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Re: [Isis-fish-devel] IsisFish 4.0.0.0-beta-2 disponible
by Eric Chatellier Nov. 28, 2011

Nov. 28, 2011

Le -10/01/-28163 20:59, Stephanie MAHEVAS a écrit : > bonjour > > lorsque que je convertis une ancienne base (V3) dans la V4, j'ai une > interface de conversion manuelle qui s'ouvre pour Target Factor > ok pour faire la conversion mais je ne sais pas de quelle equation il > s'agit????????? C'est pas evident à faire, car la migration tente de compiler toutes les equations disponibles et demande à l'utilisateur de corriger celle qui ne compile pas. > Il faudrait avoir dans cette interface l'ancienne equation et à quel metier, > quelle espece elle se rattache Si la boite de dialogue s'est afficher vide, c'est que l'équation est vide dans ta base. Je ne pense pas pourvoir faire mieux à se niveau. Au pire tu peut passer les equations que tu ne peux pas résoudre à se moment là et aller revérifier dans ta region ensuite. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-devel] incompatible types
by Eric Chatellier Nov. 22, 2011

Nov. 22, 2011

Le 21/11/2011 23:48, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Dans un script j’utilise le code suivant : > > List<Strategy> liststrat = L2.getSemantic(1); > > int[] indexStratagarder = new int[2]; > > for(Strategy s : liststrat){ > > if(s.getName().equals("PRO_Ligne_GN")) indexStratagarder [1] = listmet.indexOf(s); > > else if(s.getName().equals("PRO_Ligne_CS")) indexStratagarder [2] = > listmet.indexOf(s); > > } > > Mais j’obtiens l’erreur suivante : > > Incompatible types > > found : java.util.List<capture#513 of ?> > > required : java.util.List<fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy> > > List<Strategy> listStrat = L2.getSementic(1); > Il manque un cast: List<Strategy> listStrat = (List<Strategy>)L2.getSementic(1); -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Plan Factoriel Fractionnaire dans la V4 ?
by Loic GASCHE Nov. 21, 2011

Nov. 21, 2011

Bonjour, Je voulais lancer une AS avec un plan factoriel fractionnaire dans la V4 , et ISIS m'a sorti le message d'erreur qui est en pièce jointe. Steph m'a dit que cela vient certainement du fait que cette méthode n'est pas un script R mais est normalement directement implémentée dans ISIS... et que là apparemment ça n' a pas été fait et donc ISIS cherche un package FrF2 qui n'existe pas. Est-ce bien le problème où cela vient-il d'autre part ? Peut-on corriger ce problème ? Loïc Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:371) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:634) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) Can't generate scenarios sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRFrF2.compute(SensitivityCalculatorRFrF2.java:200) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:371) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:634) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) Error in library(FrF2) : aucun package nommé 'FrF2' n'est trouvé org.nuiton.j2r.jni.RJniEngine.voidEval(RJniEngine.java:402) org.nuiton.j2r.RProxy.voidEval(RProxy.java:233) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRFrF2.compute(SensitivityCalculatorRFrF2.java:97) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1127) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1140) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:371) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:634) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138)

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IsisFish 4.0.0.0-beta-2 disponible
by Eric Chatellier Nov. 18, 2011

Nov. 18, 2011

Bonjour, La version 4.0.0.0-beta2 est disponible. Elle est téléchargeable à cette adresse : * http://forge.codelutin.com/attachments/download/198/isis-fish-4.0.0.0-beta-… Elle corrige les points suivants: * Afficher une fenêtre de correction des equations non compilable apres migration. * Configuration des scripts en popup au moment de l'ajout * Interface d'IsisFish non traduite sous windows Cordialement, -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Morris dit NaN
by Loic GASCHE Nov. 18, 2011

Nov. 18, 2011

Bonjour, j'ai lancé la même AS sous isis V3 puis sous isis V4, en utilisant la méthode de Morris. Avec la V3 tout se passe bien et les sorties de la méthode de Morris (mu, mu.star et sigma) sont bien calculées. Par contre avec la V4, j'obtiens des NaN pour mu, mu.star et sigma. A première vue, cela vient du fait que la matrice a$ee vaut NaN et que c'est cette dernière qui est utilisée pour les calculs de la méthode de Morris. Mais je ne sais pas pourquoi cette matrice vaut NaN avec la V4, donc si quelqu'un a une idée... Loïc

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problème ISIS sur serveur linux : can't get scenarios from calculator
by Loic GASCHE Nov. 17, 2011

