April 2015 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

HSA（Heterogeneous System Architecture） and Java
by Tina ODAKA April 20, 2015

April 20, 2015

Hello isis-fish developper. I was on phone with AMD, and they were explaining to me that java can run in GPGPU architecture. which means that you can run your java code not only using your CPU but graphical processor part of a computer. http://developer.amd.com/resources/java-zone/ did you know that? are you interested? As we'll move from machine caparmor to machine datarmor, I would like to know if you are interested in such optimisation in future or not, regards, Tina -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IMN - IFREMER Pôle de Calcul Intensif pour la Mer (PCIM) Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ==================================================

3 2

comment acceder aux "variables" d'une population dans SiMatrix ?
by Sigrid Lehuta April 20, 2015

April 20, 2015

Comme le dit le titre : dans SiMatrix je veux accéder a la valeur d'une variable d'une population (onglet variables), son petit nom est "FonCatch". je sais le faire ds une regle avec context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") mais ds si matrix on a pas de context... Si ca n'est pas possible comme ca, voici ce que je veux faire : la mortalité par peche par groupe est calculée sur les captures ou sur les debarquements selon l'espece. J'ai donc crée la variable FonCatch qui vaut 1 si F est calculee sur les captures et 0 sinon. et je veux que la methode fishingMortalityPerGroup en tienne compte. Cf dessous. Pouvez vous proposer autre chose si ca ne va pas? Merci ! public MatrixND fishingMortalityPerGroup(TimeStep step, Population pop, ResultStorage resManager) throws TopiaException { double Fgroup = 0; double Cgroup = 0; double Mgroup = 0; double NgroupJan = 0; List<Population> populations = Collections.singletonList(pop); List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); MatrixND tfgMatrix = MatrixFactory.getInstance().create( ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP, new List[]{populations, groups}, // On travaille sur les pops ET les groupes new String[]{n("Population"), n("Group")}); for (PopulationGroup group : groups) { if (step.getMonth() == Month.DECEMBER) { MatrixND catchPerStrategy = null; for (TimeStep loopstep = new TimeStep(step.getYear() * 12); loopstep.beforeOrEquals(step); loopstep=loopstep.next()) { // On fait cette boucle pour contourner les aspects de cache qui font que les resultats ne sont pas recuperes //s'ils ont deja ete calcules une fois (meme s'ils ont change depuis) // beforeOrEquals sert a bien prendre Decembre aussi if(context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") == null || context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") == 1){ MatrixND catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); }else { MatrixND catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_LANDING_PER_MET); } if (catchPerStrategy == null) { catchPerStrategy = catchPerStrategyTemp.clone(); // On clone la matrice car si on fait les operations sur celle contenue dans le cache on la modifie et donc on recupere des resultats faux. } else { catchPerStrategy = catchPerStrategy.add(catchPerStrategyTemp); // Pour avoir la somme des captures sur les 12 mois } } //log.info("catchPerStrategy = " + catchPerStrategy); catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(0); // Strategy catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(1); // Metier catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(3); // Zone : une pop peut avoir plusieurs zonespop dans ISIS List semgroup = catchPerStrategy.getSemantic(2); catchPerStrategy = catchPerStrategy.reduce(); // Enleve les dimensions de taille 1 catchPerStrategy.setSemantic(0, semgroup); // Ne plait pas a Eric Cgroup = catchPerStrategy.getValue(group); //log.info("Cgroup = " + Cgroup + "Year=" + step.getYear()); //log.info("catchPerStrategy = " + catchPerStrategy + "Year=" + step.getYear()); MatrixND naturalDeathRatePop = pop.getNaturalDeathRateMatrix(); naturalDeathRatePop = naturalDeathRatePop.meanOverDim(1); // moyenne sur Zone naturalDeathRatePop = naturalDeathRatePop.reduce(); // Enleve les dimensions de taille 1 Mgroup = naturalDeathRatePop.getValue(group); //log.info("Mgroup= " + Mgroup + "Year=" + step.getYear()); MatrixND abundancePopJan = resManager.getMatrix(new TimeStep(12*step.getYear()), pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE_BEGIN_MONTH); // Le timestep 0 correspond a janvier de la premiere annee et les annees sont numerotees a partir de zero abundancePopJan = abundancePopJan.sumOverDim(1); // somme sur Zone abundancePopJan = abundancePopJan.reduce(); NgroupJan = abundancePopJan.getValue(group); //log.info("NgroupJan = " + NgroupJan + "Year=" + step.getYear()); ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, Mgroup, NgroupJan); Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0,2.0,1.0e-10, f); // step ?? //log.info("Fgroup = " + Fgroup); tfgMatrix.setValue(pop, group, Fgroup); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ? } else { //Fgroup = 0; // Ce n'est plus une valeur unique mais une matrice, est-ce que cette notation peut fonctionner ? tfgMatrix.setValue(pop, group, 0); // Bien faire attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ? } } //log.info("tfgMatrix = " + tfgMatrix); //log.info("tfg.DimensionNames = " + Arrays.toString(tfgMatrix.getDimensionNames())); //log.info("tfg.Semantics = " + Arrays.toString(tfgMatrix.getSemantics())); return tfgMatrix; }

