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Re: [Isis-fish-users] Sauvegarde des paramètres de simulation pour AS
by Jean Couteau Nov. 24, 2010

Nov. 24, 2010

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 24/11/2010 14:48, Bastien PREUSS a écrit : > Est-il possible de sauvegarder les paramètres et les intervalles ou valeurs > pris en compte dans l?AS ? > > Pour le moment je les ressaisi à chaque fois, et je n?ai pas trouvé comment > les sauvegarder. En réutilisant une ancienne simu seuls les paramètres de la > simu sont chargés, pas ceux de l?onglet « analyse de sensibilité ». > Les paramètres d'une AS sont rechargés si tu recharges une AS. Si tu recharges une simu, seuls les paramètres de la simu sont rechargés ;) Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM7RyhAAoJEFOQdnjKiPj3M5MH/RK6jDn5rT+3Zq2bK+aodQ7h Ho8uihvl68SbvO+PZ5/AKwB21c6JgccKpiSYEyRfbEU5hahMgk7QbWPvHaZEQIV4 Wa0B/j1bPCukjS2L4G8VrcvcDGSrXn+Hf4X+eTwtGxCy0T1brzpLQDan9AUmZpl3 +yT/r4AXo9pJvZtiukeBcjjLdkVZDAewXEw2jDKKkounBmj3Y1503WDuA0+gC/ai LEy4nKP+9r9zxWj/owvAYnBDQQvuSwpqre/KXH26bCgCzCtynpFKDWI3J+Ob+l9X 7S5Y5ZwqghuHWhWJgHoWGOPm9Sw5AR0kfiDMYBNzfL4UK6XyMhBZQiIfCsBkStM= =EK90 -----END PGP SIGNATURE-----

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Sauvegarde des paramètres de simulation pour AS
by Bastien PREUSS Nov. 24, 2010

Nov. 24, 2010

Bonjour, Une question concernant la saisie des paramètres pris en compte dans lAS (ceux saisis dans longlet « Analyse de sensibilité ») : Est-il possible de sauvegarder les paramètres et les intervalles ou valeurs pris en compte dans lAS ? Pour le moment je les ressaisi à chaque fois, et je nai pas trouvé comment les sauvegarder. En réutilisant une ancienne simu seuls les paramètres de la simu sont chargés, pas ceux de longlet « analyse de sensibilité ». Merci Bastien

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Re: [Isis-fish-users] AS
by Stephanie MAHEVAS Nov. 23, 2010

Nov. 23, 2010

Tu peux aussi tester ton parametrage de regularfraction directement sous R avant de lancer la simu. Si tu me donnes ton nombre de modalites et la resolution souhaitee je peux te renvoyer les bonnes valeurs à mettre. a+ steph Bastien PREUSS a écrit : > J'ai utilisé des paramètres que Delphine avait dans une situation similaire, > mais du coup je vais essayer de recalculer les paramètres de > RegularFractions. > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean > Couteau > Envoyé : Tuesday, November 23, 2010 5:26 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] AS > > -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- > Hash: SHA1 > > > Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : > >> Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une erreur, >> je ne trouve pas ce qui la provoque : >> >> ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get >> scenarios from calculator >> > > En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive > pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces > paramètres ? > > Jean > > -----BEGIN PGP SIGNATURE----- > Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) > Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ > > iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS > qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 > UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO > UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ > hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ > 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= > =ItGp > -----END PGP SIGNATURE----- > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] AS
by Jean Couteau Nov. 23, 2010

