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jean aux rmll
by hilaire.drouineau July 7, 2010

July 7, 2010

Rho, j'avais oublié de mettre mon tee shirt "Code Lutin's fan"! Sinon, présentation très bien: c'est super intéressant de voir ISIS présenté par les développeurs alors qu'on a plus l'habitude de voir des présentations par les utilisateurs. L'assistance était attentive et a posé quelques questions pertinentes... bon ok y avait que moi et Benjamin dans la salle :( A+ pour un compte rendu des repas aux RMLL Hilaire

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prepro
by Bastien Preuss July 7, 2010

July 7, 2010

Bonjour, Une petite question à propos de la prepro… mais ça provient probablement d’une logique de Java que je n’ai pas encore ! Dans l’équation de reproduction suivante (c’est celle de Golf de G.) : double Ktemp = context.getValueAndCompute("nephrops.reproductionEquation.Ktemp", 1); double compt=0; for (Zone zone : zoneRepro){ compt=0; for (PopulationGroup group : groups){ double cf = Ktemp * group.getReproductionRate(); compt += N.getValue(group, zone) * cf; } result.setValue(zone, compt*prepro); } return 0; Je ne comprends pas bien la façon dont est utilisé la variable « prepro » ici, qui devrait dépendre normalement du mois et de la zone, non ? D’autre part, étant donnée que cette équation utilise N.getValue(groupe,zone), cela signifie-t-il que tous les individus présents dans la zone sont considérés comme matures ? Pourquoi n’utilise t’on pas Nmat (si c’est bien comme cela que l’on appelle la proportion d’individus matures) ? Autre petite question-remarque : Dans le manuel d’utilisateur, j’ai un peu tilté sur la définition du taux de reproduction dans la saisi des groupe de population : « Taux de reproduction du groupe sélectionné : Intensité relative de la reproduction durant les mois de la saison de reproduction (i.e la proportion de matures se reproduisant durant le mois courant de la saison de reproduction). autrement dit : nombre d'œufs - par kg de femelles de la classe (ne pas oublier de multiplier le poids moyen d'un individu de la classe et par le sexe ratio dans l'équation de reproduction). - par femelle (ne pas oublier de multiplier ensuite par le sexe ratio). - par individus. » N’est-ce pas un peu contradictoire ? ou est-ce moi qui ne comprends pas bien ? Merci Bastien

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Questions par rapport au target factor, à l'ajustement des CPUES.
by Benoit Archambault July 1, 2010

July 1, 2010

Bonjour à tous, Dans mon modèle il y a plusieurs espèces (4), plusieurs engins avec parfois plusieurs métiers par engin (profils de capture différents) ou des fois un métier/engin (pas de différence dans les profils de capture). La sélectivité des engins est mal connue et approximée (0 ou 1 suivant les groupes de taille). Je calcule les coefficients de standardisation d'engin, en faisant la moyenne entre les effets d'un même engin au sein d'un modèle ajusté par espèce sur les LPUE. Le modèle utilisé est de type : *log(LPUE_Espece+1)~Engin+Mois+Année+Division+Métier* Par contre, à l'intérieur d'un même engin, dans certains cas rien n'indique les proportions relatives de chaque espèce capturée. Pour un engin utilisé dans différents métiers, j'utilise l'effet métier pour déterminer un facteur de ciblage par espèce, donc cette info se retrouve dans ce facteur. Mais dans le cas d'un engin utilisé dans un seul métier, mais ciblant plusieurs espèces, il faut bien renseigner une info sur ces proportions relatives. Il n'est pas possible d'avoir un effet métier, celui-ci étant confondu avec l'effet engin. Je pensais peut être utiliser la proportion moyenne débarquée par espèce pour les captures de ce métier comme un proxy du facteur de ciblage. (comme Sigrid a fait je crois) Je pensais faire ceci lorsque je suis dans la situation un engin = un métier, avec plusieurs espèces capturées. Le souçi c'est que ca me semble pas super homogène avec les autres cas de figure, car en faisant ça, dans certains cas le facteur de ciblage va être estimé à partir de l'effet métier, donc potentiellement supérieur à 1, et dans d'autres comme une proportion, donc compris entre 0 et 1. Si quelqu'un a une idée je suis preneur. Sinon, toujours lors de l'ajustement des LPUE, quelque chose me perturbe un peu. Lorsque je passe en log normale, si je considère l'effet engin, je me retrouve avec des coefficients ordonnés différemment de l'ordre retrouvé dans les données non transformées. Ceci s'explique par la transformation log, qui "aplatit" les valeurs extrêmes, donc la moyenne des CPUE par modalité du facteur engin et la moyenne des logs des même CPUE peuvent être relativement différentes, d'où un ordre des coefficients différents. J'ai vérifié et il n'y pas d'outliers évidents pouvant influencer ces moyennes. Un exemple concret, avec en vert le classement des coefficients. *Moyennes des LPUE de crabe par engin.* Bottom_otter_trawl_stern *1* Danish_Seine *3** * Gillnet_fixed *4* Longline *5 * Scottish_Seine *2* 1981.2602 757.8895 390.1185 374.8961 1263.7139 *Moyennes des log(LPUE+1) par engin* Bottom_otter_trawl_stern *4* Danish_Seine *3* Gillnet_fixed *5 * Longline *2* Scottish_Seine *1* 4.277569 4.417971 4.020313 4.527365 5.562241 Si quelqu'un a des suggestions pour rémédier à cet effet. L'utilisation d'une distribution gamma ne changerait pas la donne ( car fonction de lien log..). Merci beaucoup, Benoit ps : j'espère avoir été clair, mais c'est le matin donc si besoin de précision n'hésitez pas !

