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Modification de l'execution des plans pour lancement sur caparmor
by Eric Chatellier May 12, 2014

May 12, 2014

Bonjour, Comme évoqué, IsisFish va subir une modification importante pour mieux prendre en charge la gestion des analyses de sensibilité et des calibrations dans le but d'avoir une execution globale sur caparmor. L'idée serait à terme, de paramétrer une calibration et de récupérer seulement le fichier de résultat intéressant (historique), ou seulement les exports d'AS. Nous sommes toujours en cours de réflexion sur ce point, dans ce n'est pas pour tout de suite. Dans l’immédiat, nous allons essayer de corriger un petit peu IsisFish pour qui n'interrompe plus un plan s'il n'arrive pas à lancer temporairement une simulation (à cause d'une erreur de communication ou un problème avec caparmor). Si possible dans la semaine. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Fwd: Re: Erreur conservation dossier de simulations dans Caparmor
by Audric VIGIER May 12, 2014

May 12, 2014

-------- Message original -------- Sujet: Re: Erreur conservation dossier de simulations dans Caparmor Date : Mon, 12 May 2014 14:17:30 +0200 De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Organisation : Codelutin Pour : Audric VIGIER <Audric.Vigier(a)ifremer.fr> Le 12/05/2014 12:40, Audric VIGIER a écrit : > Une autre erreur (?) sur Caparmor: > > dans mon dossier caparmor ()/home1/caparmor/avigier), les simulations qui se > sont terminées/plantées depuis plus d'une semaine sont encore là : par > exemple, ces dossiers existent encore : > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1022 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1023 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1024 > > ./isis-fish-4beta/isis-database/simulations/sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ansP2_2014-05-07-16-24_1025 > > > alors que ça date de ce week-end. Est-ce que c'est normal? > > Ne devrait -il pas effacer les dossiers (qui sont d'ailleurs vides) apres la > fin du plan? C'est un bug temporaire, car normalement le "beta" n'est pas dans le nom du dossier (donc en attendant la release, ce ne fonctionnera pas). PS: Tu peux utiliser la liste plutôt que les mails directs ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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ISIS 4.3 sur Caparmor plante
by Audric VIGIER May 12, 2014

May 12, 2014

Bonjour, Désolé pour le sujet très évasif, mais je ne vois pas comment décrire plus précisement la chose. Hier soir, ISIS réalisait 14 plans en parallèle sur Caparmor. Ce matin, j'ai retrouvé ISIS tel qu'il est en PJ. En me connectant sur Caparmor, j'ai vu que je n'avais aucun job en cours. Rien n'apparaît dans le debug. Il a fait sa dernière simu vers 19h50, donc il doit êrte comme ça depuis tout ce temps là. Il y a des dizaines de fenêtres d'erreur vides qui sont empilées, que je ne peux pas fermer. Une idée pour que je puisse venir à bout de ce problème sans redémarrer ISIS (et devoir recommencer 2-3 jours de simus)? Audric

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Installation de la dernière V 4.3
by Audric Vigier May 5, 2014

May 5, 2014

/ /Dans l'interface des scripts, tente dans le menu "Code" > "Vérifier tous les scripts". Si ca ne fonctionne pas, tu peux tenter de supprimer le dossier C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-build et relancer isis ? J'ai essayé mais ça n'a pas fonctionné. Autres précisions que j'ai oublié : je suis sous Windows 7 avec une version récente de Java (1.7.0_51). Bon week-end à tous. --- This email is free from viruses and malware because avast! Antivirus protection is active. http://www.avast.com

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Installation de la dernière V 4.3
by Audric Vigier April 30, 2014

April 30, 2014

Bonjour, Je cherche à installer la dernière version d'ISIS sur une nouvelle machine. Lors de la première ouverture de .bat après dézippage, 6 messages d'erreur s'affichent(je ne les ai pas sauvegardés): -un m'indiquant qu'il ne trouve pas la base V 4.3.0 -4 nullPointerexception concernant getResultNames dans SimulAction -une erreur globale d'application ISIS ne s'ouvre pas suite à ça. Après avoir rajouté une region dans le dossier isis-database>regions, je retente le coup. Il ne fait que les 4 nullPointerexception (PJ) à l'ouverture puis ISIS s'ouvre. Lorsque je vérifie un des mes scripts d'optimisation (PJ) pour voir s'il compile, j'ai les 3 erreurs en bas de message. Pour info, ce script est entrain de tourner sur le serveur avec la même version d'ISIS, sans souci apparent. Des idées sur l'origine de ce problème? Bon week-end, Audric ---------- 1. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 48) import scripts.ResultName; ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The import scripts.ResultName cannot be resolved ---------- 2. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 139) ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP ^^^^^^^^^^ ResultName cannot be resolved to a variable ---------- 5. ERROR in C:\Users\avigier\isis-fish-4beta\isis-community-database\optimizations\RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT3Param10ans10FOP2.java (at line 663) ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); ^^^^^^^^^^ ResultName cannot be resolved to a variable ---------- 5 problems (3 errors, 2 warnings)

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Script d'optimisation par défaut V 4.3.0.0
by Audric Vigier April 29, 2014