Nov. 23, 2010

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 23/11/2010 17:16, Bastien PREUSS a écrit : > Je lance donc un Regular fraction, mais j?obtiens dès le début une erreur, > je ne trouve pas ce qui la provoque : > > ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get > scenarios from calculator En gros tes paramètres de RegularFractions ne sont pas bon et il arrive pas à calculer de plan. Tu arrives à générer un plan dans R avec ces paramètres ? Jean -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJM6+sJAAoJEFOQdnjKiPj3HTEH/RpWSDhUiA9EvwVExQZQ1TWS qaN06VP+8bSC5p4Mp4rSeJ1r3xjDmQhtRWmUZIcx/HNuoWdm3hZuh07wHxIaCco3 UvejzKC0BJMSEfxQuIZQO1iI26IAsnT9Fc/YZ3tNG1vHPoNlnNsZYUBH0jFSj+eO UNwEyzw8NJRVzNEbQ75MvmIUh2pBMfxikTCk5ht26Tndzkb13bUdKZY80V8A/tx/ hq5uVhDu1muJVFrABZp9u5gXdVEXhRP2DTBlo0A+OF8FlUdLGHtGuS2ImiTeOMJJ 20YG5YGUoKzI+cA3ZYRfX8xF3DK2FMqIdBgZYnPXG0Yfp5Lae57yzUVTS6s4JjE= =ItGp -----END PGP SIGNATURE-----

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AS
by Bastien PREUSS Nov. 23, 2010

Nov. 23, 2010

Bonjour, Je me lance dans les AS, du coup une série derreurs pointe son nez ! Je lance donc un Regular fraction, mais jobtiens dès le début une erreur, je ne trouve pas ce qui la provoque : ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulationService.java:510) submit - Can't get scenarios from calculator Il semble que lerreur soit provoquée à la ligne 510, mais de quel script sagit-il ? Je ne trouve pas de SimulationService.java Ou peut être DefaultSimulator ? Merci de votre aide. Bastien

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AS ne se terminent pas - debug
by Delphine Rocklin Nov. 23, 2010

Nov. 23, 2010

Salut ISIS j'ai finalement réussi à ouvrir l'énorme debug, et j'ai copié/collé la première et dernière partie de celui-ci dans les fichiers ci-joints. Bon la grande majorité du debug ressemble à la deuxième partie !! Merci Delph

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Saga "AS qui ne se terminent pas" - 3ième épisode
by Delphine Rocklin Nov. 22, 2010

Nov. 22, 2010

Salut ISIS bon ben comme pour les derniers essais, mes simus d"AS plantent....grrrrr... En fait, sur les 256 simus qui sont censées tourner, les 50 dernières bloquent. Toutes les autres ont réussi sans pb, mais pour ces 50 ou 60, il ne se passe rien. Il indique dans la fenêtre de simus "lancement sur caparmor' ou qqch du genre, mais il n'y a rien qui se lance...la barre d'avancement des simus reste blanche immaculée ! J'aimerais bien envoyer le debug, mais là il fait 3 Go....je ne peux mm pas l'ouvrir...hum hum Est-ce quelqu'un a une idée du pourquoi du comment ? Ca commence à être sacrément rageant de voir qu'à chaque fois ça bloque à 50 de la fin ! Et sinon, peut-on quand même effectuer une AS (c'est une FF) avec les simus qui ont fonctionné ou faut-il attendre nécessairement la fin de l'ensemble des simus ? Ou alors peut-être que qqun a accès à caparmor pour voir où elles en sont sur caparmor...si c'est juste un pb de retour de l'info ou si vraiment il ne se passe rien... Merci Delphine

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Re: [Isis-fish-users] Calibration avec différenctiation des métiers / charger une matrice 3D
by Sigrid LEHUTA Nov. 18, 2010

