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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.4.3 released
by Eric Chatellier May 15, 2020

May 15, 2020

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.4.3 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: Anomalie #10835: Retrograder la version de H2 Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6171/isis-fish-4.4.4.3-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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erreur en rechargeant une ancienne simu (V4.4.2.5) dans la version 4.4.4.1
by Sigrid LEHUTA May 15, 2020

May 15, 2020

org.hibernate.service.spi.ServiceException: Unable to create requested service [org.hibernate.engine.jdbc.env.spi.JdbcEnvironment] at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:275) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:237) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.id.factory.internal.DefaultIdentifierGeneratorFactory.injectServices(DefaultIdentifierGeneratorFactory.java:152) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.injectDependencies(AbstractServiceRegistryImpl.java:286) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:243) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.boot.internal.InFlightMetadataCollectorImpl. (InFlightMetadataCollectorImpl.java:175) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.complete(MetadataBuildingProcess.java:118) at org.hibernate.boot.model.process.spi.MetadataBuildingProcess.build(MetadataBuildingProcess.java:83) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:473) at org.hibernate.boot.internal.MetadataBuilderImpl.build(MetadataBuilderImpl.java:84) at org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationEngine.preInit(TopiaMigrationEngine.java:244) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.preInitServices(TopiaContextImpl.java:270) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl. (TopiaContextImpl.java:222) at org.nuiton.topia.TopiaContextFactory.getContext(TopiaContextFactory.java:182) at fr.ifremer.isisfish.datastore.DataStorage.getStorage(DataStorage.java:223) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.regionChange(ParamsHandler.java:176) at fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ParamsHandler.lambda$regionChange$1(ParamsHandler.java:260) at java.awt.event.InvocationEvent.dispatch(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$2.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.awt.WaitDispatchSupport$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.awt.WaitDispatchSupport.enter(Unknown Source) at java.awt.Dialog.show(Unknown Source) at java.awt.Component.show(Unknown Source) at java.awt.Component.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Window.setVisible(Unknown Source) at java.awt.Dialog.setVisible(Unknown Source) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane$1.run(JXErrorPane.java:398) at org.jdesktop.swingx.JXErrorPane.showDialog(JXErrorPane.java:411) at fr.ifremer.isisfish.util.ErrorHelper.showErrorDialog(ErrorHelper.java:76) at fr.ifremer.isisfish.IsisFish.lambda$null$0(IsisFish.java:689) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.lang.ThreadGroup.uncaughtException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.processException(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.HibernateException: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:63) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.configureService(StandardServiceRegistryImpl.java:107) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.initializeService(AbstractServiceRegistryImpl.java:246) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.getService(AbstractServiceRegistryImpl.java:214) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.buildJdbcConnectionAccess(JdbcEnvironmentInitiator.java:145) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:66) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiator.initiateService(JdbcEnvironmentInitiator.java:35) at org.hibernate.boot.registry.internal.StandardServiceRegistryImpl.initiateService(StandardServiceRegistryImpl.java:101) at org.hibernate.service.internal.AbstractServiceRegistryImpl.createService(AbstractServiceRegistryImpl.java:263) ... 52 more Caused by: com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool$PoolInitializationException: Failed to initialize pool: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.throwPoolInitializationException(HikariPool.java:576) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:562) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool. (HikariPool.java:115) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource. (HikariDataSource.java:81) at org.hibernate.hikaricp.internal.HikariCPConnectionProvider.configure(HikariCPConnectionProvider.java:59) ... 60 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLNonTransientException: Erreur générale: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" General error: "java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6]" [50000-200] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:505) at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:429) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:194) at org.h2.message.DbException.convert(DbException.java:347) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:333) at org.h2.engine.Database. (Database.java:301) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:74) at org.h2.engine.Engine.openSession(Engine.java:192) at org.h2.engine.Engine.createSessionAndValidate(Engine.java:171) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:166) at org.h2.engine.Engine.createSession(Engine.java:29) at org.h2.engine.SessionRemote.connectEmbeddedOrServer(SessionRemote.java:340) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:173) at org.h2.jdbc.JdbcConnection. (JdbcConnection.java:152) at org.h2.Driver.connect(Driver.java:69) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverDataSource.java:136) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:369) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newPoolEntry(PoolBase.java:198) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.createPoolEntry(HikariPool.java:467) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.java:541) ... 63 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unable to read the page at position 824663412361 [1.4.200/6] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2213) at org.h2.mvstore.MVMap.readPage(MVMap.java:672) at org.h2.mvstore.MVMap.readOrCreateRootPage(MVMap.java:688) at org.h2.mvstore.MVMap.setRootPos(MVMap.java:682) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:576) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:535) at org.h2.mvstore.MVStore.openMap(MVStore.java:516) at org.h2.mvstore.MVStore.removeMap(MVStore.java:2742) at org.h2.engine.Database.handleUpgradeIssues(Database.java:866) at org.h2.engine.Database.open(Database.java:742) at org.h2.engine.Database.openDatabase(Database.java:307) ... 78 more Caused by: java.lang.IllegalStateException: Unsupported type 17 [1.4.200/3] at org.h2.mvstore.DataUtils.newIllegalStateException(DataUtils.java:950) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.newType(ObjectDataType.java:165) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:229) at org.h2.mvstore.type.ObjectDataType.read(ObjectDataType.java:114) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:605) at org.h2.mvstore.Page.read(Page.java:239) at org.h2.mvstore.MVStore.readPage(MVStore.java:2211) ... 88 more -- NB : Please note that I do not work on Monday mornings and Wednesday afternoons Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER Nantes Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105, 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) Membre de l'Association Française d'Halieutique https://www.association-francaise-halieutique.fr/

