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Re: [Isis-fish-devel] [Isis-fish-user] croissance spatialisée
by Eric Chatellier July 16, 2009

July 16, 2009

Stephanie MAHEVAS a écrit : > petit sondage avant le we 8-) > est-ce que quelqu'un utilisant la 3.1.3, a de la croissance spatialisée? Salut, J'ai enfin pu voir avec Benjamin, et ce n'est pas possible de changer l'organisation de la matrice de : G0Z0, G0Z1... G0Zn, G1Z0...GmZn G0Z1... ... en G0Z0, G1Z0 ...GmZ0, G0Z1...GmZn G0Z1... ... La matrice de changement de groupe est multipliée par la matrice d'abondance. La matrice d'abondance est a une dimension G0Z0, G0Z1... G0Zn, G1Z0...GmZn Le changement donnerait un produit matriciel différent. La solution, serait peut être d'afficher une représentation différente à l'utilisateur, mais c'est un peu lourd à mettre en œuvre. > merci > Stephanie > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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[Fwd: caparmor II]
by Stephanie MAHEVAS July 16, 2009

July 16, 2009

-------- Message original -------- Sujet: caparmor II Date: Thu, 16 Jul 2009 09:54:17 +0200 De: Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation: IFREMER Pour: caparmor(a)ifremer.fr Références: <4A55A51D.5080005(a)ifremer.fr> Dear caparmor user, as we announced last week by e-mail, this morning, we named new caparmor phaseII as 'caparmor' thus from now on if you do ssh to caparmor you will be connected to service4, which is the login name of caparmor phaseII with this change, you will probably have following message if you do ssh to caparmor ------------------------------------------ balanec>346% ssh caparmor @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @ WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED! @ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ The RSA host key for caparmor has changed, and the key for the according IP address 134.246.166.245 is unknown. This could either mean that DNS SPOOFING is happening or the IP address for the host and its host key have changed at the same time. @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY! Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)! It is also possible that the RSA host key has just been changed. The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is 00:0000:0000:0000:0000:0000:00 Please contact your system administrator. Add correct host key in /home1/balanec/perso/username/.ssh/known_hosts to get rid of this message. Offending key in /home1/balanec/perso/username/.ssh/known_hosts:6 RSA host key for caparmor has changed and you have requested strict checking. Host key verification failed. balanec>347% ------------------------------------------ do not afraid, your computer is not hacked!! ;-) you just need to delete your .ssh/known_hosts you can do following rm $HOME/.ssh/known_hosts For those of you who will attend meeting this afternoon, 14:00, the meeting room is changed from salle de réuinion IDM to salle de réuinion NSE, which is in the same building, and please go down 2 floor regards Tina Bernard PREVOSTO wrote: > Bonjour, > > jeudi prochain, 16/07/2009, entre 8h30 et 9h, caparmorII entrera > officiellement en exploitation. > A cette date, la commande "ssh caparmor" vous connectera au nouveau > noeud de login (service4) > à partir duquel vous aurez accés, via PBS, aux 2048 nouveaux coeurs de > calcul... > > -nouveaux processeurs > -nouveaux compilateurs > -nouvelle gestion de l'espace disque > -nouvelles queues batch > > pour ceux qui le désirent, tout ceci leur sera expliqué ce même jeudi > à 14H > en salle de réuinion IDM du bâtiment Blaise Pascal, avec possibilité > de visioconférence. > > mais vous pouvez dés à présent consulter la doc : > sur l'intranet : > http://w3.ifremer.fr/intraric/portail/services_et_solutions/informatique_sc… > > > ou à travers le portail calcul: > https://portail.ifremer.fr/get/uri/http://w3.ifremer.fr/intraric/portail/se… > > > En attendant cette date, vous pouvez toujours essayer cette nouvelle > machine > en vous connectant avec "ssh service4" > > A partir de jeudi prochain, et jusqu'a fin Août, vous pourrez toujours, > si vous le désirez, vous connecter sur l'ancienne machine > avec "ssh service0". > > Ensuite, début septembre, l'ancienne machine sera démontée > > Bernard -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IFREMER Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: Tina.Odaka(a)ifremer.fr http://www.ifremer.fr/pcim ================================================== -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Étude des temps de simulation sur caparmor
by Eric Chatellier July 10, 2009