2 9

Re: [Isis-fish-users] comment acceder aux "variables" d'une population dans SiMatrix ? et calcul de Fishingmortality per group
by Sigrid Lehuta April 17, 2015

April 17, 2015

Je m apercois que ca implique aussi de calculer fishing mortality par group apres la post action, sinon pas de landing disponible... Le 17 avril 2015 18:17, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > Comme le dit le titre : > dans SiMatrix je veux accéder a la valeur d'une variable d'une population > (onglet variables), son petit nom est "FonCatch". je sais le faire ds une > regle avec context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") > > mais ds si matrix on a pas de context... > > > > Si ca n'est pas possible comme ca, voici ce que je veux faire : > la mortalité par peche par groupe est calculée sur les captures ou sur les > debarquements selon l'espece. J'ai donc crée la variable FonCatch qui vaut > 1 si F est calculee sur les captures et 0 sinon. et je veux que la methode > fishingMortalityPerGroup en tienne compte. Cf dessous. > > Pouvez vous proposer autre chose si ca ne va pas? > Merci ! > > > public MatrixND fishingMortalityPerGroup(TimeStep step, Population pop, > ResultStorage resManager) throws TopiaException { > double Fgroup = 0; > double Cgroup = 0; > double Mgroup = 0; > double NgroupJan = 0; > > List<Population> populations = Collections.singletonList(pop); > List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); > > MatrixND tfgMatrix = MatrixFactory.getInstance().create( > ResultName.MATRIX_FISHING_MORTALITY_PER_GROUP, > new List[]{populations, groups}, // On travaille sur les > pops ET les groupes > new String[]{n("Population"), n("Group")}); > > for (PopulationGroup group : groups) { > > if (step.getMonth() == Month.DECEMBER) { > > MatrixND catchPerStrategy = null; > > for (TimeStep loopstep = new TimeStep(step.getYear() * > 12); loopstep.beforeOrEquals(step); loopstep=loopstep.next()) { > // On fait cette boucle pour contourner les aspects de > cache qui font que les resultats ne sont pas recuperes > //s'ils ont deja ete calcules une fois (meme s'ils ont > change depuis) > // beforeOrEquals sert a bien prendre Decembre aussi > if(context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") == null || > context.get(pop).getAsDouble("FonCatch") == 1){ > MatrixND catchPerStrategyTemp = > resManager.getMatrix(loopstep, pop, > ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); > }else { > MatrixND catchPerStrategyTemp = > resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_LANDING_PER_MET); > } > if (catchPerStrategy == null) { > catchPerStrategy = catchPerStrategyTemp.clone(); > // On clone la matrice car si on fait les > operations sur celle contenue dans le cache on la modifie et donc on > recupere des resultats faux. > } else { > catchPerStrategy = > catchPerStrategy.add(catchPerStrategyTemp); // Pour avoir la somme des > captures sur les 12 mois > } > } > > //log.info("catchPerStrategy = " + catchPerStrategy); > catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(0); // > Strategy > catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(1); // > Metier > catchPerStrategy = catchPerStrategy.sumOverDim(3); // Zone > : une pop peut avoir plusieurs zonespop dans ISIS > List semgroup = catchPerStrategy.getSemantic(2); > catchPerStrategy = catchPerStrategy.reduce(); // Enleve > les dimensions de taille 1 > catchPerStrategy.setSemantic(0, semgroup); // Ne plait pas > a Eric > Cgroup = catchPerStrategy.getValue(group); > //log.info("Cgroup = " + Cgroup + "Year=" + > step.getYear()); > //log.info("catchPerStrategy = " + catchPerStrategy + > "Year=" + step.getYear()); > > MatrixND naturalDeathRatePop = > pop.getNaturalDeathRateMatrix(); > naturalDeathRatePop = naturalDeathRatePop.meanOverDim(1); > // moyenne sur Zone > naturalDeathRatePop = naturalDeathRatePop.reduce(); // > Enleve les dimensions de taille 1 > Mgroup = naturalDeathRatePop.getValue(group); > //log.info("Mgroup= " + Mgroup + "Year=" + > step.getYear()); > > MatrixND abundancePopJan = resManager.getMatrix(new > TimeStep(12*step.getYear()), pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE_BEGIN_MONTH); > // Le timestep 0 correspond a janvier de la premiere annee et les annees > sont numerotees a partir de zero > abundancePopJan = abundancePopJan.sumOverDim(1); // somme > sur Zone > abundancePopJan = abundancePopJan.reduce(); > NgroupJan = abundancePopJan.getValue(group); > //log.info("NgroupJan = " + NgroupJan + "Year=" + > step.getYear()); > > ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, > Mgroup, NgroupJan); > Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0,2.0,1.0e-10, f); // > step ?? > > //log.info("Fgroup = " + Fgroup); > > tfgMatrix.setValue(pop, group, Fgroup); // Bien faire > attention a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ? > > } else { > //Fgroup = 0; // Ce n'est plus une valeur unique mais une > matrice, est-ce que cette notation peut fonctionner ? > tfgMatrix.setValue(pop, group, 0); // Bien faire attention > a l'endroit ou on met cette etape (quelle boucle) ? > } > } > > //log.info("tfgMatrix = " + tfgMatrix); > //log.info("tfg.DimensionNames = " + > Arrays.toString(tfgMatrix.getDimensionNames())); > //log.info("tfg.Semantics = " + > Arrays.toString(tfgMatrix.getSemantics())); > > return tfgMatrix; > } >

