March 2014 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2014

March 31, 2014

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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durée de la règle TailleMin ?
by Loic GASCHE March 25, 2014

March 25, 2014

Bonjour, En regardant le fichier "information" dune de mes dernières simus je me suis rendu compte que la ligne ruleTime.post.TailleMin avait une valeur environ 100 fois plus élevée que les autres. Cela signifie-t-il que le temps nécessaire pour faire la postAction de la règle TailleMin a effectivement été 100 fois plus élevé que pour faire n'importe quelle autre partie de n'importe quelle autre règle ? Si c'est le cas, n'est-ce pas étrange ? Cette règle ne fait pas partie des plus compliquées créées et la postAction semble essentiellement consister en la mise à jour des valeurs d'une matrice. Loïc

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Re: [Isis-fish-users] plantage simulateur par cellule
by Eric Chatellier March 20, 2014

March 20, 2014

Le 10/03/2014 17:42, Yves Reecht a écrit : > Salut, > > Voici les bases et paramètres de simulation. > Dis moi s'il te faut davantage d'infos. > > J'ai mis les paramètres avec les règles TACs2008-2011 + HCR transition MSY, > mais le problème reste le même sans règle. Les deux bases tournent correctement mais demande pas mal de mémoire pendant qu'elle tourne. Et finalement, tu les lances comme comme Loic les lance ? Il ne semble pas y avoir de spécificité, donc ça me ferais plus penser un problème ailleurs. Combien ton ordinateur a-t-il de mémoire ram au total ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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plantage simulateur par cellule
by Yves Reecht March 10, 2014

March 10, 2014

Bonjour à tous, Comme prérequis au couplage ISIS-Marxan with zone sur lequel je travaille, j'essaye de faire tourner le modèle de Loïc (base 7D_v11), limité aux populations de sole et plie, avec le simulateur par cellule. Hors la simulation plante systématiquement (avec ou sans mesure de gestion) au premier mois. Pas de souci en revanche avec le simulateur par défaut. Auriez-vous une quelconque idée de la cause ? Je joins le log et les paramètres de simu. Merci d'avance, Yves -- ------------------------------------------------------------ Yves REECHT Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER - Centre Manche Mer du Nord 150, Quai Gambetta 62200 Boulogne-sur-Mer FRANCE tel. +33 (0)3 21 99 56 09 --------------------------------------------------)><))))°>

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Temps de simu très variables pour les simus d'une même AS ?
by Loic GASCHE March 7, 2014

March 7, 2014

Bonjour, C'est un phénomène qu'on observe assez souvent, mais que je n'arrive pas à expliquer : des simulations d'une même AS ne durent pas du tout le même temps dans certains cas quand on les fait tourner sur caparmor. Par exemple, dans ma grosse AS qui avait planté, j'ai retrouvé deux simus qui avaient tourné et avaient été téléchargées correctement (la 161 et la 193), ce qui veut dire qu'elles avaient tourné en moins de 3 heures. J'en ai encore eu un exemple assez frappant ce matin. J'ai repris les paramètres de ma grosse AS pour faire des tests de petites AS afin de voir si les options PBS fonctionnent. Sur les 4 simus de l'AS une d'entre elles a plus de 2 ans d'avance sur les autres en milieu de simu ! C'est très loin d'être négligeable. Donc je me demandais si on a une idée de la causes de ces ralentissements/accélérations, et si ca ne peut pas être lié au fait qu'on gagne si peu de temps en écrivant dans la ram alors qu'on avait prévu d'en gagner beaucoup plus ? Loïc

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directive PBS depuis l'interface caparmor d'ISIS ?
by Loic GASCHE March 3, 2014

March 3, 2014

Bonjour, Dans son dernier mail Denis indique qu'on peut augmenter nous-mêmes le temps alloué à chaque simu en faisant : "une directive PBS" #PBS -l walltime=05:00:00 ce qui correspond à 5 heures dans cet exemple. Je suis assez surpris qu'ils laissent cette option à l'utilisateur, mais bon si c'est le cas ça nous arrange. La question est : peut-on ajouter ce bout de code depuis l'interface ISIS ? On a une case qui s'appelle "emplacement des exécutables PBS", faut-il le mettre là ? J'ai essayé d'y ajouter -l walltime=05:00:00, ca cause une erreur et rien ne se lance. Loïc

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