- Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Test des règles entre isis 3.1 et 3.2
by Eric Chatellier Sept. 1, 2009

Sept. 1, 2009

Bonjour, J'ai terminé les tests sur les regles qui était à la fois dans isis 3.1 et isis 3.2. Les regles fonctionnent, et les resultats sont similaires ormit : - ChangementParamControlablePreSimu (je regarde rapidement pourquoi elle ne fonctionne pas dans isis 3.1) - GraviteCPUE Elle tourne, mais je ne sais pas quelle sont les influences de la règles sur les résultats - TailleMin Quelque soient les paramètres, les résultat ne varient pas. Pouvez-vous m'apporter quelques précisions sur ces trois règles ? Merci. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com Tests des regles 3.1 - 3.2 ========================== Données ------- Données utilisé pour tous les tests. Base langoustine : - nombre de jours d'inactivité augmentés (changement int>double) - 10 ans - toutes les stratégies - population de départ à 10000 Base anchois - 10 ans - toutes les strategies - population de départ à 10000 Test 1 : aucune règles ---------------------- Cette simulation sert de témoin pour déterminer si une règles modifient bien les résultats et que les modifications sont les mêmes entre isis 3.1 et 3.2. Test 2 : Cantonnement --------------------- Ok, résultat identiques. Test 3 : CantonnementPreSimu ---------------------------- Ok, résultat identiques. Test 4 : ChangementParamControlablePreSimu ------------------------------------------ Quelques difficultés a tester cette regles. Fonctionne dans isis 3.2, mais pas dans isis 3.1. (java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 12, Size: 12) Dans isis 3.2, elle fonctionne correctement. Test 5 : GraviteCPUE -------------------- La regle tourne sur les deux versions. Par contre, elle ne semble pas avoir d'influence sur les résultats. Comment puis-je confirmer son fonctionnement ? Test 6 : InterdictionEngin -------------------------- Ok, résultat identiques. Test 7 : InterdictionEnginPreSimu --------------------------------- Ok, résultat identiques. Test 8 : TacPoids ----------------- Avec 900 tonnes, les résultats sont inchangés. Second test avec 50 tonnes également. Avec 1 tonnes, les résultats sont bien different des simuations sans règles et egaux entre les deux versions d'isis. Test 9 : TailleMin ------------------ Je n'ai pas trouver les bons parametres a renseigner pour que les resultats soient modifiés. _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

2 2

Équation d'efficacité technique
by Eric Chatellier Aug. 31, 2009

Aug. 31, 2009

Bonjour, Nous avions parlé la semaine dernière de la valeur par défaut de l'équation d'efficacité technique à "return 1.0;". Il se trouve que isis retournait déjà 1.0 si aucune équation n'était définie. J'ai également vérifié sur des simulations, les captures sont cohérentes sans équations dans isis 3.2 avec les résultats d'isis 3.1. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

1 0

[Fwd: [Fwd: caparmor pbs server is back now.]]
by Jean Couteau Aug. 28, 2009

Aug. 28, 2009

Bon, pour les jobs soumis c'ets moi :D. Pour la taille des logs aussi (j'avais lancé 10 simus en debug hier midi, elles ont pris vraiment 3 plombes, le log devait être énorme) Par contre un truc qu'il faudrait pouvoir changer : Le niveau de log des règles de gestion : il est en info et c'est ça qui fait que les logs sur caparmor sont immenses (20 Mo x 1450 simus ça commence à faire). Pour les soumissions, en AS, la limite fixée par Tina a 100 simus envoyée d'un coup est beaucoup trop vite atteinte (par exemple pour un fast ou un sobol ça fait 750 et 700 simus) et du coup bah il faut laisser un pc allumé en permanence, on perd l'utilité de caparmor. (par exemple, les simus ont fini a 7h29 ce matin (lancées à 16h30 la veille), imaginez si il faut que je laisse le pc connecté tout ce temps là :( ). Les utilisateurs ifremer n'ont pass encore lancé d'AS sur caparmor, mais a mon avis ça va vite les énerver (d'autant que ça bloque un pc pendant tout le temps des simus) Donc voilà, malgré ce que Tina dit, envoyer les 1450 simus d'un coup ça passe, il faut juste revoir notre problème de taille de log (c'est ce qui ralenti les simus au passage). Je propose que pour toute simu sur caparmor, on mette le log sur error pour tout. Si les gens veulent savoir pourquoi une simu plante avec plus de détails, ils la relancent sur leur poste. Bonne idée ? Jean. -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28 _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