Nov. 17, 2011

Coucou, Lors du lancement d'ISIS 4.0.0.0 beta2 (64 bits) sur un serveur linux 64 bits, j'obtiens un message d'erreur lors du lancement de l'analyse de sensibilité (fichier joint : bug.txt). J'ai installé R 2.13 64 bits et le package sensitivity J'ai positionné la variable R_HOME qui pointe sur le bon endroit. J'ai aussi mis à jour java : java version "1.6.0_20" OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.9.10) (fedora-55.1.9.10.fc14-x86_64) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 19.0-b09, mixed mode) Je ne sais pas s'il faut installer autre chose. Je joins aussi le fichier debug.txt. Quelqu'un aurait une idée, stp ? Merci Moâ Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) R evaluation failed fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:206) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) R initialisation failed, please check your installation org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) INFO [main] (IsisFish.java:118) main - Starting Isis-Fish 4.0.0.0 with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:119) main - Date: 17/11/11 15:39 INFO [main] (IsisFish.java:120) main - Java version: 1.6.0_20-b20, OpenJDK 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:121) main - System arch: amd64 INFO [main] (IsisFish.java:122) main - R_HOME: /usr/lib64/R, R.type: jni INFO [main] (IsisFish.java:123) main - PATH: /usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/home3/nantes/perso/lgasche/bin:/home3/nantes/perso/lgasche/bin INFO [main] (IsisFish.java:317) initVCS - Check state of local repository: /home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-database INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:231) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : http://svn.forge.codelutin.com/svn/isis-fish-data INFO [main] (IsisFish.java:473) initCommunityVCS - Local repository exists but it's not valide for current vcs: svn INFO [main] (IsisFish.java:481) initCommunityVCS - Rename data directory to /home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-community-database-2011-39-17-15-39-36 INFO [main] (IsisFish.java:499) initCommunityVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:143) getSVNManager - Try to connect to http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community WARN [main] (VCSSVN.java:236) isConnected - Impossible de se connecter au serveur, passage en mode déconnecté : http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community/ org.tmatesoft.svn.core.SVNException: svn: Could not open the requested SVN filesystem svn: OPTIONS of '/svn/isis-fish-community': 500 Internal Server Error (http://svn.isis-fish.org) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:64) at org.tmatesoft.svn.core.internal.wc.SVNErrorManager.error(SVNErrorManager.java:51) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:634) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:277) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.http.HTTPConnection.request(HTTPConnection.java:265) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.exchangeCapabilities(DAVConnection.java:516) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVConnection.open(DAVConnection.java:98) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.openConnection(DAVRepository.java:1000) at org.tmatesoft.svn.core.internal.io.dav.DAVRepository.getLatestRevision(DAVRepository.java:179) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getRevisionNumber(SVNBasicClient.java:482) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.getLocations(SVNBasicClient.java:876) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNBasicClient.createRepository(SVNBasicClient.java:534) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1283) at org.tmatesoft.svn.core.wc.SVNWCClient.doGetProperty(SVNWCClient.java:1064) at fr.ifremer.isisfish.vcs.VCSSVN.isConnected(VCSSVN.java:226) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.initCommunityVCS(IsisFish.java:501) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:142) INFO [main] (IsisFish.java:151) main - after init done in 10.804. INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 6 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:78) <init> - SimulationExecutor started with 1 thread for dans le même processus INFO [main] (IsisTray.java:117) getInstance - Use system tray: fr.ifremer.isisfish.IsisTray$AWTSystemTray INFO [Thread-8] (CronService.java:84) run - Starting 1 registered services INFO [AWT-EventQueue-0] (RegionStorage.java:241) getRegion - Try to open region CHANNEL(/home3/nantes/perso/lgasche/isis-fish-4/isis-database/regions/CHANNEL) INFO [AWT-EventQueue-0] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for CHANNEL INFO [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:119) initOnJNI - Trying to initialize the R Proxy over JNI ERROR [AWT-EventQueue-0] (RJniEngine.java:88) init - Cannot find jri library, make sure it is correctly installed ERROR [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:101) init - Initialization of R over JNI failed, trying with Network INFO [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:136) initOnNet - Trying to initialize the R Proxy with Network INFO [AWT-EventQueue-0] (RNetEngine.java:127) init - Trying to connect to the Rserve on '127.0.0.1:6311' ERROR [AWT-EventQueue-0] (RNetEngine.java:133) init - Unable to establish a connection to the R server. Maybe you forgot to start it. Try using the command "R CMD Rserve". FATAL [AWT-EventQueue-0] (RProxy.java:197) init - The initializing of R failed. ERROR [AWT-EventQueue-0] (AbstractSensitivityAnalysis.java:204) setIsisFactorsR - R evaluation failed org.nuiton.j2r.RException: R initialisation failed, please check your installation at org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) at sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) at java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:1121) launchSimulation - Can't start simulation fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:350) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:613) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) at $Proxy1.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(AbstractButton.java:2012) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(AbstractButton.java:2335) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(DefaultButtonModel.java:404) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(DefaultButtonModel.java:259) at javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(BasicButtonListener.java:253) at java.awt.Component.processMouseEvent(Component.java:6203) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(JComponent.java:3267) at java.awt.Component.processEvent(Component.java:5968) at java.awt.Container.processEvent(Container.java:2105) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Component.java:4564) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2163) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Container.java:4461) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Container.java:4125) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Container.java:4055) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Container.java:2149) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Window.java:2478) at java.awt.Component.dispatchEvent(Component.java:4390) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(EventQueue.java:649) at java.awt.EventQueue.access$000(EventQueue.java:96) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:608) at java.awt.EventQueue$1.run(EventQueue.java:606) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:116) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:622) at java.awt.EventQueue$2.run(EventQueue.java:620) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(AccessControlContext.java:105) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(EventQueue.java:619) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(EventDispatchThread.java:275) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(EventDispatchThread.java:200) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(EventDispatchThread.java:190) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:185) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(EventDispatchThread.java:177) at java.awt.EventDispatchThread.run(EventDispatchThread.java:138) Caused by: fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.SensitivityException: R evaluation failed at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:206) at sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorRMorris.compute(SensitivityCalculatorRMorris.java:77) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) ... 46 more Caused by: org.nuiton.j2r.RException: R initialisation failed, please check your installation at org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) at fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) ... 48 more