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Boucler sur certains groupes au sein d'une équation de reproduction.
by Benoit Archambault July 1, 2010

July 1, 2010

Bonjour, Je veux calculer la MMB (mature male biomass), donc boucler sur seulement certains groupes, les mâles étant séparés des femelles. Je pars de cette équation : for (PopulationGroup cr : groups){ MMB+=cr.getReproductionRate()*cr.getMeanWeight()*prepro*N.getValue(cr,zr); } Sauf que je ne veux boucler que sur les mâles, donc les groupes de 0 à 14 dans mon cas. merci ! Benoit

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CR simu sur caparmor
by Sigrid LEHUTA June 30, 2010

June 30, 2010

Hello, :-) Deja good news : ca a tourné sur caparmor j ai une bonne partie de mes simus et en tous cas de quoi bosser, merci !!! niveau performances c est pas fou: 13h30 pour 1088 simus le plus long étant le chargement et le rapatriment des simus. sur les 2176 simus seulement 2 problèmes : l'une a stoppé en février0 les fichiers de simu ont ete supprimés: rien dans le log, je l ai arretee et redemarree l autre est en attente et le log dit ce qui suit : est ce qu il vaut mieux que j arrête et je redemarre ? Merci A+ INFO [main] (IsisFish.java:314) init - Starting Isis-Fish with args : [--option , launch.ui, false, --option, perform.vcsupdate, false, --option, perform.migrat ion, false, --option, perform.cron, false, --simulateRemotelly, sim_planIIFET_10 88_2010-06-29-20-28_1053, /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_planII FET_1088_2010-06-29-20-28_1053-preparation.zip, /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp /simulation-sim_planIIFET_1088_2010-06-29-20-28_1053-result.zip] INFO [main] (IsisFish.java:315) init - Date: 30/06/10 02:51 INFO [main] (IsisFish.java:316) init - Java version: 1.6.0_20-b02 INFO [main] (IsisFish.java:317) init - Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM INFO [main] (IsisFish.java:318) init - System arch: amd64 INFO [main] (IsisFish.java:319) init - R_HOME: null INFO [main] (IsisFish.java:320) init - PATH: /appli/intel/itac/7.2.0.011/bin:/a ppli/intel/impi/3.2.1.009/bin64:/appli/intel/Compiler/11.1/038/bin/intel64:/bin: /usr/bin:/usr/games:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/bin/X11:/opt/c3/bin:/usr/l ib/mit/bin:/usr/lib/mit/sbin:.:/opt/sgi/sbin:/opt/sgi/bin:/usr/diags/bin:/usr/di ags/NPB/SER/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin-:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X 11:/export/home/services/bin:.:/home1/caparmor/slehuta:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbi n:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/ucb:/usr/local/bin:/usr/bin/X11:/export/hom e/services/bin:.:/home1/caparmor/slehuta:/usr/pbs/bin:/usr/pbs/sbin INFO [main] (URLConverter.java:68) <init> - org.nuiton.util.URLConverter@432a0f 6c INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.URLConverter@432a0f6c INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.URIConverter@7bc9a690 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.VersionConverter@584fce71 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nu iton.util.LocaleConverter@2fdb7df8 INFO [main] (ApplicationConfig.java:1028) parse - Chargement du fichier de conf ig: /home1/caparmor/slehuta/.isis-config-3 INFO [main] (IsisConfig.java:907) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:932) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.prope rties in 9 urls in 225,085ms INFO [main] (I18nLoader.java:162) init - 9 bundle(s) found, [18 file(s)] in 7,2 39ms INFO [main] (I18nLoader.java:233) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStenc es:1325>, nbEntries: 9, nbSentences: 1325 in 27,986ms INFO [main] (IsisFish.java:142) main - after init done in 1.910. INFO [main] (SimulationAction.java:204) simulateRemotellyWithPreScript - Comman d line action : simulateRemotelly INFO [main] (SimulationAction.java:205) simulateRemotellyWithPreScript - simul ation id : sim_planIIFET_1088_2010-06-29-20-28_1053 INFO [main] (SimulationAction.java:206) simulateRemotellyWithPreScript - simul ation zip : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_planIIFET_1088_2010- 06-29-20-28_1053-preparation.zip INFO [main] (SimulationAction.java:207) simulateRemotellyWithPreScript - resul t archive : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_planIIFET_1088_2010- 06-29-20-28_1053-result.zip INFO [main] (SimulationAction.java:208) simulateRemotellyWithPreScript - presc ript file : null INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 8 thread for dans un sous processus INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 1 thread for sur le serveur Caparmor INFO [main] (SimulationExecutor.java:72) <init> - SimulationExecutor started wi th 1 thread for dans le même processus INFO [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:95) simulate - simulate sim_planII FET_1088_2010-06-29-20-28_1053 with file /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simula tion-sim_planIIFET_1088_2010-06-29-20-28_1053-preparation.zip INFO [main] (SimulationStorage.java:668) importAndRenameZip - Import simulation file /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_planIIFET_1088_2010-06-29- 20-28_1053-preparation.zip in directory /home1/caparmor/slehuta/isis-database-3/ simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to sim_planIIFET_1088_2010-06-29-20-28_10 53/$1 ERROR [main] (InProcessSimulatorLauncher.java:142) simulate - Can't do simulatio n sim_planIIFET_1088_2010-06-29-20-28_1053 java.io.IOException: Interrupted system call at java.io.FileOutputStream.close0(Native Method) at java.io.FileOutputStream.close(FileOutputStream.java:279) at java.io.FilterOutputStream.close(FilterOutputStream.java:143) at org.nuiton.util.ZipUtil.uncompressAndRename(ZipUtil.java:130) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(Si mulationStorage.java:671) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(Si mulationStorage.java:634) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.sim ulate(InProcessSimulatorLauncher.java:116) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotellyWithPre Script(SimulationAction.java:233) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotelly(Simula tionAction.java:179) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl. java:39) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAcces sorImpl.java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at org.nuiton.util.ObjectUtil.call(ObjectUtil.java:171) at org.nuiton.util.ApplicationConfig$Action.doAction(ApplicationConfig.j ava:365) at org.nuiton.util.ApplicationConfig.doAction(ApplicationConfig.java:522 ) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) INFO [main] (SimulationAction.java:238) simulateRemotellyWithPreScript - Compre ssing simulation as zip : /home1/caparmor/slehuta/isis-tmp/simulation-sim_planII FET_1088_2010-06-29-20-28_1053-result.zip ERROR [main] (IsisFish.java:158) main - Global IsisFish exception java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl. java:39) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAcces sorImpl.java:25) at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597) at org.nuiton.util.ObjectUtil.call(ObjectUtil.java:171) at org.nuiton.util.ApplicationConfig$Action.doAction(ApplicationConfig.j ava:365) at org.nuiton.util.ApplicationConfig.doAction(ApplicationConfig.java:522 ) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:146) Caused by: java.lang.NullPointerException at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotellyWithPre Script(SimulationAction.java:244) at fr.ifremer.isisfish.actions.SimulationAction.simulateRemotelly(Simula tionAction.java:179) ... 8 more service4>60% -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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exports
by Sigrid LEHUTA June 25, 2010