Nov. 18, 2010

Salut Bastien, oui bien sur c est possible ! mais la methode que je connais est un peu laborieuse accroche toi ! 1) tu crees et charges tes 3 matrices 2D matMetier0, matMetier1, matMetier2 2) tu crees une matrice 3D vide : (je mets metier en dim 2 comme dans L) int [] dimMatrix = {12,3,10}; matrixDebarquement =MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); et ensuite je pense que la seule methode c est de la remplir valeur par valeur par une boucle en allant chercher les valeurs dans les 3 matrices. for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] coco = i.getCoordinates(); if (coco[1] == 0){ i.setValue(matMetier0.getValue(coco[0],coco[2])) }else if (coco[1] == 1){ etc. Ca ca marche mais attention car l ordre des metiers 0, 1 et 2 doit etre le meme que dans la matrice L. Donc soit tu fais auparavent une boucle sur L et tu fais afficher le nom du metier et les coordonnées pour connaitre l ordre soit tu construis la matrice debarquement avec des semantics : MatrixFactory.getInstance().create( "matrixDebarquement",new List[]{dates, metiers, groups}, new String[]{"Dates","Metiers","Groups"}); où dates, metiers et groups sont des list des objets. On en reparle si tu choisis cette option ! A++ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour, > > > > > > J’aimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents > métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. > > > > Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique > de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire > la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la > matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont > importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer > plusieurs matrices à 2 dimensions ? > > Dans mon script j’ai créé la matrice de la façon suivante : > > > > /////*** specify dimention of the matrix containning > observations (observed landings for instance) > > /////*** numbers of group/columns : could be equal to your > number of classes in ISIS but may also be different if your had only > aggregated data > > int nbGroup = 10; > > /////*** enter number of observation per year (if you have > observation by quarter put 4) / lines of the observations file > > int nbTrim = nbYear * 12; > > /////*** enter the number of métiers > > int nbMet = 3; > > int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; > > matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); > > //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > int[]{nbGroup}); > > // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); > > // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new > List[]{groups}); > > matrixDebarquement.importCSV(new > FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); > > log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); > > //db.closeContext(); > > } > > > > > > Mais je n’arrive pas à faire un import qui convienne pour fixer > « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à l’origine > dans le script : > > > > public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and > Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.csv";//in > row : time ; in columns : age or length group > > protected File debarquementsObserves; > > protected MatrixND matrixDebarquement; > > > > Est-ce que quelqu’un aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Calibration avec différenctiation des métiers
by Bastien PREUSS Nov. 18, 2010

Nov. 18, 2010

Bonjour, Jaimerais réaliser une calibration en prenant en compte les différents métiers, c'est-à-dire sans sommer les captures sur les métiers. Pour la matrice L des captures simulées il ne semble pas problématique de conserver la dimension correspondante aux métiers et de ne pas faire la somme sur cette dimension (ligne 340 du script), mais concernant la matrice des observations qui est importée au départ, comment peut ont importer une matrice à plus de 2 dimensions ? ou à la limite importer plusieurs matrices à 2 dimensions ? Dans mon script jai créé la matrice de la façon suivante : /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of métiers int nbMet = 3; int[] dimMatrix = {nbMet, nbTrim, nbGroup }; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); //matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new int[]{nbGroup}); // List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); // matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(new List[]{groups}); matrixDebarquement.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves), new int[] {0, 0, 0 }); log.info("MatrixDebarquement : " + matrixDebarquement); //db.closeContext(); } Mais je narrive pas à faire un import qui convienne pour fixer « debarquementsObserves » avant, qui est créés comme suis à lorigine dans le script : public String param_nomfichier_debarquements = "C:/Documents and Settings/bpreuss/Desktop/These_ISIS_Noumea/Parametrage/Calibration/obsMet.cs v";//in row : time ; in columns : age or length group protected File debarquementsObserves; protected MatrixND matrixDebarquement; Est-ce que quelquun aurait déjà fait ça, ou saurait comment faire ? Merci. Bastien

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Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs
by Sigrid LEHUTA Nov. 17, 2010