1 0

erreur à l'ouverture d'un fichier formule
by Stephanie MAHEVAS April 15, 2015

April 15, 2015

voici l'erreur que j'ai lorsque j'ouvre le fichier dans l'interface VCS d'ISIS merci Stephanie java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: -1 at java.lang.String.substring(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptAction.loadScript(ScriptAction.java:459) at fr.ifremer.isisfish.ui.script.ScriptAction.valueChanged(ScriptAction.java:421) at javax.swing.JTree.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.JTree$TreeSelectionRedirector.valueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.notifyPathChange(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPaths(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPath(Unknown Source) at javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressedDND(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

règle faisant appel à des formules
by Stephanie MAHEVAS April 15, 2015

April 15, 2015

Eric, on souhaite faire une regle qui dans le init va remplacer une equation de reproduction par une formule enregistree dans formules/Reproductions (type pre-simu) dans la regle on importe les formules de Reproduction import formules.Reproduction; //to get a saved equation on donne en parametre le nom du modele public String param_nommodel = "reproModel.java"; mais ensuite 1. comment recuperer le modele de reproduction reproModel.java ? 2. comment ecraser l'ancienne equation? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

3 8

boucle dans init de regle
by Stephanie MAHEVAS April 15, 2015

April 15, 2015

dans une presentation sur la chronologie des actions dans ISIS à chaque pas de temps, on avait marqué que le init des regles se faisait uniquement avant t=0 et que ca bouclait sur les metiers. Pourtant il n'y a pas metiers dans les arguments de la methode init. Est-ce que quelqu'un peut confirmer ou infirmer qu'il n'y a pas de boucle sur les metiers? Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 1