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[Isis-fish-user] Probleme importation automatique de fichier sous R
by chirine HUSSEIN May 18, 2009

May 18, 2009

Bonjour à tous, Nous avons un petit probleme sous R. Nous voulons importer 256 fichiers de Biomasse, par exemple, qui contiennent les resultats de simulations. Seul le numero du nom du repertoire de la simulation change dans le chemin d'acces au fichier. Savez-vous comment on pourrait automatiser la procedure d'importation de ses fichier dans R, sans avoir a repeter 256 fois la ligne de commande d'importation ? Par exemple au moyen d'un boucle for et envoyer les resultats dans une liste ? ------------------------------------------------------------ Exemple de commandes, non automatises : BIOM[[1]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_0\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) BIOM[[2]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) . . . BIOM[[256]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_256\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) ---------------- Exemple de programme qui permettrait d'automatiser (Non focntionnal car il reste un seul probleme : le numero du nom du repertoire doit changer de maniere automatique (comment introduire une sorte d'indice i) for (i in 1:nrow(SumBIOM)) { BIOM[[i]]<-read.table("C:\\AS_89 2009-05-15-09-13_1\\Biomasses.CSV", sep=";", header=T) } Merci d'avance

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[Isis-fish-user] plan d'anlyse
by chirine HUSSEIN May 14, 2009

May 14, 2009

Bonjour à tous, Je suis en train de tourner les simulations de l’analyse de sensibilité (au totale 256 sim). Cependant, à couse d’un problème de mémoires sur les simulations n’avancent plus. J’ai relancé le plan en indiquant à quelle ligne de la matrice, je dois commencer à faire tourner les simulations. Mais ça ne marche toujours pas, il me met le message « L’élément demandé {0} n’existe pas dans la matrice [256, 9] ». Je vous envoie du fichier d’erreur ? Merci pour l’avance chirine

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[Isis-fish-user] modifier les effectifs initiaux
by chirine HUSSEIN May 11, 2009

May 11, 2009

Bonjour à tous, dans le script de l'analyse de sensibilité, je voudrais modifier les effectifs initiaux , y-a-il une moyenne? j'ai regardé dans l'API, mais je pense qu'il y a rien? merci chirine

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[Isis-fish-user] modifier les effectifs initiaux
by chirine HUSSEIN May 11, 2009

May 11, 2009

Bonjour à tous, dans le script de l'analyse de sensibilité, je voudrais modifier les effectifs initiaux , y-a-il une moyenne? j'ai regardé dans l'API, mais je pense qu'il y a rien? merci chirine

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[Isis-fish-user] analyse de sensibilité
by chirine HUSSEIN May 7, 2009

May 7, 2009

Bonjour à tous, Toujours pour l’analyse de sensibilité , mon plan d’analyse pour 9 paramètres, à priori, j’ai un problème avec un seul (facteur de ciblage) , dans l’interface Editeur de script, le plan d’analyse est correcte, mais les simulations ne tournent pas, et quand j’enlève tous ce qui concerne le facture de ciblage (dans le script), les simulations tournent bien. Je vous envoie le script du plan d’analyse, et le fichier d’erreur. Pourrez-vous jeter un coup d’œil. Merci bien pour l’avance. Chirine

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[Isis-fish-user] Résultats d'une simulation : uniquement abondances / Bug si temps de simu trop long
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr May 7, 2009

May 7, 2009

Bonjour les ISISiens, j'ai fait tourner quelques simus, et 2 soucis, si vous pouvez m'éclairer : 1) une des simus a très bien fonctionné, elle a calculé les abondances de l'espèce sur 5 ans...par contre, quand j'essaye d'afficher l'évolution des captures, là ça ne marche plus, ISI me laisse un graphique tout blanc, sans aucune valeur... 2) j'ai essayé de lancer une simu sur un pas de tps plus long (10 à 30 ans) et ça tourne pour la première année (mais sacrément long) et puis ça bugg...est-ce trop lourd ? Un souci de mémoire ? Merci Delphine

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Re: [Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Eric Chatellier April 28, 2009