June 25, 2010

Salut, j ai pas mal de soucis avec des exports que j ai cree. Certains fonctionnent sans soucis mais pour d autres - on dirait que les sumOverDim ne marchent pas en pj grossValueOfLandingsPerMet - j ai des NaN quand je divise deux doubles ex en pj VPUEPerMet merci d avance de votre aide -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) package exports; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import java.io.Writer; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import scripts.ResultName; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone; import fr.ifremer.isisfish.export.Export; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; /** * CapturesNombre.java * * Created: 23 novembre 2006 * * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> * @version $Revision: 1.4 $ * * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $ */ public class GrossValueOfLandingsPerMet implements Export { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(GrossValueOfLandingsPerMet.class); protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } public String getExportFilename() { return "GrossValuePerMet"; } public String getExtensionFilename() { return ".csv"; } public String getDescription() { return _("Export les captures en nombre de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;nombre"); } public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate(); for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date.next()) { MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date, ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET); // System.out.println("mat gross val "+mat); if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation MatrixND matcopy = mat.copy() matcopy = matcopy.sumOverDim(0); for (MatrixIterator i = matcopy.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); Metier metier = (Metier) sems[1]; double val = i.getValue(); int planNum= 0; if(simulation.getParameter().getUseAnalysePlan()){ planNum = simulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); } out.write(planNum+";"+metier.getName() + ";"+ date.getDate() + ";" + val + "\n"); } } } } } package exports; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import java.io.Writer; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import org.nuiton.math.matrix.MatrixIterator; import org.nuiton.math.matrix.MatrixND; import scripts.ResultName; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.entities.Strategy; import fr.ifremer.isisfish.entities.Metier; import fr.ifremer.isisfish.entities.Population; import fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup; import fr.ifremer.isisfish.entities.Zone; import fr.ifremer.isisfish.export.Export; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; /** * CapturesNombre.java * * Created: 23 novembre 2006 * * @author anonymous <anonymous(a)labs.libre-entreprise.org> * @version $Revision: 1.4 $ * * Last update: $Date: 2007-05-24 09:30:07 $ by : $Author: bpoussin $ */ public class VPUEPerMet implements Export { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ static private Log log = LogFactory.getLog(VPUEPerMet.class); protected String[] necessaryResult = { ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } public String getExportFilename() { return "VPUEPerMet"; } public String getExtensionFilename() { return ".csv"; } public String getDescription() { return _("Export les captures en nombre de la simulation. tableau pop;metier;id;zone;nombre"); } public void export(SimulationStorage simulation, Writer out) throws Exception { Date lastDate = simulation.getResultStorage().getLastDate(); for (Date date = new Date(0); !date.after(lastDate); date = date .next()) { MatrixND mat = simulation.getResultStorage().getMatrix(date, ResultName.MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET); MatrixND eff = simulation.getResultStorage().getMatrix(date, ResultName.MATRIX_EFFORT_NOMINAL_PER_STRATEGY_MET); // System.out.println("mat gross val "+mat); if (mat != null) { // can be null if simulation is stopped before last year simulation MatrixND matcopy = mat.copy() matcopy = matcopy.sumOverDim(0); MatrixND effcopy = eff.copy(); effcopy = effcopy.sumOverDim(0); for (MatrixIterator i = mat.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sems = i.getSemanticsCoordinates(); Metier metier = (Metier) sems[1]; double effort = effcopy.getValue(0,metier); double val = i.getValue(); int planNum= 0; if(simulation.getParameter().getUseAnalysePlan()){ planNum = simulation.getParameter().getAnalysePlanNumber(); } if(effort !=0){ out.write(planNum+";"+metier.getName() + ";"+ date.getDate() + ";" + Double.toString(val/effort) + "\n");} } } } } }