1 0

Bilan de la migration des listes
by Benjamin POUSSIN Aug. 28, 2009

Aug. 28, 2009

Salut, Les listes ont ete migrer sur nuiton avec le domain isis-fish.org - wiki mis a jour avec les bonnes adresses - post-commits modifier pour envoyer sur les nouvelles listes - les trackers envoient sur les nouvelles listes - moteur de recherche installer et fonctionnelle, present sur la page d'accueil des archives (present pour tous les projets nuiton et chorem aussi :)) - interdiction de poster sur les anciennes listes (message invitant a envoyer aux nouvelles) Le seul probleme est sur la page du labs ou apparaissen les anciennes listes, et il n'y a pas moyen de les supprimer :( a voir avec manu si vraiment besoin de les supprimer sur c bonne journee -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

1 0

Migration de la liste / List migration
by Benjamin POUSSIN Aug. 27, 2009

Aug. 27, 2009

Bonjour à tous, ISIS-fish a son propre domain isis-fish.org. Les listes de diffusions ont été migrées et tous les utilisateurs ont normalement du être réabonnés aux nouvelles listes. La nouvelle adresse de cette liste: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org Nous sommes désolés des désagréments causés et vous remercions de votre soutien. Cordialement, L'équipe de développement. ---------------------------- Dear all, ISIS-fish has its own domain isis-fish.org. The mailing-lists have been migrated and everybody should have been automatically subscribing the new lists. New mail address for this list: isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org We are sorry for the inconvenience, and thank you for your support. Best regards, The development team. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii _______________________________________________ Isis-fish-devel mailing list Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel

1 0

Génération de la javadoc en sur le labs
by Eric Chatellier Aug. 25, 2009

Aug. 25, 2009

Bonjour, Je viens d'ajouter la génération de la javadoc dans IsisFish. (avec le Javadoc tool dans tools.jar, donc pas besoin de jdk). Par contre, pour générer la javadoc du labs, je ne vois pas trop comment faire. Je plus simple serait d'installer une JRE et de lancer un isis avec une action de génération de javadoc (c'est le plus simple pour avoir le bon classpath). On peut installer Java sur le labs ? sinon en local. Sinon, pour le hooks svn, il faut une autorisation spéciale pour y avoir accès ? -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

3 3

Bilan utilisation intensive Caparmor 2
by Jean Couteau Aug. 17, 2009

Aug. 17, 2009

Bilan de l'utilisation intensive de Caparmor 2 : Lancement de plusieures analyses de sensibilités sur la base Langoustine Golfe de Gascogne, 5 paramètres sensibles : Plan factoriel fractionnaire résolution 4 sans règles (16 simulations) Plan factoriel fractionnaire résolution 4 avec MPA (16 simulations) Plan factoriel fractionnaire résolution 5 sans règles (16 simulations) Plan factoriel fractionnaire résolution 5 avec MPA (16 simulations) Plan de Morris 7 modalités (r=6) sans règles (36 simulations) Plan de Morris 7 modalités (r=6) avec MPA (36 simulations) Plan de FAST (M=6,n=) sans règles (750 simulations) Plan de FAST (M=6,n=) avec MPA (750 simulations) Plan de Sobol (n=) sans règles (140 simulations) Plan de Sobol (n=) avec MPA (140 simulations) Plans Random LHS (n=10) sans règles (10 simulations) Plans Random LHS (n=10) avec MPA (10 simulations) Plan complet 2 modalités sans règles (32 simulations) Plan complet 2 modalités avec MPA (32 simulations) Total de simulations : 2000 simulations Bilan Caparmor : Toutes les simulations se sont bien déroulées, aucune erreur. Temps moyen par simulation : 6 minutes environ (7-8 minutes sur Caparmor 1) Nombre de simulations en parallèle : 16 (8 sur Caparmor 1) Bilan ISIS : Il semblerait que plusieures simulations n'aient pas été enregistrée dans le fichier isis-simulations-3 (environ 500), il a fallu les récupérer et décompresser à la main (elle s'étaient toutes bien déroulées sur CAPARMOR). De plus une simulation n'était pas enregistrée complètement (ligne coupée). Les symptomes sont ceux d'un disque plein, or ce n'était pas le cas (toujours plus de 2Go de libres). A voir si cela se reproduit et si c'est reproductible... Au niveau des temps de téléchargement de simulation, cela redevient l'élément limitant : téléchargement : 6-8s, décompression (50s-1mn). Il faudrait voir si on peut pas améliorer ça. Bonne soirée. Jean. -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

