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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.2.1 released
by Eric Chatellier Nov. 13, 2018

Nov. 13, 2018

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.2.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version include: #10092: Equation d'inactivité lors de la définition de stratégies #10041: Add comand line action to launch simulation on local region using a prescript file Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/5470/isis-fish-4.4.2.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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message d'erreur ISIS 4.4.2.
by Sophie LEFORESTIER Nov. 13, 2018

Nov. 13, 2018

Bonjour, Je vous contacte suite à un message d’erreur qui s’affiche lorsque je souhaite accéder aux paramètres biologiques des espèces de la base de données ci-jointe avec la version ISIS 4.4.2. La version ISIS 4.4.1. n’affiche pas de message d’erreur pour la même action. Ci-dessous le message en question et les détails associés. Merci d’avance pour votre retour Sophie Leforestier IsisFish a détecté une erreur : java.lang.reflect.InvocationTargetException java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:260) at com.sun.proxy.$Proxy22.valueChanged(Unknown Source) at javax.swing.JTree.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.JTree$TreeSelectionRedirector.valueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.fireValueChanged(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.notifyPathChange(Unknown Source) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPaths(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPaths(FisheryTreeSelectionModel.java:61) at javax.swing.tree.DefaultTreeSelectionModel.setSelectionPath(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.tree.FisheryTreeSelectionModel.setSelectionPath(FisheryTreeSelectionModel.java:54) at javax.swing.JTree.setSelectionPath(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI.selectPathForEvent(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.handleSelection(Unknown Source) at javax.swing.plaf.basic.BasicTreeUI$Handler.mousePressed(Unknown Source) at java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) at javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) at java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.access$500(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.security.ProtectionDomain$JavaSecurityAccessImpl.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) at java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) at java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:253) ... 44 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't display bean fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1370350071420#0.07960912867432401 at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.nodeSelectionChanged(InputHandler.java:630) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doValueChanged__on__fisheryRegionTree(InputUI.java:336) ... 49 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: // bargeo 2015, cm double Linf = 31.5; double K = 0.52; double T0 = -0.5; int mon = context.getSimulationControl().getStep().getMonth().getMonthNumber(); double result = Linf*(1.0-Math.exp((-K*(((age+mon)/12)-T0)))); return result; at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:89) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:84) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_jvst2aa_6.evaluate(EquationImpl_$$_jvst2aa_6.java) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationImpl.getLength(PopulationImpl.java:611) at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroupImpl.getLength(PopulationGroupImpl.java:74) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsHandler.setTableAgeLengthModel(PopulationBasicsHandler.java:136) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsHandler.lambda$afterInit$0(PopulationBasicsHandler.java:78) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.awt.Component.firePropertyChange(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.firePropertyChange(InputContentUI.java:320) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationBasicsUI.setBean(PopulationBasicsUI.java:377) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI$2.processDataBinding(PopulationUI.java:585) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.processDataBinding(InputContentUI.java:351) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.processDataBinding(InputContentUI.java:360) at jaxx.runtime.binding.DefaultJAXXBinding.propertyChange(DefaultJAXXBinding.java:144) at java.beans.PropertyChangeSupport.fire(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.beans.PropertyChangeSupport.firePropertyChange(Unknown Source) at java.awt.Component.firePropertyChange(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputContentUI.firePropertyChange(InputContentUI.java:320) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI.setBean(PopulationUI.java:293) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.population.PopulationUI.setBean(PopulationUI.java:40) at fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.nodeSelectionChanged(InputHandler.java:620) ... 50 more Caused by: fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Can't invoke method 'public abstract double fr.ifremer.isisfish.equation.PopulationGrowth.compute(fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext,double,fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroup) throws java.lang.Exception' for class formules.PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535 at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:446) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:280) at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:74) ... 78 more Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.invoke(EvaluatorHelper.java:443) ... 80 more Caused by: java.lang.NullPointerException at formules.PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535.compute(PopulationGrowthfr_ifremer_isisfish_entities_Equation_1370350186827_0_4032064127509535.java:5) ... 85 more

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2018

Sept. 30, 2018

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Re: [Isis-fish-users] [Isis-fish-devel] Reunion annuelle des utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS Sept. 21, 2018

Sept. 21, 2018

la version en dur : https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des...-57z6quh8 <https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des-utilisateurs-isis-fis…> merci Youen Le 21/09/2018 17:38, Youen VERMARD a écrit : > > Hola, je sais pas si je suis le seul mais j'ai l'impression que le > lien ne fonctionne pas!? > > Bises > > Youen > > > Le 21/09/2018 à 16:46, Stephanie MAHEVAS a écrit : >> Bonjour à tous >> >> Apres un bel été qui je l'espère a été reposant pour tout le monde et >> cette rentrée sous le soleil, il est temps de programmer la réunion >> annuelle des ISIS-Fishiennes et ISIS-Fishiens ! >> Un peu de changement (et du coup d'anticipation, si si c'est possible >> !) ne faisant pas de mal, elle ne se déroulera pas en décembre mais >> la*4eme semaine d'avril 2019 *sur une journée. >> Pouvez vous remplir le questionnaire de présence >> <:https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des...-57z6quh8> >> *(**avant le 5 octobre* pour que l'on sélectionne le jour avec le >> maximum de participants ? >> Comme d'habitude, il s'agira de faire un points sur les applications >> courantes, les nouveautés, les souhaits d'évolution et de >> développement, les projets et tout et tout .... >> >> Bonne fin de journée >> Stéphanie >> -- >> ...................................................................... >> Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) >> IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) >> Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 >> >> o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o >> /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ >> / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ >> ...................................................................... >> >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-devel mailing list >> Isis-fish-devel(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-devel > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Reunion annuelle des utilisateurs ISIS-Fish
by Stephanie MAHEVAS Sept. 21, 2018