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ISIS-4.4.2.5 probleme importation
by Charlotte Sève May 11, 2020

May 11, 2020

Bonjour ! J'aurais besoin d'un petit coup de pouce. J'essaye de faire tourner ISIS sur le serveur de mon laboratoire et je n'arrive pas à importer une région que j'ai construite sur mon ordinateur. Est-ce que quelqu'un aurait une idée du problème ? Voilà le message d'erreur : java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy19.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) at javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) at javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 39 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'importer la région at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegionAndRename(InputHandler.java:323) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__menuRegionImportRename(InputUI.java:315) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.datastore.StorageException: Can't import file C:\Users\cseve\Desktop\sar_gdl_v2_v4.4.2.5.zip at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:450) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegionAndRename(InputHandler.java:318) ... 45 more Caused by: org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1207) at fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:427) ... 46 more Caused by: org.hibernate.exception.SQLGrammarException: could not execute statement at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.convert(SQLStateConversionDelegate.java:106) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverter.convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:111) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlExceptionHelper.java:97) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:178) at org.hibernate.engine.query.spi.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:204) at org.hibernate.internal.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1575) at org.hibernate.query.internal.NativeQueryImpl.doExecuteUpdate(NativeQueryImpl.java:274) at org.hibernate.query.internal.AbstractProducedQuery.executeUpdate(AbstractProducedQuery.java:1504) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1202) ... 47 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: La table "ACTIVERULE" existe déjà Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE TIMESTAMP, ACTIVERULESTEP INTEGER, NAME VARCHAR(2147483647), PARAM VARCHAR(2147483647) ) [42101-197] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:357) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:179) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:155) at org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:86) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:79) at org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:58) at org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:102) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:261) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:199) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:153) at com.zaxxer.hikari.pool.ProxyPreparedStatement.executeUpdate(ProxyPreparedStatement.java:61) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariProxyPreparedStatement.executeUpdate(HikariProxyPreparedStatement.java) at org.hibernate.engine.jdbc.internal.ResultSetReturnImpl.executeUpdate(ResultSetReturnImpl.java:175) ... 52 more Merci beaucoup et bonne soirée, Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Equation d'inactivité
by Charlotte Sève May 11, 2020

May 11, 2020

Re, J'ai rentré une équation d'inactivité qui a exactement la même forme que sur le site de ISIS fish, et pourtant je n'arrive pas à vérifier l'équation. Il y a 12 erreurs similaires de ce type : "Syntax error on token ")", ) expected after this token" Voici l'équation que j'ai entrée: Date date = context.getSimulationControl().getDate(); if(Month.JANUARY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.FEBRUARY.equals(date.getMonth()) { return 11.0;} else if(Month.MARCH.equals(date.getMonth()) { return 15.0;} else if(Month.APRIL.equals(date.getMonth()) { return 12.0;} else if(Month.MAY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.JUNE.equals(date.getMonth()) { return 12.0;} else if(Month.JULY.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.AUGUST.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.SEPTEMBER.equals(date.getMonth()) { return 14.0;} else if(Month.OCTOBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} else if(Month.NOVEMBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} else if(Month.DECEMBER.equals(date.getMonth()) { return 18.0;} Si quelqu'un a une petite idée... Merci et bonne soirée ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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acces a la matrice de recruitment d'une pop depuis l'equation de recruitment d'une autre pop
by slehuta May 7, 2020

May 7, 2020

Hello question tordue : J aurais besoin depuis l'équation de recruitment de ma pop1, de recupérer la matrice "result" de pop2, accessible dans l'equation de recruitment pop2 (Matrice(step) [nombre d'oeufs,zone recru] apres connectivité + gap + etalement + mortalité). Est ce possible ? j ai eu un bon plantage avec popMonitor(step, pop2).getRecruitment(). A ce propos, je code de getRecruitment est hardu, je n'ai pas su dire si cela applique aussi l'équation de recruitment ou si ca produit seulement le "result" rendu dispo dans l'equation de recrutement ? Merci Sigrid

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Changement de la version de Java requise (Java 11)
by Eric Chatellier April 21, 2020