1 0

Equations en cellule : une erreur ?
by Sigrid LEHUTA July 21, 2009

July 21, 2009

Hello, Je suis en train de repasser sur les methodes de calcul pour les equations en cellule et j ai un doute : SiMatrix ligne 818 private double totalCatchRatePerCell(Date date, PopulationGroup group, Zone zone, double totalFishingMortalityPerCell) throws TopiaException { double M = group.getNaturalDeathRate(zone) / Month.NUMBER_OF_MONTH; double F = totalFishingMortalityPerCell; etc... } et ligne 783 double totalFishingMortality = totalFishingMortalityPerCell(date, matrixFishingMortalityPerCell).getValue(group, zone); OR totalFishingMortalityPerCell comme son nom l'indique est une matrice [group x zone x cell] quelque chose m a peut etre echappé mais F n'est donc pas un double ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 65 (interne : 8165)

4 7

Rapport sur les tests de recopie de base
by Eric Chatellier July 17, 2009

July 17, 2009

Bonjour, Voici un (petit) rapport sur les tests que j'ai effectué après avoir recopié les bases. La release canditate (de test) devrait suivre dans la soirée. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com Test de recopie des bases de données ==================================== Copie ===== GofleDeGascogne --------------- Recopie en suivant l'ordre de l'arbre et l'ordre des onglets. Ajout de l'equation "Efficacité technique" à "return 1.0;". L'init des groupes a été effectué avec l'assistant (premier age/dernier age). BaseMotosICA ------------ Recopie en suivant l'ordre de l'arbre et l'ordre des onglets. Ajout de l'equation "Efficacité technique" à "return 1.0;". L'init des groupes a été effectué avec l'assistant et la liste de toutes les valeurs. Cependant, je n'ai pas pu determiner les bonnes valeurs a y mettre, et les groupe n'ont pas été créée avec les valeurs attendu. J'ai donc modifier les tailles min/max via l'interface "Saisie des groupes de population" La population "Anchois" a été recopiée. La population "Population_new" ne la pas été. Tests ===== BaseMotosICA ------------ Meme population de départ, sur les bases de 10000.0 pour l'effectif initial (sauf quelques valeurs differente). Toutes les stratégies ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Premier essai différents : erreur de saisie. Second essai : résultat identiques (somme sur toutes les dimensions) : - matrice abondance - biomass - fishing mortality - matrix catch weigth per strategy met per zone pop Une strategie ~~~~~~~~~~~~~ Résultats identiques Aucune stratégies ~~~~~~~~~~~~~~~~~ Les simulations sans stratégies ne fonctionnait pas dans isis 3.1.3. Pour faire la comparaison, j'ai fait tourner une simulation avec une statégie qui ne pêche rien et aucune strategie dans la 3.2. Les résultats sont identiques. GofleDeGascogne --------------- Meme population de départ, sur les bases de 10000.0 pour l'effectif initial (sauf quelques valeurs differentes). Les deux premières simulations ont donné des résultats differents du à des erreurs de saisie. Ensuite, les résultats étaient toujours différent, j'ai donc augmenté les "jour minimums d'inactivité" pour que le "Nombre de trajet" passe de 4.6 à 4.0 (changement en double dans isis 3.2.0) : dans ce cas, les résultats redeviennent identiques Règles ~~~~~~ Les regles suivantes ont été testée pour les deux bases : - Cantonnement - GraviteCPUE les resultats obtenu ont été identiques. La regles ChangementParamControlablePresimu ne semble pas fonctionner dans Isis 3.1. TACPoigs et d'autre regles egalement, on ne peut pas modifier certains paramètres.

3 9

IsisFish 3.2.0.5-rc1 disponible
by Eric Chatellier July 16, 2009

July 16, 2009

Bonjour, La release candidate 1 de IsisFish 3.2.0.5 a été tagué. Cette version est à des fins de test seulement. Elle est disponible au téléchargement ici : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version3/isis-fish-3.2.… Elle comprend des tests concernant la saisie des base de référence en age et en longueur. Nous avons aussi changer le type de lancement. Toutes les simulations s'effectue maintenant en sous process. Ce type de lancement ne souffre pas du problème de mémoire que nous n'avons pas encore déterminé. Il permet de plus de faire tourner plusieurs simulation simultanément, ce qui est plus rapide sur les ordinateurs disposant de plusieurs processeurs. Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

1 0