Sept. 21, 2018

Bonjour à tous Apres un bel été qui je l'espère a été reposant pour tout le monde et cette rentrée sous le soleil, il est temps de programmer la réunion annuelle des ISIS-Fishiennes et ISIS-Fishiens ! Un peu de changement (et du coup d'anticipation, si si c'est possible !) ne faisant pas de mal, elle ne se déroulera pas en décembre mais la*4eme semaine d'avril 2019 *sur une journée. Pouvez vous remplir le questionnaire de présence <:https://evento.renater.fr/survey/reunion-annuelle-des...-57z6quh8> *(**avant le 5 octobre* pour que l'on sélectionne le jour avec le maximum de participants ? Comme d'habitude, il s'agira de faire un points sur les applications courantes, les nouveautés, les souhaits d'évolution et de développement, les projets et tout et tout .... Bonne fin de journée Stéphanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Gestion des coeurs dans le V4.4.1 et la 4.4.2
by Sigrid Lehuta Sept. 3, 2018

Sept. 3, 2018

Hello j' essaie de refaire tourner des optimisations qui avaient tournées sur la V4.4.0.2. Je suis maintenant en 4.4.1 et ca bug : j'ai 6 coeurs disponibles mais il ne lance que 3 des simus demandées (sur 6), les effectuent, prépare les 3 nouvelles, qui ne se lancent jamais. En pj le debug. J ai testé en 4.4.2 et la c est pire : ca ne se lance pas du tout en pj le debug. Merci !

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ISIS-Fish
by Silvia Angelini Aug. 22, 2018

Aug. 22, 2018

Dear Isis-Fish users, I'm using the ISIS-Fish platform and I'm trying to run a simulation, but I have a problem. The simulation stops at month 0 if I don't select the 'Strategy_new'. Anyone can help me on this? In attached you can find the debug file and the database I'm working with. Sigrid is helping with my case study and she is able to run the simulaitons Thank you so much in advance for your help. Cheers, Silvia -- Dr. Silvia Angelini, Ph.D. Institute of Marine Science (CNR-ISMAR) Largo Fiera della Pesca 60125, Ancona, Italy Phone: 071-2078833 Fax: 071-55313 e-mail: silvia.angelini(a)an.ismar.cnr.it

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Lancement de simulation à partir de R
by Eric Chatellier July 23, 2018

July 23, 2018

Bonjour, Suite à la réunion d'hier, voici la version d'isis (en developpement) qui permet de lancer des simulations sur une region en ligne de commande: https://forge.codelutin.com/attachments/download/5369/isis-fish-4.4.2.1-r9-… Et le début de documentation associé: http://isis-fish.org/v4/user/tutorials/simulationFromR.html -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Re: [Isis-fish-users] create matrix a partir d 'un fichier csv avec semantics : RESOLU (oups)
by Sigrid Lehuta July 19, 2018

July 19, 2018

Je n'utilisais pas la bonne version d isis. bon par contre la methode n apparait pas dans l'APIU ... Sorry 2018-07-19 17:41 GMT+02:00 Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com>: > > Bonjour, > j utilisais le nouveau format de matrices csv permettant d importer des > matrices dans isis avec les semantics. > Jusqu ici pour les importer jutilisais : > File discardRates = ... > MatrixND matDiscRates = MatrixFactory.getInstance().create(discardRates); > > aujourd hui ca ne compile plus ! j ai l erreur suivante : > ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\OgiveRejet_OptionLO.java > (at line 112) > matDiscRates = MatrixFactory.getInstance().create(discardRates); > ^^^^^^ > The method create(int[]) in the type MatrixFactory is not applicable for > the arguments (File) > > Merci de votre aide ! > Sigrid >

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create matrix a partir d 'un fichier csv avec semantics
by Sigrid Lehuta July 19, 2018

July 19, 2018

Bonjour, j utilisais le nouveau format de matrices csv permettant d importer des matrices dans isis avec les semantics. Jusqu ici pour les importer jutilisais : File discardRates = ... MatrixND matDiscRates = MatrixFactory.getInstance().create(discardRates); aujourd hui ca ne compile plus ! j ai l erreur suivante : ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\OgiveRejet_OptionLO.java (at line 112) matDiscRates = MatrixFactory.getInstance().create(discardRates); ^^^^^^ The method create(int[]) in the type MatrixFactory is not applicable for the arguments (File) Merci de votre aide ! Sigrid

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