April 21, 2020

Bonjour, Actuellement, ISIS-Fish nécessite d'utiliser au minimum la version 8 de Java pour fonctionner. Cette version n'est plus maintenue et doit être mise à jour. Les versions 4.4.4.x d'ISIS-Fish fonctionnent sur les versions allant de Java 8 à Java 14. Vous pouvez donc dès à présent utiliser une version plus récente de Java. Dans la prochaine version majeure d'ISIS-Fish (4.5), nous allons changer la version minimum de Java requise vers Java 11. Java 11 est la version LTS (Long Term Support), mais vous pouvez également utiliser les versions plus récentes (actuellement 14). -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] mortalité naturelle ds ISIS
by slehuta April 15, 2020

April 15, 2020

Bonjour, La mortalité est bien en année -1 pour les groupes 0 et + et également pour les prérecutés dans le modèle (martalité du group null) (https://gitlab.nuiton.org/ifremer/isis-fish/blob/master/src/main/java/fr/if… ligne 230) Sigrid Le 2020-04-15 12:24, Dominique PELLETIER a écrit : > Salut Stéph et Sigrid ! > > Vous allez toujours bien, j'espère! > > On bosse avec Adrian sur le modèle Rade de Toulon, çà avance bien, le modele est essentiellement dynpop et habitat > > pas de pêche! > > Pouvez-vous me dire ds quelle unité la mortalité naturelle est à saisir ds ISIS ? > > Je suis restée sur un coeff en an-1 pour les stades post-recrutés > > Mais je voudrais confirmation pour: > > *mortalité oeufs-larves > > *mortalité juvénile (groupe-0) si cela diffère des autres stades post-recrutés > > Merci par avance > > Dominique

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish March 31, 2020

March 31, 2020

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] Datarmor : usage des noeuds de login
by slehuta March 25, 2020

March 25, 2020

Bonjour, je lance des simulation ISIS-Fish sur datarmor en utilisant la configuration habituelle qui normalement ne pose pas probleme. Je transmet le message à code lutin car je ne comprends pas ce que vous demandez. Avez vous interompu mes jobs? Eric, vaut il mieux que je configure les lancements datarmor pour utiliser le isis-database-4 sur mon datawork plutot qu en local ? Merci Le 2020-03-22 12:11, Denis Croizé-Fillon a écrit : > Bonjour, > > Merci de ne pas faire de transfert (rsync cp scp ...) via les noeuds de login : > > Pour les échanges avec l'extérieur : > - un accès ftp est possible à votre repertoire scratch : /home1/scratch/slehuta/eftp qui correspond au répertoire scratch une fois connecter en ftp sur eftp.ifremer.fr avec login et password extranet > - un échange via la queue ftp est possible : /appli/services/exemples/pbs/ftp.pbs > > Pour des échanges importants au sein des espaces de stockage de datarmor : lancer un job en interactif sur sequentiel et réaliser le traitement. Voici un exemple pour 1h avec 10 Go de mémoire réservé > > qsub -I -l select=1:ncpus=1:mem=10gb -l walltime=01:00:00 > > Pour les questions sur l'usage de la machine : assistance(a)ifremer.fr > > Denis

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Calcul du nombre d'oeufs produits - boucle sur les groupes
by BACH Adrian March 20, 2020

March 20, 2020

Bonsoir, J’espère que votre confinement se passe bien ! Une petite question java : je voudrais calculer le nombre d’œufs produits pendant la période de fraye d’un seul mois sur une seule zone de pop avec le calcul suivant (champ ‘équation de reproduction’ dans le panneau ‘Reproductions’) // nombre d'oeufs produits = somme sur les groupes 4 à 7 du calcul sexRatio*fecondite*[nombre de poissons dans le groupe]*[leur poids] Je suis complètement nouveau en java donc je ne sais trop comment obtenir les valeurs entre crochets, mais je pensais à un truc comme ça : //double prodOeufs = 0; // //for(PopulationGroup g : pop.getPopulationGroup().get()){ // if (g < 4) { // return 0; // } else { // double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); // prodOeufs = prodOeufs + res; // } //} //return prodOeufs; Mais j’obtiens les erreurs suivantes : 1. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 23) if (g < 4) { ^^^^^ The operator < is undefined for the argument type(s) PopulationGroup, int ---------- 2. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3. ERROR in D:\DATA\a.bach\isis-fish-4\isis-temp\tmp-20200319112700-1491086668\checkPopulationReproductionEquation1429431846243759405Equation.java (at line 26) double res = sexRatio * 2*fecParGonade * pop.getPopulationGroup(g).getMeanWeight() * pop.getPopulationGroup(g).getAboundance().sumAll(); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method getPopulationGroup() in the type Population is not applicable for the arguments (PopulationGroup) ---------- 3 problems (3 errors) Pourriez-vous me donner un petit coup de main ou partager un script faisant sensiblement le même calcul ? Merci et bonne soirée, Adrian ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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