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changement reproduction/recrutement
by Stephanie MAHEVAS April 22, 2015

April 22, 2015

Bonjour, Nous avons repéré une incohérence dans la description de la dynamique de pop (point déjà soulevé par Sigrid il y a 6 mois à peu près - pour Benjamin) Si la population est structuree en age: La méthode getRecruitment (de populationMonitor) applique changement de classe et migration aux naissances (groupe=null) jusqu'a date_naissance + delta(getMonthGapBetweenReproRecrutement). Cela sous-entend que la classe 0 est = à age 0. Ce qui n'est pas toujours le cas. Pour y remédier, on propose de distinguer dans l'interface reproduction, deux cas : cas 1=reproduction cas2=stock/recrutement *cas 1:reproduction* l'equation renvoie un nombre d'oeufs, qui vont grandir et mourir jusqu'à entrer dans la classe 0 si pop en age : delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee et croissance comme deja implementee (MAIS PAS DE MIGRATION car c'est deja dans la matrice de correspondance repro/recru) si pop en longueur: il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) et pas de croissance(pas de changement de classe), ni de migration. *cas 2:stock/recrutement * l'equation renvoie un nombre de recrues en age: delta = le nombre de mois entre age 0 et age de classe 0 + mois d'arrivee dans l'annee en longueur il faut que l'utilisateur saisisse la valeur de delta (avec une aide sur la definition de delta= nb de mois pour arriver dans classe 0 depuis la naissance) Mortalité naturelle doit etre forcée à 0 Pas de migration, pas de changement de classe Donc il faut 1.ajouter un flag dans l'interface Repro (qui devrait s'appeler Repro/Recru) pour sélectionner cas1 ou cas 2 2.ajouter une aide pour le calcul de delta 3.modifier le code de getRecruitment selon algo ci-dessous *si cas 1, supprimer migration *si cas 2, supprimer migration et changement de classe 4.dans simulateur si cas 2 : forcer Mortalite naturelle du groupe null à 0 Stephanie et Sigrid -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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commit de fichiers
by Stephanie MAHEVAS April 16, 2015

April 16, 2015

Bonjour Loic a modifie resultname, defaultsimulator, simatrix, exports pour ajouter des exports qui seraient utiles à tout le monde. Serait-il possible qu'un Lutin les verifie et fasse un commit pour tout le monde? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Optimisation des calculs matriciels via du code natif
by Benjamin POUSSIN April 10, 2015

April 10, 2015

Salut, Je viens de trouver cette librairie qui permet d'utiliser en Java les spécificités de certain processeur (MMX, SS2,SS3, ..). Mais on passe par du code Natif (donc on perd en portabilité). Mais elle semble assez bien faite pour que ce soit totalement transparent pour les plate-formes supportées http://www.yeppp.info Nos matrices pleines sont au final des tableaux de double (double[]) et c'est justement sur les tableaux qu'on peut faire les optimisations. Par exemple multiplier par un scalaire toute la matrice au lieu de devoir le faire via N opérations si la matrice a N cellules, via cette librairie on le fait via 1 instruction processeur. Les méthodes utilisables dans notre cas: - addition d'un scalaire - soustraction d'un scalaire - multiplication d'un scalaire - division par un scalaire - addition de deux tableaux* - soustraction de deux tableaux* - division de deux tableaux* - multiplication de deux tableaux* - la somme de toutes les cellules du tableau* Mais toutes ces méthodes ne sont pas encore optimisé (seulement celle avec des *). Donc l'idée sera de faire un test pour voir le gain qu'on pourrait en tirer et si c'est positif, surveiller l'évolution de cette librairie -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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matrice creuse/pleine ?
by Stephanie MAHEVAS Feb. 18, 2015

Feb. 18, 2015

hello pouvez-vous confirmer que l'affirmation suivante est correcte un seuillage à 1000: si on a plus de 1000 valeurs nulles alors on passe en matrice creuse ( ? check avec Benji). Le seuillage est un paramètre de configuration réglable (dans l'interface « simulation.matrix.threshold.use.sparse.class»). par défault est-on en matrice creuse? Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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edition wiki isis a nouveau impossible
by Sigrid Lehuta Feb. 6, 2015

Feb. 6, 2015

Je ne peux a nouveau plus modifier le wiki... Merci

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[ANN] IsisFish 4.3.1.2 released
by Eric Chatellier Jan. 28, 2015