July 10, 2009

Bonjour, J'ai effectuer quelques tests des simulations sur disque et simulation en mémoire pour comparer les temps d'exécution sur Caparmor. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com Test de performance des temps de simulation sur caparmor ======================================================== Ces tests ont été effectués sur les bases de données "BaseMotosICA" et "Golfe de Gascogne" sur 10 ans avec toutes les stratégies sélectionnées. Les tests étant basés sur les tests d'accès disque, et ont été effectués en deux temps : - simulation avec résultats sur diques - simulation mémoire (sans écriture disque) Les temps mesuré ont été (seulement depuis caparmor) : - temps total de la simulation - temps d'import du zip de simulation - temps de simulation - temps d'export - temps de creation du zip de resultat Les tests ont été fait une secondes fois sur un comptes NFS. Compte local ------------ ICA1 et GDG1 : en fin de matinée ICA2 et GDG2 : en fin de journée Simulation sur disque ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | | ICA1 | GdG1 | ICA2 | GdG2 | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Import du zip de simulation | 10s | 10s | 9s | 8s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de simulation | 4m56s | 15m37s | 3m26s | 15m21s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps d'export | 8s | 24s | 8s | 21s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de zippage des résultats | 10s | 28s | 5s | 20s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps total | 5m24s | 16m39s | 3m48s | 16m08s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ Simulation mémoire ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | | ICA1 | GdG1 | ICA1 | GdG2 | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Import du zip de simulation | 7s | 9s | 8s | 8s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de simulation | 3m55s | 10m14s | 2m54s | 10m08s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps d'export | 8s | 24s | 13s | 22s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps de zippage des résultats | 4s | 13s | 8s | 12s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ | Temps total | 4m14s | 11m00s | 3m23s | 10m50s | +--------------------------------+----------+----------+----------+----------+ Compte NFS ---------- Simulation sur disque ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+-------------+-------------+ | | ICA | GdG | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Import du zip de simulation | 13s | 14s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de simulation | 38m27s | 1h58m03s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps d'export | 48s | 2m29s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de zippage des résultats | 61s | 5m14s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps total | 40m29s | 2h05m33s | +--------------------------------+-------------+-------------+ Simulation mémoire ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ +--------------------------------+-------------+-------------+ | | ICA | GdG | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Import du zip de simulation | 9s | 12s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de simulation | 36m28s | 59m42s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps d'export | 49s | 2m32s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps de zippage des résultats | 10s | 26s | +--------------------------------+-------------+-------------+ | Temps total | 37m36s | 1h02m52s | +--------------------------------+-------------+-------------+ Note : les résultats ont été ajustés, les simulations ayant été toutes mise en pause une dixaine de minutes. Remarque -------- Le test "en mémoire" a été effectué en utilisant une base mémoire seulement pour les résultats de simulation. Toutes les accès disques n'ont pas été supprimé (rechargement des paramêtres, etc...).

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CR réunion Bilan du passage de la 3.1 à la 3.2
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr July 7, 2009

July 7, 2009

Bonjour ci-joint le CR de la réunion à Code Lutin de vendredi dernier. Eric (et peut-être Tony?), on se revoit le 9 à Ifremer pour valider la première phase? bon week-end. Stephanie

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ISIS et Caparmor - CR
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr July 3, 2009

July 3, 2009

Bonjour ci-joint le compte-rendu de la réunion téléphonique de vendredi dernier. reste à préciser la date de réunion ISIS- Caparmor et présentation de caparmor à Nantes. Merci Tina de nous donner vos disponibilités dès que possible. Bon week-end. Stéphanie.

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Resultat MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET
by Eric Chatellier June 25, 2009

June 25, 2009

Bonjour, Le résulat MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET, ne semble plus être calculé. Mais il est toujours utilisé dans certains exports. Peut-il être remplacé par MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP ? -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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CR réunion du 16/06/2009
by Jean Couteau June 17, 2009

