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Annualation : error dans equation de recruitment V4.4
by Sigrid Lehuta Feb. 12, 2016

Feb. 12, 2016

J'ai trouvé mon erreur : La matrice de biomass est group x zone (et non zone x group) de plus je reccuperais le semantic de la dimension sommée pas futé... Désolée ! MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0). getBiomass(); // zone x group biom = biom.sumOverDim(1); double ssb = 0; for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); } Le 12 février 2016 à 18:48, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > Salut, > > J'ai une erreur dans mes équations de recrutement (toutes neuves). > des que j utilise RecruitmentInputs le recruitment est 0. > Simu en PJ. > > L'equation compile et dans les tests précédents ça fonctionnait. > Voyez vous le probleme? > > Merci ! > > l'equation est la suivante > int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); > PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); > > // constant Rec > boolean constant = true; > double val = 19699.71 * 1000; // average 2008-2014 > > // recruitment TS 2008-2010 > //double [] TSRec ={21295,39186,48739}; // from nb at age WGNSSK 2012 > double [] TSRec ={19921,31058,10616,25227,11073,14271,25732}; // WGNSSK > 2015 (thousands) > > if(y<3){ > val = TSRec[y] * 1000; > > }else if(!constant){ > // get SSB > MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass(); // zone x > group > biom = biom.sumOverDim(1); > double ssb = 0; > for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { > i.next(); > Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); > PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; > ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); > } > //Ricker (Espece/StockRecruit/FitSR.r, update 2015) > double alpha = 8.45; > double beta = 1.26e-4; > double eps = 1; > if(context.getValue("Sigma") != null) eps = > (double)context.getValue("Sigma");// N(0,0.14) > val = alpha * ssb/1000 * Math.exp(-beta*ssb/1000) * 1000 *eps; > } > > for(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ > result.setValue(g0,z,val); > } > > return 0; >

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error dans equation de recruitment V4.4
by Sigrid Lehuta Feb. 12, 2016

Feb. 12, 2016

Salut, J'ai une erreur dans mes équations de recrutement (toutes neuves). des que j utilise RecruitmentInputs le recruitment est 0. Simu en PJ. L'equation compile et dans les tests précédents ça fonctionnait. Voyez vous le probleme? Merci ! l'equation est la suivante int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); PopulationGroup g0 = pop.getPopulationGroup().get(0); // constant Rec boolean constant = true; double val = 19699.71 * 1000; // average 2008-2014 // recruitment TS 2008-2010 //double [] TSRec ={21295,39186,48739}; // from nb at age WGNSSK 2012 double [] TSRec ={19921,31058,10616,25227,11073,14271,25732}; // WGNSSK 2015 (thousands) if(y<3){ val = TSRec[y] * 1000; }else if(!constant){ // get SSB MatrixND biom = recruitmentInputs.get(0).getBiomass(); // zone x group biom = biom.sumOverDim(1); double ssb = 0; for (MatrixIterator i=biom.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object [] sems = i.getSemanticsCoordinates(); PopulationGroup group = (PopulationGroup)sems[1]; ssb += i.getValue()* group.getMaturityOgive(); } //Ricker (Espece/StockRecruit/FitSR.r, update 2015) double alpha = 8.45; double beta = 1.26e-4; double eps = 1; if(context.getValue("Sigma") != null) eps = (double)context.getValue("Sigma");// N(0,0.14) val = alpha * ssb/1000 * Math.exp(-beta*ssb/1000) * 1000 *eps; } for(Zone z : pop.getRecruitmentZone() ){ result.setValue(g0,z,val); } return 0;

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site isis en anglais
by Sigrid Lehuta Feb. 11, 2016

