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creation de listes
by Sigrid LEHUTA March 10, 2020

March 10, 2020

Mon ignorance de java me bloque... :-( Je veux creer des listes de doubles ou int, de taille connue et initialisées à 0 (ou autre) pour eviter les problemes quand un element est appelé la premiere fois. J ai tenté : double[] tabAbGroup = {0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); 21. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\HCR_transition_MSY_newTACcomput_SoleSMAC.java (at line 272) List<Double> listAbGroup = new ArrayList<Double>(Arrays.asList(tabAbGroup)); Comment faut il reelement faire ? Merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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v4.4.4.1 ne s'ouvre pas
by Stephanie MAHEVAS March 6, 2020

March 6, 2020

Bonjour Eric je n'arrive pas non plus à ouvrir ISIS v4.4.4.1. j'ai l'impression que cela vient d'un pb de synchronisation (svn) entre isis-fish-4 et isis-fish-4-copie (copie faite avant l'ouverture de la v4.4.4.0) ... car mon isis-fish-4 etait vide (depuis ta derniere manip sur mon ordi) et il est plein sans que je n'ai eu le temps de copier les simus ou quoi que ce soit... Et je ne comprends pas pourquoi/comment il pourrait y avoir des synchro entre ces deux repertoires. C'est embetant ces bases qui sont corrompues sans qu'on ne comprenne pourquoi et qui necessitent des manipulations pas très robustes. Tu peux voir d'ou vient le probleme ? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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lancement simu sur datarmor
by Sigrid LEHUTA March 6, 2020

March 6, 2020

J'ai lancé un plan sur datarmor. j avais testé la config c etait ok. Il a crée 2simus sur 81 dont le status est bloqué à "Connexion à datarmor" puis pause... helas le debug est trop gros pour etre ouvert (j ai lancé un autre plan en local...) Comment savoir ce qui ne va pas ? en pj la copie d ecran de config et fenetre de lancement merci ! -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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simu lente + info bizarre V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

Bonjour, mes simulations mettent beaucoup de temps à démarrer et les informations de durée de chaque etape sont fausses (cf dessous). Voyez vous d ou vient le probleme ? quelles infos vous sont necessaires ? Simulation Information: Duration: 0ns Start: 1970.01.01 01:00:00 End: 1970.01.01 01:00:00 -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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erreur assez similaire en V4.4.2.5
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:271) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:233) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.JdbcServicesImpl.configure(JdbcServicesImpl.java:51) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.handleTypes(MetadataBuildingProcess.java:352) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:111) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:417) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:86) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:213) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:170) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:256) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.ui.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:65) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:691) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:94) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:242) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:210) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:88) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:259) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:512) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:105) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:71) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Row {1} not found in primary index "PUBLIC.SYS_DATA: 180" [90143-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.mvstore.db.MVPrimaryIndex.getRow(MVPrimaryIndex.java:202) at org.h2.mvstore.db.MVTable.getRow(MVTable.java:492) at org.h2.mvstore.db.MVSecondaryIndex$MVStoreCursor.get(MVSecondaryIndex.java:493) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:768) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:286) at org.h2.engine.Database. (Database.java:280) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:66) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:179) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:157) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:140) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:28) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:351) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:124) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:103) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:95) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:101) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:341) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:506) ... 63 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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Rule "removeCatchOther" : null pointer exception
by slehuta March 4, 2020

March 4, 2020

Bonsoir, je m'arrache les cheveux depuis quelques heures sur cette regle de gestion son objectif : retirer des captures en prélevant dans la matrice d'abondance par zone et groupe. La difficulte : les captures sont disponibles cumulees sur toutes les pop d'une espece. On decide donc que si plusieurs pop de l espece sont presentes dans une zone dans laquelle on preleve, on preleve les captures au prorata de l abondance de la pop dans la zone. Autre subtilité enquiquinante, toutes les pop n occupent pas les memes zones (cf mon mail suivant). je crois avoir reussi a contourner tout ca mais il me sort maintenant un null pointer exception pour un bete booleen qui est pourtant declaré ! Voyez vous ce que j'ai raté ? MERCI !!!! pj : - la regle + fichier de captures à prelever - la base - ci dessous le debug 2020-03-03 22:23:43,009 INFO [pool-3-thread-1] (SubProcessSimulationLauncher.java:251) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 0) 2020-03-03 22:23:43,317 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée 2020-03-03 22:23:43,330 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : java.lang.NullPointerException at rules.removeCatchOther.postAction_aroundBody4(removeCatchOther.java:174) at rules.removeCatchOther$AjcClosure5.run(removeCatchOther.java:1) at org.aspectj.runtime.reflect.JoinPointImpl.proceed(JoinPointImpl.java:149) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:121) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPostCall(RuleAspect.java:99) at rules.removeCatchOther.postAction(removeCatchOther.java:161) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:276) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260)

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type Doc deprecated
by Sigrid LEHUTA March 4, 2020

March 4, 2020

Un warning dans une regle de gestion J'ai voulu importer la nouvelle library doc mais apparement c est pas bien : Merci WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The type Doc is deprecated ---------- 2. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\removeCatchOther.java (at line 69) import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import fr.ifremer.isisfish.util.Doc collides with another import statement ---------- 2 problems (1 error, 1 warning) -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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comment tester si double != null
by slehuta March 4, 2020

March 4, 2020

re bonjour, je cherche a tester si une matrice contient une valeur pour un jeu de coordonnées semantics [group,zone] connu. J'ai testé if(mamatrix.getValue(group,zone) != null)... mais un double ne peut pas etre testé pour null... comment on teste alors a part a tester si mamatrix.getSubMatrix(0,group).getSubMatrix(1,zone) != null) ? Merci

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Probleme simulation
by Charlotte Sève Feb. 21, 2020

Feb. 21, 2020

Hello, J'essaye de lancer une simulation et je n'arrive pas à comprendre pourquoi ISIS plante après le premier mois de simu... Est-ce que quelqu'un saurait m'aider là-dessus ? Voilà le debug en p-j Merci beaucoup ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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dRE: Changement de la carte par défaut
by BACH Adrian Feb. 20, 2020

Feb. 20, 2020

Bonjour Eric, Merci pour votre réponse, je viens de réussir à les ajouter, le système de projection qui a fonctionné est WGS, et les latitudes et longitudes semblent bien correspondre. Est-ce surprenant? -----Message d'origine----- De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Envoyé : jeudi 20 février 2020 17:14 À : BACH Adrian <Adrian.BACH(a)seaboost.fr> Cc : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Changement de la carte par défaut Le 20/02/2020 à 16:45, BACH Adrian a écrit : > Bonjour, > > Je suis en train d'essayer de définir la région d'ISIS sur la baie de Toulon, mais la carte par défaut n'est pas assez fine. > J'ai à disposition un shapefile des communes de France et autre du trait de côte (plus fin) de la côte PACA. > J'ai essayé d'ajouter les deux dans ISIS en les projetant au préalable dans le système World Mercator, mais le trait est discontinu et la carte commune ne semble pas apparaître. > Est-ce que ces couches sont suffisantes pour définir terre et mer dans ISIS? Si non, de quel type de fichier ai-je besoin? Je ne connais pas le fonctionnement interne d'un shape file, mais si vous voulez, je peux tester vos fichiers si vous pensez qu'ils devraient fonctionner. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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