April 29, 2014

Bonjour, Rien de grave, mais j'ai trouvé un petit défaut qui pourrait ralentir de futurs développements de scripts. Lors de la création d'un script d'optimisation via l'interface d'ISIS, on se retrouve avec un script contenant, entre autres, les noms des méthodes. Parmi elles, on trouve getNextSimulation, qui doit être changé en nextSimulation pour éviter une erreur de compilation. Bonne soirée, Audric

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V 4.3.0.0 + Caparmor et parallélisation
by Audric Vigier April 29, 2014

April 29, 2014

Petit souci rencontré ce soir avant la fermeture d'Ifremer: "Bonsoir, Je fais rapide avant que le gardien ne me jette dehors: J'essaye désespérement de faire tourner plein de plans d'optimisation sur le serveur avec la V 4.3 sur Caparmor : problème : après 2 plans lancés puis un annulé (je voulais changer un input), je ne peux plus rien lancer (erreur en bas de message)[Soit les nouveaux plans n'appraissent pas dans l'interface, ou vont directement dans la partie basse]. De plus le plan lancé n'a pas l'air de fonctionner (Attente du démarrage de la simu). Je pense me recevoir une pluie de messages à propos de mes performances ce week-end...... (je sais plus comment annuler et j'ai plus le temps avant de me faire virer, la réponse est dans mon PC qui est entrain de planter lui aussi))[Correction : J'ai finalement killé tous les plans sur Caparmor, ouf!] [Autre précision que j'avais oublié : j'ai dû tuer une simulation (et non un plan) à la main sur Caparmor, que j'avais lancé depuis mon PC (je ne peux normalement pas y faire tourner de plans puisqu'il s'arrêtent au bout de 3 simus avec les anciennes versions, mais c'est suffisant pur faire tourner une simu). Pour cette simu, là aussi j'étais en "Attente du démarrage de la simu", et j'occupais un coeur pour rien.] Bon week-end Audric INFO [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT10Param10ansP1_2014-04-25-19-17 ERROR [pool-3-thread-1] (OptimizationPrepareJob.java:151) run - isisfish.error.evaluate.optimization.script java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1110) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:603) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) WARN [pool-3-thread-1] (SimulationJob.java:357) run - Can't simulate sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifCristallisationT10Param10ansP1_2014-04-25-19-17 fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: isisfish.error.evaluate.optimization.script at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:153) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:269) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1110) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:603) at java.lang.Thread.run(Thread.java:722) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.OptimizationPrepareJob.run(OptimizationPrepareJob.java:98) ... 4 more" --- This email is free from viruses and malware because avast! Antivirus protection is active. http://www.avast.com

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Plans de simulations sous la V 4.3.0.0
by Audric Vigier April 25, 2014

April 25, 2014

Bonjour, J'essaye de faire tourner un plan de simus sous la nouvelle version d'ISIS, juste pour voir si mon script marche (il est en PJ). L'erreur a lieu au moment où j'ajoute le plan de simus dans l'onglet correspondant (voir debug correspondant à l'erreur en PJ) : je ne peux pas ajouter le plan de simus à cause d'une InvocationTargetException. On a vu cette erreur 2 autres fois sur devel: -La première fois, le nom du package n'allait pas. Dans le script, j'utilise "optimizations". Ca ne marche pas non plus si je lui demande d'utiliser "simulationplans", ce qui est normal vu les changements concernant les plans dans la nouvelle version. -La deuxième fois, les noms de classes n'allaient pas, et la classe [Nom_script].java n'était pas déclarée publique. Ce n'est pas mon cas cette fois-ci. Des idées sur ce qui perturbe ISIS? Audric

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Amélioration des performances dans la version 4.3
by Eric Chatellier April 18, 2014

April 18, 2014

Bonjour, Suite aux différentes améliorations récentes apporter concernant la résolution des lenteurs d'IsisFish, j'ai réalisé plusieurs test sur les différentes améliorations ce matin. Le test de références était la base de Loic (7D_V11) avec la règle taille min. Le temps global dans IsisFish 4.2 est de 1 heure 55 min sur mon PC en local (donc pas d'appels réseaux comme sur caparmor). Le temps obtenu au final sur la version 4.3 est de 5 min. Les résultats sont identiques. Les améliorations récemment réalisée ont été les suivantes: - mise à jour des librairies - mise en cache des appels d'équation (en particulier équation de croissance) - conservation des rejets sur un seul pas de temps - suppression des appel au système de fichier pour les équations - copie des matrices seulement si le contenu est modifié Les différents tests suivants ont consisté à désactiver les améliorations pour déterminer ce qui prenait le plus de temps: - avec lecture FS pour les équations : 5min20 - sans mise en cache de l’équation de croissance : 23min - copie systématique des matrices : 9min - sans conservation des rejets sur un seul pas de temps : 6min - avec lecture FS pour les équations ET sans mise en cache de l’équation de croissance : 33min - avec lecture FS pour les équations ET sans mise en cache de l’équation de croissance ET copie systèmatique des matrices : 53min Le seul point non retesté à été la mise à jour des librairies globales à l'application qui aurait sans doute augmenter encore le temps. Le plus gros problème était la lecture du disque dur dans le cas où les equations sont appelées énormément de fois pendant une simulation. Et toutes les améliorations cumulées diminuent énormément le temps. Il me reste un peu de travail car certaines améliorations ne sont que des tests et sont à implémenter proprement avant de faire une version de test mais qui pourrait arriver assez vite. Voilà. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2014

March 31, 2014

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