June 17, 2009

CR réunion 16/06/2009 Stéphanie et Jean Voici la liste des points abordés : Points à changer dans Isis (je vais rajouter des bugs dans le bug report quand il y a besoin). Si quelqu'un a une remarque, qu'il élève la voie (genre on peut pas faire ça, c'est pas possible, ou autre :D) - Ordre des onglets dans l'interface de saisie de population. Il faudrait que l'ordre des onglets reflète l'ordre des opérations: 1. Saisie des pops 2. Zones 3. Saisons 4. Saisie des équations 5. Saisie des reproductions 6. Saisie des groupes de pop 7. Capturabilité 8. Migrations (Changement déjà effectué, merci de la réactivité Eric :D ) - Le bouton du bas (passage à l'écran suivant) dans l'UI de saisie de la base et dans l'UI de sensibilité sert-il encore a quelquechose ? (on pense que non, on peut naviguer avec l'arbre). Il faut peut-être l'enlever dans ce cas ? - On ne peut pas redimmensionner l'arbre dans l'UI de saisie de la base (pas testé dans l'UI d'AS) - Il y a un bug dans la saisie des données économiques dans l'UI Flotilles/métiers pratiqués (note, on va changer cette UI) - L'UI de flotille/métiers pratiqués devrait-être séparée en deux onglets : 1 onglet où on rempli la liste des métiers, et un onglet ou on rempli les données écos (cf. schémas qui vont arriver sur le bugtracker :D ) - On a deux fois les exports (dans isis-database-3 et dans isis-export), est-ce vraiment nécessaire ? (une raison cachée peut-être, Benjamin ?) parce que ça devient problématique quand il y a beaucoup de simus. - Il serait bon de faire un récapitulatif des règles de l'UI (genre il faut remplir cette matrice à l'initialisation, si matrice remplie alors dans tel onglet on a ça) pour vérifier ça a chaque changement d'UI (et ainsi éviter les bugs évidents) - La même chose avec les règles de base/fonctionnement d'une simulation serait pas mal. (en fait, faut faire une doc dev approfondie :D) - 2 nouveaux bugs Caparmor trouvés : "refus de job" et "pas de réponse" (5 erreurs sur 65 tentatives d'envoi). Une erreur devra être envoyée après 5 tentatives de connection échouées. Revue de la documentation/tutoriel Isis-Fish pas à pas (en cours de rédaction) (basée sur la version 3.2 d'Isis) - Quelques saisies d'écran a changer - Expliquer l'interface de saisie d'équation (renvoyer au wiki) - Expliquer plus les paramètres quand il y a une multi-saisie - Interface de Saison/Zone est a revoir - Quelques corrections linguistiques :D - Renvoyer au wiki pour toutes les docs approfondies qui y sont (équations, cartes, plans d'analyse,...) - valeur minimale et maximale et non mimimum-maximum - Casser la diapo de saisie des paramètres de la simulation en 6 groupes de diapo pour plus de clarté. - Expliquer ce qu'est un export - Expliquer ce qu'est un résultat - Expliquer l'arborescence disque - Expliquer le fonctionnement de la queue de simulation - Faire référence au wiki pour l'écriture des mesures de gestion (aide avancée, APIs, stockage des mesures existantes) - Rajouter la queue de simus avant les résultats - Récupération dans R : traduction en français (pourquoi j'ai switché en anglais, très bonne question) - Référence à la documentation des objets R de Isis Documentation du site/wiki d'Isis - Homogénéiser la doc (format, pages, accès,...) - Revoir les saisies d'écrans pour adapter à la version 3.2 Revue de la documentation d'installation/configuration/fonctionnement Isis-Caparmor - Ajouter des infos sur le fonctionnement d'Isis-Caparmor - Quelques explications complémentaires à ajouter Prochaine réunion (pour aborder les points restants : sensitivité, caparmor) vendredi 19/06/2009 -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

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Caparmor le 16 juin
by Eric Chatellier June 17, 2009

June 17, 2009

Bonjour, Aujourd'hui, on a eu des problèmes de communication avec Caparmor : - erreur de réseau ("no response from server") - erreur de job (envoi ok, mais la commande qsub echoue) - soit caparmor refuse des jobs - soit le flux de communication est cassé Donc, si une de ces erreurs survient, il essaye un autre launcher (sub, local) et au bout de 5 erreurs, il n'essaye même plus sur Caparmor. Pour le moment, je vais désactiver le changement de launcher en attendant mieux. -- Éric Chatellier

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CR reunion lendemain EC
by Benjamin POUSSIN June 2, 2009

June 2, 2009

Salut, Petite reunion pour faire le point sur Isis au lendemain de l'ecole chercheur. Present ======= - Jean - Sigrid - Stephanie - Benjamin Les problemes rencontres ======================== - jobs suspendus: apres la reprise, certain plante (IOException) - probleme de JDK beaucoup plus long - comptes utilisateurs ifremer beaucoup plus lent (nfs) - manque d'utilite de caparmor vu qu'il ne les fait que 8 par 8 - telechargement long a cause des nombreux fichiers de base (option h2 corrige) - mail de fin de jobs - connexion capamor via l'applet du portail ne fonctionne pas - mise a jour de isis du caparmor (il ne faut pas qu'il est de script, il viennent avec la simulation) L'analyse des sorties ===================== - il faut prendre du temps pour reanalyser les sorties (steph va donner a jean un script R pour faire ca) le 15 et 16 juin L'utilisation par l'ifremer de caparmor ======================================= - relancement de simulation - arret propre des simulations - mettre a jour la doc du wiki pour l'interface de lancement d'AS - il faut parametrer la machine de sigrid (peut-etre mettre en place dans isis un moyen simple de configuration) Ce qu'il faut faire rapidement pour etre visible ================================================ - steph va mettre a jour le site (publication, conf de septembre) Planning de validation de la 3.2 ================================ - etre sur que Sigrid est content de la 3.2 - faire un point 1 fois par semaine (Eric et peut-etre benjamin viennent a l'ifremer pour corriger, plutot le mardi a partir de 9h30 environs) - il faut envoyer un mail sur user pour motiver les autres utilisateurs a reporter les bugs/besoins -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Fwd: Re: [Isis-fish-user] Pas de différences de résultats dans les simus avec ou sans réglementation - Bug quand temps de simu trop long]
by Jean Couteau May 19, 2009

May 19, 2009

Eric, en attendant qu'on valide bien la version 3.2 avec Stephanie et Sigrid, on pourrait peut-être réparer le bug des frames qui s'ouvrent (tps de simu long) pour la 3.1. Ca doit pas etre long et je pense que ça aiderait pas mal les utilisateurs. Dis-moi ce que tu en penses. -- ---- Jean Couteau Code Lutin - http://www.codelutin.com 44 Bd des Pas Enchantés - 44230 St-Sébastien/Loire Tél : 02 40 50 29 28 - Fax : 09 59 92 29 28

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