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Fonctionnement du bouton "Filtrer" dans l'interface d'AS ?
by Loic GASCHE Nov. 10, 2011

Nov. 10, 2011

Bonjour, Commençant à avoir pas mal de simulations dans mes dossiers ISIS et faisant en ce moment pas mal de passages de la V3 à la V4, j'ai de plus en plus de mal à retrouver mes simulations lorsque je souhaite en charger une ancienne pour la refaire tourner. J'ai vu qu'il y a un bouton "filtrer" dans le premier onglet de l'interface d'AS à côté de la liste déroulante de choix de la simulation à charger, mais dans la V3 comme dans la V4 il est inutilisable. Serait-il possible de rendre ce bouton fonctionnel afin de pouvoir sélectionner comment sont triées les anciennes simulations et faire des recherches dans cette liste ? Loïc

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ISIS saute une simulation ?
by Loic GASCHE Nov. 9, 2011

Nov. 9, 2011

Bonjour, J'ai lancé deux AS ce matin et aucune des deux ne s'est terminée car à chaque fois ISIS à fait toutes les simulations sauf une (la troisième pour ma première AS et la huitième pour ma seconde AS). Après vérification, le dossier correspondant à chacune de ces simulations est vide. J'avais déjà eu un problème similaire avec ISIS V3, mais Steph m'avait dit que ce genre de soucis ne provenait pas d'ISIS. J'ai quand même jeté un coup d'œil rapide au débug et ma simulation plantée y apparaît (vers la ligne 20070) avec des [WARN] et un [ERROR], donc je pense qu'il serait bon que quelqu'un d'autre y jette un œil. Le debug compressé faisant plus de 25Mo, je crois qu'il faut passer par un serveur de code lutin pour pouvoir le transmettre ? Comment le trouver ? Steph m'a aussi indiqué qu'il est possible de relancer une simulation qui a planté lors d'une AS, afin de ne pas avoir à tout refaire tourner... Comment faire ça ? Merci d'avance. Loïc

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ISIS V4, la suite
by Loic GASCHE Nov. 8, 2011

Nov. 8, 2011

Bonjour, Avant de me remettre aux AS, j'ai un petit soucis avec les simulations. En effet, en faisant deux simulations identiques avec la V4 et la V3, il semble que ISIS V3 est beaucoup plus "optimiste" que ISIS V4 pour la sole de 7D. En effet, et uniquement pour la sole de 7D, les valeurs prédites au cours de la simulation pour cette population varient assez fortement entre la V3 et la V4, avec même des tendances différentes. J'ai aussi essayé de prendre la simulation créée dans la V3 pour la faire tourner avec la V4 et de prendre celle créée dans la V4 pour la faire tourner dans la V3; les résultats sont les mêmes que précédemment : les simulations qui tournent sous la V3 pour la sole de 7D sont beaucoup plus optimistes que celles faites avec la V4. Une idée de la cause de ce soucis ? Loïc

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Gestion des ressources Isis et site internet
by Eric Chatellier Nov. 7, 2011

Nov. 7, 2011

Bonjour, Voici l'organisation des différentes ressources IsisFish (existante et à venir) pour la gestion des sources, données et site web. Existant -------- Projet redmine : Isis-fish http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish Projet redmine : Isis-fish-data (sous projet de Isis-fish) http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish-data Depot : isis-fish-community http://svn.isis-fish.org/svn/isis-fish-community L'authentification est actuellement gérée par l'inscription modérée à la liste : http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-community-scri… A venir ------- La reflexion est ici de gérer le site web (modifiable par les utilisateurs), et d'unifier la gestion de autorisation des utilisateurs. Idée ==== Créer un (troisième) projet "isis-fish-community" qui contiendrait: - un module "community-scripts" - un module "community-site" (rst... + scmwebeditor) - une authentification commune pour les deux modules (ceux qui ont le droit de faire des scripts ont le droit de modifier le site ?) Javadoc: - il faudrait trouver une astuce pour que la javadoc (du projet isis-fish) se retrouve sur le site généré par community-site Adresse: Le site serait déployé sur l'adresse : http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish-community/community-site vu que c'est on peut long, on pourrais faire la remplacer par une plus courte: http://www.isis-fish.org/ -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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