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matrixFishingMortality, matrixFishingMortalityPerGroup, matrixTotalFishingMortality
by Eric Chatellier June 25, 2015

June 25, 2015

Bonjour, J'ai encore une imprecision avec ces trois résultats : - matrixTotalFishingMortality (F ?) - matrixFishingMortalityPerGroup (fBar ?) - matrixFishingMortality (?) J'ai l'impression que 'matrixFishingMortality', qui existait avant les autres, ne concerne pas la même 'fishing mortality' que les autres. À noter que "matrixTotalFishingMortality" est calculé à partir de "matrixFishingMortalityPerGroup". Est-ce normal ou peut-on améliorer la chose ? -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Default Simulator : une décision à discuter
by Sigrid Lehuta June 22, 2015

June 22, 2015

Hello j'avais récemment modifier le default Simulator methode computeMonth() pour en extraire le calcul de Fising Mortality per group et Fishing Mortality totale et les mettre après les post actions des règles (hors de la méthode). La raison en est que je voulais pouvoir calculer F soit sur les catch soit sur les landings (hors les landings ne sont disponibles qu'apres la post action des rules). Si on juge que c'est important, je crois qu'il faudrait faire un truc plus propre et dépendant de l'espèce pour la V3.4. Je propose : - est ce important ? (Steph ?) - ajouter une tickBox dans l onglet structure de pop a coté de "group min" et "group max" disant "calcul de F sur les débarquements" Changer la methode fishingMortalityPerGroup comme suit if( ! *tickBox* cochée){ MatrixND catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.MATRIX_CATCH_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); }else { catchPerStrategyTemp = resManager.getMatrix(loopstep, pop, ResultName.*MATRIX_LANDING_PER_MET*); } - effectivement sortir le calcul de ces resultats de ComputeMonth() *************************** Autre aspect, j'ai des pops saisonnières qui sont à 0 en janvier, leur F est donc tjs nul... - est ce utile de spécifier un mois auquel regarder l'abondance pour le calcul de F ou est ce une situation trop rare ? (Steph ?) si c est utile : - ajouter un param "mois de considération de l abondance pour le calcul de F" (!), surnommé "*mcacf*" - modifier la methode fishingMortalityPerGroup : abundancePopJan = resManager.getMatrix(new TimeStep(12*step.getYear()+*mcacf*), pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE_BEGIN_MONTH); //6 juillet pour squid Sinon peut etre tester si N == 0, si oui boucler sur les pas de temps de l année jusqu a trouver un N!=0 ? *************************** Une autre : dans ObjectiveFunction f = new ObjectiveFunctionBaranov(Cgroup, Mgroup, NgroupJan); Fgroup = MinimisationUtil.fmin(0.0,2.0,1.0e-10, f); // step ?? On limite la recherche de f entre 0 et 2.0 c'est un peu restrictif mais efficace. Il serait bon de tester si Fgroup ==2 ou 1.999 et si c'est le cas de relancer la recherche entre 0 et 10 par exemple car il peut arriver que F depasse 2. ************************** Juste une remarque si je ne m'abuse if y a redondance de test l 328 du defaultSimulateur ligne 265 // discard and landing must be done after post action rules // only if there are one or more strategy if (siMatrix.getStrategies(step).size() > 0) { puis ligne 328 ds ce if if (siMatrix.getStrategies(step).size() > 0) {

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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-users] Ne pas conserver les "results"
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Conclusion sur les results et Exports : - si on a bien compris le mieux est de recoder tous les exports existants en ExportStep - de laisser la possibilité de créer des ExportEnd si nécessaire - d'ajouter une option "supprimer les résultats en fin de simulation" Le 11 juin 2015 17:26, Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> a écrit : > Le 11/06/2015 17:10, Stephanie MAHEVAS a écrit : > > est-ce que ExportStep ne va pas poser de probleme (notamment sur > Caparmor) à > > cause des écritures à chaque pas de temps? > Ca dépend vraiment du système informatique qu'il y a dernière, des accès > réseaux > pour écrire... > Peut-être qu'il peut améliorer l’écriture si on écrit beaucoup d'un coup > que si > on écrit une fois toutes les 5 secondes par exemple. > > Après, dans le cas d'un job Isis, l'influence est minime car qu'on le > fasse au > fur et à mesure, ou à la fin, le volume est le même, et la différence en > temps > d’écriture doit être sensiblement la même. > > Pour une écriture nécessaire (résultat à garder), ce n'est pas très grave. > Pour > les écritures disques inutiles que l'on peut supprimer, cela influence > forcement > la simulation en mieux... > > -- > Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >

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très petits nombres
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Hello, je fais des simulations où mes espèces s'effondrent (effectifs de l'ordre de e-8), du coup les captures sont aussi en e-8, mais ma mortalité par pêche s'envole ! Ne devrait-on pas décider d'un seuil au delà duquel isis renvoit zéro ? Ou du moins F est mis à zéro ? On a un peu le problème avec certaines migrations, si les coefficients somment à 1.000001 on se retrouve avec des effectifs négatifs bien que très faibles dans certaines zones, ça fait désordre... Qu'en pensez vous ? Quelle solution aurions nous ? Merci

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Modifications concernant les résultats
by Eric Chatellier June 12, 2015

