- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

ISIS V4, c'est parti !
by Loic GASCHE Nov. 3, 2011

Nov. 3, 2011

Bonjour, J'ai voulu faire tourner deux petites AS identiques avec la V3 et la V4 pour pouvoir comparer les sorties. J'ai rempli toutes les cases en parallèle, donc je ne pense pas avoir oublié quelque chose. L'analyse de sensibilité tourne sans soucis avec la V3 et ne se lance pas et me fait apparaitre un message d'erreur dans une boite avec la V4. Pour essayer de me prémunir dans un premier temps contre un éventuel problème de compatibilité ISIS/Java/R j'ai utilisé la méthode JavaExpandGrid (mais ça ne marche pas dans la V4 avec n'importe quelle méthode en fait) J'avais lancé les deux versions de ISIS en 32bits. Le R_HOME pointe vers R 2.9.2 pour ISIS V3. J'ai essayé de le modifier pour le faire pointer vers R 2.13.0 (en 32 ou 64 bits) pour utiliser la V4, mais cela n'a rien changé : l' AS ne se lance pas. première question : la version 2.13.0 de R est-elle suffisante pour faire tourner la V4 (ou faut-il une 2.13.? plus récente). deuxième question : peut-on avoir deux R_HOME, un pour la V3 et un pour la V4 ? J'ai Java en version 1.6.0_27 en 32bits et en 64bits, je crois que ça c'est OK pour ISIS ? En gros : je soupçonne fortement que mon problème de lancement d'AS vient d'un oubli stupide de ma part, mais je ne trouve pas lequel... Help ? Une dernière observation : dans le .bat servant à lancer ISIS V3, j'ai un chemin indiquant où se trouve Java, et je ne l'ai pas dans le .bat de la V4. Est-ce un problème ? Voilà, je retourne me plonger dans tout ça... Merci d'avance ! Loïc isisfish.error.errorpane.title Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't get scenarios from calculator Level: SEVERE Stack Trace: Can't get scenarios from calculator fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:527) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:374) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:637) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) R evaluation failed fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:206) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorJavaExpandGrid.compute(SensitivityCalculatorJavaExpandGrid.java:69) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:374) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:637) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) R initialisation failed, please check your installation org.nuiton.j2r.RProxy.<init>(RProxy.java:67) fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.AbstractSensitivityAnalysis.setIsisFactorsR(AbstractSensitivityAnalysis.java:155) sensitivityanalysis.SensitivityCalculatorJavaExpandGrid.compute(SensitivityCalculatorJavaExpandGrid.java:69) fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationService.submit(SimulationService.java:464) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulation(SimulAction.java:1116) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.launchSimulationWithSensibility(SimulAction.java:1129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.launchSimulation(ParamsUI.java:374) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsUI.doActionPerformed__on__buttonSimulParamsSimulate(ParamsUI.java:637) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$000(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$1.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$2.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.AccessControlContext$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source)

2 1

IsisFish 4.0.0.0-beta-1 disponible
by Eric Chatellier Oct. 28, 2011

Oct. 28, 2011

Bonjour, La première version de IsisFish 4 est disponible à des fins de test pour le moment. Cette version est disponible sur une la nouvelle forge permettant de mieux gérer le projet à l'avenir: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish La version 4.0.0.0-beta-1 peut être récupérée à l'adresse: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files et la liste des changements ici : http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap A noter, que la version 4 utilise son propre dossier pour stocker les données, vous pouvez donc tester isis-fish 4, sans corrompre vos données isis-fish 3. Merci de nous remonter les bugs avant la formation du 5 décembre. Bon tests ;) -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

1 0

Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-commits] r3495 - trunk
by Tony Chemit Oct. 27, 2011

Oct. 27, 2011

On Thu, 27 Oct 2011 18:21:38 +0200 (CEST) echatellier(a)users.forge.codelutin.com wrote: > Author: echatellier > Date: 2011-10-27 18:21:38 +0200 (Thu, 27 Oct 2011) > New Revision: 3495 > > Url: http://forge.codelutin.com/repositories/revision/isis-fish/3495 > > Log: > Prepare beta release > > Modified: > trunk/pom.xml > > Modified: trunk/pom.xml > =================================================================== > --- trunk/pom.xml 2011-10-27 16:20:11 UTC (rev 3494) > +++ trunk/pom.xml 2011-10-27 16:21:38 UTC (rev 3495) > @@ -11,7 +11,7 @@ > > <groupId>fr.ifremer</groupId> > <artifactId>isis-fish</artifactId> > - <version>4.0.0.0-SNAPSHOT</version> > + <version>4.0.0.0-beta1-SNAPSHOT</version> > Je te préconise d'utiliser plutot ça comme version : 4.0.0.0-beta-1 sinon tu vas avoir des problème plus tard... Si tu te souviens, tu as déjà eu le problème il y a quelques mois sur ? Lima ? Je sais plus trop... -- Tony Chemit -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: chemit(a)codelutin.com http://www.codelutin.com

1 0

Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-private] CR Réunion IsisFish 06/07/2011
by Eric Chatellier Oct. 10, 2011