Feb. 11, 2016

Je crois que je ne peux pas modifier les pages en anglais du wiki. peux tu me donner les droits d'edition? (ou coller ça en haut du tableau dans la page anglaise de publication ? :-))) ) MERCI ! 2015 **Lehuta, S.**, Vermard, Y., Marchal, P. 2015. A spatial model of the mixed demersal fisheries in the Eastern Channel. In Marine Productivity: Perturbations and Resilience of Socio-ecosystems. Ceccaldi, H.J. et al. (Eds.). p.187-195. 2015 **Reecht, Y.**, Gasche L., Lehuta S., Vaz S., Smith R.J., Mahévas S., Marchal P. 2015. Toward a Dynamical Approach for Systematic Conservation Planning of Eastern English Channel Fisheries. In Marine Productivity: Perturbations and Resilience of Socio-ecosystems. Ceccaldi, H.J. et al. (Eds.). pp.175-185. http://archimer.ifremer.fr/doc/00293/40421/ 2013 **Gasche, L.**, Mahévas, S., et Marchal, P. 2013. Supporting fisheries management by means of complex models: can we point out isles of robustness in a sea of uncertainty ? Plos One, 8(10). http://archimer.ifremer.fr/doc/00166/27746/ 2013 **Lehuta, S.**, Mahévas, S., Le Floc’h, P. 2013. Simulation-based bio-economic indicators of management impact: assessing relevance and robustness for the pelagic fishery of the Bay of Biscay. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 70: 1741–1756. `Canadian Journal of Fisheries and Aquation Science < http://www.nrcresearchpress.com/journal/cjfas/>`_ 2013 **Lehuta, S.**, Petitgas, P., Mahévas, S., Vermard, Y., Huret, M, Uriarte, A and Record, N.R. 2013. Selection and validation of a complex fishery model using an uncertainty hierarchy. Fisheries Research, 143, 57-66. `Ici <http://archimer.ifremer.fr/doc/00148/25965/24150.pdf>`__ `Fisheries research <http://www.journals.elsevier.com/fisheries-research/>`_ 2013 **Thébaud,O.**, Doyen,L., Innes, J. , Macher, C., Planque, B., Lample, M., Mahévas, S., Quaas, M., Mullon, C. , Smith, T., et Vermard, Y.. (2013). Building ecological-economic models and scenarios of marine resource systems: workshop report. Marine Policy 2013 **Mahévas, S.**, Lehuta, S. Illustration d’une analyse de sensibilité pour l’utilisation d’un modèle complexe en gestion des pêches ». In Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed.Robert Faivre, Bertrand Iooss,David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **Mahévas, S.**, Iooss, B. 2013. Grilles de sélection d’une méthode d’analyse de sensibilité globale ». In Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed. Robert Faivre, Bertrand Iooss,David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **Iooss, B.**, Mahévas, S. 2013. Revue et objectifs des méthodes d’analyse de sensibilité globale. Dans Analyse de sensibilité et exploration de modèles - Applications aux modèles environnementaux. Quae. Ed. Robert Faivre, Bertrand Iooss, David Makowski, Stéphanie Mahévas, Hervé Monod. 2013 **R. Faivre, B. Iooss, S. Mahévas, D. Makowski, H. Monod,** editors. Analyse de sensibilité et exploration de modèles. Applications aux modèles environnementaux. Editions Quae, 2013.( http://www.quae.com/fr/r2142-analyse-de-sensibilite-et-exploration-de-model… ) 2012 **Deporte N.**, C.Ulrich, S. Mahévas, S.Demanèche, F. Bastardie. 2012. Regional me´tier definition: a comparative investigation of statistical methods using a workflow applied to internationalotter trawl fisheries in the North Sea.ICES Journal of Marine Science 69(2): 331-342 2011 **Mahévas, S** et al., (2011) « An investigation of human vs. technology-induced variation in catchability for a selection of European fishing fleets », Ices Journal Of Marine Science 68, no. 10 : 2252-2263.

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Format des exports dans la version 4.4
by Eric Chatellier Feb. 11, 2016