April 28, 2009

Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Oui, mais NaturalDeathRate est un string et pas un double...je ne peux > donc pas modifier la ligne "string mortalitenaturelle" en "double > mortalitenaturelle" et quel est sa valeur par exemple ? une équation (comme le demandais Sigrid) ? > Le souci c'est que je ne comprends pas ce que signifie i.hasNext() par > exemple. Pour MatrixIterator, il me semble comprendre que cela > correspond à la nouvelle matrice que l'on va créer ds l'analyse de > sensibilité, pour remplacer les valeurs actuelles de la matrice > mortalité naturelle ( MatrixND mn ?). mais je ne sais pas à quoi > correspondent "i.hasNext(), "i.next()" et "i.setValue"... > Pouvez-vous m'éclairer là-dessus ? Un itérateur est un pointeur sur un élément de la matrice. - i.hasNext() renvoie vrai, s'il y a encore un élément après l'élément courant - i.next() déplace le pointeur sur le prochain élément. - i.setValue() change la valeur actuellement pointer Donc pour une matrice de double, i.getValue() est un double aussi. > Merci > delphine PS : pouvez vous répondre sur isis-fish-user(a)lists.labs.libre-entreprise.org on vous répondra mieux que moi, je pense ;) -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Isis-fish-user] [Fwd: avec le script c'est mieux]
by Sigrid LEHUTA April 28, 2009

April 28, 2009

-------- Message original -------- Sujet: avec le script c'est mieux Date: Tue, 28 Apr 2009 15:48:56 +0200 De: Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr Pour: Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> Références: <20090424154608.9nxxssik0s44skcw(a)www.ifremer.fr> <49F1C30E.1010508(a)codelutin.com> <49F1C41C.40309(a)codelutin.com> <20090428114147.vdio0m5s048kg4wo(a)www.ifremer.fr> <49F6D4CA.1070409(a)codelutin.com> <49F6FA36.1050700(a)ifremer.fr> Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : > En fait , j ai pas ton script mais dans > > NATURALDEATHRATE > > tu mets (a priori) l'equation de mortalité, non ? donc un string non ? > > Eric Chatellier a écrit : >> Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : >> >>> Bonjour, >>> >> Bonjour, >> >>> j'ai encore un petit pb avec le script PlanAnalyse....il reste juste >>> un petit souci au niveau de la ligne 300, pour la mortalité naturelle >>> (j'ai réussi à régler le pb de la capturabilité). J'ai vu sur le wiki >>> que la valeur est un "double", mais il semble que le script attende >>> qqch en "string"...je ne sais pas comment tourner le script pour faire >>> ça... >>> >>> Pourriez-vous m'indiquer quelques conseils ? >>> >>> >> La methode attend bien un double. >> >> Mais en argument, vous essayez de multiplié un double et un string >> (mortalitenaturelle) ce qui n'a pas de sens. >> >> Au lieu de : >> String mortalitenaturelle = getString(NATURALDEATHRATE, simNum); >> ne faut-il pas mettre : >> double mortalitenaturelle = getDouble(NATURALDEATHRATE, simNum); >> >>> Ci-joint le script >>> >>> Merci >>> Delphine >>> > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Doctorante > Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique > IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 > Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 > > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65

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Re: [Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Eric Chatellier April 28, 2009

April 28, 2009

Delphine.Rocklin(a)ifremer.fr a écrit : > Bonjour, Bonjour, > j'ai encore un petit pb avec le script PlanAnalyse....il reste juste > un petit souci au niveau de la ligne 300, pour la mortalité naturelle > (j'ai réussi à régler le pb de la capturabilité). J'ai vu sur le wiki > que la valeur est un "double", mais il semble que le script attende > qqch en "string"...je ne sais pas comment tourner le script pour faire > ça... > > Pourriez-vous m'indiquer quelques conseils ? > La methode attend bien un double. Mais en argument, vous essayez de multiplié un double et un string (mortalitenaturelle) ce qui n'a pas de sens. Au lieu de : String mortalitenaturelle = getString(NATURALDEATHRATE, simNum); ne faut-il pas mettre : double mortalitenaturelle = getDouble(NATURALDEATHRATE, simNum); > Ci-joint le script > > Merci > Delphine -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Isis-fish-user] Plan d'Analyse ne s'ajoute pas dans l'onget Analys de sensibilité
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr April 24, 2009

April 24, 2009

Bonjour les ISIS user j'ai un petit souci avec l'analyse de sensibilité. J'essaye de télécharger mon fichier PlanAnalyse depuis la fenêtre du lanceur de simulations, mais ça ne marche pas. J'ai placé mon fichier Plananalyse dans le dossier "AnalysePlan" de isis-database-3 (avec les 2 autres fichiers Calibration et Max qui y sont par défaut). J'arrive à trouver mon fichier dans la liste déroulante, cependant, lorsque je fais "ajouter", il ne se passe rien, il n'apparaît pas dans la fenêtre en-dessous... Qu'est-ce que j'ai mal fait ? Est-ce que ça peut provenir d'une erreur dans le script ? Ou peut-être le fichier n'est pas placé au bon endroit ? Merci Delphine

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