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PBS sur cluster
by Bastien Preuss April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour Eric, Je viens de retester les simu sur le cluster, et ça ne marche pas encore. Il ny a plus lerreur de la librairie, de ce coté là, cest bon. Par contre il semble que le gestionnaire de job ne reçoive pas bien linformation pour lancer la simu. On ne trouve pas de fichier de type attendu. Je mets ci-dessous un fichier toto.pbs de la forme et avec les instructions attendu par PBS. On arrive à faire tourner la simu en le lançant à la main. Un autre soucis : le nom de la simu contient un espace (entre le nom entré par lutilisateur et la date incrémentée automatiquement), ça pose problème lors de la lecture du fichier Toto.pbs : #PBS -S /bin/sh ### RAPPEL Lancement sur cluster Nea : " ### qsub -q qLong toto.pbs ### JOB NAME #PBS -N ISIS ### JOB CLASS #PBS -q qLong ###Number of nodes #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=240:00:00 ### Merge output error and log files #PBS -j oe ### Ressources # This job's working directory : echo Working Directory is $PBS_O_WORKDIR cd $PBS_O_WORKDIR echo Running on host `hostname` echo Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This job runs on the following processors : echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes echo $HOME cd "/home/bpreuss/isis-fish-3.3.0.2" pwd ##source /usr/share/modules/init/csh ##module load java/1.6.0 /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java -Xmx2500M -jar isis-fish*.jar --option launch.ui false --option perform.vcsupdate false --option perform.migration false --option perform.cron false --simulateRemotelly "sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-29-08-51" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-preparation.zip" "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-result.zip" >& "/home/bpreuss/isis-tmp/simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 9-08-51-output.txt" ###rm -rf "$HOME/isis-database-3/simulations/sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-2 0-15-25" Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] pb classes
by Eric Chatellier April 28, 2010

April 28, 2010

Le 28/04/2010 07:16, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous… > > Bonjour, > > Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même > chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été > résolut avec un changement de version. > > Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les > classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… > > Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier > groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je > quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes > classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec > les 30 classes d’âge suivantes : > > 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 > ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! > > Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas > toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! > > Serait-ce lié aux équations de croissance ? > Pourrais-tu m'envoyer la base en question ? (sans l'exporter, en zippant la région dans le dossier Regions). Merci. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Re : pb classes
by Sigrid LEHUTA April 28, 2010