June 12, 2015

> Le 09/06/2015 16:35, Sigrid Lehuta a écrit : >> Question Annexe : >> Comment faire de même pour ResultName ? >> (il m arrive de creer des resultats qui n interessent que moi...) > Je me suis posé la question récemment, mais c'est moins évident. > ResultName.java est utilisé par l'interface graphique pour afficher la liste des > résultats à activer pour la simulation. > > Cela me parait compliqué pour l'interface d'aller lire plusieurs fichiers. > > Il faudrait que l'on réfléchissent à un autre mécanisme en y incluant les > dépendances entres les résultats > (abondance nécessaire pour calculer F par exemple). Voici notre réflexion concernant la modification des résultats. Les resultats seront rendu similaires aux autres scripts dans Isis, à savoir : un fichier par resultat. Par exemple: @Doc(value = "do the doc of Result matrixDiscardsWeightPerStrMet") static final public String MATRIX_DISCARDS_WEIGHT_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP = n("matrixDiscardsWeightPerStrMetPerZonePop"); sera transformé en une classe (dans un nouveau package "simulationresult") : public class MatrixDiscardsWeightPerStrMetPerZonePop extends SimulationResult { public String getDescription() throws Exception { return "do the doc of Result matrixDiscardsWeightPerStrMet"; } } Cela permettra également d'ajouter des dépendances dans les resultats de la même façon que les règles (exemple pour F) : public class MatrixFishingMortalityPerGroup extends SimulationResult { protected String[] necessaryResult = { // F nécessite l'abondance et MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop MatrixAboundance.class.getSimpleName(), MatrixCatchPerStrategyMetPerZonePop.class.getSimpleName() }; /** * @return the necessaryResult */ public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } public String getDescription() throws Exception { return "do the doc of Result matrixFishingMortalityPerGroup"; } } -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Proposition Nouveau résultat : à discuter
by Sigrid Lehuta June 12, 2015

June 12, 2015

Ajout de landing weight ? Si validé, dans DefaultSimulator, après MATRIX_LANDING_PER_MET if (resManager.isEnabled(ResultName.MATRIX_LANDING_WEIGHT_PER_MET)) { MatrixND landing = MatrixFactory.getInstance().create( populationMonitor.getCatch(pop)); if (discard != null) { landing = landing.minus(discard); } MatrixND landingweight = siMatrix.matrixToWeightMatrix(step, 2, ResultName.MATRIX_LANDING_WEIGHT_PER_MET, landing); resManager.addResult(step, pop, landingweight); }

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[ANN] IsisFish 4.4.0.0-rc-2 (pour test)
by Eric Chatellier June 11, 2015

June 11, 2015

Bonjour, Je viens de préparer une nouvelle version de test : 4.4.0.0-rc-2. Elle contient en particulier des améliorations graphiques: * Affichage des occurrences des termes dans l’éditeur de script * Amélioration des performances de l’éditeur * Détection des modifications faites depuis une application externe (pour ne plus écraser le contenu) * Activation de fonctions supplémentaire (rechercher, remplacer...) * Ajout de la possibilité de changer l'ordre des règles Téléchargement: * isis-fish-4.4.0.0-rc-2-bin.zip : http://forge.codelutin.com/attachments/download/3272/isis-fish-4.4.0.0-rc-2… Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Nouveau SiMatrix
by Sigrid Lehuta June 10, 2015

June 10, 2015

Hello, je vais me remettre au test de la V3.4 et je commence par comparer les anciens et nouveaux scripts. J'ai 2 questions pour SiMatrix : - J'ai remarqué que toutes les methodes "PerCell" avaient disparues du nouveau SiMatrix, elles sont désormais dans un si matrix per cell qui est appelé qd le simulateur par cellule est selectionné. Il me semble que siMatrixEffortByCell ne contient pas toutes les méthodes mais uniquement celles qui diffèrent de l'autre SiMatrix, exact ? cela veut dire que SiMatrix est toujours utilisé mais avec en plus siMatrixEffortByCell pour le remplace à certains endroits, c'est ça ? - J'avais ajouté quelques méthodes à SiMatrix directement dans le code. Je prefererais avoir un script à part qui contiendrait mes méthodes et serait utilisé mais me permettrait de conserver le même SiMatrix que le serveur. Puis je le faire de la même manière que pour effort by cell, en creant un SiMatrixSid qui n aurait que les méthodes modifiées et qui serait appelé si on selectionne le simulateurSid ? - comment avoir un SiMatrixEffortByCellSid ? en creant un simulateurEffortByCellSid qui retournerait SiMatrixEffortByCell et SiMatrixSid ? ou dois je mixer siMatrixEffortByCell et SiMatrixSid pour n avoir qu'un SiMatrix ? Merci !

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V4.4
by Sigrid Lehuta May 26, 2015

May 26, 2015

Je teste la V4.4. - à l ouverture il crée un nouveau isis-fish-4 : isis-fish-4-rc c'est normal ? - J'ai voulu tester la nouvelle équation de recruitment mais je suis un peu perdue, il faudrait de la documentation. ou un petit exemple. - Finalement est-elle appelée à chaque pas de temps ou seulement a t repro + delta + etalement recruitment ? getRepro() renvoit la matrice de repro - une verif me dit que la matrice repro a subi l'étalement du recruitment ainsi que la mortalite du groupe null et la migration vers les zones de recruitment. peux tu confirmer ? - la matrice reproduction est donc [step, zoneRecru] ? - si on veut la modifier est il necessaire d utiliser un iterator? ou une boucle est elle implicite? - A t on accès a ses semantics (zoneRecru, comme on avait la liste zoneRepro ds l equation de repro) ou doit on les reccuperer ? Merci

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Modification du site Isis
by Eric Chatellier April 23, 2015

April 23, 2015

Bonjour, En faisant des mise à jour de contenu, j'ai trouvé que la partie "contenu" du site était trop petite. Je vais agrandir la partie blanche centrale en la laissant de taille fixe quand même (car en agrandissement dynamique, cela risque de ne pas avoir un super rendu). Si vous voulez que j'apporte d'autres modificiation au site, n'hésitez pas. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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