 0; // //for(PopulationGroup g : pop.getPopulationGroup().get()){ // if (g < 4) { // return 0; // } else { // double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); // prodOeufs = prodOeufs + res; // } //} //return prodOeufs; Mais j’obtiens les erreurs suivantes : 1. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 23) if (g < 4) { ^^^^^ The operator < is undefined for the argument type(s) PopulationGroup, int ---------- 2. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3 problems (3 errors) Pourriez-vous me donner un petit coup de main ou partager un script faisant sensiblement le même calcul ? Merci et bonne soirée, Adrian ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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creation de listes
by Sigrid LEHUTA March 10, 2020

March 10, 2020

Mon ignorance de java me bloque... :-( Je veux creer des listes de doubles ou int, de taille connue et initialisées à 0 (ou autre) pour eviter les problemes quand un element est appelé la premiere fois. J ai tenté : double[] tabAbGroup = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); 21. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY_newTACcomput_SoleSMAC.java (at line 272) List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); Comment faut il reelement faire ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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v4.4.4.1 ne s'ouvre pas
by Stephanie MAHEVAS March 6, 2020

March 6, 2020

Bonjour Eric je n'arrive pas non plus à ouvrir ISIS v4.4.4.1. j'ai l'impression que cela vient d'un pb de synchronisation (svn) entre isis-fish-4 et isis-fish-4-copie (copie faite avant l'ouverture de la v4.4.4.0) ... car mon isis-fish-4 etait vide (depuis ta derniere manip sur mon ordi) et il est plein sans que je n'ai eu le temps de copier les simus ou quoi que ce soit... Et je ne comprends pas pourquoi/comment il pourrait y avoir des synchro entre ces deux repertoires. C'est embetant ces bases qui sont corrompues sans qu'on ne comprenne pourquoi et qui necessitent des manipulations pas très robustes. Tu peux voir d'ou vient le probleme ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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lancement simu sur datarmor
by Sigrid LEHUTA March 6, 2020

March 6, 2020

J'ai lancé un plan sur datarmor. j avais testé la config c etait ok. Il a crée 2simus sur 81 dont le status est bloqué à "Connexion à datarmor" puis pause... helas le debug est trop gros pour etre ouvert (j ai lancé un autre plan en local...) Comment savoir ce qui ne va pas ? en pj la copie d ecran de config et fenetre de lancement merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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