April 28, 2010

Si ca t aide Eric, ca ressemble a ce bug signalé et réparé sur une version précédente. Bugs item #1534, was opened at 01/03/2007 10:14 You can respond by visiting: http://labs.libre-entreprise.org/tracker/?func=detail&atid=113&aid=1534&gro… Or by replying to this e-mail entering your response between the following markers: #+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+ (enter your response here) #+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+#+ > >Status: Closed > Priority: 3 Submitted By: sigrid lehuta (sigrid) Assigned to: Nobody (None) Summary: doublement des classes de longueur Category: Interface Saisie/Modification Group: ver-3-0 > >Resolution: Out of Date > Initial Comment: Dans l interface de saisie, le nombre de classe de longueur a doublé, chaque classe initiale étant répliquée 1 fois. Aucune idée de l'opération à l origine de ce bug. Peut-etre tres ponctuel. ---------------------------------------------------------------------- > >Comment By: Eric Chatellier (chatellier) > Date: 02/03/2009 15:02 Message: Closed bug report (Out of date) Bastien Preuss a écrit : > > J’ai refait des tests, et le problèmes ne semble pas se reproduire à > tous les coups… > > Seulement de temps à autres… ? > > C’est bizarre non ? > > > > > > > > > > *De :* isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] *De la part de* > chirine HUSSEIN > *Envoyé :* mercredi 28 avril 2010 18:03 > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Objet :* [Isis-fish-users] Re : pb classes > > > > Bonjour, > > j'ai trouvé le même problème, maisapparemenet c'était liée à la base > de donnée, car quand j'ai reteléchargé la base de données de nouveaux > e, ça marche normalement (sans des modification des classes). > > > > > HUSSEIN Chirine > > > > Doctorante > Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne > UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD > Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy > 66860 Perpignan Cedex, FRANCE > Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55. > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > *De :* Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> > *À :* isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > *Envoyé le :* Mer 28 avril 2010, 7 h 16 min 31 s > *Objet :* [Isis-fish-users] pb classes > > Bonjour à tous… > > > > Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même > chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été > résolut avec un changement de version. > > > > Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les > classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… > > Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier > groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je > quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes > classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec > les 30 classes d’âge suivantes : > > 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 > !!!! > > Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas > toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! > > Serait-ce lié aux équations de croissance ? > > > > > > Je mets en PJ le Debug, il semble d’ailleurs y avoir d’autres erreurs… > > > > Merci. > > > > bastien > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re : pb classes
by chirine HUSSEIN April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour, j'ai trouvé le même problème, maisapparemenet c'était liée à la base de donnée, car quand j'ai reteléchargé la base de données de nouveaux e, ça marche normalement (sans des modification des classes). HUSSEIN Chirine Doctorante Biologie Ecologie Tropicale et Méditerranéenne UMR 5244 CNRS-EPHE-UPVD Université de Perpignan Via Domitia, 52 Avenue Paul Alduy 66860 Perpignan Cedex, FRANCE Bureau/Office: +33 (0)4 68 66 20 55. ________________________________ De : Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)noumea.ird.nc> À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Envoyé le : Mer 28 avril 2010, 7 h 16 min 31 s Objet : [Isis-fish-users] pb classes Bonjour à tous… Je ne sais pas si quelqu’un a déjà eu ce genre de problème ; la même chose m’été arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été résolut avec un changement de version. Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les classes que j’ai créé la fois précédente sont modifiées… Par exemple : je créé 21 classes d’âge de 0 à 20, avec le dernier groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je quitte ISIS, puis quand j’ouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec les 30 classes d’âge suivantes : 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! Il y a donc des classes qui se dédoublent… pourquoi ça ??! Mais pas toutes !! et elle ne se suivent pas… !!! Serait-ce lié aux équations de croissance ? Je mets en PJ le Debug, il semble d’ailleurs y avoir d’autres erreurs… Merci. bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 Pafin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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pb classes
by Bastien Preuss April 28, 2010

April 28, 2010

Bonjour à tous Je ne sais pas si quelquun a déjà eu ce genre de problème ; la même chose mété arrivé il y a quelques temps mais ça semblait avoir été résolut avec un changement de version. Le problème est-donc le suivant : lorsque je charge une Région, les classes que jai créé la fois précédente sont modifiées Par exemple : je créé 21 classes dâge de 0 à 20, avec le dernier groupe en groupe +. Jusque là tout se passe bien, je sauvegarde, je quitte ISIS, puis quand jouvre de nouveau Isis et ma Région, là mes classes ont été modifiées ! Par exemple maintenant je me retrouve avec les 30 classes dâge suivantes : 0 ;0 ;1 ;1 ;2 ;2 ;3 ;3 ;4 ;4 ;5 ;5 ;6 ;7 ;8 ;9 ;10 ;11 ;12 ;13 ;14 ;15 ;16 ;17 ;18 ;18 ;19 ;20 ;20 !!!! Il y a donc des classes qui se dédoublent pourquoi ça ??! Mais pas toutes !! et elle ne se suivent pas !!! Serait-ce lié aux équations de croissance ? Je mets en PJ le Debug, il semble dailleurs y avoir dautres erreurs Merci. bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier April 26, 2010

April 26, 2010

Le 22/04/2010 01:00, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > > Pour le moment je confirme qu'il nous est obligatoire de préciser la classe > du job. > Dans la modif de ISIS qui sera faite, est-il possible de rendre la classe du > job modifiable par l'utilisateur et non pas en dur? Afin de pouvoir la > renseigner en fonction des besoins? > J'ai ajouté une option dans la configuration d'Isis pour pouvoir personnaliser les options de la commande qsub. Il faut que je test un peu et je ferais sûrement la release lundi. > A bientôt. > > Bastien > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.3.0.3 est disponible
by Eric Chatellier April 26, 2010

April 26, 2010

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Corrections : * un problème avec l'assistant de création de groupes (non prise en compte de l'age de départ) Améliorations : * ajout de la possibilité de modifier les options qsub (caparmor) Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Simulation sur Cluster
by Eric Chatellier April 21, 2010