Feb. 11, 2016

Bonjour, Actuellement, dans les versions <= 4.3, les fichier d'export csv sont regroupé par population. Par exemple: nephrops;0;zone L21E7;0;100000.0 nephrops;0;zone L21E8;0;100000.0 nephrops;0;zone L22E6;0;100000.0 nephrops;0;zone L22E7;0;100000.0 nephrops;1;zone L21E7;0;100000.0 nephrops;1;zone L21E8;0;100000.0 nephrops;1;zone L22E6;0;100000.0 nephrops;1;zone L22E7;0;100000.0 pop2;0;zone L23E5;0;100000.0 pop2;0;zone L23E6;0;100000.0 pop2;0;zone L23E7;0;100000.0 pop2;0;zone L24E5;0;100000.0 pop2;1;zone L23E5;0;100000.0 pop2;1;zone L23E6;0;100000.0 pop2;1;zone L23E7;0;100000.0 pop2;1;zone L24E5;0;100000.0 Dans la version 4.4, peut-on: * regrouper les exports par pas de temps ? * changer l'ordre des colonnes pour que le pas de temps soit la première ? * ajouter des entetes pour faire des vrais fichier CSV ? Par exemple: step;population;zone;group;value 0;nephrops;zone L21E7;0;100000.0 0;nephrops;zone L21E8;0;100000.0 0;nephrops;zone L22E6;0;100000.0 0;nephrops;zone L22E7;0;100000.0 0;pop2;zone L23E5;0;100000.0 0;pop2;zone L23E6;0;100000.0 0;pop2;zone L23E7;0;100000.0 0;pop2;zone L24E5;0;100000.0 1;nephrops;zone L21E7;0;100000.0 1;nephrops;zone L21E8;0;100000.0 1;nephrops;zone L22E6;0;100000.0 1;nephrops;zone L22E7;0;100000.0 1;pop2;zone L23E5;0;100000.0 1;pop2;zone L23E6;0;100000.0 1;pop2;zone L23E7;0;100000.0 1;pop2;zone L24E5;0;100000.0 -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Ca fait tasse...
by Sigrid Lehuta Jan. 29, 2016

Jan. 29, 2016

Alors voilà, c'est ironique mais la disparue était sous les lèvres de Toni tout ce temps... dans le bureau de Vincent ! et ça tombe bien (c'est le cas de le dire) qu'elle soit réapparue car la nouvelle a eu un petit accident... En tous cas, je suis ravie d'avoir les 2, merci ! et merci pour votre magnifique et très ifremérienne carte de voeux !

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Réunion ISIS-Fish préparation
by Sigrid Lehuta Jan. 20, 2016

Jan. 20, 2016

Bonjour les lutins, Quelques infos et demandes en vue de la prochaine réunion ISIS. Cette année petit comité et surtout des nouveaux (Sandrine, Zoé, Marianela et Angélique) nous allons donc faire une formation rapide et devoir reprendre de nombreux aspects de fonctionnement avant de voir les nouveautés de la V4.4. On va installer la V4.3 chez tout le monde dans un premier temps et on les passera en V4.4 plus tard.On aura surement besoin de vous au cas improbable ou ca ne marcherait pas du premier coup ;-) Concernant les nouveautés V4.4, pourriez vous nous préparer les explications concernant les points techniques (résultats, exports...) et tout ceux que j'aurais pu oublier dans le ppt joint ? Merci d'avance. A bientôt !

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[ANN] IsisFish 4.3.1.3 released
by Eric Chatellier Jan. 7, 2016

Jan. 7, 2016

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.3.1.3 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://doc.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: o Fix Java 8 execution Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * http://forge.codelutin.com/attachments/download/3585/isis-fish-4.3.1.3-bin.… Have fun! -IsisFish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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rafraichissement site + config V4.4
by Sigrid Lehuta Jan. 6, 2016

Jan. 6, 2016

Hello, Bonne Année ! On attend la petite carte code lutin hein ;-) - J'ai fait des mises à jour sur le site ce matin (il y a plus d une heure) qui n'apparaissent tjs pas... peux tu vérifier qu'elles sont prises en compte ou rafraichir manuellement ? - D'autre part, y a t'il des changements de config pour la V4.4 ? (on doit configurer les ordis des etudiants si on l'utilise en cours les 25-26 janvier) * version de java supportée (>7 ?) * version de R suportée (>3. ?) et le corolaire si on reste en V4.3, java 7 et R 2. ? Merci !

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2015

Dec. 31, 2015

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-3 (pour test)
by Eric Chatellier Dec. 8, 2015

Dec. 8, 2015

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-3. Cette version n'est pas compatible avec les précédentes, donc les regions déjà migrées en 4.4 devront être migrées à nouveau. Le dossier isis-fish-data ne compilera entierrement qu'avec la version "rc-3" à cause des changements sur la region. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * #7149: Détecter la non présence de "package" dans un script * #7230: Cannot restore sensitivity analysis factor on rule * #7223: Ajouter une option pour supprimer les resultats en fin de simulation (après les exports). * #7224: Ajouter des champs dans la region pour changer la methode de calcul de F * #7210: Add result storage to manage resultat as script files * #7222: Ajouter le calcul de landing weight Téléchargement: * http://forge.codelutin.com/attachments/download/3290/isis-fish-4.4.0.0-rc-3… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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