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context.setValue() encore
by Sigrid LEHUTA June 24, 2010

June 24, 2010

je me bats encore avec le context, voyez vous ou ca coince ? dans mon plan d analyse en beforeSimulation je fais context.setValue("coefvpuepel1",coefvpuepel1); coefvpuepel1 est un double et dans une regle de gestion appelees par le plan je fais double p1= (Double)context.getValue("coefvpuepel1"); et il me dit null pointer exception !! le vilain ! merci d avance

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find by name
by Sigrid LEHUTA June 24, 2010

June 24, 2010

Hola tous, premier mail d une probable longue serie : je teste mon plan a 10000 simu aujourd hui et mes exports font buguer mon ordi ;-) mais commencons soft : Dans une regle je voudrais reccuperer une espece pour faire un : smi.getSpeciesTargetSpecies(MonEspece).isPrimaryCatch(); j ai pas envie de faire une boucle et je crois qu il existe une methode findByName() qui permettrait d aller plus vite mais je ne sais pas a quoi on l'applique. ca marcherait ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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convertir un objet en double (context.getValue)
by Sigrid LEHUTA June 22, 2010

June 22, 2010

Hello, je crois que j avais déjà posé la question mais je n arrive pas a remettre la main sur la reponse desolee :-[ j'utilise la methode double toto = 5.0; context.setValue("toto",toto); pour echanger des valeurs entre les scripts mais quand je récupère toto double toto = context.getValue("toto"); j ai une erreur car c est un "objet" qui est retourné et double toto = (double)context.getValue("toto") ne marche pas ( pourtant fuelPrice = (double [])context.getValue("fuelPrice"); ca marche) comment je peux en faire un double ? (dans un autre script j avais fait *Double.parseDouble(context.getValue("toto").toString());* mais c est compliqué !!! ) Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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collection
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr June 22, 2010

June 22, 2010

Salut, j ai le message d erreur ci-dessous dans ma regle de gestion. alors le premier soucis j ai pas d idee : can't convert object in matrix Proportion from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Metier#1218467347207#0.08063565015493301)' vous savez ce que c est ??? pour le second est ce que je manipule mal les "collections" ? failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl.population, no session or session was closed Collection <Population> pops = sp.getSpecies().getPopulation(); MERCI d avance WARN|22:28:53,812|MatrixType.java|227|splitObjects|Continuing but can't convert object in matrix Proportion from String: 'org.nuiton.topia.persistence.TopiaEntity(fr.ifremer.isisfish.entities.Metier#1218467347207#0.08063565015493301)' ERROR|22:28:53,906|LazyInitializationException.java|42|<init>|failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl.population, no session or session was closed org.hibernate.LazyInitializationException: failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl.population, no session or session was closed at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationException(AbstractPersistentCollection.java:380) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationExceptionIfNotConnected(AbstractPersistentCollection.java:372) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.initialize(AbstractPersistentCollection.java:365) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.read(AbstractPersistentCollection.java:108) at org.hibernate.collection.PersistentBag.iterator(PersistentBag.java:272) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp(MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.java:502) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:119) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPreCall(RuleAspect.java:84) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.preAction(MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:203) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:392) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) ERROR|22:28:53,906|InProcessSimulatorLauncher.java|428|localSimulateSameThread|Error during simulation org.hibernate.LazyInitializationException: failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl.population, no session or session was closed at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationException(AbstractPersistentCollection.java:380) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationExceptionIfNotConnected(AbstractPersistentCollection.java:372) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.initialize(AbstractPersistentCollection.java:365) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.read(AbstractPersistentCollection.java:108) at org.hibernate.collection.PersistentBag.iterator(PersistentBag.java:272) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.aw$original$_AW_$preAction$_AW_$rules_MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp(MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.java:502) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:119) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initPreCall(RuleAspect.java:84) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp_1__1556553279__240354642___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at rules.MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.preAction(MPARuleBRUM_conditionnel_MultiSp.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:203) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:392) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) INFO|22:28:54,046|InProcessSimulatorLauncher.java|458|localSimulateSameThread|Simulation time: 53.228

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