Nov. 17, 2010

hello Bastien, pourrais tu envoyer ton script de calibration ? - pour afficher la matrice obs tu fais System.out.println("matriceObs :"+ obs); - pour le [0,10] c est normal si la matrice est 12 x 10 l'element [0,10] serait dans la 11 eme colonne or y en a pas... alors qu il existe dans la matrice L 12x12 qui est parcourue par l iterateur - maintenant pourquoi L est 12x12 ? as tu ete la regarder dans l interface de resultats ? essaie de l afficher aussi dans les logs avant et apres les sumOverDim pour voir et de la comparer a celle de l interface le pb vient surement des sumOverDim... si oui on le verrai dans le code A+ Bastien PREUSS a écrit : > Bonjour Sigrid, > > Merci de ta réponse. > Justement je ne comprends pas pourquoi j'ai les 2 dimensions de L qui font > 12, car je n'ai pas 12 groupes mais 10 (d'où le 10 dans ma matrice "obs"), > ni 12 stratégies, ni 12 métiers, ni 12 zones... le seul 12 c'est le nombre > de mois! J'ai les débarquements par mois donc 12 lignes dans ma matrice > d'obs, et 10 groupes d'âge dans ma pop d’où les 10 colonnes. > > Donc je ne comprends pas 1) comment la matrice L peut faire [12;12]; 2) > pourquoi il y a une erreur lors de la lecture du première élément de ma > matrice "obs" comme s'il était vide (est-il possible de vérifier que le .csv > a été chargé correctement?). > > Merci. > > Bastien > > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid > LEHUTA > Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 7:03 PM > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs > > Si en effet, > ta matrice L a normalement autant de groupes que ta population > Donc je suppose > 1) qu il y a 12 groupes d ages dans ta pop, non ? > > si oui pourquoi seulement 10 dans les observations ?? > > 2) que tes sum sur metiers strategies etc ne soient pas faites sur les > bonnes dimensions... ce qui expliquerait que tu aie 12 elements en > dimension 2 (12 strategies, 12 metiers, 12 zones ??) au lieu de 10... > > C est possible ?? > > > > Bastien PREUSS a écrit : >> Dans le script je ne spécifie pas si le premier élément est 0 ou 1. >> Je donne le chemin d'accès de mon fichier .csv qui contient 10 colonnes et >> 12 lignes sans noms de colonnes ni de lignes, puis je dis dans le script > que >> le nombre de colonnes est 10 et le nombre de lignes 12. >> Donc à priori il ne devrait pas y avoir de problème sur le nombre de >> dimensions sur cette matrice... >> >> Je remarque que la matrice "L" fait [12,12] et la matrice "obs" fait > [12,10] >> la première correspondant aux valeurs simulées et la seconde aux valeurs >> observées, ces matrices ne devrait-elle pas être de mêmes dimensions? >> >> >> >> >> >> >> -----Message d'origine----- >> De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org >> [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean >> Couteau >> Envoyé : Tuesday, November 16, 2010 12:44 PM >> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb matrice obs >> >> -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- >> Hash: SHA1 >> >> >> Est-ce que la matrice commencerai pas à 1 et les mois à 0 d'où le pas >> d'élément ? >> >> Le 16/11/2010 12:19, Bastien PREUSS a écrit : >>> J?ai un problème avec la matrice d?observation me servant à la >> calibration. >>> J?ai créé une matrice de 10 colonnes (groupes) et 12 lignes (mois), mais >> ça >>> plante après la première simu avec l?erreur suivante : >>> >>> java.util.NoSuchElementException: L'élément demandé [0, 10] n'existe pas >>> dans la matrice [12, 10] >> Jean >> >> -----BEGIN PGP SIGNATURE----- >> Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux) >> Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ >> >> iQEcBAEBAgAGBQJM4m6OAAoJEFOQdnjKiPj35/4H/i55qpYbErv4cY+yT5HJzI8x >> /P1SepFbWCs1fGIFWGf4cE2/AKbrQLOVn+REb/8VPTbAuf1lWGWLQIyNZ0N7ggC5 >> hYQQ9Wysea8NHcnwGrneHx91Un3fqEEwZGEUkgNgvOYu/Td0XKZM84S9oFoPQTu9 >> UdHO7DhEMGstqkQ4eoPYWM+RKNUptzPzsW1SZlV5KH396A/QT1pOd6mxWJfpkzJ8 >> iN3hcMqj8DqMDPRl3q2+7igrOO79Uz+y/meikinTXxin0LgK1ycaslXD75uxpcpe >> gyUWOX71UXMcA7Y8Q5Ynvm3UNKEglfHj6eMnqWfcDkVO9l+ylV+PdSdTtkc6TuI= >> =u5X5 >> -----END PGP SIGNATURE----- >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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