Oct. 10, 2011

Le 06/07/2011 16:01, Eric Chatellier a écrit : > CR Réunion IsisFish 06/07/2011 > ============================== > > IsisFish 4.0 > ------------ > > Ajouter la possibilité de saisir la matrices de capturabilité > sous forme d'une équation (en plus de la matrice). Quelle serait la signature de l'équation ? public double compute(SimulationContext context, Population pop, List<PopulationGroup> groups, List<PopulationSeasonInfo> seasons) throws Exception; La matrice de capturabilité étant 2D : groups * seasons -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

1 1

Entité ActiveRule dans Isis
by Eric Chatellier July 8, 2011

July 8, 2011

Bonjour, Il y a dans IsisFish une classe ActiveRule qui ne sert pas (encore). Quelle était son but initial ? Peut-on la supprimer pour la V4 ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

2 1

Modification groupe de maturité et taux de reproduction
by Eric Chatellier June 24, 2011

June 24, 2011

Bonjour, Dans IsisFish 3.4 les champs groupe de maturité des population et taux de reproduction des groupes de populations vont subir des modifications. Le champ groupe de maturité va disparaître et sera remplacé par une nouvelle équation "Ogive de maturité". Ce champ n'est pas utilisé par Isis à l'heure actuelle, seulement par des règles utilisateur. L'équation Ogive de maturité acceptera comme paramètre le contexte de simulation et un groupe de population. Le taux de reproduction sera supprimé des groupe de population et sera déplacé sur la population en tant qu'équation. Il n'est utilisé que par les scripts d'export de sensibilité actuellement. Cette équation acceptera comme paramètre également le contexte de simulation et le groupe de population. Au niveau de l'interface de saisie, les équations Ogive de maturité, Taux de reproduction, Taux de mortalité naturelle et poids moyen seront dans l'onglet "Saisie des équations". L'équation prix sera dans un nouvel onglet seule. Les noms d'onglet vont être modifié pour devenir: - Structure population - Zone - Saison - Traits de vie (ex Saisie des équations) - Reproduction - Groupes - Capturabilité - Migration - Prix -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

2 3

Point sur IsisFish 3.4
by Eric Chatellier June 16, 2011

June 16, 2011

Bonjour, La version 3.4 aurait du être pouvoir être testée cette semaine, mais on a un peu de retard. * les analyses de sensibilités ont été migrées par Jean. Mais il reste encore à prendre en compte les spécificités de la version 3.4 (group screening, règles, paramètres de règles...) * le commit autorisé pour les utilisateurs est bien avancé. Par contre, je me galère un peu avec le code qui gère les dépôts. C'est trop static et fortement lié aux dépots actuel, je vais essayer d'enlever le code statique. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

1 0

Animation du réseau ISIS-Fish en chaire et en os
by Stephanie MAHEVAS June 14, 2011

June 14, 2011

Chers ISIS-Fishiens La réunion N°2 du réseau ISIS-fish aura lieu en novembre ou décembre prochain sur 3 jours à Nantes. Il s'agit d'une réunion d'animation scientifique et technique autour de ISIS-Fish. Cette réunion est ouverte à tous (utilisateurs/non utilisateurs) et doit permettre 1. aux utilisateurs/développeurs * de mieux se connaitre * d'échanger sur l'expérience et d'en faire profiter les autres * de faire le point sur les difficultés et de trouver des solutions pour y pallier 2. aux nouveaux * de mieux comprendre ce qu'est ISIS, * à quoi il sert et * comment on l'utilise 3. de discuter d'une stratégie de réseau interne à l'Ifremer et externe à l'Ifremer pour développer de nouvelles applications L'organisation de la réunion serait la suivante: Journée 1 : présentation/formation (Modèle, Java, Calibration, AS) Journée 2 : 1) des dernières évolutions d'ISIS-Fish, 2) différentes applications en cours, 3) des évolutions à venir, 4) discussion sur le fonctionnement du réseau Journée 3 : Travaux pratiques Je vous propose un doodle pour bloquer des dates et permettre aux utilisateurs lointains de s'organiser http://www.doodle.com/tt33kwzgy7runsfr. Merci d'utiliser le champ commentaire pour lister vos attentes de cette réunion. Si vous connaissez des personnes potentiellement intéressées, merci de leur diffuser l'information. Bonne journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

Versions de R utilisées par Isis
by Eric Chatellier May 31, 2011

May 31, 2011

Bonjour, Je viens de regarder comment fonctionnait jri (pour accéder a R en java). Sous windows seulement, il y a une restriction de version, jri (2.9.x ne fonctionne que avec R 2.9.x) c'est qu'on a actuellement. J'ai essayer de mettre a jour jri : jri (2.11.1 fonctionne avec 2.13.x, mais pas avec 2.9.x). C'est un bug de la librairie, il ne compare que les 3 premiers caractères de la version. Faut-il mettre à jour la version pour pouvoir utiliser des versions plus récentes de R ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

5 4

Import des matrices ND
by Eric Chatellier May 31, 2011

May 31, 2011

Bonjour Stéphanie, Il ne va pas être possible d'avoir le code d'import des matrices ND dans la version actuelle de IsisFish. (dans la prochaine oui). En attendant, je t'ai fait une règle qui contient une copie du code d'import que tu pourras utiliser. À voir peut-être avec un dev car le code est un peu jeune et pas forcement évident à utiliser. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

1 0