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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2017

June 30, 2017

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Pb changement d'engin ISIS-Fish 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier June 15, 2017

June 15, 2017

Bonjour, Je travaille sur la région et une simu disponibles à ce lien pendant 14 jours : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=aa0a3d40-ff68-5bbb-a210-fef… J'ai changé les engins des métiers de langoustiniers (Metier_Lang_...) pour des "chalut jumeau langoustine", au lieu de "chalut jumeau gdG". Les fonctions de sélectivité et le facteur de standardisation changent entre ces engins. Le problème, c'est que depuis ce changement, la simulation avance jusqu'en décembre 0, puis bloque à l'étape "Compute landings and discards". Je suis forcé d'arrêter la simu à la main. Il me reste autant de processus Java fantômes qui tournent pour rien que de simus qui ont bloqué, même après fermeture d'ISIS. Il n'y a pas d'erreur dans le debug. Que peut-il se passer? Bon après-midi, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Comment écrire une Equation dont certaines valeurs soient modifiables via un script
by Benjamin POUSSIN June 8, 2017

June 8, 2017

Salut, Pour faire suite à la réunion de ce matin, voilà comment faire pour écrire une équation dont certaines constantes doivent varier via un script d'optimisation par exemple. L'équation: double maConst = context.getValueAndCompute("maConst", 1); return maConst*3; Ce qu'il faut faire dans le script: // il se peut que l'on est déjà le context en paramètre de la méthode en fonction de la où on est.SimulationContext SimulationContext simContext = SimulationContext.get(); simContext.setComputeValue("maConst", 5); Bien sur il faut déjà être dans une simulation pour que ça fonctionne (par exemple dans une regle de gestion). Dans le cas d'une optimisation, on est en train de construire les simulations mais elles ne s'exécute pas. Il faut donc passer par un pré-script pour que se soit fait dans le context de la simulation. SimulationStorage sim = ... SimulationParameter params = sim.getParameter(); String script = "context.setComputeValue(\"maConst\", 5);" if (params.getUsePreScript()) { script = params.getPreScript() + script; } else { params.setUsePreScript(true); } params.setPreScript(script); sim.setParameter(params); // on force la sauvegarde -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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Remplissage métier
by Pierre ISSAC June 8, 2017

June 8, 2017

Bonjour, est-il possible de créer automatiquement des métier dans ISIS en utilisant une table extérieure ?

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Type mismatch: cannot convert from List<Captures_AgeStructure> to List<Export>
by Sigrid Lehuta May 29, 2017

May 29, 2017

Hello j ai cette erreur d compilation du script en pj. Ca fonction qd je mets plusieurs exports ds la liste mais pas s'il n y en a qu'un. Merci de votre aide ! 1. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\scripts\RunExportOnManySimulationResult.java (at line 62) protected List<Export> exports = Arrays.asList( //new Discards_AgeStructure(), new Captures_AgeStructure() //new Landings_AgeStructure() //new Landings_month(), //new Captures_AgeStructure_month() //new RegionDefinition() ); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<Captures_AgeStructure> to List<Export>

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Utiliser librairie extérieure à ISIS
by Audric Vigier May 29, 2017

May 29, 2017

Bonjour, Je cherche à utiliser une librairie d'optim dans ISIS-Fish (http://openrules.com/jsr331/downloads.htm).Le problème c'est qu'ils ne sont pas clairs sur la manière de l'installer, sauf pour Eclipse, que je ne peux pas utiliser puisque je veux appeler cette librairie depuis une règle de gestion ISIS. J'ai voulu installer org.jcp.jsr331.tck <http://openrules.com/jsr331/org.jcp.jsr331.tck.zip>.zip en le dézippant quelque part et en rajoutant son répertoire dans la variable d'environnement PATH; j'ai aussi copié-collé le contenu de lib contenant tous les .jar dans C:\Program Files (x86)\Java\jre1.8.0_111\lib. Mais quand j'essaye d'appeler la librairie (import javax.constraints.* par exemple, d'après leur documentation .pdf ((http://openrules.com/downloads/jsr331/JSR331.UserManual.v081.pdf))) ISIS me renvoie "The import javax.constraints cannot be resolved", comme si je n'avais rien installé. Que faire pour utiliser cette librairie? Si je ne peux pas l'utiliser avec ISIS, est-ce que vous connaissez d'autres libraires pour résoudre des équations non linéaires en qq lignes de commande? Bon après-midi, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Erreur interface ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier May 29, 2017