April 21, 2010

Le 20/04/2010 07:34, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > Bonjour, > Donc pour que la simulation tourne bien, nous lançons à la main le script > "toto.pbs" suivant: > > Comme tu peux le voir il y a la commande "qsub -q qLong toto.pbs" > Qui est peut être le soucis, car le pbs du cluster est paramétré de telle > façon qu'il faut obligatoirement spécifier la classe du job; ce que ne fait > peut être pas ISIS...? > Ce n'est pas fait actuellement, mais si vous me confirmer que c'est obligatoire, je vais faire une évolution dans Isis. Pouvez vous vérifier également que la queue (-q) peut être configurée dans le script toto.pbs Par exemple, une option de la forme: #PBS -q xyz > Autre point il y a peut être un soucis avec Java... Est-il nécessaire > d'installer Java sur tous les nœuds du cluster? En fait, le JRE est installé > sur home/bpreuss qui est partagé par nfs par l'ensemble des machines du > cluster, qui elle n'ont pas Java. > Non, isis utilisera le Java dans /home/bpreuss (un seul donc) > A l'exécution de Java à travers pbs (grâce au toto.pbs envoyé à la main), le > job apparait dans qstat, mais s'arrête tout de suite avec une erreur: > " /var/spool/pbs/mom_priv/jobs/42244.editr.SC: > /home/bpreuss/jre1.6.0_19/bin/java: /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter: > No such file or directory" > Qui se trouve dans le fichier: > simulation-sim_sim_test_1_2010-04-19-16-52_2010-04-20-15-25-output.txt > Donc Java ne semble pas reconnu par le cluster... > En fait, le probleme vient d'un Java 32bits tournant sur un système 64bits. Je vois donc 2 options pour résoudre ce problème. Il faudrait que l'administrateur installe les packages manquants 32bits sur les noeuds du cluster. (à ce que j'en connais, c'est une couche de compatibilité pour exécuter des applications 32bits) A priori, le fichier ld-linux.so.2 est fournit pas le packages glibc (nommé libc6-i386 ou différent suivant la distribution utilisée) http://packages.debian.org/search?searchon=contents&keywords=ld-linux.so.2&… Sinon, l'autre solution est d'utiliser une version 64bits de Java. Ça marchera directement, par contre, les simulations dureront plus longtemps en 64bits (fois deux quasiment). Bon courage. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Premières classes d'age : abondance initiale, paramètres et équation de reproduction.
by Benoit Archambault April 21, 2010

April 21, 2010

Bonjour tout le monde, pour certain stocks je dispose de donnees d'abondances et d'estimation de paramètres seulement pour les classes les plus âgées : - du style abondance et mortalités naturelles des âges 3-15 pour la morue - 4-20 pour la plie.. etc J'imagine que cette situation est assez fréquente. Comment procèderiez vous alors pour avoir des abondances initiales des petites classes d'age pour les simulations ? J'imagine qu'on peut : - Retrocalculer les abondances passées et repartir de quelques annees en arriere. Du style N(age2) = N(age3)*exp(M) etc jusqu'à avoir une classe d'age 1 estimée, en faisant une hypothèse sur le M. Il y a peut être une meilleure solution ? En ce qui concerne la fonction de reproduction j'ai essayé d'ajuster des relation S/R me prédisant un nombre de recrues d'age 3 par exemple, donc pour avoir une estimation du nombre d'age 0 je dois faire un truc du style Recrutement(age3) * exp(M)^3 . C'est comme ca qu'on procède généralement ou je fais fausse route ? Un autre souci est que pour certains stocks, la relation S/R n'est pas évidente, voire fantaisiste ( paramètres non significatifs lors de l'ajustement avec la procédure nls sous R). Je n'ai pas d'info non plus sur la fécondité. Que faire dans ce cas, utiliser un recrutement moyen avec un certain aléa ? Ceci est-il possible ? Ou faire des hypothèses d'absence de de relation S/R jusqu'à un niveau limite ? J'espère m'être fait comprendre :) Merci Benoit ps : accents manquants ici et la clavier qwerty oblige

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premier age d une pop structuree en age
by Sigrid LEHUTA April 21, 2010

April 21, 2010

Hello, je voulais vérifier qu on pouvait faire commencer les classes d age d une pop n importe ou, j ai donc recreer les groupes d une pop en age en mettant comme premier age 5 et dernier 10. Mais isis me cree 11 classes de 0 a 10. C'est normal ? voulu ? Au passage, la fenetre de saisie des groupes d age est en 2 étapes, mais les deux etapes sont identiques. Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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