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problème export
by Sophie LEFORESTIER Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour, J'ai un problème cette simulation qui ne tourne pas lorsque seul l'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" est demandé et, en revanche, fonctionne quand l'export "Abundances.java" est demandé en plus de "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java" (version 4.4.2.2). D'après le debug.txt, le problème semble provenir de l'équation d'immigration de la population "Sole3z_WestFR" (voir ci-dessous). Par ailleurs, lorsque la simu fonctionne (quand les deux exports sont demandés), elle met beaucoup de temps à tourner, surtout au cours des mois de février de chaque année). Avez-vous une idée d'où ça vient? En pièces jointes le script d'export "Captures_AgeStructure_pop_3pop.java", la base ainsi que le parameters.properties de la simulation. Merci d'avance ! Sophie Leforestier 2019-01-10 09:11:46,124 WARN [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:533) checkProgression - Simulation exception : fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't evaluate equation at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.catchEvaluateException(EvaluatorHelper.java:276) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:685) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:626) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:438) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:242) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: TimeStep date = context.getSimulationControl().getStep(); //List<Population> pops = context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); List<Population> pops = context.getPopulationMonitor().getPopulations(); double newJuv_Veys = 0; double newJuv_Seine =0; for(Population p : pops){ if(p.getSpecies().getName().equals(pop.getSpecies().getName()) && !p.getName().equals(pop.getName())){ String name = "MatrixAbundance"; MatrixND ab = context.getResultManager().getMatrix(date,pop,name).copy(); //MatrixND ab = context.getPopulationMonitor().getN(p); //ab = ab.getSubMatrix(0,1,1);// ages 2 ab = ab.getSubMatrix(0,0,1);// ages 1 for (MatrixIterator i = ab.iterator(); i.hasNext();) { i.next(); Object[] sem = i.getSemanticsCoordinates(); Zone zoneRecru = (Zone) sem[1]; PopulationGroup grp = (PopulationGroup) sem[0]; if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Veys")) { newJuv_Veys += i.getValue(); }else if(zoneRecru.getName().equals("Sole_nurs_Seine")){ newJuv_Seine += i.getValue(); } } } } double result = 0; if (group.getAge() == 1) { String zoneName = arrivalZone.getName(); if (zoneName.equals("Sole_nurs_Veys")) { result = newJuv_Veys; }else if(zoneName.equals("Sole_nurs_Seine")) { result = newJuv_Seine; } return result; } else return 0; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor23.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst2df_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst2df_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getImmigrationMatrix(PopulationSeasonInfoImpl.java:657) ... 5 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.ImmigrationEquation.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,org.nuiton.math.matrix.MatrixND,fr.ifremer.isisfish.entities.Population,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup,fr.ifremer.isisfish.entities.Zone) throws java.lang.Exception' for class formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:465) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:299) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 11 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor26.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:462) ... 13 more Caused by: java.lang.NullPointerException at formules.ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.compute(ImmigrationEquationfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1508942748395_0_953294363441329.java:13) ... 17 more

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Exports fishing mortality
by Audric Vigier Feb. 4, 2019

Feb. 4, 2019

Bonjour, Les scripts d'exports pour MortalitePechegroupe et MortalitePecheTotale dans le community d'ISIS 4.4.2.2 ne compilent pas, ils sont infestés de lignes bizarres... Est-ce que c'est possible de les remplacer par les scripts joints svp? Je ne sais plus comment soumettre des scripts pour le community. Bon après-midi, Audric

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"args" ligne commande lancement simu sur R
by Sophie LEFORESTIER Jan. 8, 2019

Jan. 8, 2019

Bonjour, Je souhaiterais savoir à quoi correspond l'élément "args" de la ligne de commande permettant de lancer une simulation sur R (voir ci-dessous). MEMORY="-Xmx1024M" exec = "isis-fish-4.4.2.1.jar" log = "debug.txt" args = "--simulationWithRegionNameAndScript" nomSimu = "ESSAI_20-12" region = "Sole_SMAC" script = "preScript.java" cmd = paste("java",MEMORY,"-jar", exec, args, nomSimu, region, script,sep=" ") message(cmd) system(cmd) Merci Sophie

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Dec. 31, 2018

Dec. 31, 2018

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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bug règle de gestion
by Sophie LEFORESTIER Dec. 27, 2018

Dec. 27, 2018

Bonjour, J'ai un bug avec la règle de gestion "ChgmtQ_variable.java" ci-jointe. Cette règle a été écrite de manière à modifier, au début de chaque simulation, les paramètres d'accessibilité en allant les chercher dans un csv dont le chemin d'accès tient compte du nom de la simulation en cours. Il n'y a donc pas de "public param_path" qui s'affiche au moment de sélectionner la règle dans l'interface, ou de ligne "rule.0.parameter.path=" dans le parameters.properties permettant de lancer la simu sur R. Pensez-vous que le bug est associé à ça? Merci! Sophie

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simu tres lente...
by Sigrid Lehuta Dec. 11, 2018

Dec. 11, 2018

Bonsoir, cette simu fonctionne mais elle met beaucoup de temps a tourner alors qu il y a 3 pop et pas de strategies... je me demande si les equations d immigration et emmigration ne la ralentissent pas ... (pops Sole3z_...) pouvez vous voir d ou vient le pb ? Merci ! pj : simu, base

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comment récupérer le nom de la simu en cours
by Sophie LEFORESTIER Dec. 7, 2018

Dec. 7, 2018

Bonjour, Je souhaite écrire une règle de gestion dans laquelle je pourrais récupérer le nom de la simulation en cours. Quelle ligne de commande faut-il utiliser pour récupérer le nom de la simu? Merci Sophie

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Problème simulation ISIS 4.4.2.1.
by Sophie LEFORESTIER Nov. 23, 2018

Nov. 23, 2018

Bonjour, J’utilise la version ISIS 4.4.2.1. lorsqu’une erreur est détectée dans l’équation d’une population et que je lance une simu avec cette base , la simu bug meme si cette pop n est pas selectionnee. En effet, l’équation de mortalité naturelle de la population « sole » écrite ci-dessous ne compile pas à cause du « return 0 » final. Cette erreur empêche le bon déroulement des simulations quelle que soit la population sélectionnée. “// Natural Mortality if(group == null) {return 0; }else if (group.getAge() == 1){ return 2.6;//Archambault et al. 2016 }else { // ICES & Archambault et al 2016 return 0.1; } return 0; » Merci d’avance pour votre retour Cordialement, Sophie Leforestier

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.2 released
by Eric Chatellier Nov. 23, 2018

Nov. 23, 2018

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.2 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: #10157: Ajout d'une équation d'accessibilité URGENT !! #10158: Ne pas lancer d'exception concernant les equations dans l'interface graphique Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5475/isis-fish-4.4.2.2-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Message d’erreur « Connection leak detected”
by Sophie LEFORESTIER Nov. 22, 2018

Nov. 22, 2018

Bonjour, Le message d’erreur suivant s’affiche dans le « debug » de mes simulations (base de données en pièce jointe) avec la version ISIS 4.4.2.1. : “ERROR [main] (DriverManagerConnectionProviderImpl.java:332) close - Connection leak detected: there are 1 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:C:\Users\slefores\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_sim_try2111_2018-11-21-13-28_2018-11-21-14-15\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0” Merci d’avance pour votre retour Cordialement, Sophie Leforestier

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