May 29, 2017

Rebonjour, Je viens de lancer une simu dans ISIS. Je suis ensuite retourné dans l'interface de la base de données, puis j'ai voulu aller dans celle listant les simulations en cours. Après clic, ISIS m'a renvoyé une erreur "durationMillis must not be negative" dans plusieurs pop-ups., l'interface ISIS étant devenue grise. Une fois les pop-ups fermées, ISIS me renvoie 2 pop-ups dès que je passe la souris là où devraient se trouver les 6 onglets (base de données, simu, visualiser des résultats, ...). J'avais déjà eu l'erreur ce week-end, mais c'est la première fois que j'arrive à la reproduire. J'ai laissé le debug en PJ. A+ Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Methode d'import de matrices avec semantics
by Sigrid Lehuta May 23, 2017

May 23, 2017

Hello, Quelques infos sur le nouveau format d'import de matrices dans isis qui permet d associer les semantics lors de l'import. c est valable dans les scripts mais aussi pour charger les observations dans la base de donnees. le format est celui de la matrice en csv en pj. Voici un exemple de code R qui cree une matrice csv au bon format (année, mois, engin, ages) avec les semantices et un script java qui fait l'import lignes 112-113. Easy !! Le 14 février 2017 à 11:57, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a >> écrit : >> >>> Le 14/02/2017 à 11:18, Sigrid Lehuta a écrit : >>> > Voilà le type de format que la méthode devrait prendre en entrée. >>> Je viens de tester avec la dernière version du code et cela fonctionne >>> avec ton >>> fichier. >>> >>> Par exemple, dans le init() d'une regle, j'ai mis: >>> File matrixFile = new File(param_nomfichier_matrix); >>> MatrixND matrix = MatrixFactory.getInstance().cr >>> eate(matrixFile); >>> >>> Et la "matrix" et bien les sémantiques du bon type. >>> >>> Tu peux tester avec cette version d'Isis: >>> https://forge.codelutin.com/attachments/download/4517/isis-f >>> ish-4.4.1.0-r4389-bin.zip >>> >>> > On avait aussi parlé d'avoir des objets "Step" comme semantics voir des >>> > Integer (pour les années). >>> Pour les sémantiques, tu peux mettre: >>> des objets du modèle : Metier, Stragegy, Population... >>> des types de données Isis : TimeStep >>> des classes java : java.lang.Integer >>> >>> Par exemple: >>> >>> [2,2,2] >>> java.lang.Integer:1,2 >>> TimeStep:1,2 >>> Metier:MonMetier1,MonMetier2 >>> 0;0;0;1 >>> 0;1;0;2 >>> 1;1;0;3 >>> >>> >>> -- >>> Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 >>> >>> _______________________________________________ >>> Isis-fish-devel mailing list >>> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >>> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel >>> >> >> >

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ISIS 4.4.1.0-SNAPSHOT ne charge pas une région
by Audric Vigier May 15, 2017

May 15, 2017

Bonjour, En chargeant une région en particulier, ISIS-Fish me renvoie l'erreur "Can't load region", chose qu'il ne fait pas avec les autres régions. Cette région s'était chargée correctement la dernière fois pourtant. J'ai laissé région + debug en PJ. Bonne journée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Exports après la fin de la simulation
by Sigrid Lehuta May 9, 2017

May 9, 2017

Re Hello, j'utilise le script "runExportsOnManySimulationResults" pour exporter des resultats de 12 simus que j'avais oublier d inclure au moment des simus en particulier les captures aux ages avec l'export Captures_AgeStructure.java. Cela fonctionne il creer les results exports mais seul celui de la première simulation est complet (9 populations, 16 années etc), les autres ont 1 pop et 1 année. J ai verifier dans l interface les resultats sont complets. c est un peu difficile d envoyer une simu elles sont tres lourdes ... (scripts et ex d export incomplet en pj) Voyez vous d ou vient le pb ? Merci

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