Jan. 28, 2015

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6567. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.2-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2802 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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[ANN] IsisFish 4.3.1.1 released
by Eric Chatellier Jan. 26, 2015

Jan. 26, 2015

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Dans les facteurs continues, les valeurs de références négatives ne peuvent pas fonctionner Issue: 6525. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o LazyInitializationException: could not initialize proxy - no Session in prescript Issue: 6531. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.3.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/2791 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Jan. 1, 2015

Jan. 1, 2015

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Proposition de nouvelle implantation de DefaultSimulator, SiMatrix, GravityModel
by Benjamin POUSSIN Dec. 18, 2014

Dec. 18, 2014

Salut, Au lieu de mettre des tag/values pour modifier le comportement du simulateur, l'idée et d'utiliser l'héritage et la surcharge de méthode. Ca permet de faire de nouveau simulateur sans devoir modifier DefaultSimulator ou SiMatrix ou de tout réécrire. Si personne ne voit d'objection ça sera commité et dispo pour la 4.4.0.0 -- Benjamin POUSSIN -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

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ISIS 4.3.1.0 : arrêt inexpliqué de plans sur Caparmor
by Audric VIGIER Dec. 5, 2014

Dec. 5, 2014

Bonsoir, Au fur et à mesure que mes plans d'optimizations se terminent (enfin!), j'ai découvert que deux de mes plans sont comme "bloqués". Les deux morceaux de debug concernent deux plans différents, on y voit dans chacun une simulation pour qui un nouveau storage se créé, etc., puis qui débute. Il s'agit des plans RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2 et RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22. Après, plus aucune trace dans le debug. Dans l'interface ISIS, les plans sont "bloqués" sur ces simus là, avec comme état "Attente du démarrage de la simulation". D'habitude, j'ai cet état quand j'attends que la simu se fasse et soit téléchargée. Là, rien ne bouge, et c'est d'autant plus frustrant qu'ils étaient presque terminés :'(. En PJ, j'ai mis une simulation "En attente de démarrage" d'un de ces plans, qui est incomplète. J'inaugure la V 4.3.1.1 demain avec de nouveaux plans, peut-être que le problème n'est plus dans la nouvelle version. Une idée sur ce qu'il s'est passé? Audric INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1919 as stopped INFO [pool-3-thread-9] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:801) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1412851910658-preparation.zip in directory G:\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920/$1 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Téléchargement des résultats INFO [pool-3-thread-1] (SimulationStorage.java:808) importAndRenameZip - Last entry was sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920/simulators/DefaultSimulator.java extract name sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-1] (DataStorage.java:359) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isis-sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_19206467628238211258178.zip INFO [pool-3-thread-14] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 INFO [pool-3-thread-14] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT10Param10ansP22_2014-10-09-12-51_1920 as started INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:715) uploadSimulation - Creating remote temp directory (if not exists) /home1/caparmor/avigier/isis-tmp/ INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Suppression des fichiers de simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Attente du démarrage de la simulation INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3ParamP22_2014-10-09-12-50_1902 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1919 as stopped INFO [pool-3-thread-9] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Téléchargement des résultats INFO [pool-3-thread-3] (SimulationStorage.java:801) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1412851230349-preparation.zip in directory G:\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920/$1 INFO [pool-3-thread-3] (SimulationStorage.java:808) importAndRenameZip - Last entry was sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920/simulators/DefaultSimulator.java extract name sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:210) getStorage - Create new storage for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-3] (DataStorage.java:359) createZip - Zip DataStorage in C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp\isis-sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_19202477709138493465733.zip INFO [pool-3-thread-14] (SimulationJob.java:210) run - Start simulation: sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 INFO [pool-3-thread-14] (SimulationMonitor.java:365) simulationStart - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ans10FOSCE2_2014-10-09-12-40_1920 as started INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Connexion à Caparmor INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Upload de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:715) uploadSimulation - Creating remote temp directory (if not exists) /home1/caparmor/avigier/isis-tmp/ INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:206) setText - Suppression des fichiers de simulation INFO [pool-3-thread-14] (SSHSimulatorLauncher.java:165) message - Attente du démarrage de la simulation INFO [pool-3-thread-14] (SimulationControl.java:206) setText - Attente du démarrage de la simulation INFO [monitor-thread] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:594) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_RecuitSimuleVoisinageAdaptatifT3Param10ansP22_2014-10-09-12-53_1906 as stopped INFO [pool-3-thread-14] (SSHUtils.java:221) exec - JSch channel exit-status: 0

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