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Lancement de simulations sur plusieurs processeurs
by Jessica Andre June 20, 2012

June 20, 2012

Bonjour, Petite question pratique. J'ai installé ISIS sur un super-ordi (bon, c'est pas Caparmor...), avec espoir de pouvoir lancer plusieurs simulations simultanément. Le but à ce stade est de lancer 500 simulations avec différents future recrutements pour chaque espèce. J'ai testé le nouveau joujou avec mon plan de simulation de calibration pour catchability q (donc a chaque nouvelle simu, le q est changé, 100 q sont testés en tout) . Mais avec ce format, ISIS n'utilise qu'un processeur sur les 64 pour cette tache étant donne qu'il fait les simus les unes après les autres... Y-a-t-il un bout de code que je puisse mettre dans mon plan de simulation qui spécifie a ISIS qu'il n'a pas besoin d'attendre pour lancer une autre simu, ce qui devrait théoriquement utiliser les autres processeurs pour chaque nouvelle simu lancée? Ou un bout de code java qui me permet de lancer plusieurs instances de ISIS automatiquement (c'est-à-dire que je n'aurai pas a lancer manuellement les simu depuis l'interface, je sais pas si c'est possible)? Parce que si je dois lancer 500 simulations individuellement, on n'est pas couché... Merci d'avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Fwd: bug logiciel ISIS-Fish
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr June 6, 2012

June 6, 2012

Bonjour je suis desolee d'envoyer une question pour la 3.3.0.8 mais je n'ai pas eu le temps de transferer le TP de l'EC sur la nouvelle version... et une personne a un pb pour l'installer... Eric, pourrais-tu regarder son log inclus dans le corps de son mail que je te transferts? merci stephanie

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Re: [Isis-fish-users] new rule: can't load class
by Eric Chatellier June 1, 2012

June 1, 2012

Le 01/06/2012 08:51, Fabian ZIMMERMANN a écrit : > Salut! > > ah c'était vraiment le problème. Merci! > > Si je peux ajouter une autre question relatif à le même script: J'ai des > problèmes avec le part de ligne 154-155: > > List<Population> pops = popMon.getPopulation(param_species); Je ne sais pas trop ce que tu essayes de faire. Sur populationMonitor (http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/simulator/PopulationMo…) il n'y a pas de méthode getPopulation(Species). Ce n'est pas : List<Population> pops = param_species.getPopulation(); ? > List<PopulationGroup> groups = pops.getPopulationGroup(); Là tu essayes d'obtenir les groupes d'une population, alors que pops est une listes de plusieurs populations (List<Population> pops) -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Catch weight versus Landings
by Jessica Andre May 30, 2012

May 30, 2012

Bonjour, Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings c'est les Catch Weights - les Discards. Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les résultats me montrent 533.8 tonnes de landings.... Comprends pas, comment est-ce-possible ?! J'ai ca pour toute mes espèce, les landings sont supérieurs aux CatchWeights... Si c'est une erreur d'unité, je la voie pas. Toute suggestions bienvenues... Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Modification regle TotalClosure
by Jessica Andre May 15, 2012

May 15, 2012

Bonjour, J'ai un petit souci de codage. Je cherche a modifier la règle TotalClosure pour qu'elle s'applique en mars-avril mais seulement pour une de mes 4 espèces. J'ai bidouillé le code mais ca m'applique quand même la fermeture pour toute les espèces. Alors comme je rame un peu (retours de congés maternité, la tête en vrac...), si quelqu'un pouvais m'aider ca serait gentil. J'ai mis la règle en PJ avec mon log de simu (simplifié pour 2 espèces sur 1 an). Merci d'avance a l'âme généreuse... Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification May 10, 2012

May 10, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Use caparmor-sftp instead of caparmor server Issue: 1180. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Impossible de modifier la liste des regles après un rechargement de simulation Issue: 1231. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/384 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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ISIS sur un ordi style CARPARMOR
by Jessica Andre May 7, 2012

May 7, 2012

Bonjour, Une question pour Jean je penses... Je vais commencer des simulations très prochainement sur un ordi avec multi-processeurs et j'ai une question technique... Je en sais pas comment CARPARMOR marche (linux ?!) mais est-il-possible d'envoyer les simulations en tant que « package » sur un super ordinateur (l'un est Windows-based, l'autre linux je crois) sans avoir a installer ISIS dessus et utiliser des commandes -R pour exécuter les simus (si oui, quelles sont les commandes systeme?!), ou faut-il installer le programme sur la bête de course?! Merci d'avance jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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version 3.3.0.7
by Jessica Andre May 7, 2012

May 7, 2012

Re-bonjour, Ou puis-je trouver le zip de version 3.3.0.7 de ISIS (le téléchargement sur les site commence a 3.3.0.8)... Merci Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Re: [Isis-fish-users] AS Fact Frac
by Bastien Preuss May 3, 2012

May 3, 2012

Merci ! Au fait une question : pourquoi avions nous dit que les plans Fact Fract se réalisaient avec des paramètres discrets alors quIsis retourne une erreur si les paramètres sont discrets mais pas lorsquil sont continus ? Merci. De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid Lehuta Envoyé : mercredi 25 avril 2012 01:03 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] AS Fact Frac voici la fonction d herve pour les plan factoriels fractionnaires (elle date peut etre un peu...). Le 16 avril 2012 04:35, Jean Couteau <couteau(a)codelutin.com> a écrit : Le 11/04/2012 07:26, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour, > > > > Jobtiens des résultats dAS qui me paraissent étonnant. Afin dêtre > certain que je nai pas fait derreur dans la paramétrisation de mon AS, > quelquun pourrait-il 1) me donner les paramètres à entrer pour un plan > à 28 paramètres incertains avec 2 modalités (Min-Max) et une résolution III. Euh, là l'aide d'un scientifique serait appréciée :D Steph ? > > 2) me confirmer le nom de la méthode dans la liste de linterface qui > correspond au plan factoriel fractionnaire. C'est bien la FactFrac (j'ai plus le nom exact en tête) qui utilise une méthode de Hervé Monnod. La méthode FrF2 utilise une méthode d'un package R. D'ailleurs Stéphanie. Il était question qu'Hervé fasse un package R de sa méthode, tu sais si c'est publié ? Ou alors ça sera dans la BAO Mexico ? Jean -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification April 26, 2012

April 26, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Update to topia 2.6.9 Issue: 823. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to openmap 5.0 Issue: 650. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to hibernate 3.6.10.Final Issue: 824. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to h2 1.3.166 Issue: 821. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to swingx 1.6.3 Issue: 826. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to nuiton-utils 2.4.7 Issue: 822. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Habitats : Ajout de variables pour repérer les influences sur la dynamique de flottille. Issue: 434. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Update to jsch 0.1.48 Issue: 825. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Tester R sur caparmor Issue: 733. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Nettoyage des RData des AS Issue: 736. Thanks to Jean Couteau. Resolved by jcouteau. o Fix UI simulation list reloading Issue: 919. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o NPE when updating jobs list table Issue: 1166. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Sensitivity export that use Maturity ogive doesn't work since 4.0 Issue: 1165. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Changes: o Update to freemarker 2.3.19 Issue: 914. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to commons-math3-3.0 Issue: 944. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Update to rsyntaxtextarea 2.0.2 Issue: 1167. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/files/isis-fish * isis-fish-4.1.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/363 Have fun! -IsisFish team

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